Auteur Sujet: Quarantine@Home  (Lu 451 fois)

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fzs600

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Quarantine@Home
« le: 16 mai 2020 à 16:43 »
                                                                                                     



Projet non-boinc mais qui, peut-etre pourrait le devenir,Rechenkraft.net, y travail  donc je met ça la.
https://quarantine.infino.me/

Projet personnel développer par Dr Clinton Mielke https://twitter.com/subC0smos

La réponse de Rechenkraft au docteur clinton.
Citer
To acquire maximum compute power, I suggest to you to setup this project as a BOINC-based DistributedComputing effort rather than as a stand alone client. Docker can be combined with BOINC. We will help you regarding compute power & project publicity. Rechenkraft (MW)



« Modifié: 16 mai 2020 à 16:46 par fzs600 »

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franky82

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Re : Quarantine@Home
« Réponse #1 le: 16 mai 2020 à 18:08 »
C'est exactement la même chose que OpenPandemics de WCG !?  :eek:
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fzs600

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Re : Re : Quarantine@Home
« Réponse #2 le: 16 mai 2020 à 18:46 »
C'est exactement la même chose que OpenPandemics de WCG !?  :eek:
A lire ceci pas tout a fait.
Citer
quarantine@Home est un projet de calcul distribué (comme SETI@home) pour lutter contre la pandémie virale COVID19. D'autres projets comme Folding@home et Rosetta@home mènent également des expériences importantes.

Ce projet mène un autre type d'expérience. Au lieu de plier de grosses protéines, nous fixons des composés de petites molécules à des protéines qui sont importantes pour l'infection. Le logiciel que nous utilisons est Autodock

Les petites molécules sont tirées de la base de données de l'UCSF Zinc, qui a commodément divisé ces ligands en "tranches" en fonction de leurs propriétés physiques. Afin de réduire la charge sur la base de données, les clients sont programmés pour télécharger et calculer des tranches individuelles à la fois.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)
https://github.com/cjmielke/quarantineAtHome

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franky82

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Re : Quarantine@Home
« Réponse #3 le: 16 mai 2020 à 19:05 »
Pourtant OpenPandemics utilise AutoDock et une base de données UCSF Zinc !  :D

extrait stderr.txt :
Citer
<core_client_version>7.16.6</core_client_version>
<![CDATA[
<stderr_txt>
INFO:[19:29:31] Start AutoGrid...

autogrid4: Successful Completion.
INFO:[19:31:18] End AutoGrid...
INFO:[19:31:32] Start AutoDock for ZINC000347503096-ACR3.39_RX1--4mm3_001_tyr264-HO--CYS112_wcgsplit2.dpf(Job #0)...
INFO: In AutoDock main_autodock()
Beginning AutoDock...
INFO: Setting num_generations: 27000
About to enter main loop...(dockings already completed: 0)
INFO:[19:35:03] Finished Docking number 0
INFO:[19:38:27] Finished Docking number 1
INFO:[19:41:46] Finished Docking number 2
AG Check: Found map file receptor.A.map.
INFO:[20:00:19] Start AutoDock for ZINC000347503096-ACR3.39_RX1--4mm3_001_tyr264-HO--CYS112_wcgsplit2.dpf(Job #0)...
INFO: In AutoDock main_autodock()
Beginning AutoDock...
INFO: Setting num_generations: 27000
...
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fzs600

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Re : Quarantine@Home
« Réponse #4 le: 16 mai 2020 à 19:41 »
AutoDock est un logiciel de simulation de modélisation moléculaire. Il est particulièrement efficace pour l'amarrage protéine-ligand. AutoDock 4 est disponible sous la licence publique générale GNU. AutoDock est l'une des applications logicielles d'accueil les plus citées dans la communauté des chercheurs.

Ce n'est parce que tu utilise Autodock et la base de donnée UCSF Zinc que tu cherche la même chose OpenPandemics.   :D

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franky82

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Re : Quarantine@Home
« Réponse #5 le: 16 mai 2020 à 19:51 »
Enfin le but est assez proche : trouver une molécule (médicament, vaccin) qui pourrait bloquer le coronavirus !
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toTOW

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Re : Quarantine@Home
« Réponse #6 le: 16 mai 2020 à 21:59 »
On fait déjà tout ça sur FAH et ailleurs ...

Il y a meme d'autres projets BOINC qui utilisent déjà Autodock, il devrait s'associer à eux ...
FAH-Addict, première source d'information francophone sur le projet Folding@Home.

ousermaatre

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Re : Quarantine@Home
« Réponse #7 le: 17 mai 2020 à 01:41 »
oui, ce serait une bonne chose, mais les associations ne se font pas toujours.

JeromeC

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Re : Quarantine@Home
« Réponse #8 le: 17 mai 2020 à 19:42 »
... ce sont même parfois la cause des échecs :D
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.