Sujet: DENIS@Home

[fzs600]

                                                                                                                       




Infos utiles.
Projet affilier a l'université san josé : http://www.usj.es/
Code source du projet : https://github.com/DENISproject

Optimisation disponible.
A telecharger ici : http://optos.sesef.pl/denis

Statut : actif
URL du projet : http://denis.usj.es/denisathome/
Applications disponibles : http://denis.usj.es/denisathome/apps.php
État du serveur : http://denis.usj.es/denisathome/server_status.php
L'alliance francophone : http://denis.usj.es/denisathome/team_display.php?teamid=24
Temps de calcul et points de sauvegarde : http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=DENIS%40home
Classement mondial de L'af : http://boincstats.com/fr/stats/160/team/list/
Article sur le site de L'af : pas d'article


Résumé.

Notre rôle dans la recherche en physiologie cardiaque est de produire des informations à l'aide de modèles virtuels de cellules cardiaques.

Cette simulation sera utilisée par le chercheur avec des biomarqueurs.
Notre travail consiste à créer un outil scientifique qui génère une simulation valide des cellules.
Pour l'instant, nous utilisons un seul modèle, mais à l'avenir, nous allons générer  divers modèles de simulations cellulaires et le chercheur sera, ainsi, en mesure de produire des simulations pour faciliter ses recherches.
Traduction  ousermaatre.




Mis a jour par fzs600 le 26 mars 2022.

[naz]

Projet très intéressant.  Les recherches sur le coeur, après les bons résultats d'implantation de coeur artificiel, pourrait devenir un de mes projets phare

[fzs600]

9 Apr 2015, 8:00:00 UTC    9 Apr 2015, 8:19:55 UTC    Terminé, en attente de validation    1,071.41    1,028.86    en attente    Carro-Rodriguez-Laguna-Pueyo Epicardial Model (Carro et al. 2011) for human ventricular cells v1.00
9 Apr 2015, 8:00:00 UTC    9 Apr 2015, 8:20:07 UTC    Terminé, en attente de validation    1,078.96    1,040.20    en attente    Carro-Rodriguez-Laguna-Pueyo Epicardial Model (Carro et al. 2011) for human ventricular cells v1.00
9 Apr 2015, 8:00:00 UTC    9 Apr 2015, 8:19:55 UTC    Terminé, en attente de validation    1,070.40    1,034.66    en attente    Carro-Rodriguez-Laguna-Pueyo Epicardial Model (Carro et al. 2011) for human ventricular cells v1.00

[naz]

L'AF n'est pas encore rattaché au projet?

[JeromeC]

Ah tiens c'est curieux ça ? le projet est signalé à 7h38 mais à 11h28 le même jour, l'équipe n'est toujours pas créée ?! comment est-ce possible ????   

 

[fzs600]

L'AF n'est pas encore rattaché au projet?

C'est fait.

Merci a Damien pour sa promptitude. 

[naz]

L'AF n'est pas encore rattaché au projet?

C'est fait.

Merci a Damien pour sa promptitude. 

Merci! c'est bon je suis rattaché 

[MDodier]

J'ai joint le projet et me suis rattaché à l'équipe.

Merci de l'info

[JeromeC]

Tu vois naz, il fallait attendre jusqu'à 11h57.

Il faut être patient dans la vie.



(ils sont fous à l'AF, ils sont fous !)
(je parle de Damien bien entendu )

[modesti]

Dommage que la page Wikipédia n'existe pas (encore?) en français.

[MDodier]

Quelqu'un à reçu des unités à calculer ?

 

J'ai obtenu 59 unités qui roule sur un coeur... (à peine subtile!) 2 mintues 37 secondes par unité en moyenne pour le traitement. 

14 unités retournés et en "Pending".

et voilà le deuxième café!
 

[bernardP]

Il y a un affichage graphique ?

Non, pas chez moi.

[JeromeC]

Et ça fait autre chose que "hello world" en 2mn 37s ?

[Jaehaerys Targaryen]

Merci

Peut être à mettre en Bio ?

[MDodier]

sur 18 unités remises, 12 en "pending" et 6 ont crédités 8 points pour le moment.

c'est bien la recherche sur l'électrophysiologie cardiaque.

[bernardP]

Curieux, les crédits

26664    9841    178    9 Apr 2015, 15:06:38 UTC    9 Apr 2015, 16:04:31 UTC    Terminé et validé    831.36    809.41    5.08    
26677    9848    178    9 Apr 2015, 15:06:38 UTC    9 Apr 2015, 16:04:31 UTC    Terminé et validé    824.03    812.00    11.27    
26704    9861    178    9 Apr 2015, 15:06:38 UTC    9 Apr 2015, 16:18:15 UTC    Terminé et validé    822.65    808.67    8.76    

[fzs600]

Dommage que la page Wikipédia n'existe pas (encore?) en français.

Moi j'ai ça : https://fr.wikipedia.org/wiki/Exploration_%C3%A9lectrophysiologique

[modesti]

Merci fzs

[JeromeC]

Trouvé sur la partie "science du forum" :

Hello,

Our part in electro physiology research is to generate the information using virtual models of cardiac cells.

This simulations are used by the scientist to search biomarkers, but that part is out of the scope of this project. Our work is to create a tool for scientist to generate valid simulation of cells. Now, we are using just one model, but in the future we will generate simulation of various cell models and scientist will be able to generate simulations to aid their research.

Hi Michael,
Thank you for your interest. You are right, the description of the project is a bit poor yet. We have to improve it.

Yes, we have some publications that can explain why we have created a distributed computing project a how it can help us and other resarchers.

The first one is "A Human Ventricular Cell Model for Investigation of Cardiac Arrhythmias under Hyperkalaemic Conditions". J. Carro, J. F. Rodríguez, P. Laguna, E. Pueyo. Phil Trans A, n. 639, pp. 4205 - 4232 (Nov, 2011). doi:10.1098/rsta.2011.0127 http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/369/1954/4205.short

In this first publication we proposed a modification of the Grandi et al (2010) mathematical model of the human ventricular action potential. Models of action potentials have been largely used to study the behavior of the heart in normal or pathological conditions. One of the problems to develop these models is that is very difficult to validate the model against all the known situations showed in the experiments. This is the reason of this modification. We found some situations where the model was no physiological and we proposed some modifications to solve it.

Other problem is that sometimes we need to asume that the variables are independents. As we show in the following paper, this assumtion could be a problem: "In Silico Simulations of Experimental Protocols for Cardiac Modeling". J. Carro, J. F. Rodríguez, E. Pueyo. XXXVI Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, Chicago (USA), pp. 5695 - 5698 (Aug, 2014). http://emb.citengine.com/event/embc-2014/paper-details?pdID=2009

Both problems together makes very difficult to modify a model, because in the moment you change something, many other things will change.

Actually, we are writing a paper to publish the last results of our lab. We have used an optimization algorithm based on response surface aproximations to calculate the value of parameters of the model that can't be measured directly. We simulate the cell under different protocols of stimulation and with different combination of the parameters to look for the combination that better represent the experiments. Now, we are able to modify several parameters at the same time, not one at a time as in the first paper.

We are developing a new version of the model and we want to increase the number of parameters we can modify and the number of protocols we can test, but for this we need to make a lot of simulations.

We have started the project with this idea but, as Joel has said, we want to help other resarchers of our field. Many of them need to simulate a lot of variation of the same model to study different problems (to study the effect of some pathologies in the cell, the effect of drugs, etc.). For this reason, we are using standars to permit to add many other models and to simulate many different situations.

I hope these explanations have helped you understand our problem. If not, ask, we will gladly give you more information.

Sincerely,
Jesús

[Killer Whale]

Ils n'ont pas les serveurs les plus rapides de l'ouest:

Fichier : CRLP2011EPI_100_windows_x86_64.exe
Taille : 2.38 MB
Avancement : 82.19 %
Temps écoulé : 45 min.

Mais ca avance 

Edit : ou pas...

09/04/2015 20:27:16 | DENIS@home | Started download of CRLP2011EPI_100_windows_x86_64.exe
09/04/2015 20:27:18 |  | Project communication failed: attempting access to reference site
09/04/2015 20:27:19 |  | Internet access OK - project servers may be temporarily down.

Status server : Download server : ok, Upload server : ok.

rebelotte avec la foction "recommencer le projet". ca télécharge les UT, mais le programme a du mal à passer. bloqué à 16% après 4 min

Edit 2 : à force de cliquer sur recommencer, j'y suis arrivé. Saturation du serveur ?

[modesti]

Faut pas désespérer mais laisser courir. Je me souviens que l'exe de Comet Trails (Constellation) pour Windows en 64b avait mis dans les 60h (ou plus) à se télécharger sur l'i7, alors que la version 32b est passée comme une lettre à la poste sur l'AMD 64 3000+

[Killer Whale]

C'est un jeune projet. On ne peut pas leur en vouloir d'avoir les serveurs qu'il peuvent avec les moyens qu'ils ont.

Montrons notre engouement pour le projet et les hébergeurs seront enclins à les aider eux aussi.

Edit : pour ne pas re-poster derrière moi.

ils ont vraiment des problèmes de serveurs :

Erreur en cours de téléchargement (sens download)

[MDodier]

Est-ce que votre production sur Denis apparait sur vos stats?

[erik]

Est-ce que votre production sur Denis apparait sur vos stats?

Elles sont apparues sur mon compte WUprop. Le reste devrait suivre. 

[MDodier]

merci