Il y a une autre team : http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=37http://forum.boinc.fr/boinc/LAllianceFrancophone/Public-relations-sujet-59-2.htm#t4394
la team France@Rosetta :??: :??:
ben vi c'est la reflexion que je me suis fait en moi même, personellement... :heink:
qqun peut nous zespliquer ? :D
Thank you for your interest in helping our and similar projects, like Predictor@home!!!
Q2 - R@H is non-profit and for science, all results will be available to the public. The Rosetta application is licensed to pharma but most of the proceeds go to further research, for example - it funds an annual Rosetta development conference that brings researchers from various universities together. The application is available for free to academic users.
même problème , regarder mes logs
24/09/2005 17:44:03||Suspending computation and network activity - running CPU benchmarks
24/09/2005 17:44:03|rosetta@home|Pausing result 1pvaA_abrelax_20533_0 (removed from memory)
24/09/2005 17:44:03|rosetta@home|Pausing result 1pvaA_abrelax_23518_0 (removed from memory)
24/09/2005 17:44:04|rosetta@home|Unrecoverable error for result 1pvaA_abrelax_20533_0 ( - exit code -1073741819 (0xc0000005))
24/09/2005 17:44:04|rosetta@home|Unrecoverable error for result 1pvaA_abrelax_23518_0 ( - exit code -1073741819 (0xc0000005))
24/09/2005 17:44:04||request_reschedule_cpus: process exited
24/09/2005 17:44:05||Running CPU benchmarks
24/09/2005 17:45:02||Benchmark results:
24/09/2005 17:45:02|| Number of CPUs: 2
24/09/2005 17:45:02|| 1451 double precision MIPS (Whetstone) per CPU
24/09/2005 17:45:02|| 2094 integer MIPS (Dhrystone) per CPU
24/09/2005 17:45:02||Finished CPU benchmarks
24/09/2005 17:45:02||Resuming computation and network activity
24/09/2005 17:45:02||request_reschedule_cpus: Resuming activities
24/09/2005 17:45:02|rosetta@home|Deferring communication with project for 2 seconds
24/09/2005 17:45:02|rosetta@home|Computation for result 1pvaA_abrelax_20533_0 finished
24/09/2005 17:45:02|rosetta@home|Computation for result 1pvaA_abrelax_23518_0 finished
24/09/2005 17:45:02|LHC@home|Restarting result wjun4B_v6s4hhpac_mqx__16__64.2764_59.2927__4_6__6__30_1_sixvf_boinc20913_3 using sixtrack version 4.67
24/09/2005 17:45:02|LHC@home|Restarting result wjun4B_v6s4hhpac_mqx__18__64.2784_59.2947__6_8__6__50_1_sixvf_boinc23820_5 using sixtrack version 4.67
Apparemment rosetta ne gére pas bien le "partage" de projets
une nouvelle version de rosetta est sortie et la durèe des Wu grandemant diminuée
robetta,
Forum moderator,
Project administrator
Both projects are similar in that both are trying to improve methods for protein structure prediction. Rosetta@home includes protein design and prediction of complexes. Rosetta@home uses a software package called Rosetta, which has been proven to be one of the best methods out there for protein structure prediction in repeated CASP experiments (See our About page). Rosetta is also being used for the Human Proteome Folding Project, which is trying to predict folds for many proteins in the human genome. While they, in collaboration with us, are applying Rosetta to the human genome and other genomes like malaria (P falciparum), we are trying to conduct research to make it better. David Baker's work has been published in today's issue of Science. It is exciting work. Thank you for your interest in helping our and similar projects, like Predictor@home!!!
J'ai l'impression que il existait deja un logiciel nomme "HMMSTR/Rosetta Prediction" qui etudiait la structure tertiaire d'une protéine. Mais qui n'avait rien a voir avec le calcul distribue, son but etant l'etude et la visualisation pour les chercheurs.
Voici le site : http://pole-modelisation.univ-bpclermont.fr/prive/fiches_HTML/hmmrosetta.html
Je n'ai que 256mo de RAM donc rosetta sur la touche... :(
Essaye Simap, ça demande moins de RAM :)
March 22, 2006
Recently our database server has been crushed repeatedly resulting in webserver slowdowns. Tracking all of this down has been a real challenge. This AM it was noticed that during every slowdown someone was trying to 'merge' two client hosts. After eliminating everything else as a possibility we were left to wonder if this merging of hosts could really be a problem. After disasterously wasteful searching of many unrelated issues, it was discovered that SETI@home had this very problem last month [see the entry for February 1, 2006 on the SETI@home Technical News Page]. We have disabled host merges until we can upgrade the database software.
April 4, 2006 - 1hz6_FA_RLX_hom015
* [AF>FRANCE>Est>IDF>EDLS] Mephisto94 (Team L'Alliance Francophone)
vous avez recu la newsletter Rosetta ?
Rosetta a besoin de plus de puissance CPU avec le demarrage du CASP.
Quelque chose est prévu au niveau de l'Alliance ? (genre un petit fight avec une grosse équipe pour motiver les troupes) :D
Dear Rosetta@home Participants, A wonderful aspect of Rosetta@home for me has been the marvelous contributions of the many dedicated volunteers around the world. We are about to begin the 7th biennial CASP Structure Prediction Experiment and from May 10th until August 1st our need for computing power will be even greater. In a bid to solicit more of your 'crunching time', R@H volunteers have put together the following letter which we are sending to all participants. With all of your collective efforts it should be possible to do wonders! Thank you! David Baker
Rosetta@home logo
(http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_images/rosetta_at_home_logo.gif)Dear Rosetta@home Contributors,
We are writing you to thank you for donating your computer time to Rosetta@home (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/). We'd also like to bring you an update on recent improvements as well as ask for your help during this year's Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP7).
Rosetta@home (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/) is working to develop software to accurately predict the folding structure of proteins, which is a key function in developing cures for diseases such as AIDS, cancer, and Alzheimer's. The Rosetta software is used by other scientists and distributed computing projects. Any improvement we can make in this project will benefit other scientists and projects as well.
Cutting-Edge Research with an all new Application package
The Rosetta@home (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/) science application has improved greatly in recent weeks. We now have "smarter" software and new techniques which help find the best structures faster. We have also released a number of new features:
- Work unit runtimes based on preference setting (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=669#10375) can minimize your internet use.
- More frequent saves (checkpointing (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1449#14799)), means more science output and more credits for you and your team.
- The "Watchdog (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1449#14799)" keeps work flowing by ending work units that appear stuck or hung.
- All work units will receive credit even if they return late or with an error result.
All these improvements guarantee a problem-free and most useful contribution of your valuable computer time.
CASP7 is here - Be part of the competition and the winning team!
(http://www.hhmi.org./research/investigators/images/bakerd.gif)Dr. David Baker - the lead scientist of the project
There are many science teams working on protein studies, and every 2 years they conduct a contest of sorts, to define the current state-of-the-art. Now the 2006 event is underway, and you can help. CASP will present proteins no one has ever seen before and ask the research teams to give their best structure predictions for this computationally intense problem. We are very hopeful the improved Rosetta software, now with the added power of distributed computing, will again find the most accurate predictions.
CASP7 runs from May 10th to August 1st. The more computing power we apply, the better the predictions become. Please be sure to run Rosetta@home, at least during the three month period of the competition. Read more about CASP7 (http://predictioncenter.org/casp7), and check for published results on the Rosetta@home website through the end of the year.
Be a part of the project team with new information and user recognition
A number of new informational features have been added to help you participate with the research team:
- "Dr. Baker's science journal" (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177) where the project's lead scientist posts regular updates and project news.
- Work Unit information (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1453) describes the proteins and tests being performed for each work unit type.
- The Application Version Log (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1449) explains new features and scientific improvements in the application.
The project staff is very responsive to questions and suggestions and is working to incorporate them into Rosetta application improvements.
What you can do to help
- If you discontinued Rosetta for any reason, please attach (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_intro.php) again and you will find the application improvements have resolved the problems many were having.
- Dedicate a greater resource share to Rosetta, at least during CASP7.
- Attach additional computers to the project.
- Contact your friends and teammates and help them learn more about Rosetta so they will want to crunch more too. Here is a simple explanation (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1377#13473) you might use.
- If you are a member of a team, please ask for more Rosetta processing time on your team message boards.
Thank you for your past participation, and we hope you can provide additional support to Rosetta@home (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/) in the future.
Mark, Joachim, Gerry and the Rosetta@home volunteers
P.S.: Still not convinced? Take a look at "10 reasons why I support Rosetta@home and you should too." (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_ten_reasons.php)
P.P.S.: Your account preferences suggest that you wouldn't mind recieving our rare newsletters. If this is not true, you can 'opt-out' of future mailings by changing the "Should Rosetta@home send you email newsletters?" setting in your account preferences here: Rosetta@home preferences (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs_edit_form.php?subset=project)
Bonjour à tous,
(Mamouth bouge pas j'arrive derrièere toi même si tu n'es plus la)
Jacquominot a dit
D'habitude je suis a 400credits par jour et depuis deux semaines je suis qu'a 250 max
je pige rien a l'anglais :'(
June 3, 2006
We are having problems with our validator. It should be back online later today.
June 3, 2006
The validator is cranking away now.
Si je me souviens, si tu active la correction de crédits avec BoincStudio pour Rosetta, ton claimed crédit va être plus élevé mais cela ressemble à de la triche
Ne pas l'activer augmente les claimed crédits.
CiterNe pas l'activer augmente les claimed crédits.
c'est faux! je m'explique :
boinc calcul le claimed crédit par rapport au temp mis et aux benchmarks.
Si tu as un client optimisé tu admettons calculer les Wus 2x plus vite. Tu auras donc 2x moins de claimed crédit puisque tes benchmark seront idenriques mais avec un temp de calcul 2x moindre.Donc la correction de crédit sert à augmenter le Claimed crédit pour annuler cette déficience à cause de ton temps de calcul.
Le client de crunch3r optimisé pour ton pentuim augmente tes Benchmarks mais comme tu fais toujours tes calcul avec la même vitesse , tu as 2x mois de claimed crédit !!! il ne faut utiliser la correction de crédit qu'avec les clients optimisés dd'Einstein, Seti, Sztaki ,... sinon tu as l'effet inverse
ex :
une machine 2x plus puissante que la tienne calculeras 2x plus vite mais auras un claimed crédit correct.
toi tu as une machine 2x moins puissante mais tes benchmark sont identiques a la 1ère machine . probléme : toi tu ne calcule pas les unités 2x plus vite :( donc ton claimed crédit est divisé par 2 :(
De plus, sur Rosetta j'ai regardé le Celeron de Shann (une machine 2 ghz comme mon Pentium 2ghz): il obtient 3x plus de crédits que moi pour le même temps de travail et les même Benchmarks. Comment tu expliques ça ?( à moins qu'il ait overclocké son Celeron à mort pour faire chauffage central :D , je ne pense pas qu'il soit 3x plus rapide que mon Pentium)
Non mes benchs sont identiques avec Crunch3r ou le client officiel (je l'ai déjà dis 2 fois, mais bon...).
Méchant :lol:
Le pingouin vaincra: http://yelims1.free.fr/Animaux/Pingouin04.gif
De toute façon, comment veux-tu jouer à l'uptime avec Win XP ?: Je suis forcé d'utiliser Linux :D
http://img.uptime-project.net/img/5/90986.png
Méchant :lol:
Le pingouin vaincra: http://yelims1.free.fr/Animaux/Pingouin04.gif
De toute façon, comment veux-tu jouer à l'uptime avec Win XP ?: Je suis forcé d'utiliser Linux :D
http://img.uptime-project.net/img/5/90986.png
Qu'est ce que je fais? Je jarte ce vilain troll des montagnes pas beau à partir de mon PC sous XP qui affiche 3 petits mois d'uptime? :o :ange:
Ooohhh! tout de suite on monte sur son grand chevôoO...Faut bien une exception à la règle :o
Allez, un petit rebootage après les mises à jour et on laisse le troll gambader sur sa banquizzzz :D
Linusque y marche pas comme y faut, y a même pas moyen de désactiver le lissage de polices[:nono]
Predictor of the day: Congratulations to [AF>HFR>Corsica] DocMaboul (Team L'Alliance Francophone) for predicting the lowest energy structure for workunit t335__CASP7_ABRELAX_SAVE_ALL_OUT_nohistag_hom001__778_0.clean.sc !:sol:
we will NOT be backdating credit totals
Notament :
Il veut interdire de poster sur le message board de Rosetta tout ceux qui ont moins de 250 de Rac
Ya vraiment des tarés sur Terre...... :pt1cable: :lol: C'est la majorité des utilisateurs qui ont moins de 250 de Rac.......
En plus, il est très bien ce nouveau système: mon crédit à doublé :love:
Moi je vais me mettre à Rosetta quelque temps, pour soutenir David Baker qui s'investie beaucoup dans ce qu'il fait, il vient même sur les forums des équipes pour s'expliquer, et qu'est ce qu'il obtient, des gens qu'ils le traitent de moins que rien sur le forum des xtremesystems.
ça serait dommage qu'il perde tout son travail juste à cause d'un histoire de corrections des crédits
En plus avec le nouveau systeme les gens qui ne "trichent" pas reçoivent un peu plus de crédits.
D'ailleurs ce XS_Vietnam_Soldiers avait un Rac de 15.000 avant le changement de crédit, or avec les corrections de crédits il demandait près de 3 fois trop de crédits
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/results.php?hostid=200590&offset=20
Donc en fait son Rac réel n'est que de 5.000.
Donc c'est pas quelqu'un d'indispensable et c'est pas ce genre de ploucs qui vont faire la loi en imposant leurs conditions pour leur retour.
Il suffit de 25 personnes à 200 de Rac pour compenser son départ
J'ais pas trop cherché mais ça doit être aussi le cas d'autres membres de la xtremesystems
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=727
WindForce
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/results.php?hostid=161279&offset=20
XS_team_germany
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/results.php?hostid=196435&offset=20
RAMMIE
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/results.php?hostid=260921
A novice1
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/results.php?hostid=202305&offset=100
...
Il y en a aussi pas mal qui cachent leurs résultats
J'ai présenté le site Web de Rosetta@home, y compris le forum, à la réunion sur les grilles de calcul de ce matin -- Je pense que c'est la partie de mon exposé que l'auditoir a le mieux compris. Si des personnes sont intéressés, toutes les interventions qui ont eu lieu durant cette réunion seront reportées sur le Web.
Je travaille ce soir avec mon ancien étudiant Rich Bonneau sur un dossier relatif aux résultats de la HPF1 de World Community Grid . Nous avons prédits les structures de toutes les protéines prévues dont une parmis les mieux étudiés est celle d'un organisme eukaryotique--la levure qui fait lever le pain et la bière, nous avons comparé toutes ces prévisions avec d'autres données expérimentales pour ranger ces 500 structures de protéines inconnues dans une famille de structure de protéine. Une fois que ceci sera fait, nous commencerons à travailler sur le rapport relatif aux structures des protéines humaines également obtenues à l'aide de la HPF1. Pour ce travail, la version de rosetta basse résolution avait été employée (c'était la seule chose que nous avions quand le projet HPF a été lancé il y a plusieurs années) ; Naturellement, je suis enthousiaste au sujet de la HPF2 qui emploie le protocole qui avait été amélioré sur rosetta@home (j'ai envoyé à Rich et à ses collaborateurs d'IBM le code du mois de mars de cette année). Le projet devrait alors produire des modèles beaucoup plus précis.
On the credits front: we have decided to use the average amount of time for producing a structure over all rosetta@home runs for a particular work unit to determine the amount of credit to be awarded for each structure produced for that work unit. so, for example, let us suppose that all rosetta@home computers on average took 1 hour to make 1 structure for a given work unit, and that this corresponds on average to 10 credits using the standard boinc accounting scheme. Then each computer gets 10 credits for each structure returned--a fast computer might be able to do 3 structures in an hour, and get 30 credits per hour, wheras my old slow laptop may require 2 hours to make a single structure so I would only get 5 credits per hour. I think everybody will be happy with this approach in the end, even though nobody may be very happy with it initially (I must emphasize that, contrary to some statements on the boards, no individuals or groups had any more influence on our strategy than any other, so I hope this issue can be laid to rest). I am sorry that the switch to the new system has generated so much conflict, I really didn't anticipate this, and I'm sorry that my attempts to calm things down only made things worse (again, I will post from now on only in this thread and only in this forum). In any event, we are quite set on the new credits plan, which we think will be better for everybody, and please hold off on comments or suggestions for two weeks or so until we all have a clear picture of how things are working--we do not need or want new suggestions at this point. David Kim will be posting the definitive description of the new system tomorrow on the boards.
Un des résultats positifs des dernières discussions animées est que nous avons recruté un certain nombre de nouveaux modérateurs volontaires qui vous seront présentés bientôt et qui s'assureront que les discutions restent courtoises (aidez svp le projet en évitant de poster des choses qui sont suceptibles d'offenser d'autres participants !). En outre, comme j'ais passé beaucoup de temps à taper sur mon clavier pour correspondre avec des participants par email (ce qui pourrait facilement se transformer en métier à temps plein !), à partir de ce soir si vous avez des questions ,contactez svp les modérateurs par l'intermédiaire du forum ou de l'email et ils me transmettront les questions pour lesquelles ils ne peuvent pas répondre.
OK-- c'est tout pour ce message, mes posts seront de retour dès demain sur la voie de nouvelles découvertes scientifique !
Les modélisations sont de plus en plus précise.
Voici par exemple une capture d'écran de l'écran de veille, de la fenetre Searching_all_atoms.
C'est l'application rosetta_beta 5.29, et une unité BOINC_ABRELAX_SAVE_ALL_OUT
On voit plein de petites ramifications, je crois que c'était pas le cas avant
http://archettes.chez-alice.fr/Ralph.jpg
We are actively considering now several different approaches for building interactivity into rosetta@home which I think will be tremendously exciting. In the simplest scenario, you will be able to propose moves to the computer to try out, for example rotating around a bond you select. In the current version, running on your computers, the computer selects moves at random, and then accepts those moves which reduce the energy. In the interactive version, whenever you have an idea, the computer will try out your move instead of picking randomly. This will let those of you who are interested to become actively involved in the searches, which should be more fun than watching the screensaver, and I'll bet there are some protein folding geniuses out there who will be able to work wonders! We are also thinking of having the 5-10 best models found thus far, and the names of the finders, in a panel on the screen that if you want you can start from and try to improve.
C'est génial.
Ils sont très forts quand même sur rosetta@home (Baker a pas mal d'idées et essaie de les mettre en oeuvre).
En revanche, une chose moins géniale : la dernière application bouffe énormément de mémoire (j'ai été obligé de viré rosetta :()
J'ai lancer quelques unités Rosetta à mon retour et j'ai reçu une unité appeler Rosetta_Beta. Quelqu'un à des infos dessus ?
Donc il RALPH c'est finit et tous apsse sur rosetta maintenant ?
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1449&nowrap=true#42675
Rosetta@home a été mise à jour avec la version 5.70. Cette version corrige quelques bug pour le repliement ab initio de l'ARN, le repliement symétrique et le mode "d'amarrage". Nous avons aussi essayé de corriger quelques uns des "sauts" de la trajectoire rmsd (le rectangle de droite), bien que l'échelle ne soit pas parfaite. Enfin, nous sommes aussi en mesure de modéliser des complexes protéiques avec un nouveau genre de symétrie.
Autre changement intéresant : nous somme capables d'envoyer des unités de traitement avec l'ancienne application (5.68) et la nouvelle (5.70). C'est avantageux car l'ancienne est "stable" et nous permet d'effectuer des expériences à long terme telles que la recherche des configurations de basse énergie très rares avec des centaines de milliers d'unités de traitement sur plusieurs mois. La nouvelle comprend des correction de bugs pour certains modes ainsi que de nouvelles fonctionnalités. La nouvelle sera appelée "rosetta_beta_5.70" - vous pouvez suivre ce lien http://boinc.bakerlab.org/rosetta/apps.php pour voir ce qui est calculé.
comme on en a assez d'avoir une application stable, on va un peu s'amuser avec une application buggée dont le nom sera quelque chose du genre "rosetta_beta_5.70" :D
ça veut dire quoi, que j'ai vraiment contribué à une découverte importante ?
Non, pour l'instant c'est juste la meilleure prévision de la journée.
je reçois des points de contrôle sur Rosetta avec une fréquence variant entre deux minutes et une heure, voire un peu plus...Rosetta sauvegarde le travail à chaque fin de protéines traité, comme les protéines mettent un temps différent à se calculer, les sauvegardent sont irrégulières.
y a-t-il quelqu'un dans le même cas que moi?
y a-t-il un moyen de remédier à ce problème?
:jap:
In collaboration with a group at the NIH, we experimented with adding a very small amount of information about protein structures from nuclear magnetic resonance experiments to the rosetta structure prediction process
this information is fairly easily obtainable, and doesn't seem like it would have much effect, but the results show quite contrary--the models produced are extremely accurate! this has the potential to revolutionize how scientists determine protein 3D structures using NMR data
Une nouvelle méthode qui pourrait révolutionner la détermination de la structure 3D des protéines !
Traduction du message du Dr David Baker, sur le forum du projet Rosetta@home
Les résultats de ces derniers jours de calculs de l'application Rosetta@home sur vos ordinateurs sont tout simplement stupéfiants ! En collaboration avec une équipe du NIH (Instituts nationaux de la santé aux USA), nous avons tenté d'ajouter au processus de prévision des structures de l'application rosetta, un brin d'informations au sujet de la structure des protéines obtenues lors des expériences de résonance magnétique nucléaire. Il est assez facile de se procurer ces informations, on pensait qu'elles n'auraient pas beaucoup plus d'effets, mais les résultats montrent tout le contraire -- les modèles générés sont extrêmement précis ! Ce qui pourrait potentiellement révolutionner la méthode de détermination de la structure 3D des protéines avec l'utilisation des données de résonance magnétique nucléaire. Nous n'aurions jamais pu tester cette idée (qui a été soulevée il y a plusieurs mois lors d'une conversation téléphonique) sans l'ensemble de vos contributions.
Aujourd'hui (lire Hier), j'ai présenté notre travail sur la conception de vaccins lors de la réunion AidsVaccine07. Les scientifiques qui travaillent depuis de nombreuses années sur ce problème très compliqué sont, je pense, extrêmement enthousiastes quant à notre approche qui est quelque chose qui n'avait jamais été tenté auparavant et qui semble théoriquement logique. Bien que nous sommes toujours loin d'un vaccin, nos résultats préliminaires en collaboration avec l'équipe du NIH sont prometteurs. Après mon entretien, j'ai eu une conversation avec une journaliste du Wall Street Journal, et je pense qu'elle serait intéressée pour écrire un article sur rosetta@home et la conception de vaccin contre le VIH.
woa ça donne envie de refaire du rosetta
je croise les doigts pour que le RAID d'automne soit sur ce projet
woa ça donne envie de refaire du rosetta
je croise les doigts pour que le RAID d'automne soit sur ce projet
Je trouve que ce message que tu viens de traduire http://www.boinc-af.org/content/view/745/1/ est tellement important, que je ne résiste pas au plaisir d'en mettre une copie (sauf les liens qu'il contient) sur ce forum pour informer ceux qui oublieraient d'aller sur le site de l'AF ou pour ceux qui ne le trouveront pas quand il ne sera plus sur la première page du portail:CiterUne nouvelle méthode qui pourrait révolutionner la détermination de la structure 3D des protéines !
Traduction du message du Dr David Baker, sur le forum du projet Rosetta@home
Les résultats de ces derniers jours de calculs de l'application Rosetta@home sur vos ordinateurs sont tout simplement stupéfiants ! En collaboration avec une équipe du NIH (Instituts nationaux de la santé aux USA), nous avons tenté d'ajouter au processus de prévision des structures de l'application rosetta, un brin d'informations au sujet de la structure des protéines obtenues lors des expériences de résonance magnétique nucléaire. Il est assez facile de se procurer ces informations, on pensait qu'elles n'auraient pas beaucoup plus d'effets, mais les résultats montrent tout le contraire -- les modèles générés sont extrêmement précis ! Ce qui pourrait potentiellement révolutionner la méthode de détermination de la structure 3D des protéines avec l'utilisation des données de résonance magnétique nucléaire. Nous n'aurions jamais pu tester cette idée (qui a été soulevée il y a plusieurs mois lors d'une conversation téléphonique) sans l'ensemble de vos contributions.
Aujourd'hui (lire Hier), j'ai présenté notre travail sur la conception de vaccins lors de la réunion AidsVaccine07. Les scientifiques qui travaillent depuis de nombreuses années sur ce problème très compliqué sont, je pense, extrêmement enthousiastes quant à notre approche qui est quelque chose qui n'avait jamais été tenté auparavant et qui semble théoriquement logique. Bien que nous sommes toujours loin d'un vaccin, nos résultats préliminaires en collaboration avec l'équipe du NIH sont prometteurs. Après mon entretien, j'ai eu une conversation avec une journaliste du Wall Street Journal, et je pense qu'elle serait intéressée pour écrire un article sur rosetta@home et la conception de vaccin contre le VIH.
29/08/2007 23:30:57|rosetta@home|Sending scheduler request: Requested by user
29/08/2007 23:30:57|rosetta@home|(not requesting new work or reporting completed tasks)
29/08/2007 23:31:02|rosetta@home|Scheduler RPC succeeded [server version 509]
29/08/2007 23:31:02|rosetta@home|Deferring communication for 4 min 2 sec
29/08/2007 23:31:02|rosetta@home|Reason: requested by project
Quand Boinc travail j'aimerai savoir sur quel maladie il travaille dans ce code :
http://www.enregistrersous.com/images/70843203920070827224729.jpg
CAPRI, c'est fini !
Et dire que c'était la ville de mon premier amour....
[:marcp]
Par contre, je sais pas comment traduire ça :
Fragment assembly of RNA-produced structures.
Mais je reçoit de moins en moins de Rosetta beta et vous ?
j'avoue que ça ne me pose pas de problème. j'ai configuré pour qu'il ne garde rien en mémoire, s'il veut le faire quand même... ça ne me gêne pas dans mon boulot ;)
02/10/2007 21:09:16|rosetta@home|Deferring communication for 1 hr 21 min 32 sec
02/10/2007 21:09:16|rosetta@home|Reason: no work from project
PEut etre dans 1h21 et 32s ça sera bon...Souvent ça me fait des choses comme ça. Mais je n'y fait guere attention car j'ai plusieurs projets de secours.
essaye de mettre a jour le projet...Sinon attend un peu...
Je viens de creer un compte rosetta mais je n'arrive pas a "join" l'AF :??:
A partir de Boinc je clique sur "vos preferences" puis "find a team" ensuite je fais un search "AF" je trouve, je clique sur join this team et il ne se passe rien.... :sweat:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/result.php?resultid=111029810
Ca c'est de l'unité !
This process generated 247 decoys
Et après on va me dire que les calculs rosetta sont bien :-/
Nov 5, 2007
Rosetta@home has been updated to version 5.81. This version contains small, but essential changes to the scientific protocols.
Posted 6 Nov 2007 2:14:08 UTC
This version adds a new feature that allows us to properly model disulfide bonds in proteins.
Rosalie si tu veut calculer 4 Wu en même temps tu peut augmenter la quantité de memoire que tu veux utiliser pour Boinc.Oui, ou alors tu peut diminuer la mémoire pour BOINC, et dans ce cas, rosetta ne t'enverras que des unités qui prennent "seulement" 130Mo...
Par défaut c'est 50% soit 1Mo( :lol: ) pour toi, mais attention cela cela risque de se ressentir :D (cf avancé-> préférences sur Boinc Manager)
Bonjour,
Je suis un nouvel utilisateur de BOINC, et j'ai beau parcourir les pages de ce forum, je ne trouve aucune information sur un arrêt ou un redémarrage du pc alors qu'un ou plusieurs calculs sont en cours, par exemple pour une mise à jour de l'OS...
Merci par avance à tous les initiés.
Amicalement
voila une news sur rosetta ... cherchez l'erreur :pBen c'est toi l'erreur ! :p
The Linux executable has been updated for Rosetta@home; this fixes a small error in the prior update. For details, see this thread.
Bonjour à tous !
Je suis nouveau ici, et je viens de découvrir les projets et m'inscrire à ROSETTA.
Tout d'abord, je voulais savoir comment faites-vous pour avoir des graphiques avec les images ? Je pense que c'est parce que je n'ai pas coché l'écran de veille au démarrage... Y a-t-il une solution ?
De plus, à quoi servent les crédits que je gagne ?
Merci.
Sylvian.
chez moi "montrer les graphiques" est grisé :-( Avez-vous une idée d'où ça peut venir ?Bienvenu :hello: .
Si :p.
Cela ne vient pas du fait que je l'ai installé en tant que service ?
Si :p.
Rosetta has been updated to version 5.89. Changes allow us to model proteins with complex symmetries, and improvements in the energy function used to simulate RNA. Please post any issues with the server and site in this thread.
Dec 29, 2007
Predictor of the day: Congratulations to RvP_LaN http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_user.php?userid=176290 (Team L'Alliance Francophone) for predicting the lowest energy structure for workunit HR1958_homo_BOINC_MFR_ABRELAX_PICKED_2041_0 !
AuthenticAMD:ouch: !
AMD Phenom(tm) 9500 Quad-Core Processor [AMD64 Family 16 Model 2 Stepping 2]
J'ai des unités qui me demandent 400 Mo de mémoire en ce moment. :ouch: :heink:
Comme j'ai 4 calculs en parallèle, c'est la panique !
unités en attente de mémoire, ça fait boule de neige, au final j'ai souvent seulement 3 unités qui se calculent vraiment, et la mémoire saturée par des WU qui squattent.
:fou:
Perso je n'ai jamais utilisé les écrans de veille.
qu'est-ce qu'elle a cette appli minirosetta ?
May 06, 2008
Predictor of the day: Congratulations to Big-Buen (Team L'Alliance Francophone) for predicting the lowest energy structure for workunit t027_1_NMRREF_1_t027_1_id_model_06_2934_0 !
:bounce:
ca veut dire que ton PC est allumé 41% du temps , et que sur ces 41%, BOINC est allumé 99% du temps. Basé sur ces stats, le serveur refuse de t'envoyer du travail car il estime que tu n'aura pas le temps de finir les calculs;)
Tu as peut-être un manque de mémoire, quelle est la configuration de ta machine ?
As-tu des messages d'erreurs dans l'onglet messages ?
Fait aussi avancé>lire le fichier de préférences locales et donne le résultat des messages de l'onglet messages ;).
June 10, 2008Si j'ai le même problème il faudra aller reporter le bug :).
The minirosetta application has been updated to version 1.28. This version contains a fix for the graphics application and jumping and loop modeling protocols. Please report bugs in this thread (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4149).
Niveau mémoire c'est OK, c'est peut-être un problème de l'application mini rosetta, je vais prendre une UT et voir si j'ai le même problème ;).
Ok :jap:, je vais finir mon UT quand même pour voir ;).
Si tu veut tu peut aller poster sur le lien que je t'ai donné, ils pourrons peut-être amélioré l'application comme ça ;).
Ok, bah sous mon ubuntu la mini rosetta c'est calculé sans problème :jap:.
c'est maheureusement Rosetta beta 5.96 qui coince, deja 8 tasks bloqués sur 100%http://boinc.bakerlab.org/rosetta/result.php?resultid=171695131
j'en ai 4 autres sur Rosetta Mini qui terminent normalement bientot, on va bien voir...
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/result.php?resultid=171695131
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/result.php?resultid=171692589
En mini rosetta comme en rosetta beta tout va bien ici :spamafote:.
Dans l'onglet projets, sélectionne rosetta et clic sur recommencer le projet ;).
Attention tu perdra tous tes calculs en cour !
Par exemple POEM et Rosetta en 50/50. Il y aura toujours 2 unités POEM à 35 Mo max et 2 unités Rosetta à 500 Mo max.
j ai une petite question: sur le site de l'alliance francophone et en allant sur le projet rosetta on a ça:
"Détail technique : lien pour rêgler la durée d'une unité de calcul. Appuyer sur Edit Rosetta@home preferences. Target CPU run time. Choisir dans le menu déroulant la durée qui vous convient, ça va de 1 heure à 24h. Sauvegarder en appuyant sur Update preferences. "
je peux alors calculer une unité plus rapidement? car la ça me prend 2h40 à peu près. Ou alors ça dépend de mon pc?
mais des unités plus courtes rapportent moins de crédits c'est ça?
Non ce n'est pas correct
en gros si je met une 1h quesque ça fait de plus?
"si tu utilises 24h l'application va tenter beaucoup plus de pliage de la protéine qu'en 3 heures. le meilleur résultat est ensuite renvoyé "
prce qu'en 3h les résultats ne sont pas les mêmes qu'en 24h?
désolé de poser autant de question mais je comprends pas tout là!
Aug 18, 2008:bounce:
Predictor of the day: Congratulations to [AF>DoJ]refresh (Team L'Alliance Francophone) for predicting the lowest energy structure for workunit t443__d011a_CASP8_LONGRANGE_JUMP_SAVE_ALL_OUT_BARCODE__4127_0 !
Tu lui dira que je l'ai rajoutéenpour la postérité ;) :p en bas de l'article sur Rosetta :p : http://www.boinc-af.org/content/view/26/219/
Un peut maniaque sur les bords :lol: ;) !
Les crédits SETI ont peut être changés :p.
ça crédite pô des masses ces derniers temps ...
rosetta HS chez moi aujourd'hui
tant mieux, ça fera plus d'UT ibercivis en crunch :lol:
[:ousermaatre:3] désolé c'est vrai que ce n'est pas très français !
Lorsque le calcul est en travail, on peut voir son évolution dans un graphique-image
Mais pour les unités beta je n'ai pas ce graphique.
Est-ce plus clair ?
@ousermaatre : La durée des UT est modifiable dans ton compte, par défaut c'est 3H environs.
Merci rom 185
November 14, 2008
Outage Notice: the project will be down for maintenance starting at 2:00 PST today.
On an unrelated note: WE ARE PLANNING TO INCREASE THE DEFAULT RUN TIME TO 6 HOURS AND THE MINIMUM TO 3 TO REDUCE THE LOAD ON OUR SERVERS. When and how this will occur has not yet been decided. If you have any concerns or would like to add to the discussion please post to this thread.
November 14, 2008
Our fileserver crashed last night. We are planning to upgrade the system very soon. Sorry for any inconvenience.
Il faudrait que ça revienne vite, on peut encore gratter 2 points avant la ligne d'arrivée du FB 2008 !C'est revenu très vite après la panne, je calculai dessus au moment de la panne et rien qu'avec le cache j'ai tenu jusqu'à ce que ça revienne.
C'est revenu très vite après la panne, je calculai dessus au moment de la panne et rien qu'avec le cache j'ai tenu jusqu'à ce que ça revienne.[spoiler]Pour changer tu devrais essayer de te mettre dessous. :whistle: [/spoiler]
Le site indiquait un problème mais lui aussi est vite revenu :).
Je suis toujours dessus là et aucun problème :jap:.
nous sommes menacés par SUSA sur Rosetta Alpha, un peu d'aide svp...
Mes 30 résultats en attentes sont partis
Concernant les deadlines des projets, il y a un article sur le sit de L'AF :
http://www.boinc-af.org/content/view/737/149/
Bon j'ai l'impression que c'est pas tout à fait à jour, va falloir qu'on vérifie ça, mais ça donne déjà des pistes. ;)
Salut, pareil ici.
En fait, si tu vas sur le site du projet, il n'y a plus de "ready to send".
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_status.php
ici les deux "make work" sont stoppés.
la solution c'est de basculer sur POEM ... (ou autre) :D
edit :
ou bien sur ABC (projet de maths) sur lequel se déroule un bras de fer final entre l'AF et SUSA avant la fin du projet.
C'est presque une attaque organisée, là ou les Ricains ne sont pas...
March 11, 2009
Take a look at the recent work you've made possible with your contributions! D. Baker discusses the six (6!) manuscripts that the group is publishing, having used the computing power-house that is R@H, in the Rosetta@home Journal (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177).
Comme sur d'autres projets, l'AF est menacée au FB par l'équipe CANADA. (http://statseb.gotdns.org/details_FB.py?projet=42)Au RAC, on est repassé devant le canada et on talonne le team UK :bounce: :bounce: :bounce:
Ne nous faisons pas bouter hors du podium par ces affreux anglophones ! Aidons les Québequois à résister, il manque quand même près de 25300 points de Rac [:yada44:4]
j'ai mis un peu de puissance dessus, on va y arriver :)
Depuis hier j'ai une bonne poignée d'UT Rosetta en erreur sur la machine qui fait du milkyway-GPU en même temps.
:(
Au RAC, on est repassé devant le canada et on talonne le team UK :bounce: :bounce: :bounce:
5e! :sol: :sol: :sol: :sol: :sol:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/top_teams.php
Le canada nous est repassé devant :fou: pour juste 592 de RAC :fou:
RDLF la force brute ! :D
ça y est, j'ai dépassé la barre que je m'étais fixé sur rosetta : 1.000.000 :bounce:
Bah, moi ce sera simplement 100.000 ! :D
Bah, moi ce sera simplement 100.000 ! :D
Gene Key To Alzheimer's-like Reversal Identified: Success In Restoring Memories In Mice Could Lead To Human Treatments
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/05/090506144309.htm
Doesn't appear to have been tested on humans yet, but may eventally point the way to a successful treatment for humans.
Trop bien ton avatar Pascal !
Tiens, j'ai de nouvelles unités, et elle paie plutôt pas mal :)oui mais déjà 2 sur 10 en erreur après quelques temps, est ce ponctuel, à voir :/
Entre 65 et 78 points pour 10500 secondes environ pour mon Q6600 donc un rac 2139 à 2567 :eek:
Ouais, j'ai oublié de dire ce détail, les unités qui durent plus de 3 heures, sont foireuses, annule les toutes :)Merci du conseil ! Un peu genant pour les PC à longue distance toutefois :(
Mais celles juste après :love:
Mon 27 Jul 18:13:39 2009 rosetta@home [error] File minirosetta_database_rev31588.zip has wrong size: expected 29091359, got 0
Mon 27 Jul 18:13:39 2009 rosetta@home Started download of minirosetta_database_rev31588.zip
Mon 27 Jul 18:16:13 2009 rosetta@home Finished download of minirosetta_database_rev31588.zip
Mon 27 Jul 18:16:14 2009 rosetta@home [error] Signature verification error for minirosetta_database_rev31588.zip
Mon 27 Jul 18:16:14 2009 rosetta@home [error] Checksum or signature error for minirosetta_database_rev31588.zip
Mon 27 Jul 18:27:46 2009 rosetta@home Finished download of minirosetta_1.86_i686-apple-darwin
Attention, Hadopi vous surveille :electric:
Oct 10, 2009:hyperbon: :hyperbon: :hyperbon:
Predictor of the day: Congratulations to Jean Nouzeilles (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_user.php?userid=3207) (Team L'Alliance Francophone (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=30)) for predicting the lowest energy structure for workunit lr5_score12_hackelec_run01_rlbd_1nps_SAVE_ALL_OUT__14669_0 !
pas d'UT rosetta pour moi (constat de mon retour de vacances)Certes la prise en mains à distance est dans certains cas nécessaire, mais là BAM devrait te suffire pour ajouter, retirer, mettre en pause etc des projets sur tes machines distantes ou pas, comme le basculement entre Rosetta et POEM ?
grâce à logmein (free) je bascule mes diverses machines sur POEM en attendant
j'ai commencé à utiliser LogMeIn pour pouvoir suspendre des UT de GPUGrid qui plantaient mon pc distant.Pour la suspension de WU je suis d'accord, pas d'autre alternative que l'accès à distance, par contre utiliser BAM a des avantages entre autres pour stopper et/ou lancer un projet "en masse" sur toutes les machines d'un compte, à ta dispo en MP pour avancer si tu le souhaites et dans la marge modeste de mes connaissances de cet outil
j'ai un compte BAM mais je n'ai pas aimé ou compris l'interface...
pas d'UT rosetta pour moi (constat de mon retour de vacances)idem pas d'UT depuis plusieurs jours :hyperbon:
grâce à logmein (free) je bascule mes diverses machines sur POEM en attandant
Pour la suspension de WU je suis d'accord, pas d'autre alternative que l'accès à distance, par contre utiliser BAM a des avantages entre autres pour stopper et/ou lancer un projet "en masse" sur toutes les machines d'un compte, à ta dispo en MP pour avancer si tu le souhaites et dans la marge modeste de mes connaissances de cet outil
Ben finalement j'ai suspendu le projet et repris : les WU se sont terminées normalement. Comprend pas, mais bon :pt1cable::hello: Petit clin d'oeil à l'Est = elles patinaient dans la choucroute ou le verglas :lol:
15/04/2010 23:21:40 rosetta@home Message from server: Server error: can't attach shared memory:cry:
Rosetta@home has been used to design a protein which may neutralize the flu virus. See David Baker's journal (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177&nowrap=true#65767) for details.
Une news de rosetta qui serait intéressant de mettre plus en avant sur le portail de l'AF :
Apr 19, 2010
Rosetta@home has been used to design a protein which may neutralize the flu virus. See David Baker's journal (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177&nowrap=true#65767) for details.
ce qui me chiffonne, c'est qu'ils demandent l'identifiant et le mot de passe. j'ai pas pour habitude de donner ce genre d'info, même sur un site que je connais a priori. trop de risques de phishing.
donc pour moi c'est niet. désolée
Lancement du CASP9 dans peu de temps : http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5308 (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5308)
Bah si on se prends des gouttes de pétroles dans la gueule dès que quelqu'un recrache du CO2 ça risque de faire désordre :lol:
Il dit qu'il veut transformer du CO2 en pétrole.ouais, ça serait une bonne chose, mais les molécules d'hydrocarbures sont très complexes, casser du CO2 avec le soleil d'accord... à l'image des plantes d'ailleurs... mais reconstruire des chaines d'hydrocarbures....
La nouvelle pierre philosophale :D
A mon avis il va bientôt avoir la visite de quelques groupe pétroliers...
Le CASP9 est parti, ils vont envoyer la purée donc si vous voulez aider Rosetta, c'est le moment de s'attacher !
Boris, please, remonte de quelques posts dans ta lecture :coffeetime:
CASP9 c'est une sorte de "compète" entre chercheurs mais essaye de faire une recherche (un carré blanc à coté d'une loupe en haut de la page :D ) dans ce topic pour en savoir plus.
Dommage que Rosetta n'utilise pas les GPUs...
j'ai vus qu'il fallait un compte sur predictor center ?:cpopossib:
+1
pour les projets bio y'a rien sur Boinc, ailleurs on a Folding... mais chuis trop accro à Boinc pour changer ;)
et GPUGRID, c'est pas du bio ?
c'est même le premier projet GPU sous boinc !!!
anciennement appelé PS3GRID ...
We are absolutely delighted by the recent increase in the total throughput of rosetta@home, which could not come at a more critical time! we are having to make very difficult choices between CASP9 structure prediction calculations and the next generation of pathogen inhibiting proteins building on our success with the flu virus inhibitor, and the new contributions of computer power many of you are making are helping immensely. Thank you very much!Baker qui dit merci aux nouveaux participants car entre le CASP9 et le travail sur le virus de la grippe, ils ne savent plus où donner de la tête.
retour de 2 quad et de 2 duals sur Rosetta, suite à la fin du batch SIMAP
je voudrais bien basculer un i7 mais la conso mémoire de Rosetta est trop délirante ( 300 Mo par UT )
Et si tu désactive l'hyper threading, histoire d'avoir moins de WU en parallèle, ça n'irait pas ?
Baker est content car il y a pas mal de publis à venir : http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177&nowrap=true#66617J'voulais pas me faire bas de pager !
Boris, ça tombe a cheval sur la fin du Raid, c'est pas cool de faire de la débauche comme ça :jap:
C'est juste à titre d'infos, je n'insite personne à quitter le RAID...
snip
Je te laisse le choix. :ange:
S'il y en à qui déserte le RAID c'est vraiment qui n'ont rien compris, alors...
Ben non! Je ne participe à aucun raid! Ca ne m'intéresse pas.
Je suis libre de faire ce bon me semble.
Polynésia, tu as effacé ton message, mais il reste la citation que pascal94 a faite.:lol: :lol:
Pascal94 ! Alors comme ça on incite à la débauche pendant un raid ?! :rhaa: :gniak:
Polynésia, tu as effacé ton message, mais il reste la citation que pascal94 a faite.
Pascal94 ! Alors comme ça on incite à la débauche pendant un raid ?! :rhaa: :gniak:
Polynésia, tu as effacé ton message, mais il reste la citation que pascal94 a faite.
Pascal94 ! Alors comme ça on incite à la débauche pendant un raid ?! :rhaa: :gniak:
symaski, si tu veux nous faire passer un lien vers un ou des résultats, dans ton compte, clique sur "View" à côté de "Computers on this account", puis sélectionne l'ordinateur qui va bien. Le lien que tu obtiendras est lisible par tout le monde.
L'autre possibilité, si c'est pour un résultat en particulier, c'est de sélectionner l'UT en question en cliquant dans la colonne "Work unit ID" et de mettre le lien ici.
:jap:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177&nowrap=true#68287
Ce serait pas mal de développer un peu plutot que de balancer des liens comme ca ...
C'est tout cassé, le site répond plus :(
Dec 9, 2010
Today's heros are Keith and Darwin, our systems administrators and hardware architects. Yesterday, our main filesystem crashed hard. There were warning lights flashing behind every disk on the SAN and it looked pretty grim. Thankfully, Keith and Darwin were able to pinpoint the problem to two redundant laser modules for the fiber optic loops (it was amazing and unlucky that both failed). The laser modules have since been replaced and the filesystem is back up. We'll be starting up the project again shortly. Thanks for your patience.
bah ! :)
Mmmm je dirais plutôt son foie ou ses poumons :DSac'é Jé'omeC (http://s2.noelshack.com/old/up/sacweeiouberttinygd-93fe4e1644.jpg)
A moins qu'il ne s'agisse de... 6 6 6 THE NUMBER OF THE BEAST ! Hell and fire was spawned to be released !!!! (c) I.M.
T'as quand même réussi à avoir 21 visites :lol:
:p photo coolpix S5100 :)
The CASP9 meeting was very interesting.
The general consensus of the assessors this year was that there were a number of groups "at the top", but there were no outright winners-there is a bit of bunching up and many groups did very well by successfully picking from among the models submitted by automated servers (you can imagine this led to a lot of discussion at the meeting). While no group clearly outperformed other groups by a significant margin, the best ab initio structure prediction at the meeting stood out quite clearly. This was a Rosetta@home product entirely-the rosettaServer this year sent jobs out to rosetta@home and then submitted models from the lowest energy clusters. this was without a doubt the best automated ab initio structure prediction in casp.
In contrast to our approach with rosetta@home which carries out a large scale search for the lowest energy structure, other groups have developed methods that cleverly exploit information present in the protein structure database, and with the increase in the size of this database, these methods keep working better. I am now very interested in using such information to help guide the search for the lowest energy structure (which is very hard for large proteins), in the same way we have been using experimental data to guide search. Some of the jobs going out in the next months on rosetta@home will be testing approaches for taking advantage of this information.
I apologize for the recent system crash. we are beefing up our servers considerably so hopefully this won't happen again for a long time to come.
Hmmm.....strange.......
From eight jobs, five uploaded normaly, but 3 won't upload.
12-1-2011 20:22:46 rosetta@home Started upload of patrick_test_01_rlbn_1fkb_IGNORE_THE_REST_NATIVE_22848_37_0_0
12-1-2011 20:22:47 rosetta@home Project file upload handler is missing
12-1-2011 20:22:47 rosetta@home Backing off 1 hr 1 min 31 sec on upload of patrick_test_01_rlbn_1fkb_IGNORE_THE_REST_NATIVE_22848_37_0_0
They're all 'patrick_test' jobs!
Maybe that's the thruth meaning of 'ignore the rest'?
Should I delete the stuff?
Should I delete the stuff?
No.
hello pour moi les wu's recommence et recommence et recommence plusieurs fois quelqu'un pourrais me dire pourquoi? merci d'avancePourquoi.
hello pour moi les wu's recommence et recommence et recommence plusieurs fois quelqu'un pourrais me dire pourquoi? merci d'avance
Le boulanger est content car il va faire d'la drogue : http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177&nowrap=true#70008tu as dû lire "drugs", c'est un faux-ami :kookoo:
Tiens??!! J'ai trouvé un petit problème dans les préférences de calcul de ce projet!!sur la plupart des projets, on ne peut pas mettre 0
On ne peut pas mettre "0" dans le partage des ressources!!! Il remet automatiquement 100 quand on sauvegarde après modification!!
Pas cool!! Moi qui voulait régler ça comme ça pour que Rosetta prenne doucement le relais de WCG au fur et à mesure que mon cache se viderait!!!
tu as dû lire "drugs", c'est un faux-ami :kookoo:T'es sûr ? :miam:
drugs se traduit par médicament, la drogue se dit dope.
@rldf : je crois que t'es fait piéger, il y avait une caméra cachée :DChut, dis rien :D
T'as pas de chance, moi mon i7 il ne fait aucune erreur. Bon, pas le même OS, certes...
C'est clair qu'il utilise tout le temps le mot "excited", c'est dégueu son clavier doit être tout collant maintenant :gno:"excited", c'est un faux-ami, ça se traduit par "passionnant" :smak:
Et sinon ben il dit que rosetta, ça sert à quelque chose, finalement.
:warf:
Peut être la mettre sur le portail ?
ce sont les unités qui changent de version, elles passent de la 3.14 à la 3.17,http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5833#71498 (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5833#71498) :kookoo:
pas d'informations sur les améliorations apportées, pour l'instant. :/
La conso mémoire de ce projet est quand même abusée :/
Le serveur ne répond plus :??:Celui de RALPH non plus et depuis plusieurs jours.
Je vais néanmoins rester à la version recommandée.
Maintenant que j'ai mis 10Go sur mon PC, je vais peut-etre pouvoir en faire de nouveau avec mon i7 (vu la memoire que ca devore par unit!). Pour les credits, il y a les projets GPU qui compensent !!! C'est aussi faible que Leiden.... :priz2tet:
PS :le pentathlon se déroule en même temps que CAPS 10...
Je n'ai aucune UT pour le CAPS10, uniquement des UT "normales" et CAPS9 :spamafote:
Et elles sont mieux "payés" les CAPS10?Non. Je crois pas.
Les CASP 10 commencent par rb
En vrac du fofo Rosetta : " If your work unit starts with the label rb you're running a CASP 10 target! rb is short for Robetta which is our publicly available server for structure prediction"
We'll be using CASP 9 to test our system while CASP 10 runs. We know what the correct solution for CASP 9 is but won't know the solutions for CASP 10 for a couple weeks.
ça fait aussi plaisir que le projet Rosetta soit content de nous :sun: :hyperbon:
Jun 10, 2012
Journal post from David Baker
Many common materials such as silk and wool are made out of regular repeating arrays of proteins, and symmetric protein arrays make up the coats of viruses and many other assemblies inside cells. The ability to robustly design self assembling materials made out of proteins would have huge numbers of applications-the naturally occurring assemblies are useful, but imagine if we could make custom materials for 21st century problems. In this weeks Science magazine, we describe the use of Rosetta to design self assembling protein nano structures with very high accuracy. We are now attempting to create many different types of symmetric materials, and you will be seeing more symmetric calculations on your rosetta@home screen server. Thank you for making possible this completely new approach to nanotechnology!
10 juin 2012
Message du journal de David Baker
De nombreux matériaux courants tels que la soie et la laine sont fabriqués à partir de répétitions régulières de tableaux de protéines, et des tableaux de protéines symétriques forment les couches des virus et de nombreux autres assemblages à l'intérieur des cellules. La capacité à concevoir de façon robuste des matériaux auto-assemblés fabriqués à partir de protéines aurait un très grand nombre d'applications, les ensembles naturels sont utiles, mais imaginez si nous pouvions fabriquer des matériaux personnalisés pour les problèmes du 21e siècle.
Dans le magazine Science de cette semaine, nous décrivons l'utilisation de Rosetta pour concevoir des nano-structures de protéines auto-assemblées avec une précision très élevée. Nous sommes en train d'essayer de créer de nombreux types de matériaux symétriques, et vous allez voir de plus en plus de calculs symétriques sur votre économiseur d'écran rosetta@home.
Merci d'avoir rendu possible cette approche complètement nouvelle de la nanotechnologie!
Euh, pas vraiment, l'UT de l'Athlon n'a rapporté que 12.5 pts/heure par rapport à 21.7 pts/h pour le i7 :spamafote:
Mais bon, autour de 20 pts/h je trouve que c'est déjà bien - par rapport aux projets qui distribuent entre 7 et 13 pts/h
Ca doit dépendre de la puissance, un core d'i7 doit être plus puissant qu'un core d'athlon donc faire plus de calcul dans le même laps de temps.C'est exactement ce que j'expliquais dans mon message au-dessus :ange: :siflotte:
Ah oui effectivement, le fb est une épreuve pour les projets :)fb = facebook ?
fb = facebook ?
Rosetta y a sa page : https://www.facebook.com/pages/Rosettahome/161671540539170
Formula Boinc voyons !Tu as vu qui "pose" cette question :JC:
car aujourd'hui est un jour férié aux USA.http://www.guidedesfetes.com/le-jour-de-georges-washington-63-f.html (http://www.guidedesfetes.com/le-jour-de-georges-washington-63-f.html)
Android running on ARM 3.58 15 Sep 2014 23:32:29 UTC
695498502 626584898 8 Oct 2014 23:16:30 UTC 11 Oct 2014 9:48:14 UTC Over Success Done 168,690.40 205.00 281.45
*******************************************************************************
* *
* Bugcheck Analysis *
* *
*******************************************************************************
WHEA_UNCORRECTABLE_ERROR (124)
A fatal hardware error has occurred. Parameter 1 identifies the type of error
source that reported the error. Parameter 2 holds the address of the
WHEA_ERROR_RECORD structure that describes the error conditon.
Arguments:
Arg1: 0000000000000000, Machine Check Exception
Arg2: ffffe0012fe13028, Address of the WHEA_ERROR_RECORD structure.
Arg3: 00000000bf800000, High order 32-bits of the MCi_STATUS value.
Arg4: 0000000000000124, Low order 32-bits of the MCi_STATUS value.
Debugging Details:
------------------
Page 129038 not present in the dump file. Type ".hh dbgerr004" for details
BUGCHECK_STR: 0x124_GenuineIntel
DEFAULT_BUCKET_ID: WIN8_DRIVER_FAULT
PROCESS_NAME: minirosetta_3.
CURRENT_IRQL: f
ANALYSIS_VERSION: 6.3.9600.17237 (debuggers(dbg).140716-0327) amd64fre
STACK_TEXT:
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ffffd000`4b3e4e00 fffff802`62039f71 : 00000000`00000001 ffffe001`2b4ab480 ffffe001`2b4ab480 ffffe001`2fe13028 : hal!HalBugCheckSystem+0xcf
ffffd000`4b3e4e40 fffff802`61e416a0 : 00000000`00000728 00000000`00000003 ffffd000`4b3e5230 00000000`00000000 : nt!WheaReportHwError+0x22d
ffffd000`4b3e4ea0 fffff802`61e41a0d : ffffe001`00000010 ffffe001`2b4ab480 ffffd000`4b3e5048 ffffe001`2b4ab480 : hal!HalpMcaReportError+0x50
ffffd000`4b3e4ff0 fffff802`61e418f8 : ffffe001`2b4aad50 00000000`00000001 00000000`00000003 00000000`00000000 : hal!HalpMceHandlerCore+0xe1
ffffd000`4b3e5040 fffff802`61e41b42 : 00000000`00000008 00000000`00000001 00000000`00000000 00000000`00000000 : hal!HalpMceHandler+0xe4
ffffd000`4b3e5080 fffff802`61e41ccf : ffffe001`2b4aad50 ffffd000`4b3e52b0 00000000`00000000 00000000`00000000 : hal!HalpMceHandlerWithRendezvous+0xce
ffffd000`4b3e50b0 fffff802`61fd87bb : 00000000`00000000 00000000`00000000 00000000`00000000 00000000`00000000 : hal!HalHandleMcheck+0x40
ffffd000`4b3e50e0 fffff802`61fd8571 : 00000000`00000000 00000000`00000000 00000000`00000000 00000000`00000000 : nt!KxMcheckAbort+0x7b
ffffd000`4b3e5220 00000000`00f0cd04 : 00000000`00000000 00000000`00000000 00000000`00000000 00000000`00000000 : nt!KiMcheckAbort+0x171
00000000`035fd9cc 00000000`00000000 : 00000000`00000000 00000000`00000000 00000000`00000000 00000000`00000000 : 0xf0cd04
STACK_COMMAND: kb
FOLLOWUP_NAME: MachineOwner
MODULE_NAME: GenuineIntel
IMAGE_NAME: GenuineIntel
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IMAGE_VERSION:
FAILURE_BUCKET_ID: 0x124_GenuineIntel_PROCESSOR_CACHE
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ANALYSIS_SOURCE: KM
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FAILURE_ID_HASH: {4c8f3f5e-1af5-ed8b-df14-d42663b1dfa7}
Followup: MachineOwner
Je crois que pour Rosetta il faut mettre sur 1. Comme la version serveur est "un peu ancienne", le zéro ne passe pas.
android_86f9ec63 0.00 0 ARMARMv7 Processor rev 0 (v7l) Android3.4.0-2210443 (Android 4.3) 0 16 Mar 2015 8:20:10 UTC
Perso j'en ai jamais recu sur mes android...OK.
Jamais eu non plus, mais vu ce que ca consomme en RAM et le peu que ça rapporte sr PC, je suis pas sur qu'il y ait grand chose à tirer des smartphones sur ce projet ... :/C'est pas pour les points,c'est pour aider a développer une nouvelle application et........................ pour le fun. :D
Je m'y suis recollé au projet ac mon nouveau i7 acheté d'occaz lol. bah,ça fait du bien de voir les crédits remonter.Si Rosetta distribuait des badges, je pense qu'il y aurait plus d'amateurs, à mon avis c'est tout.
Je sais pas,j'ai l'impression que c'est pas trop un projet aimé,alors,j'ai décidé de m'y mettre.
Desktop
3470 rosetta@home 22/09/2016 19:49:10 Project is temporarily shut down for maintenance
C'est à cause des crédits de folie qu'ils distribuent ! :nexath:
Non c'est comme moi, je me payerais bien une super config à 5000 €, mais j'ai pas une tune...
http://www.ldlc.com/fiche/PB00167673.html
:cry:
Mais si vous pouvez me financer pour celle là;:eek:
http://absolutepc.fr/configurations/20639847-station-bi-xeon-v3-16-cores-32-threads.html#/boitier-corsair_obsidian_900d_fenetre/lecteur_optique-asus_bw_16d1ht_graveur_blu_ray/carte_graphique-pny_quadro_m6000_12go/stockage_donnees-samsung_1to_850_evo_ssd/stockage_systeme-samsung_1to_850_evo_ssd/carte_reseau_d_extension-carte_wifi_802_11n/souris-razer_ouroboros/montage_et_garantie-compris_avec_tests_et_garantie_3_ans_pieces_mod/systeme_d_exploitation-sans_systeme_d_exploitation/refroidissement-double_corsair_h60_watercooling/memoire_vive-kingston_ddr4_2133_ecc_64go_4_x_16go/alimentation-corsair_hx1200i_1200w_80_platinum/carte_mere-asus_z10pe_d16_ws/clavier-corsair_k95_rgb_mx_red/moniteur-asus_rog_pg348q_g_sync_21_9_34/carte_son-asus_essence_stx_ii_7_1/processeur-bi_xeon_e5_2699_v4_44c_88t_a_44_x_2_23_6_ghz
:sun:
C'est à cause des crédits de folie qu'ils distribuent ! :nexath:
Non c'est comme moi, je me payerais bien une super config à 5000 €, mais j'ai pas une tune...
http://www.ldlc.com/fiche/PB00167673.html
:cry:
Petite question au passage, savez-vous comment les UT sont gérées ? J'ai mis une target CPU à 1 jour, et du coup les UT durent 24h, y a-t-il un rapport de point avec une UT complétée en 24h par un petit processeur et par un gros ? C'est le contenu qui est jugée je suppose ? Déjà que les points sont vraiment faibles, je me demande quels points obtient un petit CPU sur ce projet :??:
This page requires database access. Our database server is temporarily shut down for maintenance. Please try again later.
Target CPU run time doit être égal à la durée de calcul de ton PC /jou
Si tu choisis 1j et que tu arrêtes ton PC après 8h tu perds l'UT
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4908&nowrap=true#61366
Voilà en gros
Perso je n'en ai pas, quand je quitte l'ordi j'éteins l'écran. Ça économise des ressources ;)idem chez moi. :hello:
Rosetta@home: Outage notice
Outage notice. The project will be down for a day or so starting tomorrow as we transition to new servers using the latest BOINC server software.
20.06.17 01:00:00
Ils se sont toujours pas décidés à etre un peu plus généreux sur les points sur ce projet depuis le temps ?
Open Philanthropy Project Awards $11.3 Million to Institute for Protein Design at UW Medicine
Gift seeks universal flu vaccine and will advance Rosetta software
Seattle — The Institute for Protein Design (IPD) at UW Medicine in Seattle has been awarded $11.3 million from the Open Philanthropy Project to support the institute’s technological revolution in protein design and support its work on the development of a universal flu vaccine.
The Open Philanthropy Project is based in San Francisco, California. The gift is:
• One of Open Philanthropy Project’s largest awards in the sciences to date.
• Its first scientific gift in the Seattle area.
• Its first investment at UW Medicine.
The gift comes in two parts:
• $5.6 million to refine and advance Rosetta, the software platform for protein design originally developed at UW
• $5.7 million for the institute’s program to develop a universal flu vaccine.
“We’re excited to help move science forward in ways not seen before with proteins, which are essential to life. This grant recognizes that UW Medicine is at the forefront of unlocking the keys to the use of proteins in medical settings,” says Chris Somerville, a Program Officer for Scientific Research at the Open Philanthropy Project. “The universal flu vaccine is a tough nut to crack, but David Baker has shown the ability to pioneer life-changing scientific research. It’s exciting that whether a universal flu vaccine is developed or not, this gift will build techniques and technologies that will advance science and have a huge variety of implications in medicine and industry.”
Proteins are the workhorses of all living creatures, fulfilling the instructions of DNA. Existing proteins are the products of billions of years of evolution and carry out all the important functions in our body—digesting food, building tissue, transporting oxygen through the bloodstream, dividing cells, firing neurons, and powering muscles.
“This gift is speeding up a technological revolution in how we design proteins. Our team can now custom design proteins from scratch, creating entirely novel molecules that can be used for new treatments, new diagnostics and new biomaterials. The Open Philanthropy Project’s generous gift will transform our ability to design proteins from scratch,” said David Baker, the institute’s director as well as professor of biochemistry at the University of Washington School of Medicine and Howard Hughes Medical Institute investigator. Baker is the Henrietta and Aubrey Davis Endowed Professor in Biochemistry.
Computer-based protein design
The gift will accelerate the institute’s efforts to advance protein design on computers with the Rosetta software originally developed in Baker’s lab. Baker said the gift will transform’s the institute’s ability to design proteins on computers, test them by creating the actual proteins in the lab, and then repeat the process at an enormous scale. “By speeding up this cycle of design, building and testing, we will be able to systematically improve protein design methods,” Baker said.
The results and new Rosetta software will be shared with the scientific community through the Rosetta Commons. The Rosetta Commons is a collaboration founded by Baker with almost 100 developers from 23 universities and laboratories who regularly contribute to and share the Rosetta source code, currently over 3 million lines.
This project is in collaboration with Frank DiMaio, assistant professor of biochemistry at the University of Washington School of Medicine.
Universal flu vaccine
Current flu vaccines are intended to protect only against currently circulating strains, requiring the vaccines to be reformulated every year as the virus mutates, and are only partially protective. With Open Philanthropy Project support, Baker and his collaborators, Neil King and David Veesler, both assistant professors of biochemistry at the University of Washington School of Medicine, will be leading an effort to design universal flu vaccine candidates that provide durable protection against multiple virus strains, including strains that have the potential to cause pandemic outbreaks. The vaccine candidates will be based on the self-assembling protein nanoparticle technology Baker and King have developed. To ensure that the vaccine candidates are thoroughly and efficiently tested, they will work in close collaboration with the groups of Dr. Barney Graham and Dr. Masaru Kanekiyo at the Vaccine Research Center of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases at the National Institutes of Health.
The goal is to design a nanoparticle vaccine that can trigger an effective immune response to many existing flu strains as well as new strains that might appear in the future. Researchers hope such a universal vaccine might need to be administered no more than every five years, ending the need for annual flu vaccinations.
The Institute for Protein Design, founded in 2012 at UW Medicine in Seattle, is a research center that focuses on creating custom-designed proteins to improve human health and address 21st-century challenges in medicine, energy, industry and technology. In the human body, proteins are chains of amino acids directed by genes to perform essential life functions in every cell including in the brain, muscles and internal organs. Proteins also have implications for the design of new materials outside of the human body such as new kinds of fibers. The institute’s team of 120 faculty, staff, postdoctoral fellows and graduate students work on designing entirely novel proteins from scratch to create, for example, new, safer and more potent vaccines and therapeutics to prevent or treat people with serious diseases. The institute has assembled some of the world’s top experts in protein science, computer science, biochemistry and biological structure, pharmacology, immunology and clinical medicine.
About the Open Philanthropy Project
The Open Philanthropy Project identifies outstanding giving opportunities, makes grants, follows the results, and publishes its findings. Its main funders are Cari Tuna and Dustin Moskovitz, a co-founder of Facebook and Asana.
See news in UW Medicine Newsroom (https://newsroom.uw.edu/news/researchers-receive-113-million-seek-universal-flu-vaccine). For more information on the IPD check out this video (https://www.youtube.com/watch?v=jBNCj2vqau0)!
Ouais! je vais bientôt atteindre le Million sur ce projet!!
Normalement dans 1 semaine,mais que ce fut long! :hyperbon:
Il y a des tâches pour Android en ce moment ! :hyperbon:Ah oui, mes 2 Android ont fait le plein ! :kookoo:
Bon, mes 2 Android (smartphone et tablette) en croix avec Rosetta : impossible de cruncher du Rosetta ! :/Perso il ne me télécharge aucunes tâches sous android, pas grave.
ça me fait un gag avec les préférences de BOINC : "calcul suspendu - 100 % de batterie - le calcul reprendra quand la batterie aurra atteint 20 %" (un truc dans le genre) !? :pt1cable:
J'ai remis mes 2 Android sur WCG, projet avec lequel ça fonctionne parfaitement !
Je me suis remis boinc sur mon pc de bureau perso et pas pro, ça faisait longtemps que je n'avais pas touché à Rosetta :hello:ça fait un moment qu'il n'y a plus aucune tâche Android
Perso il ne me télécharge aucunes tâches sous android, pas grave.
Je me suis remis boinc sur mon pc de bureau perso et pas pro, ça faisait longtemps que je n'avais pas touché à Rosetta :hello:Bon, mes 2 Android (smartphone et tablette) en croix avec Rosetta : impossible de cruncher du Rosetta ! :/Perso il ne me télécharge aucunes tâches sous android, pas grave.
ça me fait un gag avec les préférences de BOINC : "calcul suspendu - 100 % de batterie - le calcul reprendra quand la batterie aurra atteint 20 %" (un truc dans le genre) !? :pt1cable:
J'ai remis mes 2 Android sur WCG, projet avec lequel ça fonctionne parfaitement !
Perso de mon coté j'ai fais un don à https://pasteur-lille.iraiser.eu/Cancer2020/~mon-don?utm_source=bing&utm_medium=cpc&utm_campaign=2020%20-%20Don%20-%20Marque&utm_term=pasteur%20don&utm_content=Pasteur (https://pasteur-lille.iraiser.eu/Cancer2020/~mon-don?utm_source=bing&utm_medium=cpc&utm_campaign=2020%20-%20Don%20-%20Marque&utm_term=pasteur%20don&utm_content=Pasteur)J'hésite aussi à switcher sur du Rosetta + Folding@home pour le GPU (et stopper Collatz). Avec le rapport du Raid, ma CG risque d'être plus utile à Folding qu'à Collatz.
Bien rappelé que c'est eux qui on isolés les souches du coronavirus 2019-nCoV pour les transmettre au monde entier :jap: Il ne faut pas oublier que se sont les particulier comme nous qui finançons les recherches à hauteur de 75%
Après je trouve ca très bien de faire don de ses CPU pour lutter contre ce virus. Je basculerais dessus après le Raid :jap:
Ça y est : j'ai reçu plein de WUs intitulées "COVID-19" sur Rosetta.Ah ! et à quoi on peut les reconnaître ? ça s'affiche en clair ou c'est codé ?
C'est la première fois en ce qui me concerne...
Oui, quelques erreurs de temps en temps mais ça reste raisonnable...
J'ai un autre soucis, ce sont les UT qui ne finissent pas de se télécharger : "Erreur en cours de téléchargement (sens download)"
alors que d'autres UT se chargent sans problème, celles-là se mettent en attente et ne finissent pas de charger, même si on force dans le BM...
quand je m'en aperçois, je les annule.
Tes UT en erreur, est-ce que tu peux regarder s'il te plaît, leur nom et voir si ce sont aussi uniquement des noms avec "IGNORE_THE_REST" dedans ?
These are Brian's scaffold designs for COVID-19. The database is the rosetta database and includes N-methylated amino acid rotamer libraries for designing cyclic peptides which can be therapeutics.Source (https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13533&postid=93150)
Ce sont les dessins d'échafaudage de Brian pour COVID-19. Il s'agit de la base de données Rosetta qui comprend des bibliothèques de rotamer d'acides aminés N-méthylés pour la conception de peptides cycliques pouvant être thérapeutiques.
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13695 (https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13695)Oui, mais deux messages plus tard il fait à nouveau marche arrière. Quoi qu'il en soit, si on laisse la durée par défaut, il peut y avoir de grandes variations (entre 1h min et 24h max pour les 8h initiales, entre 2h et 36h pour les 16h annoncées). En revanche, ils ont passé les deadlines à 3 jours, donc ne vous inquiétez pas si vos ordis s'affolent, il faut quelques jours pour que le BM retrouve ses marques et vous risquez de voir des tâches annulées par le serveur.
Augmentation de la durée des tâches par défaut ?
J'ai bien rattaché mon android mais le projet ne m'envoie aucune tâche
Ce matin, j'ai eu 120 tâches Rosetta COVID.Sur le même PC ?
Je les attendais.
Et bien elles partent toutes en erreur, à 100% !!!
Et ce n'est pas un problème de manque de RAM, ce coup-ci.
J'ai bien surveillé.
J'ai purgé et je passe à autre chose pour le moment.
Je suppose que dans ces conditions, il est inutile que je tente ralph@home.
État: Tous (898) · En cours (646) · Validation en attente (0) · Validation non concluante (0) · Valide (252) · Invalide (0) · Erreur (0)
Ce matin, j'ai eu 120 tâches Rosetta COVID.Sur le même PC ?
Je les attendais.
Et bien elles partent toutes en erreur, à 100% !!!
Et ce n'est pas un problème de manque de RAM, ce coup-ci.
J'ai bien surveillé.
J'ai purgé et je passe à autre chose pour le moment.
Je suppose que dans ces conditions, il est inutile que je tente ralph@home.
Chez moi.CiterÉtat: Tous (898) · En cours (646) · Validation en attente (0) · Validation non concluante (0) · Valide (252) · Invalide (0) · Erreur (0)
Si tu peux tenter, ce sont des UTs différentes.
Il y a aussi du boulot sur Boinc@TACC si le fait d'avoir VirtualBox ne te rebute pas.
:hello:
État: Tous (381) · En cours (2) · Validation en attente (0) · Validation non concluante (0) · Valide (328) · Invalide (0) · Erreur (51)
Application: All (381) · Rosetta (381) · Rosetta for Portable Devices (0) · Rosetta Mini (0)
État: Tous (1609) · En cours (1367) · Validation en attente (0) · Validation non concluante (0) · Valide (230) · Invalide (0) · Erreur (12)
Application: All (1609) · Rosetta (1503) · Rosetta for Portable Devices (70) · Rosetta Mini (36)
Dans sa quête de connaissances sur COVID et d'autres protéines, R@h s'adapte pour relever le défi.
Je voulais essayer d'aider tout le monde à prendre conscience que le projet prépare certaines des plus grandes UGF de protéines qui fonctionnent même sur R@h. Celles-ci prendront beaucoup plus de temps à fonctionner par modèle que les protéines plus petites. Il sera donc très difficile de montrer avec précision la "durée d'exécution restante estimée". Cela augmentera la probabilité que les tâches soient exécutées plus longtemps que votre préférence de durée d'exécution WU, surtout si votre préférence de durée d'exécution est inférieure à la valeur par défaut de 8 heures. Pour tenir compte de cette situation, le chien de garde fera une sieste plus longue qu'auparavant. Seules les UGF terminées qui ont fonctionné plus de 10 heures de CPU de plus que la durée d'exécution préférée sont prises en compte.
Ces modèles de longue durée vont entraîner une grande variation de la durée d'exécution entre les tâches. Vous pourriez voir une tâche se voir accorder près de deux fois plus de crédit qu'une autre. Cela s'explique par le fait qu'elle a fait tourner deux modèles plutôt qu'un seul. Le crédit doit généralement être proportionnel au temps CPU investi dans la tâche.
Cette forte variation de la durée d'exécution va représenter un défi pour le responsable de BOINC qui devra décider de la quantité de travail à demander. Vous pouvez aider le gestionnaire BOINC à éviter d'abattre trop de travail si vous ajustez vos préférences quant à la quantité de travail à stocker pour qu'elle soit inférieure à un jour.
Par ailleurs, plusieurs d'entre vous ont récemment signalé des unités de travail qui ont été achevées avant leur préférence de durée d'exécution. Cela va également devenir plus courant avec ces modèles de longue durée. Par exemple, si vous avez une préférence de durée d'exécution de 8 heures par défaut et que le premier modèle prend 5 heures pour être terminé, alors 5 heures est la durée pendant laquelle il s'arrêtera et fera rapport parce qu'un deuxième modèle dépasserait la préférence. L'équipe de projet préfère que vous laissiez la préférence de durée d'exécution non définie, ce qui se traduit actuellement par une durée d'exécution de 8 heures. Mais si ces fortes variations dans les durées d'exécution vous posent des problèmes, je dois souligner que la définition d'une préférence de durée d'exécution plus longue se traduira généralement par des durées d'exécution plus cohérentes. Attention, les changements de préférence de durée d'exécution sont appliqués à vos unités de travail téléchargées existantes ainsi qu'aux nouvelles demandes de travail. Je vous suggère donc de ne faire des changements que lorsque vous avez des paramètres pour un petit cache de travail, et de ne modifier la préférence de durée d'exécution que quelques crans à la fois, afin que le gestionnaire BOINC ait le temps de voir les unités de travail achevées avec les nouvelles durées d'exécution. Cela l'aide à demander la quantité de travail qui correspond à vos préférences.
Les unités de travail qui exécutaient des modèles très courts et qui se terminaient lorsqu'elles atteignaient 1 000 modèles (avant leur préférence de durée d'exécution), ou d'autres nombres très ronds, ont été ajustées pour permettre un plus grand nombre maximum de modèles. Cela les aidera à remplir leur préférence de durée d'exécution, en utilisant le temps supplémentaire pour calculer plus de modèles. Cela aidera les durées d'exécution de ce type d'unité de travail à être plus cohérentes.
Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)
Cette consommation mémoire de Rosetta :eek: :eek:Et que dire de steam .....
Nouvelle URL chez Rosetta:C'est un message qui s'affiche dans les notifications de BM il ne faut en tenir compte URL n'ayant pas changer. :kookoo:
sam. 02 mai 2020 09:38:55 CEST | Rosetta@home | This project is using an old URL. When convenient, remove the project, then add https://boinc.bakerlab.org/rosetta/
Je ne sais pas de quand ça date. Peut être est-ce moi qui ne suis pas à jour.
Switch to using SSL (Secure Socket Layer)
We updated our project to use SSL. The project URL has thus been changed to https://boinc.bakerlab.org/rosetta. You can reattach the project using this updated URL at your convenience. Please post any issues regarding this update in the discussion thread.
1 May 2020, 21:25:30 UTC ·
@modesti: il faudrait peut-être modifier le 1er post du Pentatlon? :jap:Merci pour le tuyau, m'en occupe.
The mini tasks should soon be gone forever since we have deprecated the app. There was however a batch that was submitted recently but I imagine most of those tasks have completed by now.
Les tâches mini devraient bientôt disparaître à jamais puisque nous avons terminé l'application. Un lot a cependant été soumis récemment, mais j'imagine que la plupart de ces tâches sont maintenant terminées.
Et je suis bien emmerdé avec tout ça... quand je sélectionne le projet rosetta, je ne peux pas le supprimer, la case est grisée (et je n'ai plus de travail en stock j'ai vérifié)
Si tu n'as plus aucune UTs en cours, tu peux détacher le projet (= supprimer dans BoincManager) et le rattacher de nouveau avec la bonne URL.
Oui, juste ce qu'il faut ! :D
Pourtant il y en a en stock : https://boinc.bakerlab.org/rosetta/server_status.php
je vieillis, quand j'étais plus jeune ça me dérangeais pas de passer des heures à chercher comment et pourquoi sur ce projets leurs config leurs optimisations etc... maintenant plus ça va, plus ça me gonfle :siflotte: :sun: :DToutafey, je confirme :lol:
Viva la revolución, viva boinc.
Nous avons de GRANDES NOUVELLES : les chercheurs @UWproteindesign ont réussi à créer en laboratoire des protéines antivirales qui neutralisent le nouveau coronavirus. (Ces médicaments expérimentaux sont actuellement optimisés pour les essais sur les animaux)
Merci de votre aide !
Tu vises le myon :)Ouaip, encore 38k... Je crois que le magenta sera fait avant: plus que 30h, mais je n'ai plus de tâches là. Faut que j'écluse mes stocks d'abord. Je crois que j'ai eu les yeux plus gros que le ventre, car il y a certains projets où je dois suspendre les tâches et les libérer une par une (ou deux par deux grand max) sinon j'ai des erreurs de calcul, voire un plantage/redémarrage de l'ordi.
Dés que j'ai fini or sur opn et arp, je me lance :gniak:
Les projets COVID-19 sur notre plateforme se dirigent vers des essais cliniques humains ! Nos incroyables volontaires en ligne ont joué un rôle dans le développement d'un nouveau vaccin prometteur ainsi que dans des traitements antiviraux candidats.
De toute l'équipe de @UWproteindesign , MERCI !
[video]
Pour en savoir plus sur cette recherche #proteindesign sur le coronavirus , visitez http:// ipd.uw.edu (http:// ipd.uw.edu)
Vaccins COVID-19 : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33160446/ (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33160446/)
Antiviraux COVID-19 : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32907861/ (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32907861/)
rosetta python projectsOui mais on ne peut toujours pas choisir l'application désiré. :cavachier:
:hyperbon:
Vu les ressources demandées en RAM et espace disque, il serait de bon ton de pouvoir choisir les applications que l'on souhaite. ça va surement arrivé.
:hello:
<app_config>
<app>
<name>rosetta_python_projects</name>
<max_concurrent>1</max_concurrent>
</app>
</app_config>
<app_config>
<app_version>
<app_name>rosetta_python_projects</app_name>
<plan_class>vbox64</plan_class>
<max_concurrent>xxx</max_concurrent>
</app_version>
<project_max_concurrent>xxx</project_max_concurrent>
</app_config>
En remplaceant les xxx bien surC'est quoi "le menu détail de vos ordis" ?
Les préférences de calcul de ton boinc en local ?
Les préférences projet sur ton compte rosetta ?
J'ai jamais vu une option pareille nulle pas...
Ta machine a-t-elle assez de RAM et d'espace disque ?
J'ai remarqué qu'à son lancement, cette application saturait mon SSD lors de la création de la machine virtuelle. La machine semblait ne pas répondre, surtout si plusieurs UTs en même temps.
Une fois cette 1ère phase terminée, ça fonctionne correctement, même si ça ne crédite pas lourd et que l'espace disque nécessaire (40 Go par UT de mémoire) limite l’exécution // :/
:hello:
Suis-je le seul à penser que Rosetta se tire vraiment dans le pied présentement avec ces tâches Python virtualisées? Elles prenent beaucoup trop de RAM, d'espace disque et toute virtualisation diminue théoriquement les performances. J'aime bien l'objectif du projet, mais avec de telles conditions cela ne donne pas envie de cruncher dessus.
C'est une bonne piste !
En RAM, j'ai 16Go, mais en espace disque, je ne pense pas avoir 40Go dispo pour une UT.
Mais bon, en 2022, n'y aurait-il pas moyen de dire que le manque de mémoire peut poser problème, au lieu de lancer une UT qui va tout planter ? :??:
Sachant qu'il y a une option "VirtualBox VM jobs" décochée de base à activer pour avoir des tâches VB dans le menu détails de vos ordis. :coffeetime:
C'est quoi "le menu détail de vos ordis" ?
Les préférences de calcul de ton boinc en local ?
Les préférences projet sur ton compte rosetta ?
J'ai jamais vu une option pareille nulle pas...
Sur la page host de tes machines,
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_host_detail.php?hostid=6156050 (https://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_host_detail.php?hostid=6156050)
A remplacer si c'est pas le bon host mais tout en bas de la page, t'as une option que j'ai jamais vu ailleurs que sur rosetta.
Étonnant.J'avais oublié. Et ça m'avait étonné. Mais je n'ai pas retrouvé rosetta depuis l'époque de mes tests malheureux et c'est très loin dans ma liste de priorités...
J'avais jamais touché à ça et je récupérais des tâches pythons (qui foutaient le bordel, cf topic mentionné), donc ça devait être activé par défaut ?
Oui mais en // de tâches python que tu peux pas filtrer efficacement ?Il suffit de ne pas avoir VirtualBox installé ... :siflotte:
Bon du coup j'ai activé les UTs virtualbox et la ca me dis "VirtualBox jobs require hardware acceleration support. Your processor does not support the required instruction set"
j'ai vérifié les paramètres pour virtualbox et ils sont bons alors j'ai activé le projet QuChemPedIA@home qui lui lance bien une UT virtualbox donc...
Nota: QuChemPedIA@home a planté au bout de s
"21/02/2022 10:25:32 | QuChemPedIA@home | Output file cl9_athome_b3lyp-321gd,batch123,001239982,nwchem,1632297729_4_r1030667066_1 for task cl9_athome_b3lyp-321gd,batch123,001239982,nwchem,1632297729_4 absent" mais ca c'est un autre pb
:gno:
Y'a pas *que* Rosetta et WCG même si tu veux faire "que du biomédical" : tu as
- sidock (y'a du taff, linux + windows)
- TN-Grid (y'a du taff, linux + windows + mac)
- GPUGrid (dur d'avoir du taff / windows + linux mais GPU only il me semble / pas tous les GPU)
- (bientôt) Denis
- RNA-World aussi (mais y'a pas de taff)
Mais ce n'est pas Boinc.
Article publié sur le portail.ça voulait bien dire publié sur le portail (https://www.boinc-af.org/actualites-biologie/rosetta.html) :lol:
Rosetta@home: Notice from server
VirtualBox jobs require hardware acceleration support. Your processor does not support the required instruction set.
D'autres tâches python sont prévues, mais nous travaillons toujours à la création de la nouvelle image disque pour la VM. Cette image sera probablement plus volumineuse, car nous espérons utiliser certaines des dernières méthodes basées sur l'apprentissage profond pour la conception et la validation des protéines.
Les ressources informatiques sont toujours très demandées au sein du Baker Lab et de l'IPD. Rosetta@home nous sera donc d'une grande aide dès que nous aurons mis en place le dernier logiciel.
Par ailleurs, l'application standard de Rosetta est en cours de mise à jour.
L'IPD a engagé un développeur de logiciels spécialement pour accélérer le processus.
Je ne suis pas sûr des délais pour le moment, mais j'espère que les deux projets/applications seront mis à jour d'ici un mois environ.
David Kim
SalutOui Rosetta est devenu un projet intermittent.
Depuis quelques temps (6 mois, 1 an je ne sais plus) je ne reçois pas d'UT pendant des jours, voire des semaines, et puis d'un coup une vingtaine qui tombent de nul part.
Je pense que c'est pareil pour tout le monde en regardant les stats (https://statseb.boinc-af.org/classement_membres_v2.py?projet=42&sous_projet=all).
Même en réduisant au minimum la durée des UT dans les préférences du site tu n'arrives à pas tout traiter dans les temps?
Même en réduisant au minimum la durée des UT dans les préférences du site tu n'arrives à pas tout traiter dans les temps?
AMHA il vaut clairement mieux passer sur des projets stables qui s'intéressent à leur participants et qui sont en capacité de fournir du travail de façon régulière et continue plutôt qu'un projet souffreteux où tu dois lutter pour les aider... quitte à laisser les vannes ouvertes sur plusieurs projets en même temps (au moins deux).
10 Dec 2023, 5:42:19 UTC 10 Dec 2023, 13:15:38 UTC Terminé et validé 7,425.25 7,149.41 30.86 Rosetta Beta v6.04
windows_x86_64
10 Dec 2023, 5:42:19 UTC 10 Dec 2023, 13:14:59 UTC Terminé et validé 7,386.07 7,212.70 34.45 Rosetta Beta v6.04
windows_x86_64
10 Dec 2023, 5:42:19 UTC 10 Dec 2023, 13:14:59 UTC Terminé et validé 7,384.91 7,200.08 34.72 Rosetta Beta v6.04
windows_x86_64
T'as combien de machines qui écoutent tous les projets boinc de la planète pour toujours toujours être là quand des tâches apparaissent ??? :pt1cable::jtevoivnir:
T'as combien de machines qui écoutent tous les projets boinc de la planète pour toujours toujours être là quand des tâches apparaissent ??? :pt1cable:
Exact sur d'autre projet j'arrive par moment après la bataille. :DT'as combien de machines qui écoutent tous les projets boinc de la planète pour toujours toujours être là quand des tâches apparaissent ??? :pt1cable:
Peu importe la quantité, ce n'est par moments qu'une question de timing
Y a l'outil de Seb qui est pas mal làSauf que y'a pas tous les projets dedans... y'a quelques années je m'étais amusé à relister tous les projets actifs et comparer et Seb avait corrigé sa page, mais c'était y'a quelques années...
https://statseb.boinc-af.org/nb_ut_v2.py
ça donne une idée. :D
Et n'oublies pas le générateur de app_config (https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,8311.0.html) :)
Et n'oublies pas le générateur de app_config (https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,8311.0.html) :)
Il n'est pas possible d'exclure une application avec un fichier app_config.xmlEt n'oublies pas le générateur de app_config (https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,8311.0.html) :)
Je connais cet outil mais je ne vois l'option ou la commande qui me permettrait d'exclure une application d'un projet :/
:jap:
<dont_use_vbox>0|1</dont_use_vbox>
If set, don't run VirtualBox jobs. Requires a client restart, but does not cancel already downloaded jobs.
je cherche à limiter les unités reçues à l'application Python.
rosetta python projects
Plateforme Version Créé Calcul moyen
Microsoft Windows running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU 1.03 (vbox64) 18 Jun 2021, 20:13:22 UTC 210 GigaFLOPS
Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU 1.03 (vbox64) 18 Jun 2021, 20:13:21 UTC 38 GigaFLOPS
Intel 64-bit Mac OS 10.11 or later 1.03 (vbox64) 18 Jun 2021, 20:13:20 UTC 13 GigaFLOPS
C'est clair qu'un projet qui ne permet pas de choisir les applis qu'on veut utiliser individuellement est un projet qui se fout (plus ou moins) de ses crunchers, c'est pas comme si la grande majorité des projets qui proposent plus qu'une seule appli ne l'avait pas déjà implémenté...
C'est clair qu'un projet qui ne permet pas de choisir les applis qu'on veut utiliser individuellement est un projet qui se fout (plus ou moins) de ses crunchers, c'est pas comme si la grande majorité des projets qui proposent plus qu'une seule appli ne l'avait pas déjà implémenté...
<max_concurrent>N</max_concurrent>
<max_concurrent>: a limit on the number of concurrent jobs for that application.
<app_config>
<app>
<name>rosetta</name>
<max_concurrent>0</max_concurrent>
</app>
<app>
<name>rosetta_beta</name>
<max_concurrent>0</max_concurrent>
</app>
<app>
<name>minirosetta</name>
<max_concurrent>0</max_concurrent>
</app>
</app_config>
Enfin le million sur ce projet ! :)
yes, je m'y suis remis dessus avec WCG pour les CPUs et GPUGrid pour le GPU (avec AmicableNumbers en backup)Je trouve également que c'est un très bon choix CPU et GPU
ouaip, j'ai eu aussi plein de Vbox Python qui ont bien plombé mon Win11, malgré mes 64 Go de RAM !J'ai été gourmand car WCG ne m'envoyait plus rien, et j'ai voulu en faire 24 avec mes 256Go de RAM (+4 GPU sous Amicable et une douzaine de ecmP2) :dsl:
Et a priori on ne peut pas choisir les applis qu'on veut sur Rosetta :cry:
Computing status
Work
Tasks ready to send 0
Tasks in progress 182177
Workunits waiting for validation 11
Workunits waiting for assimilation 0
Workunits waiting for file deletion 0
Tasks waiting for file deletion 52
Transitioner backlog (hours) 0.00