Auteur Sujet: [WCG] Uncovering Genome Mysteries  (Lu 7759 fois)

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[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #25 le: 06 novembre 2014 à 16:04 »
Pour les chasseurs de badges, le délai estimé de calculs restants est inférieur à l'année (346 jours).
Bon chasse à tous !
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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #26 le: 07 novembre 2014 à 13:12 »
C'est même descendu à 264 jours mais ça se calmera peut-être une fois les chasseurs de badges rassasié.  :)

mamouth

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #27 le: 07 novembre 2014 à 13:13 »
En plus on voit sur le graphique que le projet est en priorité faible au niveau de la distribution des UT
Si il passe en priorité normale ça va encore grandement diminuer sa durée

[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #28 le: 15 décembre 2014 à 09:42 »
J'ai lancé ce projet sur un Xeon avec HT on et j'ai des UTs qui sont à + de 10h de calcul alors que sur un i5 équivalent, je tourne à 2-3h maximum.
Quelqu'un à un comportement similaire sur des CPU Hyperthreadés ?
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Meteore31

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #29 le: 15 décembre 2014 à 10:38 »
moi environ 3 heures par unité sur mon i7 hypertreadé

Config : Proc i7 2700k @3,6Ghz avec Noctua NH-U12P SE2 - CV Asus Ati 6870 - CM Asus P8P67 Pro - 16Go Ram GSkill DDR3 @1600Mhz - Alim Antec 900W - Grande tour CoolerMaster Stacker STC-T01
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foo_fight

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Re : Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #30 le: 15 décembre 2014 à 13:36 »
J'ai lancé ce projet sur un Xeon avec HT on et j'ai des UTs qui sont à + de 10h de calcul alors que sur un i5 équivalent, je tourne à 2-3h maximum.
Quelqu'un à un comportement similaire sur des CPU Hyperthreadés ?
Ca fait quelques temps que j'ai décoché ce projet (en attendant d'obtenir des badges ailleurs) mais de mémoire ce n'était pas si long.

Je vais en reprendre quelques une ce soir et je te dirai.

Quelle fréquence et quelle architecture ton Xeon?

Philippe06121966

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #31 le: 15 décembre 2014 à 13:40 »
http://ark.intel.com/fr/products/52275/Intel-Xeon-Processor-E3-1260L-8M-Cache-2_40-GHz

Ca ne devrait pas être si long.

Annule les tâches en cours si la progression est bloquée.

[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #32 le: 15 décembre 2014 à 14:17 »
Celui de ma signature, il tourne pas très vite (2.5Ghz).
J'ai résolu le problème en ne laissant que 2-3 UT UGM, qui se sont terminées rapidement du coup.
J'avais déjà remarqué que l'HT d'un i3 semblait patiner sur certaines tâches CPDN.... bref  :??:
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foo_fight

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #33 le: 15 décembre 2014 à 22:41 »
Moi j'ai un 4930k @ 4GHz qui devrait mettre 2H40mins et un E5 2620v2 @2,1 GHz qui devrait mettre 6H44 mins 5H30 environ.

« Modifié: 16 décembre 2014 à 06:13 par foo_fight »

[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #34 le: 15 octobre 2015 à 12:40 »
Ce projet est passé en intermittent mais j'ai une machine qui vient de récupérer 2 Beta UGM 7.28, peut être le signe d'un retour du travail.

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Bill-af

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Re : Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #35 le: 15 octobre 2015 à 14:08 »
Ce projet est passé en intermittent mais j'ai une machine qui vient de récupérer 2 Beta UGM 7.28, peut être le signe d'un retour du travail.

 :hello:

J'allais justement dire la même chose !

mamouth

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #36 le: 16 octobre 2015 à 09:08 »
Voilà + de détails

une mise à jour des scientifiques du 14 octobre
http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=451

et le thread ou l'on parle du re démarrage imminent du projet
https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,38406_offset,0#505120

ousermaatre

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #37 le: 16 octobre 2015 à 09:31 »

[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #38 le: 21 octobre 2015 à 09:08 »
J'ai récupéré 22 UTs cette nuit sur mon parc, le projet semble de retour !
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Maurice Goulois

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #39 le: 21 octobre 2015 à 11:35 »
Avancement du projet 5%, au boulot :)

[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #40 le: 25 janvier 2016 à 08:40 »
L'estimation de fin de projet est dans environ 140 jours.
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[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #41 le: 16 avril 2016 à 12:34 »
Des nouvelles du projet, et en français grâce à nos traducteurs AFiens ! :jap:

Citer
La découverte des mystères du Génome (UGM) espère faire la lumière sur le virus Zika et d'autres virus



Par : Wim Degrave, doctorant
Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática Instituto Oswaldo Cruz - Fiocruz

12 avril 2016

Récapitulatif

La découverte des mystères du génome (UGM) analyse des séquences de protéines du Zika et des virus liés pour aider les scientifiques à mieux les comprendre.
Le Dr. Wim Degrave, qui est profondément impliqué dans la réponse du Brésil à la crise Zika, nous a donné des informations afin d'expliquer comment ces analyses entrent dans le travail de fond d'UGM et comment le projet pourrait aider des scientifiques à développer de nouveaux outils afin de diagnostiquer et de traiter des maladies virales semblables au Zika.

Contexte

UGM examine près de 200 millions de séquences protéiniques à partir d'une large variété de formes de vie afin de mieux comprendre comment leurs capacités naturelles peuvent aider à résoudre des défis médicaux ou environnementaux. Cet énorme groupe de protéines inclut des séquençages de génomes d'arbovirus, qui sont des virus transportés par les insectes tels les tiques et les moustiques, de même que des protéines de moustiques eux-mêmes. Les arbovirus incluent certaines des maladies les plus graves au Monde, comme le Virus du Nil Occidental et la dengue, et beaucoup constituent des menaces croissantes pour la santé des gens autour du globe.
Le virus Zika est un arbovirus, ou une maladie transmise par les moustiques, qui a été déclarée cas d'urgence de santé mondial par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) en raison de la diffusion récente du virus. On pense qu'il est semblable à la dengue, la fièvre jaune, l'encéphalite japonaise et le virus du Nil Occidental. (Ces maladies appartiennent toutes à un sous-groupe de virus connus comme flavivirus.) Il y a un lien presque certain entre le virus Zika et les femmes qui accouchent de nouveaux-nés atteints de microcéphalie et/ou de plusieurs syndromes neurologiques congénitaux . Il y a probablement aussi un lien entre Zika et des pathologies neurologiques chez des adultes infectés, comme le syndrome de Guillain-Barré. Mais aujourd'hui, on ne connaît pas grand-chose d'autre du Zika ou de sa structure moléculaire.

Analyse des génomes liés à Zika

UGM analyse le génome du virus Zika lui-même et les génomes des moustiques qui propagent la maladie. En soutenant notre projet, vous pouvez aider des scientifiques à comprendre mieux la structure moléculaire du virus, qui est essentielle pour concevoir des médicaments afin de le traiter.
Quand nous avons lancé UGM, il y a seulement 18 mois, le virus Zika était inconnu de la plupart du monde. Pourtant, dans le cadre de notre étude d'arbovirus, nous y avions déjà inclus le génome du virus Zika et en réponse aux récents besoins urgents de santé, nous avons ajouté des unités de travail supplémentaires qui incluent aussi Zika et des génomes viraux liés, dont la plupart sont devenus disponibles durant les derniers mois. De plus, un petit ensemble d'unités de travail, contenant les séquences protéiniques pour les moustiques qui propagent Zika et les maladies liées, a été ajouté au projet UGM. Spécifiquement, nous voulons étudier les variantes naturelles des moustiques, pour en apprendre plus sur leur capacité à transmettre des virus différents aux humains et comment ils s'adaptent aux environnements différents ou développent leur résistance aux insecticides et trouver les faiblesses qui peuvent mener à de nouvelles façons de contrôler la diffusion de moustiques dans des environnements urbains et ruraux. Nous espérons que les unités de travail supplémentaires pourront aider à la recherche de nouveaux insecticides biologiques, afin de se battre contre les insectes qui hébergent et propagent ces maladies.

Autre travail sur le Zika

Le Brésil a identifié ses premiers cas de Zika en 2015 et les autorités ont rapidement classé la maladie comme une épidémie. Notre groupe de recherche, ici, à Fiocruz, est impliqué dans plusieurs efforts de recherche sur le Zika dans le cadre de la réponse du Brésil à cette crise. Par exemple, c'est très important pour les scientifiques de comprendre les différences entre les souches du Zika qui sont apparues dans les parties diverses du globe, comment ceci peut avoir un impact sur des modèles de transmission, comment le virus s'étend et comment il affecte les humains. Les données de nos analyses sur WCG peuvent aider à éclairer ces différences; actuellement, il y a 38 séquences complètes de variantes du Zika dans l'ensemble des données WCG et nous nous attendons à en ajouter plus dans les prochains mois. Comprendre les génomes qui sont les composants de notre monde et de ses habitants nous permet de trouver de meilleures façons de diagnostiquer, traiter et finalement éradiquer des virus comme Zika.

Nous remercions tous les volontaires du WCG pour leur participation à ce projet et continuerons à fournir des nouvelles au fur et à mesure que les informations seront disponibles.

(Note du rédacteur: WCG cherche activement des scientifiques pour conduire la recherche sur le virus de Zika et qui pourraient utiliser nos capacités de calcul. Veuillez lire cet article récent pour des informations complémentaires.)

Bonne continuation à tous !
 :hello:
« Modifié: 16 avril 2016 à 12:36 par [AF] fansyl »
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[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #42 le: 21 octobre 2016 à 09:05 »
Il reste une grosse dizaine de jours avant que le projet se termine, avis aux chasseurs de badges !
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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #43 le: 22 octobre 2016 à 22:22 »

[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #44 le: 22 octobre 2016 à 22:30 »
J'ai déjà mon badge 20 ans !  :D
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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #45 le: 29 octobre 2016 à 09:10 »
Nous sommes dans les dernières heures du projet:
Citer
Greetings all,
It looks like we have about 36 hours worth of work still waiting to be sent to members. After these are sent out, it will just be resends.
Thanks,
-Uplinger

+ d'infos sur ce thread: https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewpostinthread?post=533692
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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #46 le: 05 novembre 2016 à 10:06 »
Le projet est terminé, il ne peut y avoir que quelques UT en "re-send"  :kookoo:
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Re : Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #47 le: 05 novembre 2016 à 11:10 »
Le projet est terminé, il ne peut y avoir que quelques UT en "re-send"  :kookoo:
Juste a temps pour le badge des 90 jours  merci d'avoir prévenu.  :jap:  :kookoo:

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #48 le: 12 novembre 2016 à 12:19 »
Tant pis, je reste au silver avec 60j, c'est déjà ça :)
Sous Linux ? => ⚡ Script pour suspendre / reprendre les UT | 【Que faire avant un RAID/Pentathlon ? Passer l'aspirateur dans ses machines !

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[AF] fansyl

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Re : [WCG] Uncovering Genome Mysteries
« Réponse #49 le: 28 janvier 2017 à 11:08 »
Un article concernant la fin du projet:

Citer
Par: Wim Degrave, Ph.D.
Laboratoire de Génomique fonctionnelle et bio-informatique - Institut Oswaldo Cruz - Fiocruz
15 déc. 2016

Récapitulatif
Le rôle du World Community Grid dans le projet Uncovering Mysteries Genome a pris fin, mais le travail de l'équipe de recherche continue d'analyser les résultats des calculs et se prépare à appliquer les données au médical, à l'agriculture ou à d'autres application réelles.

Un plongeur recueille des échantillons du fond marin (seawood?) au large des côtes de l'Australie. UGM a analysé des séquences de protéines à partir d'une grande variété de formes de vie dans de nombreux milieux tels que l'océan.

Historique

Le projet UGM a commencé sur le World Community Grid en Novembre 2014, avec le but d'analyser les séquences de protéines pour aider à comprendre comment fonctionnent les organismes et interagissent les uns les autres et l'environnement. Le projet a commencé avec 120 millions de séquences de protéines issues de près de 150.000 organismes. Ces séquences de protéines et ces organismes représentent une grande variété de formes de vie connues ou inconnues dans notre biosphère. Ils sont extraits d'organismes dans des échantillons prélevés dans une large gamme d'environnements, aquatiques et terrestres, ainsi que sur et à l'intérieur des plantes et des animaux. En outre, 70 millions de séquences, dérivées de l'analyse prospective de l'information génétique des écosystèmes microbiens marins de l'Australie ont été ajoutés, avec l'objectif d'ajouter à l'identification des fonctionnalités possibles de ces séquences. En Juillet 2015, nous avons ajouté un nouveau lot de 20 millions de séquences de protéines.

Merci aux contributions enthousiastes de plus de 76.000 bénévoles du World Community Grid, toutes ces séquences de protéines ont été analysées en 24 mois environ.

UGM a été un projet difficile et ambitieux. L'analyse de toutes les enzymes prévues et d'autres protéines codées dans les informations génétiques connues jusqu'à présent dans tous les organismes et les formes de vie de notre biosphère est une tâche importante. En raison du développement des nouvelles technologies de séquençage pour la détermination rapide et peu couteuse du code génétique, des informations basiques supplémentaires seront disponibles à un rythme accéléré, ce qui rendra de plus en plus difficile d'effectuer une telle analyse comparative complète dans l'avenir.

Notre tâche ardue d'effectuer près de 100 quadrillions comparaisons est maintenant terminée. Les données résultantes font plus de 30 To d'informations compressées (plus de 150 To non compressées), même si chaque comparaison n'a abouti qu'à une seule ligne de nombres pour les probabilités les plus hautes entre les séquences de protéines.

État des lieux et perspectives

Alors, quelle est la prochaine étape ? L'équipe de recherche au Fiocruz a passé la dernière année à concevoir et tester de nouveaux algorithmes pour transformer la sortie des comparaisons avec des distances entre les génomes des organismes analysés. La littérature scientifique cite de nombreuses façons de le faire, en fonction du but de l'analyse et les points de vue sur la biologie évolutive.

Les résultats de UGM peuvent être résumés comme suit:

1. Des informations plus complètes et précises sont maintenant disponible sur la structure et la fonction des protéines codées par les organismes dans notre biosphère. De plus en plus de protéines sont étudiées et expérimentées chaque jour dans des milliers de laboratoires dans le monde, et en utilisant les résultats de la comparaison effectuée par le projet, des parallèles fonctionnels peuvent être tirées pour les protéines qui montrent une similarité structurelle entre les organismes. Ceci est particulièrement utile lorsque les fragments de protéines prédites sont comparées à des organismes non caractérisés, par exemple dans les études environnementales et écologiques, tels que celles publiées par le laboratoire du co-investigateur Dr Torsten Thomas, et son équipe du Centre de Bio-Innovation Marine  & l'Ecole des Sciences Biologiques, de la Terre et des Sciences de l'Environnement à l'Université de New South Wales, Sydney, Australie. La base de données résultante avec ces annotations fonctionnelles sera rendu publique à la prochaine version de notre base de données de comparaison de protéines, ProteinWorldDB, dans les prochains mois.

2. Par comparaison, de nouvelles fonctions des protéines sont découvertes et peuvent  avoir des applications médicales, agricoles, technologiques ou industrielles. Ceux-ci peuvent être de nouveaux produits biopharmaceutiques, bioinsecticides, de la biodégradation de déchets, ou des enzymes pour la production de produits chimiques, mais surtout lorsqu'ils font partie de nouvelles voies biochimiques dans les cellules, cela aide les laboratoires à développer une nouvelle chimie verte, ou la production d'énergie, ou la biosynthèse ou la transformation des nouveaux médicaments . Cela ajoute également à la connaissance croissante de la biotechnologie et de la biologie synthétique.

3. Le groupe de la Fiocruz a développé de nouvelles façons de comparer les génomes de différents organismes. Traditionnellement, ces analyses considèrent ce qui est conservé entre les génomes, ce qui entraîne des calculs de distance qui sont utilisés pour les études phylogénétiques et l'estimation des relations évolutives entre les organismes. Cependant, nous pensons que ce n'est qu'une partie de l'image, et l'équipe Fiocruz a conçu un nouvel algorithme qui prend également en compte les différences. Ceci a été couplé à une nouvelle méthode de visualisation pour de telles comparaisons, résultant en une manière nettement plus rapide d'ajouter de nouvelles données à l'image. Nous espérons que cette méthode nous permettra de suivre les données des nouveaux organismes qui sont disponibles, en ajoutant des résultats à la base de données croissante de ProteinWorld DB.

Merci à tous les bénévoles de World Community Grid qui ont soutenu ce projet et nous prévoyons de rester en contact avec d'autres news au sujet de nos recherches en cours.

Il reste certains termes techniques non traduits...  :/
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