[WCG] Help Stop Tuberculosis

[JeromeC]

OET ?

[Oncle Bob]

Le truc sur Ebola.

[[AF] fansyl]

Après une pause, je reçois de nouveau des UTs, WUProp confirme la chose.

[foo_fight]

Salut à tous

Quelqu'un pourrait-il m'aider car je ne comprend pas comment faire fonctionner l'astuce de Sébastien -> https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,3711.msg460467.html#msg460467

Comment installer un 2ème client?

[JeromeC]

Piste : https://boinc.berkeley.edu/forum_thread.php?id=10986&postid=69379

J'ai déjà vu un tuto plus détaillé... mais je sais plus où

[foo_fight]

Ok je vais creuser ça, merci. 

[[AF] fansyl]

Si tu as accès à la zone Pastis, il y a beaucoup plus simple

[JeromeC]

Ah oui c'est sûr...

[foo_fight]

Hello

J'ai suivi les étapes de ce tuto mais aucune 2ème instance de BOINC ne se lance -> https://forum.boinc-af.org/index.php?topic=7834.0

Edit : lorsque j'utilise l'exe de Sébastien et que je configure tout ca me met "Reporté : Waiting to acquire lock" sur les tâches de mon client principal.

[JeromeC]

... donc tu n'as pas accès à la zone pastis ?

[foo_fight]

Non mais est-ce indispensable?

[Sébastien]

Edit : lorsque j'utilise l'exe de Sébastien et que je configure tout ca me met "Reporté : Waiting to acquire lock" sur les tâches de mon client principal.

Essayes de couper BOINC avant de lancer l'exe.

[JeromeC]

Non mais est-ce indispensable?

Non pas indispensable mais il y existe une solution très simple avec le même résultat, d'où la suggestion.

Sinon la solution que tu tentes est beaucoup plus complexe et je ne pourrai t'aider, j'avais à l'époque simplement pompé et traduit un tuto sans l'avoir jamais mis en oeuvre moi même, sorry. Mais c'est bien de l'avoir retrouvé

Essaye de suivre les conseils avisés de Seb qui a posté hier soir, bon courage !

[foo_fight]

Essayes de couper BOINC avant de lancer l'exe.

J'ai testé ça. Lorsque je clic sur lancer le client principal ça semble mouliner un peu puis j'ai accès au bouton parcourir pour définir le chemin des données du client 2.

Mais au final aucun client ne se lance.

J'ai du louper quelque chose dans le tuto de JéromeC.

Merci de votre aide en tout cas.

Edit : et sinon que faut'il faire pour annuler les changements effectués par le .exe?

[[AF] Kalianthys]

Article partagé sur la page Facebook de l'AF : https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=5034329590015377&id=334052630043120

Les scientifiques de Help Stop TB nous donnent un aperçu des algorithmes utilisés pour le projet, et les raisons de leur choix.

Publié le : 19 avril 2022

Matériel, système d'exploitation, logiciel, langues utilisées pour #HelpStopTB.

Dans le cadre de notre projet, nous utilisons les serveurs WCG aux côtés de nos machines locales. Ces petites centrales électriques (toutes nommées d'après des icônes australiennes !) fonctionnent sous Linux et ont chacune entre 10 et 20 cœurs et 64 à 128 Go de RAM. La plupart des calculs scientifiques se déroulent désormais sur Linux, et cela est particulièrement important pour nous car nous en avons besoin pour travailler avec GROMACS, le logiciel de dynamique moléculaire que nous utilisons pour simuler les acides mycoliques sur le WCG. Beaucoup de nos scripts sont codés en Perl ou en Python, et nous sommes sur un processus lent de transfert de plus de processus vers Python. Python s'est avéré très utile pour les analyses récentes - en raison de sa nature et de sa popularité open source, il existe de nombreux supports pour développer les outils sur mesure et la formation nécessaires pour les données sur l'acide mycolique.

Certaines des techniques que nous utilisons.

D'après la taille des données et les efforts de l'équipe jusqu'à présent, il est clair que bon nombre des techniques que vous utiliseriez traditionnellement pour étudier la dynamique moléculaire ne sont pas adaptées à un ensemble de données aussi vaste que le nôtre (en particulier avec des molécules aussi souple que nos acides mycoliques !). Pour analyser les données, nous devons utiliser des algorithmes d'apprentissage automatique capables de nous dire pourquoi les acides mycoliques se replient dans certaines formes, mais ce n'est pas aussi simple que de lancer n'importe quelle vieille IA sur le problème. Pour extraire ces informations de pliage cruciales des données, nous avons besoin d'outils d'IA explicables sans les limitations de la boîte noire de nombreuses approches. C'est là qu'intervient notre nouveau membre de l'équipe, Connor : avec une expérience en IA, en calcul scientifique et en développement de méthodes,

Nous avons aussi eu des succès locaux ! Nous avions un peu l'intuition que nous examinions des données non linéaires, et nous avons donc commencé à utiliser une technique d'apprentissage compétitive appelée cartes auto-organisées qui agissent comme une alternative non linéaire aux méthodes linéaires moins efficaces. De plus, nous avons utilisé le travail mathématique de Lyapunov (dont la femme est malheureusement décédée de la tuberculose en 1918) pour commencer à comprendre encore plus en détail les propriétés cachées des acides mycoliques. La prochaine étape avec ces approches consiste à augmenter l'échelle de nos systèmes de test à l'ensemble de données complet. Malheureusement, cela prend du temps à développer et à mettre en œuvre sur quelque chose de cette taille, mais nous continuons à faire des progrès constants.

Kali.

[Oncle Bob]

Pour ceux qui n'aime pas les GAFAM => https://www.worldcommunitygrid.org/news/0419 (anglais)


(mais merci quand même pour la publication )

[JeromeC]

Oui c'est cool de publier ces news sur FB, personne n'avait fait l'effort de s'y mettre depuis des années, donc merci


PS : je l'ai mis sur le portail

[[AF>Libristes] ElGuillermo]

Tiens, WCG a repoussé la date de son retour, initialement annoncé le 22/04, au 09/05.
Source : https://twitter.com/WCGrid/status/1517264850107387904

[[AF] Kalianthys]

Tiens, WCG a repoussé la date de son retour, initialement annoncé le 22/04, au 09/05.
Source : https://twitter.com/WCGrid/status/1517264850107387904

D'un côté ça m'arrange. Ça me permettra de finir d'autres objectifs persos.

Kali.

[modesti]

N'oublions pas que le Pentathlon commence le 05/05

[JeromeC]

Il pourra pas commencer avec du WCG dedans alors...

[Maeda]

En effet. Ça laisse plus de chances aux autres projets

[[AF] Kalianthys]

Entretien avec l'équipe Help Stop TB

Découvrez l'état actuel et les plans futurs de Help Stop TB grâce à cette brève interview

Projet : Aidez à stopper la tuberculose

Published on: 4 août 2022

Lien de l'article original : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=776

Chers bénévoles, L'équipe Help Stop Tuberculosis collabore avec le World Community Grid depuis près de six ans et a produit des résultats de recherche qui sauvent des vies grâce à vous. Nous espérons que vous trouverez cet article sous forme d'interview informatif et que vous répondrez à toutes les questions que vous pourriez vous poser sur leurs recherches !

Que vise votre projet ?

Notre projet vise à étudier les propriétés structurelles et organisationnelles des acides mycoliques : des acides gras très longs faisant partie intégrante de la résistance aux antituberculeux. Les acides mycoliques sont beaucoup plus longs que de nombreux autres lipides, ce qui leur permet de se plier en structures complexes qu'un acide gras ordinaire ne pourrait pas. Les bactéries Mycobacterium tuberculosis utilisent ces structures complexes pour créer une paroi cellulaire presque impénétrable en assemblant les acides mycoliques comme des pièces de puzzle, empêchant les médicaments et nos cellules immunitaires de faire leur travail efficacement.

Nous créons des simulations d'acides mycoliques se pliant au fil du temps pour cartographier leur comportement de pliage et comprendre comment les formes qu'ils adoptent modifient les propriétés qu'ils affichent - cependant, pour ce faire, nous devons générer des centaines de combinaisons potentielles de différents acides, sous différentes températures et solvants. les conditions. C'est là que le World Community Grid est essentiel, car de telles simulations et analyses à grande échelle ne seraient pas possibles sans l'aide de nombreux bénévoles pour fournir la puissance de calcul.

Notre travail s'accompagne d'une gamme d'applications futures potentielles passionnantes : Premièrement, comprendre comment les acides mycoliques renforcent la paroi cellulaire permettra une conception de médicaments plus éclairée. Si nous savons comment cela fonctionne, nous pouvons apprendre à le casser ! Deuxièmement, nous pouvons utiliser les connaissances acquises sur les acides mycoliques pour concevoir nos propres parois cellulaires résilientes (par exemple dans les microbes utilisés industriellement pour les rendre plus robustes), et plus largement au profit de la recherche sur d'autres molécules très flexibles et "flexibles".



Comment le projet a-t-il été affecté par la période d'indisponibilité de WCG ?

Le temps d'arrêt nous a permis de consolider les données calculées par WCG jusqu'à présent, et nous a permis de développer davantage les idées pour de nouveaux aspects de la recherche, y compris notre propre "paramètre d'agitation" pour décrire la flexibilité des molécules. Nous avons également eu un membre de l'équipe à part entière et apprécié, Christof Jäger, quittant le projet pour de nouveaux pâturages, nous avons donc soigneusement planifié nos prochaines étapes pour faire face à cette perte.



Qu'est-ce que votre recherche a réalisé jusqu'à présent ?

Grâce à l'aide des volontaires, nous disposons de l'un des plus grands ensembles de données de dynamique moléculaire flexible et avons fait des progrès rapides dans la compréhension des systèmes dynamiques très difficiles. Cela ouvre de nouveaux usages pour le machine learning et offre des perspectives différentes sur le problème du clustering des données - une difficulté majeure à l'heure actuelle. Cela nous offre le potentiel de nouvelles perspectives sur d'autres systèmes chimiques passionnants qui ont été jusqu'à présent difficiles à analyser en raison de leur dynamique, comme les protéines intrinsèquement désordonnées.



Que peuvent faire les bénévoles ?

Nous apprécions le soutien et l'enthousiasme des bénévoles dans les forums - le soutien moral est inestimable lorsque la science devient difficile. Les volontaires peuvent toujours aider davantage lorsqu'ils sensibilisent la communauté aux précieux projets WCG et à leur impact plus large. Ceci est particulièrement important pour notre projet car nous assistons à une résurgence de la tuberculose dans le monde à la suite de la pandémie de COVID. Ici, l'éducation sur la nocivité de la maladie, pourquoi nous constatons une résistance aux antibiotiques et l'importance des programmes mondiaux de vaccination est essentielle.



Des agrandissements ou de nouveaux projets sont-ils envisagés dans un avenir proche ?

Sur la base des nouveaux outils analytiques que nous avons développés avec l'ensemble de données actuel, nous envisageons d'étendre nos molécules aux facteurs de cordon pathogéniquement importants - des dérivés médicalement importants des acides mycoliques que nous avons déjà examinés. Cela fournira des informations supplémentaires sur la manière dont le couplage chimique des acides mycoliques modifie leur comportement et nous permettra de développer davantage nos idées sur les modèles de paroi cellulaire pour la tuberculose.

Merci au Dr Anna K. Croft pour votre contribution, ainsi qu'au reste de l'équipe HSTB pour sa contribution à la construction d'un monde meilleur.

L'équipe du World Community Grid

Article publié  sur la page Facebok de l'AF : https://www.facebook.com/BoincAF/posts/pfbid0hFuWx99tuwn1YJN4Jjb55JFowKZ5RZJpS72S4GACk8t2MNMwrCrPusQrW7cyp59tl

Cordialement,
Kali.