Microbiome Project

[ousermaatre]

https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=625


By: The Microbiome Immunity Project research team
11 mai 2020    

Récapitulatif
Research in the time of a pandemic is more important than ever. Here's how the Microbiome Immunity Project team is making continued progress while working from home.



Trillions of bacteria live inside and on our bodies. The Microbiome Immunity Project is using the computational power of World Community Grid to study the proteins produced by these bacteria, which are encoded in their genomes. This helps scientists understand the role of the microbiome in disease.

We want to thank all of our volunteers for their help with donating valuable computer time! So far, we have run more than 300,000 protein sequences through our pipeline. With the predicted models and our new method for functional annotation, we have finally started a deeper dive into analyzing our data!

The Context



The Microbiome Immunity Project spring meeting was virtual instead of in-person this year. 
Top row (left to right): Mary Maranga, Richard Bonneau, Tomasz Kościółek
Middle row (left to right): Julia Koehler Leman, Paweł Szczerbiak, Daniel Berenberg
Bottom row (left to right): Douglas Renfrew, Vladmir Gligorijevic, Chris Chandler
Not pictured: Tommi Vatanen

We were supposed to meet in New York City in March for our regular research general meeting. However, due to the COVID-19 pandemic, this meeting could not happen in person. Instead, we had several-hour long video calls through Zoom on those three days, March 18-20. Researchers from the USA (New York), Poland, and New Zealand participated in the meeting. Finding a time that worked for everyone in those three different time zones across the globe was hard, but we pulled it off.

The Progress

Our paper about functional annotation from sequence and structure (you can check out a preprint here) has been submitted and is currently under review. We're keeping our fingers crossed for positive reviews!

We are also working on two more papers that dive into the data collected throughout this project, both experimental and our predictions. For this, we started working on a database that makes this data easily accessible and analyzable to us as a group, and later to the general scientific community and to all of you! Much work is still to be done, but let us assure you that we are making progress. To tackle these challenges, we also have some new members in our group that can help us. The Polish team is getting bigger by an additional graduate student and postdoctoral fellow and our NYC team has another software engineer who helps us with setting up the databases. Welcome to our team: Paweł, Mary, and Chris.

In other milestone news, research team member Bryn Taylor successfully defended her PhD thesis on April 14. In keeping with the times, her defense was conducted via Zoom which meant that a large group of family, friends, and colleagues could attend. Congratulations, Dr. Taylor!

Our research activities have always involved remote work and online communication. In these trying times we are working as hard as ever, and we are hoping that all World Community Grid volunteers are taking measures to stay safe and healthy. We thank you for your continued support!

[franky82]

OK, je m'en occupe, tout à l'heure ! 

[naz]

Du concret! Un sérieux et très beau projet 

[Zarck]

Par: L'équipe de recherche du Microbiome Immunity Project
11 mai 2020

Récapitulatif
La recherche en période de pandémie est plus importante que jamais. Voici comment l'équipe du Projet d'immunité au microbiome progresse continuellement tout en travaillant à domicile.

Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul de World Community Grid pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela aide les scientifiques à comprendre le rôle du microbiome dans la maladie.

Nous tenons à remercier tous nos bénévoles pour leur aide dans le don de précieux temps d'ordinateur! Jusqu'à présent, nous avons exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans notre pipeline. Avec les modèles prédits et notre nouvelle méthode d'annotation fonctionnelle, nous avons enfin commencé une plongée plus profonde dans l'analyse de nos données!

Le contexte

La réunion de printemps du Microbiome Immunity Project a été virtuelle plutôt qu'en personne cette année.
Rangée du haut (de gauche à droite): Mary Maranga, Richard Bonneau, Tomasz Kościółek
Rangée du milieu (de gauche à droite): Julia Koehler Leman, Paweł Szczerbiak, Daniel Berenberg
Rangée du bas (de gauche à droite): Douglas Renfrew, Vladmir Gligorijevic, Chris Chandler
Pas sur la photo: Tommi Vatanen



Nous devions nous réunir à New York en mars pour notre assemblée générale de recherche régulière. Cependant, en raison de la pandémie de COVID-19, cette réunion n'a pas pu avoir lieu en personne. Au lieu de cela, nous avons eu des appels vidéo de plusieurs heures via Zoom au cours de ces trois jours, du 18 au 20 mars. Des chercheurs des États-Unis (New York), de Pologne et de Nouvelle-Zélande ont participé à la réunion. Trouver un moment qui a fonctionné pour tout le monde dans ces trois fuseaux horaires différents à travers le monde a été difficile, mais nous l'avons réussi.

Le progrès

Notre article sur l'annotation fonctionnelle de la séquence et de la structure (vous pouvez consulter une préimpression ici) a été soumis et est actuellement en cours de révision. Nous croisons les doigts pour des critiques positives!

Nous travaillons également sur deux autres articles qui plongent dans les données collectées tout au long de ce projet, à la fois expérimentales et nos prévisions. Pour cela, nous avons commencé à travailler sur une base de données qui rend ces données facilement accessibles et analysables pour nous en tant que groupe, puis pour la communauté scientifique générale et pour vous tous! Beaucoup de travail reste à faire, mais assurons-nous que nous progressons. Pour relever ces défis, nous avons également de nouveaux membres dans notre groupe qui peuvent nous aider. L'équipe polonaise s'agrandit grâce à un étudiant diplômé supplémentaire et un stagiaire postdoctoral et notre équipe de NYC a un autre ingénieur logiciel qui nous aide à mettre en place les bases de données. Bienvenue dans notre équipe: Paweł, Mary et Chris.

Dans d'autres nouvelles marquantes, Bryn Taylor, membre de l'équipe de recherche, a défendu avec succès sa thèse de doctorat le 14 avril. Conformément à l'époque, sa défense a été menée via Zoom, ce qui signifiait qu'un grand groupe de famille, d'amis et de collègues pouvait y assister. Félicitations, Dr Taylor!

Nos activités de recherche ont toujours impliqué le travail à distance et la communication en ligne. En ces temps difficiles, nous travaillons aussi dur que jamais et nous espérons que tous les volontaires du World Community Grid prennent des mesures pour rester en sécurité et en bonne santé. Nous vous remercions pour votre soutien continu!

[franky82]

Article traduit et publié sur le portail : https://www.boinc-af.org/wcg-le-microbiome-immunity-project-doit-continuer.html 
(désolé, je n'avais pas vu le post de @Zarck  )

[ousermaatre]

merci à tous

[[AF>Amis des Lapins] Jean-Luc]

Merci à vous.

[ousermaatre]

J'ai placé la suite de la discussion là: https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,7581.msg501109.html#msg501109