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[Maurice Goulois]

*CXCL12_chalcone_umbrella* batch
Source:  GPUGrid
dimanche 28 février 2016 18:52

Hi everyone, yesterday we launched a bit more than 13,000 short WUs called *CXCL12_chalcone_umbrella*. They are pretty small WU, of 8ns (compared to a normal long WU ~40ns) and we hope they are easy and fun for you to crunch. Please post any problem you may encounter. Scientists have been using a technique called Umbrella Sampling for some time now, with relative success in determining what we call binding free energy (which indicates how strongly a drug can bind its protein target). It is a pretty straightforward and much less expensive technique compared to the one we regularly use in our lab (adaptive sampling). However, it is particularly error-prone if the assumptions we take are wrong. We are particularly excited about these WU, because while most scientific effort have been focused on reproducing free energies for single particular models or (most of the time) very simple toy models, it is the first time to our knowledge that, thanks to the fantastic community we have built together in GPUGRID, we can use this technique in a real case to screen potential drugs binding to CXCL12, a chemokine related to cancer metastasis. Thanks to everyone for your contribution and I will be happy to assist you if you find any problem on the way.





G.T.A
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Salut tout le monde, hier, nous avons lancé un peu plus de 13000 WUs courtes appelées *CXCL12_chalcone_umbrella*. Elles sont assez petites, de 8ns (par rapport à une ~40ns longue normale) et nous espérons qu'elles sont faciles et amusantes pour vous à cruncher. S'il vous plaît postez tout problème que vous pourriez rencontrer. Les scientifiques ont utilisé une technique appelée Échantillonnage Parapluie (NDT: seul document trouvé en français ayant ce mot clé) (Umbrella Sampling (EN)) depuis un certain temps, avec un succès relatif dans la détermination de ce que nous appelons l'énergie de liaison libre (ce qui indique à quel point un médicament peut lier sa protéine cible). C'est une technique assez simple et beaucoup moins chère par rapport à celle que nous utilisons régulièrement dans notre laboratoire (Échantillonnage Adaptatif). Cependant, elle est particulièrement sujette aux erreurs si les hypothèses que nous prenons sont fausses. Nous sommes particulièrement enthousiasmés par ces WU, parce que tandis que la plupart des efforts scientifiques se sont concentrés sur la reproduction des énergies libres pour certains modèles simples ou (la plupart du temps) des modèles de jouets très simples, c'est la première fois à notre connaissance que, grâce à la fantastique communauté que nous avons construit ensemble dans GPUGRID, nous pouvons utiliser cette technique dans un cas réel pour dépister des médicaments potentiels se liant à CXCL12, une [urlhttps://fr.wikipedia.org/wiki/Chimiokine]chimiokine [/url]liée à des métastases du cancer. Merci à tous pour votre contribution et je serai heureux de vous aider si vous trouvez un problème en chemin.