traduction faite par Zarck
Par: L'équipe de recherche du Microbiome Immunity Project11 mai 2020
Récapitulatif
La recherche en période de pandémie est plus importante que jamais. Voici comment l'équipe du Projet d'immunité au microbiome progresse continuellement tout en travaillant à domicile.
Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul de World Community Grid pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela aide les scientifiques à comprendre le rôle du microbiome dans la maladie.
Nous tenons à remercier tous nos bénévoles pour leur aide dans le don de précieux temps d'ordinateur! Jusqu'à présent, nous avons exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans notre pipeline. Avec les modèles prédits et notre nouvelle méthode d'annotation fonctionnelle, nous avons enfin commencé une plongée plus profonde dans l'analyse de nos données!
Le contexte
La réunion de printemps du Microbiome Immunity Project a été virtuelle plutôt qu'en personne cette année.
Rangée du haut (de gauche à droite): Mary Maranga, Richard Bonneau, Tomasz Kościółek
Rangée du milieu (de gauche à droite): Julia Koehler Leman, Paweł Szczerbiak, Daniel Berenberg
Rangée du bas (de gauche à droite): Douglas Renfrew, Vladmir Gligorijevic, Chris Chandler
Pas sur la photo: Tommi Vatanen
Nous devions nous réunir à New York en mars pour notre assemblée générale de recherche régulière. Cependant, en raison de la pandémie de COVID-19, cette réunion n'a pas pu avoir lieu en personne. Au lieu de cela, nous avons eu des appels vidéo de plusieurs heures via Zoom au cours de ces trois jours, du 18 au 20 mars. Des chercheurs des États-Unis (New York), de Pologne et de Nouvelle-Zélande ont participé à la réunion. Trouver un moment qui a fonctionné pour tout le monde dans ces trois fuseaux horaires différents à travers le monde a été difficile, mais nous l'avons réussi.
Le progrès
Notre article sur l'annotation fonctionnelle de la séquence et de la structure (vous pouvez consulter une préimpression ici) a été soumis et est actuellement en cours de révision. Nous croisons les doigts pour des critiques positives!
Nous travaillons également sur deux autres articles qui plongent dans les données collectées tout au long de ce projet, à la fois expérimentales et nos prévisions. Pour cela, nous avons commencé à travailler sur une base de données qui rend ces données facilement accessibles et analysables pour nous en tant que groupe, puis pour la communauté scientifique générale et pour vous tous! Beaucoup de travail reste à faire, mais assurons-nous que nous progressons. Pour relever ces défis, nous avons également de nouveaux membres dans notre groupe qui peuvent nous aider. L'équipe polonaise s'agrandit grâce à un étudiant diplômé supplémentaire et un stagiaire postdoctoral et notre équipe de NYC a un autre ingénieur logiciel qui nous aide à mettre en place les bases de données. Bienvenue dans notre équipe: Paweł, Mary et Chris.
Dans d'autres nouvelles marquantes, Bryn Taylor, membre de l'équipe de recherche, a défendu avec succès sa thèse de doctorat le 14 avril. Conformément à l'époque, sa défense a été menée via Zoom, ce qui signifiait qu'un grand groupe de famille, d'amis et de collègues pouvait y assister. Félicitations, Dr Taylor!
Nos activités de recherche ont toujours impliqué le travail à distance et la communication en ligne. En ces temps difficiles, nous travaillons aussi dur que jamais et nous espérons que tous les volontaires du World Community Grid prennent des mesures pour rester en sécurité et en bonne santé. Nous vous remercions pour votre soutien continu!
