Auteur Sujet: Gpu Grid, traductions  (Lu 528 fois)

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JeromeC

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Gpu Grid, traductions
« le: 05 mai 2016 à 16:33 »
Je suis pas sûr que cela concerne directement Boinc et GPUGrid?

WU: OPM simulations
Source:  GPUGrid
mardi 3 mai 2016 17:08

Hi everyone.
Once again after a few years I have decided to simulate ;)

This is for a new project where I try to automatically build and simulate hundreds of membrane proteins from the OPM database http://opm.phar.umich.edu/ as a proof of concept.
But I will also keep an eye out to see if something fancy happens in those simulations which I am quite sure it will.

Membrane proteins are very interesting in general as they are involved in many diseases and are simulated quite often. So building a protocol to simplify this process would help lots of biologists.

For the moment I sent out just 100 simulations as a quick test, but in the next few days I will send out around 3000 equilibrations.

Beware! The simulations are very very different, so there is no point in comparing them to each other. I have some systems which run on the short queue in an hour and some monstrous ones which run on long for 10 hours. The credits are scaled accordingly to simulation complexity so no one will be cheated of his hard earned credits :)

Also keep in mind that the first batch will be minimization/equilibration simulations, which start the minimization by using the CPU for maybe 1 minute and then should switch to GPU for the equilibration.

I might post here some pictures of the systems as well because some of these proteins are just gorgeous!

Edit: I made some gifs for you here ;)
http://imgur.com/a/YbjOd




WU : simulations OPM
Source: GPUGRID
mardi 3 mai 2016 17h08

Salut tout le monde.
Encore une fois, après quelques années, j'ai décidé de simuler;)

Ceci est pour un nouveau projet où je tente de construire et simuler automatiquement des centaines de protéines membranaires de la  base de données OPM (http://opm.phar.umich.edu/) sous forme d'un test.

Mais je vais aussi garder un oeil pour voir si quelque chose d'extraordinaire qui se passe dans ces simulations, et je suis tout à fait sûr que ce sera le cas.

Les protéines membranaires sont très intéressants en général, elles sont impliqués dans de nombreuses maladies, et sont simulées assez souvent. Donc, la construction d'un protocole visant à simplifier ce processus aiderait beaucoup de biologistes.

Pour le moment, j'ai envoyé seulement 100 simulations comme un test rapide, mais dans les prochains jours, je vais envoyer environ 3000 équilibrations.

Il faut se méfier! Les simulations sont très très différentes, donc il n'y a pas lieu de les comparer les uns aux autres. J'ai des systèmes qui fonctionnent sur une file d'attente courte en une heure et quelques autres monstrueuses qui durent plus de 10 heures. Les crédits sont mis à l'échelle en proportion de la complexité de la simulation afin que personne ne soit floué pour ses crédits durement gagnés :)

Gardez aussi à l'esprit que le premier lot fera des simulations de minimisation et équilibrage, qui commencent la minimisation en utilisant le CPU durant environ 1 minute, puis devrait passer en GPU pour l'équilibration.

Je pourrais poster ici quelques photos des systèmes aussi bien parce que certaines de ces protéines sont tout simplement superbe!

Edit: je fait quelques gifs pour vous ici ;)
http://imgur.com/a/YbjOd

[elles sont sympas ses protéines !]
« Modifié: 10 mai 2016 à 00:02 par ousermaatre »
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

ousermaatre

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Re : Re : article à traduire
« Réponse #1 le: 05 mai 2016 à 17:31 »
C'est un projet hors-boinc, où affilié à la plateforme GPU Grid?

Je dois dire que ce n'est pas explicite à part le lien vers un projet externe.

JeromeC

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Re : Re : article à traduire
« Réponse #2 le: 05 mai 2016 à 22:26 »
"Pour le moment, j'ai envoyé seulement 100 simulations comme un test rapide, mais dans les prochains jours, je vais envoyer environ 3000 équilibrations." --> c'est forcément un projet boinc sur sa plateforme, sinon il les enverrait à personne, sans donner des instructions spécifiques...
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

ordralfabetix

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Re : Re : article à traduire
« Réponse #3 le: 05 mai 2016 à 22:41 »
concrètement,on fait comment pour s'inscrire car sur le site,c'est pas clair?
 :/

ousermaatre

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Re : Re : article à traduire
« Réponse #4 le: 09 mai 2016 à 23:54 »
1 ou 2 fautes d'accord, pas grand chose, quoi, je publie, merci Jérôme.  :jap:

Salut tout le monde.
Encore une fois, après quelques années, j'ai décidé de simuler;)

Ceci est pour un nouveau projet où je tente de construire et simuler automatiquement des centaines de protéines membranaires de la  base de données OPM (http://opm.phar.umich.edu/) sous forme d'un test.

Mais je vais aussi garder un œil pour voir si quelque chose d'extraordinaire qui se passe dans ces simulations, et je suis tout à fait sûr que ce sera le cas.

Les protéines membranaires sont très intéressantes en général, elles sont impliqués dans de nombreuses maladies, et sont simulées assez souvent. Donc, la construction d'un protocole visant à simplifier ce processus aiderait beaucoup de biologistes.

Pour le moment, j'ai envoyé seulement 100 simulations comme un test rapide, mais dans les prochains jours, je vais envoyer environ 3000 équilibrations.

Il faut se méfier! Les simulations sont très très différentes, donc il n'y a pas lieu de les comparer les uns aux autres. J'ai des systèmes qui fonctionnent sur une file d'attente courte en une heure et quelques autres monstrueuses qui durent plus de 10 heures. Les crédits sont mis à l'échelle en proportion de la complexité de la simulation afin que personne ne soit floué pour ses crédits durement gagnés :)

Gardez aussi à l'esprit que le premier lot fera des simulations de minimisation et équilibrage, qui commencent la minimisation en utilisant le CPU durant environ 1 minute, puis devrait passer en GPU pour l'équilibration.

Je pourrais poster ici quelques photos des systèmes aussi bien parce que certaines de ces protéines sont tout simplement superbes!

Edit: je fais quelques gifs pour vous ici ;)
http://imgur.com/a/YbjOd