Auteur Sujet: Outsmart ebola  (Lu 841 fois)

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Outsmart ebola
« le: 27 mars 2016 à 19:36 »
33.4 Million Virtual Experiments and Counting: An Update on Outsmart Ebola Together
By: Dr. Erica Ollmann Saphire, PhD
The Scripps Research Institute
21 mars 2016    

Récapitulatif
In this project update, Dr. Erica Ollman Sapphire covers many fronts on the fight against Ebola, from the long-term effects of the disease on survivors, to her team's continued experiments using World Community Grid and their work with other Ebola researchers.
 



The Long-Term Effects of the Ebola Epidemic

As the bulk of the Ebola virus epidemic winds down, we see long-term effects of the infection in survivors. For some, the virus has entered the central nervous system, causing re-emergence of meningitis-like disease, severe eye pain, loss of vision and other complications. Evidence of the virus has been isolated from the semen of survivors up to nine months after release from treatment centers. This has likely resulted in at least one case of sexually transmitted Ebola virus. Additional cases of Ebola virus have erupted in Sierra Leone and in Liberia after each country was declared free of human-to-human transmission. Appearance of these new cases means that the virus is likely still in the ecological reservoir or is being re-introduced into the environment or to other humans. At the same time, survivors face numerous health challenges, economic challenges, personal losses and social stigmas.

Searching for Effective Treatments

The need for small molecule drugs that can treat Ebola virus infection remains. Small molecules that could cross the blood-brain barrier could be used to treat the life-threatening cases in which the virus expanded in the central nervous system long after release from the clinic. Importantly, such molecules must not only be developed against Ebola virus but against similar viruses that could cause the next outbreak.

The goal of Outsmart Ebola Together is to identify candidate drugs active against Ebola virus, Lassa virus and other related health threats. To accomplish this goal, we are studying the atomic structure of the target, which is the Ebola virus molecule, and the ligands, which are the structures of millions of candidate drug molecules. The target and ligand are evaluated against one another, and a software program computes the tendency of the molecules to associate with each other. Simulating these experiments on computers saves considerable time and cost, because laboratory testing requires purchasing or synthesizing the candidate molecules, a potentially time-consuming and expensive process.

So far, 33.4 million of these virtual experiments have been conducted by World Community Grid volunteers, the percentage of tasks completed is increasing, and will probably reach 100% soon. We are currently seeking a computational scientist (and funding to support him or her) to filter this tremendous body of work into the most meaningful compounds we can test in a laboratory.

Recent Publications and Continuing Work

In the meantime, new targets are planned. Recently, we solved the structures of the protein of Marburg virus that builds and releases new viruses from the infected cell, while simultaneously silencing the ability of our cells to detect and fight the infection (Oda, et al. Journal of Virology, Crystal structure of Marburg virus VP40: matrix assembly and immunosuppression). In that effort, we are working with an excellent team of biophysicists at Notre Dame University, led by Dr. Robert Stahelin, to understand how the virus interacts with and hijacks the membranes of our cells. Understanding the structure of the Marburg virus is important because, like the Ebola virus, it can cause fever, severe bleeding, organ failure, and, in many cases, death.

Our structure of the molecule that achieves the same functions for Lassa virus--which can also cause severe bleeding, fever, and death--will be released soon (Hastie, et al. in press).

A collaborative team involving my lab has searched in the blood of a survivor of this Ebola outbreak to find some of the highest potency antibodies yet identified (Bornholdt, et al. 2016 Science, Isolation of potent neutralizing antibodies from a survivor of the 2014 Ebola virus outbreak). This group is part of the global consortium that gathers and analyze antibodies against these deadly viruses, and we were recently featured on the show Breakthrough by National Geographic.

We thank all World Community Grid volunteers who have donated computing power to Outsmart Ebola Together, and we are grateful for your continued support as the project progresses.

JeromeC

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Re : Outsmart ebola
« Réponse #1 le: 28 mars 2016 à 13:11 »
33,4 millions d'expériences virtuelles et ça continue : des nouvelles de "Déjouer Ebola Ensemble"
Par: Dr. Erica Ollmann Saphire, PhD
L'Institut de recherche Scripps
21 mars 2016

Récapitulatif

Dans cette mise à jour du projet, le Dr Erica Ollman Saphire couvre de nombreux fronts sur la lutte contre le virus Ebola, des effets à long terme de la maladie sur les survivants aux expériences en cours de son équipe en utilisant le World Community Grid et leur travail avec d'autres chercheurs sur Ebola.
 

Les effets à long terme de l'épidémie d'Ebola

Comme la principale partie de l'épidémie du virus Ebola tend à se calmer, nous commençons à voir les effets à long terme de l'infection chez les survivants. Pour certains, le virus est entré dans le système nerveux central, ce qui provoque la réapparition de maladies de type méningitique, des douleurs oculaires graves, la perte de la vision et d'autres complications. La preuve du passage du virus a été isolée à partir du sperme des survivants jusqu'à neuf mois après leur sortie des centres de traitement. Cela a probablement donné lieu à au moins un cas de virus transmis sexuellement. D'autres cas de virus Ebola ont éclaté en Sierra Leone et au Libéria après que ces pays aient été déclaré exempt de transmission d'humain à humain. L'apparition de ces nouveaux cas signifie que le virus est probablement encore dans le réservoir écologique ou a été réintroduit dans l'environnement ou à d'autres humains. Dans le même temps, les survivants sont confrontés à de nombreux problèmes de santé, des défis économiques, des pertes personnelles et des stigmates sociaux.

A la recherche de traitements efficaces

Le besoin de médicaments "à petites molécules" capables de traiter l'infection du virus Ebola demeure entier. Les petites molécules qui pourraient traverser la barrière hémato-encéphalique peuvent être utilisés pour traiter les cas où la vie est en danger et dans lesquels le virus se répand dans le système nerveux central longtemps après le départ du patient de la clinique. Chose importante, ces molécules ne doivent pas seulement être développées contre le virus Ebola, mais contre les virus similaires qui pourraient causer la prochaine épidémie.

Le but de Déjouer Ebola Ensemble est d'identifier des médicaments candidats actifs contre le virus Ebola, le virus de Lassa et d'autres menaces pour la santé. Pour atteindre cet objectif, nous étudions la structure atomique de la cible, qui est la molécule du virus Ebola, et les ligands, qui sont des structures de millions de molécules de médicaments candidats. La cible et le ligand sont évalués l'un par rapport à l'autre, et un logiciel calcule la tendance des molécules de s'associer les unes aux autres. Simuler ces expériences sur des ordinateurs permet d'économiser beaucoup de temps et de coût, parce que les tests de laboratoire nécessite l'achat ou la synthèse des molécules candidates, un processus potentiellement long et coûteux.

Jusqu'à présent, 33,4 millions de ces expériences virtuelles ont été menées à bien par des bénévoles du World Community Grid, le pourcentage des tâches accomplies augmente et atteindra probablement 100% bientôt. Nous recherchons actuellement un "scientifique de calcul" (et le financement qui va avec) pour pouvoir filtrer de ce formidable corps de travail les composés les plus significatifs, afin de les tester dans un laboratoire.

Publications récentes et la poursuite des travaux

En attendant, de nouvelles cibles sont prévues. Récemment, nous avons résolu les structures de la protéine du virus de Marburg qui construit et libère de nouveaux virus de la cellule infectée, tout en réduisant au silence simultanément la capacité de nos cellules à détecter et à combattre l'infection (Oda et al. Journal of Virology, Crystal structure de virus de Marburg VP40: assemblage de la matrice et l'immunosuppression). Dans cet effort, nous travaillons avec une excellente équipe de biophysiciens à l'Université Notre Dame, dirigée par le Dr Robert Stahelin, pour comprendre comment le virus interagit avec et détourne les membranes de nos cellules. Comprendre la structure du virus de Marburg est important parce que, comme le virus Ebola, il peut causer de la fièvre, des hémorragies graves, des défaillances d'un organe, et, dans de nombreux cas, la mort.

Notre structure de la molécule qui permet d'obtenir les mêmes fonctions pour le virus Lassa - qui peut également causer des hémorragies graves, la fièvre et la mort - sera bientôt publié (Hastie et Al sous presse.).

Une équipe collaborative impliquant mon laboratoire a cherché dans le sang d'un survivant de cette épidémie d'Ebola pour trouver certains des anticorps les plus puissants pas encore identifiées (Bornholdt, et al. 2016 Science, isolement d'anticorps neutralisants puissants d'un survivant de l'épidémie d'Ebola 2014). Ce groupe fait partie du consortium mondial qui rassemble et analyse des anticorps contre ces virus mortels, et nous avons été récemment participé au spectacle Breakthrough du National Geographic.

Nous remercions tous les bénévoles du World Community Grid qui ont donné la puissance de calcul à Déjouez Ebola Ensemble, et nous sommes reconnaissants pour votre soutien continu afin que le projet progresse.
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

[AF>Libristes>Jip] Elgrande71

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Re : Re : Outsmart ebola
« Réponse #2 le: 30 mars 2016 à 17:54 »
33,4 millions d'expériences virtuelles et ça continue : des nouvelles de "Déjouer Ebola Ensemble"
Par: Dr. Erica Ollmann Saphire, PhD
L'Institut de recherche Scripps
21 mars 2016

Récapitulatif

Dans cette mise à jour du projet, le Dr Erica Ollman Saphire couvre de nombreux fronts sur la lutte contre le virus Ebola, des effets à long terme de la maladie sur les survivants aux expériences en cours de son équipe en utilisant le World Community Grid et leur travail avec d'autres chercheurs sur Ebola.
 

Les effets à long terme de l'épidémie d'Ebola

Comme la principale majeure partie de l'épidémie du virus Ebola tend à se calmer, nous voyons les effets à long terme de l'infection chez les survivants. Pour certains, le virus est entré dans le système nerveux central, ce qui provoque la réapparition de maladies de type méningitique, des douleurs oculaires graves, la perte de la vision et d'autres complications. La présence du virus a été isolée à partir du sperme des survivants jusqu'à neuf mois après leur sortie des centres de traitement. Cela a probablement donné lieu à au moins un cas de virus transmis sexuellement. D'autres cas de virus Ebola ont éclaté en Sierra Leone et au Libéria après que ces pays aient été déclaré exempt de transmission d'humain à humain. L'apparition de ces nouveaux cas signifie que le virus est probablement encore dans le réservoir écologique ou a été réintroduit dans l'environnement ou à d'autres humains. Dans le même temps, les survivants sont confrontés à de nombreux problèmes de santé, des défis économiques, des pertes personnelles et des stigmates sociaux.

A la recherche de traitements efficaces

Le besoin de médicaments "à petites molécules" capables de traiter l'infection du virus Ebola demeure entier. Les petites molécules qui pourraient traverser la barrière hémato-encéphalique peuvent être utilisés pour traiter les cas où la vie est en danger et dans lesquels le virus se répand dans le système nerveux central longtemps après le départ du patient de la clinique. Chose importante, ces molécules ne doivent pas seulement être développées contre le virus Ebola, mais contre les virus similaires qui pourraient causer la prochaine épidémie.

Le but de Déjouer Ebola Ensemble est d'identifier des médicaments candidats actifs contre le virus Ebola, le virus de Lassa et d'autres menaces pour la santé. Pour atteindre cet objectif, nous étudions la structure atomique de la cible, qui est la molécule du virus Ebola, et les ligands, qui sont des structures de millions de molécules de médicaments candidats potentiels . La cible et le ligand sont évalués l'un par rapport à l'autre, et un logiciel calcule la tendance des molécules de s'associer les unes aux autres. Simuler ces expériences sur des ordinateurs permet d'économiser beaucoup de temps et de coût, parce que les tests de laboratoire nécessite l'achat ou la synthèse des molécules candidates, un processus potentiellement long et coûteux.

Jusqu'à présent, 33,4 millions de ces expériences virtuelles ont été menées à bien par des bénévoles du World Community Grid, le pourcentage des tâches accomplies augmente et atteindra probablement bientôt 100% . Nous recherchons actuellement un "scientifique de calcul" expert computationnel (et le financement qui va avec) pour pouvoir filtrer de cette base de résultats exploitable  les composés les plus significatifs, afin de les tester dans un laboratoire.

Publications récentes et la poursuite des travaux

En attendant, de nouvelles cibles nouveaux objectifs sont prévus. Récemment, nous avons résolu les structures de la protéine du virus de Marburg qui construit et libère de nouveaux virus de la cellule infectée, tout en réduisant au silence simultanément la capacité de nos cellules à détecter et à combattre l'infection (Oda et al. Journal of Virology, Crystal structure de virus de Marburg VP40: assemblage de la matrice et l'immunosuppression). Dans cet effort, nous travaillons avec une excellente équipe de biophysiciens à l'Université Notre Dame, dirigée par le Dr Robert Stahelin, pour comprendre comment le virus interagit avec et détourne les membranes de nos cellules. Comprendre la structure du virus de Marburg est important parce que, comme le virus Ebola, il peut causer de la fièvre, des hémorragies graves, des défaillances d'un organe, et, dans de nombreux cas, la mort.

Notre structure de la molécule qui permet d'obtenir procure les mêmes fonctions pour le virus Lassa - qui peut également causer des hémorragies graves, la fièvre et la mort - sera bientôt publié (Hastie et Al sous presse ).

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Nous remercions tous les bénévoles du World Community Grid qui ont donné la puissance de calcul à Déjouez Ebola Ensemble, et nous sommes reconnaissants pour votre soutien continu afin que le projet progresse.

Ci-dessus, j'ai proposé quelques corrections .
Encore merci JeromeC  :jap:
« Modifié: 13 avril 2016 à 20:00 par ousermaatre »
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Re : Outsmart ebola
« Réponse #3 le: 30 mars 2016 à 23:47 »
"corps de travail" était une mauvaise traduction pour "body of work", je pense que ça veut dire "un volume brut de données exploitables généré par les calculs", donc on pourrait mettre "base de résultats exploitable" ou quelque chose comme ça plutôt que juste "travail considérable".

"nouvelles cibles", je pense que c'est plus "cible médicamenteuse" plutôt que juste un objectif général, non ? (mais je connais rien au domaine)
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

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Re : Outsmart ebola
« Réponse #4 le: 31 mars 2016 à 15:35 »
Pour "body of work", je reste sur ma traduction mais il nous faudrait un autre avis sur la question .
Concernant "new targets", après plusieurs recherches, tu as raison Jerome, il vaut mieux mettre "nouvelles cibles" dans le sens comme tu l'as si bien dit "cible médicamenteuse" .
« Modifié: 01 avril 2016 à 11:15 par [AF>Libristes>Jip] Elgrande71 »
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Re : Re : Outsmart ebola
« Réponse #5 le: 13 avril 2016 à 17:04 »
"corps de travail" était une mauvaise traduction pour "body of work", je pense que ça veut dire "un volume brut de données exploitables généré par les calculs", donc on pourrait mettre "base de résultats exploitable" ou quelque chose comme ça plutôt que juste "travail considérable".

"nouvelles cibles", je pense que c'est plus "cible médicamenteuse" plutôt que juste un objectif général, non ? (mais je connais rien au domaine)

"base de résultats exploitable"---> je trouve cette adaptation linguistique parfaite, vis-à-vis du texte à traduire.  :jap: :jap: