TN-Grid Test Platform

[toTOW]

Pour moi ça s'est décoincé tout seul et tout a été renvoyé en début de semaine dernière

[JeromeC]

Problème de Mac a priori, j'en avais parlé sur le topic NFS et aussi sur le forum NSF sans succès...

Le problème est exactement le même sur TN-Grid.

Un gars sur le fofo de TN-Grid m'a suggéré de faire un simple reset... et ça a marché

Et pareil sur NFS !

Ça tient à peu de choses des fois

[JeromeC]

Bien que notre travail se concentre actuellement sur le génome de l'Homo sapiens, nous avons également mené récemment des expériences d'expansion génétique sur l'organisme Vitis vinifera. Nous sommes toujours en train d'évaluer ces résultats, en collaboration avec la Fondation Edmund Mach et l'Universitat de València (Espagne), en impliquant également quelques étudiants.

Nous avons le plaisir de vous informer que notre article "Vitis OneGenE : A Causality-Based Approach to Generate Gene Networks in Vitis vinifera Sheds Light on the Laccase and Dirigent Gene Families" a été publié dans Biomolecules dans le cadre du numéro spécial Gene Regulatory Networks Controlling Secondary Metabolism in Plants : Computational Approaches and Mechanistic Insights et est disponible en ligne : https://www.mdpi.com/2218-273X/11/12/1744

Merci à tous pour votre précieuse contribution !

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=322#2411

[Maeda]

Il y a des petits soucis sur le SQL en ce moment, donc UT pas toujours disponibles et téléversements un peu bloqués (mais voulus).
Détails sur ce fil de leur forum.

[Xe120]

http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php

Dernière ligne droite pour Homo Sapiens (OneGenE - FANTOM-1) !

[JeromeC]

Ce qui n'est pas très clair c'est que sur le forum ils parlent plutôt d'autres type de tâches en cours... pour un projet mono-application je comprends pas trop.

[fzs600]

Storage problem (again)
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=365&postid=3095

Comme vous le savez tous déjà, nous nous débattons constamment avec notre problème de stockage. L'Université en a acheté un nouveau et a planifié la procédure de déménagement. Le cluster HPC devrait être déplacé ce lundi (6 mars), les autres ressources suivront.
Je fermerai raisonnablement le serveur quand cela sera nécessaire, je vous dirai quand dès que je connaîtrai la date. En attendant, le générateur de travail ne sera actif que quelques heures par jour, donc très peu d'unités de travail seront disponibles.
Merci à tous pour votre compréhension et votre patience.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

[[AF] Kalianthys]

Au moins on est sur que ce projet ne sera pas celui retenu pour le sprint qui commence ce soir pour le FB.

https://formula-boinc.org/sprint_v3.py?lang=fr&year=2023

[JeromeC]

HOPELA !! joli le rappel !!!

[fzs600]

The end of the FANTOM-1 experiment
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367&postid=3133

À notre rythme actuel, les unités de travail restantes liées à la très longue et très intensive expérience OneGenE FANTOM-1 (commencée en mars 2018) seront distribuées dans plus ou moins deux jours. Ce sera la fin de ce travail.

Pour l'avenir du projet gene@home, veuillez consulter ce fil de discussion
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=366

[Maeda]

Ils prévoient une suite au projet si j'ai bien lu donc juste une coupure (pas trop longue j'espère), tout va bien

[toTOW]

Le projet sera intermittent ...

[Maeda]

Ça y est, je n'en chope plus

[JeromeC]

Très brièvement, après la fin de l'expérience FANTOM, nous collecterons toutes les données et effectuerons des analyses statistiques et biologiques. Les objectifs seront une (ou plusieurs) publication et un service web pour mettre les résultats à la disposition de la communauté scientifique.
Pour l'avenir : nous jouons avec un tout nouveau jeu de données sur Vitis vinifera et nous continuerons probablement à faire quelque chose en rapport avec la souris. La principale nouvelle tâche devrait être liée aux données sur les cellules uniques (nous y travaillons encore).
Je pense qu'après la fin de FANTOM, il pourrait y avoir une période de pénurie d'unités de travail, mais j'espère que cela ne durera pas longtemps.

[fzs600]

Maintenance (filesystem and o.s.)
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=368&postid=3152

Maintenant que notre file d'attente est vide, c'est le moment idéal pour basculer notre système de fichiers vers le nouveau et pour mettre à jour le système d'exploitation du serveur. Cela se fera probablement le 2 mai, pendant quelques jours. Pendant cette période, il se peut que le serveur soit indisponible pendant un certain temps. Après cela, si tout se passe bien, nous prévoyons de recommencer à distribuer le travail.

[JeromeC]

https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=370

Le nouveau projet Vitis vinifera est en cours

Chers tous, je suis très heureuse d'annoncer qu'un nouvel ensemble de données transcriptomiques de Vitis vinifera (Vespucci) est désormais disponible pour l'expansion de OneGene. Le nombre d'expériences a plus que triplé. Nous continuons à utiliser les résultats des analyses précédentes, à trouver des associations de gènes très intéressantes et à produire des réseaux de gènes étonnants. Nous espérons maintenant les améliorer et les affiner grâce à cette nouvelle collection d'essais. Un grand merci à vous tous.

Si vous êtes intéressé par l'architecture de l'ensemble de données transcriptomiques, veuillez consulter l'article suivant : https://doi.org/10.3389/fpls.2022.815443

A l'heure où j'écris, 22k tâches en cours et 0 dispo.

[toTOW]

Leur serveur a toujours eu du mal à tenir la cadence pour fournir du travail ...

edit : leur générateur de travail ne peut produire que 600 WUs toutes les 15 minutes ...

[Xe120]

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133

As a follow-up, I would like to mention that all the results of the FANTOM-1 experiment have been collected and locally double-checked. A couple of gene expansions were "corrupted" probably because of the consequences of our faulty file-system. However, this issue has been fixed, and now all the data is available to the scientists. We are also working on setting up a suitable way to publish the results, which will include a dedicated web application and scientific publications.
Summertime is here, and related vacations will somewhat slow this process.

[fzs600]

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=367#3133

As a follow-up, I would like to mention that all the results of the FANTOM-1 experiment have been collected and locally double-checked. A couple of gene expansions were "corrupted" probably because of the consequences of our faulty file-system. However, this issue has been fixed, and now all the data is available to the scientists. We are also working on setting up a suitable way to publish the results, which will include a dedicated web application and scientific publications.
Summertime is here, and related vacations will somewhat slow this process.

En guise de suivi, je voudrais mentionner que tous les résultats de l'expérience FANTOM-1 ont été collectés et vérifiés localement. Quelques expansions de gènes ont été "corrompues", probablement à cause des conséquences de notre système de fichiers défectueux. Cependant, ce problème a été résolu et toutes les données sont maintenant disponibles pour les scientifiques. Nous travaillons également à la mise en place d'un moyen approprié pour publier les résultats, qui comprendra une application web dédiée et des publications scientifiques.
L'été est là, et les vacances qui en découlent ralentiront quelque peu ce processus.

[fzs600]

Summer break
https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=374&postid=3270

Je viens de mettre les derniers gènes de Vitis vinifera dans notre file d'attente. Au rythme actuel, il faudra environ une semaine, peut-être moins, pour les distribuer tous. Les nouveaux ensembles de données ne sont pas encore prêts... De plus, je serai en vacances les deux prochaines semaines, et il ne serait pas souhaitable de commencer un nouveau travail sans avoir la possibilité de superviser facilement le système.
Par conséquent, dans quelques jours, le générateur de travail ne sera pas en mesure de produire de nouvelles tâches, seuls des renvois circuleront.
J'espère pouvoir redémarrer le système avec un nouveau projet au début du mois d'août.

Je vous remercie tous !

[JeromeC]

[Maeda]

Je n'ai plus de tâches, je pense que c'est à sec (état du serveur : prête à l'envoi = 0).

[toTOW]

Oui, ils font une pause estivale ...

[JeromeC]

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=374

[Maeda]

Oui, ils font une pause estivale ...

tant que ça reprend à court terme