Interview de Natalia, co-admin du projet SiDock@home

[modesti]

Chère Monika,
voici une interview sur SiDock@home avec les questions que vous nous aviez posées sur RakeSearch. Je peux ajouter autre chose si vous le souhaitez.
Peut-être que les personnes voudront connaître la différence avec d'autres projets de recherche de médicaments. Vous pouvez me joindre ici ou par e-mail, comme vous le souhaitez!

Avec mes meilleurs vœux,
Natalia


- Pourriez-vous présenter l'équipe en charge du projet?

Notre équipe est internationale: russe et slovène. Côté slovène, Marko Jukić et Črtomir Podlipnik sont des chimistes travaillant dans la conception de médicaments. Côté russe, Natalia est mathématicienne et hoarfrost (Maxim) est programmeur, deux enthousiastes du calcul partagé. Ensemble, nous travaillons dans le but commun de développer des médicaments, avec pour première mission de combattre le coronavirus SARS-CoV-2.

- Où est situé/basé le projet?

Le serveur BOINC est situé dans un institut de recherche à Moscou, Russie. Toutefois, l'équipe se répartit sur plusieurs villes en Russie et en Slovénie. Nous avons également une bonne collaboration avec un groupe aux USA qui aide avec les essais en laboratoire.

- Quand et comment est née l'idée de ce projet?

En 2020, Marko Jukić et Črtomir Podlipnik ont lancé une initiative de développement de médicaments contre le SARS-CoV-2. Ils aimaient l'idée du calcul distribué et ont créé leur propre plateforme. Lorsque le flux de calcul s'est établi, nous avons cependant décidé d'amener le projet à une échelle mondiale avec l'aide précieuse de la communauté BOINC.

- Comment le définiriez-vous en quelques mots?

SiDock@home vise le criblage virtuel, une étape importante du développement des médicaments. Une vaste bibliothèque de composés chimiques est en cours de criblage contre des cibles médicamenteuses pertinentes. Les résultats les plus intéressants sont poursuivis. Un futur médicament peut être trouvé par un ordinateur de n'importe quel participant!

- Quel est le pourcentage d'avancement du projet, combien d'années sont encore prévues?

Nous pensons que SiDock@home sera un projet de longue haleine qui aidera à développer différents médicaments. De nouveaux défis et de nouvelles idées surgissent, et nous pensons qu'il y aura du travail pendant plusieurs années. La communauté apporte un soutien énorme par la puissance de calcul.

- Avez-vous d'autres idées de projets?

Natalia et hoarfrost soutiennent un autre projet, RakeSearch, dans le domaine des mathématiques combinatoires. Mais notre principal effort porte sur le projet biomédical SiDock@home. Il est très stimulant de contribuer à sauver la vie des gens, même si les résultats ne sont pas obtenus et confirmés aussi rapidement que dans un projet purement mathématique!

- Avez-vous pensé à créer une application GPU?

Oui, le groupe slovène travaille dessus et nous espérons dynamiser le projet avec des GPU.

- L'application a-t-elle des problèmes?

Le principal problème pour l'instant est lié aux bibliothèques Linux qui peuvent nécessiter un ajustement manuel. C'est ennuyeux et nous essayons de le résoudre. Nous souhaitons également prendre en charge d'autres plateformes dans un avenir proche.

- Dans quelques jours, nous prévoyons une action sur votre projet, qu'en pensez-vous?

Nous sommes heureux que SiDock@home suscite autant d'intérêt de la part de la communauté, et nous sommes heureux de recevoir une puissance de calcul supplémentaire! Le Charity Event nous aidera à mener à bien des expériences hautement prioritaires! Votre équipe et chaque participant sont toujours les bienvenus.

Avec mes meilleurs vœux,
Natalia


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Et voici la VO:
Dear Monika,

here is an interview about SiDock@home, with the questions that you asked us on RakeSearch. I can add anything if you wish.
Maybe the people will want to know the difference from other drug discovery projects. You can reach me here or by email, as you wish!

With best wishes,
Natalia


- Could you introduce the team that is in charge of the project?

Our team is international: Russia and Slovenia. On the Slovenian side, Marko Jukić and Črtomir Podlipnik are chemists working in drug design. On the Russian side, Natalia is a mathematician, and hoarfrost (Maxim) is a programmer, two enthusiasts in volunteer computing. Altogether, we collaborate on the joint aim of drug development, with the first mission of fighting coronavirus SARS-CoV-2.

- Where is the project located?

BOINC server is located in a research institute in Moscow, Russia. However, the team is distributed between several cities in Russia and Slovenia. We do also have a helpful collaboration with a group in the USA that helps in wet-lab testing.

- When and how was the idea of the project born?

In 2020, Marko Jukić and Črtomir Podlipnik started an initiative on drug development against SARS-CoV-2. They liked the idea of volunteer computing and implemented an own platform. However, when the computational workflow established, we decided to bring the project to a global scale with great help of the BOINC community.

- In a few words, how would you define it?

SiDock@home aims at virtual screening, an important stage of drug development. A large library of chemical compounds is being screened against relevant drug targets. The most interesting results proceed further. A future drug can be found by a computer of any participant!

- What is the percentage of progress of the project, how many years expected?

We expect SiDock@home to be a long-running project helping to develop different drugs. New challenges and ideas arise, so we believe there will be work for several years. The community brings enormous support by the computational power.

- Do you have any other ideas of projects?

Natalia and hoarfrost support another project, RakeSearch, in the field of combinatorial mathematics. But our main effort is on the biomedical project SiDock@home. It is very inspiring to help saving people's lives, even though the results are not so quickly obtained and confirmed as in a pure mathematical project!

- Have you thought about creating an application for GPU?

Yes, the Slovenian group works on it and we hope to boost the project with GPUs.

- Does the application have any issue?

The main issue for now is connected with Linux libraries which may need to be adjusted manually. It is annoying and we try to resolve it. We also want to support more platforms in the nearest future.

- In a few days our team is having an action on your project, what do you think about it?

We are happy that SiDock@home attracts so much interest of the community, and we are glad to receive extra computational power! The Charity Event will help us to complete experiments of a high priority! Your team and every participant are always highly welcome.

With best wishes,
Natalia

[naz]

Merci Modesti 
Très bel interview 

[Antares]

Goooooooooooooooooooooood!

[JeromeC]

[[AF>Amis de la Mer] ComteZera]

Merci 

[Oncle Bob]

 

[franky82]