Le Forum de l'Alliance Francophone

Boinc et les projets distribués => Biologie => Discussion démarrée par: [AF] fansyl le 26 mars 2016 à 12:54

Titre: [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 26 mars 2016 à 12:54
(http://www.worldcommunitygrid.org/images/slideshowImages/large/hst1Big.png)

On ne peux que se réjouir de voir un projet BOINC sur cette terrible maladie. L'équipe de recherche est basée à l'Université de Nottingham.

Lien du projet sur le site de WCG: http://www.worldcommunitygrid.org/research/hst1/overview.do

Résumé du projet, merci aux traducteurs !
Citer
Introduction
La tuberculose (TB) est une des maladies les plus dangereuses au monde, elle a tourmenté les humains depuis des milliers d'années. Environ un tiers de la population mondiale est actuellement infecté, avec 1,5 millions de personnes qui en sont mortes en 2014, l'Organisation mondiale de la santé classe désormais la tuberculose aux côtés du VIH comme une des maladies infectieuses les plus mortelles dans le monde. Grâce à l'aide du projet "Halte à la tuberculose", les chercheurs utilisent le World Community Grid pour aider à combattre cette maladie mortelle.

Contexte
Mycobacterium tuberculosis est un tueur lent, restant souvent en sommeil pendant de longues périodes de temps avant de saisir l'occasion de se transformer en tuberculose active. Une mauvaise nutrition, la vieillesse ou un système immunitaire affaibli peuvent tous précipiter l'apparition d'une tuberculose active. C'est une maladie aéroportée, la propagation d'une personne à une autre se fait le plus souvent par l'intermédiaire d'une gouttelette de toux entrant dans les poumons de quelqu'un. Les symptômes peuvent commencer par de la toux, une perte de poids et de la fièvre, se développant en une difficulté à respirer et des crachats de sang, et cela peut se propager à d'autres organes.

Problème
Bien qu'un vaccin et plusieurs médicaments aient été développés pour lutter contre la tuberculose, la bactérie de la tuberculose a développé une résistance aux traitements disponibles. Le traitement médicamenteux peut durer jusqu'à deux ans, mais lorsque les patients le suspendent ou l'interrompent les bactéries peuvent développer une résistance. Ceci, ainsi que la disponibilité difficile des médicaments, et un risque accru d'infection pour les patients atteints du VIH dont le système immunitaire est affaibli, ont tous contribué à une résurgence de la maladie. Près de la moitié des cas européens sont maintenant résistants à au moins un médicament, et 4% de tous les cas dans le monde entier sont résistants à une combinaison de médicaments.

Solution proposée
La bactérie a une couche inhabituelle qui la protège de nombreux médicaments et aussi contre le système immunitaire du patient. Parmi les lipides, glucides et protéines de cette couche, la bactérie de la tuberculose contient un type de molécules lipidiques appelées acides mycoliques. "Halte à TB" utilisera l'énorme quantité de puissance de calcul offerte par les membres du World Community Grid pour simuler le comportement de ces molécules dans leurs nombreuses configurations pour mieux comprendre comment elles peuvent offrir une protection aux bactéries de la tuberculose. Les scientifiques espèrent utiliser les informations obtenues pour finalement développer de meilleurs traitements pour cette maladie mortelle.

Les badges sont les suivants:
(https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_ffffff.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_0.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_1.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_2.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_3.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_4.jpg)
(https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_5.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_6.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_7.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_8.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_9.jpg) (https://secure.worldcommunitygrid.org/images/pb/hst1_10.jpg)

Je vais faire des tests mais lors des UTs Beta, le temps de calcul sur des CPU dépourvu des instructions AVX était horriblement long -> à confirmer !
Pas de soucis particulier sur les CPU dépourvus d'instructions AVX.

L'écran de veille est le suivant:
(http://img15.hostingpics.net/pics/928942HSTB.jpg) (http://www.hostingpics.net/viewer.php?id=928942HSTB.jpg)

Bon crunch et bonne chasse à tous !
:hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 01 avril 2016 à 08:42
Je ne sais pas, je suis sur le RAID  :D

Souvent les chasseurs de badges forcent les interrogations de serveur pour récupérer le peu d'UTs qui trainent... De plus, j'ai l'impression que les techs font une montée progressive de génération d'UTs, sans doute pour vérifier que tout se passe bien, c'est intelligent, même après une phase beta, ça évite un lot de milliers d'UTs qui partent en vrille...

Patience donc..

 :hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: PhilTheNet le 01 avril 2016 à 08:57
J'en ai reçu une dizaine depuis la mise en route du projet mais depuis 2 3 jours plus rien

 :kookoo:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: JeromeC le 02 avril 2016 à 21:14
C'est nous, on a demandé à WCG de te couper l'approvisionnement durant le raid :p
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 14 avril 2016 à 09:26
J'ai réussi à choper des UTs: calcul effectué en 14h sur mon i7-3770T.
Je vais voir sur mon Q9550 si le temps est proportionnel ou si l'application utilise les instructions AVX.
 :hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 15 avril 2016 à 09:51
Temps de calcul cohérent sur mon Q9550 par rapport à mes i7 donc l'application n'utilise pas les instructions AVX.

Toujours très peu d'UTs distribuées.

:hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 22 avril 2016 à 18:49
Je viens de toucher des UTs beaucoup plus courtes: ~2h contre ~14h sur mes i7, et j'ai l'impression qu'il y a un peu + d'UTs dispo.
 :hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 21 mai 2016 à 17:27
Édit du 1er post pour rajouter l'écran de veille.
Les UT font entre 12 et 24h sur mes i7 HT ou sur un Q9550.

La disponibilité devrait s'améliorer vu qu'il y a un autre projet récent sur WCG (Zika).

 :hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF>Amis des Lapins]sybillis le 01 juillet 2016 à 13:27
Mouais, j'ai le même problème, les UT arrivent au compte goutte sur cette appli.  :(

Par contre Openzika ca marche a fond ! :bimo:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 23 juillet 2016 à 18:33
Des nouvelles du projet grâce à nos traducteurs:

Citer
Le 21 juil. 2016
Les chercheurs de Help Stop TB (Aidons à stopper la Tuberculose) commencent les premières étapes d'analyse des données

Récapitulatif
Dans la première mise à jour du projet Help Stop TB, la chercheuse Athina Meletiou donne un aperçu de l'importance du projet et de ce que l'équipe fait avec les premières données.

(http://www.worldcommunitygrid.org/lt/images/news/2016/athina-conference.jpg)
Ci-dessus, la chercheuse de Help Stop TB Athina Meletiou lors de la présentation du projet à l’occasion d'une conférence au printemps 2016.

Help Stop TB a été lancé il y a environ quatre mois et l'équipe de chercheurs a commencé les premières étapes d'analyse des données. Nous avons demandé à la chercheuse Athina Meletiou de nous donner un aperçu du projet et une première mise à jour. Nous lui avons également demandé de nous dire comment elle est venue au projet Help Stop TB.

Dans la présentation ci-dessous, Athina parle des objectifs et de l'importance de Help Stop TB; elle nous donne un aperçu des coulisses et de ce qu'il faut pour préparer le lancement d'un projet World Community Grid.

Titre: Re : Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: bill1170 le 13 novembre 2016 à 13:20
Mouais, j'ai le même problème, les UT arrivent au compte goutte sur cette appli.  :(
:/ Ca ne s'est pas amélioré. A peine une goutte par jour, malgré une demande de cache importante. Je peine pour grimper à 10.000H.
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: Maeda le 13 novembre 2016 à 20:18
Pareil, je n'ai pas encore le badge bronze, dur dur...
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 21 mars 2017 à 16:44
Pour ceux qui vulent cruncher sur ce projet et qui ont du mal à récupérer des UTs (il y en a, vu sous WUProp) il y a un thread sur WCG: https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,39670
 :hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 18 août 2017 à 15:38
Des nouvelles du projet: https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=535

La traduction arrive sous peu !

 :hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 12 juin 2018 à 08:41
Pour ceux que ça intéresse, il y a une profusion de tâches HSTB depuis hier !

Je viens de voir que je n'ai pas fait la dernière traduction, je m'y colle cette semaine.

 :hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: Oncle Bob le 12 juin 2018 à 08:56
TY, je vais essayer d'en chopper quelques unes :miam:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: modesti le 12 juin 2018 à 10:43
idem :jap:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: Oncle Bob le 13 juin 2018 à 00:11
Bon au final j'en ai choppé 4 jours, ce qui devrait pile poil me filer le badge en or :miam:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: GuL le 13 juin 2018 à 07:48
Pour ceux qui cherchent à avoir un badge TB et qui n'arrivent pas à avoir de tâches, la solution est de ne sélectionner que ce sous-projet dans les préférences et de faire une demande forcée régulière. La règle est la suivante : un clic, un Ricard. Faut pas trop se fatiguer non plus  :gniak:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: MortelKni le 13 juin 2018 à 14:38
Même avec cette technique là ça arrive au compte goutte, mais ça arrive !
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: JeromeC le 13 juin 2018 à 23:00
Si le compte goutte contient le Ricard, c'est bon. S'il contient l'eau, c'est plus embêtant...
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: GuL le 13 juin 2018 à 23:07
Chez moi, le compte gouttes a du goût. Grâce à ça, j'ai pu valider le badge bronze, l'argent et bientôt l'or.
Titre: Re : Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: MortelKni le 13 juin 2018 à 23:08
Si le compte goutte contient le Ricard, c'est bon. S'il contient l'eau, c'est plus embêtant...

Au contraire ! Le but de l'eau dans le ricard est juste de le troubler légèrement  :D
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: JeromeC le 13 juin 2018 à 23:14
Ahhhh pour pouvoir se cacher derrière son verre ! Je vois :D  :cetaboir:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: Oncle Bob le 13 juin 2018 à 23:22
J4ai confondu Help Stop TB avec OET :D
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: JeromeC le 13 juin 2018 à 23:41
OET ?
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: Oncle Bob le 14 juin 2018 à 01:13
Le truc sur Ebola.
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 18 janvier 2019 à 09:55
Après une pause, je reçois de nouveau des UTs, WUProp confirme la chose.

 :hello:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: foo_fight le 02 juin 2019 à 13:57
Salut à tous

Quelqu'un pourrait-il m'aider car je ne comprend pas comment faire fonctionner l'astuce de Sébastien -> https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,3711.msg460467.html#msg460467

Comment installer un 2ème client?
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: JeromeC le 03 juin 2019 à 11:58
Piste : https://boinc.berkeley.edu/forum_thread.php?id=10986&postid=69379

J'ai déjà vu un tuto plus détaillé... mais je sais plus où :)
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: foo_fight le 04 juin 2019 à 05:41
Ok je vais creuser ça, merci.  :jap:
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: [AF] fansyl le 04 juin 2019 à 08:01
Si tu as accès à la zone Pastis, il y a beaucoup plus simple ;)
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: JeromeC le 04 juin 2019 à 11:36
Ah oui c'est sûr...
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: foo_fight le 09 juin 2019 à 18:34
Hello

J'ai suivi les étapes de ce tuto mais aucune 2ème instance de BOINC ne se lance -> https://forum.boinc-af.org/index.php?topic=7834.0

Edit : lorsque j'utilise l'exe de Sébastien et que je configure tout ca me met "Reporté : Waiting to acquire lock" sur les tâches de mon client principal.
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: JeromeC le 09 juin 2019 à 20:41
... donc tu n'as pas accès à la zone pastis ?
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: foo_fight le 09 juin 2019 à 20:57
Non mais est-ce indispensable?
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: Sébastien le 09 juin 2019 à 21:06
Edit : lorsque j'utilise l'exe de Sébastien et que je configure tout ca me met "Reporté : Waiting to acquire lock" sur les tâches de mon client principal.
Essayes de couper BOINC avant de lancer l'exe.
Titre: Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: JeromeC le 10 juin 2019 à 15:37
Non mais est-ce indispensable?
Non pas indispensable mais il y existe une solution très simple avec le même résultat, d'où la suggestion.

Sinon la solution que tu tentes est beaucoup plus complexe et je ne pourrai t'aider, j'avais à l'époque simplement pompé et traduit un tuto sans l'avoir jamais mis en oeuvre moi même, sorry. Mais c'est bien de l'avoir retrouvé :)

Essaye de suivre les conseils avisés de Seb qui a posté hier soir, bon courage !
Titre: Re : Re : [WCG] Help Stop Tuberculosis
Posté par: foo_fight le 10 juin 2019 à 23:44
Essayes de couper BOINC avant de lancer l'exe.
J'ai testé ça. Lorsque je clic sur lancer le client principal ça semble mouliner un peu puis j'ai accès au bouton parcourir pour définir le chemin des données du client 2.

Mais au final aucun client ne se lance.

J'ai du louper quelque chose dans le tuto de JéromeC.

Merci de votre aide en tout cas.

Edit : et sinon que faut'il faire pour annuler les changements effectués par le .exe?