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Auteur Sujet: [TUTO] LHC - Theory Native ( native_theory )  (Lu 11307 fois)

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Hors ligne [AF>Libristes>Jip] Elgrande71

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A la demande de plusieurs membres de l'AF, je vous remets ci-dessous tous les tutoriels qui vous permettent de pouvoir cruncher sur le projet Theory Native de LHC ( attention pour l'instant il faut un système Linux ou GNU/Linux comme Debian, Ubuntu, Manjaro ( dérivé Archlinux ) .

Debian

utiliser un terminal pour l'exécution des commandes ci-dessous ( en gras )

Vérification de l'installation du paquet autofs

dpkg -l | grep 'autofs'

si rien ne s'affiche

se mettre en superutilisateur ( root avec la commande su ) puis

apt install autofs

Installation de CVMFS

su ( pour se mettre en superutilisateur root )

wget https://ecsft.cern.ch/dist/cvmfs/cvmfs-release/cvmfs-release-latest_all.deb
dpkg -i cvmfs-release-latest_all.deb
rm -f cvmfs-release-latest_all.deb
apt update
apt install cvmfs

Paramétrages divers ( toujours en superutilisateur )

wget https://lhcathomedev.cern.ch/lhcathome-dev/download/default.local -O /etc/cvmfs/default.local
mkdir -p /etc/auto.master.d/
echo "/cvmfs /etc/auto.cvmfs" > /etc/auto.master.d/cvmfs.autofs
systemctl restart autofs
cvmfs_config probe ( tous doit être Ok )
echo "kernel.unprivileged_userns_clone = 1" >>  /etc/sysctl.conf
sysctl -p
gpasswd -a boinc cvmfs

Redémarrage du client BOINC

systemctl restart boinc-client

Ubuntu

utiliser un terminal pour l'exécution des commandes ci-dessous ( en gras )

Vérification de l'installation du paquet autofs

dpkg -l | grep 'autofs'

si rien ne s'affiche

sudo apt install autofs

Installation de CVMFS

wget https://ecsft.cern.ch/dist/cvmfs/cvmfs-release/cvmfs-release-latest_all.deb
sudo dpkg -i cvmfs-release-latest_all.deb
rm -f cvmfs-release-latest_all.deb
sudo apt update
sudo apt install cvmfs

Paramétrages divers

sudo wget https://lhcathomedev.cern.ch/lhcathome-dev/download/default.local -O /etc/cvmfs/default.local
sudo mkdir -p /etc/auto.master.d/
sudo nano /etc/auto.master.d/cvmfs.autofs
contenu du fichier cvmfs.autofs ( enregistrer le contenu par la combinaison de touches ctrl+o et sortie de l'éditeur par ctrl+x )
/cvmfs /etc/auto.cvmfs
sudo systemctl restart autofs
sudo cvmfs_config probe ( tous doit être Ok )
sudo nano /etc/sysctl.conf
à la fin du fichier sysctl.conf, rajouter la ligne ci-dessous ( enregistrer le contenu par la combinaison de touches ctrl+o et sortie de l'éditeur par ctrl+x )
kernel.unprivileged_userns_clone = 1
sudo sysctl -p
sudo gpasswd -a boinc cvmfs

Redémarrage du client BOINC

sudo systemctl restart boinc-client

Manjaro

Installation par le gestionnaire de paquets des paquetages suivants : autofs et cvmfs

Paramétrage de cvmfs et d'autofs ( commandes à exécuter dans un terminal -> jusqu'au sujet redémarrage du client BOINC compris )

sudo wget https://lhcathomedev.cern.ch/lhcathome-dev/download/default.local -O /etc/cvmfs/default.local
sudo nano /etc/autofs/auto.master.d/cvmfs.autofs
contenu du fichier cvmfs.autofs ( enregistrer le contenu par la combinaison de touches ctrl+o et sortie de l'éditeur par ctrl+x )
/cvmfs /usr/lib/cvmfs/auto.cvmfs

sudo systemctl enable autofs
sudo systemctl restart autofs

Vérification du fonctionnement de cvmfs

sudo cvmfs_config probe

Paramétrages supplémentaires

sudo nano /etc/sysctl.d/97-cvmfs.conf
contenu du fichier 97-cvmfs.conf ( enregistrer le contenu par la combinaison de touches ctrl+o et sortie de l'éditeur par ctrl+x )
kernel.unprivileged_userns_clone = 1

sudo sysctl -p /etc/sysctl.d/97-cvmfs.conf
sudo gpasswd -a boinc cvmfs

Redémarrage du client BOINC

sudo systemctl restart boinc-client
« Modifié: 20 May 2019 à 16:30 par [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 »

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Réponse #1 le: 24 April 2019 à 10:42
:jap: Merci Elgrande :jap:


Viendez chez nous, cause qu'on est les meilleur(e)s :D


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Hors ligne DocPhilou1966

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Réponse #2 le: 24 April 2019 à 13:30
Heureusement que BOINC c'est de l'utilisation de temps de calcul d'un ordinateur quand on ne l'utilise pas.
Et que BOINC fait tout, tout seul  :ayalou: :hilare: :marcp:

Merci pour ce tuto qui a du te prendre du temps !  :jap:

 
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Hors ligne [AF>Libristes>Jip] Elgrande71

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Réponse #3 le: 24 April 2019 à 14:19
Je te confirme que ce tutoriel a pris du temps à faire DocPhilou mais quand on a des membres qui persévèrent et qui cherchent vraiment à trouver une solution, on ne peut que y participer .

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Hors ligne DocPhilou1966

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Réponse #4 le: 24 April 2019 à 15:10
Je te confirme que ce tutoriel a pris du temps à faire DocPhilou mais quand on a des membres qui persévèrent et qui cherchent vraiment à trouver une solution, on ne peut que y participer .
:plusun:
J'ai abandonné Linux après de brefs essais UBUNTU ;)
Pas le courage, malgré l'aide des Libristes de l'AF  :desole:

 
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Hors ligne JeromeC

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Réponse #5 le: 24 April 2019 à 18:14
Merci ElGrande ! Précisions que cette application, à ce jour déclarée comme "béta" (expérimentale) par LHC, peut clairement être considérée comme "alpha testing" (très expérimentale :D) !!

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Hors ligne overclockman

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Réponse #6 le: 24 April 2019 à 23:51
question con, ça fonctionne avec un ARM ?



Hors ligne erik

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Réponse #7 le: 25 April 2019 à 06:58
Merci Elgrande  :kookoo:  :jap:



   


Hors ligne JeromeC

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Réponse #8 le: 25 April 2019 à 09:36
Ce sujet est un bon endroit pour rappeler le topic officiel de l'appli béta sur le forum LHC (c'est un topic figé : y'a plein de sujets dans la section qui parlent de cette appli).

Et aussi la page de documentation d'install officielle de CVMFS.

Qui commence par ceci :

Citer
The CernVM-FS client is supported on x86, x86_64, and ARM architectures running Linux or Mac OS X ≥10.12. There is experimental support for Power 8 and RISC-V.
Citer
Le client CernVM-FS est supporté sur les architectures x86, x86_64 et ARM sous Linux ou Mac OS X ≥10.12. Il existe un support expérimental pour Power 8 et RISC-V.

Donc oui ARM fait partie de la liste mais VAS SAVOIR s'ils ont des tâches, pour macOS ils en ont pas (mais bon en même temps ça dit bien que c'est linux only :D ), mais c'est toujours le truc que tu peux pas savoir en listant une page de server status, à quels OS les tâches a priori disponibles sont elles destinées...

Après dans le cas d'ARM c'est pas un OS mais une architecture, donc je suppose que "si tu mets un linux dessus" ça le fait ?

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Hors ligne overclockman

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Réponse #9 le: 28 April 2019 à 00:31
Merci Jerome pour ta réponse, en effet c'est du linux mais pas x86 donc il n'y a pas tout qui fonctionne. Il y est même dans la liste des projets androïd (LHC tout court) mais pas de tâches.



Hors ligne JeromeC

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Réponse #10 le: 09 January 2021 à 13:38
J'ai voulu relancer theory native sur la VM linux OVH où j'avais réussi le faire tourner, en stretch.

Je suis passé sur buster il y a quelques temps, et l'idée vient de me prendre de relancer theory native dessus.

Alors que la config CVMFS semble toujours fonctionnelle, tout ne se passe pas comme prévu.

Merci de votre aide amis libristes !

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Réponse #11 le: 09 January 2021 à 14:33
Hey Elgrande, je n'ai pas eu l'occasion de tester pour le moment, mais si tu connais le WSL, penses-tu que cela puisse tourner dessus ?

Niyati : AMD Zen 3 Ryzen 9 5950x / 32Go@3800MHz DDR4 / Asus ROG RTX 3080Ti OC / Windows 10 Pro
Azrael : OVH RISE-LE-2 Intel Xeon E5-2650v2@2.6GHz(3.4GHz Turbo) / 64GB DDR4 ECC 1600MHz


Hors ligne [AF>Libristes>Jip] Elgrande71

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Réponse #12 le: 09 January 2021 à 18:33
Pour l'instant, je ne calcule que des unités Atlas native mais je viens de rajouter Theory pour voir .
Je vais regarder ce que ça donne et je te tiens au courant Jerome .
Par contre, concernant la configuration procedure, j'avoue que je n'ai pas suivi la section Suspend/Resume .
A voir donc si chez moi, les unités partirons en erreur à cause de cela .

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Réponse #13 le: 09 January 2021 à 18:39
Hey Elgrande, je n'ai pas eu l'occasion de tester pour le moment, mais si tu connais le WSL, penses-tu que cela puisse tourner dessus ?
Le WSL ou Windows Subsystem for Linux ( Windows 10 ) n'est pas quelque chose qui m'attire plus que cela .
Je n'ai pas testé ce composant de Microsoft Windows, désolé .

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Réponse #14 le: 09 January 2021 à 19:29
@ElGuillermo : bigre c'est méchamment technique pour quelqu'un qui n'est pas linux-expert 3ème dan... il parle d'un problème avec une exécution en mode service, c'est l'installation par défaut pour boinc ça ? je ne pense pas être en service (de mémoire ça dit quelque chose dans les messages au lancement de boinc, je ne vois rien de tel) mais de toutes façon le gars expose un problème pour que la suspension / reprise de tâche fonctionne, moi la tâche se lance pas du tout...

@ElGrande : Il y a aussi des atlas native ? j'ignorais.

Je suis allé faire un tour sur la partie Atlas du forum... c'est encore pluuuuuus compliqué ce que j'y lis :gno:

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Réponse #15 le: 10 January 2021 à 07:41
Jerome, pourrais-tu vérifier que tu as toujours la variable kernel.unprivileged_userns_clone = 1 ?
à exécuter avec le compte root
sysctl kernel.unprivileged_userns_clone

Si la variable n'a pas la bonne valeur, il faudra refaire les manipulations suivantes :
à exécuter avec le compte root ( ou sudo devant chaque commande sur Ubuntu )

nano /etc/sysctl.d/97-cvmfs.conf
contenu du fichier 97-cvmfs.conf ( enregistrer le contenu par la combinaison de touches ctrl+o et sortie de l'éditeur par ctrl+x - seulement la ligne ci-dessous )
kernel.unprivileged_userns_clone = 1

sysctl -p /etc/sysctl.d/97-cvmfs.conf

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Réponse #16 le: 10 January 2021 à 14:06
@ElGrande : Oui

kernel.unprivileged_userns_clone = 1

d'ailleurs je n'ai pas de fichier 97-cvmfs.conf mais ça :

Citer
lrwxrwxrwx  1 root root   14 oct.  24 20:44 99-sysctl.conf -> ../sysctl.conf
-rw-r--r--  1 root root  324 mai   31  2018 protect-links.conf
-rw-r--r--  1 root root  639 nov.  22  2016 README.sysctl

Le 99-sysctl.conf contient plein de trucs en commentaire et que cette instruction, donc je suppose que le résultat est le même ?


@ElGuillermo : il s'agit d'une petite VM dual-core chez OVH que je garde depuis bien longtemps juste pour bricoler, et que en ligne de commande, j'ai pas de VB là dedans, et à l'époque j'avais réussi à y faire tourner theory native (il me semble me rappeler que c'était déjà grâce à votre aide car au début ça marchait pas) et j'étais bien content :)

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Réponse #17 le: 04 February 2021 à 00:04
Bon et bien sur le forum de LHC y'a un furieux linuxien (F6FGZ looking for DX !, un français en plus :)) qui s'est accroché avec moi (en me tenant pas la main pour m'éviter de tomber dans la lave ardente de linux) et après moult combats j'ai les theory native qui tournent sous buster !!!!

Ce ne fut pas une mince affaire et j'ai compris 20% de tout ce qu'il m'a fait faire, mais ça fonctionne :)

https://lhcathome.cern.ch/lhcathome/forum_thread.php?id=5580

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Hors ligne [AF] Kalianthys

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Réponse #18 le: 04 February 2021 à 06:58
J'ai rien compris...  :eek:





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Réponse #19 le: 04 February 2021 à 09:54
Moi non plus :lol:

Mais si tu veux faire du native theory avec buster, faut te fader tout ça.

Si tu fais que du native atlas pas besoin (de cette partie, il y a d'autres prérequis qui eux sont prérequis :) cf topics dédiés sur leur forum)

Si t'es pas encore sous buster, pas besoin non plus (de cette partie, mêmes autres prérequis).

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Hors ligne JeromeC

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Réponse #20 le: 07 February 2021 à 18:51
Bon je tente de récapituler tout ce que j'ai dû faire pour que native theory fonctionne sur debian buster (les native atlas tournent sans tous ces soucis "native theory utilise des conteneurs "runc" alors que ATLAS native utilise des conteneurs "singularity".).

Les steps décrits en haut par ElGrande sont évidemment requis, et ça vient de là.

Pour rappel j'avais des erreurs comme ça (sur LHC comme sur LHCdev) :
Citer
11:59:21 CET +01:00 2021-01-09: cranky-0.0.32: [INFO] Creating cgroup for slot 6
mkdir: impossible de créer le répertoire /sys/fs/cgroup/hugetlb : Système de fichiers accessible en lecture seulement

(encore merci à F6FGZ looking for DX ! qui fut mon sauveur sur le forum de LHC, je me contente de remettre dans l'ordre et traduire un peu tous les "essai/erreur/essai" que j'ai dû faire)

1 - Ajouter le support HugeTLB au noyau

HugeTLB n'est pas supporté par le noyau Debian Buster, la version actuelle est 4.19.0-13-amd64.

J'ai dû récupérer le paquet source du noyau, activer HugeTLB et le compiler.

Tout d'abord, installer le paquet source du noyau si ce n'est pas déjà fait :

sudo apt install linux-source.

# Faire le kernel après la mise à jour du package source
# ADAPTER les NUMEROS de VERSION de noyau selon la version en cours
mkdir KERNEL [j'ai fait tout ça depuis mon répertoire perso ~]
sudo apt install linux-config-4.19 bison fakeroot libelf-dev
tar xaf /usr/src/linux-source-4.19.tar.xz -C KERNEL
xzcat /usr/src/linux-config-4.19/config.amd64_none_amd64.xz > /tmp/config.amd64_none_amd64
cd KERNEL/linux-source-4.19
# make ARCH=x86 defconfig (plutôt faire la copie cf. ci-dessous)
#
# Alternatively, you can use the configuration from a Debian-built kernel that
# you already have installed by copying the /boot/config-* file to .config and
# then running make oldconfig to only answer new questions.
# If you do this, ensure that you modify the configuration to set: [j'ai dû faire ça pour que ça passe]
# CONFIG_SYSTEM_TRUSTED_KEYS = ""
cp -p /boot/config-4.19.0-13-amd64 .config [ici la commande initiale était avec 4.19.0-10 mais chez moi j'ai dû mettre 4.19.0-13 pour que ça passe]
diff -u .config /tmp/config.amd64_none_amd64
make oldconfig
make menuconfig
General setup  -->  Control Group support  --->  [*]   HugeTLB controller [il faut donc naviguer dans le menu "semi-graphique" pour aller activer l'option HugeTLB controler qui n'est pas activée par défaut]
make -j 14 bindeb-pkg # N-2 CPU's et patience ensuite ... [chez moi j'ai mis 2 au lieu de 14 car j'ai 2 cores sur la VM OVH]
cd ..
sudo dpkg -i linux-headers-4.19.160_4.19.160-1_amd64.deb [ici il avait donné 132 et j'ai dû mettre 160 partout]
sudo dpkg -i linux-image-4.19.160_4.19.160-1_amd64.deb
rm -fR linux-source-4.19
# Recompiler le module vboxdrv pour VirtualBox [c'est donc complètement optionnel, moi je n'ai pas VB dans la VM OVH que j'utilise...]
sudo /sbin/vboxconfig

Vérifiez que le fichier /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/boinc-client.service n'a pas été modifié par le processus de mise à jour et ressemble à :
[Unit]
Description=Berkeley Open Infrastructure Network Computing Client
Documentation=man:boinc(1)
After=network-online.target

[Service]
ProtectHome=true
Type=simple
Nice=10
User=boinc
PermissionsStartOnly=true
WorkingDirectory=/var/lib/boinc
ExecStartPre=/usr/bin/touch /var/log/boinc.log /var/log/boincerr.log
ExecStartPre=/bin/chown boinc:boinc /var/log/boinc.log /var/log/boincerr.log
ExecStartPre=/bin/sh -c "/bin/chmod +x /sbin/create-boinc-cgroup && /sbin/create-boinc-cgroup"
ExecStart=/bin/sh -c '/usr/bin/boinc --dir /var/lib/boinc-client >/var/log/boinc.log 2>/var/log/boincerr.log'
ExecStop=/usr/bin/boinccmd --quit
ExecReload=/usr/bin/boinccmd --read_cc_config
ExecStopPost=/bin/rm -f lockfile
IOSchedulingClass=idle

[Install]
WantedBy=multi-user.target

2 - Ajouter l'émulation vsyscall aux paramètres de démarrage du noyau


Vous devez éditer le fichier GRUB par défaut (utilisez votre éditeur préféré si vous n'êtes pas familier avec vi) [prendre nano à la place ! prendre nano ! vi c'est pour les fous de linux !! ]

$ sudo vi /etc/default/grub
Vous devez avoir une ligne avec le paramètre GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT comme :
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet"
Il suffit d'y ajouter vsyscall=emulate :
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="vsyscall=emulate quiet"
(mais dans mon cas j'avais
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="console=ttyS0"alors ça a donné
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="console=ttyS0 vsyscall=emulate")

Ensuite, mettez à jour GRUB :
$ sudo update-grub
Une fois que les en-têtes linux et les paquets linux-image sont prêts, il suffit de les installer comme décrit et redémarrer.

Vous devriez maintenant avoir ces répertoires :

$ find /sys/fs/cgroup/ -type d -name boinc -exec ls -ld {} \;|sort -k9,9
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/blkio/boinc
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/cpu,cpuacct/boinc
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/cpuset/boinc
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/devices/boinc
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/freezer/boinc
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/hugetlb/boinc
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/memory/boinc
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/net_cls,net_prio/boinc
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/perf_event/boinc
drwxrwxr-x 2 root boinc 0 janv. 31 14:38 /sys/fs/cgroup/pids/boinc

Et le paramètre de noyau ajouté :

$ sudo grep emulate /var/log/syslog
Jan 31 11:24:42 pitot kernel: [    0.000000] Command line: BOOT_IMAGE=/vmlinuz-4.19.160 root=UUID=107d3155-5b10-440d-91f9-a410f99a549d ro vsyscall=emulate quiet
Jan 31 11:24:42 pitot kernel: [    0.531334] Kernel command line: BOOT_IMAGE=/vmlinuz-4.19.160 root=UUID=107d3155-5b10-440d-91f9-a410f99a549d ro vsyscall=emulate quiet

Vous êtes prêt pour theory native avec Debian Buster.
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J'espère pas avoir merdé dans ma récap et que ça en aidera certains !

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Réponse #21 le: 21 March 2021 à 20:45
Bon ce truc est gaguesque, suite à la mort de ma petite VM debian dans la tragédie OVH et après avoir repris la même (en théorie) toujours sous buster, j'ai tenté de refaire toute la config en re-suivant ma propre partie de tuto, ben ça marche plus... je suis retourné écrire dans le topic sur le forum LHC.....

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Réponse #22 le: 23 March 2021 à 22:16
Bon le même gars m'a aidé de nouveau, et après rebataille ça remarche ! (il manquait des paquets qui ne m'avaient pas manqué la 1ère fois...)... j'ai aussi dû installer d'autres trucs pour Atlas native ("singularity") qui au début plantaient de nouveau... je me souvenais même plus avoir installé ces trucs avant, mais c'est bien expliqué dans un topic dans le sous-dossier Atlas du forum LHC.

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Réponse #23 le: 05 May 2021 à 10:52
Un dernier point à rajouter si vous constatez que le répertoire /sys/fs/cgroup/blkio/boinc disparaît après un certain temps.
Cela affecte Ubuntu et Debian car les tâches ne s’exécutent pas à cause de cette absence, je ne sais pas sur les autres distributions.
Au lieu de créer un script qui surveille la présence de ce répertoire afin de le recréer s'il disparaît, une solution élégante a été proposée sur le site de LHC@Home.
Il suffit simplement de rajouter ces quatre lignes à la section [Service] dans votre fichier /etc/systemd/system/boinc-client.service.
[Service]
MemoryAccounting=true
IOAccounting=true
BlockIOAccounting=true
CPUAccounting=true

Puis de relancer le service en prenant en compte la modification :
sudo systemctl stop boinc-client
sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl start boinc-client

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Réponse #24 le: 05 May 2021 à 20:18
Salut "le gars" :)

Houla... j'ai envie de dire "si ça recommence à planter je me poserai la question" :D

Mais merci pour le extra-tip !

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