Uncovering Genome Mysteries

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https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=451

By: Wim Degrave, Ph.D.
Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática Instituto Oswaldo Cruz - Fiocruz
14 oct. 2015     

Récapitulatif
The Uncovering Genome Mysteries project has already amassed data on over 200 million proteins, with the goal of understanding the common features of life everywhere on earth. There are tens of millions of calculations still to run, but the team is also making preparations for analysis and eventual publication of the data.

For almost a year now, Uncovering Genome Mysteries has been comparing protein sequences derived from the genomes of nearly all living organisms analyzed to date. Thanks to the volunteers that contribute computer time to World Community Grid, more than 34 million results have been returned with data on functional identification and protein similarities. Along with our collaborators in Australia, we've paid particular attention to microorganisms from different ecosystems, with special emphasis on marine organisms. More than 200 million proteins have been compared thus far, during the equivalent of 15,000 years of computation. The resulting data are sent to our computer servers at the Fiocruz Foundation in Rio de Janeiro, Brazil and now also to the University of New South Wales, Sydney, Australia. A last set of around 20 million protein sequences, determined over the last year, is now being added to the dataset and will be run on World Community Grid in the coming months.

However, the task of functional mapping and comparison between proteins from all these organisms does not end there. Our team of scientists is, in the meantime, investing more efforts to optimize the algorithms for further analysis and representation of the data generated by World Community Grid volunteers, and preparing for the database systems that will make the results available to the scientific community. Once our data is public, we expect that the scientific community's understanding of the intricate network of life will gain a completely new perspective, and that results will also contribute to the development of many new applications in health, agriculture and life sciences in general.

This project is a cooperation between World Community Grid, the laboratory of Dr. Torsten Thomas and his team from the School of Biotechnology and Biomolecular Sciences & Centre for Marine Bio-Innovation at the University of New South Wales, Sydney, Australia, and our team at the Laboratory for Functional Genomics and Bioinformatics, at the Oswaldo Cruz Foundation – Fiocruz, in Brazil.

[Maurice Goulois]

Trad Google améliorée
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Analyse d'une foule de données sur le monde naturel
Par: Wim Degrave, Ph.D.
Laboratorio de Genòmica Funcional e Bioinformática Instituto Oswaldo Cruz - Fiocruz
14 octobre 2015

Récapitulatif
Le projet Découvrir les mystères du génome (UGM) a déjà amassé des données sur plus de 200 millions de protéines, dans le but de comprendre les caractéristiques communes à la vie partout sur la Terre. Il y a des dizaines de millions de calculs restant à effectuer, mais l'équipe se prépare également pour l'analyse et la publication éventuelle des données.



Depuis près d'un an maintenant, UGM a comparé les séquences de protéines dérivées des génomes de presque tous les organismes vivants analysés à ce jour. Merci à tous les bénévoles qui contribuent du temps d'ordinateur pour la World Community Grid, plus de 34 millions de résultats ont été retournés avec des données sur l'identification fonctionnelle et les similitudes des protéines. Avec nos collaborateurs en Australie, nous avons porté une attention particulière aux micro-organismes de différents écosystèmes, avec un accent particulier sur les organismes marins. Plus de 200 millions de protéines ont été comparées à ce jour, au cours de l'équivalent de 15000 années de calcul. Les données obtenues sont envoyées à nos serveurs informatiques à la Fondation Fiocruz à Rio de Janeiro, au Brésil, et maintenant également à l'Université de Nouvelle-Galles du Sud (Sydney, Australie). Un dernier ensemble d'environ 20 millions de séquences de protéines, déterminé sur la dernière année, est maintenant ajouté à l'ensemble de données et sera traité sur la World Community Grid dans les prochains mois.

Cependant, la tâche de cartographie fonctionnelle et la comparaison entre les protéines de tous ces organismes ne se termine pas là. Notre équipe de scientifiques, dans l'intervalle, investit plus d'efforts pour optimiser les algorithmes pour une analyse plus approfondie et la représentation des données générées par des bénévoles de la World Community Grid, et de préparer les systèmes de bases de données qui mettront les résultats à la disposition de la communauté scientifique. Une fois nos données publiques, nous nous attendons à ce que la compréhension de la communauté scientifique, du réseau complexe de la vie, acquière une perspective complètement nouvelle, et que les résultats contribueront également au développement de nombreuses nouvelles applications dans la santé, l'agriculture et les sciences de la vie en général.

Ce projet est une collaboration entre le World Community Grid, le laboratoire du Dr Torsten Thomas et son équipe de l'École de la biotechnologie et des sciences biomoléculaires et Centre de bio-innovation marine à l'Université de Nouvelle-Galles du Sud (Sydney, Australie), et notre équipe au Laboratoire de génomique fonctionnelle et bio-informatique, à la Fondation Oswaldo Cruz (Fiocruz), au Brésil.

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Merci maugou