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Boinc et les projets distribués => Biologie => Bio-Projets terminés => Discussion démarrée par: ousermaatre le 02 mai 2012 à 01:56

Titre: [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: ousermaatre le 02 mai 2012 à 01:56
(http://img.lbzh.fr/thumbs/4fa07c0ba39a1_300.jpg)


Statut et résultats du projet :

Des informations concernant ce projet sont fournies sur les pages qui suivent ainsi que sur le site Internet Drug Search for Leishmaniasis. Si vous avez une question ou un commentaire concernant le projet veuillez-vous rendre sur le forum.

Mission :

La mission du projet  de Drug Search for Leishmaniasis consiste à identifier des molécules qui pourraient potentiellement servir à la mise au point d’un traitement contre la Leishmaniose. L’importante capacité de calcul de WCG va être utilisée pour effectuer des simulations sur l’interaction entre des millions de composés chimiques et certaines protéines cibles. Ceci permettra de trouver le composé le plus prometteur qui conduira peut être à un traitement efficace.

Importance :

La Leishmaniose est l’une des maladies tropicales les plus négligées au monde. Chaque année cette maladie infecte plus de 2 millions de personnes dans 97 pays. A l’heure actuelle il n’existe pas de vaccin disponible pour empêcher cette maladie, malgré de nombreux efforts de recherches. La Leishmaniose est causée par un parasite protozoaire (genus Leishmania) transmis entre l’Homme et les animaux hôtes par les femelles mouches des sables. Une forme de la maladie, la forme « viscérale » causée par le Leishmania infantum aux Amériques, affecte principalement les enfants, qui peuvent mourir si un traitement adéquat n’est pas administré rapidement. Les mesures de contrôles existantes se basent sur une thérapie médicamenteuse, le contrôle des insectes et l’éducation dans les zones touchées. Cependant, le nombre de cas humains continuent de s’accroitre dans les  régions tropicales telles que le Bengladesh, L’inde, le Soudan, l’Ethiopie, le Brésil, la Colombie, le Pérou et beaucoup d’autres.
Le traitement classique pour toutes les formes de la Leishmaniose peut provoquer de sérieux effets secondaires, jusqu’à la mort. De plus, des parasites résistants causent des problèmes majeurs dans beaucoup de pays sous endémie. Pour ces raisons, il existe un besoin urgent pour de nouveaux composants médicamenteux, sûrs et peu coûteux, contre la Leishmaniose.

Approche :

Un programme informatique appelé VINA de The Scripps Research Institute à La Jolla, en Californie, sera utilisé pour les expériences chimiques virtuelles. Ces expériences virtuelles tenteront de trouver lesquels des millions de composés actifs pourraient être à même de désactiver des protéines essentielles à la survie du parasite. Cette recherche est une première étape dans le développement d’un traitement efficace de cette maladie. Avec suffisamment de puissance de calcul, cette recherche pourra se faire bien plus rapidement qu’en usant de la puissance conventionnelle par des expériences en laboratoire. Avec la puissance actuelle, cette recherche prendrait approximativement 120 ans pour être menée à bien. Cependant, il est estimé que la puissance de WCG peut réduire cette durée à un an, peut-être moins. Des détails sur les composés potentiels seront publiés par les scientifiques, et ces informations seront accessibles au public afin que d’autres scientifiques puissent les intégrer à leurs recherches. Les futurs travaux en laboratoire utilisant les candidats mis en évidence par ce projet conduiront peut-être au développement de meilleurs médicaments pour combattre la Leishmaniose.

traduction cedricdd
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 01 juin 2012 à 17:01
Citer
Beta test for Drug Search for Leishmaniasis (May 31, 2012) 

This is another test for Zero redundancy similar to the Say No to Schitosoma(SN2S) test that happened last week.  This will test a windows restart fix, which worked well for SN2S should have similar results for DSFL.

This test will have 6004 work units sent out with Zero Redundancy, but since it's a new app version there will be multiple copies sent out to machines initially.

Thanks,
-Uplinger

Un  test a eu lieu la semaine dernière sur l'application "Say No To Schitosoma", afin de réduire à zéro la redondance des calculs.
Celà a permis de modifier des données au redémarrage sous windows et devrait permettre d'utiliser la même correction pour le projet DSFL.
Ce test contiendra 6004 unités de travail à calculer, avec une redondance nulle, mais puisque c'est une nouvelle version d'application, plusieurs copies seront envoyées aux machines au départ.
Merci,
- Uplinger
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 26 octobre 2012 à 14:51
Echec de téléchargement d'UT DSFL sur deux PC différents aujourd'hui.
Je suis le seul ou bien???

 :kookoo:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: ousermaatre le 27 octobre 2012 à 00:55
ou bien !  :marcp:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 27 octobre 2012 à 08:48
C'est revenu bon...  :??:

Hop, direction le badge d'or...  :gniak:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 25 mars 2013 à 18:53
Des news en anglais... :desole:

Citer
Gracias a la colaboración de muchas personas, el proyecto "Busqueda de Medicamentos para la Leishmaniasis" ha recibido casi 19 millones de resultados.  (https://secure.worldcommunitygrid.org/bg/marketing/1billion_2_350.png)
Del billón de resultados procesados por el supercomputador del World Community Grid de IBM, casi 19 millones corresponden al proyecto "Busqueda de Medicamentos para Leishmaniasis" y que se esta realizando en la Universidad de Antioquia en Medellin-Colombia. Esto ha sido posible por la colaboracion altruista de muchas personas que entienden el valor de donar el tiempo de ocio de sus computadores para apoyar una causa que puedan beneficiar mas adelante a comunidades afectadas, en nuestro caso, por Leishmaniasis. Muchas Gracias a todos por apoyar esta   iniciativa.


Drug Search for Leishmaniasis Update
Rodrigo Ochoa and Carlos Muskus

The project “Drug Search for Leishmaniasis” has been running during 10 months, and the following is a brief description of our progress and what have been validated until now:
The original project included the evaluation of 53 crystallized Leishmania proteins obtained from the PDB database along with 5,300 modelled structures, (100 modelled structures for each protein downloaded from PDB) (figure 1). The modelling was carried out through Molecular Dynamics using the NAMD program, representing an indirect way to provide flexibility for each one of the potential targets.
However, based on the statistic of the project after 6 months of activity, to run the 5.353 protein structures against the 600.000 compounds will spend around 20-25 years to complete. These made us to reconsider the project just prioritizing 10 structures for each of the 53 proteins for a total of 530 structures (Phase 2). Originally the idea was to build a molecular trajectory using snapshots of a protein during a computational  simulation, trying to mimic the biological environment of the protein  inside the organism. The trajectories contain 100 snapshots.  Nevertheless, to prioritize the data, 10 snapshots per trajectory (i.e  from the 100 structures per protein, the snapshots 10, 20, 30, 40, 50,  60, 70, 80 90 and 100 were selected) (see figure 2). That rational  selection pretends to cover substantial changes in the conformation of  the binding site of the protein.
Currently, WCG have processed approx. 76.200.000 docking simulations (127 structures against 600.000 compounds in phase I). From the second phase, it has processed approx. 37.800.000 docking simulations (63 priority structures against the same 600.000 compounds). Due to the huge amount of data, only the top 20 compounds per structure (compounds with the best score hits) and based on the score function proposed by the AutoDock VINA software, have been extracted. As an example, we provided the top 20 compound which lists from the protein 1-10, 1-20 and 1-30* (See tables 1, 2 and 3)
*The notation 1-10 means the modelled structure 10, from the protein target  1  of the 53 original proteins downloaded from PDB database.
A future analysis with the high relevant results will be published in the next update of the project.

We want also to thank all the WCG members supporting this project all over  the world, for the almost 19.000.000 results processed, out of the 1  billion data returned to the World Community Grid from IBM.
[/c]
http://pecet-colombia.org/worldcommunitygrid/drugsearch/index.php?option=com_content&view=section&layout=blog&id=1&Itemid=6%E2%8C%A9=en
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: Lic le 26 mars 2013 à 12:59
Le projet est complété à 65%, il reste donc pour l'instant 35% à calculer
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 27 mars 2013 à 18:49
Selon ce tableau (http://i137.photobucket.com/albums/q210/Sekerob/WCGYearsPi1Project.png) il reste, à ce jour, 209 jours de calcul sur DSFL.
 :hyperbon:  :hyperbon:  :hyperbon:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: foo_fight le 20 juin 2013 à 19:10
Bonsoir

Une question pour ceux qui calculent sur ce projet : les données d'avancement sont fiables? -> http://i137.photobucket.com/albums/q210/Sekerob/WCGYearsPi1Project.png
Si c'est le cas il reste seulement 2 mois de travail.

Mais je doute qu'avec une appli CPU only le projet ait une avancement de 0,28 % par jour.
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: mamouth le 20 juin 2013 à 19:56
Actuellement il n'y a plus que 3 projets actifs sur WCG
donc ces projets avancent beaucoup plus vite qu'initialement prévu quand il y avait 8-9 projets actifs

Il se pourrait même que ce soit mois de 2 mois
Donc Attention pour les badges et les étoiles wuprop
Titre: Re : Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: foo_fight le 20 juin 2013 à 21:36
donc ces projets avancent beaucoup plus vite qu'initialement prévu quand il y avait 8-9 projets actifs
C'est pas faux en effet.

Etrangement les deux autres projets actifs ne semblent pas bénéficier du même report.
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: Lic le 21 juin 2013 à 08:58
Si tu regardes les stats du projet FAAH, il récupère une bonne partie de la puissance de calcul suite à la fin des projets. Pour CEP2 c'est moins évident du fait du paramétrage spécifique à ce projet.

Pour DSFL je pense même que la fin sera dans moins d'un mois. Pour rappel les responsables du projet avait estimé la fin en août mais il y avait plus de projets en cours à l'époque.
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,34988 (http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,34988)
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 25 juin 2013 à 16:32
En effet.
Perso, je viens juste d'avoir le badge d’émeraude (un an) et je serre les fesses pour accrocher le badge de saphir avant la fin. J'ai mis tout ce que je pouvais dessus...  :gniak:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: Lic le 26 juin 2013 à 10:53
Je vais avoir le badge rubis, j'ai réussi mon objectif :)
Pour t'aider dans ta mission de badge saphir, tu peux te repérer au nom des UT. Les dernières commenceront par DSFL_00100-53...
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 26 juin 2013 à 14:18
Bien vu...  :sun:

J'ai aussi l'espoir qu'un nouveau projet soit lancé d'ici peu, comme annoncé récemment (je n'ai plus le lien...  :desole:). Tout le monde va sauter dessus et lâcher du lest sur DSFL...
Là, je tourne à 8 jours de calcul par jour. Comme il reste environ 50 jours de calcul et qu'il me faut faire 350 jours pour le badge. C'est jouable, à condition de na pas mollir, ou de pas avoir un PC qui me lâche...   :coffeetime:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 02 juillet 2013 à 09:40
Les dernières UTs touchées ce matin sont des  DSFL_00100-49.
Ça va être chaud pour le badge de saphir...  :pompiste:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: mamouth le 02 juillet 2013 à 14:24
https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35307

De nouvelles UT annoncées, un répit pour les chasseurs de badges
Le graph indique 42 jours avant la fin du projet mais je ne sais pas si il tient  compte de ces nouveaux batch

 
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 02 juillet 2013 à 16:45
Bonne nouvelle, ça...  :gniak:

(https://statseb.boinc-af.org/img/badge/dsfl_5.jpg)  :love:  :love:  :love:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 le 02 juillet 2013 à 20:55
Bravo cottesloe  :05_16: :clafete:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 02 juillet 2013 à 23:39
Attends, ce n'est pas encore fait. Il me reste environ 280 jours de calculs pour l'avoir.
Mais au train ou je vais (entre 8 et 12 jours de calcul par jour), il est faisable avant la fin du projet.
C'est pour ça que je verrai d'un bon œil une prolongation du projet. Ça me laisserait du mou pour finir.   :sun:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: JeromeC le 03 juillet 2013 à 12:13
Tu verrais d'un bon œil d'avoir un bel œil, logique :)
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 04 juillet 2013 à 08:31
Après les UTs  DSFL_00100-53, j'ai touché des DSFL_X03_000... ce matin.
Pourvu que ça dure...  :cavapobienmwa:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: Lic le 04 juillet 2013 à 13:23
Ça va jusqu'à X19_0000057 en fonction de ce qu'il te manque fais du stock en montant le cache de tes BM ;)
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 05 juillet 2013 à 07:31
Ça va être chaud... Je calcule déjà des X07...  :heink:
A mon rythme actuel, il me faut encore 20 à 25 jours pour arriver au badge...  :dingue:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 09 juillet 2013 à 09:18
Tout est "down" ce matin sur WCG.
Pas moyen de renvoyer ou charger des UTs.
Même le site Internet est inaccessible...  :(
Titre: Re : Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: LOCTET SetiOne le 09 juillet 2013 à 17:33
Ça va être chaud... Je calcule déjà des X07...  :heink:
A mon rythme actuel, il me faut encore 20 à 25 jours pour arriver au badge...  :dingue:
Je l'ai eu inextremiste mais par contre plus de nouvelles UT malgré des param à 10J et tout autre projet suspendu

Tout est "down" ce matin sur WCG.
Pas moyen de renvoyer ou charger des UTs.
Même le site Internet est inaccessible...  :(
Ce doit être reparti je viens d'en envoyer un paquet

Garde espoir surtout si tu en as en cache  :hyperbon:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: modesti le 09 juillet 2013 à 22:22
Le projet est passé en intermittent :cpopossib: :(

Je ne suis pas sûre que mon cache suffira pour obtenir le badge doré :cry: Mais au moins il est en rouge chez Seb :D
Titre: Re : Re : Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 10 juillet 2013 à 07:38
Garde espoir surtout si tu en as en cache  :hyperbon:

J'ai du cache, mais j'ai peur que ça ne suffise pas.
D'après mes estimations, il va me manquer environ 100 jours de calculs pour le badge saphir.  :spamafote:
C'est con, il aurait été mon 1er badge de saphir WCG...  :(  mais ce n'est pas grave, car j'ai renvoyé près de 3500 résultats pour les chercheurs qui luttent contre cette maladie, et c'est ça qui compte  :jtevoivnir:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: JeromeC le 10 juillet 2013 à 17:20
C'est beau le dévouement et la résignation du cruncher :jap:
Titre: Re : Re : Re : Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: LOCTET SetiOne le 10 juillet 2013 à 20:40
Garde espoir surtout si tu en as en cache  :hyperbon:

J'ai du cache, mais j'ai peur que ça ne suffise pas.
D'après mes estimations, il va me manquer environ 100 jours de calculs pour le badge saphir.  :spamafote:
C'est con, il aurait été mon 1er badge de saphir WCG...  :(  mais ce n'est pas grave, car j'ai renvoyé près de 3500 résultats pour les chercheurs qui luttent contre cette maladie, et c'est ça qui compte  :jtevoivnir:
  :jap: :jap:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: mamouth le 16 octobre 2013 à 16:03
MAJ des responsables du projet

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35691_offset,0#435090

En quelques mots
ils sont toujours en train d'analyser les résultats (40% d'analysé pour le moment) , les meilleurs seront testés in vitro etc ....
ils sont aussi en train de rechercher un financement pour pouvoir mener à bien les différentes expériences en laboratoire

Le projet passe du statut intermitent à terminé
et on parle d'une éventuelle phase 2 du projet l'année prochaine
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: Spica le 16 octobre 2013 à 16:35
 :jap: :jap:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF] fansyl le 05 novembre 2016 à 12:06
Des nouvelles datant du 8 septembre 2016 concernant ce projet, c'est très prometteur !

Citer
Les chercheurs publient des résultats sur le potentiel de nouveaux traitements pour la leishmaniose

Par le Docteur Carlos López Muskus
Coordinateur, biologie moléculaire et informatique Unité, Université PECET d'Antioquia
Le 8 septembre 2016

Récapitulatif
L'équipe de "Drug Search for Leishmaniasis" a récemment publié ses résultats dans le "Journal of Computer-Aided Molecular Design". En utilisant la puissance de calcul du World Community Grid, ils ont identifié plusieurs composés médicamenteux qui peuvent conduire à l'amélioration des traitements pour cette maladie négligée et parfois mortelle.

(http://www.worldcommunitygrid.org/lt/images/news/2016/dsfl-dhodh-ligand.jpg)
L'un des meilleurs ligands liés à la déshydrogénase dihydrorootate (DHODH) de la Leishmania major.
(a) la liaison prédite à l'intérieur de la structure cristalline
(b) Superposition des conformations du ligand prédit se lier à chacune des conformations de protéines extraites à partir DHODH la simulation MD


Contexte
La Leishmaniose, l'une des maladies tropicales les plus négligées dans le monde, infecte plus de deux millions de personnes chaque année. La maladie est provoquée par un parasite (genre Leishmania) qui est transmis entre les humains et les animaux femelles par phlébotomes. Le nombre de cas continue d'augmenter dans les pays tropicaux tels que le Bangladesh, l'Inde, le Soudan, l’Éthiopie, le Brésil, la Colombie, le Pérou et d'autres.

Les traitements existants pour la leishmaniose peuvent provoquer des effets secondaires graves. En outre, les parasites résistants aux médicaments sont à l'origine des problèmes majeurs dans de nombreux pays. Pour ces raisons, il y a un besoin urgent de nouveaux composés médicamenteux anti-leishmaniose, sûrs et peu coûteux.


Aperçu
Dans notre article, nous décrivons en détail les étapes que nous avons prises pour identifier les cibles de médicaments protéiques, qui comprenait la projection de 600.000 molécules afin de déterminer ce qui pourrait conduire au développement de nouveaux traitements pour la maladie. Plus précisément, nous avons cherché des médicaments qui ciblent les protéines qui sont essentielles à la survie du parasite qui provoque la leishmaniose. En trouvant des molécules qui se lient à ces protéines, elles peuvent potentiellement être désactivées, arrêtant ainsi l'infection et permettant de guérir la maladie.

Le document décrit la façon dont certaines des cibles de protéines peuvent se plier et changer de forme, ce qui présente des difficultés à trouver de bonnes molécules candidates. Nous discutons de notre approche pour faire face à ces problèmes.

En utilisant les résultats calculés sur le World Community Grid, nous avons sélectionné les dix meilleurs candidats de médicaments pour les expériences de laboratoire, ce qui a donné des résultats très prometteurs. En particulier, l'un des composés semble être capable de tuer le parasite de la leishmaniose, sans affecter les cellules humaines in vitro. Trois autres composés ont également montré des résultats prometteurs.

Nous prévoyons maintenant de travailler à modifier les trois composés prometteurs médicamenteux identifiés pour améliorer leur efficacité, la solubilité et pour minimiser la toxicité. Nous allons également évaluer d'autres meilleurs candidats en fonction des fonds que nous pouvons soulever. En outre, nous développons une plate-forme de données ouvertes avec des résultats du World Community Grid afin que d'autres chercheurs puissent exploiter nos données pour détecter des cibles de médicaments supplémentaires ou des prospects.

Vous pouvez lire un résumé de l'article ici (http://link.springer.com/article/10.1007/s10822-016-9921-4). Nous sommes reconnaissants à tous les bénévoles du World Community Grid qui ont rendu cette recherche possible en faisant don de leur puissance de calcul à ce projet.

 :hello:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: JeromeC le 05 novembre 2016 à 13:46
Ce fut d'ailleurs traduit et publié sur le portail :jap:
Titre: Re : [WCG]Drug Search for Leishmaniasis
Posté par: [AF] fansyl le 18 août 2017 à 15:44
Les chercheurs continuent de travailler sur ce projet, notamment en laboratoire: https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=534

Peut-être bientôt une traduction !

:hello: