Design of protein-small molecule binding

[fzs600]

 

Est-ce possible de traduire ce texte ?

Finally, several years later, I can finally give an update on this project.

We were able to take the massive numbers of designs which you were able to generate (and truly, there were a lot - at one point we even had disk space issues with storing all of them), and examine all the mutations which were suggested. The initial plan was to make and test the designs produced by Rosetta@home as-is, but due to limitations in the gene synthesis platform in the Church lab, we had to break up designs into parts (based on region of the binding site) and make consensus designs based on those parts.

But with the processed designs in hand, our collaborators in the Church lab were able to express and test them for effectiveness in small-molecule-responsive gene regulation. From these computational designs, we were able to get workable variants for three of the four targets run on Rosetta@home, including sucralose. (The gentiobiose designs mentioned in the paper were not run on Rosetta@home.) Using standard (non-computational) molecular biology techniques, we were able to further optimize a protein to specifically bind sucralose - which also shows a response towards sucrose which is comparable to how the wild type protein responds towards the normal IPTG ligand.

The scientific paper describing the results is in this month's issue of Nature Methods: Taylor, et al. (2016) "Engineering an allosteric transcription factor to respond to new ligands", Nat. Meth. 13, 177–183. (pdf) And here's a less technical write-up on phys.org.

Thanks again to everyone who donated their computer time for Rosetta@Home, and who made this work possible!

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5745&nowrap=true#79517

Merci.

[Maurice Goulois]

G.T.A.
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Modélisation d'amarrage protéines-petites molécules
11 février 2016

Enfin, après quelques années, je peux faire un point sur ce projet.

Nous avons pu prendre la quantité massive de modèles qui vous étiez en mesure de générer (et vraiment, il y en avait beaucoup - à un moment donné, nous avons même eu des problèmes d'espace disque avec le stockage de tous ces modèles), et examiner toutes les mutations qui ont été suggérées. Le plan initial était de faire et de tester les modèles produits par Rosetta@home tels quels, mais en raison de limitations dans la plate-forme de synthèse de gènes dans le laboratoire Church, nous avons dû découper les modèles en parties (selon la région du site de liaison) et faire des modèles de consensus sur la base de ces parties.

Mais avec les modèles calculés disponibles, nos collaborateurs, dans le laboratoire Church, ont pu les assembler et les tester pour l'efficacité dans la régulation de gènes sensibles aux petites molécules. A partir de ces modèles calculés, nous avons été en mesure d'obtenir des variantes réalisables pour trois des quatre objectifs exécutés sur Rosetta@home, y compris le sucralose (Les modèles gentiobiose mentionnés dans le document n'ont pas été calculés sur Rosetta@home). En utilisant des techniques de biologie moléculaire standard (non calculées), nous avons pu optimiser une protéine pour se lier spécifiquement au sucralose - qui montre également une réponse au saccharose qui est comparable à la façon dont la protéine de type sauvage répond au site de liaison IPTG normal.

L'article scientifique décrivant les résultats est dans le numéro de ce mois-ci de Nature Methods: Taylor, et al. (2016) "Engineering an allosteric transcription factor to respond to new ligands", Nat. Meth. 13, 177–183. (pdf). Un article moins technique sur phys.org.

Merci encore à tous ceux qui ont donné de leur temps d'ordinateur pour Rosetta@Home, et qui ont rendu ce travail possible!

[ousermaatre]

J'ajoute ceci à l'article de base:

My name is Rocco Moretti, and I'm a postdoc in the Baker Lab.

Chances are you might see something a little different when you look at your screensaver in the near future. The jobs I'm running on Rosetta@home aren't structure prediction, or protein-protein interaction design, but protein-small molecule interaction design. (These work units are tagged with "LigDes", standing for "ligand binding protein design") So in addition to the normal protein chain in the viewer, you'll also see a blobby representation of the small molecule.

[modesti]

Tentative de trad:

Je m'appelle Rocco Moretti et je suis en post-doctorat au laboratoire Baker.

Il se peut que vous voyiez quelque chose d'un peu différent quand vous regarderez votre économiseur d'écran dans un proche avenir. Les tâches que je fais tourner sur Rosetta@home ne sont pas des prédictions de structure ou de la conception d'interaction protéine-protéine, mais de la conception d'interaction protéine-petite molécule. (Ces UT sont repérées par "LigDes", signifiant "conception d'une protéine liant un ligand"). Donc, en plus de la chaîne de protéines normale de l'aperçu, vous verrez aussi une bulle représentant la petite molécule.


Les passages en italique sont à vérifier. Je n'ai pas les dicos nécessaires sous la main.
Peut-être que cette page wikipédia peut aider?

[Maurice Goulois]

tu peux dire "conception des protéines de liaison de ligand" avec un lien sur ligand = https://fr.wikipedia.org/wiki/Domaine_de_liaison_du_ligand pour ceux qui voudraient éclaircir

[[AF>Libristes>Jip]Augure]

non honnêtement je préfère le terme de "conception d'une protéine liant un ligand".
d'ailleurs sur ton lien ils disent aussi "un ligand", je n'aime pas la trad trop totomatique du LBD d'autant qu'il ne cite pas son ligand*... donc "un" plus vague !


je valide la trad de modesti !



*hs au passage si vous voulez en parler sur le topic idoine ensuite... pas top la molécule secret, pesticide ultime, arme chimique ou futur brevet blocbuster...

[modesti]

J'avoue que la biologie/biochimie n'est pas mon domaine de prédilection. Ce serait plutôt les machines-outils