Auteur Sujet: XANSONS for COD  (Lu 810 fois)

0 Membres et 1 Invité sur ce sujet

fzs600

  • Animateur fanatique
  • Messages: 5308
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
XANSONS for COD
« le: 11 novembre 2016 à 19:40 »
Infos utiles.
ATTENTION :
Ce projet est fortement développé et sera relancé quand il sera prêt (approximativement à la fin de 2017). Tous les résultats obtenus avant le relancement seront probablement perdus.
Ce projet est gérer à l'initiative de la Fondation russe pour la recherche fondamentale : http://www.rfbr.ru/rffi/eng
Projet découvert par : lionelc  :kookoo:



Statut : actif
URL du projet : http://xansons4cod.com/xansons4cod/
Applications disponible : http://xansons4cod.com/xansons4cod/apps.php
État du serveur : http://xansons4cod.com/xansons4cod/server_status.php
L'alliance francophone : http://52.55.66.34/xansons4cod/team_display.php?teamid=9
Classement mondial de L'af : http://boincstats.com/fr/stats/169/team/list/
Article sur le site de L'af : pas d'article



Résumé.
XANSONS [ça semble être un logiciel qui simule des rayons-x et des neutrons] pour BLC (Base de données Libre de Crystallography) est un projet de recherche dont le but est de créer une base de données en libre accès de schéma diffraction de poudre (diffraction aux rayons X et diffraction de neutrons) de la phase nanocristalline des matériaux présentés dans le BLC [COD en anglais]. Vous pouvez participer en téléchargeant et exécutant un programme [logiciel/application] gratuit sur votre ordinateur.
Ce projet est en cours de développement intense et sera relancé  une fois prêt (vers fin 2017). Tous les résultats obtenus avant le relancement  seront probablement perdus.
Ce projet utilise la version originale du logiciel open source [« code source ouvert »] (sous licence GPLv3) XaNSoNS (Dispersion des Rayons X et Neutrons sur des structures nanométriques [je sais pas pourquoi on passe de diffraction à dispersion]) pour simuler les schémas de diffractions sur processeur (CPU) et carte graphique (GPU).

La technique conventionnelle utilisée pour retrouver les propriétés structurelles des échantillons cristallins par les schémas de leur diffraction de poudre est nommé la méthode <de raffinement [en français c’est juste méthode de Rietveld]> de Rietveld. Dans cette méthode, le schéma théorique de la diffraction de poudre (je suis pas sûr de la suite) est raffiné/affiné jusqu’à ce qu’il corresponde au schéma expérimental. [d’ailleurs plutôt que schéma ça serait peut-être figure de diffraction] Le calcul des angles et de l’intensité des pics de Bragg peuvent être fait pratiquement instantanément dans l’approximation de la taille infinie [infinie je ne sais pas pourquoi du tout] de la cristallite [les cristaux sont généralement composés de plusieurs monocristaux : les cristallites]. Pour ajuster la taille « finie » des cristallites dans les échantillons ou la résolution « finie » de l’outil de mesure, ces pick sont élargis artificiellement avec la fonction d’élargissement (habituellement Gaussienne). Cet élargissement artificiel fonctionne bien tant que la taille de la cristallite dans l’échantillon est supérieure à une dizaine de nanomètres [j’ai failli faire un contresens xD]. Pour des cristallites aussi petites [inférieures à 10 nanomètres], il est très compliqué d’obtenir la bonne fonction d’élargissement qui fonctionne correctement avec tous les pics de Bragg. Heureusement, pour de si petites cristallites, il n’est pas problématique de calculer la figure de diffraction de poudre [j’ai adopté figure au final à la place de schéma ici, vous me direz ce qui colle le mieux pour vous] en utilisant l’équation de Debye (avec l’approximation distance-histogramme [là j’ai rien trouvé à ce sujet], comme proposé par Marcin Wodjyr et implémenté dans son code de Debyer). Ce projet a pour but de calculer les figures de diffraction de poudre (diffraction aux rayons X et diffraction de neutron) pour des nanocristallites avec une taille variant de 6 à 21 nanomètres pour la majorité des entrées de la Base de données Libre de Cristallographie. La base de données obtenue devrait simplifier l’étude d’échantillons nanocristallins et compléter la méthode de Profil Complet de Recherche par Correspondance [je suis pas sûr] dans l’analyse de la taille des cristallites des échantillons nanocristallins.
En plus de cela, le calcul de figure de diffraction utilisant l’équation de Debye permet de prendre en compte les défauts du réseau [un réseau mais pas informatique, plus comme un treillis] tels que des vides, et des remplacements et déplacements d’atomes. Donc, si le Fichier d’Information Cristallographique (CIF) pour une structure donnée procure les paramètres de taux d’occupation et de déplacements atomiques, l’application les utilisera pour calculer la figure de diffraction.
Traduction Kao.

Mis a jour par fzs600 le 18 juin 2017.
« Modifié: 18 juin 2017 à 18:40 par fzs600 »

Utilisateur GNU-LINUX. fzs600@jappix.com

JeromeC

  • CàA
  • Messages: 19460
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #1 le: 11 novembre 2016 à 20:09 »
C'est quoi un projet fortement développé ? un projet avec de gros nichons ? :siflotte:

Fin 2017 ??
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

Xe120

  • Messages: 984
  • Boinc'eur Respectable
  • ****
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #2 le: 11 novembre 2016 à 21:01 »
Citer
under heavy developement

C'est à dire en développement intense donc pas stable du tout.  :jap:
Désolé Jerome faudra voir ailleurs pour tes attentes. :)

C'est intéressant un projet sur la cristallographie!  :love:
« Modifié: 11 novembre 2016 à 21:04 par Xe120 »

[AF>Libristes] Kao

  • Messages: 234
  • Boinc'eur Confirmé
  • ***
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #3 le: 11 novembre 2016 à 21:09 »
Ah développement intense ! Merci Xe120, je cherchais comment le formuler dans ma traduction ;)

fzs600

  • Animateur fanatique
  • Messages: 5308
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #4 le: 11 novembre 2016 à 22:49 »
Citer
Dear volunteers!
Thank you very much for participating and testing! The project is stopped for maintenance until the proper archiving of the calculated diffraction patterns is implemented. This may take a couple of days.
http://52.55.66.34/xansons4cod/forum_thread.php?id=2&postid=2#2

Utilisateur GNU-LINUX. fzs600@jappix.com

[AF>Libristes] Kao

  • Messages: 234
  • Boinc'eur Confirmé
  • ***
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #5 le: 11 novembre 2016 à 23:00 »
Bon j'ai fini la traduction de tout ce que tu avais demandé dans l'autre topic. Ça peut être retravaillé par d'autres c'est certain !

Ya besoin aussi d'une traduction de ce petit message que tu cites ? :(

fzs600

  • Animateur fanatique
  • Messages: 5308
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
Re : Re : XANSONS for COD
« Réponse #6 le: 12 novembre 2016 à 06:51 »
Ya besoin aussi d'une traduction de ce petit message que tu cites ? :(
Non pas la peine merci.  :kookoo:

Utilisateur GNU-LINUX. fzs600@jappix.com

fzs600

  • Animateur fanatique
  • Messages: 5308
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #7 le: 21 novembre 2016 à 17:33 »
Dear owners of GeForce GTX 590, 580, 570, 480, 470 and 465 GPUs!
http://xansons4cod.com/xansons4cod/forum_thread.php?id=14&postid=45#45

Utilisateur GNU-LINUX. fzs600@jappix.com

fzs600

  • Animateur fanatique
  • Messages: 5308
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #8 le: 29 novembre 2016 à 19:30 »
 :hello:

Est-ce possible d'avoir la traduction de ce texte ?
Citer
The work generator is stopped. BOINC server will wait for all WUs that are in-progress. The site and the forum will continue to work during the maintenance. However, the registration of new users will be suspended. The TODO list can be found here.

The alpha-testing was successful! Here are some results and conclusions.


    About 5.6% (~20,500 structures) of COD entries are processed. The collected data will be used to determine the optimal set of crystallite sizes and the optimal resolution of the simulated diffraction patterns for the final database.
    A few critical bugs (see e.g., 1, 2 and 3) in the app are fixed thanks to volunteers who participated in debugging on this site and on http://boinc.ru. All apps are sufficiently stable now. A fraction of fails is about 1% (see, e.g., these statistics for November 27th).
    The site functionality was improved thanks to the advices given by volunteers.
    The optimal parameters of the virtual server are determined: 2 cores of Intel Xeon E5-2666, 4 GB RAM, 500 GB SSD storage with read/wright throughput of 1500 IOPS, network load: 60 MB/s.
    The processing power donated by volunteers to this project was much higher than expected. This allows to extend the initial range of crystallite sizes to larger sizes (up to 30 nm).
    Although the MultiSize feature has slightly improved the scheduling, it is still far from optimal. It is clear now that CPU and GPU apps should receive WUs of different size due to large difference in performance. It is also clear that single-threaded CPU app is required to process small WUs. So, the distribution of WUs for different crystallite sizes between the apps should be like this:

    CPU, single-threaded: < 10 nm
    CPU, multi-threaded: 10 – 20 nm
    GPU: > 20 nm

I will post the progress of work from time to time. However, please do not expect much until the spring of 2017.

I am very grateful to all volunteers participating in the alpha-testing! I apologize for poor server performance, awful job scheduling, app crashes and bugs leading to a waste of computational resources. Thank you for your patience and understanding!
http://xansons4cod.com/xansons4cod/forum_thread.php?id=26&postid=97#97

Merci.

Utilisateur GNU-LINUX. fzs600@jappix.com

[AF>Libristes] Kao

  • Messages: 234
  • Boinc'eur Confirmé
  • ***
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #9 le: 29 novembre 2016 à 21:31 »
Voilàààà :
Citer
Le générateur de travail est arrêté. Le serveur BOINC attendre toutes les UTs qui sont en cours (N.D.T. : avant de se stopper lui aussi je présume). Le site et le forum continueront de fonctionner durant la maintenance. Cependant, l'enregistrement de nouveaux utilisateurs sera suspendu. La liste des choses à faire peut être trouvée ici.
L'alpha-test a été un succès ! Voici quelques résultats et conclusions.
Environ 5.6% (~20 500 structures)  des entrées du COD ont été réalisées. Les données collectées seront utilisées pour déterminer l'ensemble optimal de tailles de cristallites, et la résolution optimale pour les schémas de diffraction de poudre simulés pour la base de données finale.
Quelques bugs critiques (voir les exemples 1, 2 et 3) dans l'application ont été corriges grâce aux volontaires qui ont participé dans le débogage sur ce site et sur http://boinc.ru. Tous les applications sont suffisamment stables désormais. Le taux d'erreur est autour de 1% (voir par exemple les statistiques du 27 Novembre).
Le fonctionnement du site a été amélioré grâces aux conseils donnés par les volontaires.
Les paramètres pour le serveur virtuel sont déterminés : 2 cœurs du processeur Intel Xeon E5-2666, 4GB de RAM et un SSD de 500 GB avec un taux d'écriture/lecture de 1500 IOPS (entrée/sortie par seconde), et la charge réseau : 60MB/s.
La puissance de calcul donnée par les volontaires à ce projet a été supérieure à celle attendue. Cela nous permet d'étendre l'intervalle des tailles de cristallites à de plus grandes tailles (jusqu'à 30nm).
Bien que la fonctionnalité MultiTaille ait légèrement améliore l'ordonnancement, elle est toujours loin d'être optimale. Il est clair désormais que les applications CPU et GPU devraient recevoir des UTs de taille différentes du fait de la grande différence de performance. Il est aussi clair que les applications CPU monocore requièrent l'exécution de petites UTs. Donc, la distribution d'UTs pour différentes tailles de cristallites devrait être comme suit :
CPU, mono-core : < 10 nm (100Å)
CPU, multi-cores : 10 – 20 nm
GPU : > 20 nm
Je tiendrais au courant du progrès du travail de temps à autre. Cependant n'attendait pas grand-chose avec le printemps 2017.
Je suis très reconnaissant à tous les volontaires participant à l'alpha-test. Je m'excuse pour les mauvaises performances du serveur, l'horrible ordonnancement des tâches, les applications crashant et les bugs conduisant à un gaspillage des ressources de calcul. Merci pour votre patience et votre compréhension !

fzs600

  • Animateur fanatique
  • Messages: 5308
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #10 le: 07 février 2017 à 22:45 »

Utilisateur GNU-LINUX. fzs600@jappix.com

JeromeC

  • CàA
  • Messages: 19460
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #11 le: 12 juin 2017 à 22:36 »
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

fzs600

  • Animateur fanatique
  • Messages: 5308
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #12 le: 18 juin 2017 à 18:42 »
 :hello:

Citer
   18 Jun 2017, 16:22:16 UTC    18 Jun 2017, 16:35:18 UTC    Completed and validated    8.44    6.26    119.01    XaNSoNS BOINC for GPU v1.00 (cuda65_windows)
    18 Jun 2017, 16:22:03 UTC    18 Jun 2017, 16:28:28 UTC    Completed and validated    51.95    49.97    101.50    XaNSoNS BOINC for GPU v1.00 (cuda65_windows)
18 Jun 2017, 16:22:03 UTC    18 Jun 2017, 16:29:56 UTC    Completed and validated    35.63    33.81    381.23    XaNSoNS BOINC for GPU v1.00 (cuda65_windows)

Utilisateur GNU-LINUX. fzs600@jappix.com

[AF>Libristes] Kao

  • Messages: 234
  • Boinc'eur Confirmé
  • ***
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #13 le: 18 juin 2017 à 19:31 »
Yep le projet est enfin de retour !
Les tâches sont assez courtes, espérons qu'ils aient plus de travail que la dernière fois :D

Edit : suis-je le seul qui a des crash depuis le relancement de XANSONS ?
« Modifié: 18 juin 2017 à 21:27 par [AF>Libristes] Kao »

Zarck

  • Messages: 4713
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  •   
Re : XANSONS for COD
« Réponse #14 le: 21 juin 2017 à 00:44 »
J'ai laissé XANSONS for COD tourner aujourd'hui sur ma machine, Cpu + Gpu, seul problème ma Titan monte bien trop haut en température, 92°... (température extérieur 30°).

Le driver nVidia est censé limiter la température à 80°...

 :coffeetime: