Auteur Sujet: [WCG] Mapping Cancer Markers  (Lu 20310 fois)

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Lic

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #75 le: 02 mars 2015 à 10:28 »
 :up: Avis aux amateurs de badges de WCG :up:

Le sous projet va avoir du travail a fourni jusqu'en Août de cette année.
(cf. https://secure.worldcommunitygrid.org/research/viewAllProjects.do)

Attention cette estimation a été faite par rapport aux moyennes de calculs réalisées sur ce sous projet. En cas de rush d'un ensemble important de crunchers, cette date de fin pourrait être revue à la baisse.
A vos CPU ^_^
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[AF] fansyl

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #76 le: 02 mars 2015 à 10:57 »
Pour suivre la répartition du crunch sous WCG, il y a aussi cette adresse, plus ou moins mise à jour régulièrement : http://s137.photobucket.com/user/Sekerob/media/Daily/WCGYearsPi1Project.png.html
Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
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[AF] fansyl

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #77 le: 17 mars 2015 à 08:37 »
Pour info, je reçoit des tâches avec des dates de retour très courtes (~48-72h) et qui sont longues pour ce projet.
Le pending est également assez important (par rapport aux autres projets WCG)

 :hello:
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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #78 le: 17 mars 2015 à 13:21 »
J'ai déjà remarqué par le passé des UTs avec ces délais de retour, ça dépend des lots.

naz

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Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #79 le: 21 avril 2015 à 05:48 »
:up: Avis aux amateurs de badges de WCG :up:

Le sous projet va avoir du travail a fourni jusqu'en Août de cette année.
(cf. https://secure.worldcommunitygrid.org/research/viewAllProjects.do)

Attention cette estimation a été faite par rapport aux moyennes de calculs réalisées sur ce sous projet. En cas de rush d'un ensemble important de crunchers, cette date de fin pourrait être revue à la baisse.
A vos CPU ^_^

 :yaya: :plusun:

[AF] fansyl

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #80 le: 05 août 2015 à 08:36 »
Il resterait 100 jours de calcul
 :hello:
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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #81 le: 06 octobre 2015 à 17:35 »
Finalement les scientifiques ont rajouté un lot de calcul, la date de fin de projet serai repoussée à JUILLET 2016 ! :)
La barre de progression est retombée à 71%
Du coup, est ce que je me tente le 50 ans ??  :D

La source:
https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36119_offset,400#504067

En espérant avoir tout bien compris !
 :hello:
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foo_fight

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #82 le: 07 octobre 2015 à 20:23 »

Bill-af

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Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #83 le: 07 octobre 2015 à 21:02 »
Merci pour l'info.

Cela dit sur ce graphe ça indique toujours une date de fin dans 46 jours -> http://s137.photobucket.com/user/Sekerob/media/Daily/WCGYearsPi1Project.png.html

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread?thread=18277

Le graphe date du 22 septembre, la nouvelle est ptet arrivée après ?

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #84 le: 09 octobre 2015 à 05:52 »
Je crois que oui.

Wait and see.

foo_fight

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #85 le: 03 février 2016 à 22:29 »
Avis aux chasseurs de badges.

Un lâché de beta MCM 7.36 depuis quelques heures.



naz

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #86 le: 03 février 2016 à 23:05 »
Merci  :kookoo:

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #87 le: 21 octobre 2016 à 09:07 »
Le projet aurai dû se terminer ce mois d'octobre mais il est finalement retombé à 83% d'avancement avec 6 mois de calculs supplémentaires.
Sans doute en lien avec cette news: https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=504

 :hello:
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JeromeC

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #88 le: 21 octobre 2016 à 13:59 »
J'ai (essayé de) lu l'article en question, ils ne parlent pas de "plus de calcul", c'est surtout sur les moyens de préparer, transformer, présenter, partager les résultats des calculs pour permettre leur analyser.
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #89 le: 11 janvier 2017 à 19:19 »
Salut à tous et meilleurs vœux (surtout la santé!) vu que c'est mon premier post de l'année.

Bon Cela fait quelques mois que j'ai un souci sous WCG sur ma machine qui est sous Linux Ubuntu.

Du jour au lendemain ma progression en terme d'heures de calcul à chuter alors même que le PC renvoyait des UT sans souci. Et puis je me suis rendu compte en allant sur la page d'état des résultats d'un truc étrange. Le temps d'unité centrale est à 0 et je n'ai pas de crédit accordé. Voir la capture ci-dessous.

Si quelqu'un a une explication je suis preneur car les résultats sont renvoyés dans les temps donc je ne comprend pas ce qu'il se passe.  :??:


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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #90 le: 11 janvier 2017 à 21:01 »
Tu peux déjà cliquer sur le nom d'une UT dans ce cas-là pour avoir plus d'information.  :hello:

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #91 le: 11 janvier 2017 à 23:18 »
Voici :


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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #92 le: 12 janvier 2017 à 07:43 »
Si elles ne sont pas encore validées, c'est normal que tu n’aies pas encore reçu les crédits.
Pour le temps de CPU à zéro, c'est étrange.
Tu peux cliquer sur "validation en attente" pour avoir encore plus d'informations.

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #93 le: 12 janvier 2017 à 22:32 »
Voici une UT finie :



Des crédits sont accordés mais 0 en temps de calculs.

Et voici le texte lorsque je clic sur "valide"

<core_client_version>7.6.33</core_client_version>
<![CDATA[
<stderr_txt>
Commandline = ../../projects/www.worldcommunitygrid.org/wcgrid_mcm1_7.36_x86_64-pc-linux-gnu -SettingsFile MCM1_0129378_1112.txt -DatabaseFile dataset-curatedOvarian_EarlyLate_v1.0.txt
Settings File
DateOfDesign = 08/05/2014
Designer = PMCC_OCI_0.1
WorkOrderID = 0129378_1112
DatasetID = curatedOvarian_EarlyLate_v1.0
NumberOfGenesInStartingSignature = 70
NumberOfGenesInSignatureMin = 70
NumberOfGenesInSignatureMax = 70
GroupVectorValues = {A}{B}{C}{D}{E}{F}
ExplicitStartingGeneSignatures = A B D F
StartingGeneSignatureAlgorithm = randomFixedLengthSearch
SearchAlgorithmNumberToCreate = 696
SearchAlgorithmSequentialStartPosition = 5
RunPermutationAlgorithm = 0
PermutationGroups = A
PermutationGroupsForReplacement = G
PermutationAlgorithm = replaceFromRandomlyToRandomlyGreedy
PermutationsNumIterations = 0
OptimizationAlgorithmFrequency = 0 0 1
FBeta = 1.5
SimAnnealIMax = 20000
SimAnnealAlpha = 0.9996
FitnessFn = 0
MinFitness = -1.0
NReps = 10
TrainFrac = 0.7
NFolds = 10
VMethod = LOO
ModelType = SVM
SvmArgs = "-v 0 -c 0.1 -t 1 -d 2 -r 0"

SvmLearnLimit = 500000
RSeed = 250191113


[19:13:05] Initializing
[19:13:08] Running
[19:13:08] EvaluateFitnessOfStartingGeneSignatures 696
[02:17:05] Writing final output
[02:17:05] Closing Output Stream
[02:17:05] Cleaning up
Result.out = 326681.000000
Run complete, CPU time: 0.000000
02:17:05 (3188): called boinc_finish

</stderr_txt>
]]>

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #94 le: 23 janvier 2017 à 13:55 »
Bon j'ai fini par désinstaller le client puis le réinstaller et le problème semble résolu.

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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #95 le: 23 janvier 2017 à 15:33 »
+1 dès que j'ai une UT WCG en erreur, je termine les UTs en cours et je recommence le projet. WCG est très stable, quand il y a un problème cela vient de la machine dans 90% des cas.
 :hello:
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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #96 le: 04 février 2017 à 15:42 »
Bon bah ça recommence....

Je ms suis aperçu que mercredi toute la journée les UT que mon PC a calculé sur Smash Childhood Cancer ont toutes un temps de calcul à 0 alors que les 4 jours précédents tout allait bien. D'un coup comme ça sans raison apparente.

La dernière piste qu'il me reste c'est le client BOINC qui est en version 7.6.33, donc pas la dernière en date. Mais c'est la seule que j'arrive à installer sous Linux en passant par le module de recherche. Car je n'arrive pas à installer la version du site de BOINC qui est un .sh. J'arrive à extraire les fichiers mais c'est tout malgré les différents tuto que j'ai pu trouver sur le net.  :/


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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #97 le: 06 février 2017 à 20:40 »
En principe, une simple commande dans un terminal de type :
sh boinc.sh
créé un répertoire BOINC avec tes fichiers à l'intérieur .
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Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #98 le: 06 février 2017 à 21:49 »
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

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Re : Re : [WCG] Mapping Cancer Markers
« Réponse #99 le: 07 février 2017 à 22:09 »
En principe, une simple commande dans un terminal de type :
sh boinc.sh
créé un répertoire BOINC avec tes fichiers à l'intérieur .
Oui ça fonctionne ça pas de souci mais c'est après que je ne sais pas quoi faire avec les fichiers présents dans le répertoire.

Edit : j'ai réussi à lancer le client avec la ligne de commande ./boinc & ./boincmgr mais j'aimerai bien avoir le mode graphique car en mode console c'est immangeable.
« Modifié: 07 février 2017 à 22:43 par foo_fight »