Le Forum de l'Alliance Francophone

Boinc et les projets distribués => Biologie => Discussion démarrée par: Zarck le 21 décembre 2013 à 00:51

Titre: TN-Grid Test Platform
Posté par: Zarck le 21 décembre 2013 à 00:51
Infos utiles.
Projet actuellement hébergé par l'université de trente http://www.unitn.it/ (http://www.unitn.it/)


Status. En phase de test et non ouvert au public pour le moment
URL du projet : http://gene.disi.unitn.it/test/ (http://gene.disi.unitn.it/test/)
Applications disponibles : http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php (http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php)
État du serveur : http://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php (http://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php)
L'alliance francophone : http://gene.disi.unitn.it/test/team_display.php?teamid=6
Temps de calcul et points de sauvegarde : http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=TN-Grid+Test+Platform&application=Gene+Network+Application (http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=TN-Grid+Test+Platform&application=Gene+Network+Application)
Classement mondial de L'AF : Pas de données.

Informations complémentaires (par fzs600, Maugou et Ouser) 17.12.2015

Projet: Les flavonoïdes (https://fr.wikipedia.org/wiki/Flavono%C3%AFde) du raisin

La vigne (les espèces de vigne) est l'une des cultures fruitières les plus importantes en termes de superficie cultivée et d'impact économique, mais aussi pour son importante utilisation de pesticides. Malgré cette importance, on en sait peu sur les circuits de régulation moléculaire sous-jacents de la physiologie de cette espèce.

De toute évidence, une meilleure connaissance de la biologie de la vigne aurait un effet positif sur les pratiques de gestion et de vinification afin d'aboutir finalement à une viticulture durable.
La viticulture "verte", qui est une culture de la vigne plus durable répondant aux besoins du présent sans compromettre les moyens de subsistance et les besoins des générations futures, est une demande de plus en plus importante de la société. Et cela est vrai pour la province du Trentin (Italie), où les vignes sont souvent situées à proximité des villages.

Aujourd'hui, nous avons la chance de disséquer les circuits de régulation moléculaire de la vigne à un rythme sans précédent, grâce aux connaissances accumulées durant les 10 dernières années. Depuis la découverte de la séquence du génome de la vigne en 2007 (Jaillon et al. Nature, Velasco et al. PlosOne) la classification d'environ 30.000 gènes qu'il contient ont été mesurés dans des dizaines d'expériences contrôlées et sont accessibles au public (http://vitis.colombos.fmach.it/).

Dans la vigne, les flavonoïdes constituent l'un des sous-groupes les plus abondants de métabolites secondaires du fruit, qui influent sur la qualité, les bienfaits pour la santé (antioxydants) et la typicité des vins. Leurs liens avec de nombreuses espèces végétales sont principalement régulés par des facteurs de transcription qui modulent l'expression des chemins génétiques. Dans ce projet spécifique TN-Grid, notre objectif est d'acquérir de nouvelles connaissances au sujet du séquençage des flavonoïdes , de trouver de nouveaux gènes qui en font partie ou qui ont un effet régulateur sur celle-ci. Ces nouvelles données permettront d'aider sur le long terme, à faire croître des raisins de meilleure qualité pour une viticulture durable.

NDT: chemin génétique, aussi appelé voie génétique, est une voie métabolique (https://fr.wikipedia.org/wiki/Voie_m%C3%A9tabolique) (également appelée voie de biosynthèse) d'un ou plusieurs gènes. En résumé, une série d'étapes consécutives de transformation dans l'organisme liées à ce(s) gène(s).
Pour les nerds, c'est la description pas à pas du programme de réactions biochimiques introduites par un/des gène(s); "qui modulent l'expression des chemins génétiques" peut se comprendre comme "qui changent les paramètres du programme biochimique introduit par un/des gène(s)".
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 21 décembre 2013 à 08:23
 :hello:

Pas sur que cela  soit un projet BOINC. 
http://www.tngrid.tn/index/ (http://www.tngrid.tn/index/)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: kasur le 21 décembre 2013 à 13:57
Comme mon VDD, peut etre un portage sur Boinc.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 21 décembre 2013 à 14:44
wait and see...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 21 décembre 2013 à 15:38
Hello,

En grattant, j'ai trouvé ceci :

http://www.tngrid.tn/index.php/index/overview

Pas vraiment un projet BOINC, et euh pas réussi à m'inscrire donc je ne cherche pas plus loin ;)

 :coffeetime:


Euh ............ je dois avoir des problèmes de vue ...

:hello:

Pas sur que cela  soit un projet BOINC. 
http://www.tngrid.tn/index/ (http://www.tngrid.tn/index/)

@fzs600  :dsl:  Toutes mes excuses, je n'avais pas fait attention ... tu avais déjà trouvé ce site :siflotte:

Vais aller me reposer  :aulit:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 26 mars 2014 à 18:23
ouser  :hello:

Merci pour la mise a jour.

 :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: kasur le 26 mars 2014 à 18:52
 :cry:

Citer
We would also like to thank the members of the BOINC.Italy community who are helping us in this testing phase.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 27 mars 2014 à 08:49
Nouveau projet Bio  :love: :love:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 27 mars 2014 à 11:47
Il faut un code d'invitation  :(
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: kasur le 18 avril 2014 à 02:24
News sur le site: le projet poste une présentation en pdf, en anglais mais non technique
http://gene.disi.unitn.it/test/documents/gene@home.ICT.Days.2014.pdf (http://gene.disi.unitn.it/test/documents/gene@home.ICT.Days.2014.pdf)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 28 avril 2014 à 17:54
Intéressante présentation.

Sur le "quoi" du projet :

Citer
We compare the expression levels of two different genes.
Relations between genes become correlations when their expression levels have a similar trend.
Citer
Nous comparons les niveaux d'expression de deux gènes différents.
Les relations entre les gènes deviennent des corrélations lorsque leurs niveaux d'expression ont une tendance similaire.

Sur le "comment" :
Citer
We use PC-algorithm to find causal relationships among genes, exploiting their expression levels in different samples.
Correlations between genes are computed using Peason coefficient.
Citer
Nous utilisons l'algorithme PC pour trouver des relations de cause à effet entre les gènes, en exploitant leurs "niveaux d'expression" dans différents échantillons.
Les corrélations entre les gènes sont calculées en utilisant le coefficient Peason ["PC"].

Citer
Run PC-algorithm on the whole genome is not convenient. So we use PC-IM to iteratively run PC-algorithm on genome portions.
We implemented an efficient version of the PC-algorithm, named PC++
Citer
Exécutez l'algorithme PC sur l'ensemble du génome n'est pas commode. Donc nous utilisons PC-IM pour exécuter de manière itérative l'algorithme sur des parties du génome.
Nous avons implémenté une version efficace de l'algorithme PC, nommé PC++

Sur le "pourquoi boinc" :

Citer
Genoms and gene networks are huge. We want expand many gene networks of several organisms.
This work is hard and computationally heavy.
Citer
Les génomes et les réseaux de gènes sont énormes. Nous voulons développer de nombreux réseaux de gènes de plusieurs organismes.
Ce travail est difficile et requiert de très lourds calculs.

Citer
By joining Gene@home project, a BOINC user can help the improvement of:
  • health
  • agriculture
  • biotechnologies
... just making available their personal computers for computation

Citer
En rejoignant le projet Gene@home, un utilisateur BOINC peut aider à l'amélioration de:
  • la santé
  • l'agriculture
  • les biotechnologies
... juste en mettant à disposition leurs ordinateurs personnels pour le calcul
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 28 avril 2014 à 19:09
ouaip à suivre
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 08 mai 2014 à 19:24
 :hello:

Réglage des paramètres, la phase 1 est terminée! → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=85&postid=404#404 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=85&postid=404#404)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: LOCTET SetiOne le 15 mai 2014 à 22:47
J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider  :??:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 15 mai 2014 à 22:56
Personne à un code d'invitation ?
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Prof le 15 mai 2014 à 23:48
J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider  :??:

 :kookoo:
Tu as des stats ds statsbzh et dans boincstats aussi mais apparemment Seb n'as pas encore inclus ce projet ou alors, comme l'a dit fzs600, peut-être faut-il attendre que le projet soit rendu public avant de l'inclure!?
Je ne connais pas les règles dans ce cas de figure!
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 16 mai 2014 à 00:22
En tous cas sur Mac ça marche bien :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: LOCTET SetiOne le 16 mai 2014 à 08:53
@Prof oui j'ai vu merci, exact Seb a déjà de quoi faire
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 17 mai 2014 à 21:04
On va voir ce que ça donne sur le vieux laptop : première estimation, 3H pour la WU ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 17 mai 2014 à 21:51
Vous avez fait comment pour vous inscrirent ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: lionelc le 18 mai 2014 à 00:55
bonsoir
il faut écrire et demander un code d'invitation à http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php

lionel
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: lionelc le 18 mai 2014 à 10:02
non pas de graphiques ou de photos.
seulement du calcul qui va plutôt vite (30 minutes pour les dernières UT)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 18 mai 2014 à 12:39
bonsoir
il faut écrire et demander un code d'invitation à http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php (http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php)

lionel

merci
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 18 mai 2014 à 20:47
Ca a bien pris environ 3H sur le vieux P4-m 1.4 GHz ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 07 juin 2014 à 17:48
Oulà la nouvelles WUs : annoncées pour 250H environ avec une deadline au 11 ... ça risque de pas passer :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 12 juin 2014 à 13:53
Sur les 5 UTs (Gene Network Application v0.09) que j'ai eu (sur mon Mac) depuis le 06/06 elles ont duré entre 3h45 (réel CPU 2,3) et 30h (réel CPU 21h). C'est pas mal plus que celles d'avant, boinc doit avoir un petit temps d'adaptation à la nouvelle donne je pense.

Citer
gene@home: Leave one out phase
Dear all,
we started a new phase for leave-one-out processing. Our goal is to evaluate the recall of our algorithm w.r.t. different parameters. We removed from the starting local gene network one gene at time in order to see if we are able to find it.

Have a nice crunching, and thanks to all! :) 5 Jun 2014, 16:32:59 UTC · Commentaire
Citer
gene@home: phase "Laissez-en un"

Bonjour à tous,

Nous avons commencé une nouvelle phase pour du traitement "Laissez-en un". Notre objectif est d'évaluer l'impact de différents paramètres sur notre algorithme. Nous avons retiré du "réseau local de gènes naissant" un gène à la fois afin de voir si nous sommes capables de le trouver.

[j'avoue humblement ne pas tout comprendre :D]

Bon crunch et merci à tous! :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 14 juin 2014 à 08:47
Citer
Hello Philippe,
thanks for your interest in our project.
The invitation code is _______________ (;))
Please do not post it on a public site, but you are free to send it privately to anyone of your team that is interested. The reason for using invitation codes is that our server is, by now, just a virtual machine with limited resources, we cannot afford by now to have thousands of users.
Best Regards,
Paolo

--
Best Regards,

Gene@Home Team

Facebook: https://www.facebook.com/gene.at.home.tn
Twitter: https://twitter.com/gene_at_home
Flickr: http://www.flickr.com/photos/107024422@N04/

Hello !  :hello:

Puisqu'ils demandent de ne pas publier le code en public, mais qu'ils autorisent sa transmission à d'autres crunchers de l'équipe, je peux vous l'envoyer par MP sur simple demande ;)
Leur serveur n'est pas encore assez puissant pour autoriser l'accès à des milliers de crunchers, car il s'agit d'une simple VM.
 :jap: :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 26 juin 2014 à 09:54
Citer
We are waiting for all the recently distributed workunits to come back (just one missing by now) before taking some time to analyze the results and planning new work distribution. We are still in the validation/testing phase of the algorithm we developed, we have obviously to check it thoroughly before going into the production phase. In the meantime we are writing a scientific paper describing it and this also take some time. However, expect some more news at the beginning of the next week. Thanks all again for your help.

Citer
Merci à Modesti pour la traduction et la relecture... :love:

Nous attendons que toutes les unités de travail récemment distribuées reviennent (il n'en manque plus qu'une) avant de prendre le temps pour analyser les résultats et planifier la distribution de nouvelles tâches.

Nous sommes toujours dans la phase de validation / de test de l'algorithme que nous avons développé, nous devons visiblement le vérifier soigneusement avant d'entrer dans la phase de production. En attendant, nous rédigeons un article scientifique le décrivant et cela prend également un certain temps. Toutefois, attendez davantage de nouvelles au début de la semaine prochaine.

Merci encore à tous pour votre aide.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 26 juin 2014 à 11:17
Après relecture humaine:

Nous attendons que toutes les unités de travail récemment distribuées reviennent (il n'en manque plus qu'une) avant de prendre le temps pour analyser les résultats et planifier la distribution de nouvelles tâches. Nous sommes toujours dans la phase de validation / de test de l'algorithme que nous avons développé, nous devons visiblement le vérifier soigneusement avant d'entrer dans la phase de production. En attendant, nous rédigeons un article scientifique le décrivant et cela prend également un certain temps. Toutefois, attendez davantage de nouvelles au début de la semaine prochaine. Merci encore à tous pour votre aide.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 29 juin 2014 à 12:48
Ma grosse WU qui a duré plus de 200H a rien rapporté, hors deadline et pas annulée par le serveur automatiquement :(
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 02 juillet 2014 à 20:40
 :hello:

Des nouvelles → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=94&postid=429#429 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=94&postid=429#429)

 :jap:
Titre: TN-Grid Test Platform - Projet suspendue
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 12 août 2014 à 00:39
Projet suspendue jusqu'à mi-septembre : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=95
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 30 octobre 2014 à 06:48
 :hyperbon: :hyperbon:

Citer
30 Oct 2014, 1:27:25 UTC    30 Oct 2014, 5:45:00 UTC    Terminé et validé    1,891.91    1,832.79    13.32    Gene Network Application v0.09
30 Oct 2014, 1:27:25 UTC    30 Oct 2014, 5:45:00 UTC    Terminé et validé    1,917.81    1,867.87    13.22    Gene Network Application v0.09
    30 Oct 2014, 1:27:25 UTC    30 Oct 2014, 5:45:00 UTC    Terminé et validé    1,941.09    1,877.79    13.35    Gene Network Application v0.09
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 30 octobre 2014 à 23:09
Vi j'en ai eu 26 qui ont toutes fonctionné.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 30 octobre 2014 à 23:39
Il faut toujours demander un code d'activation?
J'ai essayé de rejoindre ce projet, mais, a priori, ils n’acceptent plus de nouveau compte... 
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 31 octobre 2014 à 06:40
Il faut toujours demander un code d'activation?
J'ai essayé de rejoindre ce projet, mais, a priori, ils n’acceptent plus de nouveau compte...

 :hello:

Si tu leur écris pour leur demander un code d'invitation, ils devraient te l'envoyer ;)

 :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 31 octobre 2014 à 08:37
Il faut toujours demander un code d'activation?
J'ai essayé de rejoindre ce projet, mais, a priori, ils n’acceptent plus de nouveau compte... 

"Vous avez un nouveau message" :siflotte:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 31 octobre 2014 à 18:04
VU !!!
Merci pour l'info, en plus ça marche encore...
Je suis donc sur ce projet depuis, euhhh ... 5 min...  :siflotte:

Vielen Dank, Frau modesti  :smak:

PS: j'aime bien ton nouvel avatar...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 31 octobre 2014 à 18:56
:jap:

Avatar temporaire pour Halloween (je sais, on n'est pas vendredi 13, mais il suffit d'inverser les chiffres :D). Pour Noël c'en sera encore un autre ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 31 octobre 2014 à 19:36
J'ai deux WUs en cours depuis hier ... j'espère qu'elles seront pas excessivement longues comme c'est déjà arrivé une fois sur ce projet ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 02 novembre 2014 à 22:21
J'en ai eu un paquet récemment, elles ont mis entre 45mn et 9h sur mon Mac i7 selon les modèles...
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 03 novembre 2014 à 07:09
elles ont mis entre 45mn et 9h selon les modèles...
Spafo.
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 03 novembre 2014 à 09:14
VU !!!
Merci pour l'info, en plus ça marche encore...
Je suis donc sur ce projet depuis, euhhh ... 5 min...  :siflotte:

Cruncher c'est bien mais pour l'AF c'est mieux ;)
http://gene.disi.unitn.it/test/show_user.php?userid=174 (http://gene.disi.unitn.it/test/show_user.php?userid=174)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 03 novembre 2014 à 23:13
cottesloe ! bonnet d'âne !!! :gun:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 04 novembre 2014 à 07:32
Ah, c'est pour ça que je ne vois pas mes points dans les stats...
T'as raison...  :ane:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: nabz le 04 novembre 2014 à 10:13
J'imagine ton avatar avec du goudron et des plumes !  :siflotte:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 04 novembre 2014 à 20:24
On s'en fout tant que ça calcule.

Bon par contre, ils sont pas très généreux sur les points ... :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Xe120 le 04 novembre 2014 à 23:03
On s'en fout tant que c'est utile pour la science.  :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 05 novembre 2014 à 09:38
Il ne faut pas oublier que l'affichage graphique consomme des ressources ;) mais comme tu dis, Zarck, chacun fait comme il veut :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 05 novembre 2014 à 22:52
On s'en fout tant que c'est utile pour la science.  :D
:lol:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 12 novembre 2014 à 21:00
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=99&postid=451#451 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=99&postid=451#451)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Antares le 20 novembre 2014 à 23:04
Projet down...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 21 novembre 2014 à 09:33
De retour avec des WU. Par contre pas cool pour eux d'avoir perdu des données.

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 21 novembre 2014 à 11:56
De retour avec des WU. Par contre pas cool pour eux d'avoir perdu des données.

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101)

Merci pour l'info  :jap:
On va leur donner un petit coup de main pour récupérer tout ça plus vite ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 25 novembre 2014 à 10:46
Merci Phil1966 pour le coup de main ^_^

Ils ont redistribué l'ensemble des WU perdues et presque toutes recalculées ;)
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101&postid=460#460 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101&postid=460#460)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 25 novembre 2014 à 12:51
 :jap:

Merci à toi d'avoir attiré notre attention sur le problème  :hello:

Suis pas resté aussi longtemps que j'aurais voulu, FB "oblige" ;)

 :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 27 novembre 2014 à 23:33
J'ai des WUs en continue en ce moment :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 04 décembre 2014 à 13:41
Depuis ce matin, j'ai des soucis de téléchargement de WU sur mes machines Windows du boulot.

04/12/2014 11:12:11   TN-Grid Test Platform   Started download of ec_v2_mgn.csv
04/12/2014 11:12:12   TN-Grid Test Platform   Temporarily failed download of ec_v2_mgn.csv: HTTP error

Quelqu'un a aussi le problème ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: al@ON le 04 décembre 2014 à 14:01
 :kookoo: Lic... aucun blème pour moi (Gene Network Application 0.09).
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Antares le 04 décembre 2014 à 14:58
Moi aussi, ce doit être un souci sur un DSLAN...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 05 décembre 2014 à 11:47
Avec l'aide de l'admin du projet, j'ai trouvé mon problème.
C'est le proxy du boulot qui bloque le transfert de fichier de taille supérieure à 100Mo.
Utilisant BoincPortable (et donc une version 6.10.60 de Boinc) le transfert de ce fichier ne peut pas se faire en version compressée.
L'admin m'a permis d'avoir accès directement au fichier compressé que j'ai pu déposé décompressé dans le répertoire du projet.
C'est vraiment appréciable d'avoir un admin aussi réactif et capable d'aider rapidement les crunchers  :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 05 décembre 2014 à 19:14
Et surtout un admin qui soit d'accord pour que tu crunches sur l'ordi du boulot !!! Moi j'ose même pas en parler...

(= je le fais sans le dire :siflotte:)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 09 décembre 2014 à 21:35
 :hello:

Des nouvelles → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=103&postid=468#468 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=103&postid=468#468)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 07 mars 2015 à 15:22
gene@home: status →  http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=108&postid=492#492 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=108&postid=492#492)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 07 mars 2015 à 20:04
Nous avons presque terminé avec notre lot en cours (extension locale E. Coli).

Nous allons d'abord analyser les résultats (ce qui prendra un certain temps), alors nous serons en mesure de choisir le meilleur, plus petit ensemble de paramètres de l'algorithme et l'utiliser nous prévoyons de l''étendre en optimisant ainsi le calcul.

En attendant, nous allons commencer une autre expérience sur Arabidopsis thaliana, mais avant de commencer, nous devons attendre jusqu'à ce que tous les travaux sur E. coli a été généré.

Ce sera fait manuellement, espérons-le, lundi prochain.

Pour cette raison, il pourrait y avoir une pénurie de unités ce week-end.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 10 juin 2015 à 19:33
 :hello:

gene@home: Scientific Results (June 2015) : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=113&postid=506#506 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=113&postid=506#506)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 11 juin 2015 à 09:11
:jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: ousermaatre le 17 décembre 2015 à 18:30
mise à jour du premier post, merci fzs600 pour l'article posté en traduction.  :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 17 août 2016 à 23:44
Hello !

Et si nous crunchions un peu sur ce projet BIO ?

Ils ont besoin de puissance, mais n'ont pas encore compris (ou ils ne veulent pas comprendre ? ou leur serveur est trop "petit", ... ;) )
qu'il fallait retirer le code d'invitation et créer des badges pour attirer les "cruncheurs et/ou chasseurs de badges" ;)

(D'après le post ci-dessous, le projet actuel leur prendra environ 5 ans, et ils en ont d'autres ...  :sinon:)

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=119&postid=555#555

S'il n'a pas changé, le code d'invitation est : gene@tn

Je crois qu'il faut passer par leur site pour créer son compte avant de s'attacher. Via BM, il y a un message disant qu'ils n'acceptent plus les nouveaux crunchers.

Bon Crunch !!!

 :hello: :jap: :kookoo:

EDIT : Le + important : qu'en pensez-vous ?

 :jap: :hello: :jap:
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 18 août 2016 à 06:26
Hello !

Et si nous crunchions un peu sur ce projet BIO ?

Ils ont besoin de puissance, mais n'ont pas encore compris (ou ils ne veulent pas comprendre ? ou leur serveur est trop "petit", ... ;) )
qu'il fallait retirer le code d'invitation et créer des badges pour attirer les "cruncheurs et/ou chasseurs de badges" ;)

(D'après le post ci-dessous, le projet actuel leur prendra environ 5 ans, et ils en ont d'autres ...  :sinon:)

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=119&postid=555#555

S'il n'a pas changé, le code d'invitation est : gene@tn

Je crois qu'il faut passer par leur site pour créer son compte avant de s'attacher. Via BM, il y a un message disant qu'ils n'acceptent plus les nouveaux crunchers.

Bon Crunch !!!

 :hello: :jap: :kookoo:
Chef oui chef.  :chefouichef:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 18 août 2016 à 07:51
 :hello:

Euh désolé si mon ton n'était pas correct, trop "directif".
C'est juste une idée comme ça, à discuter.

En attendant ben je vais sagement Yoyoter un peu.

Merci !

 :jap: :jap: :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 19 août 2016 à 14:32
J'ai toujours un peu de puissance sur ce projet ... mais c'est un peu monotone, les WUs font toujours la même taille ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 11 octobre 2016 à 12:38
 :hello:

tn-grid: Public invitation code : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570)

Le nouveau code d'invitation est aussi disponible sur la page d'accueil du projet : science@tn
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: titidestroy le 11 octobre 2016 à 13:08
:hello:

tn-grid: Public invitation code : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570)

Le nouveau code d'invitation est aussi disponible sur la page d'accueil du projet : science@tn

Ah j'attendais  :love:

Projet rajouté  :sun:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jakez Sulli le 29 novembre 2016 à 20:14
 :hello: "Chasseurs de badges" une nouveauté concernant le projet TN-Grid http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 29 novembre 2016 à 20:30
:hello: "Chasseurs de badges" une nouveauté concernant le projet TN-Grid http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608)
Merci pour l'info.  :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 29 novembre 2016 à 21:35
Thks

 :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Prof le 29 novembre 2016 à 23:02
Allez hop...!!! Un peu de travail pour Seb!!!
 :siflotte: :desole:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 30 novembre 2016 à 05:26
Une bonne occasion pour ajouter ce projet à EQUIRAC et au FB en 2017 ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 02 décembre 2016 à 19:19
Citer
TN-Grid Platform: First international challenge on TN-Grid
The BOINC.Italy Team has opened the first international challenge on this project.

Title: "Despite my age I don't live in the past, but in the future" 4th Rita Levi-Montalcini memorial and 30 years from Nobel Prize.

Start 10 Dec 16.00 UTC - End 16 Dec 16.00 UTC

Check http://boincstats.com/en/stats/challenge/team/chat/831 for more info.

Vu ce soir sur le Boinc Manager.

En bref: BOINC.Italy organise un challenge sur TN-Grid en mémoire de Rita Levi-Montalcini (https://fr.wikipedia.org/wiki/Rita_Levi-Montalcini) (je crois que l'an dernier c'était sur Rosetta - à vérifier)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 02 décembre 2016 à 23:12
Ca permettrait de faire un peu plus connaitre ce projet :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jakez Sulli le 03 décembre 2016 à 06:53
 :kookoo: Avec les nouveaux badges, cela pourrait être intéressant  :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Scrat65 le 03 décembre 2016 à 17:49
J'en serai. Pour les badges et pour la vigne comme l'indique la présentation du premier message ; à moins que cela soit pour l'Arabidopsis Thaliana comme présenté sur la page d'accueil de leur site...
Bonsoir chez vous
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Ceclo le 03 décembre 2016 à 23:07
J'y participerai aussi!  :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 04 décembre 2016 à 06:14
AF est inscrite ?

 :??:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 04 décembre 2016 à 10:35
L'AF est inscrite d'office sur les challenges BoincStats ;) Et puis, il suffit de cliquer sur le nombre derrière "Number of teams participating" (ou "Nombre d'équipes participantes" en VF) pour s'en assurer :D
http://boincstats.com/fr/stats/challenge/team/chat/831
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 04 décembre 2016 à 10:57
Ok Thks

Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: bill1170 le 07 décembre 2016 à 18:50
Inscrit, je commence à faire des réserves.

Chers modos, ne faudrait-il pas déplacer les messages sur le challenge dans la section "fight", pour en augmenter le visibilité ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 09 décembre 2016 à 09:08
Done :D http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,5297.msg450966.html#msg450966
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 10 décembre 2016 à 08:11
Hé ho t'es pas modo toi :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 10 décembre 2016 à 12:14
:p
J'ai pas non plus déplacé les messages  :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 10 décembre 2016 à 18:36
Tous mes CPUs sont sur ce projet le temps du challenge :)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: al@ON le 11 décembre 2016 à 13:04
Tous mes CPUs sont sur ce projet le temps du challenge :)

Pas mieux!  :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 11 décembre 2016 à 17:47
Pareil.   :sun:
Il me reste encore un peu de cache WCG, mais après, c'est 100% TN-Grid...  :gniak:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 27 décembre 2016 à 19:46
Le projet n'exclut pas la création d'une appli GPU ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 27 décembre 2016 à 19:59
Thks pour l'info
Source ?

 :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 27 décembre 2016 à 22:26
Valterc il me semble, ou un autre admin du projet. J'ai lu ça quelque part sur leur forum.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 28 décembre 2016 à 06:13
oki thks
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 13 janvier 2017 à 08:18
Viens de découvrir que TN-Grid avait lancé une nouvelle appli pour SSE2. Elle divise le temps de calcul quasiment par 2 (les crédits/UT probablement aussi, mais bon)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 13 janvier 2017 à 08:59
Oui c'est évoquer ici : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135&postid=739#739 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135&postid=739#739)  :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 13 janvier 2017 à 09:16
Merci fzs600 :jap: Heureusement qu'il y a des membres comme toi pour faire le tour des fofos et se tenir au courant :jap:
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 13 janvier 2017 à 09:29
Merci fzs600 :jap: Heureusement qu'il y a des membres comme toi pour faire le tour des fofos et se tenir au courant :jap:
Arrête tu me fait rougir.  :o
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 13 janvier 2017 à 17:29
Et c'est même une application totalement nouvelle.  :kookoo:
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=144&postid=742#742 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=144&postid=742#742)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 14 janvier 2017 à 00:18
Et totalement pas disponible pour Mac...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 14 janvier 2017 à 19:20
C'est toujours compliqué de développer sur environnement Apple :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 15 janvier 2017 à 11:14
Il suffit d'avoir (accès à) un Mac, de savoir développer et d'avoir envie de le faire :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 15 janvier 2017 à 11:52
voilà une chose sympa: les sse2 qui mettent à peu près 2x moins de temps que les normales créditent autant :gniak:
http://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=2280&offset=0&show_names=0&state=4&appid=
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] Dudumomo le 15 janvier 2017 à 12:42
C'est en effet pareil chez moi  :D

Ca va faire un sacré boost  :pt1cable:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 15 janvier 2017 à 13:40
see2 oui pas mal.  :siflotte:
http://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=125&offset=0&show_names=0&state=4&appid= (http://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=125&offset=0&show_names=0&state=4&appid=)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 15 janvier 2017 à 14:36
Faut attendre que le CreditNew s'adapte et refasse de la merde et que ça produise à nouveau que dalle :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 15 janvier 2017 à 22:28
Je veux bien une traduction :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 02 février 2017 à 19:41
Quelqu'un arrive à avoir des UTs en AVX ? Qui doivent être + rapide que celles en SSE2 non ?
 :hello:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 02 février 2017 à 19:50
Non
 :D
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 02 février 2017 à 19:56
Quelqu'un arrive à avoir des UTs en AVX ? Qui doivent être + rapide que celles en SSE2 non ?
 :hello:
Plus rapide ?

Pas vraiment : http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,7419.msg452920.html#msg452920 (http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,7419.msg452920.html#msg452920)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Xe120 le 02 février 2017 à 20:58
J'ai l'impression que les UTs avx, sse2, fma dépendent des batchs lancés.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] Dudumomo le 03 février 2017 à 02:52
Pareil, j'ai pas trouvé de differences significatives avec mes machines... :coffeetime:
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 03 février 2017 à 05:25
Quelqu'un arrive à avoir des UTs en AVX ? Qui doivent être + rapide que celles en SSE2 non ?
 :hello:
Hello,
Les SSE2 sont les plus performantes ;)
J'ai testé les 3 sur mes machines.
Mais si tu veux essayer manuellement, tu peux choisir de recevoir des SSE2, AVX ou FMA.

Tout est ici :

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135&postid=689#689

https://bitbucket.org/sirzooro/pc-boinc/downloads

Have Fun et Bon Crunch

 :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 21 février 2017 à 20:30
Philippe1966;
Si je comprend bien ; en téléchargeant""TN-Grid.android-arch64-v1.1.zip" et que je l'installe; je peux faire calculer TN-Grid sur ma tablette?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 24 février 2017 à 21:15
Hello naz
Pour être honnête, je n'en sais vraiment rien ...
Les seules applications qui me sont familières sont pour pc ...
La liste des applis t'en diras peut-être plus ?
http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php
Sorry  :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 24 février 2017 à 22:19
Il semblerait qu'on calcule les WUs plus vite que leur système n'est capable d'en produire, ce qui explique les pénuries régulières :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 25 février 2017 à 00:14
demain je vais faire un test! je vous tien au courant!
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 21 mai 2017 à 15:20
Je cherche à ne recevoir que des UT en AVX, quelqu'un pourrait me donner le contenu du app_config.xml ?

 :hello:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 21 mai 2017 à 16:22
 :hello:

Faut créer un app_info.xml pour l'application qui t'intéresse sur base de ce que tu peux trouver ici : https://bitbucket.org/sirzooro/pc-boinc/downloads/

Perso l'ai viré sans en garder une copie.

ça donne à peu près ceci :

<app_info>

<app>
   
<name>gene_pcim</name>
   
<user_friendly_name>gene@home PC-IM (Opti v1.2)</user_friendly_name>
   
<non_cpu_intensive>0</non_cpu_intensive>
</app>
<file>
   
<name>pc.exe</name>
   
<executable/>
</file>
<app_version>
   
<app_name>gene_pcim</app_name>
   
<version_num>102</version_num>
   
<platform>windows_x86_64</platform>
   
<avg_ncpus>1.000000</avg_ncpus>
   
<max_ncpus>1.000000</max_ncpus>
   
<flops>2026746047.572941</flops>
   
<api_version>7.3.0</api_version>
   
<file_ref>
       
<file_name>pc.exe</file_name>
       

</file_ref>

</app_version>

</app_info>

ou plus simplement (à ajuster suivant la version utilisée)

<app_info>

<app>
   
<name>gene_pcim</name>
   
<user_friendly_name>gene@home PC-IM (Opti v1.2)</user_friendly_name>
   
<name>pc.exe</name>
   
<app_version>
   
<app_name>gene_pcim</app_name>
   
<version_num>102</version_num>
   
<platform>windows_x86_64</platform>
   
<file_ref>
       
<file_name>pc.exe</file_name>
       

</file_ref>

</app_version>

</app_info>

 :hello: :kookoo:

Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 21 mai 2017 à 17:35
demain je vais faire un test! je vous tien au courant!

1H30 pour moi  :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 21 mai 2017 à 22:31
Je ne reçois que des gene_pcim qui tournent en +/- 1800 à 2000 secs suivant le pc, que ce soit en SSE2 ou AVX.
 :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 18 septembre 2017 à 18:09
Surprise l'app "gene_pcim_v1.02_win64.exe" est annonçée "Malware.Ranson.Agent.Generic" par Malwarebytes

 :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 18 septembre 2017 à 20:43
Mort aux antivurus !!! :D

(= mort à windows :siflotte:)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 le 18 septembre 2017 à 22:23
Mort aux antivurus !!! :D

(= mort à windows :siflotte:)
:oki: :warf:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 28 septembre 2017 à 15:37
Actuellement le projet à 68.03% d'avancement et la moyenne de travail sur les 10 derniers jours s'établit à 274.10/jours.
La puissance estimée est de 15385 GFLOPS.

On va voir dans quelles proportions augmente ces chiffres avec le RAID.

 :hello:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 28 septembre 2017 à 17:44
Merci pour les infos!  :jap:
On verra samedi à la même heure  :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 08 octobre 2017 à 22:02
C'est pour l'expérience en cours cet avancement ... si on calcule tout, ils nous mettront autre chose à calcules ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] Kao le 08 octobre 2017 à 22:17
Où est-ce qu'on voit ça déjà ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 08 octobre 2017 à 22:44
Par ici : http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] Kao le 08 octobre 2017 à 22:50
Merci toTOW :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: titidestroy le 12 janvier 2018 à 10:38
Bon alors je ne comprend pas l'application optimisée est un peu plus lente à calculer.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 13 janvier 2018 à 16:50
Le projet envoie déjà de lui meme des applications optimisées ...
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: titidestroy le 13 janvier 2018 à 21:57
Le projet envoie déjà de lui meme des applications optimisées ...

Oki alors je vais supprimer les fichiers et refaire une mise à jour.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 15 avril 2018 à 11:07
Le serveur est down ... :/

edit : c'est revenu !
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 18 avril 2018 à 20:50
Vi pas si down que ça : https://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=195

:)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Xe120 le 21 avril 2018 à 15:46
Citer
Server down this weekend
Our storage system (managed by the University) has some serious problem. They are working to fix it but they cannot estimate for how long it will be down. We decided to stop the server at least until the next Monday.
Thank you for your understanding. 20 Apr 2018, 18:02:34 UTC

La cause des problèmes ? Down à cause du système de stockage.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 13 mai 2018 à 17:38
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=213#1290

Citer
The experiments on Vitis vinifera are almost finished, thank you all. We will soon switch to a new organism. We made some tests some time ago but we found that the outputs of the Windows and Linux applications didn't match each other. The new forthcoming Windows applications should behave correctly.
The next Monday we will distribute them and (slowly) start creating new work.

Citer
Les expériences sur Vitis vinifera sont presque terminées, merci à tous. Nous allons bientôt passer à un nouvel organisme. Nous avons fait quelques tests il y a quelque temps mais nous avons constaté que les résultats des applications Windows et Linux ne correspondaient pas. Les nouvelles applications Windows à venir devraient se comporter correctement.
Lundi prochain nous allons les déployer et commencerons (lentement) à créer de nouvelles tâches.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 22 mai 2018 à 12:45
Le serveur est pas en forme ces jours ci ... :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 22 mai 2018 à 13:19
J'ai l'impression qu'à chaque fois (= les rares fois) que je chope des tâches de ce projet, à chaque fois il n'arrive plus à les renvoyer pendant super longtemps et le truc est coincé...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 22 mai 2018 à 13:25
Ils sont sur un nouvel organisme et les fichiers générés sont plus gros ... et le serveur aime pas ça ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 22 mai 2018 à 13:32
A mon avis ils se sont fait bouffer par cet organisme :D

(https://mir-s3-cdn-cf.behance.net/project_modules/disp/a194fe14342565.56036858ac37d.jpg)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 26 octobre 2018 à 22:32
L'équipe a publié un papier, en open access: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.01385/full

Une traduction rapide, sans prétention aucune:
Citer
Ces dernières années, la communauté scientifique s'est fortement engagée dans l'étude de la réponse de la vigne au changement climatique.

L'objectif final est l'identification des caractères génétiques clés à utiliser dans l'élevage de la vigne et la mise en place de pratiques agronomiques pour améliorer la résilience climatique. La disponibilité croissante des études transcriptomiques, qui décrivent l'expression des gènes dans de nombreux tissus et conditions de développement ou de traitement, a permis la mise en œuvre de compendiums d'expression génétique, qui renferment une énorme quantité d'informations. L'extraction de données transcriptomiques représente une approche efficace pour étendre un réseau génique local connu (LGN) en trouvant de nouveaux gènes apparentés. Nous avons récemment publié un pipeline basé sur l'application itérative de l'algorithme PC, appelé NES2RA, pour étendre les réseaux de gènes dans Escherichia coli et Arabidopsis thaliana.

Nous proposons ici l'application de cette méthode au compendium transcriptomique de la vigne Vespucci, afin d'étendre quatre LGNs liés à la réponse de la vigne au changement climatique. Deux réseaux sont liés aux voies métaboliques secondaires de synthèse des anthocyanines et des stilbénoïdes, impliquées dans la réponse au rayonnement solaire, tandis que les deux autres sont des réseaux de signalisation, liés aux hormones acide abscissique et éthylène, éventuellement impliqués dans la régulation du bilan hydrique cellulaire et la transpiration des cuticules. Les réseaux d'expansion produits par l'algorithme NES2RA ont été évalués par comparaison avec des données expérimentales et des connaissances biologiques sur les gènes identifiés qui montrent une assez bonne cohérence des résultats. De plus, l'algorithme n'a réussi à retenir que les interactions les plus significatives entre les gènes, ce qui a fourni un cadre utile pour la validation expérimentale.

L'application de la NES2RA aux données d'expression de Vitis vinifera au moyen de l'implémentation basée sur BOINC est disponible sur demande.

Plus d'infos sur leur forum: https://gene.disi.unitn.it/test//forum_thread.php?id=225

 :hello:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 26 octobre 2018 à 23:10
Pour que ça soit un peu plus clair je vous l'ai traduit en chinois simplifié :

Citer
近年来,科学界一直积极参与研究葡萄藤对气候变化的反应。

最终目标是确定用于葡萄种植的关键遗传特性,并建立农艺实践以改善气候适应力。转录研究,描述在多种组织和发育条件或治疗基因表达的可用性的增加,使基因表达的概略,其含有大量的信息的执行。转录组数据检索是通过寻找新的相关基因来扩展已知的局部基因网络(NGL)的有效方法。我们最近发布的基于称为NES2RA,扩大在大肠杆菌和拟南芥的基因网络的PC算法的迭代应用管道。

我们建议这种方法韦斯普奇藤的转录纲要的应用程序来扩展与藤蔓对气候变化的响应4个Lgns。两个网络连接到花色素苷和茋类,参与响应于太阳辐射的合成的次级代谢途径,而另两个信令与激素脱落酸和乙烯相关联的网络,可能参与了平衡控制细胞液和角质层蒸腾。 NES2RA算法生成的扩展网络通过与实验数据和已鉴定基因的生物学知识进行比较来评估,这些基因显示出相当好的结果一致性。此外,该算法能够仅保留基因之间最重要的相互作用,这为实验验证提供了有用的框架。

可根据要求提供NES2RA通过基于BOINC的实施方案对Vitis vinifera表达数据的应用。

Ne me remerciez pas, c'est toujours un plaisir :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: alipse le 26 octobre 2018 à 23:21
Kilecon :mdr-457: :paf:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 12 décembre 2018 à 18:26
Bizarre ce projet.
Sur 2 machines identiques, il envoie des SSE2 sur l'une, des AVX sur l'autre  :cavachier:
 :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 12 décembre 2018 à 18:29
C'est marqué quelque part dans les tâches quand c'est des SSE2 ou AVX ou truc-bidule ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 12 décembre 2018 à 18:44
Oui c'est dans le nom de la tâche dans BM
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 12 décembre 2018 à 20:41
Ah donc c'est propre à ce projet qui décidé de les nommer comme ça alors... je suppose que c'est pas toujours aussi facile, pour les projets dont les applis ont ce genre de nuance, ou si ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: GuL le 12 décembre 2018 à 20:53
Certains projets le précisent, mais pas tous. Primegrid et SRbase ne le précisent pas, asteroids et seti (optimisé) oui. Tout dépend à mon avis de la compilation : est-ce que c'est une seule appli qui s'adapte selon l'ordi ou est-ce que c'est une appli SSE-X et une appli AVX. Dans ce dernier cas, si il n'y a plus d'AVX en stock, le serveur peut envoyer du SSE-X, qui sera donc moins rapide.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 13 décembre 2018 à 05:22
Ils envoient des SSE2 ou des AVX suivant la puissance supposée des machines ...
(Rien de très grave, juste que c'est pas au point.)
Un peu comme sur Asteroid où on peut choisir via app_info.
Primegrid llr envoie du FMA3, sans trop laisser le choix  :(
SRBase aussi je suppose, vu la chauffe.
 :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 15 décembre 2018 à 19:33
Le serveur devrait apprendre quelle est la version la plus rapide et la privilégier ensuite ...
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 15 décembre 2018 à 20:30
Le serveur devrait apprendre quelle est la version la plus rapide et la privilégier ensuite ...
Bah ... de toute façon c'est pas grave. Et bizarre car sur XEON E5-2667 v3 les SSE2 tournent plus rapidement que les AVX ...  :coffeetime:
Titre: AVX et SSE2
Posté par: GuL le 15 décembre 2018 à 23:22
Ils envoient des SSE2 ou des AVX suivant la puissance supposée des machines ...
Non, ils se basent sur les capacités du processeur, que tu vois au démarrage de boinc. Une machine AVX recevra soit de l'AVX soit du SSE2, selon les stocks sur le serveur et les quotas par application. Par contre une machine SSE4.2 ne recevra que du SSE2 et jamais de l'AVX.

Et bizarre car sur XEON E5-2667 v3 les SSE2 tournent plus rapidement que les AVX ...  :coffeetime:
Surement une mauvaise option de compilation.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 16 décembre 2018 à 15:11
C'est normal, l'AVX est déjà fortement parallélisé, du coup c'est moins performant sur la plupart des CPUs avec HT ... et la plupart des CPUs ont leur turbos moins élevé en AVX qu'en SSE ...

Dans l'idéal, il faudrait comparer sans HT ...