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Boinc et les projets distribués => Biologie => Discussion démarrée par: Lic le 08 novembre 2013 à 22:13

Titre: [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 08 novembre 2013 à 22:13

(https://www.worldcommunitygrid.org/images/mcm1/MCM_inset3.png)

Sur le site de WCG : https://secure.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do

Cartographie des marqueurs du cancer.

Les cancers, l'une des principales causes de décès dans le monde, se présentent sous différents types et formes dans lesquels une croissance cellulaire incontrôlée peut se propager à d'autres parties du corps. Incontrôlé et non-traité, cela peut conduire à la mort. La maladie est causée par des modifications génétiques ou environnementales qui interfèrent avec les mécanismes biologiques qui contrôlent  la croissance de la cellule. Ces changements, ainsi que les activités cellulaires normales, peuvent être détectés dans des échantillons de tissus grâce à la présence de leurs indicateurs chimiques uniques, telles que l'ADN et les protéines qui, ensemble, sont connues en tant que « marqueurs ». Des combinaisons spécifiques de ces marqueurs peuvent être associées à un type de cancer donné.

Le schéma des marqueurs peut déterminer si un individu est susceptible de développer une forme particulière de cancer, et peut également prédire la progression de la maladie, contribuant ainsi à suggérer le meilleur traitement pour un individu donné. Par exemple, deux patients atteints de la même forme de cancer peuvent avoir des résultats différents et réagir différemment au même traitement en raison d'un profil génétique différent. Bien que plusieurs marqueurs soient déjà connus pour être associés à certains cancers, il y en a beaucoup d’autres à découvrir, étant donné que le cancer est très hétérogène.

« Mapping Cancer Markers » sur World Community Grid vise à identifier les marqueurs associés à différents types de cancer. Le projet analyse des millions de données recueillies auprès de milliers d'échantillons de tissu du patient saints et cancéreux. Cela inclus des tissus de cancer du poumon, des ovaires, de la prostate, du pancréas et du sein. En comparant ces différentes données, les chercheurs espèrent identifier des modèles de marqueurs pour différents cancers et les corréler avec différentes réactions, y compris la réactivité aux différentes options de traitement.

Cette connaissance peut aider les chercheurs et les médecins à:

• Améliorer et personnaliser le traitement du cancer: en rendant possible une détection précoce du cancer, en identifiant les patients à haut risque, et en adaptant le traitement en fonction du profil génétique personnel du patient.

• Accélérer la recherche sur le cancer et améliorer l'ensemble du processus d'identification des marqueurs: en affinant le processus d'identification des marqueurs, les chercheurs pourront déterminer les marqueurs de chaque patient plus facilement, et les futurs grands ensembles de données pourront être analysés de manière plus efficace.

Traduction cedricdd
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Meteore31 le 09 novembre 2013 à 09:35
Nouveau badge à chasser !
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 09 novembre 2013 à 18:29
Oui les badges sont beaux en plus : (http://www.worldcommunitygrid.org/images/pb/mcm1_ffffff.jpg)

Ce qui est dingue et génial, c'est que depuis que ce projet a été lancé,
il y a déjà eu pratiquement 6 années de calculs cumulés :)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 09 novembre 2013 à 18:49
Ce qui m'importe, c'est d'aider les chercheurs à trouver des solutions contre cette saloperie  :heink:
Les badges, c'est secondaire. C'est juste pour le fun...
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 09 novembre 2013 à 18:58
Ce qui m'importe, c'est d'aider les chercheurs à trouver des solutions contre cette saloperie  :heink:
Les badges, c'est secondaire. C'est juste pour le fun...

 :+1: Je suis d'accord avec toi. Et tant mieux si le système de badge attire des crunchers
sur des projets aussi importants !  :jap:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 09 novembre 2013 à 19:22
J'ai eu au moins une unité validé mais pas ce projet dans ma liste :

(http://i.snag.gy/X3sSa.jpg)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: sebastien11 le 09 novembre 2013 à 19:25
Il vient d'être ajouté chez moi  :D
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 09 novembre 2013 à 19:27
WCG ne fait des màj que toutes les 12 heures il me semble ... à midi et à minuit. (heure de Londres)

13j12h53m ;)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: lunetoile le 10 novembre 2013 à 16:58
Je me lance aussi dans ce projet, qui me semble être une prioritée (avis personnel)  :jap:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 12 novembre 2013 à 22:06
Le projet se met en pause le temps de résoudre un problème technique.

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35801
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 14 novembre 2013 à 21:50
Il y a un lâché de Beta pour MCM comme prévu par l'équipe du projet pour valider la correction du problème.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: TBirdTheYuri le 14 novembre 2013 à 22:00
En effet, je viens d'en choper 13.
J'ai deux machines à sec sur MCM, et j'ai eu deux lots d'UT en début d'aprem et ce matin.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 15 novembre 2013 à 10:08
J'en ai eu 4 aussi hier soir. Depuis plus rien  :/
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 15 novembre 2013 à 10:32
J'ai eu une dizaine de Beta. Du coup, j'espère que MCM redémarrera ce week-end ou lundi, après analyse des résultats ...
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 19 novembre 2013 à 08:46
C'est reparti  :hyperbon: :hyperbon: :hyperbon:  :D
C'est bon pour le challenge WCG ^_^
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: toTOW le 20 novembre 2013 à 19:53
Impossible de renvoyer de résultats, le disque du serveur est plein :(
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 20 novembre 2013 à 22:18
Chez moi ça part mais au compte goutte  :/
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: toTOW le 20 novembre 2013 à 22:52
Toutes mes WUs ont été renvoyées :)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 22 novembre 2013 à 08:59
J'ai presque 2 pages de résultats "Non concluant"  :/ en comparaison avec les WU Valide ça représente presque 50%  :cpopossib:

Quelqu'un d'autre aurait ce genre de ratio ?
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: nafrayou le 22 novembre 2013 à 09:06
J'ai presque 2 pages de résultats "Non concluant"  :/ en comparaison avec les WU Valide ça représente presque 50%  :cpopossib:

Quelqu'un d'autre aurait ce genre de ratio ?

non ici que 12 "Non concluant" sur 285 WU's
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 22 novembre 2013 à 09:18
J'en ai une quinzaine sur 150 ...

par contre ce matin impossible de charger du boulot ?
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 22 novembre 2013 à 10:08
Bizarre  :(
Je viens de voir que j'en avais deux en "Non valide" du coup.
Je crois que je vais tenter de faire un Reset du projet quand j'aurai écoulé mon stock.
Pas essayé d'en récupérer j'avais fait le plein pour plusieurs jours.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 22 novembre 2013 à 11:26
J'ai checké du coup. 3 MCM non-valides aujourd'hui ...

Re Checké : 3 Non-valides, 15 non concluants sur 711 tâchees renvoyées.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 22 novembre 2013 à 13:11
J'ai environ 50 UT non valide et 1274 validées.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 25 novembre 2013 à 08:39
Apparemment le problème viendrait des WU mises en pause lors de changement d'application entre différents projets, celles ci sont notées "Non Concluante".
Un sujet en parle sur le forum officiel mais toujours pas de réponse de admin
https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35860 (https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35860)

Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 25 novembre 2013 à 08:53
Et sinon, j'ai l'impression que les UTs sont de plus en plus longues.
Au début du projet, je les renvoyais en 2~3 heures, et actuellement, j'en ai entre 10 et 14h de calcul  :??:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 25 novembre 2013 à 09:04
Même soucis chez moi, + de 20h hier pour renvoyer une tâche sur un i3-2120T... en espérant que les points suivent :/
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 25 novembre 2013 à 10:33
Pareil, sur le même CPU j'ai des UT à 4H et d'autres à 14H.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: TBirdTheYuri le 25 novembre 2013 à 13:38
1777 en cours
39 en attente
232 valides
Aucune unité dans les autres catégories.

Par contre j'ai fait au total 1664 UT ( :sun:) depuis le début du projet, donc une partie de l'historique a été purgée.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 25 novembre 2013 à 14:18
Quelques UT's jusque max 18heures .... mais j'ai arrêté d'en télécharger samedi.
En général 3 à 4 heures, et rarement plus.
Toujours 5 pages de waiting validation.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Meteore31 le 25 novembre 2013 à 17:22
1121 UT calculées pour l'instant, badge OR
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 26 novembre 2013 à 09:38
https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=331&language=fr_CA
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: JeromeC le 26 novembre 2013 à 17:14
https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=331&language=fr_CA
Ils disent qu'on va cruncher pour Angelina Jolie. Maintenant qu'elle a perdu préventivement ses deux principaux atouts, à cause de ça justement, je trouve ça beaucoup moins intéressant...

:suri:-----------------------------------> []
Titre: Re : Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: jascooby le 27 novembre 2013 à 00:29
https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=331&language=fr_CA
Ils disent qu'on va cruncher pour Angelina Jolie. Maintenant qu'elle a perdu préventivement ses deux principaux atouts, à cause de ça justement, je trouve ça beaucoup moins intéressant...

:suri:-----------------------------------> []

On lui a retiré ses flingues de Lara Croft ?  :D
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: JeromeC le 27 novembre 2013 à 22:41
On peut dire ça comme ça :D

(http://www.krinein.com/img_articles/big/21603-nouvel-article-3.jpg)

Mais je vais m'en tenir là car le HS devient trop évident :siflotte:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: jm91160 le 02 décembre 2013 à 23:05
Par 2 fois, je me suis tapé 18 Heures de calcul pour un résultat final "non concluant"  :priz2tet:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 03 décembre 2013 à 07:54
Ce qui m'agace un tantinet avec WCG, c'est que je n'ai pas l'impression qu'ils te "créditent"
le nombre d'heures réelles passées à cruncher.
Une impression en comparant WUProp et les chiffres WCG.
Mais je peux me tromper à causes des pending.
+ Délai de validation d'UT's parfois ...... trop long  :coffeetime:
Enfin, me dis que c'est pour la bonne cause  :siflotte:

Bon Crunch !
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: sebastien11 le 03 décembre 2013 à 11:11
Et il y a un facteur de division par 7 entre les points crédités sur le site WCG et les points que tu as dans tes stats, je crois, si j'ai bien compris  :desole: :siflotte:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Spica le 03 décembre 2013 à 11:12
Wuprop te crédite le temps mis pour calculer quand l'UT est renvoyé à WCG et donc bien avant que WCG te la crédite quand elle est valide ou pas..
Moi pour Primegrid (ou CLimate) j'ai plein d'Ut qui partent en erreur, j'ai pas de crédits (sur Primegrid) mais j'ai du temps cumulé sur Wuprop...
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: TBirdTheYuri le 03 décembre 2013 à 11:44
Ce qui m'agace un tantinet avec WCG, c'est que je n'ai pas l'impression qu'ils te "créditent"
le nombre d'heures réelles passées à cruncher.
Une impression en comparant WUProp et les chiffres WCG.
Mais je peux me tromper à causes des pending.
+ Délai de validation d'UT's parfois ...... trop long  :coffeetime:
Enfin, me dis que c'est pour la bonne cause  :siflotte:

Bon Crunch !
WCG prend en compte le temps CPU et non le temps écoulé.
Le temps CPU c'est le nombre de cycles utilisés par l'unité divisé par la fréquence du CPU.
Le temps écoulé c'est la durée pendant laquelle l'unité a tourné.

Pour WUProp ce doit être pareil, car pour les unités de MCM j'ai 9873 heures sur WCG (1 an, 38 jours, 7 heures + 173 heures en pending + 12 heures non valides + 18 heures non concluantes) et 10084 heures sur WUProp. Ca fait 211 heures d'écart, sachant que :
-WUProp se met à jour très souvent, alors que celle de WCG date d'il y a 11 heures.
-Des unités en erreur/non valides/non concluantes etc ont été supprimées de l'historique.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 03 décembre 2013 à 12:02
Merci pour vos réponses !

@TBirdTheYuri : je n'avais pas pensé aux erreurs de calculs etc ...

Merci et Bon Crunch :D
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Xe120 le 03 décembre 2013 à 13:09
WCG compte le temps de calcul des unités non valides mais ne donne pas de crédit.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: TBirdTheYuri le 03 décembre 2013 à 13:32
 :chuidac:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 03 décembre 2013 à 15:20
Je ne savais pas ça, merci pour l'info.
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: jm91160 le 03 décembre 2013 à 18:03
Par 2 fois, je me suis tapé 18 Heures de calcul pour un résultat final "non concluant"  :priz2tet:

ET voilà, la messe est dite, le WU est non valide...  :desole:

Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: nabz le 04 décembre 2013 à 21:40
Ayant raté le début du projet, j'ai mis les bouchées doubles :hyperbon: :hyperbon: pour rattraper mon retard : badge 1 an en vue. :miam:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 05 décembre 2013 à 15:07
Je suis tjs pas à 45 jours...  :D
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 10 décembre 2013 à 06:06
Je viens de m'apercevoir que j'ai des UT Beta 7.27 pour MCM.

Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 10 décembre 2013 à 09:36
Oui il y en a un petit paquet
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35971 (http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35971)

Beta test visant à corriger les problèmes de résultats non concluant et non valide.
Pas réussi à en avoir par contre.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: nabz le 10 décembre 2013 à 19:57
En effet, j'ai des caisses de 7.26 :hyperbon:, et quelques 7.27.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: kasur le 10 décembre 2013 à 20:29
J'ai fait une demande en début d'après midi et = 0
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 11 décembre 2013 à 08:45
Il y avait quelques soucis de feeder hier. J'ai réussi à en récupérer 3 dans la nuit :)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 11 décembre 2013 à 09:57
Je dois avoir de la chance car j'en ai récupéré une douzaine depuis hier soir.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: kasur le 11 décembre 2013 à 10:30
BM n'a pas réussi à communiquer toute la nuit, installation de la dernière version officielle et ça remarche, plus qu'à attendre que ça tombe.

(c'est des vraies unités Béta et pas des MCM?)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 11 décembre 2013 à 13:18
C'est des MCM beta 7.27. La version stable étant 7.26.

Je ne sais pas si ça répond à ta question?
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: kasur le 11 décembre 2013 à 17:07
Oui je pense merci  :jap:

il faut demander des MCM pour avoir des MCM bétas, pour l'instant j'avais décocher le sous-projet MCM et cocher la participation aux phases Beta, normal que j'en ai pas eu  :desole:
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 11 décembre 2013 à 17:51
Oui je pense merci  :jap:

il faut demander des MCM pour avoir des MCM bétas, pour l'instant j'avais décocher le sous-projet MCM et cocher la participation aux phases Beta, normal que j'en ai pas eu  :desole:

 :hello:

J'en ai reçu une bonne dizaine en faisant comme toi ;)
Tout décoché sauf BETA ...

Bon Crunch  :hyperbon:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 12 décembre 2013 à 23:40
Je viens de choper 3 UT Beta MCM 7.28.

Le badge beta silver n'est plus très loin.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 13 décembre 2013 à 08:35
Récupéré juste une ce matin. Le badge bronze n'est pas encore à portée de main  :/

Cette nouvelle version devrait corriger les problèmes de résultat non concluant et invalide :)
https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36009 (https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36009)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 18 décembre 2013 à 14:42
Je viens de récupérer des 7.28 stables, j'en conclu que les betas sont finies.

 :hello:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 18 décembre 2013 à 15:21
Oui depuis plusieurs jours les 7.26 ont laissées la place aux 7.28.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 26 janvier 2014 à 20:28
Toutes mes UT partent en erreur depuis ce midi.  :/

Quelqu'un d'autre a le même problème?
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Xe120 le 26 janvier 2014 à 20:44
Idem ici. Je le repasse sur fightaids en attendant.  :(
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: fzs600 le 26 janvier 2014 à 21:58
Toutes mes UT partent en erreur depuis ce midi.  :/

Quelqu'un d'autre a le même problème?
Moi aussi.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: gaulois952 le 02 février 2014 à 12:51
Hello !

Vous savez si actuellement il y a des projets GPU sur WCG ?  :jap:
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: fzs600 le 02 février 2014 à 12:58
Hello !

Vous savez si actuellement il y a des projets GPU sur WCG ?  :jap:
Pas de projet pour le moment.  :kookoo:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 26 février 2014 à 05:02
Il y a des UT Beta 7.29 qui sont envoyées depuis cette nuit.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Oncle Bob le 04 mars 2014 à 17:25
Mmm je ne reçois plus de MCM (ni d'autres WCG) c'est comment chez vous ?
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 04 mars 2014 à 17:29
Pas de soucis pour moi.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: kasur le 04 mars 2014 à 19:00
pas de souci mais j'ai du augmenter la taille disque disponible car clean energy 2 avait tout bouffer, meme wuprop avait plus la place d'une unité.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Oncle Bob le 04 mars 2014 à 19:06
C'est revenu, allez savoir pourquoi ça ne prenait plus rien.

Pour CEPII, je le fais uniquement tourner sur crunchbox vu qu'on ne peut pas interrompre les unités.

Edith : A non, pas de MCM, seulement des projets de secours. C'était peut-être le temps que ça se mette en place. :hmm:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Philippe06121966 le 04 mars 2014 à 19:50
Je reçois de tout.
Principalement des MCM sur i7 4770K et surtout des FightAids sur i7 2670QM.
Par contre je ne fais pas tourner CEP. (Parce que physique et pas bio)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Oncle Bob le 05 mars 2014 à 00:12
Ouais, MCM est revenu un peu plus tard.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 12 mars 2014 à 11:30
Plus d'espace disque sur le serveur:
12/03/2014 11:11:43 | World Community Grid | [error] Error reported by file upload server: can't write file /usr/local/boinc/data/upload/349/MCM1_0002799_3968_1_0: No space left on server
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Oncle Bob le 12 mars 2014 à 13:38
Ah, ça explique pourquoi mes unités n'arrivent pas à être renvoyées.

Edith : C'est revenu !
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Lic le 02 mars 2015 à 10:28
 :up: Avis aux amateurs de badges de WCG :up:

Le sous projet va avoir du travail a fourni jusqu'en Août de cette année.
(cf. https://secure.worldcommunitygrid.org/research/viewAllProjects.do (https://secure.worldcommunitygrid.org/research/viewAllProjects.do))

Attention cette estimation a été faite par rapport aux moyennes de calculs réalisées sur ce sous projet. En cas de rush d'un ensemble important de crunchers, cette date de fin pourrait être revue à la baisse.
A vos CPU ^_^
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 02 mars 2015 à 10:57
Pour suivre la répartition du crunch sous WCG, il y a aussi cette adresse, plus ou moins mise à jour régulièrement : http://s137.photobucket.com/user/Sekerob/media/Daily/WCGYearsPi1Project.png.html
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 17 mars 2015 à 08:37
Pour info, je reçoit des tâches avec des dates de retour très courtes (~48-72h) et qui sont longues pour ce projet.
Le pending est également assez important (par rapport aux autres projets WCG)

 :hello:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Xe120 le 17 mars 2015 à 13:21
J'ai déjà remarqué par le passé des UTs avec ces délais de retour, ça dépend des lots.
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: naz le 21 avril 2015 à 05:48
:up: Avis aux amateurs de badges de WCG :up:

Le sous projet va avoir du travail a fourni jusqu'en Août de cette année.
(cf. https://secure.worldcommunitygrid.org/research/viewAllProjects.do (https://secure.worldcommunitygrid.org/research/viewAllProjects.do))

Attention cette estimation a été faite par rapport aux moyennes de calculs réalisées sur ce sous projet. En cas de rush d'un ensemble important de crunchers, cette date de fin pourrait être revue à la baisse.
A vos CPU ^_^

 :yaya: :plusun:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 05 août 2015 à 08:36
Il resterait 100 jours de calcul
 :hello:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 06 octobre 2015 à 17:35
Finalement les scientifiques ont rajouté un lot de calcul, la date de fin de projet serai repoussée à JUILLET 2016 ! :)
La barre de progression est retombée à 71%
Du coup, est ce que je me tente le 50 ans ??  :D

La source:
https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36119_offset,400#504067

En espérant avoir tout bien compris !
 :hello:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 07 octobre 2015 à 20:23
Merci pour l'info.

Cela dit sur ce graphe ça indique toujours une date de fin dans 46 jours -> http://s137.photobucket.com/user/Sekerob/media/Daily/WCGYearsPi1Project.png.html

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread?thread=18277
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Bill-af le 07 octobre 2015 à 21:02
Merci pour l'info.

Cela dit sur ce graphe ça indique toujours une date de fin dans 46 jours -> http://s137.photobucket.com/user/Sekerob/media/Daily/WCGYearsPi1Project.png.html

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread?thread=18277

Le graphe date du 22 septembre, la nouvelle est ptet arrivée après ?
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 09 octobre 2015 à 05:52
Je crois que oui.

Wait and see.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 03 février 2016 à 22:29
Avis aux chasseurs de badges.

Un lâché de beta MCM 7.36 depuis quelques heures.


Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: naz le 03 février 2016 à 23:05
Merci  :kookoo:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 21 octobre 2016 à 09:07
Le projet aurai dû se terminer ce mois d'octobre mais il est finalement retombé à 83% d'avancement avec 6 mois de calculs supplémentaires.
Sans doute en lien avec cette news: https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=504

 :hello:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: JeromeC le 21 octobre 2016 à 13:59
J'ai (essayé de) lu l'article en question, ils ne parlent pas de "plus de calcul", c'est surtout sur les moyens de préparer, transformer, présenter, partager les résultats des calculs pour permettre leur analyser.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 11 janvier 2017 à 19:19
Salut à tous et meilleurs vœux (surtout la santé!) vu que c'est mon premier post de l'année.

Bon Cela fait quelques mois que j'ai un souci sous WCG sur ma machine qui est sous Linux Ubuntu.

Du jour au lendemain ma progression en terme d'heures de calcul à chuter alors même que le PC renvoyait des UT sans souci. Et puis je me suis rendu compte en allant sur la page d'état des résultats d'un truc étrange. Le temps d'unité centrale est à 0 et je n'ai pas de crédit accordé. Voir la capture ci-dessous.

Si quelqu'un a une explication je suis preneur car les résultats sont renvoyés dans les temps donc je ne comprend pas ce qu'il se passe.  :??:

(http://reho.st/self/f0e2d7827e6f9d07e9ad4da2b2aad681c5978bf6.jpg)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Xe120 le 11 janvier 2017 à 21:01
Tu peux déjà cliquer sur le nom d'une UT dans ce cas-là pour avoir plus d'information.  :hello:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 11 janvier 2017 à 23:18
Voici :

(http://reho.st/self/698f739db38a323e5c1437576a693ae12d7064a6.jpg)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Xe120 le 12 janvier 2017 à 07:43
Si elles ne sont pas encore validées, c'est normal que tu n’aies pas encore reçu les crédits.
Pour le temps de CPU à zéro, c'est étrange.
Tu peux cliquer sur "validation en attente" pour avoir encore plus d'informations.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 12 janvier 2017 à 22:32
Voici une UT finie :

(http://reho.st/self/6c58484d159682aaa483da624538a71c063fa34f.jpg)

Des crédits sont accordés mais 0 en temps de calculs.

Et voici le texte lorsque je clic sur "valide"

<core_client_version>7.6.33</core_client_version>
<![CDATA[
<stderr_txt>
Commandline = ../../projects/www.worldcommunitygrid.org/wcgrid_mcm1_7.36_x86_64-pc-linux-gnu -SettingsFile MCM1_0129378_1112.txt -DatabaseFile dataset-curatedOvarian_EarlyLate_v1.0.txt
Settings File
DateOfDesign = 08/05/2014
Designer = PMCC_OCI_0.1
WorkOrderID = 0129378_1112
DatasetID = curatedOvarian_EarlyLate_v1.0
NumberOfGenesInStartingSignature = 70
NumberOfGenesInSignatureMin = 70
NumberOfGenesInSignatureMax = 70
GroupVectorValues = {A}{B}{C}{D}{E}{F}
ExplicitStartingGeneSignatures = A B D F
StartingGeneSignatureAlgorithm = randomFixedLengthSearch
SearchAlgorithmNumberToCreate = 696
SearchAlgorithmSequentialStartPosition = 5
RunPermutationAlgorithm = 0
PermutationGroups = A
PermutationGroupsForReplacement = G
PermutationAlgorithm = replaceFromRandomlyToRandomlyGreedy
PermutationsNumIterations = 0
OptimizationAlgorithmFrequency = 0 0 1
FBeta = 1.5
SimAnnealIMax = 20000
SimAnnealAlpha = 0.9996
FitnessFn = 0
MinFitness = -1.0
NReps = 10
TrainFrac = 0.7
NFolds = 10
VMethod = LOO
ModelType = SVM
SvmArgs = "-v 0 -c 0.1 -t 1 -d 2 -r 0"

SvmLearnLimit = 500000
RSeed = 250191113


[19:13:05] Initializing
[19:13:08] Running
[19:13:08] EvaluateFitnessOfStartingGeneSignatures 696
[02:17:05] Writing final output
[02:17:05] Closing Output Stream
[02:17:05] Cleaning up
Result.out = 326681.000000
Run complete, CPU time: 0.000000
02:17:05 (3188): called boinc_finish

</stderr_txt>
]]>
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 23 janvier 2017 à 13:55
Bon j'ai fini par désinstaller le client puis le réinstaller et le problème semble résolu.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 23 janvier 2017 à 15:33
+1 dès que j'ai une UT WCG en erreur, je termine les UTs en cours et je recommence le projet. WCG est très stable, quand il y a un problème cela vient de la machine dans 90% des cas.
 :hello:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 04 février 2017 à 15:42
Bon bah ça recommence....

Je ms suis aperçu que mercredi toute la journée les UT que mon PC a calculé sur Smash Childhood Cancer ont toutes un temps de calcul à 0 alors que les 4 jours précédents tout allait bien. D'un coup comme ça sans raison apparente.

La dernière piste qu'il me reste c'est le client BOINC qui est en version 7.6.33, donc pas la dernière en date. Mais c'est la seule que j'arrive à installer sous Linux en passant par le module de recherche. Car je n'arrive pas à installer la version du site de BOINC qui est un .sh. J'arrive à extraire les fichiers mais c'est tout malgré les différents tuto que j'ai pu trouver sur le net.  :/

Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 le 06 février 2017 à 20:40
En principe, une simple commande dans un terminal de type :
sh boinc.sh
créé un répertoire BOINC avec tes fichiers à l'intérieur .
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: JeromeC le 06 février 2017 à 21:49
En principe

La prudence légendaire du libriste :D
Titre: Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 07 février 2017 à 22:09
En principe, une simple commande dans un terminal de type :
sh boinc.sh
créé un répertoire BOINC avec tes fichiers à l'intérieur .
Oui ça fonctionne ça pas de souci mais c'est après que je ne sais pas quoi faire avec les fichiers présents dans le répertoire.

Edit : j'ai réussi à lancer le client avec la ligne de commande ./boinc & ./boincmgr mais j'aimerai bien avoir le mode graphique car en mode console c'est immangeable.
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 le 12 février 2017 à 17:52
La ligne de commande ./boinc & lance le client BOINC en arrière-plan et normalement ./boincmgr est utilisé pour lancer le manager graphique du client .
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: foo_fight le 12 février 2017 à 17:54
Ok merci pour l'info Elgrande71.

En parallèle j'ai fini par trouver le problème. Ce n'était pas le hardware ni la version de BOINC mais l'OS... Je suis repassé sous Ubuntu 16.04 et tout est redevenu normal.

 :)
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 le 12 février 2017 à 17:58
Je suis content que tu ais pu trouver la solution par toi-même .
Bon crunch
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: Maeda le 06 juillet 2017 à 21:27
Crunchant depuis 2011, j'ai apporté ma pierre à l'édifice (grain de poussière plutôt), mais quand je vois le temps que ça prend à avancer, découvrir quelque chose qui pourrait changer l'avenir des personnes qui sont malades, je suis un peu dégoûté.
J'ai perdu en un an deux membres très proches de ma famille à cause du cancer.

On est à la préhistoire de la médecine : on est beaucoup trop lent. :o
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 06 juillet 2017 à 22:50
Mon père a également été touché par le cancer (poumon) en ayant une bonne hygiène de vie: non-fumeur, peu d'alcool, sportif. Aujourd'hui, il profite de sa retraite mais tout est différent.
Alors comme toi, j'ai crunché sur ce projet, et peut-être toi ou moi avons analysé un de ces prélèvements, qui sais ? C'est la beauté du crunch !

 :hello:
Titre: Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
Posté par: [AF] fansyl le 22 juin 2018 à 13:21
Des UTs en BETA pour les environnements Linus ont été générées depuis le 13 juin et les tests sont concluants.

Le code n'a pas changé, la compilation s'effectue désormais avec GCC 4.85 et glibc 2.17 pour les applications sous Linux. Les autres projets vont bientôt faire de même.

+ d'infos: https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,40881

 :hello: