Le Forum de l'Alliance Francophone

Boinc et les projets distribués => Multi-catégories => Discussion démarrée par: fzs600 le 24 October 2018 à 18:37

Titre: BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 24 October 2018 à 18:37
                                                                                                                      (http://boinc.tacc.utexas.edu/img1/boincattacc3x.png)




Infos utiles
.
Ce projet nécessite l’installation de Virtualbox : https://www.virtualbox.org/ (https://www.virtualbox.org/)
Si vous souhaitez que votre pseudo apparaisse : on trouve un bouton pour afficher son pseudo (et un pour redevenir anonyme) dans les préférences de son compte.
Merci a franky82 pour l'info.
 

statut : Projet intermittent
URL du projet : https://boinc.tacc.utexas.edu/ (https://boinc.tacc.utexas.edu/)
Application disponible : https://boinc.tacc.utexas.edu/apps.php (https://boinc.tacc.utexas.edu/apps.php)
État du serveur : https://boinc.tacc.utexas.edu/server_status.php (https://boinc.tacc.utexas.edu/server_status.php)
L'alliance francophone : https://boinc.tacc.utexas.edu/team_display.php?teamid=15 (https://boinc.tacc.utexas.edu/team_display.php?teamid=15)
Classement mondial de L'af : pas de donnée


Résumé.
Le personnel du TACC, ou les chercheurs du TACC, ne sont pas les consommateurs directs des cycles de calcul volontaires. BOINC@TACC est principalement destiné aux chercheurs du milieu universitaire, qui se sont également vu allouer du temps de calcul sur les systèmes TACC, mais qui n'ont pas encore suffisamment de temps d'allocation.Les systèmes TACC sont des ressources partagées. Il pourrait y avoir des milliers de chercheurs qui travaillent simultanément sur ces systèmes. Pour assurer l'utilisation équitable des systèmes, des politiques de files d'attente sont en place. Si les chercheurs ont une faible priorité assignée pour leur travail sur ces systèmes et que leur travail ne fonctionnerait pas pendant, disons, 2-3 jours, alors ils peuvent choisir d'exécuter leur travail sur BOINC@TACC.Best Regards,BOINC@TACC Team


Mis a jour par fzs600 le  5 février 2022.
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: naz le 24 October 2018 à 19:27
Un BOINC dans BOINC  :??: :??: :??:

https://www.tacc.utexas.edu/
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 24 October 2018 à 23:47
Citer
Le projet BOINC@TACC intègre le calcul distribué avec le supercalculateur. Il permet d'acheminer les travaux de calcul à haut débit des systèmes du TACC vers les ressources informatiques mises à disposition par des particuliers ou des institutions. Les ressources informatiques volontaires comprennent des ordinateurs portables, des ordinateurs de bureau, des tablettes ou des machines virtuelles dans le nuage. Pour faire don de leur temps de calcul, ils peuvent télécharger le logiciel nécessaire sur leurs appareils à partir du site Web de BOINC@TACC, et peuvent ensuite s'inscrire comme bénévoles. Pour en savoir plus sur les logiciels requis pour les appareils de bénévolat et pour vous inscrire comme bénévole pour le projet BOINC@TACC, veuillez cliquer ici.

Les chercheurs peuvent utiliser l'infrastructure BOINC@TACC pour compléter les cycles de calcul mis à leur disposition grâce à leurs allocations TACC/XSEDE. Avec BOINC@TACC, ils peuvent exécuter de petites tâches impliquant de petites quantités de transfert et de traitement de données sans dépenser leurs allocations actives. Pour plus de détails sur l'utilisation de l'infrastructure BOINC@TACC, veuillez cliquer ici.

L'infrastructure logicielle BOINC@TACC s'appuie sur boinc et étend ses capacités pour 1) prendre en charge les soumissions de travaux des superordinateurs, 2) utiliser les machines virtuelles dans le nuage et 3) créer automatiquement des images Docker du code source écrites dans des langues sélectionnées. Le logiciel BOINC@TACC est disponible dans un dépôt Github.

Plutôt technique cette affaire, moi pas tout avoir compris !! :gnu:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: GuL le 25 October 2018 à 08:13
Si j'ai bien compris : boinc est pour les "petits" calculs, tandis que Tacc est un superordinateur pour les "gros" calculs. Les chercheurs peuvent utiliser soit l'un soit l'autre.  :kookoo:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 25 October 2018 à 12:06
En gros c'est pour étendre la capacité de calcul du supercalculateur en le connectant à boinc, les tâches récupérées par boinc seront des bouts de tâches qui pourraient aussi passer sur le supercalculateur.
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: naz le 25 October 2018 à 13:27
'' passer'' tu parles de doublons ?
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 25 October 2018 à 13:32
"qui auraient aussi pu être calculées sur le supercalculateur"
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: naz le 25 October 2018 à 14:58
OK ! Je suis d'accord avec toi d'après ce que j'ai lu et compris. Perso je trouve ça intéressant... Je ne vais pas consacrer tout mes cpu dessus mais je vais en faire.
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 03 March 2019 à 18:32
Pour le moment les pseudos sont anonymisés ne me demander pas pourquoi je n'en sais rien.  :??:
https://boinc.tacc.utexas.edu/top_users.php (https://boinc.tacc.utexas.edu/top_users.php)

Le mien est celui-ci : fzs600 (ZkbrNbWFDC) 
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: Antares le 03 March 2019 à 18:35
Ce projet nécessite l’installation de Virtualbox, donc pas pour moi...
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: Zarck le 03 March 2019 à 18:39
Vm et serveur à zéro.

 :cry:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 03 May 2019 à 16:24
Oh, j'ai eu tout un tas de tâches (https://boinc.tacc.utexas.edu/results.php?hostid=223) hier soir !

En fait pour une raison que j'ignore j'ai oublié de le décocher sur le Mac pour ne garder que WCG, et paf il a fait le plein (car à l'époque j'avais mis une grosse priorité pour essayer d'en avoir)

Et donc si je comprends bien ce projet est comptabilisé nulle part ? (StatSeb, SetiBZH, BoincStats...)

Elles se calculent en quelques minutes mais ça leur laisse le temps de bouffer un max de RAM sur le Mac, genre 6 ou 8 Go pour ce que j'ai vu ! Tâches multi-thread.
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: franky82 le 25 June 2019 à 14:55
Le site a évolué : on trouve un bouton pour afficher son pseudo (et un pour redevenir anonyme) !  :kookoo:
J'avais demandé, par email, à ne plus avoir d'anonymisation et je suis le seul dans l'AF (pour l'instant) à avoir mon pseudo affiché !
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 25 June 2019 à 16:06
Thanks for the tip. J'ai clicked, wait & see.
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 04 September 2019 à 20:37
New supercomputer to TACC
https://boinc.tacc.utexas.edu/forum_thread.php?id=36&postid=159#159 (https://boinc.tacc.utexas.edu/forum_thread.php?id=36&postid=159#159)
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 04 September 2019 à 22:55
Ton lien il dit rien, c'est un cruncher qui demande juste "alors vous avez toujours besoin de nous ?"

Dans les news y'a un article (https://www.tacc.utexas.edu/-/for-the-love-of-science) de fin juin :
(traduction copiée direct de deepl pas le temps de relire tout ça)

Citer
ous n'avez pas besoin d'être un scientifique pour contribuer à des projets de recherche dans des domaines comme la biomédecine, la physique, l'astronomie, l'intelligence artificielle ou les sciences de la terre.

Des centaines de milliers d'ordinateurs à domicile et au travail sont utilisés pour le calcul bénévole à l'aide d'appareils grand public et de ressources organisationnelles à l'aide de logiciels libres spécialisés du projet Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC). Au cours des 17 dernières années, grâce à un financement provenant principalement de la National Science Foundation (NSF), BOINC est maintenant utilisé par 38 projets et plus d'un demi-million d'ordinateurs exécutant ces projets dans le monde.

David Anderson, fondateur de BOINC, est chercheur scientifique au Berkeley Space Sciences Laboratory de l'Université de Californie. Son objectif en créant BOINC était de créer un logiciel pour gérer les détails de l'informatique distribuée afin que les scientifiques n'aient pas à le faire.

"Je voulais créer une nouvelle façon de faire du calcul scientifique comme alternative aux grilles, aux grappes et aux nuages ", a déclaré Anderson. "En tant que système logiciel, BOINC a connu un grand succès. Il a évolué sans trop de problèmes de croissance pour gérer les processeurs multi-cœurs, toutes sortes de GPU, les machines virtuelles et les conteneurs, et les périphériques mobiles Android."

Le Texas Advanced Computing Center (TACC) a lancé son propre projet en 2017 - BOINC@TACC - qui prend en charge les applications virtualisées, parallèles, en nuage et basées sur le GPU pour permettre au public de résoudre des problèmes scientifiques. BOINC@TACC est la première utilisation de l'informatique bénévole par un grand centre de calcul haute performance (HPC).

"BOINC@TACC est un excellent projet pour faire du grand public un contributeur clé dans les projets scientifiques et technologiques ", a déclaré Ritu Arora, chercheur scientifique au TACC et chef de projet.

"Nous aimons nous engager avec des gens de la communauté qui peuvent devenir des passionnés des sciences, établir des liens avec le TACC et faire connaître les projets scientifiques ", a dit M. Arora. "Et, ce qui est important pour les étudiants et les chercheurs, il y a toujours une demande non satisfaite pour les cycles de calcul. S'il y a un moyen de relier ces deux communautés, c'est que nous répondons à un besoin majeur."

Dick Duggan, bénévole de BOINC, est un professionnel des TI à la retraite qui vit au Massachusetts, et un passionné d'informatique bénévole depuis plus d'une décennie.

"Je suis un intello en physique. Ce sont généralement mes projets préférés ", dit-il. "Je contribue aux cycles de calcul de nombreux projets, dont le Grand collisionneur de hadrons (LHC). Le LHC fait de la physique de pointe - ils font de la physique à la limite de ce que nous savons sur l'univers et ils repoussent cette limite."

Duggan utilise son ordinateur portable, son ordinateur de bureau, sa tablette et Raspberry Pi pour fournir des cycles informatiques à BOINC@TACC. "Quand mon téléphone est branché et chargé, il fonctionne aussi avec BOINC@TACC."

L'adhésion à BOINC@TACC est simple : Inscrivez-vous comme bénévole, installez votre appareil et choisissez vos projets.

Le projet BOINC@TACC a permis de calculer des cycles sur plus de 1 300 appareils informatiques et plus de 300 appareils ont traité les travaux soumis en utilisant l'infrastructure BOINC@TACC. La puissance informatique totale disponible par l'intermédiaire des processeurs des dispositifs volontaires est d'environ 3,5 téraflops (ou 3,5 billions d'opérations en virgule flottante par seconde).

Pourquoi BOINC@TACC ?

Ce n'est un secret pour personne que les ressources informatiques sont très en demande et que les chercheurs qui ont les exigences les plus élevées en matière de calcul ont besoin de systèmes de superinformatique. L'accès aux superordinateurs les plus puissants du monde, comme les ressources du TACC, est important pour l'avancement de la science dans toutes les disciplines. Toutefois, compte tenu des limites de financement, il y a toujours un besoin non satisfait pour ces ressources.

"BOINC@TACC aide à combler une lacune dans les besoins des chercheurs et des étudiants et dans ce que les centres de supercalcul des sciences ouvertes peuvent actuellement leur offrir ", a déclaré Arora.

Les chercheurs de l'UT Austin, de n'importe laquelle des 14 institutions du système UT et les chercheurs de tout le pays par le biais de XSEDE, l'infrastructure informatique nationale de pointe des États-Unis, sont invités à soumettre des emplois en sciences à BOINC@TACC.

Pour aider les chercheurs à répondre à ce besoin non satisfait, le TACC a entamé une collaboration avec Anderson à UC Berkeley pour voir comment le centre pourrait sous-traiter des tâches informatiques à haut débit à BOINC.

Lorsqu'un chercheur est prêt à soumettre des projets par l'intermédiaire de BOINC@TACC, tout ce qu'il a à faire est de se connecter à un système TACC et d'exécuter un programme à partir de son compte qui l'inscrira à BOINC@TACC, selon Arora. Par la suite, le chercheur peut continuer à exécuter des programmes qui l'aideront (1) à décider si BOINC@TACC est la bonne infrastructure pour exécuter ses travaux ; et (2) à soumettre les travaux informatiques à haut débit qualifiés via l'interface en ligne de commande. Les chercheurs peuvent également soumettre des offres d'emploi via l'interface web.

Au lieu d'exécuter le travail sur le Stampede2, par exemple, il pourrait être exécuté sur l'ordinateur du domicile ou du travail d'un bénévole.

"Notre logiciel correspond au type de ressources pour un emploi et à ce qui est disponible dans la communauté ", a déclaré M. Arora. "Les applications étroitement couplées, gourmandes en calculs, en E/S et en mémoire ne sont pas appropriées pour fonctionner sur l'infrastructure BOINC@TACC. Par conséquent, ces offres d'emploi sont filtrées et soumises à l'exécution sur Stampede2 ou Lonestar5 au lieu de BOINC@TACC ", a-t-elle précisé.

Un nombre important de tâches informatiques à haut débit sont également exécutées sur des systèmes TACC en plus des tâches MPI étroitement couplées. Ces tâches de calcul à haut débit se composent d'un grand nombre de tâches à couplage lâche, dont chacune peut être exécutée indépendamment et en parallèle avec d'autres tâches. Certains de ces emplois informatiques à haut débit ont des besoins modestes en mémoire et en entrées/sorties, et ne s'attendent pas à un délai d'exécution fixe. De tels emplois peuvent être exécutés sur l'infrastructure BOINC@TACC.

"L'informatique bénévole est bien adaptée à ce type de charge de travail ", a déclaré M. Anderson. "L'idée de BOINC@TACC est de décharger ces tâches sur un serveur BOINC, libérant ainsi les supercalculateurs pour les tâches parallèles étroitement couplées qui en ont besoin."

Pour commencer, l'équipe du TACC a déployé une instance du serveur BOINC sur une plate-forme de cloud computing. Ensuite, l'équipe a développé le logiciel d'intégration de BOINC avec des plates-formes de supercalculateurs et de cloud computing. Au cours du processus, l'équipe du projet a développé et lancé des composants logiciels novateurs qui peuvent être utilisés par la communauté pour soutenir des projets dans divers domaines. Par exemple, un système de fichiers partagés en nuage et un cadre de création d'images Docker développés dans le cadre de ce projet peuvent être utiles pour une variété de projets de passerelles scientifiques.

Dès que le projet est devenu opérationnel, les volontaires se sont inscrits avec enthousiasme. Le nombre de chercheurs utilisant BOINC@TACC augmente progressivement.

Carlos Redondo, ingénieur aérospatial senior à l'UT Austin, est à la fois développeur du projet BOINC@TACC et chercheur qui utilise l'infrastructure.

"L'incitation pour les chercheurs à utiliser l'informatique bénévole, c'est qu'ils économisent sur leur allocation de projet ", a déclaré M. Redondo. "Mais les chercheurs doivent garder à l'esprit que le nombre de cœurs sur les systèmes bénévoles sera petit et qu'ils n'ont pas l'optimisation spéciale que les serveurs du TACC ont ", a dit M. Redondo.

En tant qu'étudiant chercheur, Redondo a soumis de nombreux travaux de calcul en dynamique des fluides via BOINC@TACC. Dans ce domaine, les ordinateurs sont utilisés pour simuler l'écoulement des fluides et l'interaction du fluide (liquides et gaz) avec les surfaces. Les superordinateurs peuvent trouver de meilleures solutions et sont souvent nécessaires pour résoudre les problèmes les plus importants et les plus complexes.

"Les résultats en termes de chiffres produits par les dispositifs de bénévolat étaient exactement ceux escomptés, et également identiques à ceux obtenus avec le Stampede2 ", dit-il.

Étant donné que les emplois s'exécutent chaque fois que les ordinateurs des bénévoles sont disponibles, le délai d'exécution des chercheurs est plus long que celui du Stampede2, selon M. Redondo. "Il est important de noter que si un volontaire décide d'arrêter un travail, BOINC@TACC sauvegardera automatiquement les progrès, protégera les données et sauvegardera les résultats."

Contribution technique du TACC au BOINC

Le logiciel BOINC est prêt à l'emploi. Ce qu'il ne prend pas en charge, c'est le logiciel permettant d'accepter directement les travaux des supercalculateurs.

"Nous intégrons le logiciel BOINC avec le logiciel qui fonctionne sur des supercalculateurs pour que ces deux éléments puissent communiquer entre eux lorsque nous devons acheminer des travaux informatiques à haut débit qualifiés des supercalculateurs vers des appareils bénévoles. L'autre contribution du TACC est l'extension de BOINC aux plates-formes de cloud computing ", a déclaré M. Arora.

Contrairement aux autres projets BOINC, l'infrastructure BOINC@TACC peut exécuter des travaux sur des machines virtuelles (VM) exécutées sur des systèmes cloud computing. Ces systèmes sont particulièrement utiles pour les travaux GPU et pour assurer une certaine qualité de service aux chercheurs. "Si le bassin de ressources bénévoles diminue, nous sommes en mesure d'acheminer les emplois vers les systèmes informatiques en nuage et de répondre aux attentes des chercheurs. Il s'agit là d'une autre contribution unique du projet ", a déclaré Arora.

BOINC@TACC est également pionnier dans l'utilisation de Docker pour l'emballage d'applications scientifiques personnalisées afin qu'elles puissent fonctionner avec des ressources bénévoles.

De plus, l'équipe du projet prévoit de collaborer avec des entreprises qui pourraient avoir des programmes de responsabilité sociale d'entreprise pour solliciter des cycles de calcul sur leurs ordinateurs de bureau ou leurs systèmes informatiques en nuage.

"Nous avons la capacité d'exploiter les ordinateurs de bureau et les ordinateurs portables, ainsi que les machines virtuelles dans le nuage. Nous avons démontré que nous sommes capables d'acheminer les travaux du Stampede2 vers les systèmes informatiques en nuage du TACC, Chameleon et Jetstream, grâce à l'infrastructure BOINC@TACC ", a déclaré Arora.

Nous espérons que BOINC@TACC sera une réussite qui motivera d'autres grands centres de calcul scientifiques à utiliser la même approche ", conclut Anderson. Cela profitera à des milliers d'informaticiens et, nous l'espérons, augmentera considérablement le nombre de bénévoles."

Dick Duggan a exprimé le sentiment commun des bénévoles du BOINC que les gens veulent le faire pour l'amour de la science. "C'est le moins que je puisse faire. Je ne suis peut-être pas un scientifique, mais j'accomplis quelque chose... et c'est amusant à faire ", a dit M. Duggan.

Pour en savoir plus : L'infrastructure logicielle que le TACC a mise au point pour acheminer les travaux des systèmes du TACC vers les dispositifs bénévoles et les systèmes informatiques en nuage est décrite dans le présent document.

BOINC@TACC est financé par le prix NSF #1664022. Les collaborateurs du projet sont reconnaissants au TACC, à XSEDE et au Science Gateway Community Institute (SGCI) pour avoir fourni les ressources nécessaires à la mise en œuvre de ce projet.
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 05 September 2019 à 08:32
La réponse de l'admin a la question poser.
Citer
Merci d'avoir partagé les nouvelles ! Le personnel du TACC, ou les chercheurs du TACC, ne sont pas les consommateurs directs des cycles de calcul volontaires. BOINC@TACC est principalement destiné aux chercheurs du milieu universitaire, qui se sont également vu allouer du temps de calcul sur les systèmes TACC, mais qui n'ont pas encore suffisamment de temps d'allocation.Les systèmes TACC sont des ressources partagées. Il pourrait y avoir des milliers de chercheurs qui travaillent simultanément sur ces systèmes. Pour assurer l'utilisation équitable des systèmes, des politiques de files d'attente sont en place. Si les chercheurs ont une faible priorité assignée pour leur travail sur ces systèmes et que leur travail ne fonctionnerait pas pendant, disons, 2-3 jours, alors ils peuvent choisir d'exécuter leur travail sur BOINC@TACC.Best Regards,BOINC@TACC Team

Traduit avec www.DeepL.com/Translator
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 05 September 2019 à 12:13
Ah donc y'aura du taff une fois tous les 36 du mois... faut qu'ils comprennent que c'est pas ça qui va attirer les crunchers... sauf que bon avec les chasseurs de badges et d'étoiles qui laisseront des demandes forcées tout le temps, leurs tâches seront vites pompées dès qu'elles apparaîtront :D
Titre: Re : Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 05 September 2019 à 12:46
Ah donc y'aura du taff une fois tous les 36 du mois... faut qu'ils comprennent que c'est pas ça qui va attirer les crunchers... sauf que bon avec les chasseurs de badges et d'étoiles qui laisseront des demandes forcées tout le temps, leurs tâches seront vites pompées dès qu'elles apparaîtront :D
Voila tout est dit.  :D
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 10 February 2020 à 23:34
https://boinc.tacc.utexas.edu/forum_thread.php?id=3&postid=187

Y'allait avoir des tâches ! Y'allait avoir des tâches !!

Ah ben non, y'en a pas.
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: [AF] fansyl le 02 April 2020 à 20:07
BOINC indique sur Twitter que ce projet travaille sur Covid-19, j'ai rattaché au cas où mais le serveur est à sec pour le moment.

 :hello:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 03 April 2020 à 10:48
Ils y travaillent peut-être effectivement mais visiblement ils n'ont pas besoin des crunchers boinc... c'est un projet de "débordement" vers boinc quand les supercalculateurs qu'ils ont déjà ne suffisent plus... mais finalement c'est presque jamais le cas.

Y'a deux mois ils ont dit "on va en avoir plein on va en avoir plein"... et y'en a jamais eu.

Je suis retourné voir le topic mentionné plus haut et "oh il va y en avoir de nouveau (https://boinc.tacc.utexas.edu/forum_thread.php?id=3&postid=217)" (le 27 mars), résultats (https://boinc.tacc.utexas.edu/server_status.php) : 54 tâches en cours, 17 utilisateurs pour 18 machines avec des crédits récents, juste un gag.


Edith : en effet ils en parlent ici (https://boinc.tacc.utexas.edu/forum_thread.php?id=44). Je me suis permis un peu (https://boinc.tacc.utexas.edu/forum_thread.php?id=44&postid=235) d'humour léger ;)
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: [AF] fansyl le 03 April 2020 à 13:55
J'ai chopé des tâches cette nuit et ce matin : très courtes, je n'ai pas pu voir la consommation de RAM.

Les calculs ont été faits sur Ryzen 1700, W10, VirtualBox 5.2.8 et i7-3770T, W7, VirtualBox 6.0.10

Les temps de calcul sont bien pris en compte par WUProp.

 :hello:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 03 April 2020 à 15:06
Wow depuis ce matin c'est passé à 2 tâches en cours, 23 utilisateurs pour 24 machines avec des crédits récents...

\o/
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: [AF] fansyl le 03 April 2020 à 15:09
J'en ai crunché 72 !  :D
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 03 April 2020 à 17:16
A dans 6 mois pour les prochaines !!
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 09 April 2020 à 19:50
Voici un article sur la recherche sur le vaccin COVID-19 pour lequel BOINC@TACC et d'autres systèmes TACC sont utilisés:
https://elpasoheraldpost.com/utep-school-of-pharmacy-developing-covid-19-vaccine-drug-treatments-using-supercomputing/ (https://elpasoheraldpost.com/utep-school-of-pharmacy-developing-covid-19-vaccine-drug-treatments-using-supercomputing/)
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 10 April 2020 à 10:47
Citer
Des recherches sont en cours à l'école de pharmacie de l'université du Texas à El Paso pour mettre au point des vaccins et des médicaments antiviraux pour combattre le nouveau coronavirus dans un délai de 15 mois à deux ans.

Suman Sirimulla, Ph.D., professeur assistant en sciences pharmaceutiques à l'UTEP, dirige un groupe de chercheurs expérimentaux pour développer virtuellement la structure moléculaire d'un inhibiteur de protéase qui ciblerait le coronavirus, qui provoque le COVID-19, une maladie respiratoire qui peut se transmettre d'une personne à l'autre.

"Les membres défaillants de l'UTEP font progresser la découverte de valeur publique", a déclaré la présidente de l'UTEP, Heather Wilson. "Nous attendons beaucoup des recherches du Dr Sirimulla et nous attendons avec impatience qu'il mette au point des thérapies pour combattre la nouvelle infection à coronavirus".

Sirimulla collabore avec les membres du corps professoral de l'UTEP Md Nurunnabi, Ph.D., professeur adjoint de sciences pharmaceutiques, et Manuel Llano, M.D., Ph.D., professeur associé au département des sciences biologiques ; et Tudor I. Oprea, professeur de médecine et chef de la division d'informatique translationnelle du département de médecine interne de l'université du Nouveau-Mexique.

En utilisant des méthodes informatiques, Sirimulla assemble de petites molécules pour créer des inhibiteurs de protéines virales - plus précisément, des inhibiteurs qui se lieront à la protéine S du coronavirus, ou protéine de pointe, et l'empêcheront de s'attacher aux cellules saines et de les infecter. Il développe également des inhibiteurs de la protéase principale du coronavirus, qui est une cible intéressante en raison de son rôle essentiel dans le traitement des polyprotéines qui sont traduites à partir de l'ARN viral. Les scientifiques pourront utiliser le nouvel inhibiteur de protéase pour développer des médicaments efficaces contre le COVID-19.

"Le coronavirus cible les enzymes ACE2 et TMPRSS2 des cellules respiratoires et utilise la protéine de pointe pour s'y fixer", a déclaré
Photo avec l'aimable autorisation de l'UTEP

Sirimulla, un chimiste informaticien ayant plus de 10 ans d'expérience dans la recherche sur la découverte de médicaments. "Une fois que le virus pénètre dans la cellule, il commence à se répliquer. Ce que nous essayons de faire, c'est de cibler les enzymes ARN-polymérases ARN-dépendantes du virus qui sont impliquées dans la réplication du virus".

Sirimulla effectue des simulations par l'intermédiaire du Texas Advanced Computing Center (TACC) de l'Université du Texas, qui fournit aux chercheurs des systèmes de calcul, de visualisation scientifique et de stockage de données de haute performance. Sirimulla simulera l'interaction entre les molécules et les protéines virales afin de mieux comprendre et d'affiner le processus de liaison. Il utilisera également des algorithmes d'intelligence artificielle qui recommanderont les molécules à utiliser.

Le processus de développement d'un nouveau médicament peut prendre jusqu'à 10 ans. Toutefois, en raison de l'urgence de produire de nouvelles thérapies médicamenteuses pour traiter le COVID-19, M. Sirimulla a déclaré qu'ils peuvent avoir un vaccin ou un médicament antiviral prêt dans 15 mois à 2 ans.

Les virologistes de l'UTEP et d'autres universités valideront les résultats de Sirimulla par des procédures expérimentales dans leurs laboratoires.

En attendant, M. Llano a déclaré qu'il mettrait au point un test qui, en l'absence du virus, leur permettrait de tester les prévisions de Sirimulla.

Pour accélérer le processus de conception, Sirimulla sélectionne de grandes quantités de molécules - plus d'un milliard de composés - qui peuvent être facilement synthétisées et sont disponibles par le biais de bibliothèques chimiques en ligne.

Son objectif est de trouver des molécules qui contiennent des composés susceptibles de produire la réponse biologique appropriée et d'inhiber la propagation du coronavirus.

Sirimulla fait également appel à des volontaires dans le cadre de BOINC@TACC, un projet qui intègre le calcul bénévole et les superordinateurs du TACC.

Les volontaires qui rejoignent BOINC@TACC pourront exécuter l'application de Sirimulla sur leurs ordinateurs et l'aider à parcourir les milliards de molécules disponibles dans les bibliothèques en ligne.

C'est gentil ils parlent de nous !! enfin de notre bonne volonté quoi, parce que les tâches TACC....... :siflotte:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 28 April 2020 à 08:44
Donc le projet est stable, maintenant il faut le déplacer,mais dans quelle catégorie Annonces ou multi-catégories ?
A vous les studios.
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 28 April 2020 à 12:02
Ben si tant est qu'on puisse considérer qu'un projet qui n'envoie (pratiquement) jamais de tâches est "stable" :D

Là ils parlent de bio-médical. Mais le principe de TACC c'est faire "un peu tout est n'importe quoi" dans l'absolu non ? tout ce que leur super-calculateur pourrait pas traiter ? (sur le principe, une fois de plus)
Titre: Re : Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 28 April 2020 à 12:14
Ben si tant est qu'on puisse considérer qu'un projet qui n'envoie (pratiquement) jamais de tâches est "stable" :D

Là ils parlent de bio-médical. Mais le principe de TACC c'est faire "un peu tout est n'importe quoi" dans l'absolu non ? tout ce que leur super-calculateur pourrait pas traiter ? (sur le principe, une fois de plus)
Ce n'est plus un "nouveau projet" donc il n'a plus de raison a priori de rester dans la section "nouveau projet" suis-je plus claire ?  :D

 
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 28 April 2020 à 19:12
Tu es très Claire, Simone :)

Et concernant le "tout est n'importe quoi" ?
Titre: Re : Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 28 April 2020 à 19:35
Et concernant le "tout est n'importe quoi" ?
D’où le déplacement dans la section multi-catégorie BOINC@TACC ne faisant probablement pas que de la biologie.  :)
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 28 April 2020 à 19:53
:jap:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 18 October 2020 à 08:31
De temps en temps.  :kookoo:
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14 Oct 2020, 1:49:46 UTC    15 Oct 2020, 10:58:56 UTC    Terminé et validé    135.39    56.13    3.71    boinc2docker v1.07 (vbox64_mt)
windows_x86_64
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 18 October 2020 à 13:13
Ah c'est vrai c'est que du VB, donc c'est mort pour mes 2 VM linux...
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: Maurice Goulois le 18 October 2020 à 19:27
Ça me rappelle un peu Superlink@Technion non :??: très périodique :lol:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: franky82 le 21 October 2020 à 10:15
Email reçu
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Dear Volunteers,
 
We are happy to announce that BOINC@TACC is back into production. Also, we would like to urge you to remove and re-attach the project from BOINC manager since the keys have been changed. Looking forward to see you all at BOINC@TACC.
 
Thanks for your patience and support!
BOINC@TACC Team
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Chers volontaires,
 
Nous sommes heureux d'annoncer que BOINC@TACC est à nouveau en production. Aussi, nous aimerions vous demander de retirer et de rattacher le projet du gestionnaire BOINC puisque les clés ont été changées. Au plaisir de vous voir tous à BOINC@TACC.
 
Merci pour votre patience et votre soutien !
L'équipe BOINC@TACC
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 23 October 2020 à 17:58
Retirer / rattacher : si on est sous SAM, faut donc enlever dans SAM / synchronizer / remettre / synchronizer, je suppose.

Et je suppose que si on le fait pas (SAM ou pas SAM) il y aura des erreurs dans le manager lors de la mise à jour du projet ?
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: fzs600 le 01 May 2021 à 05:50
 :hyperbon: :hyperbon:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: [AF] fansyl le 01 May 2021 à 10:37
Oui j'ai du boulot sur une de mes machines. Une seule alors que les réglages sont identiques sur toutes...
Pas grave, en espérant que les UTs concernent le COVID comme au mois d'avril 2020 : https://boinc.tacc.utexas.edu/news.php

 :hello:
Titre: Re : BOINC@TACC
Posté par: JeromeC le 01 May 2021 à 16:18
Comme qui dirait l'impression que y'en a déjà plus...