TN-Grid Test Platform

[Zarck]

                                                                                                                             





Infos utiles.
Projet actuellement hébergé par l'université de trente http://www.unitn.it/
Pour se créer un compte il faut un code d'invitation qui est : science@tn

Statut : actif
URL du projet : http://gene.disi.unitn.it/test/
Applications disponibles : http://gene.disi.unitn.it/test/apps.php
État du serveur : http://gene.disi.unitn.it/test/server_status.php
L'alliance francophone : http://gene.disi.unitn.it/test/team_display.php?teamid=6
Temps de calcul et points de sauvegarde : http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=TN-Grid+Test+Platform&application=Gene+Network+Application
Classement mondial de L'AF : https://www.boincstats.com/stats/150/team/list/

Informations complémentaires (par fzs600, Maugou et Ouser) 17.12.2015

Projet: Les flavonoïdes du raisin

La vigne (les espèces de vigne) est l'une des cultures fruitières les plus importantes en termes de superficie cultivée et d'impact économique, mais aussi pour son importante utilisation de pesticides. Malgré cette importance, on en sait peu sur les circuits de régulation moléculaire sous-jacents de la physiologie de cette espèce.

De toute évidence, une meilleure connaissance de la biologie de la vigne aurait un effet positif sur les pratiques de gestion et de vinification afin d'aboutir finalement à une viticulture durable.
La viticulture "verte", qui est une culture de la vigne plus durable répondant aux besoins du présent sans compromettre les moyens de subsistance et les besoins des générations futures, est une demande de plus en plus importante de la société. Et cela est vrai pour la province du Trentin (Italie), où les vignes sont souvent situées à proximité des villages.

Aujourd'hui, nous avons la chance de disséquer les circuits de régulation moléculaire de la vigne à un rythme sans précédent, grâce aux connaissances accumulées durant les 10 dernières années. Depuis la découverte de la séquence du génome de la vigne en 2007 (Jaillon et al. Nature, Velasco et al. PlosOne) la classification d'environ 30.000 gènes qu'il contient ont été mesurés dans des dizaines d'expériences contrôlées et sont accessibles au public (http://vitis.colombos.fmach.it/).

Dans la vigne, les flavonoïdes constituent l'un des sous-groupes les plus abondants de métabolites secondaires du fruit, qui influent sur la qualité, les bienfaits pour la santé (antioxydants) et la typicité des vins. Leurs liens avec de nombreuses espèces végétales sont principalement régulés par des facteurs de transcription qui modulent l'expression des chemins génétiques. Dans ce projet spécifique TN-Grid, notre objectif est d'acquérir de nouvelles connaissances au sujet du séquençage des flavonoïdes , de trouver de nouveaux gènes qui en font partie ou qui ont un effet régulateur sur celle-ci. Ces nouvelles données permettront d'aider sur le long terme, à faire croître des raisins de meilleure qualité pour une viticulture durable.

NDT: chemin génétique, aussi appelé voie génétique, est une voie métabolique (également appelée voie de biosynthèse) d'un ou plusieurs gènes. En résumé, une série d'étapes consécutives de transformation dans l'organisme liées à ce(s) gène(s).
Pour les nerds, c'est la description pas à pas du programme de réactions biochimiques introduites par un/des gène(s); "qui modulent l'expression des chemins génétiques" peut se comprendre comme "qui changent les paramètres du programme biochimique introduit par un/des gène(s)".

Mis a jour par fzs600 le 6 Aout 2023.

[fzs600]

 

Pas sur que cela  soit un projet BOINC. 
http://www.tngrid.tn/index/

[kasur]

Comme mon VDD, peut etre un portage sur Boinc.

[fzs600]

wait and see...

[Philippe06121966]

Hello,

En grattant, j'ai trouvé ceci :

http://www.tngrid.tn/index.php/index/overview

Pas vraiment un projet BOINC, et euh pas réussi à m'inscrire donc je ne cherche pas plus loin




Euh ............ je dois avoir des problèmes de vue ...

Pas sur que cela  soit un projet BOINC. 
http://www.tngrid.tn/index/

@fzs600    Toutes mes excuses, je n'avais pas fait attention ... tu avais déjà trouvé ce site

Vais aller me reposer 

[fzs600]

ouser 

Merci pour la mise a jour.

[kasur]

 

We would also like to thank the members of the BOINC.Italy community who are helping us in this testing phase.

[Lic]

Nouveau projet Bio 

[Jaehaerys Targaryen]

Il faut un code d'invitation 

[kasur]

News sur le site: le projet poste une présentation en pdf, en anglais mais non technique
http://gene.disi.unitn.it/test/documents/gene@home.ICT.Days.2014.pdf

[JeromeC]

Intéressante présentation.

Sur le "quoi" du projet :

We compare the expression levels of two different genes.
Relations between genes become correlations when their expression levels have a similar trend.

Nous comparons les niveaux d'expression de deux gènes différents.
Les relations entre les gènes deviennent des corrélations lorsque leurs niveaux d'expression ont une tendance similaire.

Sur le "comment" :

We use PC-algorithm to find causal relationships among genes, exploiting their expression levels in different samples.
Correlations between genes are computed using Peason coefficient.

Nous utilisons l'algorithme PC pour trouver des relations de cause à effet entre les gènes, en exploitant leurs "niveaux d'expression" dans différents échantillons.
Les corrélations entre les gènes sont calculées en utilisant le coefficient Peason ["PC"].

Run PC-algorithm on the whole genome is not convenient. So we use PC-IM to iteratively run PC-algorithm on genome portions.
We implemented an efficient version of the PC-algorithm, named PC++

Exécutez l'algorithme PC sur l'ensemble du génome n'est pas commode. Donc nous utilisons PC-IM pour exécuter de manière itérative l'algorithme sur des parties du génome.
Nous avons implémenté une version efficace de l'algorithme PC, nommé PC++

Sur le "pourquoi boinc" :

Genoms and gene networks are huge. We want expand many gene networks of several organisms.
This work is hard and computationally heavy.

Les génomes et les réseaux de gènes sont énormes. Nous voulons développer de nombreux réseaux de gènes de plusieurs organismes.
Ce travail est difficile et requiert de très lourds calculs.

By joining Gene@home project, a BOINC user can help the improvement of:

• health
• agriculture
• biotechnologies

... just making available their personal computers for computation

En rejoignant le projet Gene@home, un utilisateur BOINC peut aider à l'amélioration de:

• la santé
• l'agriculture
• les biotechnologies

... juste en mettant à disposition leurs ordinateurs personnels pour le calcul

[Jaehaerys Targaryen]

ouaip à suivre

[fzs600]

 

Réglage des paramètres, la phase 1 est terminée! → http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=85&postid=404#404

[LOCTET SetiOne]

J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider 

[Jaehaerys Targaryen]

Personne à un code d'invitation ?

[Prof]

J'en ai fait un peu aujourd'hui pour voir (penta oblige avant tout) mais si j'ai bien des heures dans le WuProp de Sébastien, rien dans ses (mes) statistiques du même provider 

Tu as des stats ds statsbzh et dans boincstats aussi mais apparemment Seb n'as pas encore inclus ce projet ou alors, comme l'a dit fzs600, peut-être faut-il attendre que le projet soit rendu public avant de l'inclure!?
Je ne connais pas les règles dans ce cas de figure!

[JeromeC]

En tous cas sur Mac ça marche bien

[LOCTET SetiOne]

@Prof oui j'ai vu merci, exact Seb a déjà de quoi faire

[toTOW]

On va voir ce que ça donne sur le vieux laptop : première estimation, 3H pour la WU ...

[Jaehaerys Targaryen]

Vous avez fait comment pour vous inscrirent ?

[lionelc]

bonsoir
il faut écrire et demander un code d'invitation à http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php

lionel

[lionelc]

non pas de graphiques ou de photos.
seulement du calcul qui va plutôt vite (30 minutes pour les dernières UT)

[Jaehaerys Targaryen]

bonsoir
il faut écrire et demander un code d'invitation à http://gene.disi.unitn.it/test/genehome/en/aboutus/contact-us.php

lionel

merci

[toTOW]

Ca a bien pris environ 3H sur le vieux P4-m 1.4 GHz ...

[toTOW]

Oulà la nouvelles WUs : annoncées pour 250H environ avec une deadline au 11 ... ça risque de pas passer