Le Forum de l'Alliance Francophone

Boinc et les projets distribués => Biologie => Discussion démarrée par: Zarck le 21 December 2013 à 00:51

Titre: TN-Grid Test Platform
Posté par: Zarck le 21 December 2013 à 00:51
                                                                                                                             (https://gene.disi.unitn.it/test/img/logo_CNR_affiancato.png)





Infos utiles.
Projet actuellement hébergé par l'université de trente http://www.unitn.it/ (http://www.unitn.it/)
Pour se créer un compte il faut un code d'invitation qui est : science@tn

Statut : actif
URL du projet : http://gene.disi.unitn.it/test/ (http://gene.disi.unitn.it/test/)
Applications disponibles : http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php (http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php)
État du serveur : http://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php (http://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php)
L'alliance francophone : http://gene.disi.unitn.it/test/team_display.php?teamid=6
Temps de calcul et points de sauvegarde : http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=TN-Grid+Test+Platform&application=Gene+Network+Application (http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=TN-Grid+Test+Platform&application=Gene+Network+Application)
Classement mondial de L'AF : https://www.boincstats.com/stats/150/team/list/ (https://www.boincstats.com/stats/150/team/list/)

Informations complémentaires (par fzs600, Maugou et Ouser) 17.12.2015

Projet: Les flavonoïdes (https://fr.wikipedia.org/wiki/Flavono%C3%AFde) du raisin

La vigne (les espèces de vigne) est l'une des cultures fruitières les plus importantes en termes de superficie cultivée et d'impact économique, mais aussi pour son importante utilisation de pesticides. Malgré cette importance, on en sait peu sur les circuits de régulation moléculaire sous-jacents de la physiologie de cette espèce.

De toute évidence, une meilleure connaissance de la biologie de la vigne aurait un effet positif sur les pratiques de gestion et de vinification afin d'aboutir finalement à une viticulture durable.
La viticulture "verte", qui est une culture de la vigne plus durable répondant aux besoins du présent sans compromettre les moyens de subsistance et les besoins des générations futures, est une demande de plus en plus importante de la société. Et cela est vrai pour la province du Trentin (Italie), où les vignes sont souvent situées à proximité des villages.

Aujourd'hui, nous avons la chance de disséquer les circuits de régulation moléculaire de la vigne à un rythme sans précédent, grâce aux connaissances accumulées durant les 10 dernières années. Depuis la découverte de la séquence du génome de la vigne en 2007 (Jaillon et al. Nature, Velasco et al. PlosOne) la classification d'environ 30.000 gènes qu'il contient ont été mesurés dans des dizaines d'expériences contrôlées et sont accessibles au public (http://vitis.colombos.fmach.it/).

Dans la vigne, les flavonoïdes constituent l'un des sous-groupes les plus abondants de métabolites secondaires du fruit, qui influent sur la qualité, les bienfaits pour la santé (antioxydants) et la typicité des vins. Leurs liens avec de nombreuses espèces végétales sont principalement régulés par des facteurs de transcription qui modulent l'expression des chemins génétiques. Dans ce projet spécifique TN-Grid, notre objectif est d'acquérir de nouvelles connaissances au sujet du séquençage des flavonoïdes , de trouver de nouveaux gènes qui en font partie ou qui ont un effet régulateur sur celle-ci. Ces nouvelles données permettront d'aider sur le long terme, à faire croître des raisins de meilleure qualité pour une viticulture durable.

NDT: chemin génétique, aussi appelé voie génétique, est une voie métabolique (https://fr.wikipedia.org/wiki/Voie_m%C3%A9tabolique) (également appelée voie de biosynthèse) d'un ou plusieurs gènes. En résumé, une série d'étapes consécutives de transformation dans l'organisme liées à ce(s) gène(s).
Pour les nerds, c'est la description pas à pas du programme de réactions biochimiques introduites par un/des gène(s); "qui modulent l'expression des chemins génétiques" peut se comprendre comme "qui changent les paramètres du programme biochimique introduit par un/des gène(s)".

Mis a jour par fzs600 le 6 Aout 2023.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 21 December 2013 à 08:23
 :hello:

Pas sur que cela  soit un projet BOINC. 
http://www.tngrid.tn/index/ (http://www.tngrid.tn/index/)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: kasur le 21 December 2013 à 13:57
Comme mon VDD, peut etre un portage sur Boinc.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 21 December 2013 à 14:44
wait and see...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 21 December 2013 à 15:38
Hello,

En grattant, j'ai trouvé ceci :

http://www.tngrid.tn/index.php/index/overview

Pas vraiment un projet BOINC, et euh pas réussi à m'inscrire donc je ne cherche pas plus loin ;)

 :coffeetime:


Euh ............ je dois avoir des problèmes de vue ...

:hello:

Pas sur que cela  soit un projet BOINC. 
http://www.tngrid.tn/index/ (http://www.tngrid.tn/index/)

@fzs600  :dsl:  Toutes mes excuses, je n'avais pas fait attention ... tu avais déjà trouvé ce site :siflotte:

Vais aller me reposer  :aulit:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 26 March 2014 à 18:23
ouser  :hello:

Merci pour la mise a jour.

 :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: kasur le 26 March 2014 à 18:52
 :cry:

Citer
We would also like to thank the members of the BOINC.Italy community who are helping us in this testing phase.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 27 March 2014 à 08:49
Nouveau projet Bio  :love: :love:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 27 March 2014 à 11:47
Il faut un code d'invitation  :(
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: kasur le 18 April 2014 à 02:24
News sur le site: le projet poste une présentation en pdf, en anglais mais non technique
http://gene.disi.unitn.it/test/documents/gene@home.ICT.Days.2014.pdf (http://gene.disi.unitn.it/test/documents/gene@home.ICT.Days.2014.pdf)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 28 April 2014 à 17:54
Intéressante présentation.

Sur le "quoi" du projet :

Citer
We compare the expression levels of two different genes.
Relations between genes become correlations when their expression levels have a similar trend.
Citer
Nous comparons les niveaux d'expression de deux gènes différents.
Les relations entre les gènes deviennent des corrélations lorsque leurs niveaux d'expression ont une tendance similaire.

Sur le "comment" :
Citer
We use PC-algorithm to find causal relationships among genes, exploiting their expression levels in different samples.
Correlations between genes are computed using Peason coefficient.
Citer
Nous utilisons l'algorithme PC pour trouver des relations de cause à effet entre les gènes, en exploitant leurs "niveaux d'expression" dans différents échantillons.
Les corrélations entre les gènes sont calculées en utilisant le coefficient Peason ["PC"].

Citer
Run PC-algorithm on the whole genome is not convenient. So we use PC-IM to iteratively run PC-algorithm on genome portions.
We implemented an efficient version of the PC-algorithm, named PC++
Citer
Exécutez l'algorithme PC sur l'ensemble du génome n'est pas commode. Donc nous utilisons PC-IM pour exécuter de manière itérative l'algorithme sur des parties du génome.
Nous avons implémenté une version efficace de l'algorithme PC, nommé PC++

Sur le "pourquoi boinc" :

Citer
Genoms and gene networks are huge. We want expand many gene networks of several organisms.
This work is hard and computationally heavy.
Citer
Les génomes et les réseaux de gènes sont énormes. Nous voulons développer de nombreux réseaux de gènes de plusieurs organismes.
Ce travail est difficile et requiert de très lourds calculs.

Citer
By joining Gene@home project, a BOINC user can help the improvement of:
  • health
  • agriculture
  • biotechnologies
... just making available their personal computers for computation

Citer
En rejoignant le projet Gene@home, un utilisateur BOINC peut aider à l'amélioration de:
  • la santé
  • l'agriculture
  • les biotechnologies
... juste en mettant à disposition leurs ordinateurs personnels pour le calcul
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 28 April 2014 à 19:09
ouaip à suivre
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 08 May 2014 à 19:24
 :hello:

Réglage des paramètres, la phase 1 est terminée! → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=85&postid=404#404 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=85&postid=404#404)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: LOCTET SetiOne le 15 May 2014 à 22:47
J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider  :??:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 15 May 2014 à 22:56
Personne à un code d'invitation ?
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Prof le 15 May 2014 à 23:48
J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider  :??:

 :kookoo:
Tu as des stats ds statsbzh et dans boincstats aussi mais apparemment Seb n'as pas encore inclus ce projet ou alors, comme l'a dit fzs600, peut-être faut-il attendre que le projet soit rendu public avant de l'inclure!?
Je ne connais pas les règles dans ce cas de figure!
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 16 May 2014 à 00:22
En tous cas sur Mac ça marche bien :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: LOCTET SetiOne le 16 May 2014 à 08:53
@Prof oui j'ai vu merci, exact Seb a déjà de quoi faire
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 17 May 2014 à 21:04
On va voir ce que ça donne sur le vieux laptop : première estimation, 3H pour la WU ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 17 May 2014 à 21:51
Vous avez fait comment pour vous inscrirent ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: lionelc le 18 May 2014 à 00:55
bonsoir
il faut écrire et demander un code d'invitation à http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php

lionel
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: lionelc le 18 May 2014 à 10:02
non pas de graphiques ou de photos.
seulement du calcul qui va plutôt vite (30 minutes pour les dernières UT)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 18 May 2014 à 12:39
bonsoir
il faut écrire et demander un code d'invitation à http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php (http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php)

lionel

merci
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 18 May 2014 à 20:47
Ca a bien pris environ 3H sur le vieux P4-m 1.4 GHz ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 07 June 2014 à 17:48
Oulà la nouvelles WUs : annoncées pour 250H environ avec une deadline au 11 ... ça risque de pas passer :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 12 June 2014 à 13:53
Sur les 5 UTs (Gene Network Application v0.09) que j'ai eu (sur mon Mac) depuis le 06/06 elles ont duré entre 3h45 (réel CPU 2,3) et 30h (réel CPU 21h). C'est pas mal plus que celles d'avant, boinc doit avoir un petit temps d'adaptation à la nouvelle donne je pense.

Citer
gene@home: Leave one out phase
Dear all,
we started a new phase for leave-one-out processing. Our goal is to evaluate the recall of our algorithm w.r.t. different parameters. We removed from the starting local gene network one gene at time in order to see if we are able to find it.

Have a nice crunching, and thanks to all! :) 5 Jun 2014, 16:32:59 UTC · Commentaire
Citer
gene@home: phase "Laissez-en un"

Bonjour à tous,

Nous avons commencé une nouvelle phase pour du traitement "Laissez-en un". Notre objectif est d'évaluer l'impact de différents paramètres sur notre algorithme. Nous avons retiré du "réseau local de gènes naissant" un gène à la fois afin de voir si nous sommes capables de le trouver.

[j'avoue humblement ne pas tout comprendre :D]

Bon crunch et merci à tous! :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 14 June 2014 à 08:47
Citer
Hello Philippe,
thanks for your interest in our project.
The invitation code is _______________ (;))
Please do not post it on a public site, but you are free to send it privately to anyone of your team that is interested. The reason for using invitation codes is that our server is, by now, just a virtual machine with limited resources, we cannot afford by now to have thousands of users.
Best Regards,
Paolo

--
Best Regards,

Gene@Home Team

Facebook: https://www.facebook.com/gene.at.home.tn
Twitter: https://twitter.com/gene_at_home
Flickr: http://www.flickr.com/photos/107024422@N04/

Hello !  :hello:

Puisqu'ils demandent de ne pas publier le code en public, mais qu'ils autorisent sa transmission à d'autres crunchers de l'équipe, je peux vous l'envoyer par MP sur simple demande ;)
Leur serveur n'est pas encore assez puissant pour autoriser l'accès à des milliers de crunchers, car il s'agit d'une simple VM.
 :jap: :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 26 June 2014 à 09:54
Citer
We are waiting for all the recently distributed workunits to come back (just one missing by now) before taking some time to analyze the results and planning new work distribution. We are still in the validation/testing phase of the algorithm we developed, we have obviously to check it thoroughly before going into the production phase. In the meantime we are writing a scientific paper describing it and this also take some time. However, expect some more news at the beginning of the next week. Thanks all again for your help.

Citer
Merci à Modesti pour la traduction et la relecture... :love:

Nous attendons que toutes les unités de travail récemment distribuées reviennent (il n'en manque plus qu'une) avant de prendre le temps pour analyser les résultats et planifier la distribution de nouvelles tâches.

Nous sommes toujours dans la phase de validation / de test de l'algorithme que nous avons développé, nous devons visiblement le vérifier soigneusement avant d'entrer dans la phase de production. En attendant, nous rédigeons un article scientifique le décrivant et cela prend également un certain temps. Toutefois, attendez davantage de nouvelles au début de la semaine prochaine.

Merci encore à tous pour votre aide.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 26 June 2014 à 11:17
Après relecture humaine:

Nous attendons que toutes les unités de travail récemment distribuées reviennent (il n'en manque plus qu'une) avant de prendre le temps pour analyser les résultats et planifier la distribution de nouvelles tâches. Nous sommes toujours dans la phase de validation / de test de l'algorithme que nous avons développé, nous devons visiblement le vérifier soigneusement avant d'entrer dans la phase de production. En attendant, nous rédigeons un article scientifique le décrivant et cela prend également un certain temps. Toutefois, attendez davantage de nouvelles au début de la semaine prochaine. Merci encore à tous pour votre aide.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 29 June 2014 à 12:48
Ma grosse WU qui a duré plus de 200H a rien rapporté, hors deadline et pas annulée par le serveur automatiquement :(
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 02 July 2014 à 20:40
 :hello:

Des nouvelles → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=94&postid=429#429 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=94&postid=429#429)

 :jap:
Titre: TN-Grid Test Platform - Projet suspendue
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 12 August 2014 à 00:39
Projet suspendue jusqu'à mi-septembre : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=95
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 30 October 2014 à 06:48
 :hyperbon: :hyperbon:

Citer
30 Oct 2014, 1:27:25 UTC    30 Oct 2014, 5:45:00 UTC    Terminé et validé    1,891.91    1,832.79    13.32    Gene Network Application v0.09
30 Oct 2014, 1:27:25 UTC    30 Oct 2014, 5:45:00 UTC    Terminé et validé    1,917.81    1,867.87    13.22    Gene Network Application v0.09
    30 Oct 2014, 1:27:25 UTC    30 Oct 2014, 5:45:00 UTC    Terminé et validé    1,941.09    1,877.79    13.35    Gene Network Application v0.09
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 30 October 2014 à 23:09
Vi j'en ai eu 26 qui ont toutes fonctionné.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 30 October 2014 à 23:39
Il faut toujours demander un code d'activation?
J'ai essayé de rejoindre ce projet, mais, a priori, ils n’acceptent plus de nouveau compte... 
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 31 October 2014 à 06:40
Il faut toujours demander un code d'activation?
J'ai essayé de rejoindre ce projet, mais, a priori, ils n’acceptent plus de nouveau compte...

 :hello:

Si tu leur écris pour leur demander un code d'invitation, ils devraient te l'envoyer ;)

 :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 31 October 2014 à 08:37
Il faut toujours demander un code d'activation?
J'ai essayé de rejoindre ce projet, mais, a priori, ils n’acceptent plus de nouveau compte... 

"Vous avez un nouveau message" :siflotte:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 31 October 2014 à 18:04
VU !!!
Merci pour l'info, en plus ça marche encore...
Je suis donc sur ce projet depuis, euhhh ... 5 min...  :siflotte:

Vielen Dank, Frau modesti  :smak:

PS: j'aime bien ton nouvel avatar...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 31 October 2014 à 18:56
:jap:

Avatar temporaire pour Halloween (je sais, on n'est pas vendredi 13, mais il suffit d'inverser les chiffres :D). Pour Noël c'en sera encore un autre ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 31 October 2014 à 19:36
J'ai deux WUs en cours depuis hier ... j'espère qu'elles seront pas excessivement longues comme c'est déjà arrivé une fois sur ce projet ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 02 November 2014 à 22:21
J'en ai eu un paquet récemment, elles ont mis entre 45mn et 9h sur mon Mac i7 selon les modèles...
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 03 November 2014 à 07:09
elles ont mis entre 45mn et 9h selon les modèles...
Spafo.
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 03 November 2014 à 09:14
VU !!!
Merci pour l'info, en plus ça marche encore...
Je suis donc sur ce projet depuis, euhhh ... 5 min...  :siflotte:

Cruncher c'est bien mais pour l'AF c'est mieux ;)
http://gene.disi.unitn.it/test/show_user.php?userid=174 (http://gene.disi.unitn.it/test/show_user.php?userid=174)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 03 November 2014 à 23:13
cottesloe ! bonnet d'âne !!! :gun:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 04 November 2014 à 07:32
Ah, c'est pour ça que je ne vois pas mes points dans les stats...
T'as raison...  :ane:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: nabz le 04 November 2014 à 10:13
J'imagine ton avatar avec du goudron et des plumes !  :siflotte:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 04 November 2014 à 20:24
On s'en fout tant que ça calcule.

Bon par contre, ils sont pas très généreux sur les points ... :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Xe120 le 04 November 2014 à 23:03
On s'en fout tant que c'est utile pour la science.  :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 05 November 2014 à 09:38
Il ne faut pas oublier que l'affichage graphique consomme des ressources ;) mais comme tu dis, Zarck, chacun fait comme il veut :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 05 November 2014 à 22:52
On s'en fout tant que c'est utile pour la science.  :D
:lol:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 12 November 2014 à 21:00
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=99&postid=451#451 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=99&postid=451#451)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Antares le 20 November 2014 à 23:04
Projet down...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 21 November 2014 à 09:33
De retour avec des WU. Par contre pas cool pour eux d'avoir perdu des données.

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 21 November 2014 à 11:56
De retour avec des WU. Par contre pas cool pour eux d'avoir perdu des données.

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101)

Merci pour l'info  :jap:
On va leur donner un petit coup de main pour récupérer tout ça plus vite ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 25 November 2014 à 10:46
Merci Phil1966 pour le coup de main ^_^

Ils ont redistribué l'ensemble des WU perdues et presque toutes recalculées ;)
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101&postid=460#460 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101&postid=460#460)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Philippe06121966 le 25 November 2014 à 12:51
 :jap:

Merci à toi d'avoir attiré notre attention sur le problème  :hello:

Suis pas resté aussi longtemps que j'aurais voulu, FB "oblige" ;)

 :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 27 November 2014 à 23:33
J'ai des WUs en continue en ce moment :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 04 December 2014 à 13:41
Depuis ce matin, j'ai des soucis de téléchargement de WU sur mes machines Windows du boulot.

04/12/2014 11:12:11   TN-Grid Test Platform   Started download of ec_v2_mgn.csv
04/12/2014 11:12:12   TN-Grid Test Platform   Temporarily failed download of ec_v2_mgn.csv: HTTP error

Quelqu'un a aussi le problème ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: al@ON le 04 December 2014 à 14:01
 :kookoo: Lic... aucun blème pour moi (Gene Network Application 0.09).
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Antares le 04 December 2014 à 14:58
Moi aussi, ce doit être un souci sur un DSLAN...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Lic le 05 December 2014 à 11:47
Avec l'aide de l'admin du projet, j'ai trouvé mon problème.
C'est le proxy du boulot qui bloque le transfert de fichier de taille supérieure à 100Mo.
Utilisant BoincPortable (et donc une version 6.10.60 de Boinc) le transfert de ce fichier ne peut pas se faire en version compressée.
L'admin m'a permis d'avoir accès directement au fichier compressé que j'ai pu déposé décompressé dans le répertoire du projet.
C'est vraiment appréciable d'avoir un admin aussi réactif et capable d'aider rapidement les crunchers  :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 05 December 2014 à 19:14
Et surtout un admin qui soit d'accord pour que tu crunches sur l'ordi du boulot !!! Moi j'ose même pas en parler...

(= je le fais sans le dire :siflotte:)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 09 December 2014 à 21:35
 :hello:

Des nouvelles → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=103&postid=468#468 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=103&postid=468#468)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 07 March 2015 à 15:22
gene@home: status →  http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=108&postid=492#492 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=108&postid=492#492)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jaehaerys Targaryen le 07 March 2015 à 20:04
Nous avons presque terminé avec notre lot en cours (extension locale E. Coli).

Nous allons d'abord analyser les résultats (ce qui prendra un certain temps), alors nous serons en mesure de choisir le meilleur, plus petit ensemble de paramètres de l'algorithme et l'utiliser nous prévoyons de l''étendre en optimisant ainsi le calcul.

En attendant, nous allons commencer une autre expérience sur Arabidopsis thaliana, mais avant de commencer, nous devons attendre jusqu'à ce que tous les travaux sur E. coli a été généré.

Ce sera fait manuellement, espérons-le, lundi prochain.

Pour cette raison, il pourrait y avoir une pénurie de unités ce week-end.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 10 June 2015 à 19:33
 :hello:

gene@home: Scientific Results (June 2015) : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=113&postid=506#506 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=113&postid=506#506)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 11 June 2015 à 09:11
:jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: ousermaatre le 17 December 2015 à 18:30
mise à jour du premier post, merci fzs600 pour l'article posté en traduction.  :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 17 August 2016 à 23:44
Hello !

Et si nous crunchions un peu sur ce projet BIO ?

Ils ont besoin de puissance, mais n'ont pas encore compris (ou ils ne veulent pas comprendre ? ou leur serveur est trop "petit", ... ;) )
qu'il fallait retirer le code d'invitation et créer des badges pour attirer les "cruncheurs et/ou chasseurs de badges" ;)

(D'après le post ci-dessous, le projet actuel leur prendra environ 5 ans, et ils en ont d'autres ...  :sinon:)

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=119&postid=555#555

S'il n'a pas changé, le code d'invitation est : gene@tn

Je crois qu'il faut passer par leur site pour créer son compte avant de s'attacher. Via BM, il y a un message disant qu'ils n'acceptent plus les nouveaux crunchers.

Bon Crunch !!!

 :hello: :jap: :kookoo:

EDIT : Le + important : qu'en pensez-vous ?

 :jap: :hello: :jap:
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 18 August 2016 à 06:26
Hello !

Et si nous crunchions un peu sur ce projet BIO ?

Ils ont besoin de puissance, mais n'ont pas encore compris (ou ils ne veulent pas comprendre ? ou leur serveur est trop "petit", ... ;) )
qu'il fallait retirer le code d'invitation et créer des badges pour attirer les "cruncheurs et/ou chasseurs de badges" ;)

(D'après le post ci-dessous, le projet actuel leur prendra environ 5 ans, et ils en ont d'autres ...  :sinon:)

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=119&postid=555#555

S'il n'a pas changé, le code d'invitation est : gene@tn

Je crois qu'il faut passer par leur site pour créer son compte avant de s'attacher. Via BM, il y a un message disant qu'ils n'acceptent plus les nouveaux crunchers.

Bon Crunch !!!

 :hello: :jap: :kookoo:
Chef oui chef.  :chefouichef:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 18 August 2016 à 07:51
 :hello:

Euh désolé si mon ton n'était pas correct, trop "directif".
C'est juste une idée comme ça, à discuter.

En attendant ben je vais sagement Yoyoter un peu.

Merci !

 :jap: :jap: :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 19 August 2016 à 14:32
J'ai toujours un peu de puissance sur ce projet ... mais c'est un peu monotone, les WUs font toujours la même taille ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 11 October 2016 à 12:38
 :hello:

tn-grid: Public invitation code : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570)

Le nouveau code d'invitation est aussi disponible sur la page d'accueil du projet : science@tn
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: titidestroy le 11 October 2016 à 13:08
:hello:

tn-grid: Public invitation code : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570)

Le nouveau code d'invitation est aussi disponible sur la page d'accueil du projet : science@tn

Ah j'attendais  :love:

Projet rajouté  :sun:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jakez Sulli le 29 November 2016 à 20:14
 :hello: "Chasseurs de badges" une nouveauté concernant le projet TN-Grid http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 29 November 2016 à 20:30
:hello: "Chasseurs de badges" une nouveauté concernant le projet TN-Grid http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608)
Merci pour l'info.  :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 29 November 2016 à 21:35
Thks

 :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Prof le 29 November 2016 à 23:02
Allez hop...!!! Un peu de travail pour Seb!!!
 :siflotte: :desole:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 30 November 2016 à 05:26
Une bonne occasion pour ajouter ce projet à EQUIRAC et au FB en 2017 ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 02 December 2016 à 19:19
Citer
TN-Grid Platform: First international challenge on TN-Grid
The BOINC.Italy Team has opened the first international challenge on this project.

Title: "Despite my age I don't live in the past, but in the future" 4th Rita Levi-Montalcini memorial and 30 years from Nobel Prize.

Start 10 Dec 16.00 UTC - End 16 Dec 16.00 UTC

Check http://boincstats.com/en/stats/challenge/team/chat/831 for more info.

Vu ce soir sur le Boinc Manager.

En bref: BOINC.Italy organise un challenge sur TN-Grid en mémoire de Rita Levi-Montalcini (https://fr.wikipedia.org/wiki/Rita_Levi-Montalcini) (je crois que l'an dernier c'était sur Rosetta - à vérifier)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 02 December 2016 à 23:12
Ca permettrait de faire un peu plus connaitre ce projet :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Jakez Sulli le 03 December 2016 à 06:53
 :kookoo: Avec les nouveaux badges, cela pourrait être intéressant  :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Scrat65 le 03 December 2016 à 17:49
J'en serai. Pour les badges et pour la vigne comme l'indique la présentation du premier message ; à moins que cela soit pour l'Arabidopsis Thaliana comme présenté sur la page d'accueil de leur site...
Bonsoir chez vous
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Ceclo le 03 December 2016 à 23:07
J'y participerai aussi!  :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 04 December 2016 à 06:14
AF est inscrite ?

 :??:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 04 December 2016 à 10:35
L'AF est inscrite d'office sur les challenges BoincStats ;) Et puis, il suffit de cliquer sur le nombre derrière "Number of teams participating" (ou "Nombre d'équipes participantes" en VF) pour s'en assurer :D
http://boincstats.com/fr/stats/challenge/team/chat/831
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 04 December 2016 à 10:57
Ok Thks

Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: bill1170 le 07 December 2016 à 18:50
Inscrit, je commence à faire des réserves.

Chers modos, ne faudrait-il pas déplacer les messages sur le challenge dans la section "fight", pour en augmenter le visibilité ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 09 December 2016 à 09:08
Done :D http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,5297.msg450966.html#msg450966
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 10 December 2016 à 08:11
Hé ho t'es pas modo toi :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 10 December 2016 à 12:14
:p
J'ai pas non plus déplacé les messages  :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 10 December 2016 à 18:36
Tous mes CPUs sont sur ce projet le temps du challenge :)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: al@ON le 11 December 2016 à 13:04
Tous mes CPUs sont sur ce projet le temps du challenge :)

Pas mieux!  :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] cottesloe le 11 December 2016 à 17:47
Pareil.   :sun:
Il me reste encore un peu de cache WCG, mais après, c'est 100% TN-Grid...  :gniak:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 27 December 2016 à 19:46
Le projet n'exclut pas la création d'une appli GPU ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 27 December 2016 à 19:59
Thks pour l'info
Source ?

 :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 27 December 2016 à 22:26
Valterc il me semble, ou un autre admin du projet. J'ai lu ça quelque part sur leur forum.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 28 December 2016 à 06:13
oki thks
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 13 January 2017 à 08:18
Viens de découvrir que TN-Grid avait lancé une nouvelle appli pour SSE2. Elle divise le temps de calcul quasiment par 2 (les crédits/UT probablement aussi, mais bon)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 13 January 2017 à 08:59
Oui c'est évoquer ici : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135&postid=739#739 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135&postid=739#739)  :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 13 January 2017 à 09:16
Merci fzs600 :jap: Heureusement qu'il y a des membres comme toi pour faire le tour des fofos et se tenir au courant :jap:
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 13 January 2017 à 09:29
Merci fzs600 :jap: Heureusement qu'il y a des membres comme toi pour faire le tour des fofos et se tenir au courant :jap:
Arrête tu me fait rougir.  :o
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 13 January 2017 à 17:29
Et c'est même une application totalement nouvelle.  :kookoo:
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=144&postid=742#742 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=144&postid=742#742)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 14 January 2017 à 00:18
Et totalement pas disponible pour Mac...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 14 January 2017 à 19:20
C'est toujours compliqué de développer sur environnement Apple :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 15 January 2017 à 11:14
Il suffit d'avoir (accès à) un Mac, de savoir développer et d'avoir envie de le faire :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 15 January 2017 à 11:52
voilà une chose sympa: les sse2 qui mettent à peu près 2x moins de temps que les normales créditent autant :gniak:
http://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=2280&offset=0&show_names=0&state=4&appid=
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] Dudumomo le 15 January 2017 à 12:42
C'est en effet pareil chez moi  :D

Ca va faire un sacré boost  :pt1cable:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 15 January 2017 à 13:40
see2 oui pas mal.  :siflotte:
http://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=125&offset=0&show_names=0&state=4&appid= (http://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=125&offset=0&show_names=0&state=4&appid=)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 15 January 2017 à 14:36
Faut attendre que le CreditNew s'adapte et refasse de la merde et que ça produise à nouveau que dalle :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 15 January 2017 à 22:28
Je veux bien une traduction :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 02 February 2017 à 19:41
Quelqu'un arrive à avoir des UTs en AVX ? Qui doivent être + rapide que celles en SSE2 non ?
 :hello:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 02 February 2017 à 19:50
Non
 :D
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 02 February 2017 à 19:56
Quelqu'un arrive à avoir des UTs en AVX ? Qui doivent être + rapide que celles en SSE2 non ?
 :hello:
Plus rapide ?

Pas vraiment : http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,7419.msg452920.html#msg452920 (http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,7419.msg452920.html#msg452920)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Xe120 le 02 February 2017 à 20:58
J'ai l'impression que les UTs avx, sse2, fma dépendent des batchs lancés.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] Dudumomo le 03 February 2017 à 02:52
Pareil, j'ai pas trouvé de differences significatives avec mes machines... :coffeetime:
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 03 February 2017 à 05:25
Quelqu'un arrive à avoir des UTs en AVX ? Qui doivent être + rapide que celles en SSE2 non ?
 :hello:
Hello,
Les SSE2 sont les plus performantes ;)
J'ai testé les 3 sur mes machines.
Mais si tu veux essayer manuellement, tu peux choisir de recevoir des SSE2, AVX ou FMA.

Tout est ici :

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135&postid=689#689

https://bitbucket.org/sirzooro/pc-boinc/downloads

Have Fun et Bon Crunch

 :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 21 February 2017 à 20:30
Philippe1966;
Si je comprend bien ; en téléchargeant""TN-Grid.android-arch64-v1.1.zip" et que je l'installe; je peux faire calculer TN-Grid sur ma tablette?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 24 February 2017 à 21:15
Hello naz
Pour être honnête, je n'en sais vraiment rien ...
Les seules applications qui me sont familières sont pour pc ...
La liste des applis t'en diras peut-être plus ?
http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php
Sorry  :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 24 February 2017 à 22:19
Il semblerait qu'on calcule les WUs plus vite que leur système n'est capable d'en produire, ce qui explique les pénuries régulières :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 25 February 2017 à 00:14
demain je vais faire un test! je vous tien au courant!
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 21 May 2017 à 15:20
Je cherche à ne recevoir que des UT en AVX, quelqu'un pourrait me donner le contenu du app_config.xml ?

 :hello:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 21 May 2017 à 16:22
 :hello:

Faut créer un app_info.xml pour l'application qui t'intéresse sur base de ce que tu peux trouver ici : https://bitbucket.org/sirzooro/pc-boinc/downloads/

Perso l'ai viré sans en garder une copie.

ça donne à peu près ceci :

<app_info>

<app>
   
<name>gene_pcim</name>
   
<user_friendly_name>gene@home PC-IM (Opti v1.2)</user_friendly_name>
   
<non_cpu_intensive>0</non_cpu_intensive>
</app>
<file>
   
<name>pc.exe</name>
   
<executable/>
</file>
<app_version>
   
<app_name>gene_pcim</app_name>
   
<version_num>102</version_num>
   
<platform>windows_x86_64</platform>
   
<avg_ncpus>1.000000</avg_ncpus>
   
<max_ncpus>1.000000</max_ncpus>
   
<flops>2026746047.572941</flops>
   
<api_version>7.3.0</api_version>
   
<file_ref>
       
<file_name>pc.exe</file_name>
       

</file_ref>

</app_version>

</app_info>

ou plus simplement (à ajuster suivant la version utilisée)

<app_info>

<app>
   
<name>gene_pcim</name>
   
<user_friendly_name>gene@home PC-IM (Opti v1.2)</user_friendly_name>
   
<name>pc.exe</name>
   
<app_version>
   
<app_name>gene_pcim</app_name>
   
<version_num>102</version_num>
   
<platform>windows_x86_64</platform>
   
<file_ref>
       
<file_name>pc.exe</file_name>
       

</file_ref>

</app_version>

</app_info>

 :hello: :kookoo:

Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 21 May 2017 à 17:35
demain je vais faire un test! je vous tien au courant!

1H30 pour moi  :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 21 May 2017 à 22:31
Je ne reçois que des gene_pcim qui tournent en +/- 1800 à 2000 secs suivant le pc, que ce soit en SSE2 ou AVX.
 :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: PhilTheNet le 18 September 2017 à 18:09
Surprise l'app "gene_pcim_v1.02_win64.exe" est annonçée "Malware.Ranson.Agent.Generic" par Malwarebytes

 :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 18 September 2017 à 20:43
Mort aux antivurus !!! :D

(= mort à windows :siflotte:)
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 le 18 September 2017 à 22:23
Mort aux antivurus !!! :D

(= mort à windows :siflotte:)
:oki: :warf:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 28 September 2017 à 15:37
Actuellement le projet à 68.03% d'avancement et la moyenne de travail sur les 10 derniers jours s'établit à 274.10/jours.
La puissance estimée est de 15385 GFLOPS.

On va voir dans quelles proportions augmente ces chiffres avec le RAID.

 :hello:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 28 September 2017 à 17:44
Merci pour les infos!  :jap:
On verra samedi à la même heure  :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 08 October 2017 à 22:02
C'est pour l'expérience en cours cet avancement ... si on calcule tout, ils nous mettront autre chose à calcules ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Kao le 08 October 2017 à 22:17
Où est-ce qu'on voit ça déjà ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 08 October 2017 à 22:44
Par ici : http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Kao le 08 October 2017 à 22:50
Merci toTOW :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: titidestroy le 12 January 2018 à 10:38
Bon alors je ne comprend pas l'application optimisée est un peu plus lente à calculer.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 13 January 2018 à 16:50
Le projet envoie déjà de lui meme des applications optimisées ...
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: titidestroy le 13 January 2018 à 21:57
Le projet envoie déjà de lui meme des applications optimisées ...

Oki alors je vais supprimer les fichiers et refaire une mise à jour.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 15 April 2018 à 11:07
Le serveur est down ... :/

edit : c'est revenu !
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 18 April 2018 à 20:50
Vi pas si down que ça : https://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=195

:)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Xe120 le 21 April 2018 à 15:46
Citer
Server down this weekend
Our storage system (managed by the University) has some serious problem. They are working to fix it but they cannot estimate for how long it will be down. We decided to stop the server at least until the next Monday.
Thank you for your understanding. 20 Apr 2018, 18:02:34 UTC

La cause des problèmes ? Down à cause du système de stockage.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 13 May 2018 à 17:38
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=213#1290

Citer
The experiments on Vitis vinifera are almost finished, thank you all. We will soon switch to a new organism. We made some tests some time ago but we found that the outputs of the Windows and Linux applications didn't match each other. The new forthcoming Windows applications should behave correctly.
The next Monday we will distribute them and (slowly) start creating new work.

Citer
Les expériences sur Vitis vinifera sont presque terminées, merci à tous. Nous allons bientôt passer à un nouvel organisme. Nous avons fait quelques tests il y a quelque temps mais nous avons constaté que les résultats des applications Windows et Linux ne correspondaient pas. Les nouvelles applications Windows à venir devraient se comporter correctement.
Lundi prochain nous allons les déployer et commencerons (lentement) à créer de nouvelles tâches.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 22 May 2018 à 12:45
Le serveur est pas en forme ces jours ci ... :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 22 May 2018 à 13:19
J'ai l'impression qu'à chaque fois (= les rares fois) que je chope des tâches de ce projet, à chaque fois il n'arrive plus à les renvoyer pendant super longtemps et le truc est coincé...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 22 May 2018 à 13:25
Ils sont sur un nouvel organisme et les fichiers générés sont plus gros ... et le serveur aime pas ça ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 22 May 2018 à 13:32
A mon avis ils se sont fait bouffer par cet organisme :D

(https://mir-s3-cdn-cf.behance.net/project_modules/disp/a194fe14342565.56036858ac37d.jpg)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 26 October 2018 à 22:32
L'équipe a publié un papier, en open access: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.01385/full

Une traduction rapide, sans prétention aucune:
Citer
Ces dernières années, la communauté scientifique s'est fortement engagée dans l'étude de la réponse de la vigne au changement climatique.

L'objectif final est l'identification des caractères génétiques clés à utiliser dans l'élevage de la vigne et la mise en place de pratiques agronomiques pour améliorer la résilience climatique. La disponibilité croissante des études transcriptomiques, qui décrivent l'expression des gènes dans de nombreux tissus et conditions de développement ou de traitement, a permis la mise en œuvre de compendiums d'expression génétique, qui renferment une énorme quantité d'informations. L'extraction de données transcriptomiques représente une approche efficace pour étendre un réseau génique local connu (LGN) en trouvant de nouveaux gènes apparentés. Nous avons récemment publié un pipeline basé sur l'application itérative de l'algorithme PC, appelé NES2RA, pour étendre les réseaux de gènes dans Escherichia coli et Arabidopsis thaliana.

Nous proposons ici l'application de cette méthode au compendium transcriptomique de la vigne Vespucci, afin d'étendre quatre LGNs liés à la réponse de la vigne au changement climatique. Deux réseaux sont liés aux voies métaboliques secondaires de synthèse des anthocyanines et des stilbénoïdes, impliquées dans la réponse au rayonnement solaire, tandis que les deux autres sont des réseaux de signalisation, liés aux hormones acide abscissique et éthylène, éventuellement impliqués dans la régulation du bilan hydrique cellulaire et la transpiration des cuticules. Les réseaux d'expansion produits par l'algorithme NES2RA ont été évalués par comparaison avec des données expérimentales et des connaissances biologiques sur les gènes identifiés qui montrent une assez bonne cohérence des résultats. De plus, l'algorithme n'a réussi à retenir que les interactions les plus significatives entre les gènes, ce qui a fourni un cadre utile pour la validation expérimentale.

L'application de la NES2RA aux données d'expression de Vitis vinifera au moyen de l'implémentation basée sur BOINC est disponible sur demande.

Plus d'infos sur leur forum: https://gene.disi.unitn.it/test//forum_thread.php?id=225

 :hello:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 26 October 2018 à 23:10
Pour que ça soit un peu plus clair je vous l'ai traduit en chinois simplifié :

Citer
近年来,科学界一直积极参与研究葡萄藤对气候变化的反应。

最终目标是确定用于葡萄种植的关键遗传特性,并建立农艺实践以改善气候适应力。转录研究,描述在多种组织和发育条件或治疗基因表达的可用性的增加,使基因表达的概略,其含有大量的信息的执行。转录组数据检索是通过寻找新的相关基因来扩展已知的局部基因网络(NGL)的有效方法。我们最近发布的基于称为NES2RA,扩大在大肠杆菌和拟南芥的基因网络的PC算法的迭代应用管道。

我们建议这种方法韦斯普奇藤的转录纲要的应用程序来扩展与藤蔓对气候变化的响应4个Lgns。两个网络连接到花色素苷和茋类,参与响应于太阳辐射的合成的次级代谢途径,而另两个信令与激素脱落酸和乙烯相关联的网络,可能参与了平衡控制细胞液和角质层蒸腾。 NES2RA算法生成的扩展网络通过与实验数据和已鉴定基因的生物学知识进行比较来评估,这些基因显示出相当好的结果一致性。此外,该算法能够仅保留基因之间最重要的相互作用,这为实验验证提供了有用的框架。

可根据要求提供NES2RA通过基于BOINC的实施方案对Vitis vinifera表达数据的应用。

Ne me remerciez pas, c'est toujours un plaisir :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: alipse le 26 October 2018 à 23:21
Kilecon :mdr-457: :paf:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 12 December 2018 à 18:26
Bizarre ce projet.
Sur 2 machines identiques, il envoie des SSE2 sur l'une, des AVX sur l'autre  :cavachier:
 :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 12 December 2018 à 18:29
C'est marqué quelque part dans les tâches quand c'est des SSE2 ou AVX ou truc-bidule ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 12 December 2018 à 18:44
Oui c'est dans le nom de la tâche dans BM
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 12 December 2018 à 20:41
Ah donc c'est propre à ce projet qui décidé de les nommer comme ça alors... je suppose que c'est pas toujours aussi facile, pour les projets dont les applis ont ce genre de nuance, ou si ?
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: GuL le 12 December 2018 à 20:53
Certains projets le précisent, mais pas tous. Primegrid et SRbase ne le précisent pas, asteroids et seti (optimisé) oui. Tout dépend à mon avis de la compilation : est-ce que c'est une seule appli qui s'adapte selon l'ordi ou est-ce que c'est une appli SSE-X et une appli AVX. Dans ce dernier cas, si il n'y a plus d'AVX en stock, le serveur peut envoyer du SSE-X, qui sera donc moins rapide.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 13 December 2018 à 05:22
Ils envoient des SSE2 ou des AVX suivant la puissance supposée des machines ...
(Rien de très grave, juste que c'est pas au point.)
Un peu comme sur Asteroid où on peut choisir via app_info.
Primegrid llr envoie du FMA3, sans trop laisser le choix  :(
SRBase aussi je suppose, vu la chauffe.
 :hello: :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 15 December 2018 à 19:33
Le serveur devrait apprendre quelle est la version la plus rapide et la privilégier ensuite ...
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 15 December 2018 à 20:30
Le serveur devrait apprendre quelle est la version la plus rapide et la privilégier ensuite ...
Bah ... de toute façon c'est pas grave. Et bizarre car sur XEON E5-2667 v3 les SSE2 tournent plus rapidement que les AVX ...  :coffeetime:
Titre: AVX et SSE2
Posté par: GuL le 15 December 2018 à 23:22
Ils envoient des SSE2 ou des AVX suivant la puissance supposée des machines ...
Non, ils se basent sur les capacités du processeur, que tu vois au démarrage de boinc. Une machine AVX recevra soit de l'AVX soit du SSE2, selon les stocks sur le serveur et les quotas par application. Par contre une machine SSE4.2 ne recevra que du SSE2 et jamais de l'AVX.

Et bizarre car sur XEON E5-2667 v3 les SSE2 tournent plus rapidement que les AVX ...  :coffeetime:
Surement une mauvaise option de compilation.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 16 December 2018 à 15:11
C'est normal, l'AVX est déjà fortement parallélisé, du coup c'est moins performant sur la plupart des CPUs avec HT ... et la plupart des CPUs ont leur turbos moins élevé en AVX qu'en SSE ...

Dans l'idéal, il faudrait comparer sans HT ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 25 December 2019 à 06:21
Il y a un challenge actuellement sur le projet.  :kookoo:

Durata da  24/12/2019 19:45  a  31/12/2019 19:45 : http://boincrankings.eu5.org/newyear20/classifica.php (http://boincrankings.eu5.org/newyear20/classifica.php)

Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 25 December 2019 à 11:55
Je vais mettre mes CPU dessus pour les vacances ... :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 16 February 2020 à 13:54
Pas de nouvelles, bonnes nouvelles. (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=262#1674)

Citer
Je voulais juste dire que tout se passe bien. Le serveur est stable, les scientifiques sont satisfaits des résultats et font leurs analyses. Merci à tous !

:)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 16 February 2020 à 13:59
C'est vrai qu'il était temps de donner digne de vie ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 16 February 2020 à 17:31
C'est vrai qu'il était temps de donner digne de vie ...
Je dirais même plus : nous en sommes dignes :siflotte:

Mais bon c'est sympa à lui de venir dire qu'il n'y a pas de problème, en général les forums ne regorgent que de "problèmes"... :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 17 February 2020 à 21:12
Surtout, ça rassure sur le fait qu'on calcule pas dans le vide ... :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 26 February 2020 à 22:01
BOINC.Italy organise un challenge sur TN-grid du 16 au 23 mars, peut-être l'occasion d'une action de l'AF sur ce projet ? Si ce n'est pas le RAID ?  :D

L'annonce sur le forum : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=263#1680
Le lien pour inscrire l'AF: https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1072

(https://www.boincitaly.org/media/kunena/attachments/6725/TN-GridCh.jpg)

 :hello:
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 26 February 2020 à 22:08
BOINC.Italy organise un challenge sur TN-grid du 16 au 23 mars, peut-être l'occasion d'une action de l'AF sur ce projet ? Si ce n'est pas le RAID ?  :D

L'annonce sur le forum : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=263#1680
Le lien pour inscrire l'AF: https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1072

(https://www.boincitaly.org/media/kunena/attachments/6725/TN-GridCh.jpg)

 :hello:
Oui mais ça va pas être possible : https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,8192.msg495731.html#msg495731 (https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,8192.msg495731.html#msg495731)  :cavachier: :cavachier:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 26 February 2020 à 22:43
1) L'AF est inscrite automatiquement (j'ai vérifié, elle y est)
2) C'est possible pour ceux qui n'aiment pas les projets du raid de printemps de défendre les couleurs de l'AF ;) (voir ma réponse à toTOW dans le topic du raid)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 27 February 2020 à 21:06
Si j'y pense, je mettrai mes CPUs sur ce projet ... mais bon, mes CPUs, c'est plus ce que c'était, il sont antiques ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 06 March 2020 à 21:54
Je mettrai 8 cœurs (logiques) dessus je pense, j'aime bien ce projet :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 16 March 2020 à 23:04
6ème pour l'instant.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 01 April 2020 à 10:30
We need a brand new Mac OS application
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=268#1728 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=268#1728)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 01 April 2020 à 12:42
Ma dernière tentative pour compiler une appli boinc sur Mac c'était pour goofix... ce fut long, douloureux (pour Seb aussi qui avait eu la bonté de tenter de m'aider) et au final un échec.

Ah, et j'oubliais... j'ai plus de Mac :cry:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF>Libristes] Pascal le 01 April 2020 à 14:45

.../...

Ah, et j'oubliais... j'ai plus de Mac :cry:
N'oublie pas de changer de MT alors. :siflotte:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 02 April 2020 à 14:01
J'ai pas dit que j'en aurai plus jamais :D

Dès que les finances le permettront... mais pas tout de suite (surtout que je vise jamais l'entrée de gamme, vu le temps que je compte l'utiliser :) ), je crois qu'après le confinement dans un premier je vais voir si j'arrive à faire réparer (ressusciter) l'actuel... puis nous verrons.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: franky82 le 17 September 2020 à 09:33
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=292#1945
Citer
Our gene@home project (hosted by the University of Trento, Italy) has been chosen by AMD as a recipient for their COVID-19 HPC fund, see the official announcement https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund

We are really grateful to receive this donation, it will give us access to high performance computing nodes, boosting our research. More info and comments here: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
Citer
Notre projet gene@home (hébergé par l'Université de Trento, Italie) a été choisi par AMD comme bénéficiaire de son fonds COVID-19 HPC, voir l'annonce officielle https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund

Nous sommes vraiment reconnaissants de recevoir ce don, il nous donnera accès à des nœuds de calcul haute performance, dynamisant notre recherche. Plus d'informations et commentaires ici: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: franky82 le 17 October 2020 à 09:44
News : Paper published on IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=298#2008
Citer
Actualités : Article publié sur les transactions IEEE sur des sujets émergents en informatique
L'article suivant, «Un système informatique pour découvrir les relations causales entre les gènes humains pour améliorer le repositionnement des médicaments», est disponible dans la zone «Accès anticipé» sur IEEE Xplore.
Cet article a été accepté pour publication dans un prochain numéro de cette revue, mais n'a pas été édité et le contenu peut changer avant la publication finale. Cet article apparaît dans: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing , Digital Object Identifier: 10.1109 / TETC.2020.3031024.
Vous pouvez le trouver ici: https://ieeexplore.ieee.org/document/9224179 (voir cadre ci-dessous)
Merci à tous pour votre précieux soutien !
Citer
Un système informatique pour découvrir les relations causales entre les gènes humains afin d'améliorer le repositionnement des médicaments
Extrait :
La découverte automatique de relations causales entre les gènes humains peut éclairer les processus de régulation des gènes et guider le repositionnement des médicaments. À cette fin, une méthode lourde de calcul pour la découverte causale est distribuée sur une grille de calcul volontaire et, en tirant parti du sous-ensemble variable et de la stratification, s'avère utile pour étendre les réseaux locaux de régulation des gènes. Les données d'entrée sont des mesures purement observationnelles de l'expression des transcriptions dans les tissus humains et les lignées cellulaires collectées dans le cadre du projet FANTOM. Le système s'appuie sur la plateforme BOINC et sur un code client optimisé. La pertinence fonctionnelle des résultats, mesurée en analysant les annotations des interactions identifiées, augmente significativement par rapport à la simple corrélation de Pearson entre les transcriptions. Aditionellement, dans 82% des cas, les réseaux se chevauchent significativement avec les interactions protéine-protéine connues annotées dans les bases de données biologiques. Dans les deux études de cas présentées, cette approche a été utilisée pour élargir les réseaux de gènes associés à deux pathologies humaines sévères: le cancer de la prostate et la coronaropathie. La méthode a identifié respectivement 22 et 36 gènes à évaluer comme de nouvelles cibles pour des médicaments déjà approuvés, démontrant l'applicabilité efficace de l'approche dans les pipelines visant le repositionnement des médicaments.

Lien PDF complet (en anglais) : https://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=9224179
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 17 October 2020 à 20:37
Le projet est à sec ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 20 October 2020 à 05:17
Peut-être parce qu'AMD leur fait bénéficier de puissance de calcul ? https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund

 :hello:
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: franky82 le 20 October 2020 à 09:07
Peut-être parce qu'AMD leur fait bénéficier de puissance de calcul ? https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund

 :hello:

J'en ai parlé plus haut :
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=292#1945
Citer
Our gene@home project (hosted by the University of Trento, Italy) has been chosen by AMD as a recipient for their COVID-19 HPC fund, see the official announcement https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund

We are really grateful to receive this donation, it will give us access to high performance computing nodes, boosting our research. More info and comments here: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
Citer
Notre projet gene@home (hébergé par l'Université de Trento, Italie) a été choisi par AMD comme bénéficiaire de son fonds COVID-19 HPC, voir l'annonce officielle https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund

Nous sommes vraiment reconnaissants de recevoir ce don, il nous donnera accès à des nœuds de calcul haute performance, dynamisant notre recherche. Plus d'informations et commentaires ici: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 07 March 2021 à 09:03
modesti a posté dans le topic du RAID, mais pour info, un challenge Boincstat (https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1089) va démarrer demain à 13h00 (heure Paris).
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 07 March 2021 à 10:07
Ah nan, c'est pas moi :D Sans vouloir cafeter, c'est naz qui a trouvé ce challenge ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 07 March 2021 à 10:58
Oups, désolé naz (si tu passes par là) :jap:.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 07 March 2021 à 11:26
 :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 07 March 2021 à 12:10
Et on est inscrit ? sur BoincStats ça dit que le founder doit inscrire son équipe aux challenges...
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: DocPhilou1966 le 07 March 2021 à 12:47
Et on est inscrit ? sur BoincStats ça dit que le founder doit inscrire son équipe aux challenges...
Oui, j'ai vérifié ;)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: modesti le 07 March 2021 à 18:59
Et on est inscrit ? sur BoincStats ça dit que le founder doit inscrire son équipe aux challenges...
Depuis le temps tu devrais savoir que l'AF est inscrite d'office à tous les challenges ;)
:origin:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 07 March 2021 à 19:07
Oh moi tu sais les choses qui se passent dans les hautes sphères, je m'intéresse pas trop :siflotte:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: naz le 18 June 2021 à 04:38
50% Du projet effectué  :kookoo:

http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 19 June 2021 à 12:33
Du projet sur l'homme, il faut préciser. Il y a les autres études en attente ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Xe120 le 12 September 2021 à 09:47
Un peu d'info intéressante  :kookoo:

Citer
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=255&postid=1632 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=255&postid=1632)

    Ok, we don't have fancy graphs showing the workflow. The only informational page is https://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php, which shows some statistics about the currently running experiment.
    BTW, the algorithm for generating workunits is rather complicated, i.e. it takes some time to generate a workunit and add it to the queue. With our current setup (hardware/software) we are able to create 294 workunits (588 results, because of the replication) every ~15 minutes, I let you do the math ;). This is our theoretical limit, when reached the queue will start to dry up.

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=317&postid=2373#2373 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=317&postid=2373#2373)
Citer
The current server is a virtualized 4 cores AMD Opteron with 4G RAM, not that easy to run a project on it. The new one, a Xeon Gold 6238R, is here. The project should be moved this October (hopefully). This won't, however, completely solve our (slow) work generation problem, we will gain some raw speed because of the upgraded hardware but the real change will be a new optimized and parallel generator (no ETA on this...).
The AMD funding is actually free access to some big computational resources (mainly devoted to machine learning). It's is a very useful asset for our research but not related to the BOINC server.
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 12 September 2021 à 13:50
Un peu d'info intéressante  :kookoo:

Citer
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=255&postid=1632 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=255&postid=1632)

    Ok, we don't have fancy graphs showing the workflow. The only informational page is https://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php, which shows some statistics about the currently running experiment.
    BTW, the algorithm for generating workunits is rather complicated, i.e. it takes some time to generate a workunit and add it to the queue. With our current setup (hardware/software) we are able to create 294 workunits (588 results, because of the replication) every ~15 minutes, I let you do the math ;). This is our theoretical limit, when reached the queue will start to dry up.

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=317&postid=2373#2373 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=317&postid=2373#2373)
Citer
The current server is a virtualized 4 cores AMD Opteron with 4G RAM, not that easy to run a project on it. The new one, a Xeon Gold 6238R, is here. The project should be moved this October (hopefully). This won't, however, completely solve our (slow) work generation problem, we will gain some raw speed because of the upgraded hardware but the real change will be a new optimized and parallel generator (no ETA on this...).
The AMD funding is actually free access to some big computational resources (mainly devoted to machine learning). It's is a very useful asset for our research but not related to the BOINC server.
Citer
Ok, nous n'avons pas de graphiques fantaisistes montrant le flux de travail. La seule page d'information est https://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php, qui présente quelques statistiques sur l'expérience en cours.
L'algorithme de génération des unités de travail est assez compliqué, c'est-à-dire qu'il faut un certain temps pour générer une unité de travail et l'ajouter à la file d'attente. Avec notre configuration actuelle (matériel/logiciel), nous sommes capables de créer 294 unités de travail (588 résultats, à cause de la réplication) toutes les ~15 minutes, je vous laisse faire le calcul ;). C'est notre limite théorique, lorsqu'elle sera atteinte, la file d'attente commencera à se tarir.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

Citer
Le serveur actuel est un AMD Opteron virtualisé à 4 cœurs avec 4G de RAM, pas très facile d'y faire tourner un projet. Le nouveau serveur, un Xeon Gold 6238R, est ici. Le projet devrait être déplacé en octobre (si tout va bien). Cependant, cela ne résoudra pas complètement notre problème de génération de travail (lent), nous gagnerons un peu de vitesse brute grâce au matériel amélioré, mais le véritable changement sera un nouveau générateur optimisé et parallèle (pas d'ETA sur ce point...).
Le financement d'AMD est en fait un accès gratuit à certaines ressources informatiques importantes (principalement consacrées à l'apprentissage automatique). Il s'agit d'un atout très utile pour notre recherche mais qui n'est pas lié au serveur BOINC.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] fansyl le 16 October 2021 à 10:34
Des soucis de stockage sur l'infra de l'Université, qui par ricochet, mettent le projet à l'arrêt.

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=318#2384

 :hello:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 17 October 2021 à 14:56
J'en ai calculé deux sans problèmes cette nuit ...
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 17 October 2021 à 15:31
J'en ai calculé deux sans problèmes cette nuit ...
Et l’état du serveur est correcte.
https://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php (https://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 24 October 2021 à 20:03
Vous arriver à renvoyer vos résultats ? :??:
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: cougarpelardou le 24 October 2021 à 20:08
Vous arriver à renvoyer vos résultats ? :??:

Tu utilises la dernière version de Boinc qui vient de sortir pour  corriger les soucis de certificats ?   :kookoo:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 24 October 2021 à 20:09
Oui, même leur site rame à mort ... :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 25 October 2021 à 18:32
Oh ben moi sur le mac je peux plus rien renvoyer (ni récupérer) depuis mon retour de vacances fin août... (comme pour NSF, erreur bizarre)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Antares le 25 October 2021 à 18:47
De mon coté, tout fonctionne...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 26 October 2021 à 12:05
Problème de Mac a priori, j'en avais parlé sur le topic NFS et aussi sur le forum NSF (https://escatter11.fullerton.edu/nfs/forum_thread.php?id=810#2229) sans succès...

Le problème est exactement le même sur TN-Grid.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 31 October 2021 à 11:50
Pour moi ça s'est décoincé tout seul et tout a été renvoyé en début de semaine dernière :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 08 November 2021 à 22:28
Problème de Mac a priori, j'en avais parlé sur le topic NFS et aussi sur le forum NSF (https://escatter11.fullerton.edu/nfs/forum_thread.php?id=810#2229) sans succès...

Le problème est exactement le même sur TN-Grid.

Un gars sur le fofo de TN-Grid m'a suggéré de faire un simple reset... et ça a marché :D

Et pareil sur NFS !

Ça tient à peu de choses des fois :siflotte:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 29 November 2021 à 22:14
Citer
Bien que notre travail se concentre actuellement sur le génome de l'Homo sapiens, nous avons également mené récemment des expériences d'expansion génétique sur l'organisme Vitis vinifera. Nous sommes toujours en train d'évaluer ces résultats, en collaboration avec la Fondation Edmund Mach et l'Universitat de València (Espagne), en impliquant également quelques étudiants.

Nous avons le plaisir de vous informer que notre article "Vitis OneGenE : A Causality-Based Approach to Generate Gene Networks in Vitis vinifera Sheds Light on the Laccase and Dirigent Gene Families" a été publié dans Biomolecules dans le cadre du numéro spécial Gene Regulatory Networks Controlling Secondary Metabolism in Plants : Computational Approaches and Mechanistic Insights et est disponible en ligne : https://www.mdpi.com/2218-273X/11/12/1744

Merci à tous pour votre précieuse contribution !

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=322#2411
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 10 November 2022 à 18:20
Il y a des petits soucis sur le SQL en ce moment, donc UT pas toujours disponibles et téléversements un peu bloqués (mais voulus).
Détails sur ce fil de leur forum (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=346&postid=2948).
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Xe120 le 06 February 2023 à 20:52
http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php (http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php)

Dernière ligne droite pour Homo Sapiens (OneGenE - FANTOM-1) !
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 07 February 2023 à 11:39
Ce qui n'est pas très clair c'est que sur le forum ils parlent plutôt d'autres type de tâches en cours... pour un projet mono-application je comprends pas trop.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 02 March 2023 à 17:32
Storage problem (again)
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=365&postid=3095 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=365&postid=3095)
Citer
Comme vous le savez tous déjà, nous nous débattons constamment avec notre problème de stockage. L'Université en a acheté un nouveau et a planifié la procédure de déménagement. Le cluster HPC devrait être déplacé ce lundi (6 mars), les autres ressources suivront.
Je fermerai raisonnablement le serveur quand cela sera nécessaire, je vous dirai quand dès que je connaîtrai la date. En attendant, le générateur de travail ne sera actif que quelques heures par jour, donc très peu d'unités de travail seront disponibles.
Merci à tous pour votre compréhension et votre patience.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: [AF] Kalianthys le 02 March 2023 à 18:30
Au moins on est sur que ce projet ne sera pas celui retenu pour le sprint qui commence ce soir pour le FB.

https://formula-boinc.org/sprint_v3.py?lang=fr&year=2023
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 02 March 2023 à 23:01
HOPELA !! joli le rappel !!! :D
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 07 April 2023 à 21:41
The end of the FANTOM-1 experiment
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367&postid=3133 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367&postid=3133)
Citer
À notre rythme actuel, les unités de travail restantes liées à la très longue et très intensive expérience OneGenE FANTOM-1 (commencée en mars 2018) seront distribuées dans plus ou moins deux jours. Ce sera la fin de ce travail.

Pour l'avenir du projet gene@home, veuillez consulter ce fil de discussion
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=366
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 08 April 2023 à 10:33
Ils prévoient une suite au projet si j'ai bien lu donc juste une coupure (pas trop longue j'espère), tout va bien :)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 08 April 2023 à 19:19
Le projet sera intermittent ... :/
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 09 April 2023 à 09:11
Ça y est, je n'en chope plus :cry:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 10 April 2023 à 12:46
Citer
Très brièvement, après la fin de l'expérience FANTOM, nous collecterons toutes les données et effectuerons des analyses statistiques et biologiques. Les objectifs seront une (ou plusieurs) publication et un service web pour mettre les résultats à la disposition de la communauté scientifique.
Pour l'avenir : nous jouons avec un tout nouveau jeu de données sur Vitis vinifera et nous continuerons probablement à faire quelque chose en rapport avec la souris. La principale nouvelle tâche devrait être liée aux données sur les cellules uniques (nous y travaillons encore).
Je pense qu'après la fin de FANTOM, il pourrait y avoir une période de pénurie d'unités de travail, mais j'espère que cela ne durera pas longtemps.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 28 April 2023 à 19:29
Maintenance (filesystem and o.s.)
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=368&postid=3152 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=368&postid=3152)
Citer
Maintenant que notre file d'attente est vide, c'est le moment idéal pour basculer notre système de fichiers vers le nouveau et pour mettre à jour le système d'exploitation du serveur. Cela se fera probablement le 2 mai, pendant quelques jours. Pendant cette période, il se peut que le serveur soit indisponible pendant un certain temps. Après cela, si tout se passe bien, nous prévoyons de recommencer à distribuer le travail.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 16 May 2023 à 14:28
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=370

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Le nouveau projet Vitis vinifera est en cours

Chers tous, je suis très heureuse d'annoncer qu'un nouvel ensemble de données transcriptomiques de Vitis vinifera (Vespucci) est désormais disponible pour l'expansion de OneGene. Le nombre d'expériences a plus que triplé. Nous continuons à utiliser les résultats des analyses précédentes, à trouver des associations de gènes très intéressantes et à produire des réseaux de gènes étonnants. Nous espérons maintenant les améliorer et les affiner grâce à cette nouvelle collection d'essais. Un grand merci à vous tous.

Si vous êtes intéressé par l'architecture de l'ensemble de données transcriptomiques, veuillez consulter l'article suivant : https://doi.org/10.3389/fpls.2022.815443

A l'heure où j'écris, 22k tâches en cours et 0 dispo.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 19 May 2023 à 22:45
Leur serveur a toujours eu du mal à tenir la cadence pour fournir du travail ... :/

edit : leur générateur de travail ne peut produire que 600 WUs toutes les 15 minutes ...
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Xe120 le 10 July 2023 à 14:11
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133)

Citer
As a follow-up, I would like to mention that all the results of the FANTOM-1 experiment have been collected and locally double-checked. A couple of gene expansions were "corrupted" probably because of the consequences of our faulty file-system. However, this issue has been fixed, and now all the data is available to the scientists. We are also working on setting up a suitable way to publish the results, which will include a dedicated web application and scientific publications.
Summertime is here, and related vacations will somewhat slow this process.
Titre: Re : Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 10 July 2023 à 17:27
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133)

Citer
As a follow-up, I would like to mention that all the results of the FANTOM-1 experiment have been collected and locally double-checked. A couple of gene expansions were "corrupted" probably because of the consequences of our faulty file-system. However, this issue has been fixed, and now all the data is available to the scientists. We are also working on setting up a suitable way to publish the results, which will include a dedicated web application and scientific publications.
Summertime is here, and related vacations will somewhat slow this process.
Citer
En guise de suivi, je voudrais mentionner que tous les résultats de l'expérience FANTOM-1 ont été collectés et vérifiés localement. Quelques expansions de gènes ont été "corrompues", probablement à cause des conséquences de notre système de fichiers défectueux. Cependant, ce problème a été résolu et toutes les données sont maintenant disponibles pour les scientifiques. Nous travaillons également à la mise en place d'un moyen approprié pour publier les résultats, qui comprendra une application web dédiée et des publications scientifiques.
L'été est là, et les vacances qui en découlent ralentiront quelque peu ce processus.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: fzs600 le 10 July 2023 à 21:10
Summer break
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=374&postid=3270 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=374&postid=3270)
Citer
Je viens de mettre les derniers gènes de Vitis vinifera dans notre file d'attente. Au rythme actuel, il faudra environ une semaine, peut-être moins, pour les distribuer tous. Les nouveaux ensembles de données ne sont pas encore prêts... De plus, je serai en vacances les deux prochaines semaines, et il ne serait pas souhaitable de commencer un nouveau travail sans avoir la possibilité de superviser facilement le système.
Par conséquent, dans quelques jours, le générateur de travail ne sera pas en mesure de produire de nouvelles tâches, seuls des renvois circuleront.
J'espère pouvoir redémarrer le système avec un nouveau projet au début du mois d'août.

Je vous remercie tous !
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 11 July 2023 à 00:02
:jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 18 July 2023 à 09:11
Je n'ai plus de tâches, je pense que c'est à sec (état du serveur : prête à l'envoi = 0).
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 22 July 2023 à 00:07
Oui, ils font une pause estivale ...
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 22 July 2023 à 11:20
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=374
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 22 July 2023 à 18:43
Oui, ils font une pause estivale ...
:jtevoivnir: tant que ça reprend à court terme :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 27 November 2023 à 16:43
Pour ceux qui veulent, ils ont ouvert les vannes avec de nouvelles UT (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=379&postid=3324) (ils n'y en a pas beaucoup !).
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: toTOW le 27 November 2023 à 20:39
Ah enfin, bonne nouvelle ! :hyperbon:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 28 November 2023 à 01:53
Anapu.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 12 February 2024 à 21:35
Il y a du boulot (https://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php) sur le projet en ce moment (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=349&postid=3071).

Pas de visu sur la durée par contre (cf lien).

Elles sont plutôt rapides.
Terminé et validé 972.37 970.19 23.37 gene@home PC-IM v1.10 (avx)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 13 February 2024 à 09:37
Yanadéjaplu.

Mais bon de toutes façons c'est TdP, j'ai pas assez de puissance de feu.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: kasur le 13 February 2024 à 09:56
Merci  :jap:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: kasur le 21 March 2024 à 11:06
Il y a eu un laché hier pendant à peine 30 minutes  :kookoo:

20 Mar 2024, 15:03:53 UTC 21 Mar 2024, 7:10:29 UTC Terminé et validé 3,702.70 2,373.66 53.28 gene@home PC-IM v1.11 (avx)
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 21 March 2024 à 17:19
Oui vidées rapidement, j'en avait chopé environ 200.
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: kasur le 21 March 2024 à 20:24
On a les deux machines qui en ont le plus téléchargé

http://gene.disi.unitn.it/test/top_hosts.php (http://gene.disi.unitn.it/test/top_hosts.php)

 :siflotte:
Titre: Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: JeromeC le 21 March 2024 à 20:41
Sauf que derrière vous y'a un gars qui en a téléchargé un max sur plus de 10 machines :D

Et sinon ça a été dit (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=387) en effet.
Titre: Re : Re : TN-Grid Test Platform
Posté par: Maeda le 21 March 2024 à 20:59
On a les deux machines qui en ont le plus téléchargé

http://gene.disi.unitn.it/test/top_hosts.php (http://gene.disi.unitn.it/test/top_hosts.php)

 :siflotte:
J'ai constamment l'outil magique en attente de gavage d'UT, voulant approcher les 10M il me faut de plus gros batchs !