Le Forum de l'Alliance Francophone

Boinc et les projets distribués => Biologie => Bio-Projets terminés => Discussion démarrée par: Damien le 12 juin 2008 à 06:07

Titre: Biochemical Library (ancien CSBP) [Projet suspendu]
Posté par: Damien le 12 juin 2008 à 06:07
l'URL de Computational Structural Biology Projects: http://boinc.vanderbilt.edu/CSB/ (http://boinc.vanderbilt.edu/CSB/)

L'url du projet qui se nomme officiellement Biochemical Library (BCL) : https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/ (https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/)

Projet américain basé à l'Université de Vanderbilt, à Nashville dans le Tennessee.

Plus d'infos sur la page de Jens Meiler: http://structbio.vanderbilt.edu/faculty/meiler.php (http://structbio.vanderbilt.edu/faculty/meiler.php)

Beaucoup de photos des membres de l'équipe ici: http://www.meilerlab.org/ (http://www.meilerlab.org/)

L'AF est ici: https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/team_display.php?teamid=17 (https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/team_display.php?teamid=17)



Titre: Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: xter757288 le 12 juin 2008 à 10:55
cool du boulot pour les Linuxiens...

J'vais testé ca, meme s'il y a le challenge primegrid aujourd hui

Eh bien pas d'unités envoyées pour l'instant
Titre: Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 le 12 juin 2008 à 11:05
Je viens de me brancher dessus. Tiens, on dirait aussi que ce projet est destiné aux OS Linux 64 bits.
A voir.  ;)
Titre: Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: Robrouge le 12 juin 2008 à 12:52
Tiens nous au courant si tu essaies  ;)
Titre: Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: xter757288 le 12 juin 2008 à 13:05
Ah oui, en effet, je suis en 32 bits, ceic epliquant certainement le non envoi d'unités.
Titre: Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 le 12 juin 2008 à 13:38
Citation de: Robrouge
Tiens nous au courant si tu essaies  ;)


Pas de problèmes.
Pour l'instant, je n'ai pas encore reçu d'unités.  ;)
Titre: Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 le 30 juillet 2008 à 10:21
On commence par recevoir des unités traitées par l'application BOINC BCL Fold Protein en version 1.11 . Mes premiers points arrivent.  ;)
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 mai 2009 à 20:08
tjrs rien pour ce projet apparemment
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: [AF>Libristes] Dudumomo le 13 mai 2009 à 20:17
Non rien... pas d'info, serveur d'envoi désactivé.
On peut toujours attendre
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: Jeannot Le Tazon le 26 octobre 2009 à 17:41

 :hello:
ça date du début du mois mais bon, ça a l'air de bouger un peu...

Oct 9, 2009
We are still working on migrating services to this new host. Configuration changes are still being made in an effort to block spam issues which have plagued the site. We hope to have these issues resolved quickly.

CSB project has a new home
Oct 5, 2009
The Center For Structural Biology's BOINC project is being migrated to a new and improved BOINC server.
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: al@ON le 26 octobre 2009 à 19:14

Merci Jeannot pour ces infos. :jap:
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: Hildor le 26 octobre 2009 à 19:20

L'AF n'a pas l'air d'être crée sur ce projet  :rhaa:
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: JeromeC le 26 octobre 2009 à 19:24
C'est parce que c'est une fille. Si tu lui parlais comme à une fille, elle viendrait.
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: al@ON le 26 octobre 2009 à 19:42

Chaud bouillant le Jerome :D...


limite obsédé. :siflotte:
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: JeromeC le 29 octobre 2009 à 11:23
Obsédé par l'orthographe et la grammaire (non, j'ai pas dit "les grand-mères"), pas tout le temps mais ça m'arrive :D
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: Hildor le 29 octobre 2009 à 14:24

OK, je corrige  :cpopossib:

L'AF n'a pas l'air d'être créée sur ce projet
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: alipse le 29 octobre 2009 à 14:25
Arf il manque un "." à la fin de ta phrase  :o
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: Hildor le 29 octobre 2009 à 14:31
  :electric::gun:
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: JeromeC le 29 octobre 2009 à 17:18
Moi je trouve ça beaucoup plus beau maintenant :D

(les smileys ça compte comme signe de ponctuation ?)
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 06 novembre 2009 à 13:31
bonjour,

Je n'arrives pas à trouver l'alliance francophone pour mis attaché pour ce projet, pourquoi ?
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: al@ON le 07 novembre 2009 à 00:13

L'AF est ici: http://boinc.vanderbilt.edu/CSB/team_display.php?teamid=12
RATÉ!!! :cpopossib:... c'est le lien de cette équipe (http://www.hardfolding.com/images/new_banner_hol.gif)

Citer
Description   [H]ard|OCP is a well known computer hardware website. The DC team is one of the biggest in the world in various projects and our goal is to contribute our resources to help science.
Web site   http://www.hardocp.com (http://www.hardocp.com)

 :ayalou:
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: Pascal94 le 07 novembre 2009 à 11:27
on a plus d'infos sur ce projet ?
Titre: Re : Computational Structural Biology Projects (ou CSB)
Posté par: Jeannot Le Tazon le 10 novembre 2009 à 22:15
Le forum est en phase de test (1er essai il y a 4 jours)
J'ai essayé de me connecter, sans succès.
C'est vrai que sous BM le projet auquel je suis attaché pour l'AF est connu sous le nom de BCL@home et comme l'AF n'apparaît pas dans la liste des équipes, j'en tire la conclusion que je n'existe plus non plus !!!  :cry:


Titre: Biochemical Library
Posté par: Sébastien le 27 juin 2010 à 11:33
Peu d'informations disponibles si ce n'est que le projet est hébergé par l'université Vanderbilt.

L'URL pour s'attacher: https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/
L'AF: https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/team_display.php?teamid=17

Merci à Markken de m'avoir signalé le projet et à Origin d'avoir crée l'AF.
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 27 juin 2010 à 12:04
inscrit on verra bien ce que cela donnera
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: modesti le 27 juin 2010 à 18:40
Rien vu au sujet de Boinc sur le site de l'université ou de leur service informatique :/
Est-ce que le projet servirait juste à enregistrer et classifier les bouquins de leur bibliothèque ? :??:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: supersnoopy le 27 juin 2010 à 19:26

drapal
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 18:12
Moi aussi, énormément même... 300
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Antares le 13 octobre 2010 à 18:46
Moi aussi 14'54" de temps de calcul prévu...
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 18:47
Mais pas de point de sauvegarde et à rendre demain soir... un peu juste...
Titre: Re : Re : Biochemical Library
Posté par: Pascal94 le 13 octobre 2010 à 18:47
Rien vu au sujet de Boinc sur le site de l'université ou de leur service informatique :/
Est-ce que le projet servirait juste à enregistrer et classifier les bouquins de leur bibliothèque ? :??:

voici ce qui les infos disponibles sur le lien MeilerLab (section research (http://meilerlab.org/web/view.php?section=0&page=0)) sur le portail du projet :


Citer
Biologie structurale et chimique @ l'Université Vanderbilt

Objectifs de recherche

Les recherches dans notre laboratoire cherchent à fusionner les efforts de calcul et expérimentations pour étudier les protéines, les molécules fondamentales de la biologie, et leurs interactions avec les substrats de petites molécules, de la thérapeutique, ou des sondes. Nous développons des méthodes de calcul avec trois grandes ambitions à l'esprit: 1) pour permettre l'élucidation de la structure protéique des protéines membranaires, la principale cible de la plupart des produits thérapeutiques et de grands complexes macromoléculaires tels que les virus, 2) la conception des protéines avec une structure nouvelle et/ou la fonction d'explorer de nouvelles approches de protéines thérapeutiques et d'approfondir notre compréhension des voies de repliement des protéines, et 3) comprendre la relation entre la structure chimique et l'activité biologique quantitativement, afin de concevoir des médicaments plus efficaces et plus spécifiques. Un point crucial pour notre réussite est la validation expérimentale de nos approches de calcul que nous poursuivons dans notre laboratoire ou en collaboration avec d'autres scientifiques.

Les applications de recherche actuelles se concentrent sur de nouvelles approches pour a) le développement de médicaments et de sondes pour les troubles neurodégénératifs et les maladies incluant la schizophrénie, la maladie d'Alzheimer et de Parkinson, b) comprendre les déterminants structurels de l'antidépresseur se liant à des transporteurs de neurotransmetteurs, c) une arythmie cardiaque causée par l'interaction complexe de la réglementation des canaux potassiques et les interactions médicamenteuses, d) la résistance multi-médicaments dans le cancer et les cellules bactériennes en relation à des protéines de transport multi-médicaments, et e) les bases structurelles des infections virales et l'activité des anticorps.


La page est largement illustrée, chaque vignette menant à un nouvel article  :jap:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 18:50
Si c'est la bonne traduction, il faudrait mettre cela dans le premier post...
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Pascal94 le 13 octobre 2010 à 18:54
vous avez réussi à vous attacher à l'AF ?

je vois pas le lien "Join this Team"   :??:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: fzs600 le 13 octobre 2010 à 18:58
Pas d'application Gnu-linux  :/ 
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 18:58
Cela fait plusieurs mois que j'ai un compte et il y avait le lien... mais d'abord valide ton adresse mail peut être...
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: kikiphil le 13 octobre 2010 à 19:00
Cool du taf  :pt1cable: c parti mon kiki  :hyperbon:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Antares le 13 octobre 2010 à 19:03
La DL est vraiment courte effectivement, aucune indication sur le mode de calcul GPU ou CPU.
Et effectivement, les linuxiens sont oubliés!  :cavachier:
Titre: Re : Re : Biochemical Library
Posté par: Pascal94 le 13 octobre 2010 à 19:06
mais d'abord valide ton adresse mail peut être...
déjà fait Boris  :jap:
Titre: Re : Re : Biochemical Library
Posté par: Pascal94 le 13 octobre 2010 à 19:09
Cela fait plusieurs mois que j'ai un compte et il y avait le lien...
bah bizarrement, j'y suis rattaché  :lol:


Pas d'application Gnu-linux  :/
arrrggglll  :priz2tet: :priz2tet: :priz2tet:
Titre: Re : Re : Biochemical Library
Posté par: Antares le 13 octobre 2010 à 19:10
vous avez réussi à vous attacher à l'AF ?

je vois pas le lien "Join this Team"   :??:

Tu y apparais comme le dernier inscrit (18) avec "La frite"(17).
Titre: Re : Re : Biochemical Library
Posté par: Antares le 13 octobre 2010 à 19:13
A noter,  pensez à créer les profils  quand les premiers  points seront tombés (Enfin pour ceux qui veulent  :hello: )

Faut pas leur dire, ils vont me rattraper! :rhaa:




 :dsl:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 19:16
Je suis utod, on va voir si je le reste 24h...

Edit : j'y suis rester 5 minutes
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 20:54
On n'est pas nombreux...
Titre: Re : Re : Biochemical Library
Posté par: la frite le 13 octobre 2010 à 21:00
Perdu, c'est moi maintenant  :lol:

Et non c'est mon tour!!  :siflotte:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 21:18
C'est bizarre mon BM commence des uts et il ne les finit pas, il passe à d'autres uts ?!
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: modesti le 13 octobre 2010 à 21:18
voici ce qui les infos disponibles sur le lien MeilerLab (section research (http://meilerlab.org/web/view.php?section=0&page=0)) sur le portail du projet :



La page est largement illustrée, chaque vignette menant à un nouvel article  :jap:

Vu la description, il pourrait certainement être classé dans la rubrique "Biologie", non ? :ange:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: modesti le 13 octobre 2010 à 21:20
C'est bizarre mon BM commence des uts et il ne les finit pas, il passe à d'autres uts ?!

Un problème de RAM peut-être ?
Il est écrit quoi dans la colonne "Etat" ?
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: samuel debergh le 13 octobre 2010 à 21:20
je m'y suis mis
Titre: Re : Re : Re : Biochemical Library
Posté par: Antares le 13 octobre 2010 à 21:21
Et non c'est mon tour!!  :siflotte:

Non c'est moi  :warf:

Y a plus qu'à mettre le projet dans le FB, les stats etc.

Seb du taff pour toi... :hap:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 21:29
Un problème de RAM peut-être ?
Il est écrit quoi dans la colonne "Etat" ?

non cela ne prends pas beaucoup de ram : 12mo
dans la colonne état : calcul en cours ou calcul en attente...
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: modesti le 13 octobre 2010 à 21:38
Alors ne cherche pas à comprendre. Ça arrive parfois. Sur ma bécane j'observe ce phénomène surtout quand je fais tourner DNETC sur le GPU. Avec Milky j'ai pas le souci. :spamafote:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Antares le 13 octobre 2010 à 21:42
Pour le moment, pas supporté par BAM.
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 22:27
Pourquoi l'AF n'est pas dans le classement : https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/top_teams.php
Titre: Re : Re : Biochemical Library
Posté par: kikiphil le 13 octobre 2010 à 22:43
Pourquoi l'AF n'est pas dans le classement : https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/top_teams.php

Sa doit etre fait que une fois par jour  :sun:

Sinon Felicitation pour ta 1er place de l'af sur ce projet a l'heure actuelle  :jap:
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 13 octobre 2010 à 22:45
merci
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: tibidao le 14 octobre 2010 à 09:43
J'ai comme un doute, sur mon descriptif dans la catégorie bio j'ai un projet :
Computational Structural Biology Projects (CSBP ou CSB), qui a aussi comme nom donné BCL.
Sur le forum EDLS d'ailleurs, il y a un seul topic pour les deux.

Et en fin de descriptif, la signature : Center for Structural Biology

Quelqu'un se demande comme moi s'il nes'agit pas d'un seul et même projet, dont le nom définitif a été choisi, et l'adresse du site légèrement changé en conséquence ? :p  :siflotte:

Si un admin ou un modo pouvait arranger tout ça en zone bio, merci beaucoup.  :jap:

EDIT : j'ai vérifié, une simple fusion avec changement de titre mettra tout dans l'ordre normalement.  :D
Titre: Re : Biochemical Library
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 14 octobre 2010 à 22:50
Nouvelle appli bio chemical library beta 2.54...
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: tibidao le 15 octobre 2010 à 08:09
Merci Antares pour le déplacement, j'ai juste complété en fusionnant avec l'ancien topic (de CSBP).  :jap:
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 15 octobre 2010 à 20:30
Le nombre max de wu téléchargeable par le projet; on peut le voir sur notre compte projet ?
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: luger11 le 16 octobre 2010 à 17:54
bonjour à tous

j'aimerai savoir quel est le problème avec ce projet car j'ai ce message qui s'affiche

merci de votre aide

Citer
16/10/2010 17:47:22   Biochemical Library   Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 30.2% of time, computation enabled 100.0% of that
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Pascal94 le 16 octobre 2010 à 18:12
il a peur de ne pas finir l'UT à temps car ton Boinc (ou ton PC) ne tourne que 30.2% du temps  :jap:
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 16 octobre 2010 à 19:34
Depuis hier j'avais plein d'uts qui partaient en erreur alors j'ai cliqué sur recommencer le projet...
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Hildor le 16 octobre 2010 à 19:44

Et alors !  ça marche mieux !
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 16 octobre 2010 à 19:45
non car il n'y a plus d'uts à calculés...  :lol:
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 17 octobre 2010 à 01:01
Des chercheurs de l'université de Vanderbilt on découvert une nouvelle classe de cristaux liquides :

http://www.vanderbilt.edu/exploration/stories/zwitterion.html?utm_source=vuhomepage&utm_medium=vuhomeslider&utm_campaign=liquidcrystalexploration (http://www.vanderbilt.edu/exploration/stories/zwitterion.html?utm_source=vuhomepage&utm_medium=vuhomeslider&utm_campaign=liquidcrystalexploration)

C'est du sérieux cette université....
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 17 octobre 2010 à 01:06
C'est la page des résultats de nos calculs ce qui suit ? http://meilerlab.org/web/view.php?section=0&page=10
Titre: Re : Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: rvp_lan le 27 octobre 2010 à 01:30
Citation de: Polynésia
C'est du sérieux cette université...
Ben justement, je viens de relire les 3 pages du thread, la page du projet, la page de l'université, je n'arrive pas à me faire une idée sur la nature financière du projet.

J'apprécie quand on a plus d'infos sur l'engagement d'un projet (particulièrement en biologie) à bien redistribuer ses infos (une partie de en tout cas) dans le domaine public, à partir du moment où ils bénéficient de nos gentils CPU gratuitement.

Souvent les universités sont adossées à des labos privés pour financer les recherches, c'est juste histoire de vérifier où iront les résultats de calculs.
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Infomat le 27 octobre 2010 à 02:18
Tiens un commodore.
Ca faisait longtemps que j'en avais pas vu... :/
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 29 octobre 2010 à 01:09
Apparemment, ils vont développer une appli GPU open cl... pour des recherches sur la schizophrénie notamment...

http://meilerlab.org/web/view.php?section=0&page=28

https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/forum_thread.php?id=7#12
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: tibidao le 07 novembre 2010 à 01:58
Je ne sais pas de quand ça date, mais il y a ça sur la page d'accueil du site :

Citer
We are currently expriencing problems on the server after it was upgraded. We are trying to resolve that as soon as possible.

Nous avons actuellement quelques problèmes sur le serveur, consécutifs à une mise à jour effectuée. Nous essayons de résoudre ça au plus vite.  :jap:

Forcément, quand je veux créer mon compte... déjà que VRS je peux pas m'y inscrire.....  :priz2tet:

Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: Pascal94 le 06 mai 2012 à 12:43
Citer
Virtual Campus Supercomputing Center

Powered by BOINC

Thanks for your interest into the Biochemical Library (BCL) project.

Unfortunately we have to disable the Boinc server for BCL for now. We do currently not have sufficient resources that would allow us to maintain and further improve the Boinc server. We plan to reactivate the Boinc server as soon as we can continuously manage it.

We will announce new plans and updates on the Meilerlab website.

Prof. Jens Meiler & The Meiler Lab
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP)
Posté par: ousermaatre le 06 mai 2012 à 13:14
trad: (rapide)

Nous avons débranché le serveur BCL pour Boinc. Nous n'avons actuellement pas suffisamment de ressources afin de maintenir actif notre projet via le serveur BOINC.

Nous pensons réactiver celui.ci dès que nous pourrons à nouveau nous en occupper. (plus de ressources)

Pour le moment, les informations et les nouvelles seront annoncées sur notre site Meierlab.
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP) [Projet suspendu]
Posté par: Pascal94 le 06 mai 2012 à 16:46
merci Ouser, j'ai complètement oublié la trad pour ceux qui ne comprennent pas l'anglais  :etmerde:
Titre: Re : Biochemical Library (ancien CSBP) [Projet suspendu]
Posté par: ousermaatre le 06 mai 2012 à 16:48
 :kookoo: pas grave, lorsque c'est simple à traduire, ça va. :D