[WCG] FightAIDS@Home - Phase 2

[PhilTheNet]

J'ai lancé quelques UT sur le macmini elles ont une durée annoncée de 10-12h ca me semble bien plus long que la version 1 non 

[Maurice Goulois]

Oui, chez moi FAAH c'est entre 3/4h et 2h

[PhilTheNet]

OK merki 

[Maurice Goulois]

De rien les uts FAAH v2 sont donc plutôt du calibre d'UGM

[naz]

1 UT effectuée en 11h34. Qui dit mieux 

[Maurice Goulois]

Mieux 

J'ai pas encore traité de faahv2

J'espère qu'il va me rester assez de v1 pour les 500h, manque 89h 

[[AF] fansyl]

J'ai renvoyé la mienne en 9h. Effectivement c'est nettement plus long que pour la 1ère phase mais il y a des crédits intermédiaires.

Maugou je te conseille de faire du stock car la phase 1 se termine !

C'est considéré comme un nouveau projet et donc nouveaux badges:

               
               

[Prof]

.........
C'est considéré comme un nouveau projet et donc nouveaux badges:

               
               

Sébastien si tu lis ce topic!!!!

Merci d'avance!!

[Sébastien]

Les nouveaux badges sont en ligne depuis mercredi soir 

[[AF] fansyl]

Incroyable ! 

[fzs600]

Incroyable ! 

Hé oui il est comme seb incroyable. 

[Spica]

Maugou je te conseille de faire du stock car la phase 1 se termine !

C'est considéré comme un nouveau projet et donc nouveaux badges:

Oh non... j'étais à presque 4 ans sur FAH... je revais d'arriver au badge 5 ans...

[Maurice Goulois]

 

[mamouth]

Maugou je te conseille de faire du stock car la phase 1 se termine !

C'est considéré comme un nouveau projet et donc nouveaux badges:

Oh non... j'étais à presque 4 ans sur FAH... je revais d'arriver au badge 5 ans...

Tu peux toujours espérer, il est fort probable que du nouveau travail soit ajouté dans l'avenir (pas plus de précision)
le projet va passer dans la catégorie projets intermitent et pas Projets Terminés

[[AF] fansyl]

Possible de créer le topic FAAH-Phase 2 pour discuter des spécificités de ces UTs ?
Merci beaucoup ! 

Un nouvel estimatif des durées restantes est sorti hier: http://s137.photobucket.com/user/Sekerob/media/Daily/WCGYearsPi1Project.png.html
On peux y voir que FAAH n'est pas terminé, que MCM est bien prolongé et que OET est déjà aux 2/3 (resterai que 6 mois !)

[tibidao]

Le lien :

https://secure.worldcommunitygrid.org/research/fahb/overview.do

Post à améliorer, déjà le sujet est créé 

[Maurice Goulois]

Première fois que ça m'arrive, j'ai plusieurs uts validées mais le sous-projet n'apparait pas dans la page Mes contributions 

[MDodier]

Première fois que ça m'arrive, j'ai plusieurs uts validées mais le sous-projet n'apparait pas dans la page Mes contributions 

Maurice, peut être que le commentaire de Sébastien pourrait être utile pour toi!

http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,976.msg428634/topicseen.html#msg428634

[Maurice Goulois]

J'ai vérifié, c'est pas ça c'est au cas où un sous-projet wcg n'apparaitrait pas dans mes stats ici, là c'est chez wcg que le projet n'apparaît pas dans mes contributions. J'ai posté sur leur forum, on va voir si quelqu'un s'intéresse à mon cas

J'ai jamais constaté de délai dans l'apparition d'un projet dans cette page, mais j'ai pas non plus gardé les yeux rivé dessus pour m'en apercevoir, il y a peut-être un délai normal que je n'avais jamais eu à observer.

[MDodier]

bonne chance Maurice

[Maurice Goulois]

bonne chance Maurice

Merci, le forum de wcg c'est un univers en soi une belle meule de foin parfois 

Edit: eu ma réponse, c'est fou ce qu'on peut oublier de détails même sur une activité passionnante quand on s'éloigne quelque temps: mise à jour My Contribution 2 fois par jour, 0h UTC et 12h UTC

[[AF] fansyl]

Je reçois actuellement des UTs en BETA v7.18 pour ce sous-projet.
Durée assez courtes: de 1 à 4h selon la machine.

[naz]

Par contre pas de bêta test pour Android  C'est bien dommage...

[[AF] fansyl]

Des nouvelles du projet (doublon du topic sur la phase 1):

Récapitulatif
Les chercheurs de la phase 2 de FightAIDS@Home prévoient de rédiger un article et de tester de nouveaux composés dans le cadre de la recherche continue de nouveaux et meilleurs traitements.

Contexte

Depuis de nombreuses années, les chercheurs du monde entier font des progrès dans la lutte contre le VIH/sida. Cependant, les complications liées au sida touchent encore beaucoup trop de personnes. L'ONUSIDA estime que 36,7 millions de personnes vivaient avec le VIH en 2016. Et bien que les décès liés au sida aient diminué de façon significative depuis leur sommet de 2005, environ un million de personnes sont mortes de causes liées au sida en 2016. (Voir le site Web de l'ONUSIDA pour plus de statistiques).

Le VIH continue d'être un défi parce qu'il mute rapidement, ce qui rend inefficaces les traitements médicamenteux existants. FightAIDS@Home a rejoint World Community Grid il y a plus d'une décennie avec l'objectif simple mais difficile de trouver de nouveaux traitements pour le VIH. Au cours de la Phase 1 du projet, l'équipe a identifié des milliers de candidats potentiellement prometteurs à confirmer expérimentalement en laboratoire. Cependant, parce qu'il est prohibitif de tester en laboratoire tous les candidats potentiels, la Phase 2 a été créée pour prioriser les composés candidats en les évaluant avec des méthodes plus précises.

Travaux en cours

Notre équipe traite le type actuel d'unités de travail par le biais de World Community Grid le plus rapidement possible. Une fois ces unités de travail terminées, nous prévoyons de rédiger un document sur le processus, y compris ses forces, ses limites et les leçons apprises.
Nous prévoyons également d'utiliser la puissance de calcul de World Community Grid pour analyser de nouveaux composés qui sont importants pour notre travail avec le HIVE Center du Scripps Research Institute. Ce travail commencera une fois que nous aurons lancé un échantillon de ces nouveaux composés sur notre propre réseau de calcul distribué.

Remerciements

Nous apprécions tous ceux qui continuent de donner leur puissance de calcul à la recherche de meilleurs traitements anti-VIH. Nous encourageons également tout le monde à participer à la phase 2 du projet - plus vite nous pourrons examiner les unités de travail actuelles, plus vite nous pourrons aller de l'avant avec de nouveaux composés.

Relecture de la traduction automatique par Modesti, merci 

[franky82]

https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=588

Nouveau type d'unité de travail et nouveaux membres d'équipe pour FightAIDS @ Home - Phase 2
Par: L'équipe de recherche FightAIDS @ Home
28 févr. 2019    

Récapitulatif
FightAIDS @ Home - Phase 2 a lancé un nouveau type d'unité de travail plus efficace. Ils ont également ajouté quatre nouveaux membres à leur équipe de recherche.

Nouvelles unités de travail
Depuis un an et demi, l'équipe de recherche de Temple University travaille en étroite collaboration avec les développeurs de logiciels World Community Grid (en particulier Keith Uplinger et Jonathan Armstrong) pour créer et mettre en œuvre un schéma de simulation imitant de plus près les simulations effectuées en mode non-grille. ressources informatiques. Ce nouveau protocole d'échantillonnage est appelé échange de réplica asynchrone.

Comment fonctionne l'échange de répliques asynchrone : 

- processus précédent : copies multiples d'un complexe protéine-ligand (la structure consistant en un composé candidat médicament arrimé à un récepteur de protéine) ont été envoyés à de nombreux bénévoles et sont simulés sans interaction entre eux. Les informations collectives de toutes ces simulations sont combinées lors de l'analyse, à la toute fin.

- Nouveau processus : L'échange de répliques asynchrone permet de partager et d'échanger dynamiquement les informations des différentes copies après toutes les simulations. Ce processus fournit la physique statistique d'équilibre correcte nécessaire à notre analyse.

L'échange de répliques asynchrone augmente considérablement l'efficacité des calculs. Cela signifie qu'en plus d'être plus précieux en termes d'analyse, le nombre de lots exécutés simultanément peut être augmenté et chaque lot aura des temps de simulation totaux plus courts.

Nous avons d'abord mis au point cette nouvelle technique sur notre propre réseau alimenté par BOINC à Temple University. Au cours des 18 derniers mois, les développeurs de logiciels World Community Grid ont travaillé avec nous pour tester, affiner et maintenant mettre en œuvre la même technique sur la plate-forme World Community Grid. Cet effort est la plus grande simulation de répliques d'échange (de deux ordres de grandeur) jamais réalisée.

Pour plus d'informations sur ce travail, voir ces deux articles:

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23996/abstract

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465515002556



fNouveaux membres de l'équipe
Nous sommes ravis d'accueillir quatre nouveaux membres du groupe Levy en tant que membres de l'équipe de recherche du projet FightAIDS @ Home.


Bin Zhang
Professeur de recherche associé

Bin Zhang est professeur associé de recherche au groupe Ron Levy de la Temple University. Il est titulaire d'un doctorat en physique de l'Université de Pittsburgh. Bin a rejoint le groupe du Dr Levy en 2013. Ses recherches portent sur le développement d'algorithmes avancés d'échantillonnage et de repondération en biophysique et en simulations informatiques.


Di Cui
professeur assistant de recherche

Dr. Di Cui est un chimiste en calcul s'intéressant à la modélisation biomoléculaire. Il est actuellement professeur adjoint de recherche au département de chimie du Centre de biophysique et de biologie computationnelle de la Temple University. Ses recherches ont été axées sur la compréhension des mécanismes et l'estimation de l'affinité de liaison de ligands de petites molécules sur des sites de protéines actives à l'aide de simulations de dynamique moléculaire. Ses travaux actuels portent sur l'application de techniques de modélisation moléculaire pour analyser les affinités de liaison aux protéines cibles, dans le but de concevoir de nouvelles molécules de ligand qui pourraient servir de pistes de départ et de composés optimisés pour la découverte de médicaments.


Avik Biswas
étudiant diplômé

Avik Biswas est actuellement étudiant au doctorat en physique au sein du groupe Ron Levy de la Temple University à Philadelphie. Avant de rejoindre le groupe Levy en 2016, Avik a obtenu son baccalauréat en sciences intégrées intégré à l'Institut indien d'éducation et de recherche scientifiques (Bhopal, Inde). Ses recherches portaient sur l'utilisation de la dynamique moléculaire et des méthodes ab initio (théorie de la densité fonctionnelle) pour comprendre la mécanique. de roulement de graphène. Ses recherches portent actuellement sur l'utilisation de modèles hamiltoniens de Potts sur l'aptitude évolutive des protéines à étudier les relations réciproques entre la séquence, la structure et l'aptitude des protéines, avec un intérêt particulier pour l'évolution de la pharmacorésistance du VIH.


Shima Arasteh
étudiante diplômée

Shima Arasteh est une étudiante au doctorat du groupe de Ron Levy à la Temple University. Elle est titulaire d'un baccalauréat en physique et d'une maîtrise en biophysique de l'Université de Téhéran. Avant de rejoindre le groupe du Dr Levy en 2015, ses recherches ont porté sur les fonctions et la stabilité des canaux ioniques membranaires. Actuellement, elle étudie les transitions conformationnelles des protéines kinases et développe des algorithmes avancés pour mesurer les changements d'énergie libre de ces transitions.



Merci à tous ceux qui soutiennent FightAIDS @ Home. Nous ne pourrions pas le faire sans votre puissance de calcul.