Help Stop TB découvre de nouvelles données sur les acides mycoliquesAuteur: L'équipe Help Stop TBUniversity of Nottingham
17 août 2017RécapitulatifLe projet HSTB se révèle être l'étude la plus complète des acides mycoliques jamais entreprise, qui sera d'une valeur inestimable pour tous les chercheurs intéressés par la façon dont ces molécules protègent les bactéries. Dans cette mise à jour, les chercheurs décrivent les plis d'acide mycolique qui n'ont jamais été détaillées, et expliquent comment ils envisagent de poursuivre leur exploration de ce nouveau territoire tandis que le projet se poursuit.
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Bonjour à tous, et tout d'abord, nous vous remercions d'avoir donné de votre temps d'ordinateur pour le projet HSTB !
ContexteLa bactérie qui cause la tuberculose ( Mycobacterium tuberculosis ) a un revêtement inhabituel qui la protège de nombreux médicaments et du système immunitaire du patient. Ce revêtement comprend des molécules lipidiques appelés acides mycoliques. Le projet HSTB utilise des simulations informatiques pour simuler le comportement de ces acides mycoliques dans leurs nombreuses configurations pour mieux comprendre comment ils protègent les bactéries de la tuberculose. Cela peut aider les scientifiques à développer de meilleurs traitements pour cette maladie mortelle.
L'étude des acides mycoliquesDepuis notre dernière mise à jour en Février, l'équipe a mis l'accent sur l'analyse des données de simulation que nous avons reçues du World Community Grid, et qui arrivent avec des conclusions significatives sur la façon dont les différentes configurations d'acides mycoliques peuvent offrir une protection aux bactéries de la tuberculose. Les plis d'acide mycolique dont nous parlons dans cette section, n'ont pas été décrit auparavant, et il n'y a jamais d'étude aussi approfondie des plis d'acide mycolique ainsi que des relations entre-eux.
Nous continuons d'analyser les données en utilisant la boîte à outils que nous avons décrit plus en détail dans notre
précédente mise à jour du projet. En bref, les principales techniques d'analyse que nous utilisons comprennent une combinaison de PCA (principal component analysis), en utilisant un outil développé à l'École de pharmacie de l'Université de Nottingham, et les calculs de la matrice de distance. Un exemple des différentes informations que nous pouvons extraire des calculs de matrice de distance se trouve ci-dessous.
Ce chiffre est une illustration de la matrice de distance pour deux plis; un pli de « nœud » et un pli cinq à la chaîne. Ces plis d'acide mycolique n'ont pas été décrits auparavant. Cette figure montre que ces différents plis (à gauche) sont en fait connectés et ont des dépendances entre eux, comme le montre leurs matrices de distance moyenne (à droite) qui sont tout à fait semblables visuellement. Cette similitude est encore confirmée par des calculs d'écart quadratique moyen (DSMR).
Ces différents modèles de pliage sont actuellement en cours d'analyse pour l'ensemble de données extraites du World Community Grid. Ces données comprennent également des simulations à différentes températures et pour différents solvants. Ainsi, nous avons l'occasion d'analyser les effets de ces paramètres sur le pliage des différents acides mycoliques, ce qui est important pour comprendre comment ils interagissent, se plient et se comportent dans les parois cellulaires bactériennes et finalement, influencent les propriétés de la paroi cellulaire qui offrent une protection au bacille tuberculeux.
Le défi restant pour l'analyse des données World Community Grid est de condenser la grande quantité d'informations sur les principales caractéristiques importantes que nous visons et la question essentielle:
pourquoi les acides mycoliques distincts jouent ces différents rôles biologiques et immunologiques? Restez à l' écoute, nous y travaillons.
Plans futursLe futur comprend de laisser nos résultats «runs secs» pour quelques mois. Cela nous aidera à organiser le grand nombre de simulations que nous exécutons actuellement. Plus précisément, en exécutant les résultats « secs » nous serons en mesure d'enquêter sur les progrès des simulations, de fixer des problèmes, créer des sauvegardes efficaces, puis redémarrez les simulations « propres ». Redémarrer « propre » ne signifie pas seulement que nous aurons corrigé les problèmes qui pourraient se produire, mais il signifie aussi que toutes les simulations reprendront à nouveau en même temps ce qui vous garantira un suivi plus efficace de leurs progrès. En outre, de nouvelles simulations basées sur les informations que nous avons déjà recueillies seront ajoutées au flux de travail.
Concernant les nouvelles de l'équipe, Athina est dans ses dernières semaines de rédaction de thèse et doit se concentrer dessus à 100% pour être sûre que la soumission se déroule sans problème! Une fois que nous simulerons à "sec" et commenceront nos simulations « propres », notre équipe changera légèrement, comme Wilma qui nous quittera. Après avoir initié le projet, Wilma a été heureuse de voir le lancement du projet et les bons progrès avec le travail acharné de l'équipe de Nottingham et de vos contributions. Toute l'équipe est extrêmement reconnaissant pour la contribution de Wilma et de son talent, sans elle, nous ne l'aurions jamais entrepris cet ambitieux projet, pas plus que nous aurions eu l'idée de continuer à le développer. Elle a apporté une contribution inestimable et nous lui souhaitons le meilleur pour ses projets futurs - qu'ils soient au moins aussi réussi.
C'était nos nouvelles pour l'instant! Merci encore pour vos contributions à ce jour!
J'encourage vivement une relecture, notamment cette histoire de "run dry" et "run clean" qui sont confus pour moi.
Merci,