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Auteur Sujet: WCG - Covid-19  (Lu 12824 fois)

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Hors ligne Zarck

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le: 10 Avril 2020 à 00:51
https://www.worldcommunitygrid.org/research/opn1/overview.do

OpenPandemics - COVID-19

Problème

Le COVID-19 est une maladie causée par le SRAS-CoV2, un virus de la famille des coronavirus. Ces virus provoquent des maladies qui affectent principalement le système respiratoire humain et potentiellement d'autres organes majeurs. COVID-19 peut entraîner des maladies graves, voire la mort.

Depuis le lancement de ce projet, il n'existe aucun traitement, traitement ou vaccin pour COVID-19.

Solution proposée

Les scientifiques de Scripps Research effectuent des simulations de modélisation moléculaire pour rechercher des candidats possibles pour le développement de traitements pour COVID-19, mais pour réussir, ils ont besoin d'une puissance de calcul massive pour réaliser des millions d'expériences de laboratoire simulées.

Scripps Research s'associe donc à World Community Grid, une initiative à impact social d'IBM qui permet à toute personne disposant d'un ordinateur et d'une connexion Internet de donner la puissance de calcul de son appareil pour aider les scientifiques à étudier les plus grands problèmes mondiaux de santé et de durabilité. En utilisant cette puissance de calcul donnée, les scientifiques visent à identifier des composés chimiques prometteurs pour de nouveaux tests de laboratoire.

L'équipe de recherche souhaite non seulement aider à trouver des traitements pour COVID-19, mais également créer une boîte à outils open source à réponse rapide qui aidera tous les scientifiques à rechercher rapidement des traitements pour de futures pandémies. Et conformément à la politique de données ouvertes de World Community Grid, toutes les données et tous les outils développés dans le cadre de ce projet seront partagés librement au sein de la communauté scientifique.

L’objectif principal du projet est de rechercher des traitements potentiels pour le COVID-19, donc l’étude des protéines du SARS-CoV2 (le virus qui cause le COVID-19) est la plus haute priorité.

De plus, les scientifiques veulent non seulement combattre l'urgence actuelle, mais aussi se préparer à ceux qui suivront probablement. Les futures pandémies pourraient provenir d'une accumulation progressive de mutations, ce qui pourrait éventuellement conduire à une nouvelle variante du virus. C'est ce qui s'est produit lorsque le virus SARS-CoV1 a muté pour devenir SARS-CoV2. Ainsi, l'équipe de recherche inclut des protéines du SARS-CoV1 et d'autres virus à étudier dans le cadre d'OpenPandemics –COVID-19, ce qui les aidera à évaluer la difficulté de trouver ou de concevoir des molécules capables de surmonter les inévitables mutations.

Comment vous pouvez aider

En tant que bénévole de World Community Grid, vous téléchargez un logiciel sécurisé sur votre ordinateur. Et lorsque votre ordinateur n'utilise pas sa pleine puissance de calcul, il exécutera automatiquement une expérience simulée en arrière-plan qui aidera à prédire l'efficacité d'un composé chimique particulier en tant que traitement possible pour COVID-19. Ensuite, votre ordinateur contacte la communauté mondiale Serveur de grille pour lui faire savoir qu'il a terminé la simulation, qui nous est renvoyée automatiquement et en toute sécurité.

Tout cela se produit discrètement, pendant que vous effectuez vos activités habituelles telles que taper un e-mail, naviguer sur Internet ou lorsque votre ordinateur est inactif mais laissé allumé.

World Community Grid reçoit les résultats que vous renvoyez (souvent appelés unités de travail ou tâches de recherche), les combine avec des centaines de milliers de résultats d'autres volontaires du monde entier et les envoie à l'équipe de recherche Scripps. Les chercheurs commencent alors le difficile travail d'analyse des données. Bien que ce processus ne se produise pas du jour au lendemain, il accélère ce qui autrement prendrait de nombreuses années, voire pourrait être impossible.
« Modifié: 11 Juin 2020 à 18:42 par Sébastien »



Hors ligne zOU

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Réponse #1 le: 10 Avril 2020 à 08:00
etait-ce vraiment necessaire d'ouvrir un nouveau sujet alors que cela a deja ete aborde dans le topic WCG ?

https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,3797.msg498580.html#new




Hors ligne modesti

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Réponse #2 le: 10 Avril 2020 à 09:06
En renommant le topic "[WCG] OpenPandemics" ça peut devenir le futur topic réservé à ce sous-projet.


Viendez chez nous, cause qu'on est les meilleur(e)s :D


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Réponse #3 le: 10 Avril 2020 à 10:08
En renommant le topic "[WCG] OpenPandemics" ça peut devenir le futur topic réservé à ce sous-projet.

Excellente suggestion ! :jap: :jap: :jap:



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Réponse #4 le: 10 Avril 2020 à 10:30
Lu chez SG:
Hier die offizielle Antwort:

Citer
Folding@Home and Rosetta@Home are leveraging different computational research techniques - predicting the protein structure of the virus, whereas OpenPandemics will be predicting which chemical compounds dock against COVID-19 protein targets. Both approaches are valid and valuable.

Folding@Home und Rosetta@Home nutzen verschiedene computergestützte Forschungstechniken - sie sagen die Proteinstruktur des Virus voraus, während OpenPandemics vorhersagen wird, welche chemischen Verbindungen an COVID-19 Protein-Ziele andocken. Beide Ansätze sind gültig und wertvoll.
In anderen Worten: Folding und Rosetta versuchen herauszufinden, wie das jeweilige Schloss aussieht und WCG sucht nach dem passenden Schlüssel, um das Schloss zu knacken.

Traduction de la citation dans la citation:
Folding@Home et Rosetta@Home utilisent différentes techniques de recherche assistées par ordinateur pour prédire la structure protéinique du virus, tandis qu'OpenPandemics prédira quels composés chimiques s'amarrent aux protéines cibles du COVID-19. Les deux approches sont valables et précieuses.

Traduction du résumé de Dennis:
En d'autres termes: Folding et Rosetta cherchent à savoir à quoi ressemble la serrure et WCG cherche la clé correspondante pour l'ouvrir.


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Réponse #5 le: 10 Avril 2020 à 13:03
Pour l'instant, il n'y a rien à calculer n'est-ce pas ?



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Réponse #6 le: 10 Avril 2020 à 13:10


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Hors ligne JeromeC

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Réponse #7 le: 10 Avril 2020 à 16:34
Zarck il lit beaucoup et il boit des toooooonnes de café :D

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Réponse #8 le: 10 Avril 2020 à 17:00
et le café est tjrs chaud...  :gne:


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Réponse #9 le: 11 Avril 2020 à 12:53
Yo !
Ca fais une semaine que j'attend le top départ de ce projet... j'ai positionné 2 pc et 12 cores sur Openpendamics... vivement ça chauffe  :D



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Réponse #10 le: 11 Avril 2020 à 12:59
Yo !
Ca fais une semaine que j'attend le top départ de ce projet... j'ai positionné 2 pc et 12 cores sur Openpendamics... vivement ça chauffe  :D
Je pense que cela n'est pas dans l'immédiat en attendant il y a du Rosetta.  :kookoo:


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Hors ligne franky82

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Réponse #11 le: 11 Avril 2020 à 13:56
Comme je l'avais copié sur le topic WCG : ils en sont à tester des tâches alpha chez eux ! Soyons patient jusqu'à ce qu'ils passent aux beta (puis aux définitives) ! ;)

Citer
I want to update everyone that we have started Alpha testing against the actual COVID-19 target. We have a sample set of small ligands to compare against COVID-19. This Alpha testing is on devices that are owned by members of the World Community Grid team. We are doing this to help give us an idea if the binaries work well and the work units do not crash. So far things are looking well as we work through issues. Alpha testing will hopefully be short, but one of the things we are testing is work unit sizing as different ligands take different times to complete, sometimes exponentially. We are getting a larger subset of ligands to test on Alpha later today to help with the sizing problem.
Citer
Je tiens à informer tout le monde que nous avons commencé les tests Alpha par rapport à l'objectif COVID-19 actuel. Nous avons un ensemble de petits ligands à comparer avec COVID-19. Ce test Alpha est effectué sur des appareils qui appartiennent aux membres de l'équipe du World Community Grid. Nous le faisons pour nous aider à déterminer si les binaires fonctionnent bien et si les unités de travail ne se bloquent pas. Jusqu'à présent, les choses se présentent bien car nous travaillons sur les problèmes. Les tests alpha seront, espérons-le, courts, mais nous testons notamment la taille des unités de travail, car les différents ligands prennent des temps différents, parfois de manière exponentielle. Nous allons faire tester un plus grand sous-ensemble de ligands sur Alpha plus tard dans la journée pour résoudre le problème de la taille.
https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,42232?linkId=85584146

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Réponse #12 le: 18 Avril 2020 à 09:53
Pas encore de tâches mais...

https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,42232_offset,0#624169
Citer
Hello everyone,
We've been working on the screensaver for OpenPandemics. There may be additional changes before launch, but we thought we would share how it looks so far for anyone interested:
Citer
Bonjour à tous,
Nous avons travaillé sur l'économiseur d'écran pour OpenPandemics. Il se peut qu'il y ait des changements supplémentaires avant le lancement, mais nous avons pensé que nous pourrions partager ce à quoi il ressemble jusqu'à présent pour toute personne intéressée :

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Réponse #13 le: 21 Avril 2020 à 09:11
Les premières UTs en BETA sont tombées cette nuit : quelques minutes seulement de calcul, consommation de RAM d'environ 20-30Mo et chose rare pour le WCG, l'écran de veille est explicite comme ci-dessus.

Le lien vers l'annonce : https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,42310

Le Thread des Issues : https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,42311

Edit: la seule sous Linux a une durée de calcul bien plus grande pour le moment.... à voir

 :hello:

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Réponse #14 le: 21 Avril 2020 à 09:15
C'était capital de faire un économiseur d'écran 😂😂😂😂😂



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Réponse #15 le: 21 Avril 2020 à 09:32
J'en ai une sur Android !  :kookoo:
« Modifié: 21 Avril 2020 à 10:42 par franky82 »

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Hors ligne JeromeC

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Réponse #16 le: 21 Avril 2020 à 10:28
Y'a des crunchers qui ne crunchent QUE sur des projets avec des économiseurs d'écran :D

Ça simplifie grandement les choix.

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Hors ligne mamouth

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Réponse #17 le: 21 Avril 2020 à 11:07
J'en ai eu 4 toute en attente de validation

durée 1h30, 2h,3h,5h

La grande variabilité dans les durées est normale et temporaire

Citer
The initial group of work units will range in size from 3 minutes to 6 hours.



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Réponse #18 le: 21 Avril 2020 à 11:34
Tout à fait mamouth, j'ai lu le thread WCG après coup.  :jap:
Les tâches ont été crées à la mano et les durées sont approximatives.

Vu les échos, je ne pensais pas que des tâches Android allaient être présentes. Du coup, je vide les caches de mes box Android.

 :hello:

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Réponse #19 le: 21 Avril 2020 à 12:27
Y'a des crunchers qui ne crunchent QUE sur des projets avec des économiseurs d'écran :D

Ça simplifie grandement les choix.
Mes machine n'ont pas d'écran 😂😂😂😂



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Réponse #20 le: 21 Avril 2020 à 16:11
Pouvez-vous m'expliquer comment on rejoint ce projet, je ne voie rien sur le site WCG?

Quand le dernier arbre sera abattu, la dernière rivière empoisonnée, le dernier poisson capturé, alors le visage pâle réalisera que l'argent ne se mange pas.

Sitting Bull



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Réponse #21 le: 21 Avril 2020 à 16:18
Il n'est pas encore dans la liste, il faut attendre. Je n'ai pas non plus réussi à choper des beta :spamafote:


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Réponse #23 le: 22 Avril 2020 à 09:43
Je ne suis pas certain que ce tableau ait un quelconque rapport avec WoldCommunityGrid ?



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Réponse #24 le: 22 Avril 2020 à 10:57
Un gourrage de topic peut-être?
J'avais mis ce gadget (sans image) dans Soutenir la recherche pour lutter contre le Covid-19 (dans les premières pages).


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