Auteur Sujet: TN-Grid Test Platform  (Lu 22147 fois)

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Zarck

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TN-Grid Test Platform
« le: 21 décembre 2013 à 00:51 »
Infos utiles.
Projet actuellement hébergé par l'université de trente http://www.unitn.it/


Status. En phase de test et non ouvert au public pour le moment
URL du projet : http://gene.disi.unitn.it/test/
Applications disponibles : http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php
État du serveur : http://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php
L'alliance francophone : http://gene.disi.unitn.it/test/team_display.php?teamid=6
Temps de calcul et points de sauvegarde : http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=TN-Grid+Test+Platform&application=Gene+Network+Application
Classement mondial de L'AF : Pas de données.

Informations complémentaires (par fzs600, Maugou et Ouser) 17.12.2015

Projet: Les flavonoïdes du raisin

La vigne (les espèces de vigne) est l'une des cultures fruitières les plus importantes en termes de superficie cultivée et d'impact économique, mais aussi pour son importante utilisation de pesticides. Malgré cette importance, on en sait peu sur les circuits de régulation moléculaire sous-jacents de la physiologie de cette espèce.

De toute évidence, une meilleure connaissance de la biologie de la vigne aurait un effet positif sur les pratiques de gestion et de vinification afin d'aboutir finalement à une viticulture durable.
La viticulture "verte", qui est une culture de la vigne plus durable répondant aux besoins du présent sans compromettre les moyens de subsistance et les besoins des générations futures, est une demande de plus en plus importante de la société. Et cela est vrai pour la province du Trentin (Italie), où les vignes sont souvent situées à proximité des villages.

Aujourd'hui, nous avons la chance de disséquer les circuits de régulation moléculaire de la vigne à un rythme sans précédent, grâce aux connaissances accumulées durant les 10 dernières années. Depuis la découverte de la séquence du génome de la vigne en 2007 (Jaillon et al. Nature, Velasco et al. PlosOne) la classification d'environ 30.000 gènes qu'il contient ont été mesurés dans des dizaines d'expériences contrôlées et sont accessibles au public (http://vitis.colombos.fmach.it/).

Dans la vigne, les flavonoïdes constituent l'un des sous-groupes les plus abondants de métabolites secondaires du fruit, qui influent sur la qualité, les bienfaits pour la santé (antioxydants) et la typicité des vins. Leurs liens avec de nombreuses espèces végétales sont principalement régulés par des facteurs de transcription qui modulent l'expression des chemins génétiques. Dans ce projet spécifique TN-Grid, notre objectif est d'acquérir de nouvelles connaissances au sujet du séquençage des flavonoïdes , de trouver de nouveaux gènes qui en font partie ou qui ont un effet régulateur sur celle-ci. Ces nouvelles données permettront d'aider sur le long terme, à faire croître des raisins de meilleure qualité pour une viticulture durable.

NDT: chemin génétique, aussi appelé voie génétique, est une voie métabolique (également appelée voie de biosynthèse) d'un ou plusieurs gènes. En résumé, une série d'étapes consécutives de transformation dans l'organisme liées à ce(s) gène(s).
Pour les nerds, c'est la description pas à pas du programme de réactions biochimiques introduites par un/des gène(s); "qui modulent l'expression des chemins génétiques" peut se comprendre comme "qui changent les paramètres du programme biochimique introduit par un/des gène(s)".

fzs600

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #1 le: 21 décembre 2013 à 08:23 »
 :hello:

Pas sur que cela  soit un projet BOINC. 
http://www.tngrid.tn/index/

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kasur

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #2 le: 21 décembre 2013 à 13:57 »
Comme mon VDD, peut etre un portage sur Boinc.

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fzs600

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #3 le: 21 décembre 2013 à 14:44 »
wait and see...

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Philippe06121966

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #4 le: 21 décembre 2013 à 15:38 »
Hello,

En grattant, j'ai trouvé ceci :

http://www.tngrid.tn/index.php/index/overview

Pas vraiment un projet BOINC, et euh pas réussi à m'inscrire donc je ne cherche pas plus loin ;)

 :coffeetime:


Euh ............ je dois avoir des problèmes de vue ...

:hello:

Pas sur que cela  soit un projet BOINC. 
http://www.tngrid.tn/index/

@fzs600  :dsl:  Toutes mes excuses, je n'avais pas fait attention ... tu avais déjà trouvé ce site :siflotte:

Vais aller me reposer  :aulit:
« Modifié: 21 décembre 2013 à 15:55 par Phil1966 »

fzs600

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #5 le: 26 mars 2014 à 18:23 »
ouser  :hello:

Merci pour la mise a jour.

 :jap:
« Modifié: 02 avril 2014 à 22:09 par fzs600 »

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kasur

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #6 le: 26 mars 2014 à 18:52 »
 :cry:

Citer
We would also like to thank the members of the BOINC.Italy community who are helping us in this testing phase.

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Lic

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #7 le: 27 mars 2014 à 08:49 »
Nouveau projet Bio  :love: :love:
Lic et son Quad Mac Pro ^_^

Jaehaerys Targaryen

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #8 le: 27 mars 2014 à 11:47 »
Il faut un code d'invitation  :(


Twitter : devweborne // Chaine Youtube : https://www.youtube.com/channel/UCXcoCd-1UlHpYIYzNER0n1Q

kasur

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #9 le: 18 avril 2014 à 02:24 »
News sur le site: le projet poste une présentation en pdf, en anglais mais non technique
http://gene.disi.unitn.it/test/documents/gene@home.ICT.Days.2014.pdf

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JeromeC

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #10 le: 28 avril 2014 à 17:54 »
Intéressante présentation.

Sur le "quoi" du projet :

Citer
We compare the expression levels of two different genes.
Relations between genes become correlations when their expression levels have a similar trend.
Citer
Nous comparons les niveaux d'expression de deux gènes différents.
Les relations entre les gènes deviennent des corrélations lorsque leurs niveaux d'expression ont une tendance similaire.

Sur le "comment" :
Citer
We use PC-algorithm to find causal relationships among genes, exploiting their expression levels in different samples.
Correlations between genes are computed using Peason coefficient.
Citer
Nous utilisons l'algorithme PC pour trouver des relations de cause à effet entre les gènes, en exploitant leurs "niveaux d'expression" dans différents échantillons.
Les corrélations entre les gènes sont calculées en utilisant le coefficient Peason ["PC"].

Citer
Run PC-algorithm on the whole genome is not convenient. So we use PC-IM to iteratively run PC-algorithm on genome portions.
We implemented an efficient version of the PC-algorithm, named PC++
Citer
Exécutez l'algorithme PC sur l'ensemble du génome n'est pas commode. Donc nous utilisons PC-IM pour exécuter de manière itérative l'algorithme sur des parties du génome.
Nous avons implémenté une version efficace de l'algorithme PC, nommé PC++

Sur le "pourquoi boinc" :

Citer
Genoms and gene networks are huge. We want expand many gene networks of several organisms.
This work is hard and computationally heavy.
Citer
Les génomes et les réseaux de gènes sont énormes. Nous voulons développer de nombreux réseaux de gènes de plusieurs organismes.
Ce travail est difficile et requiert de très lourds calculs.

Citer
By joining Gene@home project, a BOINC user can help the improvement of:
  • health
  • agriculture
  • biotechnologies
... just making available their personal computers for computation

Citer
En rejoignant le projet Gene@home, un utilisateur BOINC peut aider à l'amélioration de:
  • la santé
  • l'agriculture
  • les biotechnologies
... juste en mettant à disposition leurs ordinateurs personnels pour le calcul
« Modifié: 28 avril 2014 à 18:00 par JeromeC »
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

Jaehaerys Targaryen

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #11 le: 28 avril 2014 à 19:09 »
ouaip à suivre


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fzs600

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #12 le: 08 mai 2014 à 19:24 »
 :hello:

Réglage des paramètres, la phase 1 est terminée! → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=85&postid=404#404

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #13 le: 15 mai 2014 à 22:47 »
J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider  :??:
[AF>France>Ouest]SetiOne  Stats MT Ouest Téléchargez la tool barre de l'AF :

Jaehaerys Targaryen

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #14 le: 15 mai 2014 à 22:56 »
Personne à un code d'invitation ?


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Prof

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Re : Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #15 le: 15 mai 2014 à 23:48 »
J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider  :??:

 :kookoo:
Tu as des stats ds statsbzh et dans boincstats aussi mais apparemment Seb n'as pas encore inclus ce projet ou alors, comme l'a dit fzs600, peut-être faut-il attendre que le projet soit rendu public avant de l'inclure!?
Je ne connais pas les règles dans ce cas de figure!
Pour l'équipe:PMac bi-G4 1,83GHz 1,25Go de RAM 1 MacPro octo X5570 2.93GHz 16 24Go de RAM et 1 MacPro dodéca X5650 2.66GHz 20 32Go de RAM
Un petit proverbe qui va bien avec l'air du temps:Quand le dernier arbre sera abattu, La dernière rivière empoisonnée, Le dernier poisson pêché, Alors vous découvrirez Que l'argent ne se mange pas. A méditer...;-)

JeromeC

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #16 le: 16 mai 2014 à 00:22 »
En tous cas sur Mac ça marche bien :)
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LOCTET SetiOne

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #17 le: 16 mai 2014 à 08:53 »
@Prof oui j'ai vu merci, exact Seb a déjà de quoi faire
[AF>France>Ouest]SetiOne  Stats MT Ouest Téléchargez la tool barre de l'AF :

toTOW

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #18 le: 17 mai 2014 à 21:04 »
On va voir ce que ça donne sur le vieux laptop : première estimation, 3H pour la WU ...
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Jaehaerys Targaryen

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #19 le: 17 mai 2014 à 21:51 »
Vous avez fait comment pour vous inscrirent ?


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lionelc

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #20 le: 18 mai 2014 à 00:55 »
bonsoir
il faut écrire et demander un code d'invitation à http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php

lionel

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #21 le: 18 mai 2014 à 10:02 »
non pas de graphiques ou de photos.
seulement du calcul qui va plutôt vite (30 minutes pour les dernières UT)

Jaehaerys Targaryen

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Re : Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #22 le: 18 mai 2014 à 12:39 »


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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #23 le: 18 mai 2014 à 20:47 »
Ca a bien pris environ 3H sur le vieux P4-m 1.4 GHz ...
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toTOW

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Re : TN-Grid Test Platform
« Réponse #24 le: 07 juin 2014 à 17:48 »
Oulà la nouvelles WUs : annoncées pour 250H environ avec une deadline au 11 ... ça risque de pas passer :/
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