Auteur Sujet: [QuChemPedIA] le topic de préparation  (Lu 55289 fois)

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[AF>Libristes] Dudumomo

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #675 le: 27 avril 2020 à 04:37 »
Salut, ne pas oublier de cocher la case dans les perferences du projet, pour l'export de vos stats.

Je viens de voir que je ne l'avais pas fait

Bon crunch a tous!
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[AF>Libristes] Dudumomo

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #676 le: 28 avril 2020 à 18:08 »
Salut,
Je viens de poster sur le forum du site
https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=93#824

J'ai plein d'erreurs, et notamment sur des unites longues (certaines sont a plus de 3 jours de crunch). J'espere que ca aide quand meme.

J'ai l'impression que ca ne vient pas de moi cependant.
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damotbe

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #677 le: 29 avril 2020 à 09:38 »
Plusieurs problèmes.
  • De base, le logiciel de chimie peut planter mais plutôt que de retourner un code d'erreur, c'est à nous de le découvrir à la validation... Donc, certaines fois c'est la chimie qui pose problème et on le découvre uniquement à la validation. C'est un des problèmes d'explorer les frontières de la chimie. Sur ce point je peux vous dire qu'on avance et qu'on a un prototype d’intelligence artificielle avec une précision décente pour prédire si une molécule va rester stable durant le calcul
  • Autre problème lié, à la frontière de la chimie stable deux calculs peuvent mener à deux réponses différentes et j'ai l'impression que c'est dépendant du matériel. Ce point est vraiment casse-bonbons mais on progresse également la-dessus. on verra sur les prochains batchs si notre IA permet de réduire ou non ce problème. Il existe un moyen technique pour que les machines qui calculent un molécule soient proches, mais justement, les échecs nous intéressent autant que les succès.
  • Je vois beaucoup d'utilisation des checkpoints (CP) sur certaines unités invalides (toutes les heures). Comme nous utilisons les CP de NWchem je n'ai pas une confiance aveugle dedans. Peut-être quand suspendant les tâches en mémoire et/ou en allongeant le temps entre les switchs de tâches tu pourrais améliorer la situation... mais ça se trouve, les CP fonctionnent très bien.

J'ai peut-être oublié des possibilités, mais rien d'inquiétant je pense. On sait qu'on a beaucoup d'invalides et c'est pour ça qu'on crédite de façon généreuse.
« Modifié: 30 avril 2020 à 11:04 par damotbe »

[AF>Libristes] Dudumomo

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #678 le: 29 avril 2020 à 10:55 »
Okay damotbe, tres clair, merci.
Je laisse tourner
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franky82

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #679 le: 29 avril 2020 à 11:03 »
Merci @damotbe pour ces explications !  :jap:
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toTOW

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #680 le: 01 mai 2020 à 18:47 »
Pour le point 2, je sais que les gens de Six Track ont beaucoup bossé sur le thème de la reproductibilité numérique cross platforme (Windows, Linux, CPU x86, SSE, SSE3, ... dans toutes les combos) pour être sur d'avoir des résultats identiques bit à bit quelle que soit ce sur quoi ça a été calculé.
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #681 le: 18 juillet 2020 à 13:34 »
Scientific publication and new WUs
https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=105&postid=945
Citer
Dear crunchers.

First of all, thank you very much for your help and for your interest in our research.

We are proud to announce the imminent publication of our work on the generation of molecules with AI. You can already read the first draft here : https://www.researchsquare.com/article/rs-36676/v1. It's a raw version with almost no formatting. We have a more polished version that should come out in few weeks. The article will be in open access, the molecule generator in open source and the data in open data. Open Science!

Our exploration of chemical space continues and we have just generated more than 2.5 million small molecules. I know that some people are waiting eagerly for the return of the short WU and here they are! As before, many calculations will be considered invalid because of unstable molecules, but this is the price for unbiased cartography of the chemical space. The first results are very encouraging and we hope that these 2.5 million new molecules will help to provide extremely useful tools for many chemists.

Sincerly
Benoit
Citer
Chers croqueurs.

Tout d'abord, merci beaucoup pour votre aide et pour l'intérêt que vous portez à nos recherches.

Nous sommes fiers d'annoncer la publication imminente de nos travaux sur la génération de molécules avec l'IA. Vous pouvez déjà lire le premier projet ici : https://www.researchsquare.com/article/rs-36676/v1. C'est une version brute avec presque aucun formatage. Nous avons une version plus élaborée qui devrait sortir dans quelques semaines. L'article sera en accès libre, le générateur de molécules en open source et les données en open data. La science ouverte !

Notre exploration de l'espace chimique se poursuit et nous venons de générer plus de 2,5 millions de petites molécules. Je sais que certains attendent avec impatience le retour de la courte WU et les voilà ! Comme auparavant, de nombreux calculs seront considérés comme non valables en raison de l'instabilité des molécules, mais c'est le prix à payer pour une cartographie impartiale de l'espace chimique. Les premiers résultats sont très encourageants et nous espérons que ces 2,5 millions de nouvelles molécules contribueront à fournir des outils extrêmement utiles à de nombreux chimistes.

Cordialement
Benoit

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JeromeC

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #682 le: 19 juillet 2020 à 20:26 »
:+1:
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

fzs600

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #683 le: 26 juillet 2020 à 07:54 »
NWChem vs NWCHem Long
https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=104&postid=944
Citer
Le NWChem est pour les petites molécules (9 atomes lourds). La plupart d'entre elles sont générées par une méthode d'IA et le but est d'explorer les limites de la chimie. les objectifs de la méthode d'IA sont une combinaison de diversité et de similitude avec des ensembles de données connus. elle implique la génération de molécules instables, donc un certain nombre de résultats non valides. Ces résultats non valides sont très utiles pour construire une autre méthode d'IA capable de générer des molécules stables plus grandes.

La méthode NWChem est longue pour les grosses molécules et plus orientée vers le criblage à haut débit (HTS). Actuellement, nous simulons des molécules pour des applications dans le domaine de l'énergie (photovoltaïque) et de la médecine (photothérapie). Les calculs sont très longs et la stabilité est également une préoccupation.

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #684 le: 26 juillet 2020 à 22:50 »
J'ai relancé des WU sur un windows. Au bout de 2min40, le client boinc signale qu'il a perdu le contact avec la VM. J'ai abandonné.
Je tente sous linux.

RLDF

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #685 le: 27 juillet 2020 à 00:46 »
Petite précision, c'était un peu tiré par les cheveux, genre inception, avec une WU QuChemPedIA dans une virtualbox, sur un windows 10, sur un serveur XCP (Xen).
Avec une WU QuChemPedIA sur une VM linux dans une virtualbox dans un windows 10, ça fonctionne.
Avec une WU QuChemPedIA sur une VM linux dans un XCP (Xen), ça fonctionne bien aussi.
Heureusement que les WU sous linux ne nécessitent pas virtualbox parce qu'on ne peut pas l'installer dans une VM linux sur un XCP (Xen)  :pt1cable:
« Modifié: 27 juillet 2020 à 00:48 par RLDF »

[AF] fansyl

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #686 le: 27 juillet 2020 à 21:42 »
Bravo à damotbe pour tout ce travail et ces publications !!!  :jap: :jap: :jap:

Ça me motive à essayer de relancer ces UTs sur mes machines à la place du WCG, j'ai mis le Ryzen 1400 depuis aujourd'hui et je vais essayer de mettre les 24 threads du server Joe's sur les NWChem !

Longue vie à ce projet et à ses avancées dans la chimie !

 :hello:
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #687 le: 29 juillet 2020 à 11:21 »
J'ai une tâche longue qui est active depuis 2 jours et 10h, je la tue ?

Je suis le 3ème calculateur et les 2 premiers ont mis 3 jours pour aboutir à une validation peu concluante: je laisse donc tourner.

 :jap:
« Modifié: 29 juillet 2020 à 11:32 par [AF] fansyl »
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #688 le: 29 juillet 2020 à 14:16 »
On est bien d'accord que sous linux ça nécessite pas VirtualBox n'est-ce pas ?

Je bascule le Joe dessus, ça fait longtemps que j'ai pas QCPIAisé.
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #689 le: 29 juillet 2020 à 14:32 »
Oui application native sous Linux mais attention à la consommation de RAM, j'ai l'impression que chaque tâche réserve 1.2Go même si elle n'utilise pas tant -> à fouiller dans WUProp.

 :hello:
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #690 le: 30 juillet 2020 à 00:30 »
Ca marche bien ! là il a une

1 long (t8)
+ 3 long (t4)
+ 4 normales (t1)
= 24t

J'ai envie de dire : pourquoi pas :)
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #691 le: 02 août 2020 à 12:15 »
J'ai enfin réussi à calculer des WUs pour ce projet.
Cela semble très bien marcher sous Linux.
Par contre, chez-moi, ça ralentit fortement les calculs GPU !
Je vais terminer mes WUs téléchargées et ensuite, j'attendrai ma nouvelle machine beaucoup plus puissante en CPU pour reprendre ce projet beaucoup plus intensément.


Rédacteur d'un article sur BOINC, adresse :
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Créateur d'un site actif de recherche sur les suites aliquotes :
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Oncle Bob

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #692 le: 03 août 2020 à 08:32 »
Plop

Ça foire sur mon i7 2600K@W10 ; BOINC 7.16.6 sous BSF  :

360 QuChemPedIA@home 03/08/2020 00:25:35 Starting task BTXv2_athome_b3lyp-321gd_long,batch08,000002920,nwchem_long,1582659874_7
361 QuChemPedIA@home 03/08/2020 00:25:35 Starting task BTXv2_athome_b3lyp-321gd_long,batch06,000003675,nwchem_long,1587026414_3
362 QuChemPedIA@home 03/08/2020 00:25:35 Starting task BTXv2_athome_b3lyp-321gd_long,batch06,000004253,nwchem_long,1587026396_3
363 QuChemPedIA@home 03/08/2020 00:25:35 Starting task cl9_athome_b3lyp-321gd,batch010,000109311,nwchem,1594991980_0
364 03/08/2020 00:25:36 Vbox app stderr indicates CPU VM extensions disabled
365 QuChemPedIA@home 03/08/2020 00:25:36 Computation for task cl9_athome_b3lyp-321gd,batch010,000101078,nwchem,1594991978_1 finished
366 QuChemPedIA@home 03/08/2020 00:25:36 Output file cl9_athome_b3lyp-321gd,batch010,000101078,nwchem,1594991978_1_r980809347_0 for task cl9_athome_b3lyp-321gd,batch010,000101078,nwchem,1594991978_1 absent
367 QuChemPedIA@home 03/08/2020 00:25:36 Output file cl9_athome_b3lyp-321gd,batch010,000101078,nwchem,1594991978_1_r980809347_1 for task cl9_athome_b3lyp-321gd,batch010,000101078,nwchem,1594991978_1 absent
368 QuChemPedIA@home 03/08/2020 00:25:41 work fetch suspended by user
369 03/08/2020 00:25:44 Vbox app stderr indicates CPU VM extensions disabled
370 03/08/2020 00:25:44 Vbox app stderr indicates CPU VM extensions disabled
371 03/08/2020 00:25:44 Vbox app stderr indicates CPU VM extensions disabled
372 03/08/2020 00:25:44 Vbox app stderr indicates CPU VM extensions disabled

J'ai checké au niveau du BIOS, les options de Virtu sont bien activées. J4ai même réinstallé BOINC avec VB (+BSF), même résultat.
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #693 le: 03 août 2020 à 09:19 »
Il me semble que les extensions VM n'ont rien à voir avec le bios. C'est un truc à installer en plus/avec VB. Je le vois toujours à part dans la liste des mises à jour.
Si ça peut aider.

Viendez chez nous, cause qu'on est les meilleur(e)s :D


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Oncle Bob

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #694 le: 03 août 2020 à 09:58 »
J'ai rajouté les extensions, mais ça foire toujours. On dirait qu'il attribue un chemin foireux au niveau de VBox :

Runtime error opening 'C:\BOINCDATA\slots\13\boinc_ff6575ffda7b1fe4\boinc_ff6575ffda7b1fe4.vbox' for reading: -103 (Path not found.).
F:\tinderbox\win-6.1\src\VBox\Main\src-server\MachineImpl.cpp[754] (long __cdecl Machine::i_registeredInit(void)).
Code d'erreur :
E_FAIL (0x80004005)
Composant :
MachineWrap
Interface :
IMachine {85632c68-b5bb-4316-a900-5eb28d3413df}

"F:\tinderbox" ? Je n'ai pas de lecteur F.
« Modifié: 03 août 2020 à 10:47 par Oncle Bob »
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #695 le: 03 août 2020 à 10:35 »
Tinder   Tiens tiens ...  :D Pour des rendez vous de recrutement pour l'AF je n'en doute pas  :siflotte:

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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #696 le: 03 août 2020 à 13:45 »
Les extensions VT-x sont activées (voir avec CPUZ ou dans le BIOS) ?
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #697 le: 03 août 2020 à 15:19 »
J'avais envie de te répondre oui, mais comme je suis consciencieux j'ai ouvert CPU-Z et VT-x n'apparait pas :??:

Je vais aller fouiner dans le BIOS, j'espère que ce n'est pas une option à la con qui désactive ça <__<

(parce que oui, dans le BIOS j'ai bien "Option de virtualisation" à Enabled).
« Modifié: 03 août 2020 à 15:27 par Oncle Bob »
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #698 le: 03 août 2020 à 15:37 »
N'est-ce pas l'hyperthreading (HT) qui doit être activé dans le BIOS ?

Le CPU est-il compatible HT ?
Dans le détail de l'ordinateur concerné, sur le site QuChemPedIA,
en face de "virtualisation", y a-t-il affiché "Virtualbox (X.X.XX) installé, le processeur est compatible avec la virtualisation matérielle et est activé"
(comme celui-ci)  ?
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Re : [QuChemPedIA] le topic de préparation
« Réponse #699 le: 03 août 2020 à 15:42 »
Bien vu pour le profil Qchempedia, mais du coup pourquoi j'ai ça :

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