Sujet: SiDock@home ( ex-SiDock@home (test) )

[Maeda]

Pareil ici, ça a bloqué quasi après un nombre d'UT égales au nombre de cœurs logiques... Ça sent la limitation. Va falloir pousser les vCPUs

[modesti]

J'voudrais pas dire, mais on est un peu beaucoup à la ramasse là
https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1094

Code: [Sélectionner]

Planet 3DNow! 1 3,325,648
TeAm AnandTech 2 1,851,548
SETI.Germany 3 1,501,055
Rechenkraft.net 4 1,418,874
SETI.USA 5 1,151,497
[H]ard|OCP 6 1,140,196
L'Alliance Francophone 7 482,630
Ukraine 8 390,467
BOINC.Italy 9 357,697
Metal Archives 10 228,742

Bon OK, je n'aide pas beaucoup, mais la demande forcée de SiDock a fait paniquer mon Boinc, du coup il est en train de finir les TN-Grid qu'il a chopées après le dernier sprint. Heureusement qu'elles sont plus courtes que les SiDock (~2h45 contre ~8h). Faudra attendre encore environ 24h pour que toutes les TN-Grid soient éclusées.

[[AF] fansyl]

J'ai une machine qui sort 12K journalier, j'ai d'autres objectifs perso avant le RAID d'automne 

Bravo à ceux qui contribuent au RAC de l'AF !

 

[DocPhilou1966]

J'voudrais pas dire, mais on est un peu beaucoup à la ramasse là
https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1094

Code: [Sélectionner]

Planet 3DNow! 1 3,325,648
TeAm AnandTech 2 1,851,548
SETI.Germany 3 1,501,055
Rechenkraft.net 4 1,418,874
SETI.USA 5 1,151,497
[H]ard|OCP 6 1,140,196
L'Alliance Francophone 7 482,630
Ukraine 8 390,467
BOINC.Italy 9 357,697
Metal Archives 10 228,742

Bon OK, je n'aide pas beaucoup, mais la demande forcée de SiDock a fait paniquer mon Boinc, du coup il est en train de finir les TN-Grid qu'il a chopées après le dernier sprint. Heureusement qu'elles sont plus courtes que les SiDock (~2h45 contre ~8h). Faudra attendre encore environ 24h pour que toutes les TN-Grid soient éclusées.

Faut vraiment un très grand nombre de participants / machines / cœurs pour sortir autant de crédits que les 1ers ...
à 06h00, 23 membres de l'AF avec des crédits, ça fait pas lourd.
 

[[AF] fansyl]

Etant donné que les tâches sont plus courtes que du WCG ARP, j'ai basculé quelques machines dans l'optique du RAID d'Automne dont l'annonce ne devrait plus tarder  (même si en vrai je n'en sais rien )

J'ai produit 20K hier.

 

[Fabrice.ltn]

Sidock ne récupère plus mes tâches terminées... ils ont fait une pause pour nettoyer les serveurs ? 

Il m'arrive la même chose sur SRBase, me direz-vous.

[JeromeC]

J'ai publié un message dans la section FAQ Technique qui visiblement a été évoqué ailleurs.

https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,8522.0.html

Y'a ptet un lien.

Et moi je viens de réaliser qu'ils ont jamais publié la dernière version macOS de leur application alors que les précédentes on l'avait
(j'ai posté sur leur forum)

[modesti]

Il y a effectivement un lien. Je viens de mettre une info glanée chez SG dans le topic cité par Jéjé

[Fabrice.ltn]

Merci, je regarde ça !

[JeromeC]

SiDock@home - Cible 11 - Sprot_delta_v1

Chers participants,

Nous poursuivons assidûment les calculs. Nous franchissons maintenant une série d'études sur les protéases pour explorer une nouvelle cible, la surface du domaine RBD (receptor-binding domain) Sprot interagissant avec ACE2. Il s'agit de la très discutée protéine "de crète" [spike protein] qui a également contribué à la dénomination du coronavirus. Nous nous concentrons ici sur le Sprot de la variante delta (B.1.617.2), plus précisément sur une structure Cryo-EM de Sprot avec un RBD en conformation haute. Dans les études comparatives des variants, nous tenterons de déterminer s'il existe une discrimination spécifique lors de la liaison de petits ligands. Cela pourrait nous aider à mieux comprendre cette surface PPI dans des études ultérieures et même à développer des sondes à petites molécules pour étudier ces interactions.

Merci à tous et nous attendons avec impatience de futures études ensemble !

Avec nos meilleurs vœux,
L'équipe SiDock@home

Oui, il faut un doctorat de biochimie moléculaire pour comprendre tout ceci

[[AF] Kalianthys]

Pour Info :

Demain 14 février, les serveurs de SiDock seront arrêtés une partie de la journée pour maintenance.
Donc pas d'inquiétude si vous ne recevez pas d'unités de travail.

Kali.

Dear all,

On February 14th, for about 08:00-20:00 UTC, the project server will be shut down for maintenance. We will upgrade hard drives to support larger loads.

All the best,
Team SiDock@home

[mamouth]

Et si c'est toujours down 3 jours plus tard on s'inquiète ? 

[[AF] Kalianthys]

Il y a eu une maintenance aussi hier (annoncée).

Ce matin le site était up.

Cette nouvelle coupure est donc pas inquiétante.

[JeromeC]

Petite news / statut d'avancement du projet publié sur le portail.

[fzs600]

Project status: March 2022
https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=195&postid=1570

Chère communauté SiDock@home,

Voici une mise à jour de nos travaux. Ce projet scientifique international de découverte
découverte de médicaments est en bonne voie pour atteindre sa première étape de
support expérimental pour les composés dockés. Nous travaillons d'arrache-pied
vers le traitement des données et les collaborations scientifiques qui peuvent nous aider à
à faire progresser les composés que nous proposons. Dans un avenir proche, nous préparerons
un compte rendu scientifique que vous pourrez suivre.

Ce projet international de découverte de médicaments est un merveilleux exemple de
communauté, de science citoyenne, de travail en équipe et de contribution au domaine de la
chimie médicinale dans le but ultime de contribuer à notre bien-être à tous.
bien-être de chacun d'entre nous. Nous sommes de tout cœur avec vous !
Nous vous remercions également pour l'aide et le soutien qui nous permettent de continuer.
Actuellement, nos serveurs sont situés en Russie et en Slovénie. Cela nous permet
de faciliter la répartition des tâches et la sauvegarde des résultats et nous espérons ajouter un
Nous espérons ajouter un troisième emplacement avec du matériel supplémentaire à l'avenir. En raison de la demande de la
demande de la communauté, nous prévoyons également d'ajouter le support officiel de Mac et ARM64
pour le logiciel sous-jacent CmDock.

De plus, nous continuons avec une nouvelle cible, toujours issue du pathogène SARS-CoV-2
à savoir nsp14. Elle est composée du domaine ExoN N-terminal
impliqué dans la relecture et le domaine C-terminal guanine N7 méthyl
transférase (N7-MTase) qui fonctionne dans l'encapsulation de l'ARNm.
Nous nous concentrons maintenant sur ce dernier.
Une fois cette cible atteinte, nous nous tournons vers une
cible thérapeutique potentielle de l'agent pathogène viral Ebola pour revenir
au SRAS-CoV-2 une fois cette cible atteinte.

Nous sommes engagés dans ce projet de découverte de médicaments et dans la communauté en ligne.
communauté en ligne, nous espérons l'élargir et nous sommes impatients de travailler et de découvrir
de nouvelles molécules et de nouveaux mécanismes d'action dans le futur.

Santé, chance et paix à tous !
Marko Jukic
 
Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

[[AF] Kalianthys]

Article publié sur la page Facebook : https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=4940540686060935&id=334052630043120

Kali

[franky82]

Article publié sur la page Facebook : https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=4940540686060935&id=334052630043120

Kali

  

[JeromeC]

Article publié sur la page Facebook : https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=4940540686060935&id=334052630043120

Kali

J'espère que tu mets un lien vers le portail

Comme ça le jour où FB sera éteint par les russes ou les chinois, notre portail sera sûrement toujours là

[JeromeC]

Ca vous est déjà arrivé d'avoir une tâche qui dure plus de 2 jours ?

Dans leur grande majorité elles sont sous la journée dans ma VM linux, assez rarement au dessus, j'ai pas l'impression de "voir" le % de progression évoluer (96.6%) mais je viens de trouver un fichier docking_out.log dans le slot (il y a plusieurs fichiers régulièrement mis à jour, ça a l'air de bosser quoi) où je vois 

Code: [Sélectionner]

Average duration per ligand:  549.568 second(s)
Approximately 17 record(s) remaining, will finish Wed Jun 22 18:01:28 2022
Il lui prédit encore 3 jours, ça ferait 5 jour au total si elle se termine !!!


Edith : mmmm elle s'est terminée après 2j 10h. 1500 crédit  

[zOU]

[error] Bad signature for URL https://boinc.loda-lang.org/loda/   
Le RAID commence bien

[JeromeC]

On est chez sidock ici

[PhilTheNet]

"Hum, nous ne parvenons pas à trouver ce site.

Impossible de se connecter au serveur à l’adresse www.sidock.si."

Ca sent l'oubli de renouvellement de nom de domaine par ici...

Confirmation:
Hier: si.         1800   IN   SOA   b.dns.si. dns.register.si. 1667908825 3600 1800 720000 3600

Now:sidock.si.      300   IN   A   83.149.227.88


 

[JeromeC]

Je sais pas trop ce que ça veut dire mais ils parlent de ça sur le forum Sidock :

SiDock@home - Release CmDock v 0.2.0

Chère communauté SiDock@home,

CmDock 0.2.0 est disponible :

- Générateur de nombres aléatoires cohérent sur toutes les plates-formes (implémentation personnalisée des fonctions de densité de probabilité) ; nouveau commutateur -x défini, qui active cette fonctionnalité.
- Pipeline IC avec tests de régression
- Journalisation dans cmcavity
- Implémentation dans cmcavity des volumes de cavités dans InsightII (-I) ou MRC 2014 (-M).
- Cartographie complète de la surface des protéines
- Plugin GUI de Pymol pour vos projets de démo/enseignement/visualisation/recherche

Vous pouvez l'obtenir à l'adresse suivante
https://gitlab.com/Jukic/cmdock/

Joyeuses fêtes à tous !
et bonne santé !

Marko & l'équipe CmDock & l'équipe SiDock@home

Je comprends "un outil qu'on peut utiliser", mais ça veut pas dire "une nouvelle appli du projet pour boinc" a priori.

En revanche en regardant la page appli j'ai vu ceci :

Code: [Sélectionner]

Linux running on OpenWrt 2.01 14 Sep 2022, 9:05:07 UTC
donc une appli linux pour

OpenWrt est une distribution GNU/Linux minimaliste pour matériel embarqué. Historiquement développée pour remplacer le firmware des routeurs basés sur des systèmes sur une puce Broadcom, OpenWrt fournit une interface Web avec le firmware Whiterussian et Kamikaze via les projets X-Wrt et LuCI

Genre pour le mettre sur un drone suicide ukrainien ?

[fzs600]

Je sais pas trop ce que ça veut dire mais ils parlent de ça sur le forum Sidock :

SiDock@home - Release CmDock v 0.2.0

Chère communauté SiDock@home,

CmDock 0.2.0 est disponible :

- Générateur de nombres aléatoires cohérent sur toutes les plates-formes (implémentation personnalisée des fonctions de densité de probabilité) ; nouveau commutateur -x défini, qui active cette fonctionnalité.
- Pipeline IC avec tests de régression
- Journalisation dans cmcavity
- Implémentation dans cmcavity des volumes de cavités dans InsightII (-I) ou MRC 2014 (-M).
- Cartographie complète de la surface des protéines
- Plugin GUI de Pymol pour vos projets de démo/enseignement/visualisation/recherche

Vous pouvez l'obtenir à l'adresse suivante
https://gitlab.com/Jukic/cmdock/

Joyeuses fêtes à tous !
et bonne santé !

Marko & l'équipe CmDock & l'équipe SiDock@home

Je comprends "un outil qu'on peut utiliser", mais ça veut pas dire "une nouvelle appli du projet pour boinc" a priori.

En revanche en regardant la page appli j'ai vu ceci :

Code: [Sélectionner]

Linux running on OpenWrt 2.01 14 Sep 2022, 9:05:07 UTC
donc une appli linux pour

OpenWrt est une distribution GNU/Linux minimaliste pour matériel embarqué. Historiquement développée pour remplacer le firmware des routeurs basés sur des systèmes sur une puce Broadcom, OpenWrt fournit une interface Web avec le firmware Whiterussian et Kamikaze via les projets X-Wrt et LuCI

Genre pour le mettre sur un drone suicide ukrainien ?

Je suppose que c'est cette nouvelle application.
https://www.sidock.si/sidock/apps.php
J'en ai récupéré 2.

7 Jan 2023, 3:04:26 UTC    7 Jan 2023, 6:39:27 UTC    Terminé et validé    8,371.72    8,237.60    65.90    CurieMarieDock 0.2.0 long tasks v2.00
x86_64-pc-linux-gnu

7 Jan 2023, 3:04:18 UTC    7 Jan 2023, 6:46:10 UTC    Terminé et validé    7,516.59    7,386.45    59.38    CurieMarieDock 0.2.0 long tasks v2.00
x86_64-pc-linux-gnu

[JeromeC]

Non c'est pas la même, celle que je cite est une "CurieMarieDock on BOINC + zipped input, checkpoints and progress bar", mais tu me montres qu'il y a une nouvelle appli "CurieMarieDock 0.2.0 long tasks" publiée hier qui tourne pour win et linux, coolio