Auteur Sujet: Open Zika nouvellles infos  (Lu 109 fois)

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Open Zika nouvellles infos
« le: 25 février 2019 à 16:13 »

OpenZika Team Adds New Resources to Continue Massive Data Analysis
By: The OpenZika research team
20 déc. 2018    

New research models, a new student, new publications, new collaborations, and continuing data analysis are all detailed in this comprehensive update from the OpenZika research team.
Current Lab Work

Dr. Carolina Andrade’s research team, LabMol, is working on analyzing the data generated by OpenZika project. Dr. Melina Mottin is leading this task.

We are analyzing the virtual screen from OpenZika against the ZIKV NS5 protein, a key viral enzyme that is required for the virus to mature and form infectious viral particles. The full-length NS5 protein contains two domains, representing two distinct targets: the NS5 methyltransferase and NS5 polymerase. NS5 methyltransferase domain methylates, or attaches methyl (CH3) radicals to, the RNA cap structure; and NS5 polymerase domain synthesizes the viral RNA, and is thus essential to ZIKV survival and establishment of the infection in host cells.

We are being assisted by other Brazilian researchers, who are helping to analyze the big data generated by the docking calculations from World Community Grid. Professor Roosevelt Alves da Silva (Federal University of Goias), Dr. Joao H. Martins Sena (Oswaldo Cruz Foundation, FIOCRUZ), and Dr. Pedro Torres (University of Cambridge) are helping Dr. Mottin and the LabMol team to handle the massive amount of data we have been generating. Also, our new Master’s student, Bruna Souza, is being trained by Dr. Mottin. She is already analyzing the data and preparing reports.

In addition, we have prepared capsid proteins (from Zika, dengue and West Nile viruses) to “feed the beast” (that is, to keep creating the docking jobs that you all crunch for us), and perform docking calculations. The flavivirus capsid proteins have no inhibitors co-crystalized, so we performed a binding pocket prediction of the ZIKV capsid structure. Two binding pockets were identified. Then, we submitted docking jobs regarding pocket 1 and 2 of capsid protein against the ZINC15 database (containing 30.2 million compounds).

Dr. Mottin Visits Dr. Ekins

(From left to right) Collaborations Pharmaceuticals lab members Kimberley Zorn and Dr. Thomas Lane; Dr. Melina Mottin of LabMol; and co-principal investigator Dr. Sean Ekins are pictured at the Collaborations Pharmaceuticals lab in North Carolina
Dr. Mottin spent almost a month as a visiting researcher at Dr. Sean Ekins’ lab in North Carolina. She worked on Bayesian and Random Forest models for Zika, dengue and Ebola using publicly available data. The main goal of this work was to develop and implement these models to help increase the efficiency of the final selection of the compounds to test against the viruses. (For example, we can build a machine learning model for Zika and related flaviviruses that could help predict which compounds are more likely to have whole-cell activity, which will complement our target-based docking in OpenZika.) Models are now being optimized with new datasets obtained from the literature and databases such as ChEMBL and PubChem, to build new and more robust machine learning models for predicting activity for Zika and dengue viruses.

New Candidate Inhibitors Recently Discovered

We recently finished analyzing a virtual screen from OpenZika against the ZIKV NS2B/NS3 protease, a key viral enzyme that is required for the virus to mature and form infectious viral particles. Approximately 6 million compounds were docked against the ZIKV protease, followed by interaction-based docking filters to find compounds that were predicted to dock well to the allosteric site. We then used machine learning models as filters (our suite of Bayesian models that predict mouse liver microsomal stability, lack of cytotoxicity, and solubility). We ultimately visually inspected the binding modes of the top 318 compounds, and we narrowed it down to 27 candidates. These candidates will be purchased and then assayed by our collaborators, to discern their potency at inhibiting the protease, as well as their efficacy in cell-based assays.

We also analyzed the docking results regarding the Chembridge database (~1 million compounds) against NS5 polymerase (RNA and NTP sites) and NS5 methyltransferase (active, SAM and GTP sites), as well as the NS3 helicase (ATP and RNA sites). We filtered the best ranked compounds through the developed ZIKV QSAR models and performed a medicinal chemistry inspection of the filtered compounds, selecting 33 compounds in total. The next steps will be to order these compounds and experimentally test them (Figure 1).

Figure 1. Workflow of the virtual screening experiments performed for NS3 helicase, NS5 polymerase and NS5 methyl transferase using the ChemBridge database (~1 million compounds)

Upcoming and Recent Publications

We recently published a review paper entitled “Computational drug discovery for the Zika virus.” This paper was published in a special issue of the Brazilian Journal of Pharmaceutical Sciences. In this paper, we summarize current computational drug discovery efforts and their application to the discovery of anti-ZIKV drugs. We also present successful examples of the use of computational approaches to ZIKV drug discovery, including our OpenZika project.

In November, we published a keynote review entitled “The A–Z of Zika drug discovery” in the journal Drug Discovery Today. This is a comprehensive review of the recent advances in ZIKV drug discovery efforts, highlighting drug repositioning and computationally guided compounds, including recently discovered viral and host cell inhibitors. Promising ZIKV molecular targets are also described and discussed, as well as targets belonging to the host cell, as new opportunities for ZIKV drug discovery. All this knowledge is not only crucial to advancing the fight against the Zika virus and other flaviviruses, but it will also help the scientific community prepare for the next emerging virus outbreak to which we will have to respond.

Dr. Ekins, Dr. Andrade, and Dr. Mottin, along with other researchers, recently had a review paper “High Throughput and Computational Repurposing for Neglected Diseases” accepted in the journal Pharmaceutical Research. This paper describes the many drug repurposing efforts that have been going on in different labs around the world to try to find treatments for many tropical diseases.

Dr. Mottin's poster presentation in August
The OpenZika project results were presented at the 256th ACS National Meeting, on August 19-23, in Boston, MA, USA. Dr. Mottin gave an oral presentation and presented a poster entitled “OpenZika: Discovery of new antiviral candidates against Zika virus,” in the session Chemoinformatics Approaches to Enhance Drug Discovery Based on Natural Products.

Dr. Mottin presenting in November
Dr. Mottin also gave an oral presentation “Applying Molecular Dynamics to Drug Discovery for Zika Virus and Schistosoma mansoni”, in the South American Initiative for Cooperation on Molecular Simulations (SAIMS) meeting, held at Institut Pasteur, Montevideo, Uruguay, November 4-7. The meeting was a great opportunity to exchange experiences and collaborate with South American researchers who work with Zika.

Past Publications and Outreach

Dr. Sean Ekins presented a poster at Cell Symposia: Emerging and Re-emerging Viruses, on October 1-3, 2017, in Arlington, VA, USA, entitled “OpenZika: Opening up the discovery of new antiviral candidates against Zika virus.”

Our PLoS Neglected Tropical Diseases paper, "OpenZika: An IBM World Community Grid Project to Accelerate Zika Virus Drug Discovery," was published on October 20 2016, and it has already been viewed more than 5,200 times. Anyone can access and read this paper for free. Another research paper “Illustrating and homology modeling the proteins of the Zika virus” was published in F1000Research and viewed > 4,200 times.

We also published a research paper entitled “Molecular Dynamics simulations of Zika Virus NS3 helicase: Insights into RNA binding site activity” in October 2017, as part of a special issue on Flaviviruses for the journal Biochemical and Biophysical Research Communications. This study of the NS3 helicase system helped us learn more about this promising target for blocking Zika replication. The results will help guide how we analyze the virtual screens that we performed against NS3 helicase, and the Molecular Dynamics simulations generated new conformations of this system that we have been using as targets in new virtual screens that we performed as part of OpenZika.

New Collaborations

These articles and presentations are helping to bring additional attention to the project and encouraging the formation of new collaborations.

We started a very important collaboration with the Center for Innovation in Biodiversity and Drug Discovery (CIBFar), coordinated by Professor Glaucius Oliva, hosted at University of Sao Paulo (USP), Brazil, São Carlos Institute of Physics (IFSC). The main goal of this collaboration is to test our compounds directly on enzymatic assays with Zika virus proteins. Our selected compounds are being tested to see if they can bind to the NS3 helicase, using the differential scanning fluorescence (DSF) technique and/or if they can inhibit the ATPase activity of this protein.

Another collaboration has been started with a Brazilian group working on semi-synthetic and natural products, led by Professor Luis Octavio Regasini, from the Department of Chemistry and Environmental Sciences, São Paulo State University (UNESP), and Professor Ana Carolina Gomes Jardim, from the Institute of Biomedical Sciences, Federal University of Uberlandia (UFU), a virologist expert in running phenotypic assays (cell-based assays) with viruses. They are screening a library of natural and synthetic compounds which include flavonoids, alkaloids and diarylamines to assess their antiviral potential against ZIKV infection in vitro. For the discovered experimental hits, we are performing docking calculations using AutoDock Vina with ZIKV proteins, using the same protocols and models that we developed in the OpenZika project. The results of this collaboration are being written in a research paper, which will be submitted soon to a scientific journal for publication.

Dr. Sean Ekins is continuing a collaboration with Dr. Scott Laster and Dr. Frank Scholle at NC State University to study flaviviruses. They have access to cell-based plaque assays for these viruses. We have also been evaluating several natural products they identified to predict potential targets in Zika and evaluate them experimentally in the labs of our collaborators described above.

New Student Team Member

As mentioned above, Dr. Andrade has hired a new graduate student, Bruna Sousa, to work on the OpenZika project. She started working in Dr. Andrade’s lab in March 2018, and she is very enthusiastic about learning and collaborating on the project. She is a volunteer for the OpenZika project with an Android device, and has invited students and professors of the graduate program, during classes and through her personal social media, to participate in the project. She is joining in the OpenZika calls with World Community Grid.

Bruna Sousa and her poster at IX School of Molecular Modeling in Biological Systems, at Petropolis, Rio de Janeiro, Brazil
She has presented her new results in a presentation entitled “Computational and experimental strategies for the identification of protease and helicase proteins of the dengue and Zika viruses”. She was selected to participate at the IX School of Molecular Modeling in Biological Systems (IX EMMSB), August 20- 24, at the National Laboratory of Scientific Computing (LNCC) in Petropolis - Rio de Janeiro, Brazil.

Bruna and her second poster presentation, at XV Congress of Research of UFG, Goiania, GO, Brazil
She also presented a poster entitled “Molecular Docking studies of a novel diarylamine compound active against Zika virus replication.” In October 15-17, she participated in the XV Congress of Research, Teaching and Extension of Federal University of Goiás (UFG), where she presented a poster entitled “Molecular docking of an antranilic acid derivative against Zika proteins."

Status of the Calculations

In total, we have submitted almost 6.8 billion docking jobs, which involved 427 different target sites. Our initial screens used an older library of 6 million commercially available compounds, and our current experiments utilize the new ZINC15 library of 30.2 million compounds. We have already received approximately 6.3 billion of these results on our server. (As a reminder, there is some lag time between when the calculations are performed on our volunteer’s machines and when we get the results, since all of the results per “package” of approximately 10,000 – 50,000 different docking jobs need to be returned to World Community Grid, re-organized, and then compressed before they are sent to our server.)

So far, the > 80,000 volunteers who have donated their spare computing power to OpenZika have given us > 63,023 CPU years’ worth of docking calculations, at a current average of 66.3 CPU years per day!  Thank you all very much for your help!

Except for a few stragglers, we have received all of the results for our experiments that involve docking 6 million compounds versus NS1, NS3 helicase (both the RNA binding site and the ATP site), NS5 (both the RNA polymerase and the methyltransferase domains), NS2B/NS3 protease and capsid (binding pockets 1 and 2).

Thank you to all the volunteers who are donating their unused computing time to this project!  We appreciate your help!
« Modifié: 25 février 2019 à 16:18 par ousermaatre »


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Re : Open Zika nouvellles infos
« Réponse #1 le: 25 février 2019 à 16:21 »
traduit par deepl....

L'équipe OpenZika ajoute de nouvelles ressources pour poursuivre l'analyse massive des données
Par : L'équipe de recherche OpenZika
20 déc. 2018    

De nouveaux modèles de recherche, un nouvel étudiant, de nouvelles publications, de nouvelles collaborations et une analyse continue des données sont tous détaillés dans cette mise à jour complète de l'équipe de recherche OpenZika.
Travaux de laboratoire en cours

L'équipe de recherche de la Dre Carolina Andrade, LabMol, travaille à l'analyse des données générées par le projet OpenZika. La Dre Melina Mottin dirige cette tâche.

Nous analysons l'écran virtuel d'OpenZika contre la protéine NS5 de ZIKV, une enzyme virale clé qui est nécessaire pour que le virus mûrisse et forme des particules virales infectieuses. La protéine NS5 pleine longueur contient deux domaines, représentant deux cibles distinctes : la méthyltransférase NS5 et la polymérase NS5. Le domaine NS5 méthyltransférase méthylate, ou attache des radicaux méthyle (CH3) à la structure de la coiffe de l'ARN, et le domaine NS5 polymérase synthétise l'ARN viral, et est donc essentiel à la survie de ZIKV et à l'établissement de l'infection dans les cellules hôtes.

Nous sommes assistés par d'autres chercheurs brésiliens, qui nous aident à analyser les grandes données générées par les calculs d'amarrage de World Community Grid. Le professeur Roosevelt Alves da Silva (Université fédérale de Goias), le Dr Joao H. Martins Sena (Fondation Oswaldo Cruz, FIOCRUZ) et le Dr Pedro Torres (Université de Cambridge) aident le Dr Mottin et l'équipe LabMol à traiter l'énorme quantité de données que nous avons produites. De plus, notre nouvelle étudiante à la maîtrise, Bruna Souza, est formée par le Dr Mottin. Elle analyse déjà les données et prépare des rapports.

De plus, nous avons préparé des protéines de capside (à partir de virus Zika, de la dengue et du virus du Nil occidental) pour "nourrir la bête" (c'est-à-dire pour continuer à créer les tâches d'amarrage que vous nous faites tous craquer) et pour effectuer des calculs. Les protéines de la capside du flavivirus n'ont pas d'inhibiteurs co-cristallisés, nous avons donc effectué une prédiction de poche de la structure de la capside de ZIKV. Deux poches de reliure ont été identifiées. Ensuite, nous avons soumis des travaux d'amarrage concernant les poches 1 et 2 de protéines de capside dans la base de données ZINC15 (contenant 30,2 millions de composés).

Visite du Dr Mottin au Dr Ekins

Mise à jour du projet Ekins-Lab-OZ - Déc-2018
(De gauche à droite) Kimberley Zorn et Thomas Lane, membres du laboratoire pharmaceutique des Collaborations, la Dre Melina Mottin de LabMol et le Dr Sean Ekins, cochercheur principal, sont photographiés au laboratoire pharmaceutique des Collaborations en Caroline du Nord.
Le Dr Mottin a passé près d'un mois comme chercheur invité au laboratoire du Dr Sean Ekins en Caroline du Nord. Elle a travaillé sur des modèles bayésiens et forestiers aléatoires pour Zika, la dengue et Ebola en utilisant des données accessibles au public. L'objectif principal de ce travail était de développer et de mettre en œuvre ces modèles pour aider à accroître l'efficacité de la sélection finale des composés à tester contre les virus. (Par exemple, nous pouvons construire un modèle d'apprentissage machine pour Zika et les flavivirus apparentés qui pourrait aider à prédire quels composés sont les plus susceptibles d'avoir une activité de cellules entières, ce qui complétera notre système d'ancrage ciblé dans OpenZika). Les modèles sont maintenant optimisés à l'aide de nouveaux ensembles de données tirés de la littérature et de bases de données comme ChEMBL et PubChem, afin de créer de nouveaux modèles d'apprentissage machine plus robustes pour prédire l'activité des virus Zika et dengue.

Nouveaux inhibiteurs candidats récemment découverts

Nous avons récemment terminé l'analyse d'un écran virtuel d'OpenZika contre la protéase ZIKV NS2B/NS3, une enzyme virale clé qui est nécessaire pour que le virus mûrisse et forme des particules virales infectieuses. Environ 6 millions de composés ont été amarrés à la protéase ZIKV, suivis de filtres d'amarrage basés sur l'interaction pour trouver les composés qui devaient s'amarrer au site allostérique. Nous avons ensuite utilisé des modèles d'apprentissage machine comme filtres (notre suite de modèles bayésiens qui prédisent la stabilité microsomale du foie de souris, le manque de cytotoxicité et la solubilité). Nous avons finalement inspecté visuellement les modes de liaison des 318 principaux composés et nous avons réduit le nombre de candidats à 27. Ces candidats seront achetés et ensuite analysés par nos collaborateurs, afin de discerner leur capacité à inhiber la protéase, ainsi que leur efficacité dans les essais cellulaires.

Nous avons également analysé les résultats de l'amarrage de la base de données Chembridge (~1 million de composés) contre la polymérase NS5 (ARN et sites NTP) et la méthyltransférase NS5 (sites actifs, SAM et GTP), ainsi que l'hélicase NS3 (sites ATP et RNA). Nous avons filtré les composés les mieux classés à l'aide des modèles ZIKV QSAR développés et effectué une inspection de chimie médicinale des composés filtrés, sélectionnant 33 composés au total. Les prochaines étapes consisteront à commander ces composés et à les tester expérimentalement (figure 1).

Figure-1-OZ - Mise à jour du projet - Déc-2018

Figure 1. Déroulement des expériences de criblage virtuel réalisées pour l'hélicase NS3, la polymérase NS5 et la méthyltransférase NS5 en utilisant la base de données ChemBridge (~1 million de composés)

Publications récentes et à venir

Nous avons récemment publié un article intitulé "Découverte de médicaments computationnels pour le virus Zika." Cet article a été publié dans un numéro spécial du Brazilian Journal of Pharmaceutical Sciences. Dans cet article, nous résumons les efforts actuels de découverte de médicaments computationnels et leur application à la découverte de médicaments anti-ZIKV. Nous présentons également des exemples réussis d'utilisation d'approches informatiques pour la découverte de médicaments ZIKV, y compris notre projet OpenZika.

En novembre, nous avons publié une revue intitulée "The A-Z of Zika drug discovery" dans la revue Drug Discovery Today. Il s'agit d'un examen exhaustif des récents progrès réalisés dans les efforts de découverte de ZIKV, qui met l'accent sur le repositionnement des médicaments et les composés guidés par le calcul, y compris les inhibiteurs viraux et des cellules hôtes récemment découverts. Les cibles moléculaires prometteuses de ZIKV sont également décrites et discutées, ainsi que les cibles appartenant à la cellule hôte, comme de nouvelles opportunités pour la découverte du médicament ZIKV. Toutes ces connaissances sont non seulement cruciales pour faire progresser la lutte contre le virus Zika et d'autres flavivirus, mais elles aideront également la communauté scientifique à se préparer à la prochaine flambée virale à laquelle nous devrons réagir.

Les Drs Ekins, Andrade et Mottin, ainsi que d'autres chercheurs, ont récemment fait publier dans la revue Pharmaceutical Research un article intitulé "High Throughput and Computational Repurposing for Neglected Diseases". Cet article décrit les nombreux efforts de réorientation des médicaments qui ont été déployés dans différents laboratoires à travers le monde pour tenter de trouver des traitements pour de nombreuses maladies tropicales.

Mottin-Poster-OZ-Mise à jour du projet - Déc-2018

La présentation de l'affiche du Dr Mottin en août
Les résultats du projet OpenZika ont été présentés lors de la 256ème réunion nationale de l'AEC, du 19 au 23 août, à Boston, MA, USA. Mottin a fait une présentation orale et a présenté une affiche intitulée "OpenZika : Discovery of new antiviral candidates against Zika virus", dans la session Chemoinformatics Approaches to Enhance Drug Discovery Based on Natural Products.

Mottin-Presentation-OZ-Mise à jour du projet - Déc-2018
Le Dr Mottin a fait une présentation en novembre.
Le Dr Mottin a également fait une présentation orale sur l'application de la dynamique moléculaire à la découverte de médicaments contre le virus Zika et le Schistosoma mansoni lors de la réunion de l'Initiative sud-américaine de coopération en simulation moléculaire (SAIMS) qui s'est tenue à l'Institut Pasteur, Montevideo, Uruguay du 4 au 7 novembre. La rencontre a été une excellente occasion d'échanger des expériences et de collaborer avec des chercheurs sud-américains qui travaillent avec Zika.

Publications antérieures et activités de sensibilisation

Le Dr Sean Ekins a présenté une affiche aux symposiums cellulaires : Virus émergents et réémergents, du 1er au 3 octobre 2017, à Arlington, VA, USA, intitulé "OpenZika : Ouverture de la découverte de nouveaux candidats antiviraux contre le virus Zika."

Notre article sur les maladies tropicales négligées PLoS, "OpenZika : An IBM World Community Grid Project to Accelerate Zika Virus Drug Discovery " a été publié le 20 octobre 2016 et a déjà été vu plus de 5 200 fois. N'importe qui peut accéder à ce document et le lire gratuitement. Un autre article de recherche "Illustrating and homology modeling the proteins of the Zika virus" a été publié dans F1000Research et vu > 4 200 fois.

Nous avons également publié un article de recherche intitulé "Molecular Dynamics simulations of Zika Virus NS3 helicase : Insights into RNA binding site activity " en octobre 2017, dans le cadre d'un numéro spécial sur les flavivirus pour la revue Biochemical and Biophysical Research Communications. Cette étude du système d'hélicase NS3 nous a permis d'en savoir plus sur cette cible prometteuse pour bloquer la réplication de Zika. Les résultats nous guideront dans l'analyse des écrans virtuels que nous avons réalisés par rapport à l'hélicase NS3, et les simulations de dynamique moléculaire ont généré de nouvelles conformations de ce système que nous avons utilisé comme cibles dans les nouveaux écrans virtuels que nous avons réalisés dans le cadre d'OpenZika.

Nouvelles collaborations

Ces articles et présentations contribuent à attirer davantage l'attention sur le projet et à encourager la formation de nouvelles collaborations.

Nous avons entamé une collaboration très importante avec le Center for Innovation in Biodiversity and Drug Discovery (CIBFar), coordonné par le Professeur Glaucius Oliva, accueilli à l'Université de Sao Paulo (USP), Brésil, São Carlos Institute of Physics (IFSC). L'objectif principal de cette collaboration est de tester nos composés directement sur des essais enzymatiques avec des protéines du virus Zika. Nos composés sélectionnés font l'objet de tests pour voir s'ils peuvent se lier à l'hélicase NS3, en utilisant la technique de fluorescence différentielle à balayage (DSF) et/ou s'ils peuvent inhiber l'activité ATPase de cette protéine.

Une autre collaboration a été entamée avec un groupe brésilien travaillant sur les produits semi-synthétiques et naturels, dirigé par le Professeur Luis Octavio Regasini, du Département de chimie et des sciences de l'environnement de l'Université d'État de São Paulo (UNESP), et le Professeur Ana Carolina Gomes Jardim, de l'Institut des sciences biomédicales, UFU (Uberlandia), virologue expert dans les essais phénotypiques (essais à base cellulaire) avec virus. Ils examinent une banque de composés naturels et synthétiques, dont des flavonoïdes, des alcaloïdes et des diarylamines, afin d'évaluer leur potentiel antiviral contre l'infection à ZIKV in vitro. Pour les résultats expérimentaux découverts, nous effectuons des calculs d'amarrage à l'aide d'AutoDock Vina avec des protéines ZIKV, en utilisant les mêmes protocoles et modèles que ceux que nous avons développés dans le projet OpenZika. Les résultats de cette collaboration font l'objet d'un document de recherche qui sera soumis prochainement à une revue scientifique pour publication.

Le Dr Sean Ekins poursuit sa collaboration avec le Dr Scott Laster et le Dr Frank Scholle à la NC State University pour étudier les flavivirus. Ils ont accès à des tests cellulaires sur plaque pour détecter ces virus. Nous avons également évalué plusieurs produits naturels qu'ils ont identifiés pour prédire des cibles potentielles chez Zika et les avons évalués expérimentalement dans les laboratoires de nos collaborateurs décrits ci-dessus.

Nouveau membre de l'équipe étudiante

Comme nous l'avons déjà mentionné, la Dre Andrade a embauché une nouvelle étudiante diplômée, Bruna Sousa, pour travailler au projet OpenZika. Elle a commencé à travailler dans le laboratoire du Dr Andrade en mars 2018, et elle est très enthousiaste à l'idée d'apprendre et de collaborer au projet. Elle est bénévole pour le projet OpenZika avec un appareil Android et a invité des étudiants et des professeurs du programme d'études supérieures, pendant les cours et par le biais de ses médias sociaux personnels, à participer à ce projet. Elle participe aux appels OpenZika avec World Community Grid.

Sousa-Poster-1-OZ - Mise à jour du projet - Déc-2018

Bruna Sousa et son affiche à la IXe École de modélisation moléculaire dans les systèmes biologiques, à Petropolis, Rio de Janeiro, Brésil
Elle a présenté ses nouveaux résultats dans une présentation intitulée "Stratégies informatiques et expérimentales pour l'identification des protéines protéase et hélicase des virus dengue et Zika". Elle a été sélectionnée pour participer à la IXe École de modélisation moléculaire des systèmes biologiques (IXe EMMSB), du 20 au 24 août, au Laboratoire national de calcul scientifique (LNCC) de Petropolis - Rio de Janeiro, Brésil.

Sousa-Poster-2-OZ - Mise à jour du projet - Déc-2018

Bruna et sa deuxième présentation d'affiche, au XVème Congrès de Recherche de l'UFG, Goiania, GO, Brésil
Elle a également présenté une affiche intitulée "Molecular Docking studies of a novel diarylamine compound active against Zika virus replication". Du 15 au 17 octobre, elle a participé au XVe Congrès de recherche, d'enseignement et de vulgarisation de l'Université fédérale de Goiás (UFG), où elle a présenté une affiche intitulée "Molecular docking of an an antranilic acid derivative against Zika proteins".

État des calculs

Au total, nous avons soumis près de 6,8 milliards d'emplois d'amarrage, soit 427 sites cibles différents. Nos écrans initiaux utilisaient une ancienne bibliothèque de 6 millions de composés disponibles dans le commerce, et nos expériences actuelles utilisent la nouvelle bibliothèque ZINC15 de 30,2 millions de composés. Nous avons déjà reçu environ 6,3 milliards de ces résultats sur notre serveur. (Pour rappel, il y a un certain délai entre le moment où les calculs sont effectués sur les machines de nos bénévoles et le moment où nous obtenons les résultats, puisque tous les résultats par "paquet" d'environ 10 000 à 50 000 tâches d'amarrage différentes doivent être retournés à World Community Grid, réorganisés, puis comprimés avant leur envoi à notre serveur).

Jusqu'à présent, les plus de 80 000 bénévoles qui ont donné leur puissance de calcul à OpenZika nous ont donné plus de 63 023 années CPU, soit une moyenne actuelle de 66,3 années CPU par jour !  Merci beaucoup à tous pour votre aide !

À l'exception de quelques retardataires, nous avons reçu tous les résultats de nos expériences qui portent sur l'amarrage de 6 millions de composés par rapport à NS1, NS3 hélicase (site de liaison de l'ARN et site ATP), NS5 (domaines ARN polymérase et méthyltransférase), NS2B/NS3 protéase et capside (poches 1 et 2 pour liaison).

Merci à tous les bénévoles qui donnent leur temps de calcul inutilisé à ce projet !  Nous apprécions votre aide !

Traduit avec
« Modifié: 25 février 2019 à 16:27 par ousermaatre »


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Re : Open Zika nouvellles infos
« Réponse #2 le: 25 février 2019 à 18:07 »
Mis à part que j'y comprends pas grand chose, toute ceci m'a l'air formidable :D
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.