Outsmart Ebola Together

[ousermaatre]

Finding new avenues to attack Ebola



Récapitulatif
Efforts to simulate matches between candidate compounds and one key Ebola virus protein are largely complete. Simulations of matches against another, newly discovered target protein are beginning now. Even as simulation work continues, the team is beginning to analyze these results and home in on compounds that could form the basis for effective new drugs against Ebola and other related diseases. Thanks to your help, and a new grant, the work is proceeding well.



Two Protein Data Bank structures for the ribonuclease H domain of HIV reverse transcriptase. We used structural and experimental data for this domain to optimize our analysis protocols for the Lassa NP exonuclease site.

Thanks to the efforts of thousands of World Community Grid members, my team has continued to make progress on Outsmart Ebola Together, a project whose goal is to find new drugs for curing Ebola and related life-threatening viral hemorrhagic fevers.

Outsmart Ebola Together began with a study of potential drug attacks against the receptor-binding site of the Ebola surface glycoprotein (GP). We then announced the start of work on a second drug target: the nucleoprotein (NP) of Lassa Fever virus. Specifically, we are looking for drugs that attack the newly discovered "exonuclease site" of Lassa NP. This exonuclease site helps conceal the virus's presence from the infected human cell by destroying the virus's own excess production of double-stranded RNA.

We have since prepared research tasks for testing the Lassa NP exonuclease site against millions of potential drugs. These tasks are now ready for use, and will be sent out to World Community Grid volunteers over the coming months.

Our lab has also been investigating the Ebola NP and VP35 proteins. NP and VP35 must engage in a series of specific interactions with each other as Ebola virus replicates. These newly discovered interactions could potentially be disrupted by new drugs, making NP and VP35 possible future targets for investigation by Outsmart Ebola Together.

At this stage in the project, we've gathered enough data that we need to begin focusing on analysis procedures for the data already returned by World Community Grid volunteers. We must analyze the data for both the Ebola GP receptor-binding site and the Lassa NP exonuclease site; and our analysis procedures must be sufficient to filter out false positives from the large quantity of results returned.

For each viral protein site that we test against potential drugs, we assure the validity of our analysis as follows: We select a substantially analogous site (generally from a different virus) for which there exists experimental data about potential drugs that bind or do not bind to the site. We then tune our analysis protocols so that, when applied to this site, our analysis results closely match the known experimental results. Only when this is done do we feel that we can confidently apply the same analysis protocols to the site of current interest.

In particular, this summer we looked closely at analysis optimization for the Lassa NP exonuclease site. As the analogous well-studied site, we chose the "ribonuclease H domain" of HIV reverse transcriptase, which has strong similarities to the Lassa NP exonuclease site in its protein structure and use of catalytic metal ions. The optimization of our analysis protocols against experimental data for the HIV ribonuclease H domain is now complete, and we are looking forward to the arrival of the Lassa NP exonuclease data as it is processed by World Community Grid volunteers. Candidate drugs that pass the analysis stage will go on to a next round of experiments, conducted in the lab rather than by computer simulation.

We are also happy to announce that a $50,000 grant to support this work has been provided by the Robert Wood Johnson Foundation President's Grant Fund of the Princeton Area Community Foundation. With this grant and the vast computing resources of World Community Grid, our way to the successful completion of the project is clear.

As always, we close with a thank-you to the volunteers who have run this work for us. As you can see, we've already made significant progress but there is much work still to do. Make sure you're signed up to contribute to this project, and spread the word about our lifesaving work!

source: http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=448

[Antares]

Ah! On voie que nous sommes utiles.


A mettre sur le portail...

[Maurice Goulois]

G.T.A
c'est pas sûr que beaucoup apprécient tous les détails, mais voilà (ardu à traduire, google peine beaucoup, à relire donc )
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Trouver de nouvelles voies pour attaquer le virus Ebola



Récapitulatif
Les efforts visant à simuler les correspondances entre les composés candidats et une protéine clé du virus Ebola sont en grande partie achevés. Les simulations de correspondance avec une autre protéine cible, nouvellement découverte, commencent maintenant. Alors que le travail de simulation continue, l'équipe est en train d'analyser ces résultats et se concentrent sur des composés qui pourraient constituer la base de nouveaux médicaments efficaces contre le virus Ebola et d'autres maladies connexes. Grâce à votre aide, et une nouvelle subvention, le travail se déroule bien.


Deux structures de banques de données de protéines pour le domaine de la ribonucléase H de la transcriptase inverse du VIH. Nous avons utilisé des données structurelles et expérimentales pour ce domaine afin d'optimiser nos protocoles d'analyse pour le site d'exonucléase Lassa NP.

Merci pour les efforts de milliers de membres du World Community Grid, mon équipe a continué à faire des progrès sur Outsmart Ebola Together, un projet dont l'objectif est de trouver de nouveaux médicaments pour guérir le virus Ebola et les fièvres virales hémorragiques mortelles connexes.

OET a commencé par une étude des attaques potentielles de médicaments contre le site de liaison aux récepteurs de la glycoprotéine de surface Ebola (GP). Nous avons ensuite annoncé le début des travaux sur une deuxième cible de la drogue: la nucléoprotéine (NP) du virus de la fièvre de Lassa. Plus précisément, nous recherchons les médicaments qui attaquent le site exonucléase de Lassa NP nouvellement découvert. Ce site exonucléase aide à dissimuler la présence du virus, à la cellule humaine infectée, en détruisant la production excédentaire de l'ARN double brin propre au virus.

Nous avons depuis préparé des tâches de recherche pour tester le site exonucléase Lassa NP contre des millions de médicaments potentiels. Ces tâches sont maintenant prêtes à l'emploi, et seront envoyées aux bénévoles de World Community Grid au cours des prochains mois.

Notre laboratoire a également étudié les protéines Eobla NP et VP35. NP et VP35 doivent se livrer à une série d'interactions spécifiques l'une avec l'autre lors de la réplication du virus Ebola. Ces interactions nouvellement découvertes pourraient être perturbées par de nouveaux médicaments, ce qui rend NP et VP35, un objectif d'étude futur possible pour OET.

A ce stade du projet, nous avons rassemblé suffisamment de données que nous devions commencer à nous concentrer sur les procédures d'analyse pour les données déjà retournées par des bénévoles du World Community Grid. Nous devons analyser les données à la fois pour le site de liaison au récepteur Ebola GP et le site exonucléase Lassa NP; et nos procédures d'analyse doivent être suffisantes pour filtrer les faux positifs de la grande quantité de résultats retournés.

Pour chaque site de protéine virale que nous testons contre des médicaments potentiels, nous assurons la validité de notre analyse comme suit: Nous sélectionnons un site sensiblement analogue (généralement à partir d'un virus différent) pour lequel il existe des données expérimentales sur les médicaments potentiels qui se lient ou ne se lient pas sur le site. Puis nous affinons nos protocoles d'analyses de sorte que, lorsqu'ils sont appliqués à ce site, nos résultats d'analyses correspondent étroitement aux résultats expérimentaux connus. Seulement quand cela est fait, nous sentons que nous pouvons en toute confiance appliquer les mêmes protocoles d'analyses pour le site actuel.

En particulier, cet été, nous avons examiné de près l'optimisation d'analyse pour le site exonucléase Lassa NP. Comme le site analogue bien étudié, nous avons choisi le domaine ribonucléase H de la transcriptase inverse du VIH, qui a de fortes similitudes avec le site exonucléase Lassa NP dans sa structure de la protéine et l'utilisation d'ions métalliques catalytiques. L'optimisation de nos protocoles d'analyse de données expérimentales, pour le domaine ribonucléase H du VIH, est maintenant terminée, et nous sommes impatients de l'arrivée des données sur exonucléase Lassa NP comme elle est traitée par des bénévoles de World Community Grid. Les médicaments candidats qui passent l'étape de l'analyse serviront à une prochaine série d'expériences, menées dans le laboratoire plutôt que par simulation sur ordinateur.

Nous sommes également heureux d'annoncer qu'une subvention de 50000 $ pour soutenir ce travail a été fournie par "Robert Wood Johnson Foundation President's Grant Fund of the Princeton Area Community Foundation". Grâce à cette subvention et les vastes ressources informatiques de World Community Grid, notre chemin vers la réussite du projet est clair.

Comme toujours, nous terminons avec un mot de remerciement aux bénévoles qui ont effectué ce travail pour nous. Comme vous pouvez le voir, nous avons déjà fait des progrès considérables, mais il y a encore beaucoup de travail à faire. Assurez-vous que vous êtes connecté pour contribuer à ce projet, et de passer le mot sur notre travail pour sauver des vies!

source: http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=448

[ousermaatre]

je fais moins bien que google trad, donc, j'abandonne. 

merci maugou, en relecture, hop

[[AF>Libristes>Jip] Elgrande71]

Il y a deux trois tournures de phrases qui me tracassent mais je ne vois pas trop comment arranger ça :

nous avons rassemblé suffisamment de données que nous devions commencer à nous concentrer sur les procédures d'analyse pour les données déjà retournées

L'optimisation de nos protocoles d'analyse de données expérimentales, pour le domaine ribonucléase H du VIH, est maintenant terminée, et nous sommes impatients de l'arrivée des données sur exonucléase Lassa NP comme elle est traitée par des bénévoles de World Community Grid

[ousermaatre]

nous avons rassemblé suffisamment de données nous permettant de commencer à nous concentrer sur les procédures d'analyse pour les données déjà retournées

L'optimisation de nos protocoles d'analyse de données expérimentales, pour le domaine ribonucléase H du VIH, est maintenant terminée, et nous sommes impatients de l'arrivée des données sur exonucléase Lassa NP qui sont traitées par les bénévoles de World Community Grid

merci Elgrande, je n'avais pas bien lu ces phrases.

[Maurice Goulois]

Merci pour le coup d'œil, l'anglais d'origine n'est pas toujours très bon, un peu tortueux par moments, mais on comprend que c'est un domaine complexe qui demande un effort supplémentaire pour vulgariser.

[[AF>Libristes>Jip] Elgrande71]

Merci ousermaatre et maugou pour votre boulot .
Je pense que c'est bon pour la publication . 

[ousermaatre]

c'était déjà publié  mais corrigé suite à ton intervention.