Ralph (Projet de test rosetta)

[modesti]

par intermittence depuis quelques jours. Je ne vois jamais les tâches, que les points dans mes stats.
La demande forcée à du bon

[Prof]

Une bonne journée pour moi hier sur ce projet!!
Presque 19000 pts!! 

[JeromeC]

Sous macOS ?

[Prof]

 
Yes man!!
Je suis un pommeux pur jus  pas de windaube ou autre n'a le droit de cité sur mes machines!!
Même pas avec des VMs! ;-)

[JeromeC]

Tu pourras essayer kryptos, ils ont une bonne appli Mac qui est bien stable, sous VB.

[modesti]

Je viens de voir de nouvelles tâches Ralph sur mon ordi - nouvelle appli: rosetta python projects 0.00 (vbox64)
Nom des tâches: ralph_local_test_15xx_xxxx
Deadline: dimanche 21/2/21

[fzs600]

Je viens de voir de nouvelles tâches Ralph sur mon ordi - nouvelle appli: rosetta python projects 0.00 (vbox64)
Nom des tâches: ralph_local_test_15xx_xxxx
Deadline: dimanche 21/2/21

Merci pour l'info 

[modesti]

Pas terrible le résultat
https://ralph.bakerlab.org/results.php?hostid=44699&offset=0&show_names=0&state=0&appid=
Elles sont toutes en erreur de calcul. Et celles qui s'affichent en timeout, sont en fait encore en cours de calcul chez moi, depuis près de 4 jours (3j 16h pour l'une, 3j 18h pour les 3 autres)

[fzs600]

Pas terrible le résultat
https://ralph.bakerlab.org/results.php?hostid=44699&offset=0&show_names=0&state=0&appid=
Elles sont toutes en erreur de calcul. Et celles qui s'affichent en timeout, sont en fait encore en cours de calcul chez moi, depuis près de 4 jours (3j 16h pour l'une, 3j 18h pour les 3 autres)

Être ATA c'est ça. 

[[AF] fansyl]

Les miennes sont également parties en erreur, je pensais que ça venait de ma machine mais peut-être pas en fait !

[[AF] fansyl]

J'ai eu des unités à base de python sous VirtualBox qui prenaient 7Go de RAM mais je n'arrive pas à les renvoyer....

[modesti]

J'ai chopé un lot de tâches mais c'est pas fameux-fameux: Temps de calcul très court (quelques minutes seulement), mais plus d'erreurs de calcul que de valides
https://www.dropbox.com/s/t07pkjep46k1hz0/Capture%20d%27%C3%A9cran%202021-08-25%2017.02.08.png?dl=0

D'après le nom des tâches, je dirais qu'on calcule encore sur du Sars-Cov-2

[[AF] fansyl]

Je viens d'en toucher une nouvelle fournée de 61 sur une de mes machines.

On verra demain matin 

[fzs600]

Apparemment le projet est terminé. 

[modesti]

Ou en sommeil jusqu'au prochain développement d'une appli

[fzs600]

Il y a encore de la vie ici. 

1 Dec 2023, 10:52:27 UTC    1 Dec 2023, 21:18:12 UTC    Terminé et validé    30,458.58    30,189.88    276.55    rosetta python projects v0.21 (vbox64)
windows_x86_64

1 Dec 2023, 10:51:42 UTC    1 Dec 2023, 21:17:24 UTC    Terminé et validé    31,252.99    30,106.17    277.56    rosetta python projects v0.21 (vbox64)
windows_x86_64

1 Dec 2023, 10:51:42 UTC    1 Dec 2023, 21:17:24 UTC    Terminé et validé    30,898.12    30,076.61    319.57    rosetta python projects v0.21 (vbox64)
windows_x86_64

[JeromeC]

Houla, à base de VBox donc. La version "python" de rosetta donc, des tests, donc. Ce qui est bizarre c'est que la version de l'appli annoncée sur le site ralph date de 2021. Ou alors ils se fichent de maintenir la page à chaque (rare) fois qu'ils bricolent ?

[modesti]

Je viens de choper un peu de taf. Franchement, ils exagèrent avec les fichiers à télécharger !!!
Vous ne pouvez pas consulter cette pièce jointe.

Mais je ne vais pas me plaindre, avant de redémarrer l'ordi, le projet me disait que VBox n'était pas installé 

[Prof]

Ouais!!  J'ai eu la même!!!

[toTOW]

Je viens de choper un peu de taf. Franchement, ils exagèrent avec les fichiers à télécharger !!!
Vous ne pouvez pas consulter cette pièce jointe.

Mais je ne vais pas me plaindre, avant de redémarrer l'ordi, le projet me disait que VBox n'était pas installé 

Les joies des VM ...

[JeromeC]

S'ils faisaient l'effort ils pourraient tout à fait faire une VM optimisée en prenant une distrib light et juste ce qu'il leur faut en plus... et je suis sûr que ça pourrait tenir en moins de 5,5 Go... mais bon après si t'installes un bon gros jeu récent ça se chiffre par dizaines de Go, et à chaque MaJ il en rajoute quelques Go...

[fzs600]

Une nouvelle application est disponible sur le projet. 
Generalized biomolecular modeling and design with RoseTTAFold All-Atom
https://ralph.bakerlab.org/apps.php
Mais pas de panique tout part en erreur de calcul. 

30 May 2024, 5:44:53 UTC    30 May 2024, 6:14:05 UTC    Erreur en cours de calculs    2.16    0.05    ---    Generalized biomolecular modeling and design with RoseTTAFold All-Atom v0.00
windows_x86_64

[JeromeC]

Et c'est que windowz.

[toTOW]

Oui, c'est dit dans la news :

New application: RoseTTAFold All-Atom
Starting this week, we will begin testing RoseTTAFold All-Atom, our state-of-the-art application designed to predict the structures of proteins in complex with ligands such as DNA and other biological molecules. It also models post-translational modifications. We are initially targeting only Windows machines with or without Nvidia GPUs for this test.

Ca plante pour tout le monde d'après le forum : https://ralph.bakerlab.org/forum_thread.php?id=928