Auteur Sujet: [WCG] Microbiome Immunity Project  (Lu 2662 fois)

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[AF] fansyl

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[WCG] Microbiome Immunity Project
« le: 26 août 2017 à 19:38 »

Projet sur les bactéries présentes dans notre corps

Lien du projet sur le site de WCG: https://www.worldcommunitygrid.org/research/mip1/overview.do

Traduction du résumé du projet:
Citer
Des millions de bactéries dans notre corps peuvent jouer un rôle important dans le développement de maladies telles que le diabète de type 1. Comment ? Aider les chercheurs à l'expliquer dans cette étude approfondie du microbiome humain.

Contexte
Chacun d'entre-nous possède jusqu'à 30 trillions de bactéries vivant dans et sur notre corps. Ces bactéries, dont la plupart vivent dans notre système digestif, font partie d'un système appelé le microbiome humain. La plupart de ces bactéries sont inoffensives, voire bénéfiques. Cependant, certaines sont impliquées dans des maladies telles que le diabète de type 1, la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse.

Les récentes avancées technologiques permettent aux scientifiques d'explorer le microbiome humain en détail pour la première fois. Si les scientifiques parvienne à mieux comprendre le rôle du microbiome humain dans le développement de la maladie, ils seront en mesure de trouver et de créer de meilleurs diagnostics et traitements.

Problème
Pour mieux comprendre les rôles joués par les diverses bactéries dans le microbiome humain, les scientifiques doivent étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont encodées dans leurs génomes. La première étape consiste à déterminer les structures physiques (formes) des molécules de protéines codées par les gènes de chaque bactérie. Ceci est important car la structure physique d'une protéine détermine sa fonction.

Une fois les fonctions de protéines sont déterminées, les scientifiques peuvent explorer la façon dont les protéines bactériennes réagissent les unes avec les autres, et déterminer quelles protéines jouent un rôle dans un certain nombre de maladies. A partir de ces connaissances, les scientifiques seraient en mesure de développer des médicaments pour contrôler ces protéines particulières et aider à traiter les maladies qui proviennent ou sont influencées par le microbiome humain.

L'ampleur de cette recherche est énorme: le microbiome est composé d'environ 3 millions de gènes bactériens uniques. Par comparaison, le corps humain a environ 20 000 gènes. Étudier les protéines correspondant à chacun de ces gènes serait une tâche monumentale qui est presque impossible dans un laboratoire. La plupart de ces protéines n'ont donc pas été explorées.

Utiliser des techniques traditionnelles de laboratoire est infaisable pour un problème d'une telle ampleur, les méthodes de calcul peuvent également être utilisées pour prédire les structures de protéines. Toutefois, une opération à cette échelle nécessite beaucoup plus de puissance de calcul que ce qui est généralement à la disposition des scientifiques. World Community Grid répond à ce besoin en tirant parti de la puissance de calcul offerte par les bénévoles de partout dans le monde.

Solution proposée
Le projet Microbiome Immunity utilise la puissance de WCG pour accélérer cette étape initiale de la prédiction des structures protéiques du microbiome humain. Plus précisément, les bénévoles du WCG utilisent la puissance inutilisée de traitement de leurs ordinateurs pour exécuter des millions d'expériences virtuelles, chacune prédisant la structure d'une protéine.

Les données obtenues seront analysées par les chercheurs pour trouver la structure la plus probable pour chacune des protéines étudiées. L'équipe de recherche rendra leurs données publiques, utilisables par d'autres scientifiques, accélérant l'avancement de la connaissance scientifique dans ce nouveau domaine de recherche.

Le projet se concentre d'abord sur les gènes trouvés dans le microbiome de l'intestin humain, et sur les maladies dont il a été démontré qu'elles sont associées à des bactéries intestinales, notamment le diabète de type 1, la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse.

L'aide des bénévoles du WCG et l'énorme quantité de puissance de calcul qu'ils apportent au projet avanceront grandement ce domaine passionnant de la recherche.

Les badges sont les suivants:



Le projet ne semble pas nécessiter d'instructions CPU particulières (AVX ou autres).
Des UTs sont disponibles sous Windows (32 bits), Linux (32 et 64bits), Mac (64 bits) mais pas sous Android.
La consommation mémoire (RAM) met un peu de temps à monter pour atteindre ~220Mo, attention donc sur les machines faiblement dotées en RAM.
Le nom des UTs (MIP1) indiquerait peut-être qu'une 2ème phase est possible.

Une vidéo grand public du projet à diffuser pour recruter des volontaires:

L'écran de veille est le suivant:

Pour le moment, l'EDC (Estimated Completion Dates) est fixée dans 243 jours mais il faut attendre la prochaine MAJ pour avoir une idée plus précise.

Bon crunch et bonne chasse de badge à tous !
 :hello:
« Modifié: 21 juin 2018 à 22:37 par [AF] fansyl »
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Oncle Bob

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #1 le: 27 août 2017 à 19:23 »
Pour la conso RAM tu t'emballes un peu. J'ai consulté le gestionnaire des tâches (Win 7 Home 64 bits) à l'instant, il me donne plus de 200 Mo/tâche (~212 Mo).
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Rhodan71

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #2 le: 27 août 2017 à 19:35 »
Yes, idem pour moi (~220Mo)


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[AF] fansyl

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #3 le: 27 août 2017 à 19:35 »
Exact les tâches mettent un peu de temps avant de prendre plus de mémoire et je tourne comme toi dans les 220Mo.
J'ai édité le 1er post !
 :hello:
« Modifié: 27 août 2017 à 19:41 par [AF] fansyl »
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nabz

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #4 le: 27 août 2017 à 19:59 »
Je sens que je vais me faire une solide cure de WCG après le "Seti wow event". :miam:
« Modifié: 27 août 2017 à 20:09 par nabz »
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JulienL

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Re : Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #5 le: 27 août 2017 à 23:22 »
Je sens que je vais me faire une solide cure de WCG après le "Seti wow event". :miam:
Moi aussi des la fin de l'event WOW je go sur WCG a fond

JeromeC

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #6 le: 28 août 2017 à 11:57 »
Je rappelle l'intérêt des résultats de WUProp : il dit que 227 Mo en moyenne sous Windows, et 335 Mo sous Mac. Ca va, y'a bien pire !
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

[AF] fansyl

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #7 le: 29 août 2017 à 21:23 »
Après une 1ère mise à jour, l'ECD est passée au 29/03/2022, soit dans 1673 jours... pas de stress pour les badges donc !
 :hello:
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Maeda

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #8 le: 30 août 2017 à 19:41 »
Tant mieux car je n'ai pas encore réussi à avoir une UT. :vientbat:
Sous Linux ? => ⚡ Script pour suspendre / reprendre les UT | 【Que faire avant un RAID/Pentathlon ? Passer l'aspirateur dans ses machines !

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[AF] fansyl

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #9 le: 30 août 2017 à 19:48 »
Bizarre, il y a eu 31,146 UTs distribuées dans les dernières 24h selon WUProp...
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modesti

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #10 le: 30 août 2017 à 22:21 »
Maeda, as-tu coché le "opt-in" automatique pour les nouveaux sous-projets chez WCG?

Viendez chez nous, cause qu'on est les meilleur(e)s :D


In memoriam Jip

Maeda

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #11 le: 30 août 2017 à 23:09 »
Oui :). Je dois avoir le projet qui a fait suffisamment de job, je vais voir quand mon cache sera vide.
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foo_fight

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #12 le: 04 septembre 2017 à 13:58 »
Dis donc il y a peu d'UT de dispo sur ce projet. J'espère que ça sera pas comme HSTB où je chope quasi rien...  :(

DocPhilou1966

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #13 le: 04 septembre 2017 à 15:25 »
315 en cours
600 validées
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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #14 le: 04 septembre 2017 à 15:27 »
Ah je comprends mieux c'est toi qui a tout pris!  :D


nabz

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #15 le: 04 septembre 2017 à 15:43 »
J'approche les 1,5 ans de calcul, j'espère atteindre les 2 ans demain matin. :hyperbon:

Mais avec le retard des exportations vers les stats, je n'ai que le badge 6 mois sur ma signature.
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Re : Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #16 le: 05 septembre 2017 à 08:26 »
Ah je comprends mieux c'est toi qui a tout pris!  :D
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:hello:
pense pas, j'arrive seulement aux 180 jours de calculs aujourd'hui
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[AF] fansyl

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Re : [WCG] Microbiome Immunity Project
« Réponse #17 le: 21 septembre 2017 à 08:21 »
Des problèmes sur le projet -> mise en suspend -> mais c'est déjà corrigé apparemment : https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,40307_offset,0#550004

De toutes façons, il y a le RAID...  :D
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