FightAIDS@Home Researchers Test New Simulation Methods

[Maurice Goulois]

source pour les liens: http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=463

FightAIDS@Home Researchers Test New Simulation Methods
By: The FightAIDS@Home research team
15 févr. 2016    

Récapitulatif
The research team for Phase 2 of FightAIDS@Home is developing and testing new ways to use the vast computing power of World Community Grid. Their goal is to build on the results from Phase 1 while using volunteers' resources as efficiently as possible.


This molecule, known as AVX101124, was identified in Phase 1 of FightAIDS@Home as being important to our ongoing research.


Overview

Our FightAIDS@Home - Phase 2 team is getting acclimated to running the research software on this very powerful yet unconventional computational resource. We are analyzing preliminary results from the first batches of research tasks, which were used to test different simulation approaches, and honing in on the most efficient ways to use the vast amount of donated computing time. We have also been preparing a large set of new work units while retooling our data processing and analysis pipelines to keep up with the massive inflow of results.

Using BEDAM simulations for FightAIDS@Home - Phase 2 presents an enormous opportunity to refine and enrich the results from Phase I. However, before refining both hits identified in Phase 1 and new compounds studied by our HIVE Center collaborators, we need to develop and test new ways to run our software under the constraints imposed by the grid computing infrastructure.

Details

The current set of research tasks ('work units') was designed to serve three purposes. First, we evaluate how our new simulation schema tailored for free energy calculations using the distributed and heterogeneous resources of World Community Grid compares with the results of more traditional homogeneous high performance clusters. We have launched two different sets of simulations on World Community Grid that differ in how energy function parameters vary across many copies of each target ligand-protein complex being simulated. Second, the simulations allow us to revisit the calculation of binding free energies (binding scores) and prediction of binding modes (poses) for a well-studied dataset of HIV Integrase protein that we studied previously in the SAMPL4 binding free energy prediction challenge. By performing these different simulations on this benchmark set of complexes, we can design and optimize future batches of simulations to be as efficient as possible in terms of volunteers' resources.

The first set of simulation results (experiments 0-52) are almost complete and have been analyzed. We anticipate that this first simulation scheme is vastly superior to the second scheme being tested in experiments 53-105. We are approximately 60% through these first 106 experiments and if preliminary analysis of the second set of experiments proves our hypothesis correct, we may choose to end the second set of simulations before completion in order to move on to new batches, all using the better simulation scheme.

Furthermore, while you've been crunching our work units without replication (quorum of 1), we designed the batches to have built in redundancy -- which means that research tasks are assigned more than once in order to compare the results and confirm their accuracy -- which we now conclude is too conservative. It is evident from analysis of the first set of batches that the current simulation protocols can be scaled down for future batches, allowing us to simulate more complexes at once on World Community Grid moving forward. We are currently preparing the next set of batches using docking results of more complexes from the SAMPL4 challenge which we recently received from the MGL laboratory at Scripps.

We anticipate that this first year of FightAIDS@Home Phase 2 will be extremely rewarding for our group and collaborators at the HIVE Center, and we're very grateful for having been given this opportunity by IBM, and most importantly, World Community Grid volunteers.

It has also been an exciting month for the Levy lab. It's our pleasure to announce that the January issue of Protein Science is a special issue in recognition of Ronald Levy's contributions to the field of computational biophysics! The issue is free to read online. Professor Ron Levy, who designed the BEDAM tool used in this phase of the project, leads the molecular simulations in Phase 2 and we are very happy to help celebrate his accomplishments in this field.







G.T.A
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L'équipe de recherche de FightAIDS@Home teste de nouvelles méthodes de simulation
Par: L'équipe de recherche de FightAIDS@Home
15 févr. 2016   

Récapitulatif

L'équipe de recherche de la phase 2 de FightAIDS@Home développe et teste de nouvelles façons d'utiliser la grande puissance de calcul du World Community Grid. Leur objectif est de se baser sur les résultats de la phase 1 tout en utilisant les ressources des bénévoles aussi efficacement que possible.


Cette molécule, connue sous le nom AVX101124, a été identifiée dans la phase 1 de FightAIDS@Home comme étant importante pour notre recherche en cours.


Aperçu

Notre équipe FightAIDS@Home - Phase 2 s'acclimate à l'exécution du logiciel de recherche sur cette ressource de calcul encore non conventionnelle et très puissante. Nous analysons les résultats préliminaires des premiers lots de travaux de recherche, qui ont été utilisés pour tester différentes approches de simulation, et rechercher les moyens les plus efficients d'utiliser la grande quantité de temps de calcul donnée. Nous avons également préparé un grand nombre de nouvelles unités de travail tout en réoutillant notre traitement des données et les canaux d'analyse pour faire face à l'afflux massif de résultats.
Utiliser des simulations de Bedam, pour FightAIDS@Home - Phase 2, présente une énorme opportunité d'affiner et d'enrichir les résultats de la phase 1. Cependant, avant d'affiner les résultats identifiés dans la phase 1 et de nouveaux composés étudiés par nos collaborateurs du Centre HIVE, nous avons besoin de développer et tester de nouvelles façons d'exécuter notre logiciel avec les contraintes imposées par l'infrastructure de grille de calcul.

Détails

L'ensemble actuel des travaux de recherche («unités de travail») a été conçu pour répondre à trois objectifs. Tout d'abord, nous évaluons comment notre nouveau schéma de simulation, adapté pour les calculs d'énergie libre à l'aide des ressources distribuées et hétérogènes de World Community Grid, se compare avec les résultats des grappes de serveurs à hautes performances homogènes plus traditionnelles. Nous avons lancé deux ensembles différents de simulations sur World Community Grid qui diffèrent dans la façon dont les paramètres de fonction d'énergie varient entre de nombreuses complexes liaison-protéine cibles simulées. Deuxièmement, les simulations nous permettent de revoir le calcul de l'énergie libre de liaison (scores de liaison) et la prédiction des modes (poses) de liaison pour un ensemble de données bien étudié, dont la protéine intégrase du VIH que nous avons étudiée précédemment dans le défi de prédiction de l'énergie libre de liaison SAMPL4. En effectuant ces différentes simulations, sur cet ensemble de référence de complexes, nous pouvons concevoir et optimiser les futurs lots de simulations afin d'être aussi efficaces que possible en termes de ressources des bénévoles.
La première série de résultats de simulation (expériences 0-52) est presque terminée et a été analysée. Nous prévoyons que ce premier programme de simulation est largement supérieur au deuxième schéma testé dans des expériences 53-105. Nous sommes à environ 60% de ces 106 premières expériences et si l'analyse préliminaire de la deuxième série d'expériences prouve notre hypothèse correctement, nous pourrons choisir de mettre un terme à la deuxième série de simulations avant la fin en vue de passer à de nouveaux lots, tout en utilisant le meilleur programme de simulation.
En outre, alors que vous avez crunché nos unités de travail sans réplication (quorum de 1), nous avons conçu les lots avec une redondance intégrée - ce qui signifie que les travaux de recherche sont affectés plus d'une fois dans le but de comparer les résultats et de confirmer leur exactitude - nous en concluons aujourd'hui que nous avons agi avec trop de prudence. Il ressort de l'analyse de la première série de lots que les protocoles de simulation actuels peuvent être revus à la baisse pour les futurs lots, ce qui permet des simulations concurrentes plus complexes sur le World Community Grid pour avancer. Nous préparons actuellement la prochaine série de lots à partir des résultats d'amarrage de plus grande complexité du défi SAMPL4 que nous avons récemment reçus du laboratoire MGL au Scripps.
Nous prévoyons que cette première année de FightAIDS@Home Phase 2 sera extrêmement enrichissante pour notre groupe et ses collaborateurs au Centre HIVE, et nous sommes très reconnaissants d'avoir eu cette occasion grâce à IBM, et surtout, les bénévoles du World Community Grid.
Cela a  été également un mois excitant pour le laboratoire Levy. Nous avons le plaisir d'annoncer que le numéro de Janvier de Protein Science est un numéro spécial en reconnaissance de la contribution de Ronald Levy au domaine de la biophysique informatique! Le numéro est librement accessible en ligne. Le Professeur Ron Levy, qui a conçu l'outil de Bedam utilisé dans cette phase du projet, conduit les simulations moléculaires de la phase 2 et nous sommes très heureux de célébrer ses réalisations dans ce domaine.

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[ousermaatre]

J'ai modifié deux ou trois tourné de phrase, sinon c'est parfait, je publie à l'instant, merci Maugou.

[Maurice Goulois]

Merci Ouser  oui, il y a certains jours où je suis plus fatigué que d'autres

[[AF>Libristes>Jip] Elgrande71]

Un grand merci à notre équipe de traduction 

[fzs600]

Un grand merci à notre équipe de traduction