Auteur Sujet: [Rosetta] Attribution de fonds  (Lu 557 fois)

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[Rosetta] Attribution de fonds
« le: 15 avril 2018 à 17:05 »
:hello:
Via le flux RSS de SG je viens de voir cet article: http://www.ipd.uw.edu/2018/04/open-philanthropy-project-awards-11-3-million-to-institute-for-protein-design-at-uw-medicine-to-unlock-the-secrets-of-proteins-and-seek-a-universal-flu-vaccine/

Citer
Open Philanthropy Project Awards $11.3 Million to Institute for Protein Design at UW Medicine

Gift seeks universal flu vaccine and will advance Rosetta software       

Seattle — The Institute for Protein Design (IPD) at UW Medicine in Seattle has been awarded $11.3 million from the Open Philanthropy Project to support the institute’s technological revolution in protein design and support its work on the development of a universal flu vaccine.

The Open Philanthropy Project is based in San Francisco, California. The gift is:

    • One of Open Philanthropy Project’s largest awards in the sciences to date.
    • Its first scientific gift in the Seattle area.
    • Its first investment at UW Medicine.

The gift comes in two parts:

    • $5.6 million to refine and advance Rosetta, the software platform for protein design originally developed at UW
    • $5.7 million for the institute’s program to develop a universal flu vaccine.

“We’re excited to help move science forward in ways not seen before with proteins, which are essential to life. This grant recognizes that UW Medicine is at the forefront of unlocking the keys to the use of proteins in medical settings,” says Chris Somerville, a Program Officer for Scientific Research at the Open Philanthropy Project. “The universal flu vaccine is a tough nut to crack, but David Baker has shown the ability to pioneer life-changing scientific research. It’s exciting that whether a universal flu vaccine is developed or not, this gift will build techniques and technologies that will advance science and have a huge variety of implications in medicine and industry.”

Proteins are the workhorses of all living creatures, fulfilling the instructions of DNA. Existing proteins are the products of billions of years of evolution and carry out all the important functions in our body—digesting food, building tissue, transporting oxygen through the bloodstream, dividing cells, firing neurons, and powering muscles.

“This gift is speeding up a technological revolution in how we design proteins. Our team can now custom design proteins from scratch, creating entirely novel molecules that can be used for new treatments, new diagnostics and new biomaterials. The Open Philanthropy Project’s generous gift will transform our ability to design proteins from scratch,” said David Baker, the institute’s director as well as professor of biochemistry at the University of Washington School of Medicine and Howard Hughes Medical Institute investigator. Baker is the Henrietta and Aubrey Davis Endowed Professor in Biochemistry.

Computer-based protein design

The gift will accelerate the institute’s efforts to advance protein design on computers with the Rosetta software originally developed in Baker’s lab. Baker said the gift will transform’s the institute’s ability to design proteins on computers, test them by creating the actual proteins in the lab, and then repeat the process at an enormous scale. “By speeding up this cycle of design, building and testing, we will be able to systematically improve protein design methods,” Baker said.

The results and new Rosetta software will be shared with the scientific community through the Rosetta Commons. The Rosetta Commons is a collaboration founded by  Baker with almost 100 developers from 23 universities and laboratories who regularly contribute to and share the Rosetta source code, currently over 3 million lines.

This project is in collaboration with Frank DiMaio, assistant professor of biochemistry at the University of Washington School of Medicine.

Universal flu vaccine

Current flu vaccines are intended to protect only against currently circulating strains, requiring the vaccines to be reformulated every year as the virus mutates, and are only partially protective. With Open Philanthropy Project support, Baker and his collaborators, Neil King and David Veesler, both assistant professors of biochemistry at the University of Washington School of Medicine, will be leading an effort to design universal flu vaccine candidates that provide durable protection against multiple virus strains, including strains that have the potential to cause pandemic outbreaks. The vaccine candidates will be based on the self-assembling protein nanoparticle technology Baker and King have developed. To ensure that the vaccine candidates are thoroughly and efficiently tested, they will work in close collaboration with the groups of Dr. Barney Graham and Dr. Masaru Kanekiyo at the Vaccine Research Center of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases at the National Institutes of Health.

The goal is to design a nanoparticle vaccine that can trigger an effective immune response to many existing flu strains as well as new strains that might appear in the future. Researchers hope such a universal vaccine might need to be administered no more than every five years, ending the need for annual flu vaccinations.

The Institute for Protein Design, founded in 2012 at UW Medicine in Seattle, is a research center that focuses on creating custom-designed proteins to improve human health and address 21st-century challenges in medicine, energy, industry and technology. In the human body, proteins are chains of amino acids directed by genes to perform essential life functions in every cell including in the brain, muscles and internal organs. Proteins also have implications for the design of new materials outside of the human body such as new kinds of fibers. The institute’s team of 120 faculty, staff, postdoctoral fellows and graduate students work on designing entirely novel proteins from scratch to create, for example, new, safer and more potent vaccines and therapeutics to prevent or treat people with serious diseases. The institute has assembled some of the world’s top experts in protein science, computer science, biochemistry and biological structure, pharmacology, immunology and clinical medicine.

About the Open Philanthropy Project

The Open Philanthropy Project identifies outstanding giving opportunities, makes grants, follows the results, and publishes its findings. Its main funders are Cari Tuna and Dustin Moskovitz, a co-founder of Facebook and Asana.

See news in UW Medicine Newsroom. For more information on the IPD check out this video!

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Re : [Rosetta] Attribution de fonds
« Réponse #1 le: 24 avril 2018 à 11:46 »
Un projet de philanthropie ouverte accorde 11,3 millions de dollars à l'Institute for Protein Design de UW Medicine

Gift cherche un vaccin contre la grippe universelle et fera progresser le logiciel Rosetta

Seattle - L'Institute for Protein Design (IPD) de UW Medicine à Seattle a reçu 11,3 millions de dollars du projet Open Philanthropy pour soutenir la révolution technologique de l'institut dans la conception de protéines et soutenir son travail sur le développement d'un vaccin universel contre la grippe.

Le projet Open Philanthropy est basé à San Francisco, en Californie. Le cadeau est:

    • L'un des plus grands prix du projet Open Philanthropy en sciences à ce jour.
    • Son premier cadeau scientifique dans la région de Seattle.
    • Son premier investissement chez UW Medicine.

Le cadeau vient en deux parties:

    • 5,6 millions de dollars pour affiner et faire progresser Rosetta, la plateforme logicielle de conception de protéines développée à l'origine à UW
    • 5,7 millions de dollars pour le programme de l'Institut visant à développer un vaccin universel contre la grippe.

«Nous sommes ravis d'aider à faire progresser la science d'une manière inédite avec les protéines essentielles à la vie. Cette subvention reconnaît que UW Medicine est à l'avant-garde de la découverte des clés de l'utilisation des protéines dans les milieux médicaux », a déclaré Chris Somerville, chargé de programme pour la recherche scientifique à l' Open Philanthropy Project. «Le vaccin universel contre la grippe est difficile à trouver, mais David Baker a démontré sa capacité à être le pionnier de la recherche scientifique qui change la vie. Il est intéressant de savoir que, un vaccin anti-grippal universel étant développé ou non, ce don permettra de développer des techniques et des technologies qui feront progresser la science et auront une grande variété d'implications en médecine et dans l'industrie.

Les protéines sont les chevaux de trait de toutes les créatures vivantes, accomplissant les instructions de l'ADN. Les protéines existantes sont le produit de milliards d'années d'évolution et remplissent toutes les fonctions importantes de notre corps en digérant les aliments, en construisant des tissus, en transportant l'oxygène par le sang, en divisant les cellules, en tirant des neurones et en stimulant les muscles.

"Ce cadeau accélère une révolution technologique dans la façon dont nous concevons les protéines. Notre équipe peut maintenant concevoir sur mesure des protéines à partir de zéro, créant des molécules entièrement nouvelles qui peuvent être utilisées pour de nouveaux traitements, de nouveaux diagnostics et de nouveaux biomatériaux. Le généreux don du projet Open Philanthropy va transformer notre capacité à concevoir des protéines à partir de zéro », a déclaré David Baker, directeur de l'institut et professeur de biochimie à l'école de médecine de l'Université de Washington et investigateur de l'Institut médical Howard Hughes. Baker est le Professeur doté en biochimie de Henrietta et Aubrey Davis.

Conception de protéines sur ordinateur

Le don permettra d'accélérer les efforts de l'Institut pour faire avancer la conception de protéines sur les ordinateurs avec le logiciel Rosetta développé à l'origine dans le laboratoire de Baker. Baker a déclaré que le don transformerait la capacité de l'institut à concevoir des protéines sur des ordinateurs, à les tester en créant les protéines réelles dans le laboratoire, puis à répéter le processus à une échelle énorme. "En accélérant ce cycle de conception, de construction et d'essais, nous serons en mesure d'améliorer systématiquement les méthodes de conception des protéines", a déclaré M. Baker.

Les résultats et le nouveau logiciel Rosetta seront partagés avec la communauté scientifique à travers les Commons de Rosetta. La Rosetta Commons est une collaboration fondée par Baker avec près de 100 développeurs issus de 23 universités et laboratoires qui contribuent et partagent régulièrement le code source de Rosetta, actuellement plus de 3 millions de lignes.

Ce projet est en collaboration avec Frank DiMaio, professeur adjoint de biochimie à l'Université de Washington School of Medicine.

Vaccin universel contre la grippe

Les vaccins actuels contre la grippe ne sont destinés à protéger que contre les souches actuellement en circulation, ce qui oblige à reformuler les vaccins chaque année à mesure que le virus mute et ne protège que partiellement. Avec le soutien du Projet Open Philanthropy, Baker et ses collaborateurs, Neil King et David Veesler, tous deux professeurs adjoints de biochimie à l'École de médecine de l'Université de Washington, dirigeront un effort pour concevoir des vaccins universels contre la grippe qui offrent une protection durable, y compris contre les souches qui peuvent causer des éclosions de pandémie. Les vaccins candidats seront basés sur la technologie de nanoparticules de protéines auto-assemblées que Baker et King ont développée. Pour s'assurer que les vaccins candidats sont testés de manière approfondie et efficace, ils travailleront en étroite collaboration avec les groupes du Dr Barney Graham et du Dr Masaru Kanekiyo au Centre de recherche sur les vaccins de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses au National Institutes of Santé.

L'objectif est de concevoir un vaccin nanoparticulaire capable de déclencher une réponse immunitaire efficace contre de nombreuses souches de grippe existantes ainsi que de nouvelles souches qui pourraient apparaître dans le futur. Les chercheurs espèrent qu'un tel vaccin universel pourrait devoir être administré au plus tard tous les cinq ans, mettant ainsi fin à la vaccination annuelle contre la grippe.

L'Institute for Protein Design, fondé en 2012 à UW Medicine à Seattle, est un centre de recherche spécialisé dans la création de protéines sur mesure pour améliorer la santé humaine et relever les défis du 21ème siècle en médecine, énergie, industrie et technologie. Dans le corps humain, les protéines sont des chaînes d'acides aminés dirigés par des gènes pour effectuer des fonctions vitales essentielles dans chaque cellule, y compris dans le cerveau, les muscles et les organes internes. Les protéines ont également des implications pour la conception de nouveaux matériaux en dehors du corps humain tels que de nouveaux types de fibres. L'équipe de 120 professeurs, employés, stagiaires postdoctoraux et étudiants diplômés de l'institut travaille à la conception de protéines entièrement nouvelles pour créer, par exemple, de nouveaux vaccins et produits thérapeutiques plus sûrs et plus puissants pour prévenir ou traiter les personnes atteintes de maladies graves. L'institut a réuni certains des meilleurs experts mondiaux en science des protéines, en informatique, en biochimie et en structure biologique, en pharmacologie, en immunologie et en médecine clinique.

À propos du projet Open Philanthropy

Le projet Open Philanthropy identifie des opportunités de dons exceptionnelles, accorde des subventions, suit les résultats et publie ses résultats. Ses principaux bailleurs de fonds sont Cari Tuna et Dustin Moskovitz, co-fondateur de Facebook et Asana.

Voir les nouvelles dans UW Medicine Newsroom. Pour plus d'informations sur l'IPD consultez cette vidéo!


[google trad est de plus en plus impressionnant je trouve... je n'ai eu à changer que peu de choses... après c'est clair que j'ai pas fait un vrai travail de traducteur en relisant tout l'anglais et le français proposer pour voir s'il y a pas des non sens, je n'ai vérifié que la cohérence de la traduction française...

Sinon quelqu'un ici sur le forum avait donné l'URL d'un autre système de traduction en ligne, qui n'est pas google, il disait que c'était super et *mieux* que google trad, mais impossible de le retrouver]
« Modifié: 24 avril 2018 à 11:51 par JeromeC »
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

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Re : [Rosetta] Attribution de fonds
« Réponse #2 le: 24 avril 2018 à 23:06 »
Merci pour tes efforts Jéjé. Je relirai... probablement pendant mes congés, càd la semaine de mai avec 2 jours fériés :D D'ici là je suis débordée de boulot.

L'autre système de traduction était peut-être Reverso? http://www.reverso.net/text_translation.aspx?lang=FR
Mais j'avoue que je n'ai pas testé la qualité sur des textes

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Re : [Rosetta] Attribution de fonds
« Réponse #3 le: 24 avril 2018 à 23:52 »
Nan c'était pas reverso, c'était un truc dont j'avais jamais entendu parlé, basé sur un site connu (genre linguee ou reverso) mais pas pareil...
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Re : [Rosetta] Attribution de fonds
« Réponse #4 le: 25 avril 2018 à 16:50 »
DeepL : https://www.deepl.com/translator  :hello:


 "DeepL est un service de traduction en ligne reposant sur l'algorithme de traduction pointu de Linguee. Alors que Linguee s'efforce de traduire des termes en fonction de leur contexte, DeepL puise dans la base de données du service pour proposer des traductions de texte aussi fluides et cohérentes que possibles."

Bonjour chez vous"
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Re : [Rosetta] Attribution de fonds
« Réponse #5 le: 26 avril 2018 à 22:30 »
:+1: :jap: :+1: :jap: :+1:

Pour test voici la traduction sans retouche du texte original. C'est franchement pas mal, mieux que google je trouve en effet.

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Open Philanthropy Project attribue 11,3 millions de dollars à l'Institute for Protein Design de l'UW Medicine.

Gift recherche un vaccin antigrippal universel et fera progresser le logiciel Rosetta.       

Seattle - L'Institute for Protein Design (IPD) de l'UW Medicine à Seattle a reçu 11,3 millions de dollars du Open Philanthropy Project pour soutenir la révolution technologique de l'institut dans la conception de protéines et soutenir ses travaux sur le développement d'un vaccin universel contre la grippe.

L'Open Philanthropy Project est basé à San Francisco, Californie. Le cadeau est :

  • L'une des plus importantes récompenses du Open Philanthropy Project dans le domaine des sciences à ce jour.
  • Son premier cadeau scientifique dans la région de Seattle.
  • Son premier investissement chez UW Medicine.

Le cadeau vient en deux parties :

  • 5,6 millions de dollars pour raffiner et faire progresser Rosetta, la plateforme logicielle pour la conception de protéines initialement développée à UW.
  • 5,7 millions de dollars pour le programme de l'Institut visant à mettre au point un vaccin universel contre la grippe.

"Nous sommes enthousiastes à l'idée d'aider à faire avancer la science d'une façon jamais vue auparavant avec les protéines, qui sont essentielles à la vie. Cette subvention reconnaît que UW Medicine est à l'avant-garde dans le déverrouillage des clés de l'utilisation des protéines en milieu médical ", affirme Chris Somerville, agent de programme pour la recherche scientifique au Open Philanthropy Project. "Le vaccin universel contre la grippe est un casse-tête difficile à casser, mais David Baker a montré qu'il est capable de faire œuvre de pionnier dans la recherche scientifique qui change la vie. Qu'un vaccin antigrippal universel soit mis au point ou non, ce don permettra d'élaborer des techniques et des technologies qui feront progresser la science et auront une grande variété d'implications en médecine et dans l'industrie.

Les protéines sont les chevaux de travail de toutes les créatures vivantes, suivant les instructions de l'ADN. Les protéines existantes sont les produits de milliards d'années d'évolution et remplissent toutes les fonctions importantes de notre corps : digérer les aliments, construire les tissus, transporter l'oxygène à travers la circulation sanguine, diviser les cellules, tirer les neurones et alimenter les muscles.

"Ce don accélère une révolution technologique dans la conception des protéines. Notre équipe peut maintenant concevoir des protéines sur mesure à partir de zéro, créant des molécules entièrement nouvelles qui peuvent être utilisées pour de nouveaux traitements, de nouveaux diagnostics et de nouveaux biomatériaux. Le généreux don de l'Open Philanthropy Project transformera notre capacité à concevoir des protéines à partir de zéro ", a déclaré David Baker, directeur de l'institut ainsi que professeur de biochimie à la faculté de médecine de l'Université de Washington et chercheur de l'Howard Hughes Medical Institute. Baker est le Henrietta and Aubrey Davis Endowed Professor in Biochemistry.

Conception informatisée de protéines


Ce don permettra d'accélérer les efforts de l'institut pour faire progresser la conception de protéines sur ordinateur avec le logiciel Rosetta développé à l'origine dans le laboratoire de Baker. M. Baker a dit que le don transformera la capacité de l'institut à concevoir des protéines sur ordinateur, à les tester en créant les protéines réelles dans le laboratoire, puis à répéter le processus à une échelle énorme. "En accélérant ce cycle de conception, de construction et d'essais, nous serons en mesure d'améliorer systématiquement les méthodes de conception des protéines ", a dit M. Baker.

Les résultats et le nouveau logiciel Rosetta seront partagés avec la communauté scientifique par le biais de Rosetta Commons. Le Rosetta Commons est une collaboration fondée par Baker avec près de 100 développeurs de 23 universités et laboratoires qui contribuent régulièrement et partagent le code source de Rosetta, actuellement plus de 3 millions de lignes.

Ce projet est réalisé en collaboration avec Frank DiMaio, professeur adjoint de biochimie à la faculté de médecine de l'Université de Washington.

Vaccin universel contre la grippe

Les vaccins antigrippaux actuels sont destinés à protéger uniquement contre les souches actuellement en circulation, ce qui exige que les vaccins soient reformulés chaque année au fur et à mesure que le virus mute, et ne sont que partiellement protecteurs. Avec l'appui du Open Philanthropy Project, Baker et ses collaborateurs, Neil King et David Veesler, tous deux professeurs adjoints de biochimie à l'École de médecine de l'Université de Washington, dirigeront un effort pour concevoir des vaccins candidats universels contre la grippe qui offrent une protection durable contre de multiples souches de virus, y compris les souches qui ont le potentiel de provoquer des flambées pandémiques. Les vaccins candidats seront basés sur la technologie des nanoparticules de protéines auto-assemblées que Baker et King ont développée. Pour s'assurer que les candidats vaccins sont testés de manière approfondie et efficace, ils travailleront en étroite collaboration avec les groupes du Dr Barney Graham et du Dr Masaru Kanekiyo au Centre de recherche sur les vaccins du National Institute of Allergy and Infectious Diseases des National Institutes of Health.

L'objectif est de concevoir un vaccin à nanoparticules qui peut déclencher une réponse immunitaire efficace contre de nombreuses souches de grippe existantes ainsi que de nouvelles souches qui pourraient apparaître à l'avenir. Les chercheurs espèrent qu'un tel vaccin universel ne devrait pas être administré plus de tous les cinq ans, ce qui mettrait fin à la nécessité de vaccinations annuelles contre la grippe.

L'Institute for Protein Design, fondé en 2012 à l'UW Medicine à Seattle, est un centre de recherche qui se concentre sur la création de protéines sur mesure pour améliorer la santé humaine et relever les défis du 21e siècle dans les domaines de la médecine, de l'énergie, de l'industrie et de la technologie. Dans le corps humain, les protéines sont des chaînes d'acides aminés dirigées par des gènes pour exécuter des fonctions vitales essentielles dans chaque cellule, y compris dans le cerveau, les muscles et les organes internes. Les protéines ont également des implications pour la conception de nouveaux matériaux en dehors du corps humain, tels que de nouveaux types de fibres. L'équipe de 120 professeurs, membres du personnel, boursiers postdoctoraux et étudiants diplômés de l'Institut travaillent à la conception de protéines entièrement nouvelles pour créer, par exemple, de nouveaux vaccins et traitements plus sûrs et plus puissants pour prévenir ou traiter les personnes atteintes de maladies graves. L'institut a réuni quelques-uns des meilleurs experts mondiaux en protéomique, en informatique, en biochimie et structure biologique, en pharmacologie, en immunologie et en médecine clinique.

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Voir les nouvelles dans la salle de presse de l'UW Medicine. Pour plus d'informations sur l'IPD, regardez cette vidéo !

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Re : [Rosetta] Attribution de fonds
« Réponse #6 le: 28 avril 2018 à 12:06 »
Wow! Effectivement, ya rien à redire.

Merci beaucoup pour ce test très concluant Jéjé. En plus, il s'intègre avec le logiciel de TAO* que j'utilise le plus.

*TAO: traduction assistée par ordinateur

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Re : [Rosetta] Attribution de fonds
« Réponse #7 le: 28 avril 2018 à 13:56 »
Après j'aurais fait des petites retouches : "don" à la place de "cadeau", "cheval de trait" à la place de "cheval de travail", etc.

Mais ça donne une traduction très cohérente et compréhensive du premier coup, chapeau.

Modesti t'as du mouron à te faire !
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Re : [Rosetta] Attribution de fonds
« Réponse #8 le: 28 avril 2018 à 14:26 »
C'est clair que ce genre d'outil transforme actuellement notre profession, surtout pour les nouveaux arrivants à qui on demandera de plus en plus souvent de réviser des traductions automatiques (pour des cacahuètes) que de traduire des textes (pour des bananes :D).

En tout cas, j'ai publié traduction et article dans le topic de Rosetta.
On peut déplacer dans la section "traduit et publié" :jap:

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Re : [Rosetta] Attribution de fonds
« Réponse #9 le: 28 avril 2018 à 20:50 »
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