BOINC@TACC

[JeromeC]

A dans 6 mois pour les prochaines !!

[fzs600]

Voici un article sur la recherche sur le vaccin COVID-19 pour lequel BOINC@TACC et d'autres systèmes TACC sont utilisés:
https://elpasoheraldpost.com/utep-school-of-pharmacy-developing-covid-19-vaccine-drug-treatments-using-supercomputing/

[JeromeC]

Des recherches sont en cours à l'école de pharmacie de l'université du Texas à El Paso pour mettre au point des vaccins et des médicaments antiviraux pour combattre le nouveau coronavirus dans un délai de 15 mois à deux ans.

Suman Sirimulla, Ph.D., professeur assistant en sciences pharmaceutiques à l'UTEP, dirige un groupe de chercheurs expérimentaux pour développer virtuellement la structure moléculaire d'un inhibiteur de protéase qui ciblerait le coronavirus, qui provoque le COVID-19, une maladie respiratoire qui peut se transmettre d'une personne à l'autre.

"Les membres défaillants de l'UTEP font progresser la découverte de valeur publique", a déclaré la présidente de l'UTEP, Heather Wilson. "Nous attendons beaucoup des recherches du Dr Sirimulla et nous attendons avec impatience qu'il mette au point des thérapies pour combattre la nouvelle infection à coronavirus".

Sirimulla collabore avec les membres du corps professoral de l'UTEP Md Nurunnabi, Ph.D., professeur adjoint de sciences pharmaceutiques, et Manuel Llano, M.D., Ph.D., professeur associé au département des sciences biologiques ; et Tudor I. Oprea, professeur de médecine et chef de la division d'informatique translationnelle du département de médecine interne de l'université du Nouveau-Mexique.

En utilisant des méthodes informatiques, Sirimulla assemble de petites molécules pour créer des inhibiteurs de protéines virales - plus précisément, des inhibiteurs qui se lieront à la protéine S du coronavirus, ou protéine de pointe, et l'empêcheront de s'attacher aux cellules saines et de les infecter. Il développe également des inhibiteurs de la protéase principale du coronavirus, qui est une cible intéressante en raison de son rôle essentiel dans le traitement des polyprotéines qui sont traduites à partir de l'ARN viral. Les scientifiques pourront utiliser le nouvel inhibiteur de protéase pour développer des médicaments efficaces contre le COVID-19.

"Le coronavirus cible les enzymes ACE2 et TMPRSS2 des cellules respiratoires et utilise la protéine de pointe pour s'y fixer", a déclaré
Photo avec l'aimable autorisation de l'UTEP

Sirimulla, un chimiste informaticien ayant plus de 10 ans d'expérience dans la recherche sur la découverte de médicaments. "Une fois que le virus pénètre dans la cellule, il commence à se répliquer. Ce que nous essayons de faire, c'est de cibler les enzymes ARN-polymérases ARN-dépendantes du virus qui sont impliquées dans la réplication du virus".

Sirimulla effectue des simulations par l'intermédiaire du Texas Advanced Computing Center (TACC) de l'Université du Texas, qui fournit aux chercheurs des systèmes de calcul, de visualisation scientifique et de stockage de données de haute performance. Sirimulla simulera l'interaction entre les molécules et les protéines virales afin de mieux comprendre et d'affiner le processus de liaison. Il utilisera également des algorithmes d'intelligence artificielle qui recommanderont les molécules à utiliser.

Le processus de développement d'un nouveau médicament peut prendre jusqu'à 10 ans. Toutefois, en raison de l'urgence de produire de nouvelles thérapies médicamenteuses pour traiter le COVID-19, M. Sirimulla a déclaré qu'ils peuvent avoir un vaccin ou un médicament antiviral prêt dans 15 mois à 2 ans.

Les virologistes de l'UTEP et d'autres universités valideront les résultats de Sirimulla par des procédures expérimentales dans leurs laboratoires.

En attendant, M. Llano a déclaré qu'il mettrait au point un test qui, en l'absence du virus, leur permettrait de tester les prévisions de Sirimulla.

Pour accélérer le processus de conception, Sirimulla sélectionne de grandes quantités de molécules - plus d'un milliard de composés - qui peuvent être facilement synthétisées et sont disponibles par le biais de bibliothèques chimiques en ligne.

Son objectif est de trouver des molécules qui contiennent des composés susceptibles de produire la réponse biologique appropriée et d'inhiber la propagation du coronavirus.

Sirimulla fait également appel à des volontaires dans le cadre de BOINC@TACC, un projet qui intègre le calcul bénévole et les superordinateurs du TACC.

Les volontaires qui rejoignent BOINC@TACC pourront exécuter l'application de Sirimulla sur leurs ordinateurs et l'aider à parcourir les milliards de molécules disponibles dans les bibliothèques en ligne.

C'est gentil ils parlent de nous !! enfin de notre bonne volonté quoi, parce que les tâches TACC.......

[fzs600]

Donc le projet est stable, maintenant il faut le déplacer,mais dans quelle catégorie Annonces ou multi-catégories ?
A vous les studios.

[JeromeC]

Ben si tant est qu'on puisse considérer qu'un projet qui n'envoie (pratiquement) jamais de tâches est "stable"

Là ils parlent de bio-médical. Mais le principe de TACC c'est faire "un peu tout est n'importe quoi" dans l'absolu non ? tout ce que leur super-calculateur pourrait pas traiter ? (sur le principe, une fois de plus)

[fzs600]

Ben si tant est qu'on puisse considérer qu'un projet qui n'envoie (pratiquement) jamais de tâches est "stable"

Là ils parlent de bio-médical. Mais le principe de TACC c'est faire "un peu tout est n'importe quoi" dans l'absolu non ? tout ce que leur super-calculateur pourrait pas traiter ? (sur le principe, une fois de plus)

Ce n'est plus un "nouveau projet" donc il n'a plus de raison a priori de rester dans la section "nouveau projet" suis-je plus claire ? 

[JeromeC]

Tu es très Claire, Simone

Et concernant le "tout est n'importe quoi" ?

[fzs600]

Et concernant le "tout est n'importe quoi" ?

D'où le déplacement dans la section multi-catégorie BOINC@TACC ne faisant probablement pas que de la biologie. 

[JeromeC]

[fzs600]

De temps en temps. 

14 Oct 2020, 1:49:46 UTC    15 Oct 2020, 10:58:56 UTC    Terminé et validé    135.39    56.13    3.71    boinc2docker v1.07 (vbox64_mt)
windows_x86_64

[JeromeC]

Ah c'est vrai c'est que du VB, donc c'est mort pour mes 2 VM linux...

[Maurice Goulois]

Ça me rappelle un peu Superlink@Technion non très périodique

[franky82]

Email reçu

Dear Volunteers,

We are happy to announce that BOINC@TACC is back into production. Also, we would like to urge you to remove and re-attach the project from BOINC manager since the keys have been changed. Looking forward to see you all at BOINC@TACC.

Thanks for your patience and support!
BOINC@TACC Team

Chers volontaires,

Nous sommes heureux d'annoncer que BOINC@TACC est à nouveau en production. Aussi, nous aimerions vous demander de retirer et de rattacher le projet du gestionnaire BOINC puisque les clés ont été changées. Au plaisir de vous voir tous à BOINC@TACC.

Merci pour votre patience et votre soutien !
L'équipe BOINC@TACC

[JeromeC]

Retirer / rattacher : si on est sous SAM, faut donc enlever dans SAM / synchronizer / remettre / synchronizer, je suppose.

Et je suppose que si on le fait pas (SAM ou pas SAM) il y aura des erreurs dans le manager lors de la mise à jour du projet ?

[fzs600]

 

[[AF] fansyl]

Oui j'ai du boulot sur une de mes machines. Une seule alors que les réglages sont identiques sur toutes...
Pas grave, en espérant que les UTs concernent le COVID comme au mois d'avril 2020 : https://boinc.tacc.utexas.edu/news.php

[JeromeC]

Comme qui dirait l'impression que y'en a déjà plus...

[fzs600]

Site introuvable.
Bientôt en projet terminé. 

[[AF] Kalianthys]

Une personne a tenter d'avoir des info et voici la réponse recu :

Le projet BOINC@TACC a été interrompu. Le responsable du projet a été transféré dans une autre institution et nous n'hébergeons plus la recherche. Merci.

--
Virginia Trueheart, MSIS

Donc c'est bien officier. Projet terminé.
Lu ici : http://wuprop.boinc-af.org/forum_thread.php?id=621#9299

Kali.