Auteur Sujet: Lancement de l'application Covid-Phym  (Lu 1478 fois)

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fzs600

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franky82

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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #1 le: 24 April 2020 à 14:19 »
Premier lien : https://ibercivis.es/project/proyecto-covid-phym/

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PROJET COVID-PHYM
Aidez-nous à bloquer le mécanisme de réplication du virus SARS-CoV-2.


À propos du projet
- N'importe qui peut collaborer depuis chez lui en téléchargeant un programme informatique et en laissant son ordinateur effectuer des opérations de calcul.
- L'objectif est d'étudier si des médicaments déjà utilisés contre Ebola ou la grippe peuvent inhiber la réplication du virus.
- Les ordinateurs des volontaires formeront un réseau informatique distribué avec une puissance de calcul similaire à celle d'un supercalculateur.


Trouver un médicament utilisé dans le traitement d'autres maladies virales agissant contre le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) est l'objectif du projet de science citoyenne COVID-PHYM , promu par le Conseil supérieur de la recherche scientifique (CSIC) et la Fondation Ibercivis . Étant donné que certains médicaments utilisés se sont déjà révélés suffisamment sûrs pour la santé humaine, ils peuvent être disponibles pour traiter les patients atteints de COVID-19 beaucoup plus tôt qu'un nouveau composé et accélérer ainsi le contrôle de la pandémie.

Dans ce contexte , le groupe Biophym de l'Institut de la structure de la matière du CSIC a proposé d' effectuer des simulations de l'interaction des médicaments utilisés contre Ebola, l'infection à VIH, la grippe ou l'hépatite B avec le mécanisme de réplication du génome du Virus SARS-Co-V . Pour ce faire, il recourra aux techniques informatiques et à l'aide des ordinateurs de milliers de bénévoles connectés via la plateforme informatique distribuée d'Ibercivis . Ces opérations montreront si l'une des molécules parvient à inhiber une protéine clé dans la multiplication du virus appelée «ARN polymérase ARN dépendante». D'être comme ça,le médicament deviendrait un candidat idéal pour les tests dans les essais cliniques humains.

Clés pour bloquer le virus

"La possession de médicaments efficaces contre le coronavirus est essentielle pour réduire la gravité et la mortalité de la maladie", explique Javier Martínez de Salazar, chef du groupe Biophym. "La protéine choisie comme cible joue un rôle central dans la réplication et la transcription du matériel génétique du virus; S'il est neutralisé, il peut ralentir la propagation du virus dans le corps et aider à la guérison », ajoute-t-il. Cependant, prévient-il, "rechercher un composé capable de neutraliser une protéine spécifique, c'est comme essayer un grand nombre de clés pour ouvrir une serrure et, lorsque ce processus est simulé par ordinateur, il nécessite une grande puissance de calcul".

"Comme une clé dans une serrure, l'efficacité d'un médicament dépend de la façon dont sa structure s'adapte à celle de la zone où la protéine développe son activité", ajoute-t-il. "Il existe des modèles basés sur la physique et la chimie qui peuvent prédire l'efficacité des composés à l'aide de techniques de calcul - appelées in silico - avant de les tester dans des essais cliniques. Mais ces modèles impliquent d'effectuer des centaines de milliers de calculs pour mesurer la force de l'interaction de chacune des associations possibles entre le médicament et la protéine ", explique Javier Ramos Díaz, l'un des chercheurs du groupe.



Un supercalculateur citoyen contre la pandémie
Un ordinateur conventionnel prendrait plusieurs années pour exécuter les calculs nécessaires à la réalisation de l'enquête. Par conséquent, le projet bénéficiera du soutien des milliers d'ordinateurs personnels qui font partie de la plate-forme informatique distribuée d'Ibercivis («Ibercivis BOINC») , à laquelle toute personne souhaitant collaborer peut adhérer. Les opérations seront divisées en petits colis qui seront envoyés à chaque appareil. De cette manière, une capacité de calcul similaire à celle d'un supercalculateur sera atteinte et toutes les activités du projet pourront être réalisées.

Les bénévoles doivent uniquement télécharger le programme BOINC, une application open source développée par l'Université de Berkeley, et rejoindre «Ibercivis BOINC» au moment de l'installation. Ce faisant, ils pourront facilement choisir quand et comment participer. Par exemple, quiconque ne souhaite pas que la capacité de calcul de son ordinateur soit affectée lors de son utilisation, il suffit de quitter la configuration par défaut pour que le programme ne s'exécute qu'en temps de pause, lorsque l'économiseur d'écran saute.

Lorsque BOINC est activé, l'ordinateur recevra une collection de données et des instructions pour l'analyser. Les résultats obtenus seront restitués au projet pour être étudiés par l'équipe de recherche.


De la recherche de la vie extraterrestre à la lutte contre le coronavirus
Francisco Sanz , directeur exécutif d'Ibercivis, précise que «loin d'être une expérience, l'informatique distribuée est une réalité qui au cours des deux dernières décennies a permis le développement de nombreuses investigations nécessitant une grande capacité de traitement. Le programme BOINC a été créé en 2002 pour aider le projet SETI à analyser un énorme volume de signaux radio provenant de l'espace et à y trouver des preuves de vie extraterrestre. Depuis lors, il a été utilisé dans des domaines aussi divers que la physique, les mathématiques, la climatologie ou l'astrophysique . Grâce à la collaboration volontaire de tous, il peut désormais devenir un outil de plus pour trouver des solutions permettant de faire face à la crise provoquée par le coronavirus. »

Bien qu'elle se consacre actuellement à la promotion de toutes sortes d'initiatives de science citoyenne, la Fondation Ibercivis trouve son origine dans les premières initiatives d'informatique distribuée lancées en Espagne. Son infrastructure basée sur BOINC compte plus de 20 000 bénévoles qui transmettent la puissance de calcul de leurs ordinateurs et a soutenu plus de 15 projets de recherche.
L' Institut de bioinformatique et de physique des systèmes complexes (BIFI ) de l' Université de Saragosse, le CSIC, le CIEMAT et RedIRIS ont collaboré sur cette plateforme . Les trois premiers font partie du conseil d'administration de la Fondation, créé en 2011, en collaboration avec le ministère des Sciences et de l'Innovation, la Fondation de la ville de la connaissance de Saragosse et le gouvernement d'Aragon.

Dans ce projet, Ibercivis a la collaboration de la chaîne BOINC et de l' Association pour la promotion de la recherche scientifique à domicile .
Pour plus d'informations, un document informatif a été préparé sur le virus SARS-CoV-2, son mécanisme de reproduction et l'approche scientifique du projet.


Comment à se joindre au projet?

Lorsque BOINC est activé, l'ordinateur recevra une collection de données et des instructions pour l'analyser. Les résultats obtenus seront restitués au projet pour être étudiés par l'équipe de recherche.

- Téléchargez et installez BOINC à partir de https://boinc.berkeley.edu/ . Suivre les étapes d'installation est simple.
- Depuis l'application BOINC installée sur votre appareil, rejoignez le projet ' Ibercivis BOINC '.
  • Une fois que vous avez installé l'application, exécutez-la à partir de votre appareil
  • Cliquez sur «Ajouter un projet» et entrez l'url suivante https://boinc.ibercivis.es dans la section «URL du projet» et cliquez sur «Suivant». À partir de là, votre appareil commencera à participer, avec plusieurs milliers d'autres, à l'expérience.


Pour le deuxième lien : une fois la page affichée, il suffit de cliquer sur le petit drapeau espagnol (en haut à droite) et la page s'affiche en français  :D
https://ibercivis.es/puesta-en-marcha-del-proyecto-de-ciencia-ciudadana-covid-phym-ayudanos-a-bloquear-la-maquinaria-de-replicacion-del-coronavirus/

d'ailleurs, je constate (tardivement) que c'est pareil pour le premier lien !  :pt1cable:
 
 PS : je ne connais absolumment pas l'espagnol : j'ai utilisé Chrome avec traduction automatique d'une page !  :desole:
« Modifié: 24 April 2020 à 14:27 par franky82 »
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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #2 le: 24 April 2020 à 14:40 »
Merci pour l'info  :hello: :jap:
 
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ousermaatre

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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #3 le: 24 April 2020 à 14:50 »
@fzs600  tu gères la publication de l'article sur le portail?

franky82

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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #4 le: 24 April 2020 à 14:53 »
Désolé, ma mise en page est un peu en vrac ! Mais j'ai fait ça à l'arrache !  :desole:
S'il faut faire celle du deuxième lien, je peux faire aussi !  :kookoo:
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fzs600

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Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #5 le: 24 April 2020 à 15:50 »
@fzs600  tu gères la publication de l'article sur le portail?
Y a pas de journaliste ?
Sinon j'ai les droits ?
Sinon pourquoi pas ?  :kookoo:


« Modifié: 24 April 2020 à 18:30 par fzs600 »

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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #6 le: 24 April 2020 à 18:21 »
Vais le faire, merci.

Tous les inscrits du portail peuvent écrire un article.

Je te laisse le second article à rédiger et si tu as des soucis, MP.


« Modifié: 24 April 2020 à 18:49 par ousermaatre »

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Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #7 le: 24 April 2020 à 18:32 »
Vais le faire, merci
Désolé.  :/
Je voulais écrire pourquoi pas ?  :cpopossib:

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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #8 le: 24 April 2020 à 18:51 »
Je reprends mon message du dessus, tu peux le faire.

J'ai fait le premier par plaisir, il reste le second.  :D :D

Désolé de t'avoir mangé du boulot.

Il y aura aussi un article à faire dès que WCG aura mis son projet en description.


franky82

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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #9 le: 24 April 2020 à 19:08 »
Donc, je me suis embêté pour rien ?  :??:
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Maeda

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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #10 le: 24 April 2020 à 20:53 »
Je n'ai pas tout lu, mais "on" est sûr que ce projet a bien le but escompté ?

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Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #11 le: 24 April 2020 à 21:00 »
Je n'ai pas tout lu, mais "on" est sûr que ce projet a bien le but escompté ?

Apparemment on va aider à trouver un médicament/vaccin pour bloquer le mécanisme de réplication du virus SARS-CoV-2 !
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Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #12 le: 24 April 2020 à 22:18 »
Donc, je me suis embêté pour rien ?  :??:
Non, l'article est bel et bien sur notre portail.


Maeda

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Re : Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #13 le: 24 April 2020 à 22:28 »
Je n'ai pas tout lu, mais "on" est sûr que ce projet a bien le but escompté ?

Apparemment on va aider à trouver un médicament/vaccin pour bloquer le mécanisme de réplication du virus SARS-CoV-2 !
J'entendais par là si la source qui va récupérer les données est bien sûre, et pas une utilisation soit-disant contre le SARS-CoV-2, mais au final pour un tout autre but. Le sujet a bon dos pour tout contexte ces temps-ci.

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Re : Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #14 le: 24 April 2020 à 22:29 »
Donc, je me suis embêté pour rien ?  :??:
Non, l'article est bel et bien sur notre portail.

A part que j'avais diminué certaines images trop grandes
et mis le texte (en plus de l'image) pour le lien pour télécharger le PDF   :hyperbon:
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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #15 le: 24 April 2020 à 22:34 »
Oui, je ne peux pas faire de copier-coller sur la console joomla du portail. Il faut que j'ajoute le lien. Merci

Mais votre intervention à fzs600 et toi est importante, visiblement vous ne pouvez pas publier sur le portail,
car vous n'êtes pas dans la liste des enregistrés. On va régler ce problème.

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Re : Re : Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #16 le: 24 April 2020 à 22:37 »
Je n'ai pas tout lu, mais "on" est sûr que ce projet a bien le but escompté ?

Apparemment on va aider à trouver un médicament/vaccin pour bloquer le mécanisme de réplication du virus SARS-CoV-2 !
J'entendais par là si la source qui va récupérer les données est bien sûre, et pas une utilisation soit-disant contre le SARS-CoV-2, mais au final pour un tout autre but. Le sujet a bon dos pour tout contexte ces temps-ci.

C'est sous le patronnage du Conseil supérieur de la recherche scientifique espagnol (international CSIC) et Ibercivis est à l'université de Saragosse !
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Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #17 le: 24 April 2020 à 22:40 »
Oui, je ne peux pas faire de copier-coller sur la console joomla du portail. Il faut que j'ajoute le lien. Merci

Ah, c'est du Joomla ! Et on peut éditer l'article en WYSIWYG ou en HTML (ou seulement en BBCode) ?
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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #18 le: 24 April 2020 à 22:44 »
bbc code, mais je me trompe peut-être...

Pour publier des articles, créez-vous un compte sur le portail et ça devrait fonctionner.

Si vous rencontrez des soucis, je vous aiderai de mon mieux.
« Modifié: 24 April 2020 à 22:46 par ousermaatre »

cougarpelardou

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Re : Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #19 le: 25 April 2020 à 09:06 »
Oui, je ne peux pas faire de copier-coller sur la console joomla du portail. Il faut que j'ajoute le lien. Merci

Ah, c'est du Joomla ! Et on peut éditer l'article en WYSIWYG ou en HTML (ou seulement en BBCode) ?

Klingon Ici ?  :D Sinon bravo pour la diffusion de l'info à tous

JeromeC

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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #20 le: 26 April 2020 à 10:38 »
Oups désolé je sais pas pourquoi mon navigateur m'avait habillement masqué ce post !! J'arrive après la bataille merci à vous...

Après je dois vous avouer que ça fait bien longtemps que je suis pas mal démotivé pour publier sur la portail, j'avais essayé à une époque d'en faire un peu mais j'avais vraiment l'impression que ça n'intéressait personne et surtout que si on le faisait pas ben ça changeait rien.

Finalement tous les gens qu'on croise viennent sur le forum et lisent sur le forum, et des gens qui ne viendraient que sur le portail et jamais sur le forum ben... On en sait rien. Et notre pauvre portail n'a que de vieux articles, plus très sexy... Il faudrait un gros effort pour republier plein de choses, et dans quel but ?

A l'inverse quand il m'arrive de faire des recherches sur un sujet boinc (sur qwant ou même sur Google, arg) je tombe fréquemment sur des pages du portail qui se trouve donc être très bien référencé. Donc...

Mais merci encore !
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #21 le: 26 April 2020 à 10:57 »
Et voilà, les 2 articles sur ibercivis CoVID-Phym sont mis à jour sur le portail (en reprenant la mise en page (+ ou -) de l'original) !
 :kookoo:

Bonne journée !
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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #22 le: 26 April 2020 à 15:51 »
Merci beaucoup pour cet article sur ibercivis CoVID-Phym .  :kookoo: :jap:
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Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #23 le: 26 April 2020 à 16:24 »
Merci beaucoup pour cet article sur ibercivis CoVID-Phym .  :kookoo: :jap:

En fait, ce sont les articles d'Ibercivis (en espagnol) traduits en français !  :kookoo:

Avec ces liens y aurait-il de quoi traduire et faire un article pour le portail ?
https://ibercivis.es/project/proyecto-covid-phym/
https://ibercivis.es/puesta-en-marcha-del-proyecto-de-ciencia-ciudadana-covid-phym-ayudanos-a-bloquear-la-maquinaria-de-replicacion-del-coronavirus/
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Re : Re : Lancement de l'application Covid-Phym
« Réponse #24 le: 26 April 2020 à 17:12 »
Oups désolé je sais pas pourquoi mon navigateur m'avait habillement masqué ce post !! J'arrive après la bataille merci à vous...

Après je dois vous avouer que ça fait bien longtemps que je suis pas mal démotivé pour publier sur la portail, j'avais essayé à une époque d'en faire un peu mais j'avais vraiment l'impression que ça n'intéressait personne et surtout que si on le faisait pas ben ça changeait rien.

Finalement tous les gens qu'on croise viennent sur le forum et lisent sur le forum, et des gens qui ne viendraient que sur le portail et jamais sur le forum ben... On en sait rien. Et notre pauvre portail n'a que de vieux articles, plus très sexy... Il faudrait un gros effort pour republier plein de choses, et dans quel but ?

A l'inverse quand il m'arrive de faire des recherches sur un sujet boinc (sur qwant ou même sur Google, arg) je tombe fréquemment sur des pages du portail qui se trouve donc être très bien référencé. Donc...

Mais merci encore !
  :kookoo: Jérôme

Oui, avoir des articles récents sur le portail est une bonne chose.  Tout se joue sur le volume des communications fait par les projets.
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