Auteur Sujet: Microbiome Immunity Project Researchers Create Ambitious Plans for Data  (Lu 453 fois)

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Une news du dernier projet WCG, MIP.

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Microbiome Immunity Project Researchers Create Ambitious Plans for Data
By: Dr. Tomasz Kościółek and Bryn Taylor
University of California San Diego
19 juin 2018

Récaputulatif
The Microbiome Immunity Project researchers—from Boston, New York, and San Diego—met in person a few weeks ago to make plans that include a 3D map of the protein universe and other far-ranging uses for the data from the project.



The research team members pictured above are (from left to right): Vladimir Gligorijevic (Simons Foundation’s Flatiron Institute), Tommi Vatanen (Broad Institute of MIT and Harvard), Tomasz Kosciolek (University of California San Diego), Rob Knight (University of California San Diego), Rich Bonneau (Simons Foundation’s Flatiron Institute), Doug Renfrew (Simons Foundation’s Flatiron Institute), Bryn Taylor (University of California San Diego), Julia Koehler Leman (Simons Foundation’s Flatiron Institute). Visit the project's Research Participants page for additional team members.

During the week of May 28, researchers from all Microbiome Immunity Project (MIP) institutions (University of California San Diego, Broad Institute of MIT and Harvard, and the Simons Foundation’s Flatiron Institute) met in San Diego to discuss updates on the project and plan future work.

Our technical discussions included a complete overview of the practical aspects of the project, including data preparation, pre-processing, grid computations, and post-processing on our machines.

We were excited to notice that if we keep the current momentum of producing new structures for the project, we will double the universe of known protein structures (compared to the Protein Data Bank) by mid-2019! We also planned how to extract the most useful information from our data, store it effectively for future use, and extend our exploration strategies.

We outlined three major areas we want to focus on over the next six months.

  • Structure-Aided Function Predictions
We can use the structures of proteins to gain insight into protein function—or what the proteins actually do. Building on research from MIP co-principal investigator Richard Bonneau’s lab, we will extend their state-of-the-art algorithms to predict protein function using structural models generated through MIP. Using this new methodology based on deep learning, akin to the artificial intelligence algorithms of IBM, we hope to see improvements over more simplistic methods and provide interesting examples from the microbiome (e.g., discover new genes creating antibiotic resistance).

  • Map of the Protein Universe
Together we produce hundreds of high-quality protein models every month! To help researchers navigate this ever-growing space, we need to put them into perspective of what we already know about protein structures and create a 3D map of the “protein universe.” This map will illustrate how the MIP has eliminated the “dark matter” from this space one structure at a time. It will also be made available as a resource for other researchers to explore interactively.

  • Structural and Functional Landscape of the Human Gut Microbiome
We want to show what is currently known about the gut microbiome in terms of functional annotations and how our function prediction methods can help us bridge the gap in understanding of gene functions. Specifically, we want to follow up with examples from early childhood microbiome cohorts (relevant to Type-1 diabetes, or T1D) and discuss how our methodology can help us to better understand T1D and inflammatory bowel disease.

The future of the Microbiome Immunity Project is really exciting, thanks to everyone who makes our research possible. Together we are making meaningful contributions to not one, but many scientific problems!


Je me colle à la traduction demain soir.
 :hello:
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[AF] fansyl

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Proposition de traduction:

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Les chercheurs du projet Microbiome Immunity Project ont des plans ambitieux pour les données
Par: Dr. Tomasz Kościółek et Bryn Taylor
Université de Californie San Diego
19 juin 2018

Récapitulatif
Les chercheurs du Microbiome Immunity Project - de Boston, New York et San Diego - se sont rencontrés en personne il y a quelques semaines pour faire des plans, qui incluent une carte 3D de l'univers des protéines, et d'autres utilisations à grande échelle pour les données du projet.



Les membres de l'équipe de recherche ci-dessus sont (de gauche à droite) : Vladimir Gligorijevic (Institut Flatiron de la Fondation Simons), Tommi Vatanen (Broad Institute of MIT et Harvard), Tomasz Kosciolek (Université de Californie San Diego), Rob Knight (Université de Californie San Diego), Rich Bonneau (Institut Flatiron de la Fondation Simons), Doug Renfrew (Institut Flatiron de la Fondation Simons), Bryn Taylor (Université de Californie San Diego), Julia Koehler Leman (Institut Flatiron de la Fondation Simons). Visitez la page des participants à la recherche du projet pour d'autres membres de l'équipe.

Au cours de la semaine du 28 mai, les chercheurs de toutes les institutions du Microbiome Immunity Project (MIP) (University of California San Diego, Broad Institute of MIT et Harvard, et le Flatiron Institute de la Simons Foundation) se sont réunis à San Diego pour faire le point sur le projet et planifier les futurs travaux.

Nos discussions techniques comprenaient une vue d'ensemble des aspects pratiques du projet, y compris la préparation des données, le prétraitement, les calculs distribués et le post-traitement sur nos machines.

Nous avons été ravis de constater que si nous maintenons la dynamique actuelle de production de nouvelles structures pour le projet, nous doublerons l'univers des structures protéiques connues (par rapport à la Protein Data Bank) d'ici le milieu de l'année 2019 ! Nous avons également planifié la façon d'extraire les informations les plus utiles de nos données, de les stocker efficacement pour une utilisation future et d'étendre nos stratégies d'exploration.

Nous avons identifié trois grands domaines sur lesquels nous voulons nous concentrer au cours des six prochains mois.

  • Prévisions fonctionnelles assistées par la structure
Nous pouvons utiliser les structures des protéines pour mieux comprendre la fonction des protéines - ou ce que les protéines font réellement. En nous appuyant sur les recherches du laboratoire du cochercheur principal du MIP, Richard Bonneau, nous étendrons leurs algorithmes de pointe pour prédire la fonction des protéines à l'aide de modèles structuraux générés par le MIP. En utilisant cette nouvelle méthodologie basée sur le deep learning, semblable aux algorithmes d'intelligence artificielle d'IBM, nous espérons voir des améliorations par rapport à des méthodes plus simplistes et fournir des exemples intéressants à partir du microbiome (par exemple, découvrir de nouveaux gènes créant une résistance aux antibiotiques).

  • Carte de l'univers des protéines
Ensemble, nous produisons des centaines de modèles de protéines de haute qualité chaque mois ! Pour aider les chercheurs à naviguer dans cet espace en pleine expansion, nous devons les mettre en perspective avec ce que nous savons déjà sur les structures des protéines et créer une carte en 3D de l'"univers des protéines". Cette carte illustrera comment le MIP a éliminé la "matière noire" de cet espace, structure par structure. Elle sera également mise à la disposition d'autres chercheurs pour qu'ils puissent l'explorer de façon interactive.

  • Paysage structurel et fonctionnel du microbiome intestinal humain
Nous voulons montrer ce que l'on sait actuellement sur le microbiome intestinal en termes d'annotations fonctionnelles et comment nos méthodes de prédiction fonctionnelle peuvent nous aider à combler l'écart dans la compréhension des fonctions des gènes. Plus précisément, nous voulons faire un suivi avec des exemples de cohortes microbiennes de la petite enfance (pertinentes pour le diabète de type 1 ou DT1) et discuter de la façon dont notre méthodologie peut nous aider à mieux comprendre le DT1 et les maladies inflammatoires de l'intestin.

L'avenir du projet MIP est vraiment passionnant, grâce à tous ceux qui rendent notre recherche possible. Ensemble, nous apportons des contributions significatives non pas à un, mais à de nombreux problèmes scientifiques !

Traduit à 95% avec DeepL, merci pour la relecture.
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