Le Forum de l'Alliance Francophone
Boinc et les projets distribués => Biologie => Discussion démarrée par: Zarck le 21 December 2013 à 00:51
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(https://gene.disi.unitn.it/test/img/logo_CNR_affiancato.png)
Infos utiles.
Projet actuellement hébergé par l'université de trente http://www.unitn.it/ (http://www.unitn.it/)
Pour se créer un compte il faut un code d'invitation qui est : science@tn
Statut : actif
URL du projet : http://gene.disi.unitn.it/test/ (http://gene.disi.unitn.it/test/)
Applications disponibles : http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php (http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php)
État du serveur : http://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php (http://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php)
L'alliance francophone : http://gene.disi.unitn.it/test/team_display.php?teamid=6
Temps de calcul et points de sauvegarde : http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=TN-Grid+Test+Platform&application=Gene+Network+Application (http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=TN-Grid+Test+Platform&application=Gene+Network+Application)
Classement mondial de L'AF : https://www.boincstats.com/stats/150/team/list/ (https://www.boincstats.com/stats/150/team/list/)
Informations complémentaires (par fzs600, Maugou et Ouser) 17.12.2015
Projet: Les flavonoïdes (https://fr.wikipedia.org/wiki/Flavono%C3%AFde) du raisin
La vigne (les espèces de vigne) est l'une des cultures fruitières les plus importantes en termes de superficie cultivée et d'impact économique, mais aussi pour son importante utilisation de pesticides. Malgré cette importance, on en sait peu sur les circuits de régulation moléculaire sous-jacents de la physiologie de cette espèce.
De toute évidence, une meilleure connaissance de la biologie de la vigne aurait un effet positif sur les pratiques de gestion et de vinification afin d'aboutir finalement à une viticulture durable.
La viticulture "verte", qui est une culture de la vigne plus durable répondant aux besoins du présent sans compromettre les moyens de subsistance et les besoins des générations futures, est une demande de plus en plus importante de la société. Et cela est vrai pour la province du Trentin (Italie), où les vignes sont souvent situées à proximité des villages.
Aujourd'hui, nous avons la chance de disséquer les circuits de régulation moléculaire de la vigne à un rythme sans précédent, grâce aux connaissances accumulées durant les 10 dernières années. Depuis la découverte de la séquence du génome de la vigne en 2007 (Jaillon et al. Nature, Velasco et al. PlosOne) la classification d'environ 30.000 gènes qu'il contient ont été mesurés dans des dizaines d'expériences contrôlées et sont accessibles au public (http://vitis.colombos.fmach.it/).
Dans la vigne, les flavonoïdes constituent l'un des sous-groupes les plus abondants de métabolites secondaires du fruit, qui influent sur la qualité, les bienfaits pour la santé (antioxydants) et la typicité des vins. Leurs liens avec de nombreuses espèces végétales sont principalement régulés par des facteurs de transcription qui modulent l'expression des chemins génétiques. Dans ce projet spécifique TN-Grid, notre objectif est d'acquérir de nouvelles connaissances au sujet du séquençage des flavonoïdes , de trouver de nouveaux gènes qui en font partie ou qui ont un effet régulateur sur celle-ci. Ces nouvelles données permettront d'aider sur le long terme, à faire croître des raisins de meilleure qualité pour une viticulture durable.
NDT: chemin génétique, aussi appelé voie génétique, est une voie métabolique (https://fr.wikipedia.org/wiki/Voie_m%C3%A9tabolique) (également appelée voie de biosynthèse) d'un ou plusieurs gènes. En résumé, une série d'étapes consécutives de transformation dans l'organisme liées à ce(s) gène(s).
Pour les nerds, c'est la description pas à pas du programme de réactions biochimiques introduites par un/des gène(s); "qui modulent l'expression des chemins génétiques" peut se comprendre comme "qui changent les paramètres du programme biochimique introduit par un/des gène(s)".
Mis a jour par fzs600 le 6 Aout 2023.
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:hello:
Pas sur que cela soit un projet BOINC.
http://www.tngrid.tn/index/ (http://www.tngrid.tn/index/)
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Comme mon VDD, peut etre un portage sur Boinc.
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wait and see...
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Hello,
En grattant, j'ai trouvé ceci :
http://www.tngrid.tn/index.php/index/overview
Pas vraiment un projet BOINC, et euh pas réussi à m'inscrire donc je ne cherche pas plus loin ;)
:coffeetime:
Euh ............ je dois avoir des problèmes de vue ...
:hello:
Pas sur que cela soit un projet BOINC.
http://www.tngrid.tn/index/ (http://www.tngrid.tn/index/)
@fzs600 :dsl: Toutes mes excuses, je n'avais pas fait attention ... tu avais déjà trouvé ce site :siflotte:
Vais aller me reposer :aulit:
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ouser :hello:
Merci pour la mise a jour.
:jap:
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:cry:
We would also like to thank the members of the BOINC.Italy community who are helping us in this testing phase.
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Nouveau projet Bio :love: :love:
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Il faut un code d'invitation :(
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News sur le site: le projet poste une présentation en pdf, en anglais mais non technique
http://gene.disi.unitn.it/test/documents/gene@home.ICT.Days.2014.pdf (http://gene.disi.unitn.it/test/documents/gene@home.ICT.Days.2014.pdf)
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Intéressante présentation.
Sur le "quoi" du projet :
We compare the expression levels of two different genes.
Relations between genes become correlations when their expression levels have a similar trend.
Nous comparons les niveaux d'expression de deux gènes différents.
Les relations entre les gènes deviennent des corrélations lorsque leurs niveaux d'expression ont une tendance similaire.
Sur le "comment" :
We use PC-algorithm to find causal relationships among genes, exploiting their expression levels in different samples.
Correlations between genes are computed using Peason coefficient.
Nous utilisons l'algorithme PC pour trouver des relations de cause à effet entre les gènes, en exploitant leurs "niveaux d'expression" dans différents échantillons.
Les corrélations entre les gènes sont calculées en utilisant le coefficient Peason ["PC"].
Run PC-algorithm on the whole genome is not convenient. So we use PC-IM to iteratively run PC-algorithm on genome portions.
We implemented an efficient version of the PC-algorithm, named PC++
Exécutez l'algorithme PC sur l'ensemble du génome n'est pas commode. Donc nous utilisons PC-IM pour exécuter de manière itérative l'algorithme sur des parties du génome.
Nous avons implémenté une version efficace de l'algorithme PC, nommé PC++
Sur le "pourquoi boinc" :
Genoms and gene networks are huge. We want expand many gene networks of several organisms.
This work is hard and computationally heavy.
Les génomes et les réseaux de gènes sont énormes. Nous voulons développer de nombreux réseaux de gènes de plusieurs organismes.
Ce travail est difficile et requiert de très lourds calculs.
By joining Gene@home project, a BOINC user can help the improvement of:
- health
- agriculture
- biotechnologies
... just making available their personal computers for computation
En rejoignant le projet Gene@home, un utilisateur BOINC peut aider à l'amélioration de:
- la santé
- l'agriculture
- les biotechnologies
... juste en mettant à disposition leurs ordinateurs personnels pour le calcul
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ouaip à suivre
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:hello:
Réglage des paramètres, la phase 1 est terminée! → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=85&postid=404#404 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=85&postid=404#404)
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J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider :??:
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Personne à un code d'invitation ?
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J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider :??:
:kookoo:
Tu as des stats ds statsbzh et dans boincstats aussi mais apparemment Seb n'as pas encore inclus ce projet ou alors, comme l'a dit fzs600, peut-être faut-il attendre que le projet soit rendu public avant de l'inclure!?
Je ne connais pas les règles dans ce cas de figure!
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En tous cas sur Mac ça marche bien :)
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@Prof oui j'ai vu merci, exact Seb a déjà de quoi faire
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On va voir ce que ça donne sur le vieux laptop : première estimation, 3H pour la WU ...
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Vous avez fait comment pour vous inscrirent ?
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bonsoir
il faut écrire et demander un code d'invitation à http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php
lionel
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non pas de graphiques ou de photos.
seulement du calcul qui va plutôt vite (30 minutes pour les dernières UT)
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bonsoir
il faut écrire et demander un code d'invitation à http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php (http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php)
lionel
merci
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Ca a bien pris environ 3H sur le vieux P4-m 1.4 GHz ...
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Oulà la nouvelles WUs : annoncées pour 250H environ avec une deadline au 11 ... ça risque de pas passer :/
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Sur les 5 UTs (Gene Network Application v0.09) que j'ai eu (sur mon Mac) depuis le 06/06 elles ont duré entre 3h45 (réel CPU 2,3) et 30h (réel CPU 21h). C'est pas mal plus que celles d'avant, boinc doit avoir un petit temps d'adaptation à la nouvelle donne je pense.
gene@home: Leave one out phase
Dear all,
we started a new phase for leave-one-out processing. Our goal is to evaluate the recall of our algorithm w.r.t. different parameters. We removed from the starting local gene network one gene at time in order to see if we are able to find it.
Have a nice crunching, and thanks to all! :) 5 Jun 2014, 16:32:59 UTC · Commentaire
gene@home: phase "Laissez-en un"
Bonjour à tous,
Nous avons commencé une nouvelle phase pour du traitement "Laissez-en un". Notre objectif est d'évaluer l'impact de différents paramètres sur notre algorithme. Nous avons retiré du "réseau local de gènes naissant" un gène à la fois afin de voir si nous sommes capables de le trouver.
[j'avoue humblement ne pas tout comprendre :D]
Bon crunch et merci à tous! :)
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Hello Philippe,
thanks for your interest in our project.
The invitation code is _______________ (;))
Please do not post it on a public site, but you are free to send it privately to anyone of your team that is interested. The reason for using invitation codes is that our server is, by now, just a virtual machine with limited resources, we cannot afford by now to have thousands of users.
Best Regards,
Paolo
--
Best Regards,
Gene@Home Team
Facebook: https://www.facebook.com/gene.at.home.tn
Twitter: https://twitter.com/gene_at_home
Flickr: http://www.flickr.com/photos/107024422@N04/
Hello ! :hello:
Puisqu'ils demandent de ne pas publier le code en public, mais qu'ils autorisent sa transmission à d'autres crunchers de l'équipe, je peux vous l'envoyer par MP sur simple demande ;)
Leur serveur n'est pas encore assez puissant pour autoriser l'accès à des milliers de crunchers, car il s'agit d'une simple VM.
:jap: :hyperbon:
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We are waiting for all the recently distributed workunits to come back (just one missing by now) before taking some time to analyze the results and planning new work distribution. We are still in the validation/testing phase of the algorithm we developed, we have obviously to check it thoroughly before going into the production phase. In the meantime we are writing a scientific paper describing it and this also take some time. However, expect some more news at the beginning of the next week. Thanks all again for your help.
Merci à Modesti pour la traduction et la relecture... :love:
Nous attendons que toutes les unités de travail récemment distribuées reviennent (il n'en manque plus qu'une) avant de prendre le temps pour analyser les résultats et planifier la distribution de nouvelles tâches.
Nous sommes toujours dans la phase de validation / de test de l'algorithme que nous avons développé, nous devons visiblement le vérifier soigneusement avant d'entrer dans la phase de production. En attendant, nous rédigeons un article scientifique le décrivant et cela prend également un certain temps. Toutefois, attendez davantage de nouvelles au début de la semaine prochaine.
Merci encore à tous pour votre aide.
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Après relecture humaine:
Nous attendons que toutes les unités de travail récemment distribuées reviennent (il n'en manque plus qu'une) avant de prendre le temps pour analyser les résultats et planifier la distribution de nouvelles tâches. Nous sommes toujours dans la phase de validation / de test de l'algorithme que nous avons développé, nous devons visiblement le vérifier soigneusement avant d'entrer dans la phase de production. En attendant, nous rédigeons un article scientifique le décrivant et cela prend également un certain temps. Toutefois, attendez davantage de nouvelles au début de la semaine prochaine. Merci encore à tous pour votre aide.
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Ma grosse WU qui a duré plus de 200H a rien rapporté, hors deadline et pas annulée par le serveur automatiquement :(
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:hello:
Des nouvelles → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=94&postid=429#429 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=94&postid=429#429)
:jap:
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Projet suspendue jusqu'à mi-septembre : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=95
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:hyperbon: :hyperbon:
30 Oct 2014, 1:27:25 UTC 30 Oct 2014, 5:45:00 UTC Terminé et validé 1,891.91 1,832.79 13.32 Gene Network Application v0.09
30 Oct 2014, 1:27:25 UTC 30 Oct 2014, 5:45:00 UTC Terminé et validé 1,917.81 1,867.87 13.22 Gene Network Application v0.09
30 Oct 2014, 1:27:25 UTC 30 Oct 2014, 5:45:00 UTC Terminé et validé 1,941.09 1,877.79 13.35 Gene Network Application v0.09
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Vi j'en ai eu 26 qui ont toutes fonctionné.
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Il faut toujours demander un code d'activation?
J'ai essayé de rejoindre ce projet, mais, a priori, ils n’acceptent plus de nouveau compte...
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Il faut toujours demander un code d'activation?
J'ai essayé de rejoindre ce projet, mais, a priori, ils n’acceptent plus de nouveau compte...
:hello:
Si tu leur écris pour leur demander un code d'invitation, ils devraient te l'envoyer ;)
:kookoo:
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Il faut toujours demander un code d'activation?
J'ai essayé de rejoindre ce projet, mais, a priori, ils n’acceptent plus de nouveau compte...
"Vous avez un nouveau message" :siflotte:
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VU !!!
Merci pour l'info, en plus ça marche encore...
Je suis donc sur ce projet depuis, euhhh ... 5 min... :siflotte:
Vielen Dank, Frau modesti :smak:
PS: j'aime bien ton nouvel avatar...
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:jap:
Avatar temporaire pour Halloween (je sais, on n'est pas vendredi 13, mais il suffit d'inverser les chiffres :D). Pour Noël c'en sera encore un autre ;)
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J'ai deux WUs en cours depuis hier ... j'espère qu'elles seront pas excessivement longues comme c'est déjà arrivé une fois sur ce projet ...
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J'en ai eu un paquet récemment, elles ont mis entre 45mn et 9h sur mon Mac i7 selon les modèles...
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elles ont mis entre 45mn et 9h selon les modèles...
Spafo.
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VU !!!
Merci pour l'info, en plus ça marche encore...
Je suis donc sur ce projet depuis, euhhh ... 5 min... :siflotte:
Cruncher c'est bien mais pour l'AF c'est mieux ;)
http://gene.disi.unitn.it/test/show_user.php?userid=174 (http://gene.disi.unitn.it/test/show_user.php?userid=174)
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cottesloe ! bonnet d'âne !!! :gun:
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Ah, c'est pour ça que je ne vois pas mes points dans les stats...
T'as raison... :ane:
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J'imagine ton avatar avec du goudron et des plumes ! :siflotte:
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On s'en fout tant que ça calcule.
Bon par contre, ils sont pas très généreux sur les points ... :/
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On s'en fout tant que c'est utile pour la science. :D
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Il ne faut pas oublier que l'affichage graphique consomme des ressources ;) mais comme tu dis, Zarck, chacun fait comme il veut :)
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On s'en fout tant que c'est utile pour la science. :D
:lol:
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http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=99&postid=451#451 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=99&postid=451#451)
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Projet down...
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De retour avec des WU. Par contre pas cool pour eux d'avoir perdu des données.
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101)
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De retour avec des WU. Par contre pas cool pour eux d'avoir perdu des données.
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101)
Merci pour l'info :jap:
On va leur donner un petit coup de main pour récupérer tout ça plus vite ;)
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Merci Phil1966 pour le coup de main ^_^
Ils ont redistribué l'ensemble des WU perdues et presque toutes recalculées ;)
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101&postid=460#460 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=101&postid=460#460)
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:jap:
Merci à toi d'avoir attiré notre attention sur le problème :hello:
Suis pas resté aussi longtemps que j'aurais voulu, FB "oblige" ;)
:kookoo:
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J'ai des WUs en continue en ce moment :)
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Depuis ce matin, j'ai des soucis de téléchargement de WU sur mes machines Windows du boulot.
04/12/2014 11:12:11 TN-Grid Test Platform Started download of ec_v2_mgn.csv
04/12/2014 11:12:12 TN-Grid Test Platform Temporarily failed download of ec_v2_mgn.csv: HTTP error
Quelqu'un a aussi le problème ?
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:kookoo: Lic... aucun blème pour moi (Gene Network Application 0.09).
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Moi aussi, ce doit être un souci sur un DSLAN...
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Avec l'aide de l'admin du projet, j'ai trouvé mon problème.
C'est le proxy du boulot qui bloque le transfert de fichier de taille supérieure à 100Mo.
Utilisant BoincPortable (et donc une version 6.10.60 de Boinc) le transfert de ce fichier ne peut pas se faire en version compressée.
L'admin m'a permis d'avoir accès directement au fichier compressé que j'ai pu déposé décompressé dans le répertoire du projet.
C'est vraiment appréciable d'avoir un admin aussi réactif et capable d'aider rapidement les crunchers :jap:
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Et surtout un admin qui soit d'accord pour que tu crunches sur l'ordi du boulot !!! Moi j'ose même pas en parler...
(= je le fais sans le dire :siflotte:)
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:hello:
Des nouvelles → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=103&postid=468#468 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=103&postid=468#468)
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gene@home: status → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=108&postid=492#492 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=108&postid=492#492)
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Nous avons presque terminé avec notre lot en cours (extension locale E. Coli).
Nous allons d'abord analyser les résultats (ce qui prendra un certain temps), alors nous serons en mesure de choisir le meilleur, plus petit ensemble de paramètres de l'algorithme et l'utiliser nous prévoyons de l''étendre en optimisant ainsi le calcul.
En attendant, nous allons commencer une autre expérience sur Arabidopsis thaliana, mais avant de commencer, nous devons attendre jusqu'à ce que tous les travaux sur E. coli a été généré.
Ce sera fait manuellement, espérons-le, lundi prochain.
Pour cette raison, il pourrait y avoir une pénurie de unités ce week-end.
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:hello:
gene@home: Scientific Results (June 2015) : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=113&postid=506#506 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=113&postid=506#506)
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:jap:
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mise à jour du premier post, merci fzs600 pour l'article posté en traduction. :jap:
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Hello !
Et si nous crunchions un peu sur ce projet BIO ?
Ils ont besoin de puissance, mais n'ont pas encore compris (ou ils ne veulent pas comprendre ? ou leur serveur est trop "petit", ... ;) )
qu'il fallait retirer le code d'invitation et créer des badges pour attirer les "cruncheurs et/ou chasseurs de badges" ;)
(D'après le post ci-dessous, le projet actuel leur prendra environ 5 ans, et ils en ont d'autres ... :sinon:)
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=119&postid=555#555
S'il n'a pas changé, le code d'invitation est : gene@tn
Je crois qu'il faut passer par leur site pour créer son compte avant de s'attacher. Via BM, il y a un message disant qu'ils n'acceptent plus les nouveaux crunchers.
Bon Crunch !!!
:hello: :jap: :kookoo:
EDIT : Le + important : qu'en pensez-vous ?
:jap: :hello: :jap:
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Hello !
Et si nous crunchions un peu sur ce projet BIO ?
Ils ont besoin de puissance, mais n'ont pas encore compris (ou ils ne veulent pas comprendre ? ou leur serveur est trop "petit", ... ;) )
qu'il fallait retirer le code d'invitation et créer des badges pour attirer les "cruncheurs et/ou chasseurs de badges" ;)
(D'après le post ci-dessous, le projet actuel leur prendra environ 5 ans, et ils en ont d'autres ... :sinon:)
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=119&postid=555#555
S'il n'a pas changé, le code d'invitation est : gene@tn
Je crois qu'il faut passer par leur site pour créer son compte avant de s'attacher. Via BM, il y a un message disant qu'ils n'acceptent plus les nouveaux crunchers.
Bon Crunch !!!
:hello: :jap: :kookoo:
Chef oui chef. :chefouichef:
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:hello:
Euh désolé si mon ton n'était pas correct, trop "directif".
C'est juste une idée comme ça, à discuter.
En attendant ben je vais sagement Yoyoter un peu.
Merci !
:jap: :jap: :jap:
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J'ai toujours un peu de puissance sur ce projet ... mais c'est un peu monotone, les WUs font toujours la même taille ...
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:hello:
tn-grid: Public invitation code : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570)
Le nouveau code d'invitation est aussi disponible sur la page d'accueil du projet : science@tn
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:hello:
tn-grid: Public invitation code : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=123&postid=570#570)
Le nouveau code d'invitation est aussi disponible sur la page d'accueil du projet : science@tn
Ah j'attendais :love:
Projet rajouté :sun:
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:hello: "Chasseurs de badges" une nouveauté concernant le projet TN-Grid http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608)
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:hello: "Chasseurs de badges" une nouveauté concernant le projet TN-Grid http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=130#608)
Merci pour l'info. :kookoo:
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Thks
:kookoo:
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Allez hop...!!! Un peu de travail pour Seb!!!
:siflotte: :desole:
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Une bonne occasion pour ajouter ce projet à EQUIRAC et au FB en 2017 ;)
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TN-Grid Platform: First international challenge on TN-Grid
The BOINC.Italy Team has opened the first international challenge on this project.
Title: "Despite my age I don't live in the past, but in the future" 4th Rita Levi-Montalcini memorial and 30 years from Nobel Prize.
Start 10 Dec 16.00 UTC - End 16 Dec 16.00 UTC
Check http://boincstats.com/en/stats/challenge/team/chat/831 for more info.
Vu ce soir sur le Boinc Manager.
En bref: BOINC.Italy organise un challenge sur TN-Grid en mémoire de Rita Levi-Montalcini (https://fr.wikipedia.org/wiki/Rita_Levi-Montalcini) (je crois que l'an dernier c'était sur Rosetta - à vérifier)
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Ca permettrait de faire un peu plus connaitre ce projet :)
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:kookoo: Avec les nouveaux badges, cela pourrait être intéressant :hyperbon:
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J'en serai. Pour les badges et pour la vigne comme l'indique la présentation du premier message ; à moins que cela soit pour l'Arabidopsis Thaliana comme présenté sur la page d'accueil de leur site...
Bonsoir chez vous
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J'y participerai aussi! :hyperbon:
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AF est inscrite ?
:??:
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L'AF est inscrite d'office sur les challenges BoincStats ;) Et puis, il suffit de cliquer sur le nombre derrière "Number of teams participating" (ou "Nombre d'équipes participantes" en VF) pour s'en assurer :D
http://boincstats.com/fr/stats/challenge/team/chat/831
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Ok Thks
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Inscrit, je commence à faire des réserves.
Chers modos, ne faudrait-il pas déplacer les messages sur le challenge dans la section "fight", pour en augmenter le visibilité ?
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Done :D http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,5297.msg450966.html#msg450966
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Hé ho t'es pas modo toi :D
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:p
J'ai pas non plus déplacé les messages :D
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Tous mes CPUs sont sur ce projet le temps du challenge :)
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Tous mes CPUs sont sur ce projet le temps du challenge :)
Pas mieux! :hyperbon:
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Pareil. :sun:
Il me reste encore un peu de cache WCG, mais après, c'est 100% TN-Grid... :gniak:
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Le projet n'exclut pas la création d'une appli GPU ;)
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Thks pour l'info
Source ?
:kookoo:
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Valterc il me semble, ou un autre admin du projet. J'ai lu ça quelque part sur leur forum.
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oki thks
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Viens de découvrir que TN-Grid avait lancé une nouvelle appli pour SSE2. Elle divise le temps de calcul quasiment par 2 (les crédits/UT probablement aussi, mais bon)
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Oui c'est évoquer ici : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135&postid=739#739 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135&postid=739#739) :kookoo:
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Merci fzs600 :jap: Heureusement qu'il y a des membres comme toi pour faire le tour des fofos et se tenir au courant :jap:
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Merci fzs600 :jap: Heureusement qu'il y a des membres comme toi pour faire le tour des fofos et se tenir au courant :jap:
Arrête tu me fait rougir. :o
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Et c'est même une application totalement nouvelle. :kookoo:
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=144&postid=742#742 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=144&postid=742#742)
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Et totalement pas disponible pour Mac...
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C'est toujours compliqué de développer sur environnement Apple :/
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Il suffit d'avoir (accès à) un Mac, de savoir développer et d'avoir envie de le faire :D
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voilà une chose sympa: les sse2 qui mettent à peu près 2x moins de temps que les normales créditent autant :gniak:
http://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=2280&offset=0&show_names=0&state=4&appid=
-
C'est en effet pareil chez moi :D
Ca va faire un sacré boost :pt1cable:
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see2 oui pas mal. :siflotte:
http://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=125&offset=0&show_names=0&state=4&appid= (http://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=125&offset=0&show_names=0&state=4&appid=)
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Faut attendre que le CreditNew s'adapte et refasse de la merde et que ça produise à nouveau que dalle :/
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Je veux bien une traduction :)
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Quelqu'un arrive à avoir des UTs en AVX ? Qui doivent être + rapide que celles en SSE2 non ?
:hello:
-
Non
:D
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Quelqu'un arrive à avoir des UTs en AVX ? Qui doivent être + rapide que celles en SSE2 non ?
:hello:
Plus rapide ?
Pas vraiment : http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,7419.msg452920.html#msg452920 (http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,7419.msg452920.html#msg452920)
-
J'ai l'impression que les UTs avx, sse2, fma dépendent des batchs lancés.
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Pareil, j'ai pas trouvé de differences significatives avec mes machines... :coffeetime:
-
Quelqu'un arrive à avoir des UTs en AVX ? Qui doivent être + rapide que celles en SSE2 non ?
:hello:
Hello,
Les SSE2 sont les plus performantes ;)
J'ai testé les 3 sur mes machines.
Mais si tu veux essayer manuellement, tu peux choisir de recevoir des SSE2, AVX ou FMA.
Tout est ici :
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135&postid=689#689
https://bitbucket.org/sirzooro/pc-boinc/downloads
Have Fun et Bon Crunch
:hello: :kookoo:
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Philippe1966;
Si je comprend bien ; en téléchargeant""TN-Grid.android-arch64-v1.1.zip" et que je l'installe; je peux faire calculer TN-Grid sur ma tablette?
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Hello naz
Pour être honnête, je n'en sais vraiment rien ...
Les seules applications qui me sont familières sont pour pc ...
La liste des applis t'en diras peut-être plus ?
http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php
Sorry :hello: :kookoo:
-
Il semblerait qu'on calcule les WUs plus vite que leur système n'est capable d'en produire, ce qui explique les pénuries régulières :D
-
demain je vais faire un test! je vous tien au courant!
-
Je cherche à ne recevoir que des UT en AVX, quelqu'un pourrait me donner le contenu du app_config.xml ?
:hello:
-
:hello:
Faut créer un app_info.xml pour l'application qui t'intéresse sur base de ce que tu peux trouver ici : https://bitbucket.org/sirzooro/pc-boinc/downloads/
Perso l'ai viré sans en garder une copie.
ça donne à peu près ceci :
<app_info>
<app>
<name>gene_pcim</name>
<user_friendly_name>gene@home PC-IM (Opti v1.2)</user_friendly_name>
<non_cpu_intensive>0</non_cpu_intensive>
</app>
<file>
<name>pc.exe</name>
<executable/>
</file>
<app_version>
<app_name>gene_pcim</app_name>
<version_num>102</version_num>
<platform>windows_x86_64</platform>
<avg_ncpus>1.000000</avg_ncpus>
<max_ncpus>1.000000</max_ncpus>
<flops>2026746047.572941</flops>
<api_version>7.3.0</api_version>
<file_ref>
<file_name>pc.exe</file_name>
</file_ref>
</app_version>
</app_info>
ou plus simplement (à ajuster suivant la version utilisée)
<app_info>
<app>
<name>gene_pcim</name>
<user_friendly_name>gene@home PC-IM (Opti v1.2)</user_friendly_name>
<name>pc.exe</name>
<app_version>
<app_name>gene_pcim</app_name>
<version_num>102</version_num>
<platform>windows_x86_64</platform>
<file_ref>
<file_name>pc.exe</file_name>
</file_ref>
</app_version>
</app_info>
:hello: :kookoo:
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demain je vais faire un test! je vous tien au courant!
1H30 pour moi :kookoo:
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Je ne reçois que des gene_pcim qui tournent en +/- 1800 à 2000 secs suivant le pc, que ce soit en SSE2 ou AVX.
:hello: :kookoo:
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Surprise l'app "gene_pcim_v1.02_win64.exe" est annonçée "Malware.Ranson.Agent.Generic" par Malwarebytes
:D
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Mort aux antivurus !!! :D
(= mort à windows :siflotte:)
-
Mort aux antivurus !!! :D
(= mort à windows :siflotte:)
:oki: :warf:
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Actuellement le projet à 68.03% d'avancement et la moyenne de travail sur les 10 derniers jours s'établit à 274.10/jours.
La puissance estimée est de 15385 GFLOPS.
On va voir dans quelles proportions augmente ces chiffres avec le RAID.
:hello:
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Merci pour les infos! :jap:
On verra samedi à la même heure :D
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C'est pour l'expérience en cours cet avancement ... si on calcule tout, ils nous mettront autre chose à calcules ;)
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Où est-ce qu'on voit ça déjà ?
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Par ici : http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php
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Merci toTOW :D
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Bon alors je ne comprend pas l'application optimisée est un peu plus lente à calculer.
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Le projet envoie déjà de lui meme des applications optimisées ...
-
Le projet envoie déjà de lui meme des applications optimisées ...
Oki alors je vais supprimer les fichiers et refaire une mise à jour.
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Le serveur est down ... :/
edit : c'est revenu !
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Vi pas si down que ça : https://gene.disi.unitn.it/test/results.php?hostid=195
:)
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Server down this weekend
Our storage system (managed by the University) has some serious problem. They are working to fix it but they cannot estimate for how long it will be down. We decided to stop the server at least until the next Monday.
Thank you for your understanding. 20 Apr 2018, 18:02:34 UTC
La cause des problèmes ? Down à cause du système de stockage.
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https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=213#1290
The experiments on Vitis vinifera are almost finished, thank you all. We will soon switch to a new organism. We made some tests some time ago but we found that the outputs of the Windows and Linux applications didn't match each other. The new forthcoming Windows applications should behave correctly.
The next Monday we will distribute them and (slowly) start creating new work.
Les expériences sur Vitis vinifera sont presque terminées, merci à tous. Nous allons bientôt passer à un nouvel organisme. Nous avons fait quelques tests il y a quelque temps mais nous avons constaté que les résultats des applications Windows et Linux ne correspondaient pas. Les nouvelles applications Windows à venir devraient se comporter correctement.
Lundi prochain nous allons les déployer et commencerons (lentement) à créer de nouvelles tâches.
Traduit avec www.DeepL.com/Translator
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Le serveur est pas en forme ces jours ci ... :/
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J'ai l'impression qu'à chaque fois (= les rares fois) que je chope des tâches de ce projet, à chaque fois il n'arrive plus à les renvoyer pendant super longtemps et le truc est coincé...
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Ils sont sur un nouvel organisme et les fichiers générés sont plus gros ... et le serveur aime pas ça ...
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A mon avis ils se sont fait bouffer par cet organisme :D
(https://mir-s3-cdn-cf.behance.net/project_modules/disp/a194fe14342565.56036858ac37d.jpg)
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L'équipe a publié un papier, en open access: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.01385/full
Une traduction rapide, sans prétention aucune:
Ces dernières années, la communauté scientifique s'est fortement engagée dans l'étude de la réponse de la vigne au changement climatique.
L'objectif final est l'identification des caractères génétiques clés à utiliser dans l'élevage de la vigne et la mise en place de pratiques agronomiques pour améliorer la résilience climatique. La disponibilité croissante des études transcriptomiques, qui décrivent l'expression des gènes dans de nombreux tissus et conditions de développement ou de traitement, a permis la mise en œuvre de compendiums d'expression génétique, qui renferment une énorme quantité d'informations. L'extraction de données transcriptomiques représente une approche efficace pour étendre un réseau génique local connu (LGN) en trouvant de nouveaux gènes apparentés. Nous avons récemment publié un pipeline basé sur l'application itérative de l'algorithme PC, appelé NES2RA, pour étendre les réseaux de gènes dans Escherichia coli et Arabidopsis thaliana.
Nous proposons ici l'application de cette méthode au compendium transcriptomique de la vigne Vespucci, afin d'étendre quatre LGNs liés à la réponse de la vigne au changement climatique. Deux réseaux sont liés aux voies métaboliques secondaires de synthèse des anthocyanines et des stilbénoïdes, impliquées dans la réponse au rayonnement solaire, tandis que les deux autres sont des réseaux de signalisation, liés aux hormones acide abscissique et éthylène, éventuellement impliqués dans la régulation du bilan hydrique cellulaire et la transpiration des cuticules. Les réseaux d'expansion produits par l'algorithme NES2RA ont été évalués par comparaison avec des données expérimentales et des connaissances biologiques sur les gènes identifiés qui montrent une assez bonne cohérence des résultats. De plus, l'algorithme n'a réussi à retenir que les interactions les plus significatives entre les gènes, ce qui a fourni un cadre utile pour la validation expérimentale.
L'application de la NES2RA aux données d'expression de Vitis vinifera au moyen de l'implémentation basée sur BOINC est disponible sur demande.
Plus d'infos sur leur forum: https://gene.disi.unitn.it/test//forum_thread.php?id=225
:hello:
-
Pour que ça soit un peu plus clair je vous l'ai traduit en chinois simplifié :
近年来,科学界一直积极参与研究葡萄藤对气候变化的反应。
最终目标是确定用于葡萄种植的关键遗传特性,并建立农艺实践以改善气候适应力。转录研究,描述在多种组织和发育条件或治疗基因表达的可用性的增加,使基因表达的概略,其含有大量的信息的执行。转录组数据检索是通过寻找新的相关基因来扩展已知的局部基因网络(NGL)的有效方法。我们最近发布的基于称为NES2RA,扩大在大肠杆菌和拟南芥的基因网络的PC算法的迭代应用管道。
我们建议这种方法韦斯普奇藤的转录纲要的应用程序来扩展与藤蔓对气候变化的响应4个Lgns。两个网络连接到花色素苷和茋类,参与响应于太阳辐射的合成的次级代谢途径,而另两个信令与激素脱落酸和乙烯相关联的网络,可能参与了平衡控制细胞液和角质层蒸腾。 NES2RA算法生成的扩展网络通过与实验数据和已鉴定基因的生物学知识进行比较来评估,这些基因显示出相当好的结果一致性。此外,该算法能够仅保留基因之间最重要的相互作用,这为实验验证提供了有用的框架。
可根据要求提供NES2RA通过基于BOINC的实施方案对Vitis vinifera表达数据的应用。
Ne me remerciez pas, c'est toujours un plaisir :jap:
-
Kilecon :mdr-457: :paf:
-
Bizarre ce projet.
Sur 2 machines identiques, il envoie des SSE2 sur l'une, des AVX sur l'autre :cavachier:
:hello: :kookoo:
-
C'est marqué quelque part dans les tâches quand c'est des SSE2 ou AVX ou truc-bidule ?
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Oui c'est dans le nom de la tâche dans BM
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Ah donc c'est propre à ce projet qui décidé de les nommer comme ça alors... je suppose que c'est pas toujours aussi facile, pour les projets dont les applis ont ce genre de nuance, ou si ?
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Certains projets le précisent, mais pas tous. Primegrid et SRbase ne le précisent pas, asteroids et seti (optimisé) oui. Tout dépend à mon avis de la compilation : est-ce que c'est une seule appli qui s'adapte selon l'ordi ou est-ce que c'est une appli SSE-X et une appli AVX. Dans ce dernier cas, si il n'y a plus d'AVX en stock, le serveur peut envoyer du SSE-X, qui sera donc moins rapide.
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Ils envoient des SSE2 ou des AVX suivant la puissance supposée des machines ...
(Rien de très grave, juste que c'est pas au point.)
Un peu comme sur Asteroid où on peut choisir via app_info.
Primegrid llr envoie du FMA3, sans trop laisser le choix :(
SRBase aussi je suppose, vu la chauffe.
:hello: :kookoo:
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Le serveur devrait apprendre quelle est la version la plus rapide et la privilégier ensuite ...
-
Le serveur devrait apprendre quelle est la version la plus rapide et la privilégier ensuite ...
Bah ... de toute façon c'est pas grave. Et bizarre car sur XEON E5-2667 v3 les SSE2 tournent plus rapidement que les AVX ... :coffeetime:
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Ils envoient des SSE2 ou des AVX suivant la puissance supposée des machines ...
Non, ils se basent sur les capacités du processeur, que tu vois au démarrage de boinc. Une machine AVX recevra soit de l'AVX soit du SSE2, selon les stocks sur le serveur et les quotas par application. Par contre une machine SSE4.2 ne recevra que du SSE2 et jamais de l'AVX.
Et bizarre car sur XEON E5-2667 v3 les SSE2 tournent plus rapidement que les AVX ... :coffeetime:
Surement une mauvaise option de compilation.
-
C'est normal, l'AVX est déjà fortement parallélisé, du coup c'est moins performant sur la plupart des CPUs avec HT ... et la plupart des CPUs ont leur turbos moins élevé en AVX qu'en SSE ...
Dans l'idéal, il faudrait comparer sans HT ...
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Il y a un challenge actuellement sur le projet. :kookoo:
Durata da 24/12/2019 19:45 a 31/12/2019 19:45 : http://boincrankings.eu5.org/newyear20/classifica.php (http://boincrankings.eu5.org/newyear20/classifica.php)
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Je vais mettre mes CPU dessus pour les vacances ... :D
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Pas de nouvelles, bonnes nouvelles. (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=262#1674)
Je voulais juste dire que tout se passe bien. Le serveur est stable, les scientifiques sont satisfaits des résultats et font leurs analyses. Merci à tous !
:)
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C'est vrai qu'il était temps de donner digne de vie ...
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C'est vrai qu'il était temps de donner digne de vie ...
Je dirais même plus : nous en sommes dignes :siflotte:
Mais bon c'est sympa à lui de venir dire qu'il n'y a pas de problème, en général les forums ne regorgent que de "problèmes"... :)
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Surtout, ça rassure sur le fait qu'on calcule pas dans le vide ... :)
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BOINC.Italy organise un challenge sur TN-grid du 16 au 23 mars, peut-être l'occasion d'une action de l'AF sur ce projet ? Si ce n'est pas le RAID ? :D
L'annonce sur le forum : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=263#1680
Le lien pour inscrire l'AF: https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1072
(https://www.boincitaly.org/media/kunena/attachments/6725/TN-GridCh.jpg)
:hello:
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BOINC.Italy organise un challenge sur TN-grid du 16 au 23 mars, peut-être l'occasion d'une action de l'AF sur ce projet ? Si ce n'est pas le RAID ? :D
L'annonce sur le forum : http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=263#1680
Le lien pour inscrire l'AF: https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1072
(https://www.boincitaly.org/media/kunena/attachments/6725/TN-GridCh.jpg)
:hello:
Oui mais ça va pas être possible : https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,8192.msg495731.html#msg495731 (https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,8192.msg495731.html#msg495731) :cavachier: :cavachier:
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1) L'AF est inscrite automatiquement (j'ai vérifié, elle y est)
2) C'est possible pour ceux qui n'aiment pas les projets du raid de printemps de défendre les couleurs de l'AF ;) (voir ma réponse à toTOW dans le topic du raid)
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Si j'y pense, je mettrai mes CPUs sur ce projet ... mais bon, mes CPUs, c'est plus ce que c'était, il sont antiques ...
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Je mettrai 8 cœurs (logiques) dessus je pense, j'aime bien ce projet :)
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6ème pour l'instant.
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We need a brand new Mac OS application
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=268#1728 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=268#1728)
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Ma dernière tentative pour compiler une appli boinc sur Mac c'était pour goofix... ce fut long, douloureux (pour Seb aussi qui avait eu la bonté de tenter de m'aider) et au final un échec.
Ah, et j'oubliais... j'ai plus de Mac :cry:
-
.../...
Ah, et j'oubliais... j'ai plus de Mac :cry:
N'oublie pas de changer de MT alors. :siflotte:
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J'ai pas dit que j'en aurai plus jamais :D
Dès que les finances le permettront... mais pas tout de suite (surtout que je vise jamais l'entrée de gamme, vu le temps que je compte l'utiliser :) ), je crois qu'après le confinement dans un premier je vais voir si j'arrive à faire réparer (ressusciter) l'actuel... puis nous verrons.
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https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=292#1945
Our gene@home project (hosted by the University of Trento, Italy) has been chosen by AMD as a recipient for their COVID-19 HPC fund, see the official announcement https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund
We are really grateful to receive this donation, it will give us access to high performance computing nodes, boosting our research. More info and comments here: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
Notre projet gene@home (hébergé par l'Université de Trento, Italie) a été choisi par AMD comme bénéficiaire de son fonds COVID-19 HPC, voir l'annonce officielle https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund
Nous sommes vraiment reconnaissants de recevoir ce don, il nous donnera accès à des nœuds de calcul haute performance, dynamisant notre recherche. Plus d'informations et commentaires ici: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
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News : Paper published on IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=298#2008
Actualités : Article publié sur les transactions IEEE sur des sujets émergents en informatique
L'article suivant, «Un système informatique pour découvrir les relations causales entre les gènes humains pour améliorer le repositionnement des médicaments», est disponible dans la zone «Accès anticipé» sur IEEE Xplore.
Cet article a été accepté pour publication dans un prochain numéro de cette revue, mais n'a pas été édité et le contenu peut changer avant la publication finale. Cet article apparaît dans: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing , Digital Object Identifier: 10.1109 / TETC.2020.3031024.
Vous pouvez le trouver ici: https://ieeexplore.ieee.org/document/9224179 (voir cadre ci-dessous)
Merci à tous pour votre précieux soutien !
Un système informatique pour découvrir les relations causales entre les gènes humains afin d'améliorer le repositionnement des médicaments
Extrait :
La découverte automatique de relations causales entre les gènes humains peut éclairer les processus de régulation des gènes et guider le repositionnement des médicaments. À cette fin, une méthode lourde de calcul pour la découverte causale est distribuée sur une grille de calcul volontaire et, en tirant parti du sous-ensemble variable et de la stratification, s'avère utile pour étendre les réseaux locaux de régulation des gènes. Les données d'entrée sont des mesures purement observationnelles de l'expression des transcriptions dans les tissus humains et les lignées cellulaires collectées dans le cadre du projet FANTOM. Le système s'appuie sur la plateforme BOINC et sur un code client optimisé. La pertinence fonctionnelle des résultats, mesurée en analysant les annotations des interactions identifiées, augmente significativement par rapport à la simple corrélation de Pearson entre les transcriptions. Aditionellement, dans 82% des cas, les réseaux se chevauchent significativement avec les interactions protéine-protéine connues annotées dans les bases de données biologiques. Dans les deux études de cas présentées, cette approche a été utilisée pour élargir les réseaux de gènes associés à deux pathologies humaines sévères: le cancer de la prostate et la coronaropathie. La méthode a identifié respectivement 22 et 36 gènes à évaluer comme de nouvelles cibles pour des médicaments déjà approuvés, démontrant l'applicabilité efficace de l'approche dans les pipelines visant le repositionnement des médicaments.
Lien PDF complet (en anglais) : https://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=9224179
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Le projet est à sec ...
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Peut-être parce qu'AMD leur fait bénéficier de puissance de calcul ? https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund
:hello:
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Peut-être parce qu'AMD leur fait bénéficier de puissance de calcul ? https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund
:hello:
J'en ai parlé plus haut :
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=292#1945
Our gene@home project (hosted by the University of Trento, Italy) has been chosen by AMD as a recipient for their COVID-19 HPC fund, see the official announcement https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund
We are really grateful to receive this donation, it will give us access to high performance computing nodes, boosting our research. More info and comments here: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
Notre projet gene@home (hébergé par l'Université de Trento, Italie) a été choisi par AMD comme bénéficiaire de son fonds COVID-19 HPC, voir l'annonce officielle https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund
Nous sommes vraiment reconnaissants de recevoir ce don, il nous donnera accès à des nœuds de calcul haute performance, dynamisant notre recherche. Plus d'informations et commentaires ici: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
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modesti a posté dans le topic du RAID, mais pour info, un challenge Boincstat (https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1089) va démarrer demain à 13h00 (heure Paris).
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Ah nan, c'est pas moi :D Sans vouloir cafeter, c'est naz qui a trouvé ce challenge ;)
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Oups, désolé naz (si tu passes par là) :jap:.
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:jap:
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Et on est inscrit ? sur BoincStats ça dit que le founder doit inscrire son équipe aux challenges...
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Et on est inscrit ? sur BoincStats ça dit que le founder doit inscrire son équipe aux challenges...
Oui, j'ai vérifié ;)
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Et on est inscrit ? sur BoincStats ça dit que le founder doit inscrire son équipe aux challenges...
Depuis le temps tu devrais savoir que l'AF est inscrite d'office à tous les challenges ;)
:origin:
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Oh moi tu sais les choses qui se passent dans les hautes sphères, je m'intéresse pas trop :siflotte:
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50% Du projet effectué :kookoo:
http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php
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Du projet sur l'homme, il faut préciser. Il y a les autres études en attente ...
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Un peu d'info intéressante :kookoo:
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=255&postid=1632 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=255&postid=1632)
Ok, we don't have fancy graphs showing the workflow. The only informational page is https://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php, which shows some statistics about the currently running experiment.
BTW, the algorithm for generating workunits is rather complicated, i.e. it takes some time to generate a workunit and add it to the queue. With our current setup (hardware/software) we are able to create 294 workunits (588 results, because of the replication) every ~15 minutes, I let you do the math ;). This is our theoretical limit, when reached the queue will start to dry up.
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=317&postid=2373#2373 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=317&postid=2373#2373)
The current server is a virtualized 4 cores AMD Opteron with 4G RAM, not that easy to run a project on it. The new one, a Xeon Gold 6238R, is here. The project should be moved this October (hopefully). This won't, however, completely solve our (slow) work generation problem, we will gain some raw speed because of the upgraded hardware but the real change will be a new optimized and parallel generator (no ETA on this...).
The AMD funding is actually free access to some big computational resources (mainly devoted to machine learning). It's is a very useful asset for our research but not related to the BOINC server.
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Un peu d'info intéressante :kookoo:
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=255&postid=1632 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=255&postid=1632)
Ok, we don't have fancy graphs showing the workflow. The only informational page is https://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php, which shows some statistics about the currently running experiment.
BTW, the algorithm for generating workunits is rather complicated, i.e. it takes some time to generate a workunit and add it to the queue. With our current setup (hardware/software) we are able to create 294 workunits (588 results, because of the replication) every ~15 minutes, I let you do the math ;). This is our theoretical limit, when reached the queue will start to dry up.
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=317&postid=2373#2373 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=317&postid=2373#2373)
The current server is a virtualized 4 cores AMD Opteron with 4G RAM, not that easy to run a project on it. The new one, a Xeon Gold 6238R, is here. The project should be moved this October (hopefully). This won't, however, completely solve our (slow) work generation problem, we will gain some raw speed because of the upgraded hardware but the real change will be a new optimized and parallel generator (no ETA on this...).
The AMD funding is actually free access to some big computational resources (mainly devoted to machine learning). It's is a very useful asset for our research but not related to the BOINC server.
Ok, nous n'avons pas de graphiques fantaisistes montrant le flux de travail. La seule page d'information est https://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php, qui présente quelques statistiques sur l'expérience en cours.
L'algorithme de génération des unités de travail est assez compliqué, c'est-à-dire qu'il faut un certain temps pour générer une unité de travail et l'ajouter à la file d'attente. Avec notre configuration actuelle (matériel/logiciel), nous sommes capables de créer 294 unités de travail (588 résultats, à cause de la réplication) toutes les ~15 minutes, je vous laisse faire le calcul ;). C'est notre limite théorique, lorsqu'elle sera atteinte, la file d'attente commencera à se tarir.
Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)
Le serveur actuel est un AMD Opteron virtualisé à 4 cœurs avec 4G de RAM, pas très facile d'y faire tourner un projet. Le nouveau serveur, un Xeon Gold 6238R, est ici. Le projet devrait être déplacé en octobre (si tout va bien). Cependant, cela ne résoudra pas complètement notre problème de génération de travail (lent), nous gagnerons un peu de vitesse brute grâce au matériel amélioré, mais le véritable changement sera un nouveau générateur optimisé et parallèle (pas d'ETA sur ce point...).
Le financement d'AMD est en fait un accès gratuit à certaines ressources informatiques importantes (principalement consacrées à l'apprentissage automatique). Il s'agit d'un atout très utile pour notre recherche mais qui n'est pas lié au serveur BOINC.
Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)
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Des soucis de stockage sur l'infra de l'Université, qui par ricochet, mettent le projet à l'arrêt.
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=318#2384
:hello:
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J'en ai calculé deux sans problèmes cette nuit ...
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J'en ai calculé deux sans problèmes cette nuit ...
Et l’état du serveur est correcte.
https://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php (https://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php)
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Vous arriver à renvoyer vos résultats ? :??:
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Vous arriver à renvoyer vos résultats ? :??:
Tu utilises la dernière version de Boinc qui vient de sortir pour corriger les soucis de certificats ? :kookoo:
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Oui, même leur site rame à mort ... :/
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Oh ben moi sur le mac je peux plus rien renvoyer (ni récupérer) depuis mon retour de vacances fin août... (comme pour NSF, erreur bizarre)
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De mon coté, tout fonctionne...
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Problème de Mac a priori, j'en avais parlé sur le topic NFS et aussi sur le forum NSF (https://escatter11.fullerton.edu/nfs/forum_thread.php?id=810#2229) sans succès...
Le problème est exactement le même sur TN-Grid.
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Pour moi ça s'est décoincé tout seul et tout a été renvoyé en début de semaine dernière :)
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Problème de Mac a priori, j'en avais parlé sur le topic NFS et aussi sur le forum NSF (https://escatter11.fullerton.edu/nfs/forum_thread.php?id=810#2229) sans succès...
Le problème est exactement le même sur TN-Grid.
Un gars sur le fofo de TN-Grid m'a suggéré de faire un simple reset... et ça a marché :D
Et pareil sur NFS !
Ça tient à peu de choses des fois :siflotte:
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Bien que notre travail se concentre actuellement sur le génome de l'Homo sapiens, nous avons également mené récemment des expériences d'expansion génétique sur l'organisme Vitis vinifera. Nous sommes toujours en train d'évaluer ces résultats, en collaboration avec la Fondation Edmund Mach et l'Universitat de València (Espagne), en impliquant également quelques étudiants.
Nous avons le plaisir de vous informer que notre article "Vitis OneGenE : A Causality-Based Approach to Generate Gene Networks in Vitis vinifera Sheds Light on the Laccase and Dirigent Gene Families" a été publié dans Biomolecules dans le cadre du numéro spécial Gene Regulatory Networks Controlling Secondary Metabolism in Plants : Computational Approaches and Mechanistic Insights et est disponible en ligne : https://www.mdpi.com/2218-273X/11/12/1744
Merci à tous pour votre précieuse contribution !
http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=322#2411
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Il y a des petits soucis sur le SQL en ce moment, donc UT pas toujours disponibles et téléversements un peu bloqués (mais voulus).
Détails sur ce fil de leur forum (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=346&postid=2948).
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http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php (http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php)
Dernière ligne droite pour Homo Sapiens (OneGenE - FANTOM-1) !
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Ce qui n'est pas très clair c'est que sur le forum ils parlent plutôt d'autres type de tâches en cours... pour un projet mono-application je comprends pas trop.
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Storage problem (again)
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=365&postid=3095 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=365&postid=3095)
Comme vous le savez tous déjà, nous nous débattons constamment avec notre problème de stockage. L'Université en a acheté un nouveau et a planifié la procédure de déménagement. Le cluster HPC devrait être déplacé ce lundi (6 mars), les autres ressources suivront.
Je fermerai raisonnablement le serveur quand cela sera nécessaire, je vous dirai quand dès que je connaîtrai la date. En attendant, le générateur de travail ne sera actif que quelques heures par jour, donc très peu d'unités de travail seront disponibles.
Merci à tous pour votre compréhension et votre patience.
Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)
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Au moins on est sur que ce projet ne sera pas celui retenu pour le sprint qui commence ce soir pour le FB.
https://formula-boinc.org/sprint_v3.py?lang=fr&year=2023
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HOPELA !! joli le rappel !!! :D
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The end of the FANTOM-1 experiment
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367&postid=3133 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367&postid=3133)
À notre rythme actuel, les unités de travail restantes liées à la très longue et très intensive expérience OneGenE FANTOM-1 (commencée en mars 2018) seront distribuées dans plus ou moins deux jours. Ce sera la fin de ce travail.
Pour l'avenir du projet gene@home, veuillez consulter ce fil de discussion
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=366
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Ils prévoient une suite au projet si j'ai bien lu donc juste une coupure (pas trop longue j'espère), tout va bien :)
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Le projet sera intermittent ... :/
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Ça y est, je n'en chope plus :cry:
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Très brièvement, après la fin de l'expérience FANTOM, nous collecterons toutes les données et effectuerons des analyses statistiques et biologiques. Les objectifs seront une (ou plusieurs) publication et un service web pour mettre les résultats à la disposition de la communauté scientifique.
Pour l'avenir : nous jouons avec un tout nouveau jeu de données sur Vitis vinifera et nous continuerons probablement à faire quelque chose en rapport avec la souris. La principale nouvelle tâche devrait être liée aux données sur les cellules uniques (nous y travaillons encore).
Je pense qu'après la fin de FANTOM, il pourrait y avoir une période de pénurie d'unités de travail, mais j'espère que cela ne durera pas longtemps.
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Maintenance (filesystem and o.s.)
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=368&postid=3152 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=368&postid=3152)
Maintenant que notre file d'attente est vide, c'est le moment idéal pour basculer notre système de fichiers vers le nouveau et pour mettre à jour le système d'exploitation du serveur. Cela se fera probablement le 2 mai, pendant quelques jours. Pendant cette période, il se peut que le serveur soit indisponible pendant un certain temps. Après cela, si tout se passe bien, nous prévoyons de recommencer à distribuer le travail.
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https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=370
Le nouveau projet Vitis vinifera est en cours
Chers tous, je suis très heureuse d'annoncer qu'un nouvel ensemble de données transcriptomiques de Vitis vinifera (Vespucci) est désormais disponible pour l'expansion de OneGene. Le nombre d'expériences a plus que triplé. Nous continuons à utiliser les résultats des analyses précédentes, à trouver des associations de gènes très intéressantes et à produire des réseaux de gènes étonnants. Nous espérons maintenant les améliorer et les affiner grâce à cette nouvelle collection d'essais. Un grand merci à vous tous.
Si vous êtes intéressé par l'architecture de l'ensemble de données transcriptomiques, veuillez consulter l'article suivant : https://doi.org/10.3389/fpls.2022.815443
A l'heure où j'écris, 22k tâches en cours et 0 dispo.
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Leur serveur a toujours eu du mal à tenir la cadence pour fournir du travail ... :/
edit : leur générateur de travail ne peut produire que 600 WUs toutes les 15 minutes ...
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http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133)
As a follow-up, I would like to mention that all the results of the FANTOM-1 experiment have been collected and locally double-checked. A couple of gene expansions were "corrupted" probably because of the consequences of our faulty file-system. However, this issue has been fixed, and now all the data is available to the scientists. We are also working on setting up a suitable way to publish the results, which will include a dedicated web application and scientific publications.
Summertime is here, and related vacations will somewhat slow this process.
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http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133 (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133)
As a follow-up, I would like to mention that all the results of the FANTOM-1 experiment have been collected and locally double-checked. A couple of gene expansions were "corrupted" probably because of the consequences of our faulty file-system. However, this issue has been fixed, and now all the data is available to the scientists. We are also working on setting up a suitable way to publish the results, which will include a dedicated web application and scientific publications.
Summertime is here, and related vacations will somewhat slow this process.
En guise de suivi, je voudrais mentionner que tous les résultats de l'expérience FANTOM-1 ont été collectés et vérifiés localement. Quelques expansions de gènes ont été "corrompues", probablement à cause des conséquences de notre système de fichiers défectueux. Cependant, ce problème a été résolu et toutes les données sont maintenant disponibles pour les scientifiques. Nous travaillons également à la mise en place d'un moyen approprié pour publier les résultats, qui comprendra une application web dédiée et des publications scientifiques.
L'été est là, et les vacances qui en découlent ralentiront quelque peu ce processus.
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Summer break
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=374&postid=3270 (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=374&postid=3270)
Je viens de mettre les derniers gènes de Vitis vinifera dans notre file d'attente. Au rythme actuel, il faudra environ une semaine, peut-être moins, pour les distribuer tous. Les nouveaux ensembles de données ne sont pas encore prêts... De plus, je serai en vacances les deux prochaines semaines, et il ne serait pas souhaitable de commencer un nouveau travail sans avoir la possibilité de superviser facilement le système.
Par conséquent, dans quelques jours, le générateur de travail ne sera pas en mesure de produire de nouvelles tâches, seuls des renvois circuleront.
J'espère pouvoir redémarrer le système avec un nouveau projet au début du mois d'août.
Je vous remercie tous !
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:jap:
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Je n'ai plus de tâches, je pense que c'est à sec (état du serveur : prête à l'envoi = 0).
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Oui, ils font une pause estivale ...
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http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=374
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Oui, ils font une pause estivale ...
:jtevoivnir: tant que ça reprend à court terme :hyperbon:
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Pour ceux qui veulent, ils ont ouvert les vannes avec de nouvelles UT (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=379&postid=3324) (ils n'y en a pas beaucoup !).
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Ah enfin, bonne nouvelle ! :hyperbon:
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Anapu.
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Il y a du boulot (https://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php) sur le projet en ce moment (https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=349&postid=3071).
Pas de visu sur la durée par contre (cf lien).
Elles sont plutôt rapides.
Terminé et validé 972.37 970.19 23.37 gene@home PC-IM v1.10 (avx)
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Yanadéjaplu.
Mais bon de toutes façons c'est TdP, j'ai pas assez de puissance de feu.
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Merci :jap:
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Il y a eu un laché hier pendant à peine 30 minutes :kookoo:
20 Mar 2024, 15:03:53 UTC 21 Mar 2024, 7:10:29 UTC Terminé et validé 3,702.70 2,373.66 53.28 gene@home PC-IM v1.11 (avx)
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Oui vidées rapidement, j'en avait chopé environ 200.
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On a les deux machines qui en ont le plus téléchargé
http://gene.disi.unitn.it/test/top_hosts.php (http://gene.disi.unitn.it/test/top_hosts.php)
:siflotte:
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Sauf que derrière vous y'a un gars qui en a téléchargé un max sur plus de 10 machines :D
Et sinon ça a été dit (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=387) en effet.
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On a les deux machines qui en ont le plus téléchargé
http://gene.disi.unitn.it/test/top_hosts.php (http://gene.disi.unitn.it/test/top_hosts.php)
:siflotte:
J'ai constamment l'outil magique en attente de gavage d'UT, voulant approcher les 10M il me faut de plus gros batchs !