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Auteur Sujet: [QuChemPedIA] le topic de préparation  (Lu 133195 fois)

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Réponse #750 le: 13 September 2020 à 17:28
Ah wé, 13 Go, dodue !!


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Réponse #751 le: 14 September 2020 à 09:50
C'est vraiment unique et étrange... Tu as essayé de remettre le projet à zéro ?



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Réponse #752 le: 14 September 2020 à 10:06
Je le ferai quand il aura tout renvoyé ;)
Actuellement, ya 4 tâches sur 6 en cours, les deux autres en attente de mémoire.
J'ai remarqué que toutes celles qui utilisaient plus de 13 Go de mémoire partaient en erreur. Vu le stderr, je dirais que si j'avais plus de mémoire sur l'ordi, elles pourraient passer. Je pense que c'est parce qu'elles dépassent le max autorisé pour Boinc (90% quand l'ordi n'est pas utilisé (*)) qu'elles partent en erreur.
Va vraiment falloir que j'investisse dans de la RAM :lol:

(*) Bizarrement, Linux ne détecte que 14.7 Go sur les 16 installés :spamafote:


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Réponse #753 le: 14 September 2020 à 10:10
Normalement, NWChem devrait couper à 2Go de mémoire utilisée si je me souviens bien. N'hésite pas à annuler les tâches qui dépassent cette limite, quelque chose ne va pas ! Je dirais qu'au delà de 500Mo ça commence à être louche pour les tâches normales (pas NWChem long)



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Réponse #754 le: 14 September 2020 à 10:56
Actuellement, 6 en cours (merci Anydesk :D ) et elles prennent 1x 1.6 Go et 5x 1.7 Go en mémoire, sans compter les bash, mais eux c'est seulement entre 2.0 et 3.6 Mo, donc peanuts :D


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Réponse #755 le: 14 September 2020 à 12:00
C'est déjà beaucoup je trouve...



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Réponse #756 le: 14 September 2020 à 12:10
De celles renvoyées aujourd'hui, une est en pending:
Peak working set size    6,773.90 MB
Peak swap size    7,044.31 MB
:spamafote:


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Réponse #757 le: 15 September 2020 à 08:58
De celles renvoyées aujourd'hui, une est en pending:
Peak working set size    6,773.90 MB
Peak swap size    7,044.31 MB
:spamafote:

Là, sur mon fixe j'ai 32 unités (CL9) entre 90Mo et 350Mo  :??:



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Réponse #758 le: 15 September 2020 à 23:24
vite fait sur mon pc @home, dans une VB linux, 4 tâches, entre 85 et 200Mo en Ram, entre 1Go et 1.6Go en mémoire virtuelle par tâche.
 


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Réponse #759 le: 18 September 2020 à 14:41
J'ai une intuition que la machine que j'utilise pour faire du QuChemPedIA génère des erreurs car l'utilisation du GPU est configurée pour n'avoir lieu qu'en cas d'inactivité et du coup, il y a une tâche qui s'arrête et repart de nombreuses fois.

Je vais tester ce week-end sans utilisation GPU pour voir.

 :hello:

Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
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Réponse #760 le: 20 September 2020 à 20:36
C'est vraiment unique et étrange... Tu as essayé de remettre le projet à zéro ?
Donc, j'avais fait une réinitialisation du projet une fois qu'il avait tout calculé et renvoyé. Visiblement ça a aidé, même si ya encore des tâches qui montent à +-2Go de RAM. J'ai juste des soucis de "impossible à valider", mais au moins plus d'erreurs.
:jap:


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Réponse #761 le: 22 September 2020 à 16:58
Voyons le verre à moitié plein, c'est mieux !  :siflotte:



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Réponse #762 le: 26 September 2020 à 13:10
J'ai 3 tâches en "Invalide" et 31 en "Validation non concluante".
Vous aussi ?
Je n'avais jamais eu de tels problèmes avant...



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Réponse #763 le: 26 September 2020 à 18:02
La plupart des WU QuChemPedIA sont non concluantes, c'est rare d'avoir des 100% bonnes. Elles comptent quand même dans les points boinc rassure toi, c'est normal.


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Réponse #764 le: 26 September 2020 à 19:11
OK, vu.
Merci pour les précisions.
C'est pas le nombre de points qui m'inquiète mais plutôt de calculer pour rien !



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Réponse #765 le: 27 September 2020 à 11:21
Le Rien est l'Ami du Bien, ici, semble-t-il, et c'est tant mieux :)

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Réponse #766 le: 27 September 2020 à 11:28
Depuis quelques jours mon PC figeait aléatoirement. Depuis que j'ai stoppé ce projet, il ne plante plus (à confirmer sur plusieurs jours et en réactivant le projet).

Pas sûr de comment je peux aider au débogage.


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Réponse #767 le: 27 September 2020 à 12:01
Ben si ne rien produire, ça aide, alors peut-être qu'en sortir ça aide aussi ??

:warf:

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Réponse #768 le: 27 September 2020 à 15:59
Depuis quelques jours mon PC figeait aléatoirement. Depuis que j'ai stoppé ce projet, il ne plante plus (à confirmer sur plusieurs jours et en réactivant le projet).

Pas sûr de comment je peux aider au débogage.
Des fuites mémoire peut être ?

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Réponse #769 le: 28 September 2020 à 06:58
Possible. Je referai des tests après le RAID en captant (comme le regretté Shadow) des captures d'utilisation mémoire régulières, ainsi que d'autres paramètres (température, etc.) pour détecter la source du problème.


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Réponse #770 le: 28 September 2020 à 08:29
les validations non concluantes et les invalides sont normales pour le projet. Je dirais même plus, ça nous aide grandement ! On explore les limites de la chimie stable et ces données vont nous aider à "cartographier" l'espace chimique moléculaire. On a des résultats très encourageants et c'est grâce à votre aide.
J'aimerais pourvoir aussi donner des points pour les molécules instables mais c'est une des limites de Boinc que je n'arrive pas à dépasser.

Pour les problèmes de machines qui figent ou de consommation mémoire, faites-moi des retours en précisant votre système d'exploitation, l'ID de la machine, les WU, etc. Modesti a eu un problème de mémoire et le reset du projet semble avoir aidé.



Hors ligne [AF>Amis des Lapins] Jean-Luc

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Réponse #771 le: 28 September 2020 à 18:18
OK, vu.
Merci damotbe pour ces très importantes précisions.
Pour l'instant, tout roule chez-moi...



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Réponse #772 le: 29 September 2020 à 16:15
OK, vu.

ça fait tellement prof ! je n'ai pas pu m'empêcher de vérifier l'information  :siflotte:



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Réponse #773 le: 29 September 2020 à 17:08
J'aimerais pourvoir aussi donner des points pour les molécules instables mais c'est une des limites de Boinc que je n'arrive pas à dépasser.
Tu as déjà contacté Yoyo de RKN qui gère - entre autres - le projet RNA? Il devrait pouvoir t'aider je pense.


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Réponse #774 le: 29 September 2020 à 17:50
OK, vu.

ça fait tellement prof ! je n'ai pas pu m'empêcher de vérifier l'information  :siflotte:

Mais il n'y a rien là-dessus sur mon profil, si tu parles bien de ma profession !



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