Help Stop TB Uncovers New Data on Mycolic Acids

[[AF] fansyl]

Un article concernant HSTB: https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=535

By: The Help Stop TB Team
University of Nottingham
17 août 2017    

Récapitulatif
The Help Stop TB project is turning out to be the most comprehensive study of mycolic acids ever undertaken, which will be of enormous value to all researchers who are interested in how these molecules protect bacteria. In this update, the researchers describe mycolic acid folds that have never been detailed before, and explain how they plan to continue their exploration of this new territory as the project continues.

Hello everyone, and thank you for contributing your computer time to Help Stop TB!

Background
The bacterium that causes TB (mycobacterium tuberculosis) has an unusual coating which protects it from many drugs and the patient's immune system. This coating includes fatty molecules called mycolic acids. The Help Stop TB project is using computer simulations to simulate the behavior of these mycolic acids in their many configurations to better understand how they protect the TB bacteria. This may help scientists develop better treatments for this deadly disease.

Studying Mycolic Acids

Since our last update in February, the team has been focusing on analysing the simulation data that we've received from World Community Grid, and coming up with meaningful conclusions about how the different configurations of mycolic acids can offer protection to the TB bacteria. The mycolic acid folds that we will talk about in this section have not been described before, and there has never been such an in-depth study of mycolic acid folds and their relations to one another.

We continue to analyze the data using the toolkit we have described in more detail in our previous project update. Briefly, the main analytical techniques we are using include a combination of PCA (principal component analysis) clustering, utilising a tool developed at the School of Pharmacy at the University of Nottingham, and distance matrix calculations. An example of the different information we can extract from distance matrix calculations can be found below.

This figure is an illustration of the distance matrix for two folds; a "knot" fold and a five-chain fold. These mycolic acid folds have not been described before. This figure shows that these different folds (left) are in fact connected and have dependencies with one another, as can be shown from their average distance matrices (right) that are quite similar visually. This similarity is further confirmed by root-mean-square deviation (RMSD) calculations.

These different folding patterns are currently in the process of being analyzed for the whole data set retrieved from World Community Grid. This data also includes simulations at different temperatures and for different solvents. Thus, it gives us the opportunity to analyse the effects of these parameters on the folding of different mycolic acids, which is important to understand how they eventually interact, fold, and behave in bacterial cell walls and influence the cell wall's properties that offer protection to the TB bacteria.

The remaining challenge for the analysis of the World Community Grid data is to condense the vast amount of information into the important key features we are aiming for and the key question: why do distinct mycolic acids play such different biological and immunological roles? Stay tuned, we are working on it.

Future Plans

Future plans include letting our results "run dry" in a few months' time. This will help us organize the vast number of simulations that we are currently running. More specifically, by running the results "dry" we will be able to investigate the progress of the simulations, fix any issues, create efficient backups, and then restart the simulations "clean". Restarting "clean" will not only mean that we will have corrected any problems that might be occurring, but it will also mean that all simulations will restart again simultaneously which will guarantee a more efficient monitoring of their progress. Additionally, new simulations will be added to the workflow based on the information we have already gathered.

In terms of team news, Athina is in her last weeks of thesis writing and needs to focus on that 100% to make sure submission goes smoothly! Once we "run dry" and start our simulations "clean", our team will change slightly, as Wilma will be stepping down. Having initiated the project, Wilma has been pleased to see the project launch and make good progress with the hard work of the Nottingham team and your contributions. The entire team is extraordinarily grateful for Wilma's contribution and talent—without her, we would never have embarked on this ambitious project, nor would we have had the insight to continue to expand it. She has contributed immeasurably and we wish her the best for her future endeavours—may they be at least as successful.

That was all our news for now! Thank you again for your contributions so far!

Je me colle à la traduction de ce pas !

[[AF] fansyl]

Help Stop TB découvre de nouvelles données sur les acides mycoliques

Auteur: L'équipe Help Stop TB
University of Nottingham
17 août 2017

Récapitulatif
Le projet HSTB se révèle être l'étude la plus complète des acides mycoliques jamais entreprise, qui sera d'une valeur inestimable pour tous les chercheurs intéressés par la façon dont ces molécules protègent les bactéries. Dans cette mise à jour, les chercheurs décrivent les plis d'acide mycolique qui n'ont jamais été détaillées, et expliquent comment ils envisagent de poursuivre leur exploration de ce nouveau territoire tandis que le projet se poursuit.
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Bonjour à tous, et tout d'abord, nous vous remercions d'avoir donné de votre temps d'ordinateur pour le projet HSTB !

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Contexte
La bactérie qui cause la tuberculose ( Mycobacterium tuberculosis ) a un revêtement inhabituel qui la protège de nombreux médicaments et du système immunitaire du patient. Ce revêtement comprend des molécules lipidiques appelés acides mycoliques. Le projet HSTB utilise des simulations informatiques pour simuler le comportement de ces acides mycoliques dans leurs nombreuses configurations pour mieux comprendre comment ils protègent les bactéries de la tuberculose. Cela peut aider les scientifiques à développer de meilleurs traitements pour cette maladie mortelle.

L'étude des acides mycoliques
Depuis notre dernière mise à jour en Février, l'équipe a mis l'accent sur l'analyse des données de simulation que nous avons reçues du World Community Grid, et qui arrivent avec des conclusions significatives sur la façon dont les différentes configurations d'acides mycoliques peuvent offrir une protection aux bactéries de la tuberculose. Les plis d'acide mycolique dont nous parlons dans cette section, n'ont pas été décrit auparavant, et il n'y a jamais d'étude aussi approfondie des plis d'acide mycolique ainsi que des relations entre-eux.

Nous continuons d'analyser les données en utilisant la boîte à outils que nous avons décrit plus en détail dans notre précédente mise à jour du projet. En bref, les principales techniques d'analyse que nous utilisons comprennent une combinaison de PCA (principal component analysis), en utilisant un outil développé à l'École de pharmacie de l'Université de Nottingham, et les calculs de la matrice de distance. Un exemple des différentes informations que nous pouvons extraire des calculs de matrice de distance se trouve ci-dessous.

Ce chiffre est une illustration de la matrice de distance pour deux plis; un pli de « nœud » et un pli cinq à la chaîne. Ces plis d'acide mycolique n'ont pas été décrits auparavant. Cette figure montre que ces différents plis (à gauche) sont en fait connectés et ont des dépendances entre eux, comme le montre leurs matrices de distance moyenne (à droite) qui sont tout à fait semblables visuellement. Cette similitude est encore confirmée par des calculs d'écart quadratique moyen (DSMR).

Ces différents modèles de pliage sont actuellement en cours d'analyse pour l'ensemble de données extraites du World Community Grid. Ces données comprennent également des simulations à différentes températures et pour différents solvants. Ainsi, nous avons l'occasion d'analyser les effets de ces paramètres sur le pliage des différents acides mycoliques, ce qui est important pour comprendre comment ils interagissent, se plient et se comportent dans les parois cellulaires bactériennes et finalement, influencent les propriétés de la paroi cellulaire qui offrent une protection au bacille tuberculeux.

Le défi restant pour l'analyse des données World Community Grid est de condenser la grande quantité d'informations sur les principales caractéristiques importantes que nous visons et la question essentielle: pourquoi les acides mycoliques distincts jouent ces différents rôles biologiques et immunologiques? Restez à l' écoute, nous y travaillons.

Plans futurs
Le futur comprend de laisser nos résultats «runs secs» pour quelques mois. Cela nous aidera à organiser le grand nombre de simulations que nous exécutons actuellement. Plus précisément, en exécutant les résultats « secs » nous serons en mesure d'enquêter sur les progrès des simulations, de fixer des problèmes, créer des sauvegardes efficaces, puis redémarrez les simulations « propres ». Redémarrer « propre » ne signifie pas seulement que nous aurons corrigé les problèmes qui pourraient se produire, mais il signifie aussi que toutes les simulations reprendront à nouveau en même temps ce qui vous garantira un suivi plus efficace de leurs progrès. En outre, de nouvelles simulations basées sur les informations que nous avons déjà recueillies seront ajoutées au flux de travail.

Concernant les nouvelles de l'équipe, Athina est dans ses dernières semaines de rédaction de thèse et doit se concentrer dessus à 100% pour être sûre que la soumission se déroule sans problème! Une fois que nous simulerons à "sec" et commenceront nos simulations « propres », notre équipe changera légèrement, comme Wilma qui nous quittera. Après avoir initié le projet, Wilma a été heureuse de voir le lancement du projet et les bons progrès avec le travail acharné de l'équipe de Nottingham et de vos contributions. Toute l'équipe est extrêmement reconnaissant pour la contribution de Wilma et de son talent, sans elle, nous ne l'aurions jamais entrepris cet ambitieux projet, pas plus que nous aurions eu l'idée de continuer à le développer. Elle a apporté une contribution inestimable et nous lui souhaitons le meilleur pour ses projets futurs - qu'ils soient au moins aussi réussi.

C'était nos nouvelles pour l'instant! Merci encore pour vos contributions à ce jour!


J'encourage vivement une relecture, notamment cette histoire de "run dry" et "run clean" qui sont confus pour moi.
Merci,

[naz]

merci pour la trad 

[[AF>Amis des Lapins] Jean-Luc]

Merci fansyl !

[JeromeC]

C'est un peu moins vieux que l'autre... mais presque !

Ou alors on publie comme si de rien était en changeant la date

[[AF] fansyl]

Je vais déjà le mettre dans le topic du projet, pour le portail vous faites comme vous voulez 

[ousermaatre]

 

Oui, c'est un peu vieux comme info, mais je vais l'insérer dans la catégorie (hors-actualité) sur WCG du portail.

Des articles que l'on pourra retrouver en faisant une recherche par mot-clef sur le portail.

[JeromeC]

Ah oui remarque on peut les mettre les 2 non pas en page d'accueil mais dans la bonne catégorie, j'avais pas vu ça comme ça (en plus du fofo)