Auteur Sujet: WCG - Covid-19  (Lu 6313 fois)

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Maeda

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #150 le: 24 février 2021 à 21:17 »
C'est sûr c'est pas du Collatz...
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Maeda

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #151 le: 05 avril 2021 à 21:52 »
Nouvelle vague de bêta (topic associé pour poster les erreurs).
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franky82

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Re : WCG - Open Pandemics - Covid-19
« Réponse #152 le: 06 avril 2021 à 20:09 »
Fini les béta !
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=693
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OpenPandemics - COVID-19 fonctionne maintenant sur des machines avec des unités de traitement graphique

Récapitulatif
Le logiciel qui alimente OpenPandemics - COVID-19 a été adapté pour utiliser la puissance du GPU. Cela aidera non seulement les chercheurs à cribler plus de molécules, mais pourrait également les aider à étudier des molécules plus complexes.

Depuis plusieurs mois, les chercheurs d' OpenPandemics - COVID-19 du Forli Lab de Scripps Research et l'équipe technique de World Community Grid travaillent en coulisses pour adapter AutoDock 4, le logiciel qui alimente le projet, pour une utilisation sur des appareils dotés d'unités de traitement graphique. (GPU).

Au cours des tests bêta, nous avons constaté que les unités de travail exécutées sur les GPU de volontaires terminaient en moyenne 500 fois plus rapidement (temps écoulé GPU vs temps CPU) que la même quantité de travail lorsqu'elle était exécutée avec la version CPU d'AutoDock.

Qu'est-ce qu'un GPU ?
Une unité de traitement graphique (GPU) est un autre nom de la carte graphique à l'intérieur d'un ordinateur utilisé à l'origine pour afficher du texte et des images sur un moniteur. Au fur et à mesure que les GPU évoluaient, ils ont acquis une grande puissance de traitement parallèle. Initialement, il s'agissait d'un sous-produit de l'accélération des calculs spécialisés liés aux graphiques, mais les fabricants ont finalement étendu ces capacités pour permettre des calculs à usage général. En conséquence, les GPU modernes peuvent effectuer certains types de calculs beaucoup plus rapidement que les unités centrales de traitement (CPU) qui orchestrent tout le travail dans un ordinateur. Afin d'utiliser un GPU pour des calculs scientifiques, cependant, les applications doivent être modifiées pour pouvoir utiliser des niveaux élevés de parallélisme afin d'exploiter efficacement les capacités de calcul des GPU.

Si un volontaire exécute OpenPandemics - COVID-19 sur un appareil doté d'un processeur graphique approprié et ajuste ses paramètres en conséquence, cet appareil peut compléter les unités de travail beaucoup plus rapidement qu'un appareil utilisant simplement un processeur.

Pourquoi est-il important d'augmenter la vitesse de ce projet ?
AutoDock-GPU (AD-GPU) pourrait augmenter encore plus les chances du projet de trouver une molécule aux propriétés antivirales.

Comparé à AutoDock 4 (la version actuelle du logiciel utilisé pour OpenPandemics - COVID-19), AD-GPU est beaucoup plus rapide, ce qui augmentera considérablement le taux déjà incroyable de résultats ancrés.

En outre, AD-GPU dispose d'un algorithme de recherche amélioré qui présente une plus grande probabilité de trouver des interactions fortes entre les molécules et les protéines virales, et est bien adapté pour ancrer des molécules plus grandes ou plus complexes. Cela signifie que les chercheurs peuvent utiliser AD-GPU non seulement pour cribler plus de molécules, mais aussi pour permettre la recherche de molécules plus complexes.



Comparaison du GPU OpenPandemics au CPU pour les lots initialement ciblés sur le CPU 30010-30019 exécutés pendant les tests bêta. Les jours moyens pour terminer un lot entier (barres bleues) sont indiqués avec les points moyens par lot (barres orange). L'accélération moyenne globale était de 334 fois (le maximum observé était de 516x). La moyenne globale des points par lot met en évidence une augmentation de 1,6 fois de l'efficacité algorithmique du GPU. Cette efficacité accrue sera exploitée dans les packages ciblés par GPU et conduira à des points beaucoup plus élevés par lot de GPU

Plus de molécules, des molécules plus complexes et en moins de temps ... tout cela est crucial pour aider à trouver des traitements potentiels pour un virus qui non seulement continue de se propager dans la plupart des pays du monde, mais qui continue également de muter.

Les appareils sans GPU sont-ils donc toujours importants pour ce projet ?

Oui! Actuellement, environ 20% seulement de la puissance du World Community Grid provient d'appareils dotés de GPU, de sorte que la participation de tous les ordinateurs compatibles CPU, appareils Android et Raspberry Pi qui le souhaitent reste cruciale.
 
Merci à tous ceux qui soutiennent OpenPandemics - COVID-19 !

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maxymus83

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #153 le: 06 avril 2021 à 20:32 »
C'est partii  :hyperbon: :hyperbon:  Merci de l'info  :jap:


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Kevin83

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #154 le: 06 avril 2021 à 20:45 »
 :hyperbon: :hyperbon: :hyperbon: :hyperbon: :hyperbon:

[AF>Amis des Lapins] Jean-Luc

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Re : Re : WCG - Open Pandemics - Covid-19
« Réponse #155 le: 06 avril 2021 à 21:01 »
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OpenPandemics - COVID-19 fonctionne maintenant sur des machines avec des unités de traitement graphique

Qu'est-ce qu'un GPU ?
Si un volontaire exécute OpenPandemics - COVID-19 sur un appareil doté d'un processeur graphique approprié et ajuste ses paramètres en conséquence, cet appareil peut compléter les unités de travail beaucoup plus rapidement qu'un appareil utilisant simplement un processeur.

Qu'est-ce que ça veut dire "ajuste ses paramètres ?
Ils veulent dire avec un cc_config, faire plusieurs WUs à la fois ?


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franky82

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Re : Re : Re : WCG - Open Pandemics - Covid-19
« Réponse #156 le: 06 avril 2021 à 21:04 »
Qu'est-ce que ça veut dire "ajuste ses paramètres ?
Ils veulent dire avec un cc_config, faire plusieurs WUs à la fois ?

Sans doute, faire les réglages appropriés sur WCG (profil) pour accepter les GPU !
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fzs600

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Re : Re : Re : Re : WCG - Open Pandemics - Covid-19
« Réponse #157 le: 06 avril 2021 à 21:10 »
Qu'est-ce que ça veut dire "ajuste ses paramètres ?
Ils veulent dire avec un cc_config, faire plusieurs WUs à la fois ?

Sans doute, faire les réglages appropriés sur WCG (profil) pour accepter les GPU !
Je faisais déjà du GPU en BETA donc je n'ai rien a modifié ?

OK
Viens d'en choper a l'instant.  :hyperbon:
« Modifié: 06 avril 2021 à 21:12 par fzs600 »

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maxymus83

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #158 le: 06 avril 2021 à 21:16 »
il est clair que le GPU n'est pas très sollicité (Avg 30%) ... dommage qu'un Ut Gpu nécessite 1 CPU
Cruncher plusieurs Uts Gpu en // va nécessiter pas mal de ressource Cpu.


1 Uts gpu = 31% avg util Cpu
2 Uts gpu = 49%   "     "     "
4 Uts gpu = 79%   "     "     "
Sous windows10 avec PC en utilisation "bureautique" (streaming+surf)
« Modifié: 06 avril 2021 à 21:52 par maxymus83 »


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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #159 le: 06 avril 2021 à 21:32 »
Pour le moment, je ne récupère que des tâches pour des GPU AMD. J'imagine que les tâches Nvidia sont à sec.

Rien sur mon Intel HD4000 mais je suspecte qu'il est blacklisté car les unités beta n'ont jamais donné de résultats probants, sans doute trop vieux, pourtant il supporte OpenCL 1.2 et j'ai le dernier driver. Pet que Windows 7 montre ses limites aussi.

Bon crunch à tous !
 :hello:
Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
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maxymus83

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #160 le: 06 avril 2021 à 21:54 »
+ 1 nouvelle étoile à aller chercher sur Wuprop   :gniak:


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Re : Re : WCG - Covid-19
« Réponse #161 le: 06 avril 2021 à 23:39 »
il est clair que le GPU n'est pas très sollicité (Avg 30%) ... dommage qu'un Ut Gpu nécessite 1 CPU
Cruncher plusieurs Uts Gpu en // va nécessiter pas mal de ressource Cpu.


1 Uts gpu = 31% avg util Cpu
2 Uts gpu = 49%   "     "     "
4 Uts gpu = 79%   "     "     "
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Méfie-toi de la charge GPU.
J'avais déjà fait des tests.
4Uts / GPU = plus de charge, mais aussi 5 ou 6 fois plus de temps pour calculer une UT, ce qui ne colle pas... Si la charge augmente, le temps de calcul devrait presque rester le même.
Et donc globalement, ton ordinateur renvoie moins d'UTs dans une journée.
Et donc, tu aides moins la science (et accessoirement, tu fais moins de points !).
Je ne sais pas pourquoi ce projet ne supporte pas plusieurs Uts simultanément ?

Après, est-ce que vous confirmez mon expérience ?
A moins qu'il n'y ait d'autres paramètres à modifier ailleurs ?


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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #162 le: 07 avril 2021 à 13:10 »
En tous si ce qu'ils expliquent est vrai (500 fois plus vite que la même tâche en CPU), pas la peine de paralléliser, quoi que ce soit, le gain est déjà phénoménal ! :)

(enfin je sens qu'on va retomber dans la discussion "amour de la science" vs "que vivan los puntos !!" :D)
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maxymus83

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #163 le: 07 avril 2021 à 13:40 »
En tous cas sur la 3090, à 4Ut gpu // je double même pas le temps de calcul. Je reste à 2min/ut environ en moyenne, entre 1.30 et 2.30 de temps de calcul, observé sur une centaine d'uts calculées.
Je continuerai les tests lorsque j'aurai reçu des Uts à cruncher  :siflotte:


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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #164 le: 07 avril 2021 à 13:59 »
Passe en rétention au cas où WCG sera retenu pour le sprint à partir de vendredi matin :)

maxymus83

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #165 le: 07 avril 2021 à 14:01 »
Déjà fait depuis quelques jours déjà héhé   :D :jap:


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Re : Re : WCG - Covid-19
« Réponse #166 le: 07 avril 2021 à 14:35 »
En tous cas sur la 3090, à 4Ut gpu // je double même pas le temps de calcul. Je reste à 2min/ut environ en moyenne, entre 1.30 et 2.30 de temps de calcul, observé sur une centaine d'uts calculées.
Je continuerai les tests lorsque j'aurai reçu des Uts à cruncher  :siflotte:

Ah, ah !
Par contre, ça c'est intéressant !
Je vais refaire des essais !


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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #167 le: 07 avril 2021 à 17:36 »
Ces UT GPU (AMD et nVidia) créditent beaucoup en crédits mais pas en heures de crunch (badges WCG et ligne WUProp) !  :/
D'ailleurs pour la beta, je n'avais cumulé que 5.48 h...
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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #168 le: 07 avril 2021 à 18:55 »
Ben moi, je ne réussis pas à avoir de travail COVID pour mes GPUs.
J'ai que des "Mapping cancer markers" CPU qui arrivent chez-moi.
Je vais décocher pour ne laisser que de la COVID en espérant que des WUs arriveront alors chez-moi, surtout des GPUs.


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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #169 le: 07 avril 2021 à 20:07 »
Ces UT GPU (AMD et nVidia) créditent beaucoup en crédits mais pas en heures de crunch (badges WCG et ligne WUProp) !  :/
D'ailleurs pour la beta, je n'avais cumulé que 5.48 h...
Et PrimeGrid alors, j'ai l'impression que WUProp ne cumule que le temps CPU liée au calcul GPU et pas du tout le durée de calcul elle-même (donc une petite fraction) dans ses compteurs..... en tous cas moi il calcule H24 sur PG en ce moment et j'ai beaucoup moins de 24h dans les compteurs.
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

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Re : Re : WCG - Covid-19
« Réponse #170 le: 07 avril 2021 à 20:33 »
en tous cas moi il calcule H24 sur PG en ce moment ...

Tsss... tu calcules aussi en fufu du Kryptos, que tout le monde a abandonné depuis le précédent raid!^^  :lol: :sun:
J'ai bien vu que tu essaies de mettre un "gap" discretos avec tes petits camarades  :ayalou:


"Je suis d'accord avec ceux qui pensent comme moi". Moi

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #171 le: 07 avril 2021 à 20:36 »
Rien de discrétos, et vu que c'est mon unique projet #1 de l'AF je vais pas cracher dessus :lol:

Mais je te rassure : j’atteins mon miyon et je passe à autre chose, je serai facilement rattrapable :)
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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #172 le: 08 avril 2021 à 08:36 »
C'est vrai que ça crédite bien en GPU. Quand on en choppe  :hyperbon:
 :hello:
 
13800346^131072+1   935,840 (decimal)   2019-01-27 Generalized Fermat Prime Search

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #173 le: 08 avril 2021 à 08:43 »
Oui, mais on en chope si peu que je ne peux même pas faire les essais avec plusieurs tâches par GPU...


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cougarpelardou

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Re : WCG - Covid-19
« Réponse #174 le: 08 avril 2021 à 10:13 »
Wcg c'est le sprint FB Départ demain 10h Heure de Paris Passer en rétention d'ici là.  :jap: :hyperbon: