Auteur Sujet: Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine  (Lu 614 fois)

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modesti

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:hello:
Pour l'instant je n'ai pas trop le temps, sinon j'aurai fait la traduction moi-même. C'est une réponse très intéressante de la part d'Anthony Chubb, ex-admin de FiND@home qui peut concerner tous les projets bio.

Dear all,
I mentioned many months ago - some time in early 2015 - that GridRepublic in Boston offered to take over the server management of FiND@H.
It was - and still is - my intention to make results from the FiND@H project publically available. I've built a website that displays the first results - http://chemware.ucd.ie/FiNDaH/.
The idea is that anyone, anywhere, has access to this data and can validate the results in the lab.

That's where things get tricky. If an academic lab - or for that matter a biotech company - puts their own time and money into validating these data, then they get the patents and profit. Ideally government money should pay for these validation studies - socialising the profits - but as I am in Ireland and computational drug discovery is off the bottom of the priority list, I repeatedly failed to get funding for the validation studies from the HRB, SFI and EI research funding agencies.

I am now no longer employed to be a research scientist and have been forced to take an admin role at a college to break out of the annual contract life of postdocs. Hence the project went dormant until GR picked it up again.

But I still want the results validated in the lab. I repeatedly tried to get funding from the Gates foundation, but ironically they refused to fund projects that where computational. I tried croudfunding, and the generous donations we received covered the cost of new hard drives - a far cry from the 100,000s needed to support lab validation studies.

So I'm still hopeful that some angel investor will swoop in and offer to validate the work. Will the profits be shared? - no. My contract with the FiND@H volunteers ends with porting the data onto the web. Now anyone in the world with deep pockets can take advantage of the data. The risk is still high and there is no final guarantee. Of course I hope I'm right, and that this project works. But the person who puts hard cash down to validate the data is the one who walks away with the spoils. At the moment this could be a lab/company in India or South Africa or wherever... for all I know.

I'm just delighted that GridRepublic have offered to keep the project alive... I think we could use this method for all sorts of infectious diseases, given the chance. In the end I hope someone, somewhere, puts in the effort to validate the data in vitro.

Ciao,
Ant

Ps: I have not heard of any BOINC project socialising the profits from the computation work. For instance, the WCG project similar to ours - Go Fight Malaria At Home - also put all their data online. I have no idea if this has been validated in house by them - then they could hold patents on good results and license to large pharma and (potentially) make profits from it. I have no idea... just saying. The nett result of this work are possible hypothetical interactions, which will take a lot of time and money to validate.

Et peut-être aussi la réponse de Rytis dans l'autre topic (extrait):
Regarding "ce12" app name: yes, that is Charity Engine naming scheme. CPU time now comes not only from you, but also from Charity Engine, which has been generous in donating CPU time to several BOINC projects (in particular, see Rosetta's success) - that is why we've went for their naming scheme. You could attach to Charity Engine and see that Fight Neglected Diseases project (which is the expansion of the FiND abbreviation!) is not running any work from Charity Engine - it is only Charity Engine that runs work from here.

Vous trouverez les liens respectifs en haut des citations ;)

Edit: ajout d'un nouveau message sur le sujet:

At the level of technical logistics there have been some changes at the project, but I don’t think there have been any changes with respect to the concerns expressed here in this thread.

Maybe by way of preliminaries, it’d be useful to clarify some of the participants:


    • FightNeglectedDiseases@home, aka Find@home, is a BOINC project (*the project was formerly named Fight Malaria at Home, aka FMaH; but changed names a while back, in 2014 I think.)

    • GridRepublic is a 501(c)(3) non-profit organization. We’ve been contributors to the BOINC platform and community for more than a decade. We provide means to make it easier for volunteers to discover and participate in BOINC projects; and we provide back-end infrastructure and services to projects like GridRepublic.org, Progress Thru Processors and Charity Engine.

    • Charity Engine is a for-profit company. The business model is to run commercial work as a means to generate revenue for “physical” charities (and regular prize draws).


Now a little background on recent events at the project:


    • A while back, Charity Engine donated many millions of hours of compute time to FiND@home. Nothing was paid for this; and nothing was asked in return. (Similar support has been provided to Rosetta@home, Einstein@home, and Malariacontrol.net.)

    • Please note that no Charity Engine work has ever run on FiND/FMaH hosts (*nor Rosetta, Einstein, or MalariaControl), and never will.

    • More recently, FiND@home was facing difficulties due to lack of funding. We at GridRepublic offered to support the project, which we think has great potential. So we’ve moved parts of the backend to our systems.


Current work and moving forward:


    • The batch of work run previously at FiND/FMaH was only a subset of the available Malaria data — e.g. only a fraction of the compounds, and a fraction of the relevant biology. We aspire to run a much more complete set of data, which will be more than 1 billion jobs. Same application, same process; and data is to be published. Ie: the same project but at a much larger scale. (*So far, we’ve just re-run some old data, investigating setup issues.)

    • Charity Engine will start running this new batch of work as well. (*Because we’re running the application in both environments, FiND and CE, we used the appname CE12 instead of the name previously used by FiND/FMaH; apologies for any confusion on this point.)

    • Additionally, we aspire to undertake other drug discovery projects in the future. As a rule in these endeavors, any new research areas to be run on FiND/FMaH hosts (ex. other neglected diseases) will be announced in forums, and results will be published.
« Modifié: 06 décembre 2016 à 09:09 par modesti »

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Re : Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine
« Réponse #1 le: 05 décembre 2016 à 23:33 »
Good news (2nd post) and "partly bad news and partly good news" (1st post). Too tired to translate for the moment...
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

modesti

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Re : Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine
« Réponse #2 le: 06 décembre 2016 à 09:08 »
Toujours à propos du même sujet (c'est pour ça que je n'ouvre pas de nouveau topic, je ferai un copier-coller du message dans le premier post):

At the level of technical logistics there have been some changes at the project, but I don’t think there have been any changes with respect to the concerns expressed here in this thread.

Maybe by way of preliminaries, it’d be useful to clarify some of the participants:


    • FightNeglectedDiseases@home, aka Find@home, is a BOINC project (*the project was formerly named Fight Malaria at Home, aka FMaH; but changed names a while back, in 2014 I think.)

    • GridRepublic is a 501(c)(3) non-profit organization. We’ve been contributors to the BOINC platform and community for more than a decade. We provide means to make it easier for volunteers to discover and participate in BOINC projects; and we provide back-end infrastructure and services to projects like GridRepublic.org, Progress Thru Processors and Charity Engine.

    • Charity Engine is a for-profit company. The business model is to run commercial work as a means to generate revenue for “physical” charities (and regular prize draws).


Now a little background on recent events at the project:


    • A while back, Charity Engine donated many millions of hours of compute time to FiND@home. Nothing was paid for this; and nothing was asked in return. (Similar support has been provided to Rosetta@home, Einstein@home, and Malariacontrol.net.)

    • Please note that no Charity Engine work has ever run on FiND/FMaH hosts (*nor Rosetta, Einstein, or MalariaControl), and never will.

    • More recently, FiND@home was facing difficulties due to lack of funding. We at GridRepublic offered to support the project, which we think has great potential. So we’ve moved parts of the backend to our systems.


Current work and moving forward:


    • The batch of work run previously at FiND/FMaH was only a subset of the available Malaria data — e.g. only a fraction of the compounds, and a fraction of the relevant biology. We aspire to run a much more complete set of data, which will be more than 1 billion jobs. Same application, same process; and data is to be published. Ie: the same project but at a much larger scale. (*So far, we’ve just re-run some old data, investigating setup issues.)

    • Charity Engine will start running this new batch of work as well. (*Because we’re running the application in both environments, FiND and CE, we used the appname CE12 instead of the name previously used by FiND/FMaH; apologies for any confusion on this point.)

    • Additionally, we aspire to undertake other drug discovery projects in the future. As a rule in these endeavors, any new research areas to be run on FiND/FMaH hosts (ex. other neglected diseases) will be announced in forums, and results will be published.

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Re : Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine
« Réponse #3 le: 06 décembre 2016 à 23:18 »
[pas mal d'acronymes dans son texte que je ne connais pas]

http://findah.ucd.ie/forum_thread.php?id=307&postid=2819

Chers tous,

J'ai mentionné il y a plusieurs mois - quelque part au début de 2015 - que GridRepublic à Boston a offert de prendre en charge la gestion des serveurs de FiND@Home.

C'était - et est toujours - mon intention de rendre publiquement disponibles les résultats du projet FiND@Home. J'ai construit un site Web qui affiche les premiers résultats - http://chemware.ucd.ie/FiNDaH/.
L'idée est que n'importe qui, n'importe où, a accès à ces données et peut valider les résultats dans un laboratoire.

C'est là que les choses se compliquent. Si un laboratoire universitaire - ou d'ailleurs une entreprise de biotechnologie - met son temps et son argent dans la validation de ces données, ils obtiennent les brevets et les profits. Idéalement, l'argent du gouvernement devrait payer pour ces études de validation - "socialiser les bénéfices" - mais comme je suis en Irlande et que la découverte de médicaments n'est dans la liste des priorités, je n'ai pas réussi à obtenir des fonds pour les études de validation de la HRB, SFI et EI Organismes de financement de la recherche.

Je ne suis plus employé pour être un chercheur et j'ai été forcé de prendre un rôle d'administrateur dans un collège pour sortir de la vie de contrat annuel des postdocs. Par conséquent, le projet est devenu inactif jusqu'à ce que GR ait repris.

Mais je veux quand même que les résultats soient validés dans un laboratoire. J'ai essayé à plusieurs reprises d'obtenir un financement de la fondation Gates, mais ironiquement, ils ont refusé de financer des projets qui nécessitaient des calculs. J'ai essayé croudfunding, et les dons généreux que nous avons reçus couvraient le coût de nouveaux disques durs - loin des 100.000 [€ ?] nécessaires pour soutenir les études de validation de laboratoire.

Donc, je caresse toujours l'espoir que quelque "business angel" va sauter sur l'occasion et permettre de valider le travail. Les bénéfices seront-ils partagés? - non. Mon contrat avec les bénévoles FiND@Home se termine par le portage des données sur le web. Maintenant, n'importe qui dans le monde avec des poches profondes peut profiter des données. Le risque est encore élevé et il n'y a pas de garantie finale. Bien sûr, j'espère que j'ai raison, et que ce projet fonctionnera. Mais la personne qui mettra de l'argent dur pour valider les données est celle qui s'en ira avec le butin. À l'heure actuelle, cela pourrait être un laboratoire / entreprise en Inde ou en Afrique du Sud ou partout ... c'est tout ce que je sais.

Je suis ravi que GridRepublic ait offert de maintenir le projet en vie ... Je pense que nous pourrions utiliser cette méthode pour toutes sortes de maladies infectieuses, si la possibilité nous est offerte. En fin de compte j'espère que quelqu'un, quelque part, fera l'effort de valider les données in vitro.

Ciao,
Ant

Ps: Je n'ai pas entendu parler d'un projet BOINC socialisant les bénéfices du travail de calcul. Par exemple, le projet WCG semblable au nôtre - Go Fight Malaria At Home - a également mis toutes ses données en ligne. Je n'ai aucune idée si cela a été validé en interne par eux - alors ils pourraient détenir des brevets sur les bons résultats et la licence de grands groupes pharma et (potentiellement) faire des profits à partir de cela. Mais je ne sais pas en réalité. Le résultat net de ce travail sont des interactions hypothétiques possibles, qui prendront beaucoup de temps et d'argent pour être validées.

-------------

http://findah.ucd.ie/forum_thread.php?id=267&postid=2821

En ce qui concerne le nom de l'app "ce12": oui, c'est le système de nommage du moteur de charity engine. Le temps CPU vient maintenant non seulement de vous, mais aussi de Charity Engine, qui a été généreux en donnant du temps CPU à plusieurs projets BOINC (en particulier, voir le succès de Rosetta) - c'est pourquoi nous avons utilisé leur système de nommage. Vous pouvez joindre à Charity Engine et voir que le projet Lutte contre les Maladies Négligées (qui est l'expansion de l'abréviation de FiND!) n'exécute aucun travail de Charity Engine - c'est seulement Charity Engine qui fonctionne à partir d'ici.

-------------

https://boinc.berkeley.edu/dev/forum_thread.php?id=11309&postid=74593

Au niveau de la logistique technique, il ya eu des changements au niveau du projet, mais je ne pense pas qu'il y ait eu de changements concernant les préoccupations exprimées ici dans ce fil.

Peut-être à titre préliminaire, il serait utile de clarifier certains des participants:


    • FightNeglectedDiseases @ home, aka Find @ home, est un projet BOINC (* le projet était auparavant appelé Fight Malaria at Home, alias FMaH, mais a changé de nom il y a un certain temps, en 2014 je crois.)

    • GridRepublic est un organisme à but non lucratif 501 (c) (3). Depuis plus d'une décennie, nous contribuons à la plate-forme et à la communauté BOINC. Nous fournissons des moyens pour faciliter aux bénévoles la découverte et la participation aux projets BOINC; Et nous offrons une infrastructure et des services de back-end à des projets comme GridRepublic.org, Progress Thru Processors et Charity Engine.

    • Charity Engine est une société à but lucratif. Le modèle d'affaires est d'exécuter le travail commercial comme un moyen de générer des revenus pour les organismes de bienfaisance "physiques" (et les tirages réguliers).


Maintenant un peu de fond sur les événements récents au projet:


    • Il y a quelque temps, Charity Engine a fait don de millions d'heures de temps de calcul à FiND@home. Rien n'a été payé pour cela; Et on ne demandait rien en retour. (Un soutien similaire a été fourni à Rosetta@home, Einstein@home et Malariacontrol.net.)

    • Veuillez noter qu'aucun travail de Charity Engine n'a jamais été exécuté sur les hôtes FiND / FMaH (* ni Rosetta, Einstein ou MalariaControl), et ne le fera jamais.

    • Plus récemment, FiND@home a connu des difficultés en raison du manque de financement. Nous avons proposé à GridRepublic de soutenir le projet, qui nous semble avoir un grand potentiel. Nous avons donc transféré certaines parties de leurs système vers nos systèmes.


Travaux en cours et aller de l'avant:


    • Le lot de travail exécuté auparavant à FiND / FMaH n'était qu'un sous-ensemble des données disponibles sur le paludisme - par ex. Seulement une fraction des composés, et une fraction de la biologie pertinente. Nous aspirons à un ensemble beaucoup plus complet de données, qui correspondent à plus d'un milliard de tâches. Même application, même processus; Et les données doivent être publiées. C'est-à-dire le même projet mais à une échelle beaucoup plus grande. (* pour le moment nous nous sommes contentés de relancer certaines tâches pour étudier des problèmes d'installation.)

    • Charity Engine commencera à exécuter ce nouveau lot de travail ainsi. (* Parce que nous exécutons l'application dans les deux environnements, FiND et CE, nous avons utilisé l'appname CE12 au lieu du nom précédemment utilisé par FiND / FMaH, nos excuses pour toute confusion sur ce point.

    • En outre, nous aspirons à entreprendre d'autres projets de découverte de médicaments à l'avenir. En règle générale, dans le cadre de ces activités, les nouveaux domaines de recherche à exploiter sur les hôtes FiND / FMaH (ex. Autres maladies négligées) seront annoncés dans les forums et les résultats seront publiés.


[c'est tout du google trad relus et très peu corrigé : très intelligible à mon avis. le 1er message est quand même assez confus, même en anglais]
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Maurice Goulois

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Re : Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine
« Réponse #4 le: 07 décembre 2016 à 02:22 »
Beau boulot  :jap: pour HRB je pense qu'il s'agit de Health Research Board (Conseil de la recherche médicale) qui se trouve à Dublin.

Pour SFI, je penche pour Science Foundation Ireland (Fondation pour la science en Irlande).

Pour EI, c'est une supposition raisonnable de penser à Enterprise Ireland qui est une agence gouvernementale.
« Modifié: 07 décembre 2016 à 02:25 par Maurice Goulois »

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Re : Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine
« Réponse #5 le: 07 décembre 2016 à 16:15 »
Merci pour ton boulot Jéjé :jap: et pour ta recherche Maurice :jap:

Je relirai plus "finement" quand j'aurai les yeux en face des trous, ce qui n'est pas le cas aujourd'hui (fatigue ou début de conjonctivite, je ne sais pas trop encore) :desole:

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Re : Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine
« Réponse #6 le: 27 janvier 2017 à 22:44 »
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Re : Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine
« Réponse #7 le: 28 janvier 2017 à 10:33 »
Désolée, j'avais quelques galères et pas beaucoup de temps.  :desole: Vu que je n'ai toujours pas beaucoup plus de temps (37 pages à traduire pour demain soir et un dîner dansant ce soir où je dois rester au moins jusqu'à minuit vu que je fais partie de l'organisation), je ne vais pas mettre de couleurs, de gras ou d'italique pour les corrections (dommage qu'il n'y ait pas de mode révision ici :D)

http://findah.ucd.ie/forum_thread.php?id=307&postid=2819

Chers tous,

J'ai mentionné il y a plusieurs mois - quelque part au début de 2015 - que GridRepublic à Boston a offert de prendre en charge la gestion des serveurs de FiND@Home.
C'était - et c'est toujours - mon intention de rendre publiquement disponibles les résultats du projet FiND@Home. J'ai construit un site Web qui affiche les premiers résultats - http://chemware.ucd.ie/FiNDaH/.
L'idée est que n'importe qui, n'importe où, a accès à ces données et peut valider les résultats dans un laboratoire.

C'est là que les choses se compliquent. Si un laboratoire universitaire - ou en l'occurrence une entreprise de biotechnologie - met son temps et son argent dans la validation de ces données, il ou elle obtient les brevets et les profits. Idéalement, l'argent du gouvernement devrait payer pour ces études de validation - "socialisant les bénéfices" - mais comme je suis en Irlande et que la découverte de médicaments par le calcul informatique n'est pas dans la liste des priorités, je n'ai pas réussi à obtenir des fonds pour les études de validation du HRB, de la SFI et de EI, organismes de financement de la recherche.

Je ne suis plus employé pour être chercheur et j'ai été forcé de prendre un rôle d'administrateur dans un collège pour sortir de la vie de contrats annuels des postdoctorants. Par conséquent, le projet est devenu inactif jusqu'à ce que GR l'ait repris.

Mais je veux toujours que les résultats soient validés dans un laboratoire. J'ai essayé à plusieurs reprises d'obtenir un financement de la fondation Gates, mais ironiquement, ils ont refusé de financer des projets basés sur l'informatique. J'ai essayé le financement participatif et les généreux dons que nous avons reçus couvraient le coût de nouveaux disques durs - loin des 100.000 [€] nécessaires pour soutenir les études de validation en laboratoire.

Donc, je caresse toujours l'espoir que quelque "business angel" va sauter sur l'occasion et permettre de valider le travail. Les bénéfices seront-ils partagés? - non. Mon contrat avec les bénévoles de FiND@Home se termine avec le portage des données sur le web. Maintenant, n'importe qui dans le monde avec les reins solides [financièrement parlant] peut profiter des données. Le risque est encore élevé et il n'y a pas de garantie finale. Bien sûr, j'espère avoir raison et que ce projet fonctionnera. Mais la personne qui mettra de l'argent sonnant et trébuchant pour valider les données est celle qui s'en ira avec le butin. À l'heure actuelle, cela pourrait être un laboratoire / une entreprise en Inde ou en Afrique du Sud ou partout ... c'est tout ce que je sais.

Je suis ravi que GridRepublic ait offert de maintenir le projet en vie ... Je pense que nous pourrions utiliser cette méthode pour toutes sortes de maladies infectieuses, si la possibilité nous est offerte. En fin de compte j'espère que quelqu'un, quelque part, fera l'effort de valider les données in vitro.

Ciao,
Ant

Ps: Je n'ai pas entendu parler d'un projet BOINC socialisant les bénéfices du travail de calcul. Par exemple, le projet WCG semblable au nôtre - Go Fight Malaria At Home - a également mis toutes ses données en ligne. Je n'ai aucune idée si cela a été validé en interne par eux - alors ils pourraient détenir des brevets sur les bons résultats, concéder la licence de grands groupes pharmaceutiques et (potentiellement) faire des profits à partir de cela. Mais je ne sais pas en réalité. Le résultat net de ce travail sont des interactions hypothétiques possibles, qui prendront beaucoup de temps et d'argent pour être validées.

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Re : Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine
« Réponse #8 le: 28 janvier 2017 à 10:37 »
http://findah.ucd.ie/forum_thread.php?id=267&postid=2821

En ce qui concerne le nom de l'app "ce12": oui, c'est le système de nommage de Charity Engine. Le temps CPU vient maintenant non seulement de vous, mais aussi de Charity Engine, qui a été généreux en donnant du temps CPU à plusieurs projets BOINC (en particulier, voir le succès de Rosetta) - c'est pourquoi nous avons utilisé leur système de nommage. Vous pouvez rejoindre Charity Engine et voir que le projet Fight Neglected Diseases [Lutte contre les Maladies Négligées] (qui est l'expansion de l'abréviation de FiND!) n'exécute aucun travail de Charity Engine - c'est seulement Charity Engine qui exécute du travail d'ici.

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Re : Relations entre FiND@home, GridRepublic et Charity Engine
« Réponse #9 le: 28 janvier 2017 à 10:56 »
https://boinc.berkeley.edu/dev/forum_thread.php?id=11309&postid=74593

Au niveau de la logistique technique, il y a eu des changements au niveau du projet, mais je ne pense pas qu'il y ait eu de changements concernant les préoccupations exprimées ici dans ce fil.

Peut-être à titre préliminaire, il serait utile de clarifier certains des participants:


    • FightNeglectedDiseases@home, alias Find@home, est un projet BOINC (* le projet était auparavant appelé Fight Malaria at Home, alias FMaH, mais a changé de nom il y a un certain temps, en 2014 je crois.)

    • GridRepublic est un organisme à but non lucratif 501 (c) (3). Depuis plus d'une décennie, nous contribuons à la plate-forme et à la communauté BOINC. Nous fournissons des moyens pour faciliter la découverte et la participation aux projets BOINC pour les bénévoles; et nous offrons une infrastructure et des services de back-end à des projets comme GridRepublic.org, Progress Thru Processors et Charity Engine.

    • Charity Engine est une société à but lucratif. Le modèle d'affaires est d'exécuter un travail commercial comme moyen de générer des revenus pour les organismes de bienfaisance "physiques" (et les tirages réguliers).


Maintenant un peu de fond sur les événements récents du projet:

    • Il y a quelque temps, Charity Engine a fait don de millions d'heures de temps de calcul à FiND@home. Rien n'a été payé pour cela et on ne demandait rien en retour. (Un soutien similaire a été fourni à Rosetta@home, Einstein@home et Malariacontrol.net.)

    • Veuillez noter qu'aucun travail de Charity Engine n'a jamais été exécuté sur les hôtes FiND / FMaH (* ni Rosetta, Einstein ou MalariaControl), et ne le sera jamais.

    • Plus récemment, FiND@home a connu des difficultés en raison du manque de financement. Nous, à GridRepublic, avons proposé de soutenir ce projet qui nous semble avoir un grand potentiel. Nous avons donc transféré certaines parties de leurs système vers nos systèmes.


Travaux en cours et avenir:

    • Le lot de travail exécuté auparavant à FiND / FMaH n'était qu'un sous-ensemble des données disponibles sur le paludisme - par ex. seule une fraction des composés et une fraction de la biologie pertinente. Nous aspirons à exécuter un ensemble beaucoup plus complet de données, ce qui correspondra à plus d'un milliard de tâches. Même application, même processus; et les données seront publiées. C'est-à-dire le même projet mais à une échelle beaucoup plus grande. (* pour le moment nous nous sommes contentés de relancer certaines tâches pour étudier des problèmes d'installation.)

    • Charity Engine commencera à exécuter ce nouveau lot de travail aussi. (* Parce que nous exécutons l'application dans les deux environnements, FiND et CE, nous avons utilisé le nom d'application CE12 au lieu de celui précédemment utilisé par FiND / FMaH, nos excuses pour toute confusion sur ce point.)

    • En outre, nous aspirons à entreprendre d'autres projets de découverte de médicaments à l'avenir. En règle générale, dans le cadre de ces activités, les nouveaux domaines de recherche à exploiter sur les hôtes FiND / FMaH (ex. autres maladies négligées) seront annoncés dans les forums et les résultats seront publiés.

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