Auteur Sujet: [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )  (Lu 556 fois)

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[AF>Libristes>Jip] Elgrande71

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Voici un petit tutoriel pour calculer des unités du projet Atlas Simulation du LHC .
Je me suis basé sur le sujet suivant : https://lhcathome.cern.ch/lhcathome/forum_thread.php?id=4395
Pour l'instant, seul les systèmes Debian sont validés ( les dépôts Archlinux/AUR proposant une version trop récente ( 3.1.0-1 ) du paquetage singularity-container https://aur.archlinux.org/packages/singularity-container/ ).
Attention, pour éviter des problèmes avec Virtualbox, je l'ai complètement désinstallé .

On recommence avec le même tutoriel que pour le projet Theory native puis on rajoutera quelques lignes en cours de route.

Debian 9 Stretch

utiliser un terminal pour l'exécution des commandes ci-dessous ( en gras )

Vérification de l'installation du paquet autofs

dpkg -l | grep 'autofs'

si rien ne s'affiche

se mettre en superutilisateur ( root avec la commande su ) puis

apt install autofs

Installation de CVMFS et de Singularity Container

su ( pour se mettre en superutilisateur root )

wget https://ecsft.cern.ch/dist/cvmfs/cvmfs-release/cvmfs-release-latest_all.deb
dpkg -i cvmfs-release-latest_all.deb
rm -f cvmfs-release-latest_all.deb
apt update
apt install cvmfs

ajout du dépôt backports de Debian pour l'installation du paquetage singularity-container
echo "deb http://deb.debian.org/debian stretch-backports main contrib non-free" >> /etc/apt/sources.list

apt update
apt -t stretch-backports install singularity-container

Paramétrages divers ( toujours en superutilisateur )

wget https://lhcathomedev.cern.ch/lhcathome-dev/download/default.local -O /etc/cvmfs/default.local
mkdir -p /etc/auto.master.d/
echo "/cvmfs /etc/auto.cvmfs" > /etc/auto.master.d/cvmfs.autofs
systemctl restart autofs
cvmfs_config probe ( tous doit être Ok )

wget http://atlasathome.cern.ch/boinc_conf/singularity.conf -O /etc/singularity/singularity.conf

echo "kernel.unprivileged_userns_clone = 1" >>  /etc/sysctl.conf
sysctl -p
gpasswd -a boinc cvmfs

Redémarrage du client BOINC

systemctl restart boinc-client

Je tiens à remercier David Cameron du projet Atlas de m'avoir aiguillé pour la résolution du problème de validation de mes unités auquel j'étais confronté ( https://lhcathome.cern.ch/lhcathome/forum_thread.php?id=5033 - Attention donc à celles et ceux qui ont paramétré des pare-feu sur leurs ordinateurs de crunch ) .
Un lien très utile en cas de problème avec les projets du LHC : http://lhcathome.web.cern.ch/faq/troubleshooting?page=1


Amusez-vous bien et bon crunch
« Modifié: 20 mai 2019 à 16:22 par [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 »
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Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #1 le: 18 mai 2019 à 10:52 »
Merci!
Mais je suis sous CentOS...

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Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #2 le: 18 mai 2019 à 12:09 »
Merci El Grande !

Quand on a réussi comme moi à mettre les prérequis pour Native Theory sur Debian, c'est quoi qu'il faut "simplement" ajouter pour tenter sa change avec cet version d'Atlas ?
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

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Re : Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #3 le: 18 mai 2019 à 12:26 »
Merci El Grande !

Quand on a réussi comme moi à mettre les prérequis pour Native Theory sur Debian, c'est quoi qu'il faut "simplement" ajouter pour tenter sa change avec cet version d'Atlas ?
Pour répondre à ta question Jerome, voici ce qu'il faut ajouter par rapport à Native Theory :

ajout du dépôt backports de Debian pour l'installation du paquetage singularity-container ( manipulation à effectuer en superutilisateur root )
echo "deb http://deb.debian.org/debian stretch-backports main contrib non-free" >> /etc/apt/sources.list
apt update

installation de singularity-container
apt -t stretch-backports install singularity-container

paramétrage de singularity-container pour le projet Atlas
wget http://atlasathome.cern.ch/boinc_conf/singularity.conf -O /etc/singularity/singularity.conf
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Re : Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #4 le: 18 mai 2019 à 12:27 »
Merci!
Mais je suis sous CentOS...
C'est donc plus facile pour toi .
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Re : Re : Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #5 le: 18 mai 2019 à 15:27 »
Merci!
Mais je suis sous CentOS...
C'est donc plus facile pour toi .
Ok, je regarderai à l'occasion, je ne suis pas devant le bon ordi.  :jap:

JeromeC

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Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #6 le: 18 mai 2019 à 16:19 »
Merci ElGrande j'ai fait tout ça et j'ai pas eu d'erreur, j'ai juste ajouté un "sudo apt upgrade" après ton "sudo apt update" puisque sinon il faisait rien (et là il a fait), c'était utile ?

Je me demande la différence entre "apt" et "apt-get" que j'utilise d'habitude.

J'ai ajouté "atlas" au préférences pour cette machine, visiblement ça ne différencie pas l'appli VM/VB de cette appli docker (un seul "atlas" dans la liste d'apps, contrairement à native theory qui est identifié comme tel), mais comme j'ai pas VB dans la VM linux je pense qu'il y aura de soucis, attendons qu'il ait fini de gober les six-track en cours et voir s'il en récupère.

C'est dingue comme la durée de calcul des six-track est variable d'ailleurs, de quelques secondes à 30000 secs ou plus...
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

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Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #7 le: 20 mai 2019 à 11:46 »
sur ubuntu 18.04 LTS, a priori, pas besoin du backport pour singularity-container.
un apt install singularity-container suffit.

[AF>Libristes>Jip] Elgrande71

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Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #8 le: 20 mai 2019 à 16:29 »
Merci pour cette information RLDF .
Si on utilise une version 18.04 d'Ubuntu, on aura la version 2.41 du paquetage singularity-container .
Reste à savoir si cette dernière suffira pour les calculs d'unités Atlas alors que sur le forum LHC, on parle des versions 2.6.x .
Concernant la branche 3.x de singularity-container, il semblerait qu'elle pose problème .
« Modifié: 20 mai 2019 à 16:56 par [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 »
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Re : Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #9 le: 21 mai 2019 à 14:19 »
Je me demande la différence entre "apt" et "apt-get" que j'utilise d'habitude.
En gros, apt est une version simplifée d'apt-get .
Tu trouveras plus d'informations utiles dans cet article .
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Re : Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #10 le: 21 mai 2019 à 21:55 »
Merci pour cette information RLDF .
Si on utilise une version 18.04 d'Ubuntu, on aura la version 2.41 du paquetage singularity-container .
Reste à savoir si cette dernière suffira pour les calculs d'unités Atlas alors que sur le forum LHC, on parle des versions 2.6.x .
Concernant la branche 3.x de singularity-container, il semblerait qu'elle pose problème .
J'ai justement fait le test pour theory native et atlas native, ça tourne nickel !

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Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #11 le: 21 mai 2019 à 22:41 »
Et comment t'as fait pour avoir des Atlas native ? il continue de ne récupérer des 6T ou des native theory malgré mon réglage de préférences...

Et sur le serveur status on ne voit même pas ces "atlas native"...

Snif.
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Re : [TUTO] LHC - Atlas Native ( Linux seulement )
« Réponse #12 le: 23 mai 2019 à 18:12 »
En ce moment, je n'arrive pas à avoir des unités Atlas Simulation ( il n'y a pas d'unités appelées Atlas native ) .
Je ne récupère que des Theory native .
C'est dommage car les unités Atlas rapport plus que les Theory .
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