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Auteur Sujet: [QuChemPedIA] le topic de préparation  (Lu 134322 fois)

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En ligne [AF>Amis des Lapins] Jean-Luc

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Réponse #50 le: 18 April 2018 à 20:29
J'en serai aussi si mon matériel le permettra !
Cela sera vraiment très passionnant !



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Hors ligne JeromeC

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Réponse #51 le: 18 April 2018 à 20:44
Très bien la vidéo, mais le ton de voix du mec est horripilant ! :D

Et très clair aussi les explications de damotbe, ça fait envie ! (heu je veux dire pas skynet, ton projet quoi ;) )

A quoi bon prendre la vie au sérieux, puisque de toute façon nous n’en sortirons pas vivants ? (Alphonse Allais)



Hors ligne [AF>Libristes>Jip] Elgrande71

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Réponse #52 le: 23 April 2018 à 10:27
Bon courage damotbe  :kookoo:

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Hors ligne Sébastien

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Réponse #53 le: 02 May 2018 à 07:43
J'ai une tenté une compilation de NWChem sous Windows: https://statseb.boinc-af.org/dl/NWChem.zip

J'ai fait une compilation complète de la version 6.8. Utilisez-vous tous les modules? Avez-vous fait des modifications dans le code source?



Hors ligne damotbe

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Réponse #54 le: 02 May 2018 à 07:58
J'ai une tenté une compilation de NWChem sous Windows: https://statseb.boinc-af.org/dl/NWChem.zip

J'ai fait une compilation complète de la version 6.8. Utilisez-vous tous les modules? Avez-vous fait des modifications dans le code source?

Merci Seb ! Actuellement, nous faisons des tests sans modules et sans modification du code source. Nous pensions "juste wrapper" NWChem sans trop y toucher. Le code étant surtout en Fortran, je ne sais pas trop comment m'y prendre pour intégrer l'API Boinc dedans...



Hors ligne Oncle Bob

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Réponse #55 le: 02 May 2018 à 10:03
Le code étant surtout en Fortran

C'est à ça qu'on reconnait les vieux barbons universitaires :D

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Hors ligne JeromeC

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Réponse #56 le: 03 May 2018 à 14:26
C'est dans les vieux pots... ;)

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Hors ligne damotbe

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Réponse #57 le: 01 November 2018 à 10:46
Longue période d'absence sur le forum... Beaucoup de travail sur la partie non Boinc du projet, ce qui est le seul moyen de trouver des financements à terme. Nous sommes deux chercheurs permanents et nous dépendons beaucoup des financements et des stagiaires.

Pour l'aspect scientifique :
  • Nous avons mis en place grâce à des esclaves stagiaires une plateforme de démo : une base de données Big Data (pilotée par ElasticSearch) avec une interface Web plutôt ergonomique
  • Nous avons travaillé à de future visualisation de données sur notre plateforme avec des représentations des hautes qualités (informatives). La plateforme fera l'objet d'une publication scientifique (ou plusieurs) l'année prochaine.
  • Nous avons obtenus nos premiers résultats en IA, en étant capable de prédire avec une précision inégalée des distances interatomiques, dont la liaison carbone-carbone qui est la plus complexe de la chimie organique. Une publication scientifique a été soumise. Ce sont des travaux très préliminaires mais importants pour la suite du projet.

Quelques infos en vrac sur la partie Boinc :
  • sur la phase 1 (chimie informatique), on a identifié plusieurs codes donc la puissance de calcul est le facteur limitant : le calcul DFT (logiciel nwChem) et le calcul du PES (potentiel électrostatique avec un code maison). Le point négatif est que ces codes requièrent beaucoup de RAM (> 4Go/cœur idéalement). est-ce vraiment réaliste de demander l'aide des crunchers ?
  • sur la phase 2 (intelligence artificielle), j'ai une bonne idée de ce dont on aura besoin, mais nos travaux ne sont pas assez avancés pour envisager cette phase avant 2-3 ans si tout se passe bien (la durée d'une thèse).



Hors ligne JeromeC

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Réponse #58 le: 01 November 2018 à 13:01
:bounce:

Super de te revoir parmi nous ! ce sont des nouvelles TRÈS positives à mon sens, ton projet avance, et bien !
Surtout continue de venir nous tenir au courant régulièrement, nous serons là pour te supporter !

Après pour ta première question sur la phase 1 je pense que oui tu trouveras toujours des crunchers (gros ou pas gros) près à s'impliquer "en mode béta", dans la mesures où tu précises *clairement* les prérequis du projet en gros en gras en haut du site et dans les communications que tu ferais pour le promouvoir sur les forums boinc. J'en ferai partie, si tu as un client Mac (en VM/VB par exemple ;) ) avec ma vieille machine dotée de 16 Go (exprès pour boinc  :gniak:), j'ai fait pareil avec les bétas LHC, etc.

Et pour la phase 2 saches que "patience et longueur de temps font plus que force ni que rage", je serai là aussi :)

:kookoo:

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En ligne [AF>Amis des Lapins] Jean-Luc

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Réponse #59 le: 01 November 2018 à 13:07
Merci damotbe pour ces informations !

Je suis d'accord avec JeromeC, si tu précises bien les besoins, il y a toujours des gens qui auront la machine pour et qui seront hyper contents de faire partie des rares qui peuvent aider.
J'en serai si d'ici là, je devais réussir à m'équiper.

Deux remarques :

  • sur la phase 1 (chimie informatique), on a identifié plusieurs codes donc la puissance de calcul est le facteur limitant : le calcul DFT (logiciel nwChem) et le calcul du PES (potentiel électrostatique avec un code maison). Le point négatif est que ces codes requièrent beaucoup de RAM (> 4Go/cœur idéalement). est-ce vraiment réaliste de demander l'aide des crunchers ?

Oui en effet, 4 Go de RAM par coeur, cela fait beaucoup !
C'est bien 4 Go de RAM par coeur et donc 2 Go par Thread ?
Sur ma future machine que je compte me procurer dans un an, je prévoyais 2 Go par Thread. Avec 32C/64T, cela fait 128 Go de RAM nécessaire.
Certains projets comme Constellation, si certains s'en rappellent avaient déjà besoin de plus de 1 Go de RAM par Thread.

  • sur la phase 2 (intelligence artificielle), j'ai une bonne idée de ce dont on aura besoin, mais nos travaux ne sont pas assez avancés pour envisager cette phase avant 2-3 ans si tout se passe bien (la durée d'une thèse).

Waouh !
2-3 ans !
Et moi qui attendais ce premier projet qui devait utiliser la partie "Half" de ma puce pour cet automne !

Patience donc...

Et bon courage pour ce gros travail qui t'attend !



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Hors ligne JeromeC

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Réponse #60 le: 01 November 2018 à 13:12
A mon avis il voulait dire "par tâche" (à moins d'envisager des tâches mt ??), et donc par thread.

Attendons la réponse du chef :)

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Hors ligne Oncle Bob

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Réponse #61 le: 01 November 2018 à 13:49
Prévois une options pour ne cruncher que sur n threads. Ça permettra de participer pour pas mal de monde sans gréver les perf de sa machine.

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Hors ligne GuL

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Réponse #62 le: 01 November 2018 à 15:21
Le point négatif est que ces codes requièrent beaucoup de RAM (> 4Go/cœur idéalement). est-ce vraiment réaliste de demander l'aide des crunchers ?
:hello:
Merci pour ces nouvelles. J'ai 24 Go sur une machine linux qui n'attendent que toi. J'étais l'un des des rares à pouvoir cruncher sur The Lattice project...



Hors ligne damotbe

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Réponse #63 le: 01 November 2018 à 16:11
Pour être plus précis, c'est très dépendant de la molécule et des paramètres de calcul.
En gros, Pour DFT je dépasse parfois les 8Go pour une exécution. Pour une machine grand public, c'est beaucoup.
En partant sur un machine 2C/4T, il faut 4Go/cœur ou 2Go/thread.
Pour le code PES, je n'ai pas encore réfléchi à la parallélisation. Actuellement, je peux monter à 10Go pour un seul thread... J'ai également vu passé un papier qui semble faire le même calcul bien plus vite, mais je n'ai pas trouvé de code associé et comme ce n'est pas la priorité du projet pour le moment...

Autre limitation, le temps de calcul pour DFT. Nos premiers tests ont montré des temps pouvant atteindre plusieurs jours sur plusieurs cœurs.



naz

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Réponse #64 le: 01 November 2018 à 16:38
Pourquoi se prendre la tete ainsi damotbe! Lance des tests sur Boinc tu verras bien les retours... Non?



Hors ligne damotbe

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Réponse #65 le: 01 November 2018 à 16:47
Pourquoi se prendre la tete ainsi damotbe! Lance des tests sur Boinc tu verras bien les retours... Non?

C'est ce que je compte faire, mais avec très peu d'UT.
Reste un défi de taille, trouver le temps de déployer le code serveur et adapté les codes pour Boinc.
La partie serveur est loin d'être une mince affaire... Déployer le code de démo, j'ai fait, c'est facile.
Produire un vrai projet, c'est pas simple et la technique VM virtualbox est tentante !



Hors ligne DocPhilou1966

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Réponse #66 le: 01 November 2018 à 16:59
Hello !

Envisageable de demander la coopération des universités qui font déjà tourner le même type de calculs ?

GPUGRID, TN Grid, LHC, Leiden, MindModeling, ...

Pour la partie mise en place d'un projet BOINC, pas pour le fond de la recherche ;)

Question ouverte, je n'y connais strictement rien.

 :hello: :jap: :kookoo:


 
13800346^131072+1   935,840 (decimal)   2019-01-27 Generalized Fermat Prime Search


Hors ligne damotbe

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Réponse #67 le: 01 November 2018 à 19:36
Ils ne feront pas le travail à notre place, donc le pré-requis c'est d'avoir du temps ou de l'argent pour payer quelqu'un.
Ensuite oui, je pense qu'en cas de blocage on pourra demander de l'aide.
De toute façon à la fin, il faudra qu'on ait la maitrise totale du bouzin  :pt1cable:



Hors ligne nafrayou

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Réponse #68 le: 02 November 2018 à 01:06
Bonjour tout le monde ( oui oui c est déjà le matin ! )

damotbe j en suis , pour le petit coup de pouce de ton projet j ai une machine de 6C / 12T  avec 32 Go de ram , elle est toute a toi sans problème et avec grand plaisir .

bon quand faut y aller  .........  faut y aller  ....  :aulit:



Win 10 Pro 64 - i7-3930K a 12 X 3,2Ghz ( 12 X 3.6 pour les RAID )  Noctua NH-D 14 -  carte graph  NVIDIA RTX 2070 SUPER - CM Asus Sabertooth X79 - 32 Go Ram Corsair DDR3 1600Mhz - Alim Corsair 1000W - tour Cooler Master Cosmos 2




Hors ligne f11ksx

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Réponse #69 le: 02 November 2018 à 08:07

En partant sur un machine 2C/4T, il faut 4Go/cœur ou 2Go/thread.

Autre limitation, le temps de calcul pour DFT. Nos premiers tests ont montré des temps pouvant atteindre plusieurs jours sur plusieurs cœurs.

J'ai deux machines avec 256 Go de mémoire et 2 autres à 64 Go
J'ai passé dix ans à calculer de courbes elliptiques pour factoriser des nombres de Fermat   :hap:
Même pas peur ! ! !

Ad augusta, per angusta.


Hors ligne JeromeC

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Réponse #70 le: 02 November 2018 à 19:26
Produire un vrai projet, c'est pas simple et la technique VM virtualbox est tentante !
Ah ça y est, on a perdu toTOW :D

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Hors ligne toTOW

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Réponse #71 le: 03 November 2018 à 18:14
On m'appelle ? :siflotte:

FAH-Addict, première source d'information francophone sur le projet Folding@Home.


Hors ligne nabz

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Réponse #72 le: 05 November 2018 à 18:30
No problemo pour la RAM, il suffira de limiter le nombre d'UT simultanées, soit sur le serveur, soit sur le client en utilisant <project_max_concurrent>.

Contrôle de BOINC : SAM - BoincTasks 1.80 béta - Bureau à distance Chrome
Calculs : Boinc 7.16.6 SE - VirtualBox 6.1.12 -  TThrottle 7.72 - Pilote AMD 20.4.2 - Pilote nVidia 451.67
OS et utilitaires : Win10 Pro x64 rev 20.04 - Core Temp 1.15 - CCleaner 5.69


Hors ligne [AF] fansyl

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Réponse #73 le: 05 November 2018 à 21:55
Hello,

content de voir que ce projet se poursuit même si ce n'est pas visible pour la partie BOINC. Nous oublions trop souvent qu'il y a une grosse partie du boulot scientifique qui ne concerne pas BOINC.
En tous cas, cela semble prendre forme, les idées ont été bonnes, ça fait plaisir à voir ! :)

Je ne me mettrais pas un frein à la durée de calcul, ni aux quantités de données à échanger. On a vu des projets, CPDN par exemple, avec des temps de calcul et de données assez importants.

En revanche pour la RAM, je suis un peu plus réservé: avoir un dépassement de RAM provoque de gros soucis sur la machine.
Limiter à une seule UT par machine dans un premier temps me parait sage :jap:

De toutes façons, j'imagine une beta privée avec code d'invitation pour démarrer ? Une spéciale AF ? :D

Bon courage à toi, l'AF sera présente, je n'en doute pas !

 :hello:

Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
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Hors ligne Matt11

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Réponse #74 le: 04 January 2019 à 12:59
 En parcourant les actualités scientifiques, je suis tombé sur cet article qui m'a immédiatement fait penser au projet damotbe.

Citer
Dans le cas présent, l'équipe de physiciens a utilisé une variante de ce qui est connu en chimie quantique et en physique de la matière condensée sous le nom de « théorie de la fonctionnelle de la densité » (DFT, pour Density Functional Theory). Cette variante ainsi complétée sur ordinateur par du Deep learning afin d'économiser de la puissance de calcul, les chercheurs ont ainsi pu reproduire plusieurs propriétés thermodynamiques de l'eau, issues de la mécanique quantique, notamment la fameuse différence de densité entre la glace et l'eau liquide, la différence des températures de fusion entre l'eau normale et l'eau lourde contenant du deutérium et la stabilité de différentes formes de glace.


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