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Projet du Mois FB: Yoyo@home

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JeromeC:
2024-09-12, 21:09:09
(tu peux d'ailleurs changer le thème)
JeromeC:
2024-09-12, 21:08:45
Re-bienvenu sur la nouvelle version du forum :)
zelandonii:
2024-09-11, 20:34:12
Très sympa cette nouvelle interface.
zelandonii:
2024-09-11, 20:34:00
Ça tourne du tonnerre !
zelandonii:
2024-09-11, 20:33:46
Pour faire plus simple, j'ai remplacé le waterblock par un ventilateur et j'ai rajouté deux ventilos.
zelandonii:
2024-09-11, 20:33:11
Quelques semaines que je n'étais pas venu pour cause de panne du PC. C'était le watercooling qui n'avait plus de liquide.
zelandonii:
2024-09-11, 20:32:11
Salut à tous !
JeromeC:
2024-09-10, 10:08:05
Autre option : on déménage tous au Groenland et voila.
ousermaatre:
2024-09-08, 19:21:28
 :hello: Meuh non, il y aura tjrs des raids, seulement, ils seront peut-être, plus souvent sur les mêmes thèmes.
[AF>Libristes] alain65:
2024-09-08, 18:02:24
Ça serait dommage, c'est la seule compète à laquelle j'ai le temps de participer. On bascule sur les projets du raid...Et plus qu'à attendre.
JeromeC:
2024-09-08, 16:15:50
Au train où vont les choses on fera bientôt plus aucun RAID alors...... :/
[AF>Libristes] alain65:
2024-09-07, 06:05:51
Une idée comme ça en passant : Le Raid d'automne au tout début de l'hiver et le raid de printemps à la fin  :siflotte:
[AF>Libristes] alain65:
2024-09-07, 06:04:21
@modesti : Ça c'est une bonne nouvelle ;)
modesti:
2024-09-06, 11:43:05
Petite info pour les fans de raid : compte tenu des températures (même si elles ont baissé un peu), le raid d'automne sera transformé en raid d'hiver
modesti:
2024-09-03, 10:48:11
Et le retour d'ARP  :bounce:
Maeda:
2024-09-03, 09:51:08
Un nouveau projet pour WCG pour la fin d'année ? https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,46744_offset,0
Maeda:
2024-08-28, 08:55:36
Prêt !
modesti:
2024-08-26, 15:13:48
Salut les AFones ! :hello: Prêts pour la rentrée ?
modesti:
2024-08-24, 11:11:06
Je confirme: ça marche! Merci beaucoup Sébastien :jap:
Maeda:
2024-08-24, 08:42:05
C'était ça, ça marche :jap:
Sébastien:
2024-08-24, 08:28:08
J'ai désactivé le rafraîchissement automatique de la shoutbox
Maeda:
2024-08-23, 21:59:28
@Sébastien : je ne suis pas sûr que tu aies saisi le souci soulevé par modesti. Si on ne touche à rien (pas de clic) dans la shoutbox, mais qu'on scroll vers le bas pour lire, au bout de ~2sec d'arrêt (pour lire), il remonte tout en haut (peu pratique
Sébastien:
2024-08-23, 19:34:16
Non ce n'est pas possible. Il n'y a pas de notion lu / non-lu pour les messages de la shoutbox.
modesti:
2024-08-22, 16:00:15
:hello: Petite question: il y aurait moyen que la shoutbox ne revienne pas automatiquement au dernier message posté pendant qu'on se met à jour de lecture ?
JeromeC:
2024-08-18, 22:32:17
Ah bah voilà je prends une semaine de congés je reviens et paf tout est migré ! Je préviens : je repars dans une semaine pour un semaine à nouveau, j'attends encore mieux à mon retour !!  :D  :jap: (et en plus ça marche nickel sur mon phone)
[AF] Kalianthys:
2024-08-18, 19:06:40
Merci Seb. Je confirme que c'est réparé.
Sébastien:
2024-08-18, 18:38:37
ça doit fonctionner maintenant.
[AF] Kalianthys:
2024-08-18, 15:50:28
Comment se connecte-t-on sur statseb depuis la migration ? avant c'était automatique.

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[WCG] Microbiome Immunity Project

Démarré par [AF] fansyl, 26 Août 2017 à 19:38

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0 Membres et 1 Invité sur ce sujet

[AF] fansyl


Projet sur les bactéries présentes dans notre corps

Lien du projet sur le site de WCG: https://www.worldcommunitygrid.org/research/mip1/overview.do

Traduction du résumé du projet:
Citation
Des millions de bactéries dans notre corps peuvent jouer un rôle important dans le développement de maladies telles que le diabète de type 1. Comment ? Aider les chercheurs à l'expliquer dans cette étude approfondie du microbiome humain.

Contexte
Chacun d'entre-nous possède jusqu'à 30 trillions de bactéries vivant dans et sur notre corps. Ces bactéries, dont la plupart vivent dans notre système digestif, font partie d'un système appelé le microbiome humain. La plupart de ces bactéries sont inoffensives, voire bénéfiques. Cependant, certaines sont impliquées dans des maladies telles que le diabète de type 1, la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse.

Les récentes avancées technologiques permettent aux scientifiques d'explorer le microbiome humain en détail pour la première fois. Si les scientifiques parvienne à mieux comprendre le rôle du microbiome humain dans le développement de la maladie, ils seront en mesure de trouver et de créer de meilleurs diagnostics et traitements.

Problème
Pour mieux comprendre les rôles joués par les diverses bactéries dans le microbiome humain, les scientifiques doivent étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont encodées dans leurs génomes. La première étape consiste à déterminer les structures physiques (formes) des molécules de protéines codées par les gènes de chaque bactérie. Ceci est important car la structure physique d'une protéine détermine sa fonction.

Une fois les fonctions de protéines sont déterminées, les scientifiques peuvent explorer la façon dont les protéines bactériennes réagissent les unes avec les autres, et déterminer quelles protéines jouent un rôle dans un certain nombre de maladies. A partir de ces connaissances, les scientifiques seraient en mesure de développer des médicaments pour contrôler ces protéines particulières et aider à traiter les maladies qui proviennent ou sont influencées par le microbiome humain.

L'ampleur de cette recherche est énorme: le microbiome est composé d'environ 3 millions de gènes bactériens uniques. Par comparaison, le corps humain a environ 20 000 gènes. Étudier les protéines correspondant à chacun de ces gènes serait une tâche monumentale qui est presque impossible dans un laboratoire. La plupart de ces protéines n'ont donc pas été explorées.

Utiliser des techniques traditionnelles de laboratoire est infaisable pour un problème d'une telle ampleur, les méthodes de calcul peuvent également être utilisées pour prédire les structures de protéines. Toutefois, une opération à cette échelle nécessite beaucoup plus de puissance de calcul que ce qui est généralement à la disposition des scientifiques. World Community Grid répond à ce besoin en tirant parti de la puissance de calcul offerte par les bénévoles de partout dans le monde.

Solution proposée
Le projet Microbiome Immunity utilise la puissance de WCG pour accélérer cette étape initiale de la prédiction des structures protéiques du microbiome humain. Plus précisément, les bénévoles du WCG utilisent la puissance inutilisée de traitement de leurs ordinateurs pour exécuter des millions d'expériences virtuelles, chacune prédisant la structure d'une protéine.

Les données obtenues seront analysées par les chercheurs pour trouver la structure la plus probable pour chacune des protéines étudiées. L'équipe de recherche rendra leurs données publiques, utilisables par d'autres scientifiques, accélérant l'avancement de la connaissance scientifique dans ce nouveau domaine de recherche.

Le projet se concentre d'abord sur les gènes trouvés dans le microbiome de l'intestin humain, et sur les maladies dont il a été démontré qu'elles sont associées à des bactéries intestinales, notamment le diabète de type 1, la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse.

L'aide des bénévoles du WCG et l'énorme quantité de puissance de calcul qu'ils apportent au projet avanceront grandement ce domaine passionnant de la recherche.

Les badges sont les suivants:



Le projet ne semble pas nécessiter d'instructions CPU particulières (AVX ou autres).
Des UTs sont disponibles sous Windows (32 bits), Linux (32 et 64bits), Mac (64 bits) mais pas sous Android.
La consommation mémoire (RAM) met un peu de temps à monter pour atteindre ~220Mo, attention donc sur les machines faiblement dotées en RAM.
Le nom des UTs (MIP1) indiquerait peut-être qu'une 2ème phase est possible.

Une vidéo grand public du projet à diffuser pour recruter des volontaires:
[video][/video]

L'écran de veille est le suivant:

Pour le moment, l'EDC (Estimated Completion Dates) est fixée dans 243 jours mais il faut attendre la prochaine MAJ pour avoir une idée plus précise.

Bon crunch et bonne chasse de badge à tous !
:hello:
Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
Ryzen 1700X/32Go/GTX970 (sous WC) - i7-3770T/16Go/HD4000 - Ryzen 5700G/32Go/GTX1050 - Q9550/8Go/GT1030 - 3xAndroidBox S912


Oncle Bob

Pour la conso RAM tu t'emballes un peu. J'ai consulté le gestionnaire des tâches (Win 7 Home 64 bits) à l'instant, il me donne plus de 200 Mo/tâche (~212 Mo).
Boincstat
Projets du moment
Config principale : i7 2600K@4,2 GHz / 32 Go@1333 MHz / GTX 970 (Win 10)
Crunchbox passives : i7-4785T / 8 Go@1600 MHz / Akasa Euler S (Debian) || i3-4130T / 4 Go@1600 MHz / Akasa Euler (Debian)
ARM : 1*S922 + 1*H3
Boinc@Raspberry Pi | Boinc et Linux | Date fin de projets

Rhodan71



O-Totoro : AMD Ryzen 9 7900 (12c/24t) + RTX 4070 Super, Windows 11 + Ubuntu 22.04, 64 Go RAM
Chu-Totoro : AMD Ryzen 9 3900X (12c/24t) + RTX 2070 Super, Windows 11, 64 Go RAM
Chibi-Totoro : AMD Threadripper 1950X (16c/32t), Ubuntu 22.04, 64 Go RAM

[AF] fansyl

Exact les tâches mettent un peu de temps avant de prendre plus de mémoire et je tourne comme toi dans les 220Mo.
J'ai édité le 1er post !
:hello:
Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
Ryzen 1700X/32Go/GTX970 (sous WC) - i7-3770T/16Go/HD4000 - Ryzen 5700G/32Go/GTX1050 - Q9550/8Go/GT1030 - 3xAndroidBox S912


nabz

Je sens que je vais me faire une solide cure de WCG après le "Seti wow event". :miam:
Contrôle de BOINC : SAM - BoincTasks 1.80 béta - Bureau à distance Chrome
Calculs : Boinc 7.16.6 SE - VirtualBox 6.1.12 -  TThrottle 7.72 - Pilote AMD 20.4.2 - Pilote nVidia 451.67
OS et utilitaires : Win10 Pro x64 rev 20.04 - Core Temp 1.15 - CCleaner 5.69

JulienL

Citation de: nabz le 27 Août 2017 à 19:59
Je sens que je vais me faire une solide cure de WCG après le "Seti wow event". :miam:
Moi aussi des la fin de l'event WOW je go sur WCG a fond

JeromeC

Je rappelle l'intérêt des résultats de WUProp : il dit que 227 Mo en moyenne sous Windows, et 335 Mo sous Mac. Ca va, y'a bien pire !
A quoi bon prendre la vie au sérieux, puisque de toute façon nous n'en sortirons pas vivants ? (Alphonse Allais)


[AF] fansyl

Après une 1ère mise à jour, l'ECD est passée au 29/03/2022, soit dans 1673 jours... pas de stress pour les badges donc !
:hello:
Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
Ryzen 1700X/32Go/GTX970 (sous WC) - i7-3770T/16Go/HD4000 - Ryzen 5700G/32Go/GTX1050 - Q9550/8Go/GT1030 - 3xAndroidBox S912


Maeda

Tant mieux car je n'ai pas encore réussi à avoir une UT. :vientbat:

[AF] fansyl

Bizarre, il y a eu 31,146 UTs distribuées dans les dernières 24h selon WUProp...
Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
Ryzen 1700X/32Go/GTX970 (sous WC) - i7-3770T/16Go/HD4000 - Ryzen 5700G/32Go/GTX1050 - Q9550/8Go/GT1030 - 3xAndroidBox S912


modesti

Maeda, as-tu coché le "opt-in" automatique pour les nouveaux sous-projets chez WCG?

Maeda

Oui :). Je dois avoir le projet qui a fait suffisamment de job, je vais voir quand mon cache sera vide.

foo_fight

Dis donc il y a peu d'UT de dispo sur ce projet. J'espère que ça sera pas comme HSTB où je chope quasi rien...  :(

DocPhilou1966

 
13800346^131072+1   935,840 (decimal)   2019-01-27 Generalized Fermat Prime Search

foo_fight

Ah je comprends mieux c'est toi qui a tout pris!  :D


nabz

J'approche les 1,5 ans de calcul, j'espère atteindre les 2 ans demain matin. :hyperbon:

Mais avec le retard des exportations vers les stats, je n'ai que le badge 6 mois sur ma signature.
Contrôle de BOINC : SAM - BoincTasks 1.80 béta - Bureau à distance Chrome
Calculs : Boinc 7.16.6 SE - VirtualBox 6.1.12 -  TThrottle 7.72 - Pilote AMD 20.4.2 - Pilote nVidia 451.67
OS et utilitaires : Win10 Pro x64 rev 20.04 - Core Temp 1.15 - CCleaner 5.69

DocPhilou1966

Citation de: foo_fight le 04 Septembre 2017 à 15:27
Ah je comprends mieux c'est toi qui a tout pris!  :D
:siflotte:
:hello:
pense pas, j'arrive seulement aux 180 jours de calculs aujourd'hui
:kookoo:
 
13800346^131072+1   935,840 (decimal)   2019-01-27 Generalized Fermat Prime Search

[AF] fansyl

Des problèmes sur le projet -> mise en suspend -> mais c'est déjà corrigé apparemment : https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,40307_offset,0#550004

De toutes façons, il y a le RAID...  :D
Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
Ryzen 1700X/32Go/GTX970 (sous WC) - i7-3770T/16Go/HD4000 - Ryzen 5700G/32Go/GTX1050 - Q9550/8Go/GT1030 - 3xAndroidBox S912


ousermaatre

traduction faite par Zarck

Par: L'équipe de recherche du Microbiome Immunity Project
11 mai 2020

Récapitulatif
La recherche en période de pandémie est plus importante que jamais. Voici comment l'équipe du Projet d'immunité au microbiome progresse continuellement tout en travaillant à domicile.

Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul de World Community Grid pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela aide les scientifiques à comprendre le rôle du microbiome dans la maladie.

Nous tenons à remercier tous nos bénévoles pour leur aide dans le don de précieux temps d'ordinateur! Jusqu'à présent, nous avons exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans notre pipeline. Avec les modèles prédits et notre nouvelle méthode d'annotation fonctionnelle, nous avons enfin commencé une plongée plus profonde dans l'analyse de nos données!

Le contexte

La réunion de printemps du Microbiome Immunity Project a été virtuelle plutôt qu'en personne cette année.
Rangée du haut (de gauche à droite): Mary Maranga, Richard Bonneau, Tomasz Kościółek
Rangée du milieu (de gauche à droite): Julia Koehler Leman, Paweł Szczerbiak, Daniel Berenberg
Rangée du bas (de gauche à droite): Douglas Renfrew, Vladmir Gligorijevic, Chris Chandler
Pas sur la photo: Tommi Vatanen



Nous devions nous réunir à New York en mars pour notre assemblée générale de recherche régulière. Cependant, en raison de la pandémie de COVID-19, cette réunion n'a pas pu avoir lieu en personne. Au lieu de cela, nous avons eu des appels vidéo de plusieurs heures via Zoom au cours de ces trois jours, du 18 au 20 mars. Des chercheurs des États-Unis (New York), de Pologne et de Nouvelle-Zélande ont participé à la réunion. Trouver un moment qui a fonctionné pour tout le monde dans ces trois fuseaux horaires différents à travers le monde a été difficile, mais nous l'avons réussi.

Le progrès

Notre article sur l'annotation fonctionnelle de la séquence et de la structure (vous pouvez consulter une préimpression ici) a été soumis et est actuellement en cours de révision. Nous croisons les doigts pour des critiques positives!

Nous travaillons également sur deux autres articles qui plongent dans les données collectées tout au long de ce projet, à la fois expérimentales et nos prévisions. Pour cela, nous avons commencé à travailler sur une base de données qui rend ces données facilement accessibles et analysables pour nous en tant que groupe, puis pour la communauté scientifique générale et pour vous tous! Beaucoup de travail reste à faire, mais assurons-nous que nous progressons. Pour relever ces défis, nous avons également de nouveaux membres dans notre groupe qui peuvent nous aider. L'équipe polonaise s'agrandit grâce à un étudiant diplômé supplémentaire et un stagiaire postdoctoral et notre équipe de NYC a un autre ingénieur logiciel qui nous aide à mettre en place les bases de données. Bienvenue dans notre équipe: Paweł, Mary et Chris.

Dans d'autres nouvelles marquantes, Bryn Taylor, membre de l'équipe de recherche, a défendu avec succès sa thèse de doctorat le 14 avril. Conformément à l'époque, sa défense a été menée via Zoom, ce qui signifiait qu'un grand groupe de famille, d'amis et de collègues pouvait y assister. Félicitations, Dr Taylor!

Nos activités de recherche ont toujours impliqué le travail à distance et la communication en ligne. En ces temps difficiles, nous travaillons aussi dur que jamais et nous espérons que tous les volontaires du World Community Grid prennent des mesures pour rester en sécurité et en bonne santé. Nous vous remercions pour votre soutien continu!

[AF] fansyl

Merci aux traducteurs : :jap: :jap: :jap:

Je n'ai malheureusement plus trop le temps et le courage de faire les traductions du WCG comme à une période.... :-/

:hello:
Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
Ryzen 1700X/32Go/GTX970 (sous WC) - i7-3770T/16Go/HD4000 - Ryzen 5700G/32Go/GTX1050 - Q9550/8Go/GT1030 - 3xAndroidBox S912


franky82

Mon site : Photo de bière



fzs600

Citation de: naz le 12 Mai 2020 à 09:30
Du concret! Un sérieux et très beau projet  :jap:
Pour allez un peu plus loin sur le sujet.
[video][/video]
Ses ouvrages sont aussi très intéressants.

Utilisateur GNU-LINUX. fzs600@hub.g3l.org

naz


f11ksx

Ad augusta, per angusta.

JeromeC

Super la trad, merci la publication, mais il faudrait le mettre sur la page principale non ?

(tous comme les autres articles récemment publiés par Franky)
A quoi bon prendre la vie au sérieux, puisque de toute façon nous n'en sortirons pas vivants ? (Alphonse Allais)