[WCG] Microbiome Immunity Project

[[AF] fansyl]

Projet sur les bactéries présentes dans notre corps

Lien du projet sur le site de WCG: https://www.worldcommunitygrid.org/research/mip1/overview.do

Traduction du résumé du projet:

Des millions de bactéries dans notre corps peuvent jouer un rôle important dans le développement de maladies telles que le diabète de type 1. Comment ? Aider les chercheurs à l'expliquer dans cette étude approfondie du microbiome humain.

Contexte
Chacun d'entre-nous possède jusqu'à 30 trillions de bactéries vivant dans et sur notre corps. Ces bactéries, dont la plupart vivent dans notre système digestif, font partie d'un système appelé le microbiome humain. La plupart de ces bactéries sont inoffensives, voire bénéfiques. Cependant, certaines sont impliquées dans des maladies telles que le diabète de type 1, la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse.

Les récentes avancées technologiques permettent aux scientifiques d'explorer le microbiome humain en détail pour la première fois. Si les scientifiques parvienne à mieux comprendre le rôle du microbiome humain dans le développement de la maladie, ils seront en mesure de trouver et de créer de meilleurs diagnostics et traitements.

Problème
Pour mieux comprendre les rôles joués par les diverses bactéries dans le microbiome humain, les scientifiques doivent étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont encodées dans leurs génomes. La première étape consiste à déterminer les structures physiques (formes) des molécules de protéines codées par les gènes de chaque bactérie. Ceci est important car la structure physique d'une protéine détermine sa fonction.

Une fois les fonctions de protéines sont déterminées, les scientifiques peuvent explorer la façon dont les protéines bactériennes réagissent les unes avec les autres, et déterminer quelles protéines jouent un rôle dans un certain nombre de maladies. A partir de ces connaissances, les scientifiques seraient en mesure de développer des médicaments pour contrôler ces protéines particulières et aider à traiter les maladies qui proviennent ou sont influencées par le microbiome humain.

L'ampleur de cette recherche est énorme: le microbiome est composé d'environ 3 millions de gènes bactériens uniques. Par comparaison, le corps humain a environ 20 000 gènes. Étudier les protéines correspondant à chacun de ces gènes serait une tâche monumentale qui est presque impossible dans un laboratoire. La plupart de ces protéines n'ont donc pas été explorées.

Utiliser des techniques traditionnelles de laboratoire est infaisable pour un problème d'une telle ampleur, les méthodes de calcul peuvent également être utilisées pour prédire les structures de protéines. Toutefois, une opération à cette échelle nécessite beaucoup plus de puissance de calcul que ce qui est généralement à la disposition des scientifiques. World Community Grid répond à ce besoin en tirant parti de la puissance de calcul offerte par les bénévoles de partout dans le monde.

Solution proposée
Le projet Microbiome Immunity utilise la puissance de WCG pour accélérer cette étape initiale de la prédiction des structures protéiques du microbiome humain. Plus précisément, les bénévoles du WCG utilisent la puissance inutilisée de traitement de leurs ordinateurs pour exécuter des millions d'expériences virtuelles, chacune prédisant la structure d'une protéine.

Les données obtenues seront analysées par les chercheurs pour trouver la structure la plus probable pour chacune des protéines étudiées. L'équipe de recherche rendra leurs données publiques, utilisables par d'autres scientifiques, accélérant l'avancement de la connaissance scientifique dans ce nouveau domaine de recherche.

Le projet se concentre d'abord sur les gènes trouvés dans le microbiome de l'intestin humain, et sur les maladies dont il a été démontré qu'elles sont associées à des bactéries intestinales, notamment le diabète de type 1, la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse.

L'aide des bénévoles du WCG et l'énorme quantité de puissance de calcul qu'ils apportent au projet avanceront grandement ce domaine passionnant de la recherche.

Les badges sont les suivants:



Le projet ne semble pas nécessiter d'instructions CPU particulières (AVX ou autres).
Des UTs sont disponibles sous Windows (32 bits), Linux (32 et 64bits), Mac (64 bits) mais pas sous Android.
La consommation mémoire (RAM) met un peu de temps à monter pour atteindre ~220Mo, attention donc sur les machines faiblement dotées en RAM.
Le nom des UTs (MIP1) indiquerait peut-être qu'une 2ème phase est possible.

Une vidéo grand public du projet à diffuser pour recruter des volontaires:

[video][/video]

L'écran de veille est le suivant:

Pour le moment, l'EDC (Estimated Completion Dates) est fixée dans 243 jours mais il faut attendre la prochaine MAJ pour avoir une idée plus précise.

Bon crunch et bonne chasse de badge à tous !

[Oncle Bob]

Pour la conso RAM tu t'emballes un peu. J'ai consulté le gestionnaire des tâches (Win 7 Home 64 bits) à l'instant, il me donne plus de 200 Mo/tâche (~212 Mo).

[Rhodan71]

Yes, idem pour moi (~220Mo)

[[AF] fansyl]

Exact les tâches mettent un peu de temps avant de prendre plus de mémoire et je tourne comme toi dans les 220Mo.
J'ai édité le 1er post !

[nabz]

Je sens que je vais me faire une solide cure de WCG après le "Seti wow event".

[JulienL]

Je sens que je vais me faire une solide cure de WCG après le "Seti wow event".

Moi aussi des la fin de l'event WOW je go sur WCG a fond

[JeromeC]

Je rappelle l'intérêt des résultats de WUProp : il dit que 227 Mo en moyenne sous Windows, et 335 Mo sous Mac. Ca va, y'a bien pire !

[[AF] fansyl]

Après une 1ère mise à jour, l'ECD est passée au 29/03/2022, soit dans 1673 jours... pas de stress pour les badges donc !

[Maeda]

Tant mieux car je n'ai pas encore réussi à avoir une UT.

[[AF] fansyl]

Bizarre, il y a eu 31,146 UTs distribuées dans les dernières 24h selon WUProp...

[modesti]

Maeda, as-tu coché le "opt-in" automatique pour les nouveaux sous-projets chez WCG?

[Maeda]

Oui . Je dois avoir le projet qui a fait suffisamment de job, je vais voir quand mon cache sera vide.

[foo_fight]

Dis donc il y a peu d'UT de dispo sur ce projet. J'espère que ça sera pas comme HSTB où je chope quasi rien... 

[DocPhilou1966]

315 en cours
600 validées

[foo_fight]

Ah je comprends mieux c'est toi qui a tout pris! 

[nabz]

J'approche les 1,5 ans de calcul, j'espère atteindre les 2 ans demain matin.

Mais avec le retard des exportations vers les stats, je n'ai que le badge 6 mois sur ma signature.

[DocPhilou1966]

Ah je comprends mieux c'est toi qui a tout pris! 

pense pas, j'arrive seulement aux 180 jours de calculs aujourd'hui

[[AF] fansyl]

Des problèmes sur le projet -> mise en suspend -> mais c'est déjà corrigé apparemment : https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,40307_offset,0#550004

De toutes façons, il y a le RAID... 

[ousermaatre]

traduction faite par Zarck

Par: L'équipe de recherche du Microbiome Immunity Project
11 mai 2020

Récapitulatif
La recherche en période de pandémie est plus importante que jamais. Voici comment l'équipe du Projet d'immunité au microbiome progresse continuellement tout en travaillant à domicile.

Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul de World Community Grid pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela aide les scientifiques à comprendre le rôle du microbiome dans la maladie.

Nous tenons à remercier tous nos bénévoles pour leur aide dans le don de précieux temps d'ordinateur! Jusqu'à présent, nous avons exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans notre pipeline. Avec les modèles prédits et notre nouvelle méthode d'annotation fonctionnelle, nous avons enfin commencé une plongée plus profonde dans l'analyse de nos données!

Le contexte

La réunion de printemps du Microbiome Immunity Project a été virtuelle plutôt qu'en personne cette année.
Rangée du haut (de gauche à droite): Mary Maranga, Richard Bonneau, Tomasz Kościółek
Rangée du milieu (de gauche à droite): Julia Koehler Leman, Paweł Szczerbiak, Daniel Berenberg
Rangée du bas (de gauche à droite): Douglas Renfrew, Vladmir Gligorijevic, Chris Chandler
Pas sur la photo: Tommi Vatanen



Nous devions nous réunir à New York en mars pour notre assemblée générale de recherche régulière. Cependant, en raison de la pandémie de COVID-19, cette réunion n'a pas pu avoir lieu en personne. Au lieu de cela, nous avons eu des appels vidéo de plusieurs heures via Zoom au cours de ces trois jours, du 18 au 20 mars. Des chercheurs des États-Unis (New York), de Pologne et de Nouvelle-Zélande ont participé à la réunion. Trouver un moment qui a fonctionné pour tout le monde dans ces trois fuseaux horaires différents à travers le monde a été difficile, mais nous l'avons réussi.

Le progrès

Notre article sur l'annotation fonctionnelle de la séquence et de la structure (vous pouvez consulter une préimpression ici) a été soumis et est actuellement en cours de révision. Nous croisons les doigts pour des critiques positives!

Nous travaillons également sur deux autres articles qui plongent dans les données collectées tout au long de ce projet, à la fois expérimentales et nos prévisions. Pour cela, nous avons commencé à travailler sur une base de données qui rend ces données facilement accessibles et analysables pour nous en tant que groupe, puis pour la communauté scientifique générale et pour vous tous! Beaucoup de travail reste à faire, mais assurons-nous que nous progressons. Pour relever ces défis, nous avons également de nouveaux membres dans notre groupe qui peuvent nous aider. L'équipe polonaise s'agrandit grâce à un étudiant diplômé supplémentaire et un stagiaire postdoctoral et notre équipe de NYC a un autre ingénieur logiciel qui nous aide à mettre en place les bases de données. Bienvenue dans notre équipe: Paweł, Mary et Chris.

Dans d'autres nouvelles marquantes, Bryn Taylor, membre de l'équipe de recherche, a défendu avec succès sa thèse de doctorat le 14 avril. Conformément à l'époque, sa défense a été menée via Zoom, ce qui signifiait qu'un grand groupe de famille, d'amis et de collègues pouvait y assister. Félicitations, Dr Taylor!

Nos activités de recherche ont toujours impliqué le travail à distance et la communication en ligne. En ces temps difficiles, nous travaillons aussi dur que jamais et nous espérons que tous les volontaires du World Community Grid prennent des mesures pour rester en sécurité et en bonne santé. Nous vous remercions pour votre soutien continu!

[[AF] fansyl]

Merci aux traducteurs :

Je n'ai malheureusement plus trop le temps et le courage de faire les traductions du WCG comme à une période.... :-/

[franky82]

Article traduit et publié sur le portail : https://www.boinc-af.org/wcg-le-microbiome-immunity-project-doit-continuer.html 

[fzs600]

Du concret! Un sérieux et très beau projet 

Pour allez un peu plus loin sur le sujet.
[video][/video]
Ses ouvrages sont aussi très intéressants.

[naz]

Merci pour le partage 

[f11ksx]

Génialissime

Merci 

[JeromeC]

Super la trad, merci la publication, mais il faudrait le mettre sur la page principale non ?

(tous comme les autres articles récemment publiés par Franky)