Sujet: DENIS@Home

[JeromeC]

Et pour l'instant ils sont au taquet niveau support :

https://denis.usj.es/denisathome/forum_thread.php?id=215#1677

Nous avons détecté ce type d'erreurs dans la version bêta et nous l'avons réduit de 5% à environ 0,1%, mais il y a encore quelques ordinateurs qui ont ce problème. La plupart des problèmes initiaux proviennent du point de contrôle, mais nous ne sommes pas sûrs que le petit pourcentage qui reste se trouve toujours dans cette partie du code.

Je n'ai pas encore vérifié cela dans les dernières simulations, mais dans la version bêta, le problème n'était causé que par quelques ordinateurs Windows. Nous allons continuer à essayer de trouver la cause pour le réduire à 0 (ou le moins possible)

Meilleur,
Jesús.

[JeromeC]

Ca bombarde de nouveau des tâches "Beta of DENIS-myocyte" (très beaucoup) et "New human ventricular cell model" (pas mal).

[JeromeC]

https://denis.usj.es/denisathome/forum_thread.php?id=214#1676

The difference between the previous model and the new one is very small. The structure of the model is the same. The model is composed by currents that go through the cardiac cell membrane. We have modified the parameters of two currents to solve some issues we found (same mathematical expression but with different constants). Now we need to compensate this modifications to get the whole model working well. This is the objective of the simulations that you are running.

We have also added more parameters to test more experimental protocols. Now we are testing 45 protocols that permit us to check more than 100 markers... Many more information to try to fit the model to the experimental data.

We have also other markers that we are not using now. We will use them for the validation of the model... in the next stages.

I don't know if this explanation is simple enough or if it is what you were expecting. If not, I will try again 😅.

Best,
Jesús.

La différence entre l'ancien et le nouveau modèle est très faible. La structure du modèle est la même. Le modèle est composé de courants traversant la membrane de la cellule cardiaque. Nous avons modifié les paramètres de deux courants pour résoudre certains problèmes rencontrés (même expression mathématique mais avec des constantes différentes). Nous devons maintenant compenser ces modifications pour que l'ensemble du modèle fonctionne bien. C'est l'objectif des simulations que vous réalisez.

Nous avons également ajouté plus de paramètres pour tester davantage de protocoles expérimentaux. Nous testons actuellement 45 protocoles qui nous permettent de tester plus de 100 marqueurs... Beaucoup plus d'informations pour essayer d'adapter le modèle aux données expérimentales.

Nous avons également d'autres marqueurs que nous n'utilisons pas actuellement. Nous les utiliserons pour la validation du modèle... dans les étapes suivantes.

Je ne sais pas si cette explication est suffisamment simple ou si c'est ce que vous attendiez. Sinon, je réessayerai 😅.

Meilleures salutations,
Jésus.

We are working in the oposite direction. You are not simulating the effect of chemical compounds (drugs) to predict the behavior of the cardiac cells. We have experiments (e.g. from the University of of Szeged, and other from articles published in scientific journals) with which we can know how a cell responds to different drugs or situations. We need a model that is able to represent these results. There are some parameters that we can not measure in a cell, and we are trying to find the best value of them. So, we are simulating many combinations of these parameters to try to find the ones that better represent the experimental results.

In the process of fitting the model, we are not using all the data that we have. We have some data that later we will use to validate the result. The list of experiments is large, but, if you want I can post it.

Later, we will use the model to study pathologies and to try to predict what could happend, and yes in this case we will need experimental validation and we will need to colaborate with other groups.

Nous travaillons dans la direction opposée. Vous ne simulez pas l'effet de composés chimiques (médicaments) pour prédire le comportement des cellules cardiaques. Nous disposons d'expériences (par exemple, celles de l'Université de Szeged, et d'autres provenant d'articles publiés dans des revues scientifiques) qui nous permettent de savoir comment une cellule réagit à différents médicaments ou situations. Nous avons besoin d'un modèle capable de représenter ces résultats. Il y a certains paramètres que nous ne pouvons pas mesurer dans une cellule, et nous essayons de trouver la meilleure valeur pour eux. Nous simulons donc de nombreuses combinaisons de ces paramètres pour essayer de trouver celles qui représentent le mieux les résultats expérimentaux.

Dans le processus d'ajustement du modèle, nous n'utilisons pas toutes les données dont nous disposons. Nous disposons de certaines données que nous utiliserons plus tard pour valider le résultat. La liste des expériences est longue, mais, si vous le souhaitez, je peux la poster.

Plus tard, nous utiliserons le modèle pour étudier des pathologies et essayer de prédire ce qui pourrait se passer, et oui, dans ce cas, nous aurons besoin d'une validation expérimentale et nous devrons collaborer avec d'autres groupes.

[JeromeC]

Trop content, j'ai réalisé que l'appli linux beta met 1 heure à tourner sur la VM linux dans mon mac alors que l'appli native macOS met 45mn de plus... trop bien l'optimisation macOS

Pourquoi ne pas faire que de la linux me direz vous ? c'était pas le but, je voulais basculer la VM sur LODA mais impossible de me rattacher et du coup en attendant je l'ai mise sur DENIS, et oh surprise...

[Maeda]

Tu peux toujours essayer de leur signaler (on ne sait jamais).

[JeromeC]

Je le fis

[toTOW]

Vous aussi vous avez un bug avec DENIS et Windows Defender ?

Mes calculs n'avancent pas et le module d'analyse de l'antivirus consomme tout mon CPU au lieu de l'application DENIS ...

[Yeux]

https://www.commentcamarche.net/informatique/windows/26039-bug-windows-defender-une-solution-contre-le-ralentissement/

 

[toTOW]

Rien a voir, ça n'affecte que DENIS et j'ai un Core de 4ième génération ...

J'ai mis le dossier de travail BOINC en exclusion de la protection temps réel ... ça a l'air mieux ...

[fzs600]

Vous aussi vous avez un bug avec DENIS et Windows Defender ?

Mes calculs n'avancent pas et le module d'analyse de l'antivirus consomme tout mon CPU au lieu de l'application DENIS ...

Je viens de suspendre Universe et récupérer Denis  pour voir aucun souci chez moi.   

[toTOW]

Dossier data de BOINC en exclusion de Windows Defender et redémarrage de BOINC (et kill manuel des DENIS qui s’arrêtait pas avec le gestionnaire de taches) ... ça a l'air de marcher maintenant.

C'est bien la première fois que ça m'arrive ...

[Ceclo]

J'ai aussi le bug. J'ai mis le dossier Boinc en exclusion, c'est en test.

[fzs600]

Rien a voir, ça n'affecte que DENIS et j'ai un Core de 4ième génération ...

J'ai mis le dossier de travail BOINC en exclusion de la protection temps réel ... ça a l'air mieux ...

L'info remonte aussi sur le forum du projet.
https://denis.usj.es/denisathome/forum_thread.php?id=228&postid=1792

[toTOW]

Ca n'avance pas même avec le dossier en exclusion et redémarrage du client ... J'ai tout annulé, tant pis pour eux ...

[fzs600]

Ca n'avance pas même avec le dossier en exclusion et redémarrage du client ... J'ai tout annulé, tant pis pour eux ...

Finalement même phénomène chez moi. 
Attendre et voir. 

[Ceclo]

Ca n'avance pas même avec le dossier en exclusion et redémarrage du client ... J'ai tout annulé, tant pis pour eux ...

Pareil 

[Ceclo]

La version Bet 0.16 fonctionne chez moi. Je n'ai pas encore enlevé l'exclusion de fichier dans Defender.

[fzs600]

Bonjour !
Nous avons des problèmes avec le checkpoint dans les hôtes Windows. Nous avons essayé d'ajouter un fichier temporaire pour le checkpoint afin d'éviter les checkpoints corrompus, mais cela échoue lorsqu'on essaie de le renommer. Comme le point de contrôle échoue, il essaie à nouveau dans toutes les itérations... pour cette raison l'application est si lente. Je vais télécharger une nouvelle version qui résoudra le problème le plus rapidement possible.

Merci beaucoup pour les commentaires. En vérifiant vos taks il est plus facile de trouver le problème.

Meilleur,
Jesús.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

https://denis.usj.es/denisathome/forum_thread.php?id=228&postid=1805

[toTOW]

Ca a l'air réparé, mais les WUs ne font pas beaucoup chauffer le CPU ... ça doit être mal optimisé, ou ça calcule pas vraiment ...

[Antares]

Ben pour moi, impossible d'avoir du taff...

[[AF] Kalianthys]

Oui depuis 2h, il n'y a plus de taff. J'espère qu'ils vont remettre de nouvelles à croquer.

Kali.

[[AF] Kalianthys]

C'est bon, il y a plein de taff maintenant 

Kali.

[Antares]

10/08/2022 07:44:48 | DENIS@home | Not requesting tasks: don't need (CPU: not highest priority project; NVIDIA GPU: )

Que dois-je faire?

[[AF] Kalianthys]

Tu as biens cochés tous les projets :

• Beta of DENIS-myocyte
• New human ventricular cell model
• Human ventricular cell models optimization

?

[Maeda]

Je crois que Boinc indique s'il y a des sous-projets non sélectionnés et que du travail est disponible (à moins que la fonction/info vienne du projet lui-même)